3V2WA

Crystal structure of a lipid g protein-coupled receptor at 3.35a
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
456
structure length
442
Chain Sequence
SDYVNYDIIVRHYNYTGKLNISALTSVVFILICCFIILENIFVLLTIWKTKKFHRPMYYFIGNLALSDLLAGVAYTANLLLSGATTYKLTPAQWFLREGSMFVALSASVFSLLAIAIERYITMLKNNFRLFLLISACWVISLILGGLPIMGWNCISALSSCSTVLPLYHKHYILFCTTVFTLLLLSIVILYCRIYSLVRTRNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYASRSSENVALLKTVIIVLSVFIACWAPLFILLLLDVGCKVKTCDILFRAEYFLVLAVLNSGTNPIIYTLTNKEMRRAFIRI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Sphingosine 1-phosphate receptor 1, Lysozyme chimera
publication title Crystal structure of a lipid G protein-coupled receptor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 151
structure length 442
sequence length 456
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-12-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
A PF00001 7tm_1 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3v2wA02
1.20.1070.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins 3v2wA01
181LA 1CX7A 3OE0A 5H2MA 4W53A 226LA 1QUDA 1X0I1 171LA 1JTNA 1L31A 1PY6A 2B73A 2NTGA 4UG2A 2RBSA 3C8QA 1IW6A 1C64A 3VW7A 3C82A 1D9WA 107LA 1L51A 4PJZA 2Y04A 234LA 1LW9A 1PQIA 1L61A 5B6VA 1JGJA 1S51A 5AX0A 2ANVA 166LA 3K2RA 3PQRA 1Q5IA 1SWYA 1C6QA 122LA 249LA 4FA7B 4G7RB 109LA 1L38A 260LA 1XMEB 232LA 3RZEA 215LA 1C67A 1L24A 2RBQA 4GP4B 1L43A 4EPIA 1PQKA 2OE9X 1QKOA 230LA 4XXJA 235LA 1L15A 4I7MA 240LA 5BR5A 3C80A 1LN6A 4EPFA 4UHRA 1L80A 2Q9EA 1L01A 4W54A 1VJMA 222LA 2I1XA 1L11A 4EXMA 1LYDA 3CAPA 1CU3A 1L48A 1L68A 3HDFA 1L04A 239LA 1L35A 3HUQA 167LA 4EJ4A 255LA 241LA 1FBBA 1L32A 5B34A 1BRRA 1LI2A 5BR2A 1OWZA 4OO9A 253LA 1L36A 4I7JA 4XT1A 5ITEA 3NY9A 1OV7A 4NC3A 3VI0A 1KGBA 1OVJA 1L72A 1IW9A 4LZMA 3CDRA 3FA0A 158LA 1LGXA 3GUKA 1C8SA 248LA 1PQJA 2B6TA 4I7QA 5JJJA 2CUUA 2B75A 3QJRB 4BVNA 1CU6A 2HPYA 5B0WA 1D3NA 1L46A 1QSBA 2HULA 1D2YA 2I35A 1X0K1 5AX1A 1M0KA 3GUJA 5ETZA 2L78A 3OE9A 1L03A 258LA 1S8LA 1HZXA 5EN0A 2ANXA 3GUNA 1L63A 1IXFA 1C69A 2NTHA 1C65A 2RB1X 4BWBA 1KY1A 2OEAX 4EKQA 4EKPA 2OTZX 1T8FA 1P2LA 