3W53A

Crystal structure of psychrophilic beta-glucosidase bglu from micrococcus antarcticus
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
469
structure length
469
Chain Sequence
MNHLSQKFAWPKEFLWGSATAAAQIEGAGHSYGKEDSVWDAFARKEGAIAGGENLEVAVDHYHRYREDVQLMRELGLDSYRFSTSWARVVPGGRTVNPEGLDFYSRLVDELLENGILPWLTLYHWDLPQALEERGGWTNRETSYKFLEYAETVHEKLGDRVKHWTTFNEPLCSSLIGYAAGEHAPGRQEPQAALAAVHHQHLAHGLATARLRELGAEHIGITLNLTNAVPNNPGDPVDLEAARRVDALWNRMYLDPVLRGSYPEDLLEDVQGLGLAEVIEAGDLEIISQPIDFLGVNHYHDDNVSGHPLPAGQPQPVVPTDSPKSSPFVGSEYVTFPARDLPRTAMGWEVNPEGLRVLLNRLNQDYANLPSLYITENGASYTDTVTEAGTVEDPEREEYILNHLDAVVRAIADGVDVRGYFVWSLLDNFEWAWGYAKRFGIIHVDYQTQVRTIKNSGKAYAGLIAANRT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title Structural and biochemical identification of key factors responsible for cold adaptation of Micrococcus antarcticus beta-glucosidase BglU
rcsb
source organism Micrococcus antarcticus
total genus 193
structure length 469
sequence length 469
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-01-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3w53A00
5A2CA 3UG4A 3VPLA 1KGUA 4MB3A 3IJ9A 5DMYA 3WQVA 3FXYA 4AYSA 1PBGA 1BG9A 1HXJA 1KXVA 4D71A 1XYZA 2ZE0A 5TD4A 4X0NA 1EO5A 1MW1A 2VL4A 5DFAA 2D22A 1CGWA 1FP9A 3WDJA 4OOUA 3AIQA 1KCKA 2EPNA 1R85A 2JE8A 1JZ2A 1FHLA 5ABEA 1ZBVA 5CPSA 2WHMA 3UR8A 2A3AA 3K4AA 2XG9A 1GORA 5M5DA 1FH7A 4GI8A 3E1F1 4CD4A 3W26A 3RDKA 1V02A 1JAKA 1XGZA 3CZGA 5ABGA 2NT1A 4D6JA 2PC8A 4J3UA 1UKPA 1UR9A 4ATWA 1VJSA 2XFRA 2UY5A 1C3FA 1HJVA 4AEFA 3ZR6A 1GOOA 2YA2A 1UR4A 3VVGA 1HKIA 3L4VA 3LPFA 3WH6A 5JBDA 1WZLA 3GXDA 1E3XA 3A4XA 2BY3A 3J7HA 1V08A 3SCNA 3IAQA 4ZEPA 1VF8A 3PZQA 1JDCA 4HPGA 3D3AA 4W87A 5CGMA 5I78A 4MJ4A 4W89A 1TMQA 2QPSA 2JF6A 4JL2A 2WVSA 2OWCA 1ISVA 1W3HA 1C91A 3CZKA 1SYTA 1MQPA 4B9YA 2DT2A 5F7UA 4ACYA 2GDVA 3WNLA 3VNYA 1IV8A 1NARA 1WDPA 3NCOA 3WDPP 4KWUA 3W38A 1LG1A 5LA1A 1IT0A 