3V1P | Genus

Total Genus 83

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAAGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	83
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-12-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3v1pA00

4OV4A 4ICNA 1Q6OA 1LRQA 4UMBA 1QO2A 3P62A 3NQMA 2RHGA 2O7QA 5AHIA 1AW1A 2A85A 4QSHA 5FEZA 1T96A 3MP4A 3NZRA 2YR1A 3C0JA 2E1DA 1FCQA 1KTCA 1P0NA 1VCFA 3I65A 1H51A 1OFAA 3KAOA 2G5WA 1KFKA 1TV5A 2QDHA 2DP3A 1QCWA 5CG7A 1IGSA 4RK8A 3AJXA 1LRNA 2H3DA 3SFKA 3QSTA 1OK6A 3PAJA 2ZTKA 3C56A 4N4PA 3TV8A 4JX4A 4GJ1A 1PS9A 3QMTA 4NX5A 4Y6GA 2HMCA 2C1HA 4LVAA 3YPIA 1GWJA 3HG3A 4K38A 3PG8A 4IQLA 5HMSA 3FKKA 4NNCA 4QQ3A 4M7TA 5AHNA 4OQVA 4LTSA 4GUHA 1IXPA 3WK3A 5L9FA 1G4EA 3W83A 3C2VA 4AHOA 3NNTA 4JR5A 1JCJA 3G1DA 1KFCA 3W87A 1SSGA 5C55A 3MI2A 4JNMA 1OX4B 1CW2A 3WJXA 3OVQA 1ZENA 1M7PA 2Q8LA 3IGXA 4E0CA 1XKYA 4ZQPA 3PBWA 3W7KA 1P5BA 2QCNA 1DBTA 3FS2A 3LBCA 3SZ8A 4IWWA 3A23A 4FB7A 2Y88A 3UWUA 1AG1O 3QRHA 2WOQA 3OEXA 3HG2A 2E6AA 3M16A 3STFA 1N55A 2ZRUA 3G1VA 3I6RA 4TMBA 2VEMA 4P2VA 4C1LA 3G0SA 1LRTA 3MHFA 2FPVA 1MO0A 4QJ1A 2WNZA 1OABA 3LRLA 3NR0A 2ZYFA 2DZWA 3UZJA 4S2BA 2R94A 2VOMA 1QDSA 3ABQA 5L6UA 1KLZA 2FDSA 4UCGA 1TV8A 3MJYA 3PVFA 3RLUA 4UTLA 3G1XA 1HG3A 3HG5A 4I7VA 4KFNA 3CEUA 2YSWA 4U4MA 5AYYA 3KFTA 4UXDA 3TU9A 3HBLA 3CM4A 2NXIA 5HJLA 3N14A 3SJ3A 3TJLA 1W3IA 4N02A 3N2XA 4EOUA 1X7FA 3P61A 4H3DA 4UNLA 1LOSA 4LY8A 1ZAJA 5FEXA 1JCLA 3SSJA 1YTDA 2TRSA 5EL1A 3FKRA 5J5DA 1FDJA 3B0VC 4LV4A 3W7GA 3VI2A 4XBSA 2QUUA 4OU1A 1RVGA 3DZ1A 1XC4A 4AWUA 1JUEA 4HN4A 2AAMA 2C6QA 4O28A 7TIMA 2QCLA 1VGAA 4S1FA 3TAKA 3USBA 4MFEA 1RQEA 3GNDA 4MYXA 2QUTA 3G3DA 1P0KA 1TPDA 1I4NA 1XBVA 4WQ6A 3TA6A 3LTYA 1YXYA 1GYNA 4UMAA 4EF8A 4KWVA 3G1HA 1WBHA 1FWWA 4UTHA 1LORA 2J9XA 2VFIA 2WSYA 3GX9A 4GUFA 3F1QA 2JGQA 5K7JA 1H7WA 1VR6A 4O17A 1S5TA 5FF7A 2NX3A 2DZPA 1VLWA 5DXYA 4I7WA 3VFLA 2TYSA 4MIMA 