The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
89
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structure length |
89
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Chain Sequence |
STFEEMALTTFMITKESYSKLKNSVSDVAFNRYLSLYNKYRYFSGKMDTAAYREAACSQLAKAMETFNHNNGNDVLYQPPTASVTTSFL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Viral protein
|
| molecule keywords |
RNA-directed RNA polymerase
|
| publication title |
Crystal structure of the C-terminal cytoplasmic domain of non-structural protein 4 from mouse hepatitis virus A59.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Murine hepatitis virus
|
| total genus |
27
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| structure length |
89
|
| sequence length |
89
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.48: RNA-directed RNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2012-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | DNA polymerase; domain 1 | DNA polymerase; domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VC8 A; 3GZF A; 3VCB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EWE A; 2G08 A; 4QZA A; 2KZZ A; 1UPH A; 2BCV A; 8ICT A; 4KMU A; 4MF2 A; 2V9W A; 2YMP A; 9ICL A; 5KFO A; 3N28 A; 5J2I A; 4JMU A; 3H8M A; 1RYU A; 2DBY A; 4EZ6 A; 1ZQL A; 1WWV A; 3UPQ A; 2I5H A; 4YXM A; 1Z3E B; 3TFR A; 5J2H A; 2VA3 A; 2W8L A; 4CF4 A; 5DQI A; 4OJP A; 2XI9 A; 2ZTC A; 5AHX A; 5K4L A; 1N63 A; 4TUQ A; 3F2B A; 4Y2X A; 4KX5 A; 5J0W A; 5G5H A; 4NLC A; 1SZP A; 3T5L A; 3C1Y A; 1M6Y A; 5J2E A; 5HMM A; 7ICF A; 4RUA A; 4CDG A; 4US8 A; 3MR5 A; 4EEN A; 4DOC A; 2VA2 A; 1S0O A; 1RXW A; 3IHQ B; 4DEZ A; 2Y0S C; 1ZQS A; 1TFR A; 5CR0 A; 2FLP A; 2ZIW A; 3PW7 A; 5ALD A; 4ED2 A; 1SXD A; 3G6Y A; 2YMM A; 2W9B B; 1BPD A; 3H0R B; 4F5P A; 1JIH A; 2E8N A; 4NM2 A; 2IHM A; 5DGB A; 3HPO A; 5L1J A; 4QZC A; 5ALT A; 3N7S C; 4J9Q A; 4J9M A; 4ECQ A; 5AI6 A; 1TV9 A; 3PMN A; 4BX9 C; 3AL0 B; 1UA1 A; 1VLB A; 1KFD A; 5AK5 A; 3QZ8 A; 2DL0 A; 4QZI A; 3KZX A; 7ICH A; 3NTU A; 1SZH A; 1X9M A; 2QAR B; 5ALR A; 3AQF A; 1F0M A; 5IIJ A; 