3ZKNA

Bace2 fab inhibitor complex
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
384
structure length
375
Chain Sequence
NFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGANGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIPEFSDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Immune system/hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 375
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zknA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zknA02
1EPOE 1META 3L59A 1PSNA 2IGYA 3OTYA 1HPSA 2V16C 5HDVA 5P1SA 4KUPA 3OAGB 4Y3FA 5P5EA 1YG9A 4APRE 2BB9A 3A2OA 5P7LA 2V11C 1APUE 4TRYA 3CMSA 5P17A 4N00A 4LHHA 4LBTA 5HE7A 3UDJA 1GVVA 5P5GA 1QBRA 5P72A 3TPLA 3T11A 4Y4WA 2O4SA 1T3RA 5P4IA 5OZZA 2AODA 1PPKE 3OU4A 5P1AA 3HDKA 4FM6A 2AOFA 3K4VC 4K8SA 1EBYA 1LYBA 3PEPA 7UPJA 1GKTA 3S43B 2PWRA 2Q54A 5P4PA 1HIVA 4LAPA 5P6GA 3CICA 1ENTE 1MTRA 1MT7A 5P27A 1C6ZA 1N49A 2QHCA 5OZ4A 4CMSA 1B6LA 2VJ7A 3ZKIA 4HA5A 4GB2A 3O9IA 3UQXA 3NSHA 5IVSA 1HXWA 3WB4A 1DIFA 1GNMA 5P6FA 4L7JA 5P75A 5P5WA 5P5PA 2V0ZC 2FGVA 4Y48A 3IN3A 5OZYA 2QI5A 4Y4JA 5OZJA 4I0FA 2G21A 1D4HA 2I4XA 4F76A 2FDEA 3S85A 5P66A 3HAWA 4QJ7A 3MSKA 1ME6A 3OADB 2F3EA 3K5GA 3GW5A 3OXXA 1IIQA 3B80A 4I0HA 3EKXA 5P5LA 5P4MA 3VG1A 5PEPA 1IZHA 4Y54A 3DV1A 3EL0A 4WY1A 5P4RA 1NPVA 5P36A 2PH8A 4YHQA 3UF3A 5OYUA 5P2MA 2AOJA 1MESA 1D4LA 1SDVA 5P1UA 5P8NA 1QBUA 2RSPA 5P6XA 1IZDA 4ER4E 4OBDA 4GJ7A 5P0XA 4F74A 5IVQA 5P6UA 5ISKA 3UQWA 4XX4A 5OZKA 1YT9A 4CP7A 1OEWA 4Y39A 4YCKA 1NH0A 2WEAA 4Y3LA 3OU1B 4HDPA 4Y4EA 3EL9A 1TW7A 5P7EA 5P4QA 3G72A 1C6YA 4Z50A 2V12C 4R8YA 5P6SA 2O4NA 3VV6A 5P89A 2RKGA 5P1MA 3LIXA 3DV5A 2P4JA 1VIKA 4OC6A 3SM1A 3BVBA 2Q15A 3VLBA 3QI1A 4Y5EA 3S45A 3CIBA 5P3OA 4Y4UA 1Z1HA 3H0BA 5P0BA 4ZIPA 5P6RA 2G1RA 5P35A 4FIVA 1MSMA 1ZLFA 5P3YA 4J1FA 3I7EA 5P39A 1MTBA 2OHTA 2ZJJA 4RVJA 5P1ZA 5P5TA 4AA8A 2OHQA 1B5FB 4Y3GA 4Z22A 3KFPA 2JXRA 2ZHUA 3SKGA 3HVPA 2RENA 4FE6A 5P45A 3PRSA 5P62A 4J1KA 1K2BA 1HSHA 5P28A 1GVWA 3EL1A 5P57A 