3VOCA

Crystal structure of the catalytic domain of beta-amylase from paenibacillus polymyxa
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
416
structure length
416
Chain Sequence
AVADDFQASVMGPLAKINDWGSFKKQLQTLKNNGVYAITTDVWWGYVESAGDNQFDWSYYKTYANAVKEAGLKWVPIISTHKCGGNVGDDCNIPLPSWLSSKGSADEMQFKDESGYANSEALSPLWSGTGKQYDELYASFAENFAGYKSIIPKIYLSGGPSGELRYPSYYPAAGWSYPGRGKFQAYTETAKNAFRTAMNDKYGSLDKINAAWGTKLTSLSQINPPTDGDGFYTNGGYNSAYGKDFLSWYQSVLEKHLGVIGAAAHKNFDSVFGVRIGAKISGLHWQMNNPAMPHGTEQAGGYYDYNRLIQKFKDADLDLTFTCLEMSDSGTAPNYSLPSTLVDTVSSIANAKGVRLNGENALPTGGSGFQKIEEKITKFGYHGFTLLRINNLVNNDGSPTGELSGFKQYIISKAKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta/alpha-amylase
publication title Structural analysis by X-ray crystallography and small-angle scattering of the multi-domain beta-amylase from Paenibacillus polymyxa
rcsb
source organism Paenibacillus polymyxa
total genus 163
structure length 416
sequence length 416
ec nomenclature ec 3.2.1.1: Alpha-amylase.
pdb deposition date 2012-01-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vocA00
5CG0A 4MPKA 1HKKA 4PRWA 1CBGA 2DT2A 3AIBA 4AD4A 3AS1A 1HT6A 1QW8A 1UHVA 1QHZA 1UD8A 3PZUA 1B3XA 2WVSA 3AHXA 4M82A 2WPGA 2D0HA 3ZSTA 1QPKA 2JF6A 1LG1A 3WMBA 1BHGA 3RJXA 5A2CA 1C3FA 3J7HA 2YKKA 2DSZA 5M5DA 2GDUA 4GO9A 4NRRA 1E40A 3SCVA 2PF0A 1E73M 1FFRA 4H7VA 4E8DA 1UWRA 2YL9A 3ZSSA 4AYSA 4F66A 1E43A 2IXVA 1VAHA 2OLHA 4PMUA 2J7CA 4CD5A 3AYSA 4U33A 3WL1A 3L4YA 1H41A 2WCSA 3G6MA 4PMNA 1I1XA 1CXEA 2VZOA 1V6UA 1J0YA 4R5EA 3BAIA 2JIWA 3PZNA 1EA9C 4PUEA 4DWSA 4M81A 1QNPA 1K9EA 3WBEA 1SYTA 1KBKA 2G3JA 5GPRA 5AC4A 3DYOA 4CU8A 4PN2A 5JIPA 1V03A 2XWEA 5IDIA 4B9ZA 2ZICA 1E4LA 2QLYA 4IUGA 4CU6A 3GXMA 3L4VA 4GQQA 4D6GA 3B9DA 3ZMRA 5A2BA 1XH2A 1JYNA 4PYSA 1UUQA 1E6QM 1EGZA 3O2LA 4AZ7A 1DWGM 2VNCA 2J74A 1OB0A 3W4RA 1ISVA 2PC8A 2QPSA 4WK9A 3BAJA 5E0CA 5CPTA 4H8UA 3RM8A 1QI4A 2W62A 2D1ZA 1JD7A 1AVAA 2CBJA 4NRSA 1HF6A 1VENA 3W24A 4PBGA 1JDAA 1C8YA 1W3JA 1WE5A 1HKJA 1B31A 1WZLA 3RILA 2NT0A 2CETA 2XUCA 1JF6A 2E9BA 2WMHA 2DIEA 5FIPA 3VO0A 1UWUA 4JFTA 1JZ2A 3ARTA 4HMCA 1OD8A 4U31A 1W2PA 1TMQA 3T0DA 2XFYA 