1XSL A; 2KE7 A; 3LK9 A; 2DUY A; 2GWS A; 3E58 A; 4M9N A; 2NO4 A; 3EZ5 A; 3WK6 A; 4RT3 A; 3PX4 A; 4F4W A; 5EWF A; 1K5O A; 1KL9 A; 1ZRM A; 2IOF K; 3C29 A; 3HJE A; 3AM9 A; 3C2K A; 2ZIV B; 1V9P A; 5J0P A; 3SAH A; 4KMO B; 9ICI A; 1OUQ A; 1LVH A; 4KLU A; 4RPZ A; 2PKE A; 3KZI U; 2NRX A; 2EZY A; 5J2B A; 3SEN A; 3BQ0 A; 2K4P A; 1X6I A; 3BDP A; 4K4H A; 4XRH A; 4J9N A; 3H0M B; 8ICS A; 1KEJ A; 3CW2 C; 2ZIX B; 2XY5 A; 3HX0 A; 4P4P A; 1LKY A; 4GC7 A; 9ICN A; 1ZET A; 2E3T A; 3HT3 A; 3Q8R B; 2MUT B; 5KG3 A; 2ODG A; 4BDP A; 1D8Y A; 1Z00 A; 4I28 A; 1SB3 C; 1F5S A; 5ALM A; 2YY6 A; 1X9X A; 4DL7 A; 4O5K A; 1VJ5 A; 2K8A A; 4EX7 A; 1WCN A; 1LV5 A; 3H0L B; 4LJX A; 8ICE A; 1V85 A; 5KFA A; 3GZF A; 5CJ7 A; 5DLF A; 3ETR A; 5KNI A; 2JZB B; 1L7O A; 2OH2 A; 5HHI A; 2BHN A; 4E0D A; 2KKV A; 2EDU A; 2JH1 A; 5ALH A; 3OSN A; 1ZQJ A; 4FS2 A; 3I76 A; 3K1Z A; 4JV0 A; 3EPI A; 7ICT A; 3WKC A; 1KRP A; 4KLH A; 4U6P A; 3MFH A; 4O3N A; 1HIW A; 1ZQC A; 2C2R A; 2AQ4 A; 3KTQ A; 3NUQ A; 5KFZ A; 4UBC A; 1XC9 A; 1WUD A; 3FAH A; 5AI8 A; 3WK9 A; 3RB6 A; 3I28 A; 4I2F A; 5HP4 A; 2Y9T A; 3MR2 A; 4Z6F A; 4RU9 A; 2WB1 F; 4J9R A; 2K4H A; 4KLT A; 1Z4N A; 4YD2 A; 3HIL A; 4Y2S A; 1BVS A; 2G07 A; 5B5E U; 4PGX A; 1ED1 A; 2W9B A; 4GLX A; 3H40 A; 2W9C B; 1NJW A; 2WAQ C; 5DBA A; 4GC6 A; 4FFD A; 3IN5 A; 4ED8 A; 5E79 U; 3M8R A; 2DGZ A; 5HHH A; 4R8U B; 1BPB A; 2RDJ A; 1XNS A; 2WF7 A; 4ED0 A; 1RYR A; 1BGX T; 3A0H U; 1HUZ A; 2FMS A; 4Z6D A; 1JMS A; 4KLG A; 1WWU A; 4ECZ A; 7ICV A; 4UB1 A; 2F76 X; 4I2E A; 3F2D A; 2HHU A; 4GXK A; 2JEG A; 2HDO A; 2LPE A; 2WF8 A; 4K4G A; 7ICJ A; 4KN7 A; 3AQE A; 4RQ6 A; 3UQ2 A; 1X6J A; 3TAC B; 5AKX A; 1L8O A; 5G5G A; 2R18 A; 1FIQ A; 2NYV A; 4RT2 A; 5KTQ A; 2HBK A; 4X5V A; 2DPJ A; 3HRD D; 1ZRN A; 2ZIV A; 3F5A A; 3WK4 A; 2XGP A; 5KFN A; 3AU6 A; 1TAM A; 5DGA A; 3PV8 A; 2W54 A; 2AGO A; 5ALL A; 4KTQ A; 9ICT A; 3QE9 Y; 8ICX A; 2C28 A; 4EBD A; 3F5E A; 8ICO A; 3QX7 A; 4PGY A; 3GU3 A; 3FC4 A; 4O3O A; 4TQR A; 2RP5 A; 3ZDC A; 2D8C A; 3MDA A; 2ZIX A; 4B9N A; 1FO4 A; 5ALW A; 4YFK A; 1N5W A; 1X40 A; 3KD3 A; 2ISO A; 2JGA A; 3UXO A; 5KT5 A; 