2FDMA 3AYSA 2PBOA 4MB5A 1VEPA 1F4HA 3K46A 4DM1A 2ZUUA 1UKQA 4OUEA 3VILA 4Z2LA 4K68A 3VIGA 4MAVA 1H5VA 1B3YA 1LJYA 3O6AA 1W9XA 2VX5A 2XUCA 1V6VA 1F4AA 1MW2A 2C0HA 1ZBKA 2VR5A 4JFUA 4BZYA 4Q7NA 4NI3A 3RMEA 2VZVA 1M53A 1WDRA 1Q6GA 1QBBA 2OWWA 3WUEA 5A6KA 4GINA 3T09A 3ZT6A 3TTQA 2VZOA 4J3WA 3W82A 3W24A 4CD8A 3GXFA 3WSUA 3MUY1 2FH8A 4U33A 4U5KA 3WIJA 1HL8A 4LX4A 1RP9A 1E56A 1QW8A 2VRJA 5E09A 1B3VA 2PWEA 4PMNA 4AD3A 5IHSA 1QNOA 3ARUA 2W67A 2EO7A 2Y8KA 3MMDA 1C8QA 3CPUA 3QGVA 5E70A 4PSPA 1XH2A 3O2LA 1BYAA 3TTYA 3OBAA 2DT3A 4AD5A 1MW0A 5JBFA 3WDQA 2VT0A 3PTQA 4JKMA 1ZBCA 1HIZA 1HL9A 3VD9A 1XHGA 3RJYA 1NH6A 1M04A 4J28A 2YL5A 1LWHA 5FL0A 3MUIA 4NRRA 2EPOA 4HA3A 1B90A 1KWKA 9CGTA 1E3ZA 2WWDA 1WE5A 3AIRA 3GH5A 3VOCA 4OZOA 2XFFA 3M7SA 2XVNA 1MFUA 3WD1A 1LL7A 1NWRA 2IUZA 1QI2A 1KGWA 2VC9A 4F66A 1W32A 2WK2A 4E2OA 5HPOA 4AC1X 3WD0A 1CLVA 3UERA 3CUIA 1PPIA 2WXDM 1I1XA 2X09A 1UWTA 4UFIA 5GPRA 4A3HA 5JIPA 1UWRA 4GIAA 4AW7A 3MUAA 3NSXA 4HOXA 5E6ZA 2E9MA 3EDDA 4QDMA 1HKJA 3VKKA 2EPMX 3K1DA 3A4AA 4R27A 3BSHA 3S2CA 2YLLA 3NUKA 1MYRA 1UWQA 2FH6A 4L4PA 1EHNA 4PBGA 4Y7EA 4CN6A 1JZ4A 5E0CA 1VBRA 1KGXA 2GJXA 2J8GA 4TVDA 1GZJA 1HJSA 3BAXA 1US3A 2J74A 4H8UA 5A2AA 5DT7A 5DF0A 1J0ZA 2W61A 5E0FA 4DWSD 3U5YA 3UEQA 6A3HA 4GQRA 1KXQA 3QHMA 3VM5A 3CO4A 3OZPA 3VX1A 2VX7A 4QFUA 2A3HA 1AVAA 3MV01 1ISXA 3BLKA 1JFHA 1KWGA 3O9NA 3WELA 3PZOA 5M17A 2XVLA 1LWJA 2O92A 2XTKA 3W0KA 2CHOA 4NRSA 2J7DA 4E4PA 5FL1A 5EFFA 2WANA 2X1IA 6CGTA 3ZJKA 2CKSA 1VIWA 2D0HA 3CUFA 4D6EA 2Q8XA 3WBAA 1WZAA 4PYSA 1KB3A 5I2UA 5D9NA 2CETA 4W8AA 2ZUMA 3FAWA 1JZ8A 5E6YA 4UQDA 1P6WA 1XD0A 2Z1KA 1E5JA 2EBNA 2QPUA 4F8XA 1QNRA 4W8LA 2OYLA 3DYOA 1JI2A 1MQRA 3AISA 2WC7A 3VTRA 1UA7A 4PMRA 1O6IA 3TOPA 1ISYA 3MS8A 4PTVA 4M24A 4D72A 4OBRA 1B0IA 5GQBA 1LL4A 1JDAA 2E9BA 5BXSA 3AIUA 5EMYA 2W92A 3VIOA 1WKYA 1CZ1A 4UQBA 1VFUA 1CXKA 1CEOA 3PZTA 4WSKA 4UZSA 3OLEA 4MDOA 1RH9A 4H7VA 1BSIA 1J0KA 1B3ZA 