3K46A 1OWQA 2WHMA 3ZR6A 2B31A 2ZXQA 1CGVA 2J8FA 3QHNA 1J0HA 4NI3A 3DYPA 1J9YA 4YHEA 3IJ9A 3CZLA 4KWUA 1G0CA 1NARA 1WNOA 1XCWA 1M7XA 2D2OA 4UFHA 4X0NA 1CGUA 4FK9A 4HZ8A 1UQZA 1XCXA 1W32A 2FGLA 2WSKA 4MNKA 1MW1A 1OGGA 4P7NA 3LPGA 1MQQA 3WQ4A 3ARUA 4WKHA 1PPIA 4CVWA 3IAQA 3O6AA 1BAGA 1E1EA 4CN6A 3QOKA 4OIFA 2A3HA 1GUVA 4J3SA 4UOJA 3U5YA 3VDAA 5HNNA 2X0YA 1KQZA 2V3DA 4E2OA 2CITA 3MU7A 3CUJA 5CLWA 1KBBA 1CXIA 2J7DA 4TTUA 3PBGA 3WEMA 4KMQA 4XZBA 1TVNA 2QMJA 5TD4A 3WH7A 1XV8A 3FHAA 4CD6A 1C91A 1CENA 4LQ1A 2FGZA 4MNJA 1TZ7A 1B3ZA 2CPUA 3CHEA 2C0HA 1G94A 3OG2A 1TA3A 5D9NA 1VBUA 2VCBA 3GNOA 2WMIA 3VGDA 4YHGA 1G5AA 1E5JA 2ZX8A 2YLAA 1AMYA 4ZENA 3UG3A 3WF0A 7TAAA 4W7UA 1G9HA 2DT3A 4UFIA 4PTWA 3BAXA 3T09A 2GJPA 2X05A 3ZT6A 4HA1A 4XX6A 1R85A 1LWJA 2W91A 2X8RA 4Z2IA 8CGTA 5JBDA 3HMCA 2GK1B 4B16A 4FMVA 4M80A 1PX8A 3NSMA 2OWXA 3SURA 3LMYA 4MADA 1CGWA 4D6FA 3PTQA 3BH4A 1E3XA 1IV8A 3A4WA 4XV0A 1WDSA 2YA0A 1CEOA 3OGSA 3OB8A 2VZVA 2WLYA 1J0ZA 3MV01 1B3WA 4EANA 2AMGA 1NOWA 3ZIZA 4AD0A 3VIKA 2WHLA 3WN6A 5BXSA 3MUZ1 4DUVA 3OLEA 4URIA 1ZJBA 3MMUA 1E55A 5ABHA 2O9RA 4CN4A 2ZUVA 3L4ZA 2Y4SA 4P7LA 2O9TA 1OIMA 2EQDA 1VEOA 1ZBWA 2J8GA 4ATDA 4LYPA 1UH4A 3I3BA 3VGBA 1ODZA 4JHOA 2XSAA 2CESA 3ZO9A 1NH6A 2V3GA 2PWHA 2CNCA 5CGMA 5A1AA 1UD6A 1W1PA 2YBTA 3WQ5A 4AISA 4JKKA 1FA2A 1ZBKA 1OGSA 2DH3A 3AFBA 1C90A 1EOKA 1J01A 4CD4A 1PIFA 4TUFA 2GJXB 2WHKA 1E9LA 3VD3A 2YJQA 2WANA 1NM9A 1XSIA 3CGTA 4P7QA 4EE9A 3VMOA 1GVYA 2VQUA 3K4AA 3TTQA 4JKMA 1X1NA 2OWWA 4BZYA 3LPFA 4D71A 3T0AA 1EQPA 2ZUTA 2YL6A 3SUUA 2GJRA 1B30A 3JUGA 4Q22A 1HL9A 1JIBA 3UCQA 1QI0A 1VBRA 3WQVA 4S3KA 1ODUA 4ACZB 2HVMA 3W6LA 1VFMA 3PTKA 2XIBA 1VB9A 3KE0A 2GSJA 3WMSA 3ALGA 3B9AA 1EDQA 1E56A 1LJYA 3DYMA 3W81A 3EDEA 2VX6A 2BHUA 4IISA 1JAEA 5I78A 2WYSA 2XVPA 1HKMA 3VILA 4QDMA 1GOKA 1E4NA 1VJZA 3L4WA 4JFSA 4BQ4A 3CIVA 3AYRA 4WJXA 1SR0A 2DDXA 1TCMA 1MYRA 2WCAA 3AROA 4TVDA 4R27A 4HOZA 1GOMA 2RGLA 1BSIA 3T2PA 1D3CA 1W9PA 3WDRA 1GQJA 2OWCA 5FCZA 4W7VA 1CIUA 1QHOA 1LQ0A 3VDBA 4MDPA 3ZT5A 3SEPA 3KL0A 3PZGA 3MUY1 3N04A 4DUWA 3QHOA 4CVUA 1QBBA 1WO2A 3CZ8A 5C70A 1V0LA 3CBWA 2W92A 3OBAA 1BVNP 1TR1A 3WH5A 