2O4PA 5P40A 1YTGA 2FDPA 5P0WA 5P1EA 1E81E 1BDRA 3B7VA 1U8GA 5OZUA 4DJYA 4EYRA 4EWOA 4ZPGA 5HDUA 2QNNA 5P7OA 5P4LA 3LZUA 2OAHA 3T7PA 3SKFA 4Q5MA 1AZ5A 4FRIA 4CPRA 4GJAA 3OUCA 1K2CA 5JFUA 4YD5A 3ZPUA 3T7XA 3K5CA 4PZXA 1XE6A 5P6CA 2I0DA 2IEOA 3NDXA 3EL5A 2R8NA 3U7SA 3WZ7A 4Y3QA 4Y44A 4FAFA 1RQ9A 3M9FA 1DMPA 4NJVA 4BELA 5P7FA 3N4LA 1HVHA 4H1EA 6FIVA 4JPCA 4Y43A 1HIHA 2ZHVA 5P8AA 2PSGA 3D3TA 5P3BA 5P3UA 5P3LA 4K4QA 4L1AB 2VJ6A 5P3QA 4BFDA 5P5OA 1PPLE 2ZDZA 3EBZA 4TVHA 5P0RA 2QMPA 1HIIA 5P82A 5P1OA 3SFCA 5P58A 1T7KA 5B18A 4GYEA 4NPUA 1LYWB 4Y3YA 5DPZA 5P7GA 4YBIA 1F34A 1SIPA 2NR6A 3TPRA 5P0LA 1HPXA 5OZ0A 4A4QA 5JFPA 1G35A 3Q5HA 5P0JA 5I3VA 5P3VA 3R0YA 1SGUA 1A8GA 4ZLSA 5P3NA 2IGXA 5P0DA 2HAHA 1TSQA 3Q70A 5P22A 3SLZA 4AMTA 1W5YA 1A8KA 4Y5CA 5P4UA 5HU0A 2QNQA 5P7AA 5P3FA 1YX9A 1HVIA 3NU9A 5P16A 2WHHA 4NJSA 2OHNA 5DQCA 3EKQA 3ZKXA 5OZXA 3OOZA 2FGUA 3BGBA 1EC2A 2OF0A 5OZDA 2VA6A 5F01A 2QMFA 4B72A 2BQVA 5P69A 3RTMA 4ER2E 1MRXA 5P18A 3HZCA 1PROA 5P1HA 1AVFA 3L38A 3OAGA 2FNTA 5P1WA 3TTPA 4D83A 2WKZA 2WEDA 1F7AA 3LNKA 2QZLA 5P26A 5DQ4A 1W6IA 3QN8A 5OZ1A 5P84A 1HVRA 1AAQA 2I4UA 5P74A 1HVJA 3INHA 2VA5A 3PLLA 3O9HA 1K6TA 1PSAA 1IDAA 4HEGA 4DUSA 1DP5A 3O99A 5P6VA 5DGUA 4ZSQA 2G69A 2VIZA 3NXNA 5OZ2A 1SGZA 2V13A 4M8YA 3S43A 5OYZA 3EC0A 3IGBA 5P3XA 2QD7A 1XN3A 5P71A 2F3KA 5P46A 1DW6C 3C9XA 1MSNA 3SA8A 4EJLA 2HB4A 1W6HA 5P8CA 1CZIE 2WECA 1BBSA 4Y5LA 5AHAA 4QJAA 2BPWA 3EL4A 2AZCA 4Y37A 6APRE 1MEUA 4HDBA 3GGVA 5P70A 1FMXA 5OZ7A 5P3GA 3UDHA 4K4PA 4CPWA 1AXAA 5P6BA 4L6BA 3IN4A 5P2FA 3URJA 2Q55A 3OADA 2JJIA 4Y4DA 2PQZA 4FS4A 5P00A 5P3TA 2BPXA 3EM3A 2Q63A 4Y53A 4GJ8A 4ZEAA 1E80E 3QROA 4Y3JA 1GNNA 3D20A 3CKPA 4NJTA 3UDRA 2R9BA 4GJ5A 1AJXA 5OZMA 3INEA 3OGQA 3H5BA 3WZ8A 3UQRA 4HLAA 4EPJA 4MC2A 5ER2E 1LEEA 1ZTZA 3SM2A 1EPLE 1OHRA 2OHMA 5P3ZA 3QAAA 2R3WA 3HD8A 3NWQA 1EBKC 3OU1A 2HIZA 4R91A 4YCTA 1EPME 3PSGA 4DPFA 5OZQA 2F3FA 4Y45A 5P1XA 2ZJNA 4Y41A 4GJBA 2AOCA 4AA9A 5KQFA 2R38A 3BXSA 5P4OA 3LPKA 4PHVA 1APTE 1KJHA 3WSJA 5KOSA 