2QJHA 3TAOA 1TB3A 1I2PA 3G3MA 1LBFA 4K37A 3BPWA 4JTJA 3U8GA 2Z1BA 3M5ZA 3T40A 1Z42A 2QR6A 4CCEA 1DHPA 2H6RA 3KVJA 2QCCA 1PVNA 2QJIA 1Y0EA 1SU5A 2VENA 2ZZ6A 1GJPA 4ML9A 4JY8A 4Y90A 1FWTA 4BWLA 4WX2A 4OWGA 5LNSA 4WY0B 4N6EA 5C5YA 3GDMA 2NX9A 3KX6A 5C2XA 4LT9A 3LLFA 1GZGA 3M5VA 4DEFA 3CIXA 1C9DA 4IPIA 1HFBA 1QOPA 2PRHA 3W84A 4UTUA 4FF7A 3WJSA 2ZRXA 1VC4A 1B4KA 4LVBA 3W07A 2QF7A 3A9IA 2ZRWA 3R89A 1DL3A 3KOFA 4Z1DA 2P1FA 3MYOA 4KFOA 1O60A 4MVAA 3S5OA 4YMZA 2DZXA 4IJBA 2RKXA 5CSRA 4UR8A 1FCUA 3I7RA 4LRTA 3VKJA 3ELFA 4AWTA 3QPZA 1RPXA 3L0GA 3CPRA 3S8HA 3NL5A 1KLYA 3PG9A 3LRMA 2JGYA 1TJRA 4I7UA 3TK7A 1YTEA 3GDLA 4EWND 3M5XA 4MZ8A 4RZ5A 1HTIA 2X2GA 3L21A 2DZVA 1OJXA 3TFXA 4LNYA 3V1PA 2ATSA 3DAQA 4DPPA 2WKJA 4M19A 2NUYA 4JDBA 1XUZA 2VFFA 2OCZA 2VKZG 4NXKA 5I3KA 3M9YA 4RR4A 1LTDA 1R2SA 1ZAHA 4TMCA 3SR7A 2VEKA 3FEMA 5F4SA 4BK9A 2V81A 3B05A 3DU0A 1WX0A 4LVFA 4JTFA 2A6LA 1KBIA 1UJPA 2YFNA 1SW0A 2AGKA 1Z48A 2Z6IA 3IIOA 2PCQA 3Q94A 4WY0F 4DXVA 3LBMA 3FOKA 3UY7A 4MZ1A 4HKPA 4PL2A 4XTIA 3W71A 4NJJA 3L5LA 3W7CA 4GNJA 3M6YA 3T55A 3O05A 3G8EA 1KM6A 1Q6RA 2YGYA 3QW3A 4JS3A 5LHEA 1FX6A 4WUIA 2I1OA 4UFIA 1WOBA 4IMDA 1OYBA 4ORIA 3T78A 5F2GA 3LXCA 4FIQA 1HL2A 2ZRZA 5TBOA 2DZSA 2Z0IA 3W6YA 3G0XA 2ABBA 1JQXA 2OT1A 4A29A 1LOLA 3DFTA 4HNUA 2CZ5A 2QEZA 4DF2A 3PB2A 5HULA 6ALDA 3V75A 3W1PA 4ZL1A 2WSQA 1KV8A 4QISA 3DHFA 3UNDA 2YW3A 4UTWA 2QCEA 4NT0A 2HS6A 1AW5A 1FCBA 3LCLA 2RH9A 1TTPA 2QAPA 1QAPA 2GJLA 1N8FA 3GNNA 4A2SA 3GAKA 1VPXA 2WV8A 3LV6A 4FXRA 1BKSA 3EX1A 1GVFA 2NWRA 5D2TA 4CLMA 3NQVA 1GOXA 3S1WA 1F2JA 1KA9F 2DZUA 1TTIA 4JD4A 4ZQRA 4HIBA 3NQEA 3W2LA 1VYPX 1K7XA 2QKFA 2A21A 2Y70A 1IIGA 5C54A 3IIVA 4X3ZA 3NYZA 1T8XA 4O50A 2YDAA 3QFEA 1PL9A 1QPRA 3P82A 3S0CA 3MHGA 1RD5A 1WA3A 4MPQA 1VQTA 3PUEA 5AHEA 1H63A 2J24A 4FNQA 1VJIA 1FWNA 2YPIA 5EPDA 1LP6A 4QNWA 5LHFA 3HIJA 1NF0A 3W7PA 3O07A 5IBXA 4UNKA 3QYQA 3STEA 5U4NA 2V82A 2X1UA 3TW7A 4OBTA 