3WBAA

Rice os3bglu6 e178q with covalent glucosyl moiety from p-nitrophenyl glucopyranoside.
Total Genus 193
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
193
sequence length
478
structure length
478
Chain Sequence
GLTRGSFPEGFVFGTASAAYQYEGAVKEDGRGQTIWDTFAHTFGKITDFSNADVAVDQYHRFEEDIQLMADMGMDAYRFSIAWSRIYPNGVGQVNQAGIDHYNKLIDALLAKGIQPYVTLYHWDLPQALEDKYKGWLDRQIVDDFAAYAETCFREFGDRVKHWITLNQPHTVAIQGYDAGLQAPGRCSVLLHLYCKAGNSGTEPYVVAHHFILAHAAAASIYRTKYKATQNGQLGIAFDVMWFEPMSNTTIDIEAAKRAQEFQLGWFADPFFFGDYPATMRARVGERLPRFTADEAAVVKGALDFVGINHYTTYYTRHNNTNIIGTLLNNTLADTGTVSLPFKNGKPIGDRANSIWLYIVPRGMRSLMNYVKERYNSPPVYITENGMDDSNNPFISIKDALKDSKRIKYHNDYLTNLAASIKEDGCDVRGYFAWSLLDNWEWAAGYSSRFGLYFVDYKDNLKRYPKNSVQWFKALLKT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase 6
publication title Enzymatic and structural characterization of hydrolysis of gibberellin A4 glucosyl ester by a rice beta-d-glucosidase
pubmed doi rcsb
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 193
structure length 478
sequence length 478
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-05-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wbaA00
1K6AA 1MW3A 2D23A 2OSYA 1EIBA 4D6FA 6A3HA 5M5DA 2V38A 2PBOA 3K46A 2ZUVA 3CTTA 2VVSA 1GJWA 3M46A 4GO9A 2OWWA 4Y7EA 5IFPA 4CCEA 7A3HA 4DUXA 5CGMA 5GQBA 1F4AA 4LPCA 1E6XM 3SCOA 1UH4A 1V3IA 1PZ2A 1ZJAA 2QPUA 2OYMA 3ZJ8A 3WH6A 3CMJA 1W2VA 3AMGA 4X9YA 5BRQA 4D1JA 4OOZA 1VENA 1B3ZA 1QI5A 3PZTA 5KEZA 5ABHA 3AMCA 5ABFB 4KRTA 5BXRA 9CGTA 1JZ2A 1B30A 4U2ZA 2XJ7A 3SEPA 4AD5A 1PZ3A 4CVUA 2GJPA 4JKLA 5E9AA 4GINA 2E3ZA 1W3HA 4PUDA 4M80A 2QLYA 1XYFA 2D20A 3W0KA 4H8UA 1WZLA 1VEPA 5JBDA 2FGZA 2E9MA 4S3JA 5DMYA 2CERA 3ARTA 4ACZB 3L4WA 1PEZA 3VM7A 1B3XA 2GJXA 2DSKA 2PI6A 3VD3A 3DECA 3MU7A 4EANA 4M24A 1B2YA 1K9FA 3GXMA 3HMCA 3VDHA 2OYLA 1FHDA 3AROA 4GZIA 1NH6A 3GNOA 1H0GA 1JDAA 3JUGA 1R8LA 4YHGA 2XVKA 3WF3A 3T09A 1GOOA 1E0XA 3WEZA 4ATDA 