3UWU | Genus

Total Genus 89

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	253
structure length	253
Chain Sequence	MRTPIIAGNWKMNKTVQEAKDFVNALPTLPDSKEVESVICAPAIQLDALTTAVKEGKAQGLEIGAQNTYFEDNGAFTGETSPVALADLGVKYVVIGHSERRELFHETDEEINKKAHAIFKHGMTPIICVGETDEERESGKANDVVGEQVKKAVAGLSEDQLKSVVIAYEPIWAIGTGKSSTSEDANEMCAFVRQTIADLSSKEVSEATRIQYGGSVKPNNIKEYMAQTDIDGALVGGASLKVEDFVQLLEGAK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
publication title	Crystal structures of triosephosphate isomerase from methicillin resistant Staphylococcus aureus MRSA252 provide structural insights into novel modes of ligand binding and unique conformations of catalytic loop pubmed doi rcsb
source organism	Staphylococcus aureus
total genus	89
structure length	253
sequence length	253
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2011-12-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3uwuA00

5CGQA 3GDMA 4JD4A 1RVGA 3O8AA 4K36A 1VR6A 3OIXA 1TCDA 3TC7A 3G0SA 4BF9A 3HPSA 1GYLA 4LUIA 1CW2A 4NZJA 5I3IA 3LHTA 4GFSA 1JR1A 1O95A 2CU0A 4AEOA 4MVAA 2ATSA 4KWWA 3W70A 5HQEA 3I7QA 4LRTA 2DJXA 4O52A 1C8VA 3GX9A 3JRKA 3G3DA 1FUYA 3QW4B 2YYUA 2ABAA 3QMTA 2QUTA 3G22A 2CLHA 1NVMA 3LB0A 4JTHA 2Q8ZA 1TB3A 5HWJA 4MPQA 2IQTA 1SPQA 4K39A 4AHQA 2YW3A 1B4EA 1K7XA 5F2IA 3A9IA 4RZ4A 3CT7A 4GUGA 2ZFAA 4WOQA 2A6NA 4X9SA 5DCDA 4MY9A 4M7TA 4OU1A 5AC6A 3R5EA 2NV1A 1VC4A 3LCIA 2QCHA 4WXZA 4IMDA 1O5KA 1S5WA 3PB2A 2NZLA 1ZHAA 5FEXA 3TFXA 1XCFA 1Z41A 3OVRA 1H7NA 3B4UA 1E51A 5LNWA 3TSDA 2VOMA 3UXAA 4TMCA 3LXBA 3LBMA 3LI1A 4OE7A 3GAYA 2X1SA 3STCA 1TV5A 3PBUA 2CLIA 3NL2A 4RZ5A 3TMLA 2PE4A 4KFOA 2RH9A 1K8XA 2P1FA 2X1UA 4R34A 1TTQA 1AW2A 1D3GA 1IF2A 1G67A 1WQ5A 3BLEA 2QDHA 2JGQA 4NQ1A 4E38A 3BPWA 2FPTA 1D9EA 3SGZA 3SY5A 3W1RA 3SR7A 2Y7EA 4JY9A 4A2RA 1RZMA 5CPLA 5U7SA 4C1LA 2YDAA 3NAVA 3EWWA 1EIXA 2YX0A 1JJKA 3QMRA 3ZWSA 4HNUA 