4JL2A 1S46A 4W87A 4MAZA 3U57A 3N1AA 3A4XA 3DHPA 1WP6A 4QLLA 1EIBA 1FH9A 3K4DA 2V3EA 5BYWA 1E6RA 3EMZA 4J3UA 2DH2A 2UY4A 3WEZA 2XWDA 5EFFA 1W3HA 3WBAA 1DWHM 5A3HA 1UKTA 4OKDA 1QNRA 1BVZA 3GTNA 3N11A 3OZPA 3W82A 1CLXA 3N17A 1GCYA 5AC5A 3GXDA 3RCNA 2G3NA 1GJUA 2F8QA 3VINA 3ZOAA 5DO8A 1V6XA 1NOUA 4W89A 4W7WA 4CKQA 2D3NA 1QW9A 2J62A 4FLQA 1WB0A 5AYBA 2D23A 3CUGA 2YBUA 4ATLA 2VC9A 1HJXA 4PMVA 2J7BA 3U5UA 5CJ5A 4DM1A 4HA4A 5IXEA 1V3IA 1YHTA 1KXQA 4PMZA 1JI2A 1JXKA 2VL4A 2Y24A 1WKYA 3ARRA 3L2MA 3WDPP 3GBEA 2WMJA 1GQIA 4LYQA 2FH8A 4LPCA 5A8QA 2W66A 1UWSA 3VGHA 3VGEA 2DSVA 4PUDA 2F61A 2XG9A 2FHCA 3N15A 4ACYA 3KWXA 2A3CA 4UFMA 1KWKA 5BRPA 1BTCA 5HPCA 1EO5A 2WSPA 1HJUA 1HL8A 2E8ZA 1H09A 1VIWA 1UR0A 3B9EA 4UQAA 2GFTA 1UG6A 1MVYA 2VQTA 1UZ1A 3QGVA 1BYAA 5I23A 2V5CA 4K68A 1JG9A 1UR9A 4TVUA 5I3DA 3PZOA 3VKKA 1B0IA 1ZJAA 3ARSA 4KH2A 1C92A 2VOTA 4TTGA 1BFNA 2GUYA 3VU2A 3GNRA 3AMLA 2D0FA 1FHLA 1BQCA 3ARPA 1GONA 4BQ2A 1MW2A 3AS2A 1XH1A 4UFLA 1GHRA 4OJYA 2CCRA 2CBIA 2EEXA 3EDKA 2X09A 2Z1KA 4ZE4A 3I3EA 3RDKA 2XGIA 1J0KA 3B8SA 3WNMA 1JYXA 4PMRA 1CPUA 1PAMA 1B3YA 5BXRA 1R87A 2OYMA 3MO4A 4TXEA 4HZ6A 3FAXA 3GYCA 4WF7A 3DECA 4W8AA 2EPLX 2E4TA 4NF7A 5KZ6A 3MS8A 2WVTA 5CZKA 5BWFA 3AICA 4EAMA 1GNXA 4OZOA 2VT0A 4E8CA 3UG5A 3GBDA 1KWGA 5JUVA 3WQ6A 1B90A 3SCPA 2CHOA 1HXJA 4AZCB 4Z2HA 3W6MA 4IPNB 4UZUA 4L4OA 3VVGA 4W5UA 3OLIA 3CTTA 3ARXA 1QI2A 1QBAA 1CXKA 3EMCA 1V0MA 4U3AA 3VD5A 2QHAA 5ABEA 1KR0A 1R8LA 4RE3A 4W86A 1UKSA 3AIRA 4BS0A 4C7GA 1FOBA 3WL0A 1GVIA 1PIGA 1HIZA 1DP0A 1RP9A 5I77A 5IHRA 5LA1A 2Y8KA 5FKYA 3NIYA 1XH0A 1EXPA 2XVKA 5HXMA 3MMWA 4WLCA 1PZ2A 4DM2A 3T08A 1V3LA 1V02A 5FOOA 2VZSA 1XYFA 5KEZA 1GQKA 1TVPA 2WW5A 4JKLA 4QCEA 3ARQA 3W25A 3SCQA 2V5DA 1VFUA 3OIHA 3VIJA 3LPOA 1BGAA 1RP8A 1HJWA 3A47A 3K8MA 1H0IA 3RPMA 3VPLA 3SCTA 1HX0A 3FNDA 4AZ6A 7CGTA 2XVLA 3CZKA 3NDZA 4GO8A 4KGLA 1JFXA 5ABFB 1C8XA 1R7AA 3CMJA 5BXTA 1OD0A 2IXUA 1LLOA 1V0KA 3UG4A 3ARWA 1EQCA 1I75A 4KRTA 2GJXA 4TX6A 3SUSA 3WY1A 5ECUA 1MQPA 2VX7A 3BGAA 5FL0A 3AHTA 3FW6A 2Y8VA 1UD5A 1J0IA 4AEEA 1U30A 3TTSA 3F4VA 3O9NA 2WLZA 3OGVA 2JEPA 5HBFA 1JZ7A 1E70M 3VDCA 4LXFA 3SCWA 3ZR5A 2PB1A 