3I3EA 3WUGA 4E8CA 5C71A 3ZOAA 1E15A 3VGEA 3WMCA 1HKJA 3WUEA 1E6ZA 1KGUA 3F4VA 2PC8A 1CLVA 4J3UA 3N12A 4R5EA 2Y5EA 1W1TA 2XFFA 1EO7A 1J0HA 2Y4SA 3HJEA 2YDRA 3MSGA 3II1A 1RD6A 4Z2LA 3DYMA 3GXFA 4URIA 3L4UA 1BQCA 5CXPA 3WF4A 2JF7A 2WCSA 1JZ8A 1KXHA 4HA4A 4PSPA 1V0LA 2AAAA 4H7VA 4PMVA 3WY1A 3RIKA 4TTGA 4HMDA 2WHMA 4U3CA 3VIOA 1HN1A 1E43A 1PJ9A 1PPIA 2VQUA 3AISA 1JZ3A 1FOBA 2ZUNA 4CKQA 1JI1A 2XPKA 4BS0A 2F61A 4D6CA 3WQWA 1CGUA 3GXDA 1OWQA 2XVLA 1GONA 1Z32X 2PB1A 4JKMA 1ESWA 3ZIZA 1G5AA 1HJUA 4K68A 2NT0A 4AYSA 4F8XA 4L4OA 1LLOA 3LPGA 1Q6EA 4UFMA 2CNCA 5TD4A 1NOWA 4D1IA 4WSJA 1V3MA 3OGRA 4JIEA 3T0AA 2J8FA 3J7HA 1PBGA 3WBEA 1RH9A 1BLIA 2XSBA 5M17A 1E56A 4B9ZA 4HU8A 4LYRA 1C8QA 4V2XA 5A6BD 3WL1A 2J62A 5LA1A 1FH8A 3D5HA 2ZOXA 4C7GA 3WFLA 1M03A 2QHAA 5I5RA 2ZXAA 2Y2WA 4OBRA 4IISA 4ZE5A 4AEEA 2D0GA 3AIBA 1BTCA 4JZ5A 4PCTA 3CGTA 2VNCA 3WDQA 2X0YA 2EO7A 3EDEA 1VFOA 5E09A 1JZ5A 1CLXA 4D6JA 2V3DA 3ZQ9A 3OLEA 2E0PA 2FHBA 4MNLA 2NT1A 2VTFA 4BQ5A 2XHYA 4HZ8A 1DWHM 1GNXA 3AHVA 2VX5A 3BLKA 5CPQA 2EQDA 5AYBA 1XCXA 3MUY1 2WBKA 2XYLA 1TA3A 4AZGA 2X0HA 2XGBA 1E6NA 3A4AA 4F79A 3ARSA 1UZ1A 3AOFA 3AYSA 3U7VA 4J3VA 4WKAA 5DO8A 1UA3A 4XZBA 2VCAA 4H8HA 4J3TA 2W91A 3WN6A 2GVYA 1BYCA 2JEQA 4HMCA 4YPJA 3K8LA 1BGGA 3TONA 4ATWA 4QLJA 1JYWA 4PYSA 4U33A 3RDKA 1KFWA 4OOUA 2QMKA 1E3XA 1BSIA 3AHYA 1CXIA 2YBUA 3WD4A 2Y8VA 1ZBWA 2A3EA 2BS9A 1R7OA 3SUVA 1W3JA 4WSKA 3FXYA 4TVUA 1ISWA 1KWKA 1I1XA 2TAAA 2YDQA 5CZKA 5KZ6A 4DWSB 2NSXA 1CXLA 3UG5A 2CHNA 5BRPA 3SURA 4DM2A 3QHMA 1QI2A 1NOFA 1R87A 4W7WA 4D71A 3WDPP 3VD4A 3M6DA 4UQAA 5E70A 3WDRA 3CMGA 3BSHA 5GNXA 4JCMA 3VILA 4MDPA 1OT2A 3OGVA 4PEEA 5FD0A 2PF0A 4TVCA 1HT6A 1UWTA 4X0VA 3WH9A 1UR8A 3OA5A 4P7LA 5IXEA 3PZQA 1RP9A 4WKHA 1VB9A 2J7BA 2D3NA 4ATLA 1UH3A 2CBJA 2WC3A 3RPMA 1C7TA 5A95A 1FP8A 3SIMA 3ZMRA 1VFFA 2VX7A 3U57A 5CPSA 1CGYA 2G8ZA 1SMDA 1JZ4A 4HPGA 1XH0A 1HX0A 4CN1A 1YQ2A 5A8MA 1N82A 1TUXA 3NJ3A 4BCEA 1GCYA 