3A5FA 5MHBA 4DEFA 3PAJA 2NXHA 3ZS4A 2VFEA 1VCFA 4JX6A 2ZRYA 2TPSA 2Y89A 1VS1A 1T8XA 5CZTA 2ZYFA 2QJIA 3Q37A 3QSTA 2Y61A 2Y63A 1G7VA 2ZRUA 1W8SA 3NR0A 4JYFA 5G1TA 4LVFA 1T0OA 3TC6A 3N14A 1KM0A 4UNKA 4ZVJA 2E6AA 3HG4A 3OG3A 1OYCA 1UB3A 5F1UA 3NQEA 2NX9A 4Y6GA 3C61A 2ISWA 3KHJA 5FEWA 1M7PA 5D38A 5DCBA 4YXGA 2A1YA 4I7WA 3L5AA 3LV5A 1LYXA 1OK6A 4JX4A 2QEZA 3BK0A 3LHYA 1ZFJA 3W9ZA 3GDKA 4OT7A 2OX1A 3NQFA 3O6CA 3FJLA 1NEYA 1I2OA 3TMQA 1I2NA 1L6WA 3IVUA 5DCEA 5K4XA 4O0ZA 3WK3A 1K3UA 2CLKA 3N2MA 2TRSA 1ZAJA 3W7RA 3M43A 1OVDA 3QZEA 1Y0EA 3KRSA 2V81A 3CHVA 3C0JA 1KM3A 1RR2A 4GE8A 1TPFA 2FLIA 2BZNA 4AWUA 3NDOA 2X1RA 4HKPA 1B57A 3S1VA 3UY7A 2PRLA 2P10A 3W7KA 3P7YA 3DAQA 2RKXA 4NJIA 4W9TA 1KFEA 2UV8G 1ME9A 3EX2A 5DY3A 1X8FA 5DXXA 3N3MA 3W83A 1YXYA 1A53A 2PRHA 5BW6A 3FOKA 4WQ6A 5T26A 3WJYA 4IMCA 1B4KA 1H62A 1Q6QA 2BX7A 1GG0A 5K7JA 4JTIA 3TQVA 3ABOA 2TSYA 1WA3A 3LM7A 4FX7A 3NOEA 2CZFA 4I7VA 1TPUA 4O54A 3GXPA 5K4ZA 2ISSA 2A21A 4IQLA 5D30A 4Z1CA 1I2RA 3LGEA 3FIGA 2AAMA 4DF1A 4MFEA 4XBSA 3EWXA 1W3NA 3MI6A 2ZDRA 1FWSA 1R30A 4POCA 3T55A 3MI3A 3TW6A 1P1XA 3EXTA 4JTLA 5E93A 1SZEA 3NPXA 3NQCA 3OVQA 3A22A 1F6KA 3M5VA 2EKCA 3N9SA 1WBJA 3B04A 2Q8LA 4KWVA 3QMSA 1IIGA 3BLFA 3HGRA 2VEIA 1QNVA 2C6QA 3TDFA 5AYZA 4K38A 4QIUA 4N9BA 3C4UA 1Z44A 2A2IA 3NQ8A 3TA6A 3QQ0A 2Q3RA 1I45A 1SZGA 5DXYA 1TJRA 3QYQA 4JDBA 4OWGA 5TBOA 5C5YA 3A23A 3MHFA 1DHPA 2PC4A 4M5PA 4HNTA 3N19B 4NX5A 1KM2A 3WJSA 1T99A 1TTPA 5D05A 4GJ1A 4U4MA 1JVNA 2VFDA 3LI0A 4DBEA 4A22A 1MEHA 2P0OA 2RDUA 2X2GA 2E6YA 2H6RA 4NNAA 4ZQNA 2W6RA 4PCFA 1R2SA 4MYAA 4LC8A 3W2NA 2AGKA 2RDTA 1HG3A 3IIPA 3NGJA 2RDWA 3BGGA 1GOXA 5HWMA 4PL1A 3W2KA 1H7OA 3S5NA 1KLYA 1UJPA 2ALDA 3TE9A 3THQA 4DO4A 1YDOA 2YW4A 3O05A 1ZCOA 2WNQA 3S0CA 2Y62A 4FXSA 4UMBA 4O11A 1VLWA 1JCNA 2Y85A 1KBIA 4O12A 2HTMA 1BEUA 3W7IA 3WK2A 2FB2A 4N02A 1F76A 3HF3A 1WX0A 4CNOA 3G0UA 3V75A 1H50A 3M1ZA 