2WTF A; 3NS1 A; 8ICF A; 5KL1 B; 2DKX A; 3WK8 A; 1B22 A; 1PK3 A; 4K4I A; 2DF4 B; 7ICR A; 2MUT A; 3FDS A; 3SD7 A; 3RR7 A; 2LBO A; 3SR6 A; 1NZB A; 2MSN A; 2QB0 A; 3SI8 A; 1XSP A; 1Q3U A; 3ZDA A; 3JPO A; 2KZM A; 3RB4 A; 3ZI4 A; 2XGQ A; 2HHX A; 3MBY A; 5J29 A; 2ASJ A; 1KQQ A; 3PSF A; 3Q8S B; 7ICP A; 1SXE A; 2JXJ A; 1JRP A; 3TQ1 A; 2RHF A; 2K4I A; 2W43 A; 3H4B A; 2P66 A; 4DF4 A; 5KT4 A; 2PI4 A; 1IG6 A; 1MA7 A; 5CP2 A; 2IOF A; 1XO1 A; 1RQN A; 2EZX A; 4M9J A; 2JZB A; 4C4R A; 2EAM A; 3GIL A; 3PX0 A; 3NRW A; 3PSP A; 1V38 A; 2Q0Z X; 1J2N A; 4Y2J A; 2G5H B; 2KIW A; 2K60 A; 4Y2V A; 1T94 A; 1QQ5 A; 2GO7 A; 2HHV A; 3PNC A; 4YMO A; 4DF8 A; 3OHB A; 3RTV A; 2KIC A; 2PFQ A; 3QXG A; 3HKZ F; 1ECW A; 3NVY A; 1NK6 A; 2W3R A; 4F4Y A; 3JPR A; 3PY8 A; 1TVA A; 8ICW A; 2BKE A; 2JMG A; 2B0C A; 5KFW A; 1X9W A; 1ZQF A; 9ICO A; 4ECS A; 2DPI A; 1NNL A; 5J2K A; 4KLS A; 2ASL A; 4Y2P A; 2HSZ A; 3KHG A; 4Y2R A; 2FLL A; 4AYB F; 1RPL A; 3PW5 A; 4YR0 A; 5ALZ A; 4F72 A; 8ICY A; 2FMQ A; 4PHP A; 5DB8 A; 5J0U A; 1X9S A; 2W8K A; 9ICC A; 4ECW A; 4M6W B; 4QWE A; 3NGD A; 2OYY A; 1IXR A; 4ELU A; 1MN8 A; 1KLN A; 2BCQ A; 3PST A; 5J2C A; 4KLL A; 1BPX A; 1ARO P; 4US9 A; 1SV0 A; 2CRX A; 2H3Z A; 1DOQ A; 2FDR A; 2NRZ A; 4AP9 A; 2BDU A; 2ZJ8 A; 3JPQ A; 1Q3V A; 1JRO A; 3T3F A; 4QW8 A; 4I2B A; 1Y88 A; 5KFT A; 3T5J A; 1QTM A; 1UT5 A; 4OJ6 A; 1KW4 A; 5KL8 B; 5DG9 A; 4NLN A; 4O3P A; 3DEE A; 4WJ3 B; 4QIW F; 5HML A; 4C8O A; 2F8K A; 9ICG A; 3RR8 A; 2JR5 A; 5L1L A; 3RH6 A; 8ICG A; 2C22 A; 1LB2 B; 8ICR A; 2KOB A; 1NOM A; 3PSI A; 3B0X A; 1N2X A; 4NL9 C; 5KG0 A; 5KFM A; 4DOB A; 4IL6 U; 1S9F A; 4KLI A; 1QQ7 A; 3QU2 A; 3BS5 A; 4P4O A; 2OEH A; 5DKW A; 3ALR A; 5AKK A; 2KKP A; 1T7P A; 4ECX A; 1TK5 A; 1ZQA A; 1DK2 A; 1IIP A; 1BPE A; 2PMZ F; 3RH4 A; 4F2S A; 5DB7 A; 2BZF A; 7ICK A; 2LYA A; 1U48 A; 2CPR A; 3C21 A; 1Z00 B; 4M47 A; 2XCP A; 7ICQ A; 2IA6 A; 5KFS A; 4DL2 A; 3PO5 A; 5IIN A; 3DDH A; 1SWV A; 3E0F A; 3QUB A; 1NK7 A; 2KFZ A; 4DL3 A; 5DBC A; 5J2J A; 5F9N A; 4B9T A; 1YZ7 A; 1T3N A; 3GIM A; 4DFJ A; 4XQ8 A; 4OJ5 A; 2ZG6 A; 4CCH A; 5AI4 A; 9ICR A; 4MFC A; 