2TMDA 3RFAA 2VFDA 1YLVA 4MY9A 1W5NA 3GXTA 4Q32A 5HQEA 1IIHA 3BW4A 2YW4A 3VE7A 3IIXA 3QF0A 5CZTA 3E02A 3TSDA 3GIYA 3DKLA 4TO8A 5HWMA 2E6DA 2E5CA 3PC0A 1LLZA 2WJZA 5E1QA 4HPXA 1JQVA 5EYWA 3IEBA 3H54A 1EUAA 4MFDA 4AWSA 4JICA 3NAVA 4PODA 3TMQA 1GQNA 5KITA 3MO7A 2GUUA 1QNVA 5CZSA 1JR1A 3UPWA 3BV4A 3E49A 4NVTA 4N2YA 4EF9A 4FNPA 5CPNA 2YYUA 4RX0A 1Z41A 5K3VA 3OIXA 1JCYA 4GUIA 4RZ4A 4XBKA 1TPWA 2YFOA 4FHAA 4HSNA 3PBVA 4ALDA 4O1DA 3MP3A 4UTIA 1JJKA 2BTMA 2QCMA 2NX1A 3P5ZA 1GG0A 3PR2A 4UFKA 5HWNA 2WPBA 3GB6A 2ZZ4A 4UFJA 3CU2A 3W76A 1ZCOA 4JTSA 1CI1A 2G95A 4NX0A 3SI9A 3O6YX 4GBUA 4O1BA 5D2WA 4JTTA 4IMEA 2YXGA 3G1YA 4ADUA 4YL2A 1PE1A 2Y62A 1H7RA 3LCWA 4AHQA 4S2CA 5E93A 1OVDA 3QPYA 4N9EA 3WJZA 3LXBA 3CB8A 4PH6A 3SECA 2W79A 4XKYA 1WQ5A 3DFSA 3LOTA 3MUXA 4ONVA 4X2RA 3UWWA 4CCDA 3P67A 4FXSA 3UWVA 4M6PA 2A0NA 2WSRA 3EB2A 1W31A 1KM2A 2OT0A 4DQWA 3Q2DA 2FIQA 3LXAA 3UXAA 3PBUA 2FQIA 5K4ZA 4G1KA 2A6NA 1H60A 5G2IA 3S6DA 5D30A 3JS3A 4NZJA 5GVJA 1EA0A 5EY5A 1SFLA 3S5ZA 5BRBA 2FB3A 3M5YA 1SPQA 2C3ZA 1KM1A 5LNUA 3HPSA 5CZJA 4XTDA 1A5AA 1OFQA 4L4LA 4CQ8A 2AQWA 4XQ6A 4H6KA 2QAFA 1LCOA 1W56A 3WK2A 3LV5A 2RDTA 2QUVA 4A2RA 4AH7A 3TFCA 1U83A 1FCVA 5LGZA 4R34A 1JRCA 5D32A 1ZHAA 4FIRA 1GTHA 1R2RA 3RLVA 4NUWA 1KTNA 1DORA 3SW6A 3W1LA 2JBMA 1TJPA 3KRUA 2VFHA 5D02A 3P5YA 2ZZ1A 2D73A 1K02A 4ZQMA 3ZR4A 5EA9A 3TXVA 5E0KA 5G1TA 3HGRA 2RFGA 4A21A 3EX4A 1W37A 3FYOA 1BWLA 2GQ9A 1F7BA 3TCEA 1XFBA 2V8ZA 1Q45A 3JR2A 2JKAA 4K8HA 1DQWA 1EEPA 3B4UA 1G67A 1TCDA 2H3BA 5AB3A 3QQ1A 2Y63A 1YDNA 4O14A 3P74A 4X9SA 2E77A 5AHMA 1H62A 3B06A 3O63A 5EKYA 1W1ZA 2P0OA 2NUWA 1TTQA 5D2YA 1DJNA 1M6JA 3L5MA 3W75A 3KHJA 2XN1A 2QCDB 2E09A 1E51A 3HGOA 4WXZA 2WQPA 1A5BA 3NEVA 1L6SA 4M5PA 4O4WA 1PHWA 4BF9A 1Q6LA 1JCMP 5FF0A 2J88A 2C18A 3GVGA 1MZHA 3HMJG 4WOZA 1XBXA 3R5EA 3CHVA 3NQ8A 3DXIA 3W2JA 4GWEA 1FWRA 3CLMA 1V7YA 3LHWA 3MHUA 4MOZA 4DBEA 1G69A 5BOOA 4ADSA 4Y9AA 3W7DA 4P61A 