1E55A 4B3LA 2WXDM 5HNNA 2WBGA 4EK7A 1B0IA 3VGHA 1KQZA 1GQIA 2G4FA 5JUVA 2ZXQA 2V3FA 1NWUA 3UR8A 4W88A 3WNKA 2OSXA 4MB5A 3HN3A 5AC5A 3DC0A 2ZWZA 3OZPA 3WQ8A 3GH7A 1CENA 4HTYA 1CTNA 4U2YA 3ZM8A 2VQTA 5HBFA 2WKLA 2GK1B 1W9UA 1NWTA 1EDTA 1WKYA 3VIMA 3G6MA 1O6IA 2YA1A 3IJ8A 1LWHA 4MJ2A 1KBBA 3OLDA 1W2PA 4J3WA 1XSIA 2WLYA 1V3HA 1FFRA 2XVNA 1UD6A 4AZBA 3SCTA 2OSWA 1TMQA 2BVTA 2J79A 2RGLA 3VX1A 1XHGA 3W38A 2CXGA 4HA1A 4UTFA 4NRRA 4PN2A 2Y24A 1UZ4A 4GI6A 2A3AA 2JFEX 3L2MA 1UHVA 4W86A 1GOIA 1J18A 3W37A 1E6PA 1L0PA 4C7DA 4YN5A 3CZKA 1JD9A 4RL3A 3SUWA 5BXTA 3VMPA 3BLPX 5FCZA 2ZXBA 1E5NA 3VMNA 2GDUA 2Z1KA 5JBFA 3K1DA 4M56A 1H11A 1Q6GA 3CUHA 1WNOA 2ZXDA 5E0FA 4XB3A 5D9OA 2W61A 1HL8A 4W8BA 4H41A 1MQRA 4NRSA 1NQ6A 2JEPA 4FLQA 2VZVA 2WHJA 4V27A 3UR7A 3WIJA 2V3GA 3VD9A 4UCFA 5EMYA 3L4ZA 2QV4A 4ZFMA 4E2OA 4AWEA 2PWGA 2XM1A 1UD2A 2OWCA 1J0IA 5GNYA 3W29A 1HXJA 3MSDA 3AS1A 4IUGA 1WO2A 1XCWA 1KQYA 1JFHA 4MJ4A 1E4NA 2EEXA 5ABEA 5EFDA 3A4XA 4M81A 5DFAA 3WFZA 4PBGA 5IFTA 4TXEA 1G0CA 3AMDA 3ZJ6A 3T0DA 2BY0A 1UWUA 1XRVA 1US3A 4GI8A 1V03A 1QNPA 3MUZ1 3ECQA 4AMCA 1A47A 1AMYA 1JI2A 2DSVA 5I78A 3RJXA 3N04A 3AJ7A 4M8UA 1XC6A 3F5KA 4MAZA 2MANA 3UESA 4DWSD 3FHAA 3FY1A 4IM4A 1E1FA 5A8PA 2ZUMA 3ZO9A 5ABFA 1Y7VA 3N1AA 4JHOA 4TTUA 1BVNP 2VX4A 3WL0A 3POHA 4CVWA 3BCFA 3T2QA 3VPLA 3NDZA 1EQPA 1UH2A 4Z2JA 2ZIDA 2ZX6A 1H5VA 1AQMA 2XIIA 1UQYA 4ACZA 1V6XA 4PMRA 3RJYA 4AIEA 1ITCA 1NOUA 2YL9A 4UOZA 1VAHA 1OM0A 3MUIA 7CGTA 1JYVA 4CD5A 2DT2A 1TE1A 2VT0A 1EO5A 2B31A 2D0FA 3DHUA 2JALA 4JFWA 3GNRA 3CHFA 1CGWA 1D3CA 2GJRA 4LGXA 4C7FA 3EYPA 2RGMA 2WVUA 1HJVA 1WZAA 4AISA 3FN9A 4P7RA 5E0CA 3DYOA 1JZ6A 4OJYA 2AMGA 3WMBA 4V28A 4CU8A 3ARXA 1KCKA 4P7OA 4PUEA 5E6ZA 2G3IA 2YL8A 1GOMA 4J3XA 1JAEA 4PTMA 1GOQA 4QAWA 1HL9A 1L8NA 3ZR5A 2HISA 4F9JA 5DT7A 5AYIA 3PZGA 3GZAA 1AVAA 3IAPA 3BAIA 1ODZA 2QPSA 4JCLA 4JFVA 1E5JA 4PMNA 1OSEA 3W25A 1EDQA 2J7CA 3VTRA 1PX8A 4GO8A 2D3LA 2WMIB 2OYKA 3AXXA 