2WL0A 1EC3A 5P7SA 1FQ4A 5P5FA 5P0SA 1SMRA 5P65A 5P7UA 4PYVA 4YA8A 5P7ZA 3JVWA 5P3KA 4Q1NA 5P5AA 3OWNA 3OUAA 3QS1A 4H3JA 3UDKA 4R95A 3MWSA 2HS2A 3HLOA 1FQ8A 5HE5A 3O9LB 5OZIA 1HTRB 3SA7A 1BDQA 4WTUA 5P8QA 1NPWA 3JVYA 1APWE 2UPJA 1KJGA 5P1LA 1HOSA 1B5FA 3OHHA 5HD0A 4I8ZA 1E82E 2AVMA 5DQ2A 3VEUA 1FMBA 5P4JA 2MIPA 2NNKA 2I4VA 3HAUA 5P48A 2B60A 3OHFA 3URIA 1FFFC 1BIMA 4CPUA 5DR0A 4I12A 5P8OA 4B0QA 4Y5PA 5AHBA 1T7IA 2P3CA 2FS4A 3OOTA 1HPVA 3N3IA 4I1CA 4B1EA 3GI4A 1M4HA 3T6IA 1KZKA 4HE9A 4RRNA 3RU1A 3MSJA 1YM2A 2B42A 1B6JA 3KF0A 5P5JA 3VV8A 1FQ6A 4J0TA 2G1OA 4Y56A 4Y4ZA 3PGIA 5P4BA 5ENKA 5P5YA 4EP2A 3KT2A 4OD9B 5P6TA 3WZ6A 1HXBA 2FLEA 4XKXA 5P6OA 2XFJA 2ZJMA 2F80A 4Y47A 4RROA 4DJRA 1ER8E 4DQBA 1BILA 5P4GA 2A4FA 3QP0A 2HB3A 4FL8A 1HSIA 4DI2A 3CKTA 5P0MA 2AOGA 3ZMGA 1BWBA 1SH9A 1B6MA 4YDFA 9HVPA 5P55A 3HVGA 3ZPSA 1B6PA 5P8BA 3PI5A 4L1AA 4FRSA 3OQKA 4J0VA 4B78A 4PZWA 3ZKMA 1CPIA 3LIVA 4ZSMA 3ZLQA 1FG8C 1UH8A 2PMAA 5AHCA 3UQPA 3L3AA 4DQGA 3D1ZA 1IVQA 4YE3A 5P2KA 1LYWA 5P6AA 3FX5A 2WF1A 5P5HA 3IXKA 5P73A 3OY4A 3OQAA 5P4EA 3URLA 2QP8A 5P1GA 5P2IA 5P1JA 5P1VA 3LPIA 1GVUA 5P6HA 5COPA 4YDGA 5P31A 2OHPA 1LF3A 4ZPEA 3PCZA 5P8DA 2AOEA 2PYNA 1A30A 5UPJA 1W5WA 3KFNA 3L5BA 2P8HA 3K5DA 4EXGA 3L58A 3UTLA 2HPFA 1EC0A 1MUIA 5P1IA 5P41A 1RL8A 3GI6A 3K1WA 5OZ8A 4R92A 1D4IA 1FF0C 3KMYA 3IVIA 1XE5A 5SZ9A 5OZSA 5P3PA 4DJWA 5OZOA 1Z8CA 5P81A 5OZ9A 5P23A 5P4XA 2P83A 3CYWA 4PEPA 1XL5A 4ACUA 5OZTA 2QZKA 1ODXA 1HTEA 1TZSA 5P5RA 5P1KA 2VJ9A 3JW2A 4Y3EA 5KR1A 1XS7D 2Q11A 2I4QA 4J55A 3IAWA 2AVVA 5BWYA 4GJ9A 1BAIA 3KFRA 1EPPE 2BBBA 1K1UA 4RVXA 2AZBA 3PWRA 1MIQA 3NWXA 3DOXA 4FLGA 1WKRA 5P6KA 5P6NA 3QRMA 5P2GA 5ISJA 3D91A 4APEA 5P78A 1D4SA 5P63A 3DM6A 5P6PA 1FKNA 3NU4A 3LIYA 3NUJA 5P7VA 4J54A 5P3AA 3R0WA 1C70A 2IQGA 5P8JA 4GZFA 2WJOA 2APRA 4D8CA 3INDA 3KYRA 4DQHA 3VLAA 2IRZA 2PH6A 5OZVA 4GJ6A 3HBOA 5P8RA 1WBMA 4ZSRA 1EC1A 5P3MA 2QD6A 2Q5KA 3LHGA 2F81A 4BFBA 4I0DA 1AIDA 4ACXA 1G6LA 5P0VA 3UHLA 1TCWA 2OHRA 2R3TA 3GGAA 3KFSA 2O40A 4RVIA 