4WZHA 4HPJA 1H1YA 1NFBA 3EWWA 1IXQA 3A24A 4NJHA 3GLCA 3F4WA 4IXHA 3LHZA 1SW3A 5D38A 4RCXA 1D3GA 1WYIA 4HNTA 1KW1A 1SO6A 5F1UA 3W1AA 2DZTA 3HOJA 3S5YA 4KKXA 2DJLA 3BW3A 4NJGA 1H5YA 5BW6A 1F6KA 1UCWA 1O95A 1SW7A 4K7YA 1OX6A 3THQA 5LSMA 4TU1A 1LLWA 2I14A 1F74A 4IMCA 4POCA 5KSWA 3Q58A 3L67A 2VELA 3LDVA 1ZNNA 3C6CA 3HPXA 4D2JA 1VZWA 1TPEA 2PE4A 4DO6A 3HG4A 4AF0A 2IQTA 1QOQA 4IX2A 2BZNA 3G22A 2B7QA 4ZVJA 1W3NA 5F4WA 2J27A 3BG9A 4Z0SA 2HSAA 2Y6ZA 2Z6JA 2DJXA 2ISWA 5IBXC 4UMCA 1K8YA 3IIZA 3L2IA 4UFHA 4YWIA 3TKFA 3B8DA 1OYAA 4FNRA 1SO5A 3TXZA 4ORMA 1R46A 1YDVA 3IVTA 2TSYA 3NQFA 1TPUA 4JTUA 3CC1A 2J6XA 3NL2A 1NSJA 3BVJA 2E6YA 1S5WA 1X1ZA 5DBTA 2GVLA 2R8WA 1L6YA 3FFSA 4HSOA 3KXQA 4R53A 3MI6A 4HT3A 3ZWTA 3L65A 3TR2A 3N73A 1QPOA 2OX1A 4IUOA 1TRDA 2NV2A 1VHCA 1G4TA 3FLUA 3EKLA 4Z0JA 4UTKA 5DELA 3LHTA 1AMKA 1J2WA 2GQAA 2OZ0A 3B04A 4PEKA 3CEPA 3UD6A 4CCCA 3KVKA 3LLDA 1C29A 4ZMGA 4NNAA 1W8SA 2HTMA 2QJGA 2V2HA 2Y7GA 4OT7A 4XWUA 2YX0A 3BLFA 4LOCA 1OFPA 3TNOA 3MWAA 2H8XA 3MBDA 1NAL1 4WJEA 2JKEA 5A8GA 1F6PA 5BMXA 1TO3A 3NO5A 2ZZ7A 3LERA 1LOQA 4E38A 1ZFJA 3OHIA 1THFD 2V2DA 2EAWA 3OG3A 2KZHA 5C6MA 3W1MA 1DKWA 1EX5A 3T4CA 3UWQA 5DLCA 2ZFAA 2ISSA 1TPFA 3DENA 3OVRA 1MEHA 3U6WA 3E96A 5I3IA 3TSMA 1JRBA 1WXJA 4UTTA 3F4NA 1XM3A 2G97A 3E12A 4K6AA 4CQAA 1PCWA 2C14A 1EWDA 1EUNA 3L5AA 3P60A 5DCDA 1RV8A 3TE9A 2YCEA 2EPHA 2FTPA 2C19A 5K9XA 1A5CA 4RV8A 2EKCA 3NVTA 5FF4A 1ZALA 4CNPA 4JIQA 1X1OA 2ZDRA 2DU2A 1OYCA 1ZJIA 4IPJA 3M41A 4LVGA 1GVOA 3O6CA 4UTMA 3LHUA 4AEOA 1M5WA 4OV9A 5D33A 2CLLA 3F03K 5KTLA 4O54A 4LRSA 2EF9A 4QITA 4XZ9A 3A21A 3U2OA 4FO4A 3TC6A 3N19B 1BWKA 1C8VA 2A2IA 1ME9A 3UQNA 1L2UA 1ICPA 1JUBA 3SIZA 2J9YA 2CLIA 4N9CA 1S3HA 1X6UA 1IXNA 1KM5A 1OF6A 4DPQA 4BI5A 1PHQA 1OFEA 4LWWA 1XBYA 2CLMA 3TH6A 4LC6A 4E2DA 5AYZA 3GDTA 2BWGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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