3VIKA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with cellobiose
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNSPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vikA00
3N04A 4ACZA 4WKHA 3WNPA 4J3TA 1EO7A 4MNMA 3BMWA 4CN4A 1E4IA 3WQWA 3DYOA 1KR0A 2JF7A 2XFFA 1W1PA 1JZ4A 1JF5A 1VBRA 3TONA 3VIGA 4EANA 4AZGA 3SCPA 2VUYA 3FY1A 4Z2GA 1GOOA 1H3GA 3MUIA 3BC9A 2DT1A 5BRPA 4UQAA 4X0NA 3LPFA 4W7UA 1UOKA 4CD5A 1G5AA 2G3MA 4PMXA 2ZUNA 1GHSA 3ARUA 2E9BA 1UWSA 2YBTA 2E40A 4MJ4A 1UD4A 3RPMA 1NP2A 1EGZA 5I3DA 4KRTA 4C7FA 3W27A 1V3IA 1UR4A 2CYGA 4W8AA 1EH9A 1OIFA 1GOMA 1G94A 3A47A 2VCCA 3WDQA 5CPSA 4FF5A 5A2AA 1M53A 3ZSTA 1B0IA 1C92A 4P8WA 3WF3A 2F8QA 1E3ZA 1OGSA 3MMWA 3EBVA 1AQ0A 1EDTA 3CZEA 3AYSA 2XGIA 3SCQA 3AS2A 1LQ0A 2QPUA 1BQCA 1J0HA 2YLLA 3N1AA 2NW0A 3GNOA 2J7CA 1H0GA 3GBEA 3OBAA 1GCYA 3MO4A 5E0CA 1HKJA 2ZUWA 4S3JA 1MFUA 3BCFA 4UFJA 3WN6A 4WSJA 1UR0A 3VINA 1QNRA 4B16A 1BYBA 5M5DA 3WMSA 4FK9A 1EOKA 4N42A 4PMNA 1G9HA 1UR1A 1CYGA 1OD8A 2DPEA 3KL0A 3T08A 2XVPA 1UHVA 2YDRA 1E5JA 4HP5A 3WEMA 1HXJA 3JUGA 5CXPA 3LPGA 3WF1A 2O9RA 4CKQA 3ZT5A 3ZSSA 4JFUA 1XYZA 1TUXA 3AHTA 4GQRA 1PZ2A 3ZJ6A 1FP9A 5GNXA 2DSVA 3BAKA 2PBGA 4ZXOA 2E8ZA 1E6NA 3OLIA 3SCRA 1CIUA 3CMGA 3O6AA 1C8QA 2W63A 5EFDA 3PBGA 5A8MA 4V27A 5ECUA 3APGA 4IUGA 3WH6A 4H8HA 3WD3A 1W9UA 2YA0A 2YDSA 1PIFA 1UYQA 5D9NA 4AD4A 1C93A 5ABHA 3VIPA 4PMQA 1KWGA 2VOTA 2DIJA 4WKFA 1HT6A 5IFPA 2XSAA 1K6AA 3ARPA 1JXKA 1G01A 4FLSA 4AZ5A 2F61A 2WB5A 4XX6A 4PMOA 5C8BB 1CXHA 1RH9A 1D3CA 4AMCA 3WL1A 3K8MA 4HA3A 2AMGA 2CCRA 3VMNA 3WNLA 2D3LA 1GW1A 2YDQA 5KZ6A 1TVPA 2YL9A 1GZJA 3AMGA 1UKOA 2VX6A 3RIKA 1HJUA 1VEOA 5CSUA 4D6HA 1GUVA 2BFGA 1FHLA 3AIRA 5A8QA 2GK1A 2W67A 1VFOA 2ZXDA 1LF1A 3T2PA 3CH9A 1C91A 