4O28A 1G6CA 2Y7GA 4MUZA 4LNYA 5F4XA 3QPZA 3HOJA 3ATZA 1N8FA 2ISVA 1FBAA 4L4MA 4MZ1A 4MY1A 1LLWA 4ZQCA 4GUJA 3W87A 1A5SA 3W2UA 2DZSA 1GWJA 4IMEA 3P61A 3M5YA 3PM6A 4H6KA 1TRDA 1Q45A 4LC6A 3QPYA 4NXSA 5C55A 4IMFA 5KTLA 3DFSA 2QDGA 3S8HA 2V2HA 3W7OA 4M7SA 3W1XA 4ADSA 1PS9A 4S1FA 3TH6A 5C6MA 1ICSA 3IVSA 2ZZ5A 2Y7DA 3DFQA 5FI8A 1GT8A 4IPIA 1K7EA 1TJPA 3SGUA 5LNRA 3O6DA 3OEXA 1QWGA 3Q58A 3W7JA 3LHVA 1H7PA 3T4CA 4AH7A 1RPXA 4LWWA 2E1DA 3W7HA 2ZBTA 1FDZA 2A7NA 2OJPA 2GQ8A 4O1DA 1U5JA 3VE9A 3SJ3A 2OCZA 2GUUA 3SZ8A 2C0AA 1A5AA 3M9YA 5J5DA 1KM4A 1JULA 1NSJA 1PCKA 1FCUA 3MW7A 1VJIA 3GVGA 3LBCA 1OFQA 2NUXA 1QO5A 1K03A 1KW1A 4IOTA 3UPWA 4WUIA 5FESA 3F03K 4AXKA 1RD5A 4XTIA 4EIVA 2B7NA 4PTNA 5E0KA 2DP3A 4DPQA 4LRSA 3HG5A 3R8RA 4DQWA 1FY6A 3LCGA 3GZ3A 4ORIA 1LRQA 4UTIA 5L9FA 5D37A 2QCDA 5LNSA 2OMAA 3O16A 2J24A 1KFLA 5D03A 5AHMA 3NYZA 2DU2A 3NNTA 3E96A 1MXSA 4UC5A 4JEQA 4UTTA 1X6UA 2C15A 1GVRA 1F2JA 2ZRVA 5F2GA 1R2TA 4LUJA 2J27A 3JR2A 3L2IA 1MEIA 3GXTA 5A8GA 5IM51 4RZ6A 1SZNA 1ICQA 4O17A 3MMTA 5H91A 5BOOA 2VEMA 1W54A 3VKJA 1D3HA 2VEKA 4FNRA 2J9ZA 4EF8A 1FCBA 1UBSA 3M47A 1OJXA 3EEGA 3PVFA 4LS0A 5K3VA 4UIOA 2ATMA 1W1ZA 4I9AA 1EX5A 2CLEA 5HR7A 3C2VA 3NQAA 4Y9AA 2EAWA 3T7VA 3EX1A 4IPJA 1Z42A 1Q3NA 4XTDA 2HMCA 5LKYA 3CEPA 5F4WA 3DBPA 2ZZ3A 3P81A 3KVJA 2A5HA 2BWGA 2EF9A 3NQMA 4WOZA 1TPDA 2BLEA 5AHFA 3TIMA 1JCJA 1G4EA 4O53A 1WV2A 5HULA 4C1KA 1JCMP 3B0UX 3ATYA 4UCGA 4MKNA 3QH2A 4LTSA 3U8GA 3LDVA 3UWZA 2O7QA 4QISA 5HINA 1LRTA 2D73A 1QO2A 1ONRA 1VHCA 1XBVA 5HMSA 1DQXA 2V5LA 4MJZA 1W31A 1F5ZA 4LS2A 1OHLA 4UTWC 2W79A 4O8RA 3LCWA 3IEBA 1K02A 3TAOA 3U6WA 4NUWA 3NPWA 3NQ2A 2BTMA 2QR6A 3CU2A 1MO0A 1OX5A 2WSYA 4ORMA 5CPNA 1LROA 1YTKA 4WJEA 2FIQA 1XBXA 3O6YX 1LOLA 4BR1A 4UTKA 3A24A 3HGJA 1GG1A 1IXNA 1QMLA 1ZNNA 1JCLA 3G0XA 3IIZA 5KZEA 1OG0A 2QCEA 2VFFA 3TXZA 3IRDA 4UFLA 4UFJA 3MP4A 2FB3A 3S6DA 3FLUA 2DZXA 3BW2A 