1D4YA 3OUBA 5P83A 5P01A 4Y5AA 4EXHA 5P0PA 3LINA 1B6KA 1K6VA 4Y5GA 1SMEA 2AVSA 1EPQE 1HTFA 5P33A 3KDCA 3ZOVA 5E5KA 4JP9A 1FB7A 4DQEA 4EHCA 1AJVA 1HSGA 2FNSA 5P2SA 4AUCA 2NMYA 3PI0A 2PWCA 5P2DA 4H3FA 1J71A 5P25A 1ZPAA 3S56A 4Y3NA 1YTJA 4XX3A 1VIJA 2WEBA 1EPRE 4Y5NA 2R5QA 3PHVA 3I2LA 5OZBA 4Y38A 4NKKA 1Z1RA 4J0PA 1XL2A 4RCFA 1BVGA 3SO9A 2FDDA 3DK1A 5P2OA 1NSOA 4EP3A 4S1GA 5I3WA 2QI6A 2UY0A 3GI5A 5HCTA 3EM4A 5C9FA 5HE4A 4Y3HA 1CMSA 3QPJA 5P38A 2NXMA 1IZEA 2FMBA 4R5NA 4Y5BA 4B1DA 4DVFA 5P3EA 3O9FA 2AVQA 5SY2A 2ER9E 5P7YA 2G1NA 1KJFA 4EJ8A 4J17A 5P47A 2QHZA 4QGIA 3SA3A 1E5OE 3D1XA 5P7XA 1YTHA 4Y50A 3ST5A 5DQ5A 2JYSA 5OZEA 3QBFA 1MPPA 4I0JA 5DR8A 4LC7A 3O9LA 2OHLA 4FM7A 4Y3SA 4OBHA 5HVPA 3SPKA 5P6IA 3APRE 1FIVA 1HBVA 5P2RA 1FEJC 4ZPFA 1MERA 2OHSA 2QZWA 3LZYA 2VKMA 3QRVA 3IXOA 5P08A 3L5EA 5P0ZA 5APRE 5P24A 2H6SA 3PSYA 5P0YA 5DQ1A 4Y3DA 5E5JA 2AIDA 5AH7A 4EQJA 2PSVA 1SBGA 5IVTA 5JG1A 5P6QA 5P7CA 3TKWA 3BC4A 4TVGA 3PMUA 2AQUA 4Y3ZA 4MC1A 3K4VA 3OU3A 1XDHA 1BXOA 2WF2A 4RCDA 4KE0A 2BKTA 5P5QA 2JJJA 2BKSA 2OHUA 2V00A 3NLSA 4OD9A 5P4VA 5P07A 1M0BA 4B70A 2NTRA 4I8WA 2QU3A 2JE4A 3Q4BA 4B77A 5J25A 2ZGAA 5OZFA 3SA5A 3LPJA 5P2ZA 4YD7A 4HZTA 4YOBA 4U7VA 4J1EA 5P3JA 5OYXA 3RSVA 1ZPKA 2I1AA 5I3YA 4Q1WA 5P7QA 1BWAA 1K6CA 1HTGA 4FSEA 2B7FA 2J9JB 2I0AA 5P3CA 4RYCA 3PBDA 5ENMA 5HU1A 2FXDA 4X7IA 1ZJ7A 3VFAA 3UDPA 4M8XA 1K6PA 1T6GA 2FIVA 4Z4XA 3MXDA 5P0TA 1PPME 4YD4A 5P0QA 5P8PA 3CYXA 4B00A 2PYMA 2QMGA 4OBKA 5P2BA 4Y4GA 5P77A 5OZ3A 2Q64A 1HVLA 4JECA 4YOAA 4LP9A 5P34A 3SA4A 3S8IA 3VF7A 5I70A 5P56A 3D1YA 5P7RA 1ZP8A 3L5DA 3DCKA 5P61A 3OUDB 3I8WA 2P3DA 5HDXA 4Q1XA 3QVIA 4H3IA 2HM1A 5P59A 4F75A 4DV9A 1EBZA 3TOHA 1MT9A 1UH9A 2ZHRA 3UDQA 3TL9A 1EPNE 1YTIA 5CONA 2QCIA 3EKTA 3OQ7A 3HW1A 5P8HA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EPO E;  1MET A;  3L59 A;  1PSN A;  2IGY A;  3OTY A;  1HPS A;  2V16 C;  5HDV A;  5P1S A;  4KUP A;  3OAG B;  4Y3F A;  5P5E A;  1YG9 A;  4APR E;  2BB9 A;  3A2O A;  5P7L A;  2V11 C;  1APU E;  