3WFAA

Catalytic role of the calcium ion in gh97 inverting glycoside hydrolase
Total Genus 246
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
246
sequence length
718
structure length
702
Chain Sequence
MQQKLTSPDNNLVMTFQVDSKGAPTYELTYKNKVVIKPSTLGLELKKEDLDSKTNLYDGFEVKDTQTATFDETWQPVWGEEKEIRNHYNELAVTLYQPMNDRSIVIRFRLFNDGLGFRYEFPQQKSLNYFVIKEEHSQFGMNGDHIAFWIPGDYDTQEYDYTISRLSEIRGLMKEAITPNSSQTPFSQTGVQTALMMKTDDGLYINLHEAALVDYSCMHLNLDDKNMVFESWLTPDAKGDKGYMQTPCNTPWRTIIVSDDARNILASRITLNLNEPCKIADAASWVKPVKYIGVWWDMITGKGSWAYTDELTSVKLGETDYSKTKPNGKHSANTANVKRYIDFAAAHGFDAVLVEGWNEGWEDWFGNSKDYVFDFVTPYPDFDVKEIHRYAARKGIKMMMHHETSASVRNYERHMDKAYQFMADNGYNSVKSGYVGNIIPRGEHHYGQWMNNHYLYAVKKAADYKIMVNAHEATRPTGICRTYPNLIGNESARGTEYESFGGNKVYHTTILPFTRLVGGPMDYTPGIFETHCNKMNPANNSQVRSTIARQLALYVTMYSPLQMAADIPENYERFMDAFQFIKDVALDWDETNYLEAEPGEYITIARKAKDTDDWYVGCTAGENGHTSKLVFDFLTPGKQYIATVYADAKDADWKENPQAYTIKKGILTNKSKLNLHAANGGGYAISIKEVKDKSEAKGLKRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Alpha-glucosidase
publication title Catalytic role of the calcium ion in GH97 inverting glycoside hydrolase
rcsb
source organism Bacteroides thetaiotaomicron
total genus 246
structure length 702
sequence length 718
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.3: Glucan 1,4-alpha-glucosidase.
pdb deposition date 2013-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF10566 Glyco_hydro_97 Glycoside hydrolase 97
A PF14508 GH97_N Glycosyl-hydrolase 97 N-terminal
A PF14509 GH97_C Glycosyl-hydrolase 97 C-terminal, oligomerisation
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.70.98.10 Mainly Beta Distorted Sandwich Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 3wfaA01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3wfaA02