2FPYA 3THAA 2WNZA 3RK8A 2V5BA 3MBDA 2V0TA 5AHEA 2YSWA 1J4EA 3O63A 1UUMA 3BARA 3WJXA 2G95A 1LORA 1KFCA 4G1KA 3KXQA 4HHPA 2QUVA 1H7WA 2FJKA 3UWWA 3W23A 5G2IA 4O57A 2ZTJA 1K8YA 4BWLC 2E77A 2JKPA 3KOFA 5D04C 4K8EA 5D2WA 3UWQA 2QF7A 1R47A 3TW7A 3P82A 2QCLA 1OFEA 1IXPA 1AL8A 2YCEA 1O5XA 3IVTA 1FWRA 1JUKA 1SO6A 2ZZ1A 1S5TA 1N55A 4DXVA 2Z1BA 4ICNA 1FDYA 3E49A 3F1QA 4QM1A 4QJ1A 3FKKA 4FX8A 5CSSA 4AHOA 1U83A 3W1TA 1NAL1 3DHFA 2GVJA 3LHUA 4AMAA 1KA9F 1LOSA 3FEMA 4E0CA 4GNJA 4JTSA 4HT3A 1AG1O 3C8FA 3U2OA 3NZRA 4CNNA 3DFOA 4BI7A 3BLIA 1QAPA 3N34A 1J2WA 1UASA 1GQNA 4TU1A 1SZFA 2CLMA 4MZ8A 4FEZA 2H3BA 1DQWA 3NQVA 2WSRA 1V7YA 3G8EA 4XUGA 1WAUA 3GXNA 3DGRA 1W37A 3MUXA 5AYYA 3GAKA 4S2BA 4OV4A 1SW0A 1VYPX 2VENA 3JS3A 3CC1A 3DFPA 4ONVA 3LRLA 4EOUA 1GZGA 2A7PA 4R53A 3LCLA 4JR5A 4JYEA 4M6QA 4QNWA 3W1MA 3M44A 2GPTA 1TQXA 2Z2UA 3A21A 1TPC1 4FF7A 3I65A 5LSMA 1P0KA 3W7NA 1OYBA 2FTPA 3QFEA 2WOQA 4RK8A 3NQDA 2NXGA 4JX5A 3I6RA 2E09A 4FXRA 3MJYA 3L66A 8TIMA 4GUIA 3R89A 4JDYA 2C1HA 1QPQA 3NQ6A 2TMDA 2TYSA 3FYPA 4BI6A 1LP6A 3OA3A 4FNPA 1LDCA 2G5WA 4AF0A 4J9JA 3PUOA 4GWEA 3W7EA 1Q6OA 4Z1DA 1JQXA 3PULA 4GRSA 1X7FA 5I3HA 3SSJA 5CSRA 5D2YA 3M5XA 4E2BA 3VFLA 1HO1A 1KTCA 1YYAA 2BXVA 2QCDB 2QCNA 3MI2A 4JY8A 4N9EA 3CWNA 3L68A 3I7SA 2JKEA 2VFIA 3P5YA 3W71A 3W2MA 1EWDA 3G1XA 4IX2A 4ZZ9A 3GYEA 4X22A 3ELFA 3MBFA 1GVFA 2ZRZA 3QRHA 4LVGA 5G4EA 3RU6A 1S5VA 2NX3A 3M5ZA 1P5BA 4GXMA 3N2XA 1KM6A 4N6FA 5EL1A 1TYGA 1YXDA 3DENA 2X1TA 1KBJA 3RMJA 1A5BA 3HIJA 4R7JA 1OFAA 4PFMA 4ML9A 3AO0A 3W7LA 5L6UA 4HN4A 4LVBA 2QJGA 2V2CA 3L21A 3DH7A 2OZ0A 5LZLA 5CZJA 3FA5A 2GQAA 4H3DA 1TPB1 5LGZA 5AYXA 3ZR4A 1Z48A 4PL2A 1M7OA 1GTHA 1H7RA 3C3NA 2JGYA 3KVKA 5HWNA 1FCVA 2NV2A 2YFOA 3P8IA 1NF7A 1PE1A 3IIVA 2V30A 1OYAA 3P74A 3GNDA 3W88A 1IIHA 3W2LA 4UTWA 4DO5A 1PIIA 1C29A 5AB3A 1VH7A 3GNNA 3EWUA 5HUPA 3AJXA 1H61A 4KFNA 1GVSA 4YMZA 2E6DA 3C52A 2ZA1A 