4MB3A 3CHCA 3BCDA 1HP4A 1NP0A 1IZKA 2W4XA 1M01A 1CGTA 4J27A 3M6DA 3SUVA 4QLJA 2QMKA 1V3HA 4D6DA 4GI9A 3WQ8A 3THCA 2DT1A 1W9UA 4NZCA 1UR2A 1PZ3A 3CUHA 1WDPA 4ACZA 4WSJA 2EPMX 3W53A 4AZIA 4UOQA 1E1FA 4W8LA 2QF8A 5I6SA 1DWJM 1Q6GA 1VJSA 3SCUA 3L4TA 1O6IA 2O9OA 4F8XA 1FP9A 2VZTA 2DSWA 3PZMA 4MAVA 1OCQA 4UQBA 3TOPA 2WM0A 4FLSA 3F5LA 3VDHA 1BLIA 1G01A 5HOSA 1KCKA 2GVYA 3HJEA 2BY3A 1QNSA 2GDVA 6TAAA 2D20A 3WDJA 1V6VA 3CO4A 4IPLA 3EDJA 3WH6A 5EB8A 4AIUA 2QPUA 3L4UA 3KL5A 4Z2KA 3WD0A 4CCDA 1JXJA 1KFWA 4UOZA 3VNYA 1N82A 1V02E 1OINA 2WK2A 2PBOA 5A6BA 2WB5A 2Y2WA 5AY7A 2PBGA 1UA7A 2VCCA 4ZE5A 3VM5A 2XGBA 3BAWA 4UR9A 4F79A 3AS0A 3OGRA 3CPUA 1JL8A 1QVBA 2DIJA 3BLPX 5CQ1A 1MFVA 4DWSB 4PSRA 1U2YA 4UQ9A 5BROA 2NW0A 5A95A 4J3VA 2G3IA 1XSJA 3CHFA 3GH4A 3UETA 1UD2A 1MWOA 5IFTA 3WUEA 5A2AA 4JIEA 3W26A 4PEEA 1HN1A 3FHQA 2WMGA 1JDCA 1W2VA 4AC1X 1QNQA 1CNVA 4KRUA 1NWTA 3APGA 1QNOA 3CZEA 4J3WA 2PWFA 1UR4A 1JZ6A 1W9VA 2VO5A 2WZEA 3KZSA 4MJ4A 1E0WA 1DWFM 4F9DA 4WKFA 3SCOA 5D8ZA 1PEZA 3WH9A 1EH9A 1W1VA 3GXFA 4PCTA 1ITCA 2VRQA 1SFSA 2VRKA 1L8NA 1OBAA 3AISA 2EPNA 3RM4A 3WFZA 1FFQA 1GOQA 2D22A 4JCLA 1R7OA 3MUAA 1BYCA 6A3HA 4ZEPA 1KXHA 3M7SA 4BQ5A 4UQCA 2J7FA 1WAWA 3KEHA 1RD6A 2JE8A 2WWCA 1CZ1A 1RPKA 3VD7A 4RE4A 1TG7A 1KGXA 1AQHA 3EMQA 3WELA 1ZB5A 2XSBA 1M53A 1CXFA 3NUKA 3M46A 5DT7A 2J4GA 2BVYA 3ECQA 2J7HA 1AQ0A 1MW3A 4TOQA 3UEQA 1O7AA 1EHAA 3WIJA 3W29A 1P6WA 3MMDA 3UERA 1HVQA 3MUIA 1PX4A 4H41A 2CBVA 1X6NA 2JALA 2UY3A 3MV11 3VNZA 1HKIA 4W84A 3A3HA 4P7RA 5CPSA 3PZVA 3T2QA 1UKOA 2EJ1A 4AY1A 1ISZA 4UQDA 4ATWA 1GOOA 2BVDA 2BVTA 3HN3A 5GNZA 5GNXA 3UESA 2G3MA 1H3GA 4AZ5A 1GZJA 4HPHA 5FD0A 2FHFA 5I2UA 3CUFA 4AZHA 3I3DA 2J7GA 4LGXA 2EBNA 3WENA 2ZUSA 1US3A 1UYQA 5IHSA 4H8VA 3ALFA 1YQ2A 2J7EA 1V0NA 3PN8A 4W8BA 2XTKA 5M17A 2D24A 4CU7A 1JFHA 1HJQA 3BLKA 4JCMA 5A8OA 3K8LA 4BCEA 5BXPA 1MXDA 3AHYA 4UZSA 2BHYA 1KR1A 1JD9A 4HOWA 3WEOA 2WNWA 4GPNA 4P8WA 1JI1A 4OBSA 1R86A 3AMGA 3NSXA 5DF0A 3GH5A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CG0 A;  4MPK A;  1HKK A;  4PRW A;  1CBG A;  2DT2 A;  3AIB A;  4AD4 A;  3AS1 A;  1HT6 A;  1QW8 A;  1UHV A;  1QHZ A;  1UD8 