5F1VA 5FEPA 3T4CA 1O95A 3LCLA 2RH9A 1I8JA 4YLWA 4O12A 4IX0A 1JUKA 2DJLA 4RNLA 4WY0B 1SPQA 4R34A 2WV8A 1FWNA 7TIMA 5DN1A 5G1TA 3A24A 1ME9A 1KM4A 3T0DA 3M1ZA 1OYCA 1V7YA 4LS0A 4QQ3A 1K8YA 2P1FA 3UXAA 4AEOA 1YDOA 4Y9AA 3LBCA 4N9DA 1TTIA 3INPA 4LRSA 4UR7A 3QFEA 2RDUA 3G24A 5LNWA 1O5XA 4R33A 4Z0JA 3VI2A 4EF8A 3ELFA 2ZTKA 4GNJA 1RQEA 3HG3A 1G7VA 4NJHA 4PL1A 3VDBA 3NL5A 4N9CA 3W1UA 4JTFA 4UMBA 1U83A 1FUYA 1LBMA 1H51A 1P0KA 4ORMA 2WQPA 5TQLA 1ZHAA 3KVLA 3R8RA 3UWVA 3OB8A 1EP1A 2ABBA 3G0UA 3FA5A 3PUEA 4S1FA 4MLJA 3VCRA 1TXKA 2OMAA 1K7EA 2G96A 1RWCA 1DQXA 3M5VA 4CNOA 3C2EA 2AAMA 1K1YA 4NXSA 3TMLA 2WNNA 4LTSA 1L7KA 3W86A 1VCFA 5DBTA 2V2DA 3L65A 2WSRA 3E0IA 1NSMA 4UR8A 5FF7A 1IIGA 1N7OA 1KLYA 1LBLA 3TQ0A 3I6RA 1AMKA 3C2RA 2BWGA 1QPNA 3HPSA 1EIXA 2A21A 2Z2UA 1X7FA 1VH7A 2NX1A 3LCIA 1KBIA 2V2CA 1QAPA 3YPIA 4BI7A 3S1WA 3P7YA 3NO5A 3QRHA 1VPXA 3LERA 5D30A 1LYXA 3L0GA 3TX9A 2I14A 4D2JA 3DHFA 4JYEA 3T09A 1ZENA 4PEKA 2HSAA 3SGUA 3GDKA 2O7QA 1K7XA 1LRTA 4LW7A 3VD9A 4JX6A 3B0VC 2Y7EA 4FX6M 4FHAA 3BLFA 4LWWA 3NQDA 3F4WA 4Y6GA 4OGZA 4LUIA 3DECA 3DZ1A 4AB4A 4NQ1A 1JYXA 2TSYA 4AH7A 2VELA 1X6UA 5LGXA 5FI8A 1GPWA 5CSRA 2ZRZA 3L5MA 2ATSA 4QITA 6ALDA 3EEGA 1S5WA 3QQ0A 1PV8A 3PSVA 1OYBA 1I2OA 1JCYA 1MSSA 4PCFA 4S2BA 5D03A 3NAVA 1S5VA 3CEPA 4OV9A 4UFJA 4WOQA 2WVXB 1MMYA 1GG0A 3TA6A 1VGAA 2ZA3A 3CIWA 3VE7A 4MLRA 3IIXA 1DQWA 3FJ6A 1SO5A 1SUXA 1SO0A 1L6WA 1Z41A 2QCDA 2CZEA 2QF7A 3C56A 1KTNA 2VFDA 4MJMA 4I7VA 3ABQA 3TSDA 1DJNA 4Q4KA 1X1JA 2WO5A 3W83A 3RNDA 4ZQNA 5GVJA 3NM3A 3W71A 4M6QA 1LXMA 2QJGA 3SIZA 4GXMA 3WFAA 3HO8A 1IXNA 3R2GA 3PC0A 4O28A 4HNTA 2X16A 4A2RA 2R94A 1EUNA 5HUOA 3GAKA 3W72A 1F74A 1YXCA 5DY3A 1IXPA 3N34A 2CZ5A 1AK5A 1OG0A 5U4NA 5EY5A 3MP4A 1OK6A 1LBFA 4PC8A 1JCNA 2Q8LA 3CQ0A 1OVDA 1Q3NA 3L66A 4MZYA 3W1LA 3KVKA 1TTQA 3R5EA 3FLUA 4IGHA 2YGYA 4HSNA 4BWLC 3DKJA 1H61A 2QCGA 3HPZA 3QSTA 3R13A 