1C6IA 2NTUA 5H2HA 4LDOA 5C1MA 5TGZA 3QJUB 1QT5A 259LA 223LA 111LA 1GU8A 3DMVA 5B6ZA 1C6JA 1L73A 1G07A 186LA 236LA 3UTXA 1L54A 3X3BA 1DZEA 2LNLA 4X31A 3PBLA 1BRXA 4QIDA 1O0AA 1QSQA 4GP8B 146LA 1C6HA 1L08A 1C66A 4I7NA 1QS5A 176LA 1C62A 251LA 163LA 1QTVA 1C60A 1CTWA 233LA 5H2KA 5B6YA 4HWLA 1C6GA 148LE 155LA 1K28A 1LLHA 4FAAB 5B2NA 2R4RA 164LA 1QTBA 1L10A 2F32A 1B6IA 3C7WA 3F9LA 1XJTA 1L66A 2KSYA 4AQNA 1P3NA 2B70A 2RBPA 1L20A 2HUMA 4I7LA 192LA 4A4MA 5AHYA 3NSBA 2KSAA 4I7PA 201LA 218LA 4YXAC 1P37A 4GPOA 2EI4A 1CV6A 5A8EA 6LZMA 131LA 1UAZA 1CUQA 1L39A 1F88A 1C6AA 199LA 1QTHA 1TN0A 1L69A 3QJTB 2ZZLA 1SX2A 2OU8A 189LA 2B6YA 3ODUA 2RBOA 4EKSA 1G1WA 2OU0X 4KLYA 3HH6A 1PXSA 228LA 3F8VA 1EHKB 1L9HA 4BEZA 160LA 4Y9HA 2OU9A 2LC9A 5A45A 5G2CA 3REYA 3QAPA 5DYSA 3S8GB 216LA 1L0KA 4W57A 205LA 252LA 1JFPA 2M3GA 2YCXA 175LA 1C3WA 1E0PA 1GUEA 5H2JA 103LA 1LYGA 1L96A 3SB5A 244LA 2F93A 2R4SA 1PQDA 1QKPA 1LI3A 1P2RA 3HDEA 1L26A 1L76A 3G3VA 1LYEA 1SSWA 198LA 4BUOA 4EKRA 2WJLA 4X1HA 1P6YA 173LA 1U19A 1C6TA 4W58A 4IB4A 1L62A 3SB7A 1AT9A 4GBRB 5G28A 4I7RA 5H2OA 227LA 129LA 1CWQA 5H2IA 214LA 3LZMA 4G71B 5F8UA 1KY0A 1P46A 1CX6A 1S53A 1L40A 1L34A 4W52A 1C6BA 1AP9A 1G0MA 2F95A 2VT4A 1E12A 127LA 1S52A 2F2QA 5G2DA 1L55A 2B6WA 1L12A 4PXKA 1L57A 2JAFA 1NHBA 2L6XA 4N4WA 5H2NA 2Y02A 1G0JA 1QT4A 1XJUA 4MQSA 3CDVA 2WJKA 2RBRA 4HYJA 1CUPA 1L0JA 2IGCA 3HTFA 4I7OA 4L35A 3HUAA 2X72A 2QPDB 1PQOA 4ARQB 1VGOA 3HT7A 3HANA 2QB0B 1F50A 4FPDA 3FADA 2PEDA 4G70B 5KKHA 3V2YA 3BVDB 3DNAA 1CU0A 3DN2A 2NTWA 4L6RA 150LA 5AWZA 1QM8A 1P5CA 2RB2X 1DYFA 1L00A 3QBGA 1C6DA 1JTMA 5DHGA 3HU9A 1LWGA 3DN3A 1C61A 2YCYA 3VVKA 1L60A 1C8RA 1G06A 1S8JA 2I20A 3QJSB 4ZPUA 1G0KA 206LA 123LA 1L95A 3C81A 3VHZA 4XTNA 1L07A 3HWLA 3NYAA 3SN6R 197LA 4JKVA 141LA 217LA 1ZYTA 4MQTA 2B6ZA 1KG9A 3VGAA 3UTWA 262LA 1JQUA 1LYHA 1PQMA 3ABWA 1D3JA 1L52A 3CODA 2LZMA 4G7SB 1QUGA 1L65A 1S54A 4GYCA 3HAQA 2Z55A 237LA 4W55A 120LA 2OE7X 3CDOA 1JV7A 1DYGA 1R84A 3NS0A 104LA 3DKEX 137LA 3DN0A 183LA 1L44A 1OYUA 5AHZA 3DN6A 1I6SA 1L99A 1L83A 143LA 3SB6A 220LA 245LA 225LA 108LA 2RAZX 5I14A 4TL3A 1L81A 1LYIA 3SB9A 3HTGA 