5ALQ A; 2YB4 A; 3QUQ A; 4O5C A; 1Q8K A; 5L1K A; 4MFA A; 3UMB A; 5KFC A; 3HW8 A; 2ES6 A; 3JPP A; 9ICF A; 4MEX A; 1ZQR A; 3RJF A; 4UBB A; 4C7Z A; 3AEV A; 2ZUD A; 4EBE A; 1ZQP A; 3Q8Q B; 3RF9 A; 5AM3 A; 5AKY A; 3SYZ A; 3CNH A; 4UAT A; 5J0X A; 1VDV A; 3KBB A; 2B21 A; 5KFR A; 2Y0S F; 2KEY A; 2XY7 A; 4F4Z A; 4F5O A; 4LVS A; 2K8B B; 3NAS A; 4NV0 A; 3LWM A; 1NJY A; 1MSW D; 5L1M A; 5IIK A; 5EOZ A; 1HJP A; 4F91 B; 4F3O A; 2LM4 A; 3TAQ A; 4YQW A; 4ELT A; 4TUR A; 4QW9 A; 4PJ0 U; 2E5S A; 1GO3 F; 3M6Z A; 2Q4T A; 4IS7 A; 4IRC A; 1DGS A; 3BQ7 A; 2G0A A; 2JEI A; 2VKQ A; 4RNN A; 4QZ9 A; 2KVS A; 3OPX A; 1CI4 A; 1JXL A; 2UVW A; 1TK8 A; 2KJ9 A; 3FM9 A; 4IR1 A; 2RLT A; 3MAB A; 2ZTD A; 3GV5 B; 4OCZ A; 1PK1 B; 4M6W A; 3KHR A; 4UAR A; 3PR5 B; 4JWM A; 2HHS A; 1PZN A; 3D6J A; 4UW9 A; 4M0A A; 4FS1 A; 3EW9 A; 2BCS A; 1L7P A; 5KG1 A; 4Y2U A; 3SZ2 A; 2LMR A; 2M9N A; 2Y9U A; 3TAD A; 4ZH4 A; 3MR6 A; 4ED3 A; 4DL6 A; 5DB9 A; 1O08 A; 7ICG A; 2MAX A; 4FZM A; 4P0Q B; 5CRX A; 5A0L A; 2LYH A; 2HHT A; 5EE9 A; 1QLN A; 1QH9 A; 1NKC A; 5GTH U; 4B9V A; 2HHQ A; 1DRG A; 2M0N A; 8ICC A; 2RQ5 A; 3GV8 B; 2Y1J A; 2ISP A; 4CF3 A; 4PZO A; 3THV A; 3IP4 B; 5DBB A; 4IQT A; 5F9L A; 2E8O A; 2F1H A; 4MEY A; 3MGH A; 4IC9 A; 3L5K A; 4NLG A; 2AQ0 A; 3QYP A; 3OJU A; 3C1Z A; 2NRW A; 4C8M A; 4DOA A; 3CP8 A; 4DSF A; 1L3V A; 2NO5 A; 4ECU A; 1Z4O A; 2ZXH A; 1P7D A; 3NVV A; 3H7I A; 2BPF A; 2OCE A; 1UT8 A; 3ED5 A; 4QZF A; 5T14 A; 2DKZ A; 2KMD A; 4TQS A; 1C20 A; 8ICA A; 3QU4 A; 2AXT U; 3M9O B; 2W7P A; 2WHE A; 2BR0 A; 3ETL A; 2QB0 B; 2KFN A; 4M9G A; 4RQM A; 3KKA C; 2V4R A; 1U9L A; 5KFX A; 1A77 A; 3GQC A; 5HR6 A; 2E8P A; 5D49 A; 4O9M A; 2W55 A; 4UAU A; 4NLZ A; 4QZH A; 4GXJ A; 4UQG A; 1YZ6 A; 3VC8 A; 3D2N A; 5KAF U; 5III A; 3A0B U; 2FPL A; 5KFP A; 4YMM A; 4I29 A; 4RQ0 A; 4NY8 A; 4EEK A; 5B66 U; 1F44 A; 7ICE A; 2DWQ A; 1Q46 A; 4UB5 A; 4FZN A; 4F93 B; 3RB0 A; 8ICU A; 4Q45 A; 5AK4 A; 3VCB A; 1FEZ A; 4KLF A; 4M04 A; 5J0T A; 5ALO A; 2KN7 A; 3QU7 A; 1FFV A; 2DQN B; 2JRZ A; 5AKL A; 3ZDD A; 4DSL A; 2W9A A; 4RQN A; 3NVZ A; 1ZQD A; 5HR7 A; 3N4M B; 4P4M A; 5KG4 A; 