1HTIA 3MHGA 4RCXA 3PWAA 4O54A 4TMCA 3LM7A 4XBSA 3O1NA 1F2JA 5CPOA 3W7CA 2JKEA 1MN0A 1WOBA 3KFTA 1QPQA 3KRUA 3S5NA 3PVFA 2AQWA 1N8FA 2JGYA 3W7PA 3GNDA 3TXZA 3EXRA 4XUGA 1JVNA 2NWSA 3QEZA 1XL9A 1GYLA 3LHTA 1G69A 1TTJA 4IXXA 1HL2A 3C61A 3P5ZA 3PBVA 3M47A 4FXRA 4NJGA 4UFLA 1KM6A 2GQ9A 5AB3A 3LXAA 3MMTA 1FXPA 3RLUA 3WJWA 2E6YA 2ZRWA 1C82A 5KZMA 4UTHA 1HN1A 4MZ8A 3DGRA 2E6DA 1H1ZA 1MEIA 1OFDA 5K2ZA 2WZSA 3RMJA 4O8RA 1OX4B 2QEZA 3M16A 1JQXA 4YMZA 3E02A 2E1DA 2FLIA 3DI1A 4Q32A 1BWKA 3FEMA 4UMAA 2DZXA 2DORA 1HO1A 5HR6A 3LX9A 2A2IA 3NPXA 4FX8A 4FX7A 5HR7A 1NF7A 4HN4A 4HPXA 1ADOA 3W7QA 1YADA 1TPEA 1WYIA 3M6YA 1TO3A 4BZGA 2E22A 3OS7A 2IQTA 5E0KA 4FO4A 1JULA 1ZCOA 3W1AA 3SEPA 2VOMA 4ZVJA 4K7YA 1FXQA 3GDTA 3EWUA 4YL2A 2EF9A 2Y88A 3O07A 1LOHA 2C15A 3TH6A 3A9IA 3LLFA 1UASA 1EEPA 1A5BA 5F2IA 3E9AA 3PAJA 4R7JA 4C1KA 5AFDA 5BMXA 1X1ZA 4MFEA 4AVFA 1GVFA 1AG1O 2J24A 4K7VA 2NV1A 3GR7A 3RLVA 2PE4A 1G4TA 1EB3A 2XN0A 3W70A 3DFQA 3IVSA 2XSGA 3MHFA 1W3IA 3G1VA 4AXKA 3S5OA 5G2WA 1SO3A 2CLMA 3W23A 1ICQA 3OA3A 3IAQA 3ZR4A 1NKGA 5I3IA 1K1WA 2OCZA 2QCMA 3P62A 3LRKA 3BK0A 4BI5A 5D33A 3W87A 3LCFA 3CT7A 2E77A 2GUUA 3UY8A 2WW1A 1ICSA 3TMQA 2XN1A 1R46A 2RFGA 3TDFA 1F4HA 1NSXA 2RKXA 2ZZ3A 1AW1A 2Y63A 3CM4A 2FB2A 2ZRUA 4A29A 3ABOA 4A3UA 3EKLA 2ZCGA 5SWUA 3TSMA 4O57A 1ZNNA 1H50A 4GUJA 4JIPA 4IXHA 1W8SA 4H6KA 3W7KA 4MYXA 3IGXA 4Z1CA 3BARA 3O06A 3CIXA 3W1QA 4N9BA 4RV8A 2YW3A 2Y85A 5LHEA 2YYTA 4HNUA 3GVGA 1AL7A 4O14A 4K8EA 3S8HA 4N4QA 5AHIA 4JTTA 3TW7A 3QZEA 3TNOA 3MV01 2ZZ4A 5D2XA 3NJXA 3TXVA 1LRQA 4AWSA 3KAOA 4CQAA 3UZJA 5HNRA 3QYQA 4TU1A 4BI6A 5BW6A 2J88A 5IBXC 2OZ0A 3EX4A 3FS2A 2GJLA 2YCEA 3QMSA 1XI3A 3QJAA 3W75A 3ATZA 3OHIA 4I7WA 5I3FA 3HPXA 3M5ZA 3BVJA 5TIMA 3T7VA 4CLMA 3UY7A 4ZQMA 4NVTA 1OJOA 2WCOA 2CLEA 1MEHA 3U2OA 4RXFA 3NZRA 1N7NA 4ADSA 2H3BA 1RQHA 4CQ9A 1J0MA 