2EJ1A 4E4PA 2VX5A 3WD4A 1X6NA 3AXIA 3WH7A 1GOQA 2BHZA 2BY0A 4PTWA 3HU7A 2BV9A 1QBAA 3F5KA 3SCSA 4OUEA 1M04A 3W25A 3VVGA 2GSJA 4U2YA 2WWCA 4CUCA 2PWDA 3ALFA 2DH2A 4U5KA 3CZGA 1E15A 3I3EA 4GZIA 1JZ7A 2ZUMA 1MW3A 3AIEA 2JFEX 4EKJA 3B9AA 4CN6A 1DWHM 2GK1B 4W7WA 4HMDA 5A6BD 1GOIA 3N11A 4W8BA 3ZR6A 1NP0A 1QOXA 3SIMA 2EO7A 3GH7A 3BH4A 1QW8A 4JFTA 3AIWA 2WHKA 4B9ZA 4CCDA 4XV0A 5D8WA 5JBFA 3KL5A 1VEMA 4JKKA 1XCXA 3WH5A 3BAWA 1Q6EA 3ZJ8A 4UOQA 4CU8A 1XSJA 3U5YA 1GJWA 2ZE0A 4W88A 1H09A 1JZ3A 1R7AA 4WF7A 1K9EA 3O2LA 3NCOA 2PF0A 4YHEA 6A3HA 1UZ1A 2J4GA 1B3WA 1W91A 1BF2A 3DYMA 4DWSC 1WDRA 1JD7A 4RE4A 3TTYA 4BCEA 2BY1A 1OGBA 4GI8A 4J3VA 1DWJM 2XFRA 5A8NA 1VENA 3ZIZA 4HZ7A 1UA7A 4QCEA 1E70M 4GO9A 1DHKA 3W0KA 5JIWA 2CBVA 3AS0A 4QAWA 1RPKA 3WH8A 2VURA 3CO4A 1B2YA 1VFFA 1E0VA 3FN9A 4TUFA 2VL4A 4FLOA 1W3KA 4V2XA 2J47A 4UQ9A 2WMKA 3WH9A 1E5NA 3EDJA 3VU2A 1GHRA 2G3NA 1E73M 2XSBA 1CTNA 3WQ4A 2G8ZA 2GVYA 1OGGA 4D6GA 4NF7A 1GQJA 3NDZA 1US3A 2WHJA 4CVWA 4UCFA 2YA1A 1XGZA 2D1ZA 4AZBA 1LWHA 1W3LA 5CGTA 1VB9A 1KBBA 1FFQA 5DFAA 5GNYA 1MQQA 3NYDA 2ZWZA 5C71A 1H0IA 4KH2A 1L0PA 3VM7A 5CGMA 1Q6FA 3ZMRA 3N15A 4E2OA 3PTKA 3RILA 5E09A 2W61A 1ISXA 4ML4A 2XYLA 1EDGA 1K9TA 3U57A 4LYPA 3L4YA 3SUUA 4HMCA 3WNMA 3MU7A 5GNZA 5LA1A 3PN8A 3K8KA 4CGTA 4FLRA 1XRVA 5A6LA 4M29A 2Y5EA 1I1XA 3WFZA 3AQUA 4AEFA 2OSYA 3GH5A 4JKLA 4HOWA 4D6CA 3WDRA 3NSMA 2NT0A 2VNCA 2VRQA 2CESA 2ZICA 1MW2A 1ISYA 3SCNA 5BRQA 3D3AA 1V02E 3W38A 3VNYA 5E9AA 4WK9A 4KGLA 1MXGA 2YLAA 4XUYA 5DEZA 1CEOA 2WAGA 3W28A 3WQ5A 3WD2A 4A3YA 4AIEA 4B9YA 2PC8A 1QI3A 3OGRA 4ZENA 2ESCA 5C70A 3PZUA 1IZJA 1QW9A 2WZIA 5A1AA 2WCGA 4RE2A 2ZXQA 4W84A 3WDPP 1C8YA 5JUVA 1HX0A 2BVTA 1PX8A 3VGBA 2ZOXA 1HF6A 2QF8A 3MMDA 2Z1SA 1WB0A 1J10A 