4TRY A;  3CMS A;  5P17 A;  4N00 A;  4LHH A;  4LBT A;  5HE7 A;  3UDJ A;  1GVV A;  5P5G A;  1QBR A;  5P72 A;  3TPL A;  3T11 A;  4Y4W A;  2O4S A;  1T3R A;  5P4I A;  5OZZ A;  2AOD A;  1PPK E;  3OU4 A;  5P1A A;  3HDK A;  4FM6 A;  2AOF A;  3K4V C;  4K8S A;  1EBY A;  1LYB A;  3PEP A;  7UPJ A;  1GKT A;  3S43 B;  2PWR A;  2Q54 A;  5P4P A;  1HIV A;  4LAP A;  5P6G A;  3CIC A;  1ENT E;  1MTR A;  1MT7 A;  5P27 A;  1C6Z A;  1N49 A;  2QHC A;  5OZ4 A;  4CMS A;  1B6L A;  2VJ7 A;  3ZKI A;  4HA5 A;  4GB2 A;  3O9I A;  3UQX A;  3NSH A;  5IVS A;  1HXW A;  3WB4 A;  1DIF A;  1GNM A;  5P6F A;  4L7J A;  5P75 A;  5P5W A;  5P5P A;  2V0Z C;  2FGV A;  4Y48 A;  3IN3 A;  5OZY A;  2QI5 A;  4Y4J A;  5OZJ A;  4I0F A;  2G21 A;  1D4H A;  2I4X A;  4F76 A;  2FDE A;  3S85 A;  5P66 A;  3HAW A;  4QJ7 A;  3MSK A;  1ME6 A;  3OAD B;  2F3E A;  3K5G A;  3GW5 A;  3OXX A;  1IIQ A;  3B80 A;  4I0H A;  3EKX A;  5P5L A;  5P4M A;  3VG1 A;  5PEP A;  1IZH A;  4Y54 A;  3DV1 A;  3EL0 A;  4WY1 A;  5P4R A;  1NPV A;  5P36 A;  2PH8 A;  4YHQ A;  3UF3 A;  5OYU A;  5P2M A;  2AOJ A;  1MES A;  1D4L A;  1SDV A;  5P1U A;  5P8N A;  1QBU A;  2RSP A;  5P6X A;  1IZD A;  4ER4 E;  4OBD A;  4GJ7 A;  5P0X A;  4F74 A;  5IVQ A;  5P6U A;  5ISK A;  3UQW A;  4XX4 A;  5OZK A;  1YT9 A;  4CP7 A;  1OEW A;  4Y39 A;  4YCK A;  1NH0 A;  2WEA A;  4Y3L A;  3OU1 B;  4HDP A;  4Y4E A;  3EL9 A;  1TW7 A;  5P7E A;  5P4Q A;  3G72 A;  1C6Y A;  4Z50 A;  2V12 C;  4R8Y A;  5P6S A;  2O4N A;  3VV6 A;  5P89 A;  2RKG A;  5P1M A;  3LIX A;  3DV5 A;  2P4J A;  1VIK A;  4OC6 A;  3SM1 A;  3BVB A;  2Q15 A;  3VLB A;  3QI1 A;  4Y5E A;  3S45 A;  3CIB A;  5P3O A;  4Y4U A;  1Z1H A;  3H0B A;  5P0B A;  4ZIP A;  5P6R A;  2G1R A;  5P35 A;  4FIV A;  1MSM A;  1ZLF A;  5P3Y A;  4J1F A;  3I7E A;  5P39 A;  1MTB A;  2OHT A;  2ZJJ A;  4RVJ A;  5P1Z A;  5P5T A;  4AA8 A;  2OHQ A;  1B5F B;  4Y3G A;  4Z22 A;  3KFP A;  2JXR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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