5FEZA 3W85A 4Z0JA 4NT0A 2DZTA 3WK0A 1OFRA 3QM3A 2B7QA 1M6JA 5EYWA 5G5IA 3NL3A 3LCXA 2H90A 1XDLA 1ML1A 3Q94A 2JBMA 4BI5A 5K9CA 1OK4A 1XFBA 3S1XA 3LLDA 1XUUA 4JS3A 5D02A 2A6LA 1VCVA 3E02A 4IX0A 2NWSA 3KAOA 4MJMA 3B0VC 4O18A 5EMUA 2EPHA 3P8JA 3YPIA 1K7FA 3DXIA 3TK7A 1EA0A 4JN6A 4RR4A 4EVZA 3DI1A 2ZZ2A 4LVAA 1B3OA 2A85A 4CLMA 1UUOA 5D09A 1LRNA 4JIPA 3FS2A 2E6FA 3G24A 4Q32A 5D2TA 3HBLA 4FIRA 2FQIA 4UNLA 2DJLA 7TIMA 3TROA 1SO4A 2DZPA 1ZJIA 1RQEA 5K2ZA 2ZA3A 4O1BA 5FF4A 2DZUA 3A5VA 2WQPA 1VQTA 3SI9A 3TNOA 2LLEA 3WJZA 1JCYA 4JTEA 3RLUA 3R13A 4PC8A 3W76A 4DBDA 4TR9A 3CM4A 4JGDA 2BSLA 1PHQA 3DFNA 2V8ZA 1W0MA 2VELA 5I3JA 2YFNA 3OHIA 3HG2A 1KV5A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2B7P A;  3CUX A;  3OZY A;  2CFF A;  3EPM A;  2G8Z A;  3A3X A;  3AFB A;  1W5N A;  4ECL A;  4S3B A;  3VGF A;  3LHW A;  3U2E A;  5A6L A;  3S2N A;  3H53 A;  4IFK B;  3W01 A;  3VDA A;  3A13 A;  2JE8 A;  2PP0 A;  2CPU A;  1A3W A;  2DVT A;  3K1D A;  1KGW A;  2EPN A;  3B05 A;  3NYD A;  5JUV A;  4BWL A;  4K8H A;  1LQ0 A;  3BGA A;  4K6A A;  3W81 A;  1W32 A;  2EPK X;  4Z1B A;  4QQ3 A;  1I8J A;  3G1A A;  4FO4 A;  5FJU A;  5FL1 A;  1J12 A;  3BAI A;  4L6O A;  2VX5 A;  1JCX A;  4FXJ A;  2VVN A;  2OZT A;  4MLJ A;  4K7Y A;  4TUF A;  1RBO B;  4Q8V A;  3MHU A;  4F40 A;  1UP3 A;  3LUT A;  1XRV A;  1GOW A;  3SCO A;  3K8K A;  2FGZ A;  4MB1 A;  4XO6 A;  4PH6 A;  4XSM A;  5AHI A;  1MZH A;  4JXC A;  4ZL1 A;  2R14 A;  3KFT A;  2WAG A;  3R0U A;  2VX4 A;  4DXX A;  1OGB A;  1Q7M A;  4XD6 A;  3SM0 A;  5HJY A;  3NXL A;  1RA0 A;  1E0V A;  4C6O A;  3UJE A;  1FHL A;  5G2W A;  4W85 A;  1VBR A;  3TAK A;  3W72 A;  1MYR A;  4QDP A;  4NZ1 A;  1H09 A;  4ZQR A;  3S3G A;  4LVD A;  4PE8 A;  4HZ6 A;  1EJV C;  3QW3 A;  1C8Y A;  1EC7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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