1V0MA 5DO8A 1JAKA 4QP0A 3VTRA 4OBRA 3AMLA 4PEEA 1Q6DA 3WKZA 2WC7A 2CNCA 1JDCA 3ZJKA 1FH9A 4HOZA 3L4XA 2D23A 4HU8A 2QLYA 4GI9A 3M46A 5FL1A 5LYRA 2WVSA 4PTXA 1HJQA 3AROA 2G3IA 1UKPA 3NSXA 2AOSA 3BXWA 2C0HA 5A6MA 4J3UA 1BAGA 2ZUTA 5E6ZA 1EHNA 1CXEA 3NSNA 2QMKA 1E6ZA 3KZSA 3SCVA 2NT1A 1CXKA 1MW1A 1OT1A 3HJEA 2XHYA 4WKAA 2D22A 2IXUA 2XIBA 2GFTA 1FOBA 1UD8A 1CWYA 1BYAA 1U33A 5BWFA 9CGTA 3KEHA 4F9JA 2J8GA 4TXEA 1HP4A 3THCA 2OYMA 2IXVA 5FIPA 2OWXA 2CKRA 4M24A 3ARTA 2DIEA 4WIWA 3NDYA 1HL8A 1JNEA 1B3YA 4DM2A 1KGUA 2FH8A 4CU7A 1O6IA 3UERA 3BMVA 1C3FA 3VGFA 1SMDA 1WZKA 4DUXA 3PZMA 3VIKA 4PSPA 4GKLA 1BLIA 3T09A 5A6BA 2V5DA 3AXXA 1R86A 3LPPA 5JBEA 2JALA 5I2UA 1QNOA 1MQPA 1E43A 4ATWA 4GINA 3WENA 1J9YA 4MAVA 1JF6A 1V02A 5I79A 3T0BA 4D72A 3DHPA 1IZKA 1PAMA 4F8XA 3TP4A 4CD6A 3GZAA 4GPNA 4UTFA 2JF6A 3AS1A 3VNZA 5FCZA 1CGVA 2YL8A 1GQLA 3WNNA 4W86A 1K9DA 3QHMA 4PCTA 1EHAA 4B3KA 2DDXA 3CHFA 5HPCA 3WBEA 4L4OA 1JYXA 3CZKA 5LA0A 4HA1A 1QNQA 3ZT6A 4AD2A 3EMQA 3AYRA 3CUJA 2B31A 3SCTA 1HJVA 1KXTA 4D6JA 4ZXLA 4JCMA 4H41A 3FHQA 4MB1A 1CGXA 3GNPA 1KQZA 1ZBWA 2XWDA 1HVQA 1OD0A 1HKIA 3CZ8A 3G6MA 4M1RA 1V3KA 5A2BA 3NUKA 4JZ5A 4ZEPA 4KGJA 1WPCA 1JZ8A 2PWHA 2DT2A 3K4AA 3L4TA 3S6TA 3VGGA 2VC9A 4AD5A 3ZM8A 1QBBA 2VT0A 4TOQA 3GM8A 2WMIA 3F4VA 4AD3A 1OB0A 2G3JA 4QLJA 5AY7A 3MUAA 4WLCA 3VIMA 3ARYA 5ABEA 1WO2A 4P7NA 5CLWA 4ZE5A 1VJZA 5A8OA 4J3WA 4ACZB 4MB3A 4GIAA 2WSPA 3AHYA 1TG7A 5CSYA 3F5LA 1B1YA 2JIEA 1NWRA 2RGMA 4HOXA 1HJWA 4J3XA 3GXMA 5E70A 2JEQA 2CXGA 4FMVA 3WUGA 4Z2JA 4JKMA 2DGAA 3AMCA 4LYQA 2WK2A 2XTKA 2WLYA 3VILA 1H2JA 1WP6A 2WMIB 1J0YA 2BHUA 1GORA 1GOKA 1ZS2A 3UG4A 2E3ZA 1J0JA 4P7RA 2A3AA 3VD4A 4PMZA 3W81A 1O7AA 1S46A 2A3CA 3CUFA 5A94A 2HISA 5CPTA 2X8RA 4R27A 1KBKA 