1L59A 3FI5A 3C7ZA 1LYFA 221LA 256LA 3NY8A 1UCQA 180LA 1L90A 1P7SA 4I7KA 165LA 4EA3A 4LDLA 1SSYA 1L71A 145LA 4ARLA 1L85A 102LA 4G7QB 1L77A 4BEYA 3DDLA 2G87A 3L2XA 3COCA 144LA 3HAPA 3HT6A 3HAOA 247LA 2OE4X 3EH3B 3S8FB 1PXRA 229LA 3GUPA 112LA 1QT8A 1L91A 4HYXA 1DYAA 5B6XA 1ZWNA 1OVKA 1QUOA 110LA 1CV1A 3RUNA 119LA 2Y03A 3WQJA 200LA 2BRDA 151LA 159LA 1CV4A 3HARA 3HT8A 1L30A 4QI1A 3D4SA 3GUIA 1CU5A 3C9MA 5B35A 3HTDA 1G0GA 3DN8A 3EMLA 3MBVA 3UTYA 1SX7A 1EPYA 1P8IA 3HASA 4XTOA 1L27A 1L93A 1T97A 209LA 3HU8A 2YDOA 174LA 4MD2A 178LA 1MGYA 257LA 212LA 2YCWA 1L74A 1WTHA 1C6MA 1LGWA 4W51A 5B6WA 1L94A 4ARMA 3AM6A 1FBKA 4GRVA 5G2AA 1L70A 139LA 1L18A 3HH5A 170LA 149LA 1L98A 243LA 2RAYX 2ZIYA 2B6XA 191LA 1LWKA 3GUMA 1L13A 3JR6A 1D3MA 246LA 4ARJA 4QRYA 1F4ZA 4IAQA 1KMEA 1GZMA 2F47A 125LA 1DYDA 2KS9A 1TLAA 2O7AA 2OTYX 231LA 219LA 261LA 4XTLA 213LA 3QAKA 4LDEA 1OWYA 1L14A 4FBZA 1QTZA 1L41A 4IAPA 1QT7A 1QHJA 3RFMA 3HT9A 1M0LA 3C83A 1P56A 2JAGA 152LA 138LA 4S0WA 3UONA 4WW3A 5JJEA 172LA 1LGUA 5H2PA 1CV3A 3UTVA 4X32A 2B7XA 1G0QA 2I21A 3CDTA 242LA 1L16A 250LA 3HUKA 1L23A 1L19A 1QUHA 1KW5A 224LA 2O4WA 1JV6A 1DYEA 1C68A 5LWEA 4AMIA 3SB8A 2QARC 2AT9A 4WAVA 4ARQA 115LA 1OV5A 4K5YA 5FJGA 2Z73A 3UG9A 5A44A 3PWHA 126LA 187LA 184LA 1L75A 1L97A 1P8HA 169LA 1DYBA 1L92A 1G1VA 4I7SA 5G54A 2Y01A 182LA 195LA 1P36A 3ZPRA 168LA 1KW7A 1TN5A 1P8UA 1L58A 238LA 5LZMA 3KJ6A 210LA 4W56A 142LA 3X3CA 1BM1A 2RH1A 2RBNA 3C8SA 4ARPA 4DJHA 4GP5B 4JQ6A 114LA 2Y00A 3G3WA 185LA 3C7YA 3OE8A 3EH4B 3GULA 1C6EA 3SBAA 1L87A 1X0SA 1CV0A 130LA 3ZEVA 3UZAA 1L37A 3C8RA 1L67A 4KNFA 1H68A 3OE6A 1L89A 3PDSA 2YCZA 3OAXA 1C6PA 7LZMA 157LA 3PXOA 1BRDA 1KS3A 1ZURA 1SWZA 147LA 1L84A 3L64A 4DAJA 1T8AA 3S3DB 1L49A 1C6KA 2HUKA 1LYJA 4PK0A 1L86A 3DQBA 4IARA 1QTDA 5AZDA 1L45A 1KG8A 113LA 5ITCA 3DMZA 1L56A 3GUOA 3QJVB 3DN4A 3ZPQA 2O79A 196LA 1L33A 1XIOA 3G3XA 1L42A 2J4YA 3AYNA 4AMJA 1L79A 4I7TA 1DYCA 2Q9DA 3QDCA 1L29A 1CV5A 1KNIA 4JR8A 1R2NA 4J4QA 3S3CB 161LA 118LA 1L17A 1T6HA 5JJNA 1G0PA 1QS9A 3A7KA 1QT6A 2A4TA 4EIYA 3HTBA 188LA 1G0LA 1L22A 1CVKA 4W59A 4OV0A 2LCBA 5G53A 1QTCA 1LPYA 4BV0A 3HH3A 1P64A 