3VDHA 4HOZA 5I3DA 1D7FA 1JYVA 1J0JA 3PZNA 1EQCA 2VUYA 4DWSB 1Z32X 1CNVA 2UY4A 2VQTA 1R86A 3AIVA 3FW6A 4AXNA 1PIFA 2YBTA 1GCYA 2OWXA 1CGVA 4EKJA 5IXEA 2YKKA 1JL8A 4CGTA 2ZXDA 3QOMA 4BQ4A 2ZUVA 1KQYA 4JCMA 1U33A 2XPKA 4H41A 1R7AA 4GQQA 1E72M 4CU7A 3AYRA 4PCSA 3W29A 1VRXA 4JIEA 2A3EA 2CESA 4AD0A 4M80A 1V0KA 5BXRA 1TCMA 7TAAA 4J27A 1W9BM 3PZGA 1E6RA 3AS1A 3QHNA 4LPCA 2X05A 1VFMA 2CERA 4LQ1A 2XSBA 3OIHA 4AY1A 2OYKA 4R5EA 2V38A 4HMCA 1K9TA 3WNKA 3W6LA 5CQ1A 1TR1A 1AQMA 1UR2A 1C8YA 3VD3A 2ZOXA 4ZXOA 1H1NA 2ZWYA 4XB3A 3AHZA 1X1NA 1AMYA 3GNRA 1EOMA 5EBAA 1FH8A 3I3DA 3SUVA 2ZX8A 3AHTA 5A8PA 2V3EA 3PTKA 1E6SM 3LPGA 1CGTA 3B9DA 3NDZA 3RM4A 3L4YA 2F2HA 3APGA 1TFVA 2VQUA 1UOKA 1W2PA 2YDSA 1DWGM 1XD1A 3THCA 4J3XA 1HP5A 4RE2A 2DQXA 1B3WA 4A3YA 2E40A 3W81A 3AHXA 1CXIA 3SEPA 4AZGA 1Y7VA 3GTNA 4GXPA 1UD2A 1GPFA 3F4VA 1CXFA 3UCQA 1UR1A 3FHAA 3VUPA 1V6UA 4BQ2A 1B2YA 1HF6A 4KH2A 2W62A 3T2PA 3SCSA 3WBEA 4CD7A 4WSJA 4C7GA 2WVVB 3BSGA 3ECQA 2WBKA 2G8ZA 3U5UA 3MMWA 1KBBA 1DWIM 1J0HA 2WKLA 1V6XA 2J7CA 1H2JA 3CZLA 3PZIA 2XGBA 1EOKA 3AIEA 1QOXA 1E6QM 2W5FA 3BAYA 4HOWA 3ZM8A 4M82A 3M6DA 4WLCA 5CPQA 2Y4SA 3N17A 2WHKA 1V3KA 1W1PA 2XVKA 1QHOA 4MB1A 2XFYA 1V6WA 1QNSA 1UKOA 1GQLA 2WSPA 3EDEA 1R7OA 3U7VA 2TAAA 1ZBWA 3VMOA 1YQ2A 2WCGA 1E4MM 2XJ7A 2QMKA 1TE1A 1UQYA 2BV9A 2YL9A 3BXWA 5CGTA 3VD7A 3N11A 3M07A 5D9MA 4PRWA 2DH3A 3AROA 1HJUA 3FNDA 2ZX7A 4MTVA 3WNMA 4MNMA 5A8OA 1ZJBA 5I77A 2ZWZA 4UQ9A 4V27A 2D24A 4PMZA 4DWSC 1V3JA 1PIGA 1PX4A 4F9DA 4JHZA 2YL8A 1D3CA 3SUWA 3WMSA 1WB0A 3CHDA 3NYDA 4JAWA 1CXHA 2XIBA 1GJWA 3KL0A 2W63A 1BLIA 4LXFA 1GOQA 4XZWA 4B3LA 4CU6A 3AXHA 1PZ3A 3GYCA 1KXHA 4JCLA 3WFLA 1V03A 5C70A 3AMKA 3VMNA 2EQDA 4XZBA 3WNOA 1J18A 1G01A 3LMYA 5BROA 6TAAA 1EDTA 2VCCA 1XSKA 4EANA 1RP8A 2AAAA 4HMEA 4AIOA 3CLWA 1XRVA 4B9ZA 1VEMA 2XSAA 4W7UA 4JFSA 4N0RA 1V0LA 2VZTA 4KMQA 2WC4A 4AZ7A 1AQHA 3GNPA 3OGSA 5ABFB 1JNDA 2Y24A 3AICA 2CKRA 5I24A 5HOSA 