3QOMA 3VO0A 2WKLA 3A4WA 4JL2A 3KL3A 1MFVA 3W26A 3SCWA 4U31A 1LL4A 4UQEA 2Y8VA 1JFHA 4QLLA 1MW0A 3SUVA 3ARQA 1W1VA 3VGHA 1V3LA 3PZNA 1MVYA 1VJSA 2J78A 1XHGA 5D9MA 1W3JA 1ZB5A 4CU6A 1WDSA 4TX8A 1DEDA 3RCNA 4A3HA 1L8NA 4W5ZA 1TE1A 2WWDA 4LYRA 3MUZ1 4K68A 4CN1A 3BSGA 2WVUA 2ZUVA 4EE9A 3MS8A 1XD1A 4CVUA 2Y8KA 4AIUA 2WCAA 3LMYA 2PWFA 1GQIA 5GQBA 4JFWA 2XG9A 4KMQA 4J3SA 2ZX5A 4MADA 2VCAA 3N13A 4B15A 3RJXA 2WVVA 2VRKA 1BG9A 1KCKA 2OSXA 1WZLA 1BFNA 2VO5A 4MNJA 2A3EA 4P7OA 4XB3A 3W4RA 1XSKA 2XM1A 2OYKA 3WD0A 3IJ7A 5I6SA 1P6WA 3OLDA 3I3DA 2J74A 2FGZA 4GI6A 4NSBA 1HKMA 3VKKA 2EXOA 2VX7A 1EXPA 1V6WA 2WMGA 4ATDA 3M7SA 3CPUA 3M6DA 1HJSA 1M7XA 1F4AA 1SR0A 2ZWYA 5I78A 4Z2HA 2WCSA 1TZ7A 1CGYA 4NRRA 1QI4A 1PBGA 2XVLA 1E4MM 1TR1A 2DQXA 2YJQA 2DSWA 4XZWA 4TTGA 1A3HA 2VCBA 4R5EA 1EOMA 4F9DA 1DWGM 3A3HA 2WVVB 2BHYA 1B30A 4D6FA 5IHSA 1J18A 5DT5A 2FGLA 5DT7A 3VGDA 2JIWA 1BHGA 1CBGA 4CCEA 4M56A 1E6QM 1QNPA 4AXNA 5AYIA 3VPLA 5HOSA 4LXFA 4MDPA 3ARVA 5BYWA 4OOUA 4DUWA 1E6SM 3WELA 1VRXA 1CDGA 5I23A 3AFBA 3UCQA 1TA3A 4QFUA 1OCQA 3WL0A 2W4XA 1UA3A 4JHOA 3FXYA 1R7OA 5BXSA 2XM2A 1BTCA 3AIVA 5JBDA 1MWOA 3CUHA 1XSIA 3CUIA 1US2A 1UUQA 4AD0A 3AHVA 4XZBA 3CTTA 2YL6A 4BQ2A 3AZRA 3T2QA 2FHBA 2VZUA 1W9BM 1MYRA 3UG3A 2GJRA 1OSEA 5CQ1A 5HNNA 4W89A 1AQMA 2WBKA 3RM8A 2GJPA 2ZUSA 1UH2A 2XVNA 3OIHA 2EQDA 2VZSA 2BY3A 3VDBA 3QHNA 2J75A 4UFHA 3W29A 4D1JA 1V6YA 1E56A 1TA3B 2V5CA 2E9LA 5I24A 3UETA 2GJXA 3BAJA 4P8UA 4IPNB 1CNVA 1CLXA 3MUY1 2VR4A 3CHCA 3IANA 3ZT7A 1XC6A 2W62A 3WF2A 3UESA 2WBGA 1XV8A 2FDMA 4D6IA 1UG6A 2BVYA 3VX0A 1W9VA 2MANA 5JIPA 2G4FA 1W1TA 4WJXA 4X0VA 2DH3A 3WNOA 1JFXA 4H2CA 4Q22A 2WYSA 4UQDA 3VD9A 4NZCA 1PEZA 1A47A 4PYSA 1SFSA 1V3MA 1ITXA 2CITA 2E9MA 4D71A 3CIVA 5CPQA 2VZOA 