2G06 A; 4PPX A; 2F77 X; 4GFJ A; 4ICA A; 3C28 A; 4DSJ A; 4B9S A; 4ECV A; 5AK6 A; 5DQG A; 5BOM A; 2HHW A; 1TK0 A; 2WAQ F; 8ICV A; 1TKD A; 5AKZ A; 3SMV A; 3OJS A; 2AHO B; 4KLE A; 2A1J B; 3UXN A; 5CB1 A; 3NVW A; 1QSL A; 4XUS A; 2H3Q A; 1AQ6 A; 4UB8 U; 3PO4 A; 4KLJ A; 3ISD A; 4BXO B; 4TUP A; 8ICB A; 4DL4 A; 2R8H A; 1SIJ A; 4PHD A; 3N97 B; 5AI5 A; 4QZE A; 4QZG A; 3PW2 A; 3KHL A; 3E2E A; 2G5I B; 4I2G A; 4DS4 A; 3KFU F; 1JI7 A; 2ZUB A; 2Y1I A; 1ZQT A; 4DQI A; 1PK1 A; 2WB1 C; 1MC8 A; 4F5R A; 2LM1 A; 3V6H A; 2UVU A; 1JXE A; 4KLM A; 4Y2T A; 5CA7 A; 4DQR A; 1PVR A; 5IIL A; 2NRT A; 1BPY A; 4BWJ A; 2E1E A; 4BGD A; 4O3R A; 3B0Y A; 4DSK A; 3V6J A; 4I2A A; 3KOO A; 5KFU A; 4OJL A; 3TFS A; 4F5Q A; 4P0Q A; 3OSP A; 2H3I A; 3WU2 U; 1B0X A; 1ZJM A; 1V97 A; 4YG2 A; 4QNL A; 5KFJ A; 1ZQM A; 1SKW A; 5D46 A; 5H2F U; 2AJQ A; 1BPZ A; 2C2D A; 1SL1 A; 3EPG A; 3KHH A; 3LVV A; 3QEA Z; 5HNK A; 9ICB A; 3BS5 B; 3RB3 A; 4EYH B; 4DQQ A; 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2J6U A; 2PFP A; 2KK0 A; 2ATL A; 2VA8 A; 5ALU A; 4RPY A; 4NWI A; 3TI0 A; 1BNO A; 7ICL A; 4F4K A; 5F3X B; 1NK8 A; 2F8L A; 2ASD A; 4FBU A; 3M9M B; 2W11 A; 5KG2 A; 1KTQ A; 4RQ3 A; 3D2Q A; 1COK A; 4U7C A; 4JK1 A; 8ICL A; 1T4G A; 2H3V A; 4JV1 A; 1U49 A; 5ALG A; 4KLD A; 2FLN A; 4J9K A; 3H4D A; 3M7D A; 5AM4 A; 5KFI A; 2W7O A; 4RQ4 A; 5ALN A; 4JV2 A; 4LZG A; 4IQV A; 1S77 D; 1CRX A; 5ALF A; 2GLE A; 2I6X A; 1PVQ A; 2O6K A; 3ZD9 A; 1CEZ A; 3G6X A; 4FO6 A; 3WK5 A; 3RAX A; 2D3D A; 9ICH A; 8ICJ A; 2AGQ A; 4RNM A; 4EEL A; 2ALZ A; 2YN4 A; 3PW4 A; 2BPG A; 2HVI A; 3V7K A; 3N7P D; 1O03 A; 1X66 A; 2K4E A; 3H8W A; 1UCV A; 2XCA A; 5TZV A; 4O5E A; 4FZL A; 2HBL A; 4PH5 A; 3JPT A; 2XVT A; 1Z19 A; 2K8C B; 5AM1 A; 3PW0 A; 4I2I A; 1ZQY A; 4J9P A; 5DB6 A; 2CXY A; 4BWM A; 2JEJ A; 4IR9 A; 1KKX A; 2ZIU B; 1J97 A; 5AM2 A; 1RDF A; 4PHA A; 2BDP A; 2CN1 A; 4QWA A; 4J9O A; 4P0P B; 1A6S A; 4UAV A; 2J6S A; 2VJ4 A; 2OM6 A; 1MQ2 A; 3TAP A; 5J0S A; 3SV4 A; 4ED6 A; 3TKA A; 5DG7 A; 2R8J A; 1UA0 A; 3QUT A; 1FFU A; 1L5U A; 4Q43 A; 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