1J0IA 2FHCA 2YDQA 2W4XA 4P7OA 3WH5A 2YL6A 1W9DM 4YHEA 4BQ3A 2XIIA 1GHSA 1US2A 3CBWA 4AISA 1XH0A 2D3NA 1H49A 2G41A 2HVMA 2XVPA 3MUZ1 1VJZA 2J7FA 2DSZA 1QI3A 4PMOA 4ZXLA 3BGAA 3CMGA 4E8DA 3RM9A 5HXMA 2GJRA 4CN1A 4EAMA 4UOQA 4GO8A 1JYXA 2RGMA 2RGLA 2GK1B 1C7TA 2BY1A 2XYLA 1CECA 1DEDA 3PZ9A 3ALGA 2VCAA 1UD6A 3UESA 3AQUA 3WQ6A 1UWUA 4IUGA 4C7FA 3OG2A 2PWHA 1CTNA 3WH8A 3ZJ7A 1OGSA 2CNCA 2A3BA 1OT1A 4U5IA 1UA3A 1JDDA 2CCRA 1VEOA 3PBGA 4TX6A 1OB0A 4CCDA 1W9UA 4P8XA 1HT6A 3WH9A 3WF0A 2D3LA 4FLRA 2VTFA 1E70M 1C7SA 3IJ7A 1GQJA 4U31A 3WQ4A 2PWDA 4D6DA 3DYMA 2VI0A 3AI0A 1G94A 5GNZA 4U3AA 3MO4A 3VIFA 2WMIB 1ODUA 3ARWA 1JG9A 1E6ZA 4DM2A 1CXEA 4KGJA 1OSEA 1XSIA 4UQEA 1Q4NX 1MVYA 1ISWA 4ATDA 4DUXA 4PUDA 5AYBA 1GOWA 5HPCA 2EXOA 3OB8A 1Q6CA 4YPJA 4F9JA 4M29A 2ZUSA 1E1FA 1O7AA 4CKQA 3QR3A 1SFSA 4XX6A 1X6NA 1RPKA 3B8SA 1HKMA 1MFVA 4AD2A 1K9FA 2PF0A 2BVDA 2CHNA 4V28A 4P7NA 3T2OA 1V02E 2DDXA 3CZEA 4D6HA 2A3CA 4Z2IA 5D9OA 2YLAA 3BLPX 1W91A 4UFKA 4UNIA 5AYIA 5HNNA 1FHDA 5CZKA 5EFDA 1ODZA 1B9ZA 3BAJA 4DWSA 2V5CA 4AZ6A 4E8CA 1W1YA 4AZ5A 4TXEA 3AXXA 1Q6FA 3AXIA 4CU8A 3EBVA 5KEZA 1U2YA 3EDJA 3WF2A 1H3GA 3ARTA 3EMZA 4M8UA 2BHYA 1XV8A 1E6PA 1A3HA 5JUVA 4EK7A 3ARZA 2AOSA 2J8FA 3AFBA 2WZEA 5A2BA 3FAXA 4HU8A 5C71A 4FLQA 1J12A 3RCNA 4J3TA 3AZSA 1JXKA 2VCBA 3VM7A 5A69A 1C92A 4BA0A 3EMCA 2BFGA 3DC0A 4WK9A 4BS0A 2W91A 4KRTA 1PAMA 3GBDA 2WZIA 1JZ3A 3KZSA 4WKAA 4HTYA 2J7BA 3OGRA 4QAWA 3AIBA 4MNJA 1OD0A 1CENA 1A47A 1LG2A 1V6YA 2BS9A 2JEPA 3VIIA 1E6NA 4W84A 1CGYA 4H04A 4PTXA 2WMHA 4RL3A 3ZJ6A 3AHVA 3VU2A 1GNXA 1BGGA 4MNKA 3A4WA 4HA1A 3BH4A 5A95A 4FMVA 3GNOA 4UQCA 3SUUA 5AY7A 2JIWA 3WUBA 4J7RA 2MANA 1OBAA 3FY1A 3VINA 3ZR5A 2XHYA 3CMJA 3F5JA 4OIFA 2YIHA 3WF3A 5I6SA 2JF7A 4W8BA 2OSWA 1QI5A 5BRPA 4Z2HA 4UFLA 1W3JA 3KL3A 3CHFA 1CGUA 1G9HA 5LA0A 5A3HA 5AC5A 3AHYA 3WQ5A 2DT1A 3EDKA 2V3DA 1BVZA 3I3EA 1BHGA 3PZVA 1LLOA 3WQ8A 1GOMA 3WNNA 1JNEA 1HJWA 1J01A 