3PB2A 3HG2A 1J4EA 1O5KA 5CG7A 4O1BA 1XDLA 1ZY9A 2ZZ1A 3DENA 1H5YA 2FPYA 4Y90A 2BX7A 3W2MA 2V5LA 4O4VA 1VYRA 3Q2DA 1S3HA 4MPQA 3QM3A 5AYXA 3HIJA 1H1YA 1A5AA 3CB8A 2H6RA 2W0UA 3IGSA 3PY2A 3QW3A 3WK0A 2X30A 4TTGA 4ICNA 3MUZ1 5KZEA 4AHOA 4J9JA 3LBMA 4M7TA 5J5RA 1JUBA 3T08A 4UTMA 3TE9A 1OFOA 3BPWA 3NVTA 1WBHA 3MBDA 5F2MA 1W5MA 4UTJA 3LV5A 3O05A 1DHPA 4NZFA 4JX4A 4AHQA 4JN6A 5CPLA 2CZFA 2AGKA 1AW5A 5G2IA 1H7RA 1JZ2A 4FNPA 3W1TA 4O1CA 3KVJA 3WJXA 2P0OA 1Y0EA 3B4UA 1QCWA 4DF0A 3STEA 3VD5A 1PHWA 2OT0A 5LSMA 2ISSA 3HMJG 5CKSA 1ZJIA 2DZWA 1LP6A 3EB2A 1G4EA 4NNCA 4GFSA 3PUDA 4KKXA 2BLEA 2HS6A 1K8ZA 2J9XA 3GAYA 1C8VA 2CFFA 2ZRYA 3NJVA 3JR2A 4E0CA 3A21A 3DYPA 4OE7A 1AW2A 2VFHA 4ZQPA 3PR2A 3W2LA 5D02A 1XC4A 2Y7GA 3M0ZA 4K37A 3U6WA 1TIMA 5D2YA 4NX5A 4YCPA 3B0PA 3IV3A 1FDJA 1HMUA 4TO8A 1OJNA 2ISVA 5G5IA 1YTDA 1NS2A 3SI9A 1WQ5A 4BZEA 1OX6A 4M7SA 4UXDA 1IXOA 4ML9A 3VD4A 3NXFA 4MFDA 1JRCA 1OX5A 3GX9A 1GYNA 2Y62A 5D32A 1X1OA 1FDZA 3N3MA 3FJLA 2WW0A 3Q37A 3BG3A 3OIXA 3LTPA 1YQ2A 1VS1A 2QAPA 4GUHA 3W88A 1GVRA 1W5OA 3BGAA 2A1YA 2EGZA 4X3ZA 4JTJA 2C18A 3LI1A 3PB0A 1TQXA 3NDOA 2WNQA 2B0MA 5CPNA 3EX2A 3G1XA 4WY0F 4BK9A 1NSJA 2A4AA 1GOXA 1A50A 1C9DA 4N6EA 3NPWA 2B7OA 4JTUA 2JK2A 1BEUA 2ATMA 3TIMA 2E5DA 3OVQA 1VQTA 3BGGA 4DELA 1MEWA 5FEXA 4BZHA 1HO4A 1VC4A 4NXKA 3PBWA 1EUAA 2FB3A 3IIZA 3G1DA 3HG5A 2G5WA 4UTWA 3W1RA 4LV4A 3BLEA 3IRDA 3W7IA 5A1AA 4O16A 3L0KA 1VHNA 2CLOA 3MW7A 1NEYA 1QO5A 6TIMA 1QPOA 2C14A 5KTLA 1Q6OA 3N9RA 2Y89A 4XKYA 1TTPA 3G1HA 4LV9A 4JXCA 3PS7A 3HGOA 2DZPA 2R91A 2WW3A 2Z1BA 3T2OA 3M43A 5HULA 3IIOA 3C0JA 4IWWA 2QCHA 4XTIA 2FJKA 1PE1A 1LORA 3G8EA 3W1MA 4Z0SA 2HTBA 1N55A 4YXGA 3LI0A 4MYAA 3N73A 2WNZA 4O0ZA 5G4WA 1W37A 3F4NA 4HPJA 2Q8ZA 4RX0A 3MUY1 3M7WA 4CCEA 1IIHA 3PBUA 1G4SA 1EGUA 1LOSA 3LHVA 3NQMA 3GXNA 3WK1A 1VR6A 1SZNA 2ZRVA 2Q3OA 3M5YA 