2CHOA 1JAKA 2OWXA 1V0MA 4D6IA 3CHDA 3IAQA 1QPKA 1GW1A 2EPOA 2BVDA 4OBSA 1IT0A 1HF6A 1XV8A 3WQ6A 1GQKA 5JIWA 2BY3A 3VDCA 1DHKA 1MXDA 2J75A 2J8GA 3GH4A 1CXEA 4WIWA 3PBGA 2BNJA 3WEMA 3OLIA 1H0IA 4UQ9A 4WF7A 3U7BA 2J78A 3MMUA 1SFSA 1QHPA 1ZBCA 2IXUA 1UD3A 2ZUSA 3G6LA 4LYQA 1C3FA 2W66A 1CGTA 1X6NA 3TOPA 2FHFA 1ISXA 3NYDA 6TAAA 4AD2A 1QI0A 2D0HA 2PWHA 3RO8A 1NP2A 2YIHA 3CH9A 2CBUA 4OIFA 4QCEA 2PWDA 3QGVA 3FHQA 3ARVA 3PZ9A 3W82A 2VCCA 4WLCA 5I0DA 3T2PA 4UQBA 3PN8A 1BHGA 1IZJA 3BH4A 3VUPA 2GSJA 2ZWYA 1JL8A 1UR9A 4PMUA 3SCPA 1QVBA 4XZWA 1WDPA 2EJ1A 4J7RA 5DEZA 1BYAA 3MV11 3VIGA 3FAXA 1LL7A 3FNDA 3A4WA 2WC7A 3CUFA 1UWSA 2J77A 4AY1A 4UZUA 3BAYA 1OINA 4W7VA 3VGDA 2DT0A 1QNRA 5BXPA 3OBAA 2VO5A 4KGLA 4W7UA 4GIAA 4RE4A 2WMHA 4AZCB 3VOCA 2CYGA 1LG2A 4CCCA 4OUEA 3VO0A 3AMKA 2G3JA 4B3KA 4CGTA 2E9LA 3SCWA 2W63A 1VJSA 1KBKA 3VGFA 4CN4A 1ZL1A 4LX4A 5A94A 4LXFA 2VOTA 4UQDA 2VR4A 3MV01 2DSZA 3CIVA 2CCRA 2XG9A 1E70M 5I79A 4AC1X 3VD7A 1J0ZA 5FOOA 1GORA 1MW1A 1WPCA 4HZ7A 3ALFA 4W8AA 1DEDA 1DWJM 2CBVA 1PIFA 5BWFA 4PCSA 4F9DA 1QW8A 2JIEA 5I77A 4AZ6A 4UOQA 1QBAA 4BQ3A 3K4AA 4E4PA 4DWSA 4P8WA 3BAWA 1HJSA 3PZIA 1GOKA 1KXTA 3ARYA 1BAGA 5LA0A 1H49A 1VEOA 1XYZA 2WB5A 3ARPA 3KEHA 4PMDA 5D4YA 3WD0A 1QHZA 1R86A 1PX4A 3ARZA 4L4PA 1V0NA 5I3DA 2WZHA 1V3LA 4U5IA 2V5DA 1EQCA 2A3BA 3BMVA 1ECEA 4AZ5A 3ARUA 2DIJA 5EBAA 1XH2A 2DT1A 3UG3A 2WSKA 3IK2A 3RM4A 1K9DA 3EBVA 1V02E 2J4GA 3K8MA 1W9PA 1UWQA 1UKTA 3WNOA 1ZBVA 3CUJA 3ZJKA 3WNMA 1UKSA 2VX6A 3MS8A 1JNDA 1VBUA 3T2OA 1TFVA 2XVGA 1WZMA 1WE5A 3BSGA 4UOJA 3PZNA 1WDQA 1J12A 5F7UA 3FAWA 1R7AA 5CQ1A 3O2LA 1HVQA 4M29A 3VIKA 1S46A 1B90A 2WM0A 4QDMA 3VU2A 4XUYA 4FLOA 1C91A 5D9NA 5A6MA 5IHRA 5BYWA 2ZX5A 3WNLA 1MXGA 5IDIA 2VVNA 5A3HA 3BCDA 4HZ6A 5A6JA 2WHKA 2W92A 2GK1A 3IJ7A 3GNPA 4UQEA 3VM5A 4AW7A 2V3EA 2G41A 3EDJA 3UCQA 2BHYA 1WAWA 4UNIA 1CXHA 1EOKA 4UFJA 3VNZA 5FKYA 1V02A 3T08A 3VIHA 3CUGA 1CGXA 2A3CA 4YHEA 4PMQA 2VZSA 3N18A 