A;  3PZU A;  1B3X A;  2WVS A;  3AHX A;  4M82 A;  2WPG A;  2D0H A;  3ZST A;  1QPK A;  2JF6 A;  1LG1 A;  3WMB A;  1BHG A;  3RJX A;  5A2C A;  1C3F A;  3J7H A;  2YKK A;  2DSZ A;  5M5D A;  2GDU A;  4GO9 A;  4NRR A;  1E40 A;  3SCV A;  2PF0 A;  1E73 M;  1FFR A;  4H7V A;  4E8D A;  1UWR A;  2YL9 A;  3ZSS A;  4AYS A;  4F66 A;  1E43 A;  2IXV A;  1VAH A;  2OLH A;  4PMU A;  2J7C A;  4CD5 A;  3AYS A;  4U33 A;  3WL1 A;  3L4Y A;  1H41 A;  2WCS A;  3G6M A;  4PMN A;  1I1X A;  1CXE A;  2VZO A;  1V6U A;  1J0Y A;  4R5E A;  3BAI A;  2JIW A;  3PZN A;  1EA9 C;  4PUE A;  4DWS A;  4M81 A;  1QNP A;  1K9E A;  3WBE A;  1SYT A;  1KBK A;  2G3J A;  5GPR A;  5AC4 A;  3DYO A;  4CU8 A;  4PN2 A;  5JIP A;  1V03 A;  2XWE A;  5IDI A;  4B9Z A;  2ZIC A;  1E4L A;  2QLY A;  4IUG A;  4CU6 A;  3GXM A;  3L4V A;  4GQQ A;  4D6G A;  3B9D A;  3ZMR A;  5A2B A;  1XH2 A;  1JYN A;  4PYS A;  1UUQ A;  1E6Q M;  1EGZ A;  3O2L A; 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 3I3E A;  3RDK A;  2XGI A;  1J0K A;  3B8S A;  3WNM A;  1JYX A;  4PMR A;  1CPU A;  1PAM A;  1B3Y A;  5BXR A;  1R87 A;  2OYM A;  3MO4 A;  4TXE A;  4HZ6 A;  3FAX A;  3GYC A;  4WF7 A;  3DEC A;  4W8A A;  2EPL X;  2E4T A;  4NF7 A;  5KZ6 A;  3MS8 A;  2WVT A;  5CZK A;  5BWF A;  3AIC A;  4EAM A;  1GNX A;  4OZO A;  2VT0 A;  4E8C A;  3UG5 A;  3GBD A;  1KWG A;  5JUV A;  3WQ6 A;  1B90 A;  3SCP A;  2CHO A;  1HXJ A;  4AZC B;  4Z2H A;  3W6M A;  4IPN B;  4UZU A;  4L4O A;  3VVG A;  4W5U A;  3OLI A;  3CTT A;  3ARX A;  1QI2 A;  1QBA A;  1CXK A;  3EMC A;  1V0M A;  4U3A A;  3VD5 A;  2QHA A;  5ABE A;  1KR0 A;  1R8L A;  4RE3 A;  4W86 A;  1UKS A;  3AIR A;  4BS0 A;  4C7G A;  1FOB A;  3WL0 A;  1GVI A;  1PIG A;  1HIZ A;  1DP0 A;  1RP9 A;  5I77 A;  5IHR A;  5LA1 A;  2Y8K A;  5FKY A;  3NIY A;  1XH0 A;  1EXP A;  2XVK A;  5HXM A;  3MMW A;  4WLC A;  1PZ2 A;  4DM2 A;  3T08 A;  1V3L A;  1V02 A;  5FOO A;  2VZS A;  1XYF A;  5KEZ A;  1GQK A;  1TVP A;  2WW5 A;  4JKL A;  4QCE A;  3ARQ A;  3W25 A;  3SCQ A;  2V5D A;  1VFU A;  3OIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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