1EDQA 1JYNA 1CXIA 3WMBA 1U30A 1YQ2A 1E71M 3RMEA 1ZJAA 1RD6A 2GJXB 3WQ6A 4P8XA 5HXMA 4OOZA 3ZJ7A 5ABFA 4H7VA 3N12A 5E0FA 4LPCA 3A6OA 1EIBA 3VM5A 1WZAA 4QCFA 3OZPA 3F5JA 1LJYA 1ECEA 2A3BA 3PZOA 3U7BA 3SURA 1F4HA 1ZU8A 2VR5A 1EO5A 4CD4A 4P7LA 3WUFA 1E72M 1PPIA 2A3HA 2QPSA 1NOFA 3WEOA 2BXZA 1JZ5A 4IPLA 3QHOA 3WDJA 4MNLA 1ODUA 1KXHA 2Y24A 2J7DA 4M81A 5E6YA 1V6XA 1UWIA 2W91A 1G0CA 1RP9A 1H4PA 5AC4A 4MPKA 1UZ4A 2C7FA 5ABFB 1JGIA 2CERA 3U7VA 1HVXA 2PWEA 2J77A 2CIPA 2AAAA 3QR3A 4CD7A 3OG2A 3MSGA 1E55A 3L4ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3N04 A;  4ACZ A;  4WKH A;  3WNP A;  4J3T A;  1EO7 A;  4MNM A;  3BMW A;  4CN4 A;  1E4I A;  3WQW A;  3DYO A;  1KR0 A;  2JF7 A;  2XFF A;  1W1P A;  1JZ4 A;  1JF5 A;  1VBR A;  3TON A;  3VIG A;  4EAN A;  4AZG A;  3SCP A;  2VUY A;  3FY1 A;  4Z2G A;  1GOO A;  1H3G A;  3MUI A;  3BC9 A;  2DT1 A;  5BRP A;  4UQA A;  4X0N A;  3LPF A;  4W7U A;  1UOK A;  4CD5 A;  1G5A A;  2G3M A;  4PMX A;  2ZUN A;  1GHS A;  3ARU A;  2E9B A;  1UWS A;  2YBT A;  2E40 A;  4MJ4 A;  1UD4 A;  3RPM A;  1NP2 A;  1EGZ A;  5I3D A;  4KRT A;  4C7F A;  3W27 A;  1V3I A;  1UR4 A;  2CYG A;  4W8A A;  1EH9 A;  1OIF A;  1GOM A;  1G94 A;  3A47 A;  2VCC A;  3WDQ A;  5CPS A;  4FF5 A;  5A2A A;  1M53 A;  3ZST A;  1B0I A;  1C92 A;  4P8W A;  3WF3 A;  2F8Q A;  1E3Z A;  1OGS A;  3MMW A;  3EBV A;  1AQ0 A;  1EDT A;  3CZE A;  3AYS A;  2XGI A;  3SCQ A;  3AS2 A;  1LQ0 A;  2QPU A;  1BQC A;  1J0H A;  2YLL A;  3N1A A;  2NW0 A;  3GNO A;  2J7C A;  1H0G A;  3GBE A;  3OBA A;  1GCY A;  3MO4 A;  5E0C A;  1HKJ A;  2ZUW A;  4S3J A;  1MFU A;  3BCF A;  4UFJ A;  3WN6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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