3SBBC 2B72A 4YXCA 4N6HA 3DN1A 1XEPA 1C6LA 190LA 1L05A 1L53A 4E97A 2QPEB 128LA 4MBSA 3T45A 1L47A 1LI6A 3P0GA 1T8GA 2B74A 3V2WA 5DHHA 1OVHA 3S3BB 254LA 1L0MA 3DMXA 3AYMA 3QJQB 1QT3A 4MD1A 156LA 1L28A 1C6NA 3UZCA 3QBKA 1D2WA 1L82A 1L64A 3CDQA 4PXFA 1L06A 1L50A 1L09A 1L02A 4XT3A 4DKLA 2KSBA 1H2SA 2ZFEA 1L88A 1C63A 140LA 3EH5B 1CU2A 2Z6BA 3QBLA 1C6FA 211LA 2RB0X 5H2LA 5G36A 1D3FA 3HH4A 162LA 1C6CA 3C9LA 5J7AA 1XJIA 1L21A 4G72B 4ARMB 2YDVA 1Q5JA 4N4YB 3VG9A 177LA 4GBRA 1M0MA 3QBIA 1L25A 4YX7C
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4G49A 1LSMA 1GBXA 3A3QA 1X0I1 1B7PA 1HF4A 3WUMA 4UG2A 4M4OA 4DT3A 1D9WA 4PJZA 2Y04A 234LA 1PQIA 3EMSA 5B6VA 1GF0A 1S51A 3K2RA 1Q5IA 2I6ZA 4FA7B 109LA 1FKQA 4WM3A 5HMJA 1B7NA 4KT3A 2RBQA 2OE9X 230LA 4CFOA 1LZCA 4I7MA 1WQPA 1RI8B 1IWZA 222LA 4NY5A 1MLCE 3CQLA 4EXMA 1LYDA 5KXYA 3HDFA 1L48A 2ZQ4A 2LYZA 1JKCA 1L35A 1LSNA 1LZGA 2DQCY 1YL1X 2ZWBA 5BR2A 1IOCA 4OO9A 3T36A 4XT1A 4Z46A 3NY9A 4NC3A 1KGBA 3ULRA 1CKHA 3CDRA 1LGXA 1PQJA 2C8PA 2B75A 4I8SA 4H9CA 1A4VA 4BVNA 3B0KA 5KXOA 2HULA 1GFRA 4ML7A 5ETZA 2L78A 2LZ2A 1IP2A 258LA 5C6LA 1S8LA 3N9CA 4TTDA 3OK0A 1GDXA 4GN5C 259LA 223LA 111LA 1GU8A 1CNSA 4WLDA 1GBSA 236LA 1L54A 2X0AA 5B06A 2BQDA 1O0AA 146LA 1C6HA 1O23A 154LA 3SP3A 1C60A 3AZ5A 4HWLA 4BS7A 148LE 155LA 3KAMA 1C46A 2KSYA 3TXGA 1RJCB 4NGZA 1B6IA 2BQOA 4I7LA 1L20A 2HUMA 1CJ7A 4A4MA 5LAFA 1LZTA 5A8EA 4P2EA 4NGKA 1UAZA 1L39A 2BQEA 3EBAB 1F88A 1C6AA 2D4JA 1TN0A 1L69A 1SX2A 2OU8A 2XJWA 1HC0A 1LSPA 2DQAA 2RBOA 1KXYA 228LA 5KXRA 3W6CA 160LA 5A45A 5G2CA 5L3IA 3B72A 1FN5A 1XEKA 1LTMA 1L0KA 252LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1L50 A;  1L09 A;  1L02 A;  4XT3 A;  4DKL A;  2KSB A;  1H2S A;  2ZFE A;  1L88 A;  1C63 A;  140L A;  3EH5 B;  1CU2 A;  2Z6B A;  3QBL A;  1C6F A;  211L A;  2RB0 X;  5H2L A;  5G36 A;  1D3F A;  3HH4 A;  162L A;  1C6C A;  3C9L A;  5J7A A;  1XJI A;  1L21 A;  4G72 B;  4ARM B;  2YDV A;  1Q5J A;  4N4Y B;  3VG9 A;  177L A;  4GBR A;  1M0M A;  3QBI A;  1L25 A;  4YX7 C; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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