4TVDA 3U5UA 1AQ0A 1W1YA 2D22A 5D9PA 4FF5A 3D3AA 4GI9A 4N42A 1HNYA 2G3NA 1EGZA 4GPNA 3WD2A 3QOKA 1JXKA 3B9DA 3WNPA 5DT5A 2EPKX 1LG1A 2CESA 2G3MA 1QNSA 5D8WA 1QOXA 2J25A 3W6LA 1JGIA 5JBEA 3KE0A 1RPKA 1OBAA 3A3HA 3AIEA 2ZE0A 1J10A 2WVVB 2QF8A 1UD5A 2CKRA 2X09A 3CLWA 5LYRA 4AZHA 2C8NA 4JFSA 1QHOA 2YLLA 4OZOA 4W87A 3W28A 1OIFA 5EFFA 2YOCA 2UY5A 2DIEA 2ZX8A 4BZYA 3W6MA 2WYSA 1VFUA 1HIZA 1CXKA 4AD4A 1HP5A 3W53A 3BAKA 1KWGA 3GBDA 5A2BA 3WH8A 4MB3A 3SCUA 4FLSA 5C70A 1W1PA 4A4AA 3U5YA 1JDCA 5C8BB 2WMGA 1KCLA 3TP4A 1BVZA 4ML4A 2VMFA 1W9DM 2WCAA 3DYPA 2C0HA 4PTWA 3RILA 1TG7A 4R27A 3UERA 4B16A 3AMLA 4S3KA 2VR5A 2WVTA 3VIJA 1E71M 1GPFA 4U31A 2DDXA 1VBRA 3WF0A 1V6WA 4XV0A 1LQ0A 4D6HA 3EDFA 1ITXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K6A A;  1MW3 A;  2D23 A;  2OSY A;  1EIB A;  4D6F A;  6A3H A;  5M5D A;  2V38 A;  2PBO A;  3K46 A;  2ZUV A;  3CTT A;  2VVS A;  1GJW A;  3M46 A;  4GO9 A;  2OWW A;  4Y7E A;  5IFP A;  4CCE A;  7A3H A;  4DUX A;  5CGM A;  5GQB A;  1F4A A;  4LPC A;  1E6X M;  3SCO A;  1UH4 A;  1V3I A;  1PZ2 A;  1ZJA A;  2QPU A;  2OYM A;  3ZJ8 A;  3WH6 A;  3CMJ A;  1W2V A;  3AMG A;  4X9Y A;  5BRQ A;  4D1J A;  4OOZ A;  1VEN A;  1B3Z A;  1QI5 A;  3PZT A;  5KEZ A;  5ABH A;  3AMC A;  5ABF B;  4KRT A;  5BXR A;  9CGT A;  1JZ2 A;  1B30 A;  4U2Z A;  2XJ7 A;  3SEP A;  4AD5 A;  1PZ3 A;  4CVU A;  2GJP A;  4JKL A;  5E9A A;  4GIN A;  2E3Z A;  1W3H A;  4PUD A;  4M80 A;  2QLY A;  1XYF A;  2D20 A;  3W0K A;  4H8U A;  1WZL A;  1VEP A;  5JBD A;  2FGZ A;  2E9M A;  4S3J A;  5DMY A;  2CER A;  3ART A;  4ACZ B;  3L4W A;  1PEZ A;  3VM7 A;  1B3X A;  2GJX A;  2DSK A;  2PI6 A;  3VD3 A;  3DEC A;  3MU7 A;  4EAN A;  4M24 A;  1B2Y A;  1K9F A;  3GXM A;  3HMC A;  3VDH A;  2OYL A;  1FHD A;  3ARO A;  4GZI A;  1NH6 A;  3GNO A;  1H0G A;  1JDA A;  3JUG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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