2ZDRA 1XBVA 5DY2A 1L9WA 4K36A 2H3DA 1M7OA 1VCVA 4ONVA 4GWEA 2GVLA 4UTIA 5K4ZA 1JZ4A 5A5WA 2ZQ0A 1MXSA 1GJPA 3A23A 3MI6A 2X2GA 2ZZ5A 4NUWA 4KFOA 5IM51 1O60A 1WOAA 3LGEA 3G1YA 3M41A 5D2WA 3CWNA 3GK0A 4WZHA 1F6PA 3I3EA 3NA8A 4K38A 2XN2A 3ZWTA 5DXYA 1F1SA 1TPDA 5LNRA 3TJLA 4UTUA 4UTKA 2WJZA 3C2VA 5L6UA 5CZTA 1JOVA 5CPMA 3EWZA 5CZSA 5AC6A 4QISA 5HWNA 2V0TA 3IIPA 1TJPA 1SSGA 3USBA 4E38A 3E96A 4IUOA 1I8QA 1JZ5A 1N7QA 3NM1A 3NQ7A 4QSHA 2G95A 3IVTA 3W7NA 2FIQA 4FNSA 2BSLA 4CNPA 2WW2A 3B04A 1I4NA 4GBUA 4DEFA 1KTBA 4RR4A 1LURA 2BRWA 3TCEA 1WBJA 5LNVA 2ZA1A 3WK2A 3BLIA 4QNEA 3NQGA 4NNBA 5C2XA 3ECQA 4Z1AA 5G2HA 1EP2A 3P82A 5BRBA 3E49A 4HKPA 1YTEA 2ABAA 3LCGA 2ZBTA 1LOQA 1FX6A 1FCVA 1BTMA 3EX3A 3GXTA 1IXQA 4MY8A 4PL2A 1P4CA 3TQVA 1TPC1 3L67A 1LLWA 4DQWA 4XQ6A 4IMFA 3EXTA 4RJEA 3WJSA 1XBXA 5I3JA 1LROA 5LGZA 1V5XA 3QMTA 4L4MA 2A0NA 1HMWA 3GZ3A 1UG9A 3DI0A 4JTIA 1TRDA 2Y7FA 1I2NA 2CLFA 3L0NA 3NQVA 5D37A 4KWWA 1TPVA 2G97A 2V5BA 1YXDA 3CEUA 1J0NA 2NLIA 3QW4B 3LTYA 5KITA 3OBAA 3EX6A 3AO0A 3T2PA 4RKAA 3DHDA 1X1HA 1MMUA 4AF0B 2VFGA 1VRDA 4FIRA 1LTDA 3HG4A 1R2SA 5HWMA 3PUOA 1FWSA 5FF4A 4Y96A 3NPUA 3JRKA 2VENA 5EL1A 4DPQA 3T78A 2QDGA 3MO7A 1CW2A 3PG8A 3FYOA 1L6SA 1P1XA 4UFMA 3ZFHA 4PODA 1JR1A 3BGJA 4HHPA 3NOEA 2WPBA 3W7MA 3W7HA 3LXCA 1FWRA 3BG5A 3P5YA 3OBKA 2FPVA 1XM3A 3HBLA 1T8XA 3GXPA 4MJZA 3DH7A 1N7PA 4FNTA 2JBMA 3J7HA 1XXXA 3CPRA 2V81A 5C6MA 3HGSA 2Q1FA 2X1TA 5D2TA 5AOUA 1HN0A 1NVMA 2NX3A 3MHUA 4JTGA 5K9XA 3EWYA 3TK7A 1UCWA 1EWDA 3G22A 1ZAJA 1GG1A 3DFNA 5DCDA 3GDLA 2UV8G 4IQLA 4JS3A 1W5PA 1NF0A 4NJKA 1F76A 4MIMA 3SJ3A 4RZ5A 2YXGA 2VFIA 1KA9F 1QOQA 8TIMA 1K8XA 3GB6A 3B06A 4N9EA 4CNNA 1JCJA 1K03A 5TBOA 1OFPA 2BRPA 4ADUA 2OJPA 4QAIA 1VJIA 4O52A 3A22A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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