4W5ZA 1N82A 1UD5A 3TA9A 4TX8A 3PZUA 1QI0A 3GH4A 4PMUA 1XCWA 1BFNA 2EJ1A 3U7BA 3F5LA 3IJ8A 2JEQA 3CGTA 4P8WA 3L2LA 1JAEA 2E9LA 2GVYA 3K8KA 1DWFM 2WVVA 1H0IA 2CBUA 5JIWA 2J7HA 2BVYA 4PTWA 3TTOA 3VGEA 4AIUA 1PEZA 4PMYA 1MWOA 4Q22A 4H2CA 1HP4A 1BG4A 3EMQA 3AMLA 3WKZA 1DWHM 2F8QA 2ZXQA 2O9OA 2DH2A 4WKHA 3WEOA 2GFTA 1JXJA 2WMGA 3CUGA 1Q6DA 1QNQA 2C7FA 2CYGA 3CZ8A 1JF6A 5A6BA 3WUGA 3TONA 4CD5A 4NF7A 4IM4A 1SR0A 1UHVA 1V0NA 3L4WA 2CBJA 3GXIA 2DSVA 3LPPA 2WM0A 2WVTA 3MU7A 1EHAA 1LF1A 5IDIA 4CD6A 4GI9A 2OSXA 1CDGA 1VB9A 3BCFA 1JZ5A 1CGXA 4KGLA 2FGZA 4MNLA 1B30A 5ECUA 2PB1A 1UZ4A 3L2MA 4W7VA 3WFZA 4W7WA 2ZICA 5A6BD 1L8NA 1QI4A 1VFOA 2BY0A 3AMDA 5FCZA 4L4OA 4MJ2A 2DEPA 2OYMA 2J25A 2Z1SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5A2C A;  3UG4 A;  3VPL A;  1KGU A;  4MB3 A;  3IJ9 A;  5DMY A;  3WQV A;  3FXY A;  4AYS A;  1PBG A;  1BG9 A;  1HXJ A;  1KXV A;  4D71 A;  1XYZ A;  2ZE0 A;  5TD4 A;  4X0N A;  1EO5 A;  1MW1 A;  2VL4 A;  5DFA A;  2D22 A;  1CGW A;  1FP9 A;  3WDJ A;  4OOU A;  3AIQ A;  1KCK A;  2EPN A;  1R85 A;  2JE8 A;  1JZ2 A;  1FHL A;  5ABE A;  1ZBV A;  5CPS A;  2WHM A;  3UR8 A;  2A3A A;  3K4A A;  2XG9 A;  1GOR A;  5M5D A;  1FH7 A;  4GI8 A;  3E1F 1;  4CD4 A;  3W26 A;  3RDK A;  1V02 A;  1JAK A;  1XGZ A;  3CZG A;  5ABG A;  2NT1 A;  4D6J A;  2PC8 A;  4J3U A;  1UKP A;  1UR9 A;  4ATW A;  1VJS A;  2XFR A;  2UY5 A;  1C3F A;  1HJV A;  4AEF A;  3ZR6 A;  1GOO A;  2YA2 A;  1UR4 A;  3VVG A;  1HKI A;  3L4V A;  3LPF A;  3WH6 A;  5JBD A;  1WZL A;  3GXD A;  1E3X A;  3A4X A;  2BY3 A;  3J7H A;  1V08 A;  3SCN A;  3IAQ A;  4ZEP A;  1VF8 A;  3PZQ A;  1JDC A;  4HPG A;  3D3A A;  4W87 A;  5CGM A;  5I78 A;  4MJ4 A;  4W89 A;  1TMQ A;  2QPS A;  2JF6 A;  4JL2 A;  2WVS A;  2OWC A;  1ISV A;  1W3H A;  1C91 A;  3CZK A;  1SYT A;  1MQP A;  4B9Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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