4A4QA

Stereoselective synthesis, x-ray analysis, and biological evaluation of a new class of lactam based hiv-1 protease inhibitors
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Synthesis, X-Ray Analysis, and Biological Evaluation of a New Class of Stereopure Lactam-Based HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-10-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4a4qA00
4Z4XA 2WJOA 3EKTA 4QJ7A 5P2WA 4Y3ZA 5P4WA 5P44A 3HBOA 3QRVA 1EAGA 2HB4A 5P6YA 5P7NA 4R92A 4CPQA 1GKTA 2QI5A 5P7GA 3IGBA 2WL0A 4J1EA 4YDFA 5DGWA 2V0ZC 1KJFA 3EMYA 5OZIA 4QLHA 5P2OA 2P3BA 1W5VA 3NLSA 5KOQA 2SAMA 2BB9A 5P5DA 1OEWA 3HVPA 5OZPA 2UPJA 1ODWA 4OD9B 5P5EA 2FDPA 2FDDA 1TCWA 2V13A 4YCTA 1MSNA 5P79A 5DPZA 1MIQA 2PSGA 5P0HA 3ZKQA 4Y3TA 1QBUA 3KDDA 4U7QA 2I0AA 3H5BA 2QZLA 3UDPA 5P47A 4Y50A 1BWAA 1ZPAA 1SP5A 5P0RA 2VJ7A 5P34A 1XS7D 4BEKA 4FM7A 3TLHA 1B11A 4RRNA 5P4IA 4Y5AA 2NTRA 5OZLA 5PEPA 4LHHA 4OBZA 3QI1A 5P0OA 3SPKA 1FMUA 3SKGA 4Y4AA 1SIVA 1FG8C 4Q1XA 1EPLE 1MEUA 1W51A 1ZTZA 3HVGA 5P40A 5P7XA 4Y36A 2G21A 5BRYA 2PWRA 4Y4GA 5IVQA 3TPPA 5P3QA 3PWWA 2ANLA 3WZ8A 4EP3A 5P23A 5OYRA 5P0KA 3S53A 5P8NA 5P0DA 2OHLA 4TVGA 1FMXA 4Y4BA 1E80E 3I7EA 3PB5A 4RZ1A 2JJJA 2PQZA 5P61A 3EKPA 5EZZA 4DQEA 2IQGA 3OK9A 2RMPA 3G6ZA 1BVGA 5P1JA 5P5AA 1OD1A 3OXVA 2O4KA 3NU5A 3VUCA 4QJ8A 2FDEA 4I0FA 4Y56A 1GNOA 4Y3LA 5P5KA 3IN4A 2FS4A 3MXEA 5OZOA 1FEJC 4NJTA 5P7IA 4J55A 2B42A 4Y4UA 3T7XA 3SM1A 4Y5PA 3NDUA 1HVKA 3LIQA 1TSUA 2RSPA 2Z4OA 1QDMA 2JJIA 5DQ2A 4OBKA 3INEA 5P56A 7HVPA 4CPUA 1GVVA 4FCOA 3RSXA 3SO9A 2G26A 5P0CA 5P3OA 1TZSA 4J5JA 5APRE 2O4SA 5P5XA 2VIZA 5OZAA 5P84A 2QZXA 3LITA 3UQPA 5E5JA 4OC6A 5P6PA 4MC1A 5OZ5A 2IS0A 4Y3FA 3OUBA 2G24A 3UDQA 3GGAA 3GI0A 1GNMA 4DJOA 4Y35A 4D85A 2F80A 4YCKA 5P4YA 4J1CA 5P1CA 1XN3A 1M4HA 2NXDA 5OYXA 5P36A 4Y3MA 4N00A 3NU9A 3NYGA 2P3CA 3OY4A 4Y3PA 2QU3A 1A30A 2CEMA 5P4LA 3B7VA 3D1ZA 5P2YA 3EL4A 3KT2A 1GVTA 5P33A 3SA4A 5AH7A 1MUIA 2ER7E 1ME6A 3S45A 1LV1A 1MVPA 2HIZA 4GJAA 4Y47A 1FLHA 5P2UA 3UPJA 5P0MA 5OZQA 3ZOVA 1HEGE 2G1RA 1DAZC 3K5DA 5P6RA 2AOCA 2R5QA 1EPOE 2AVMA 4BFBA 5P69A 3CIBA 8HVPA 5P8OA 1CZIE 4CMSA 2P83A 3PBDA 2ZHTA 3O9LB 3R0YA 5HDXA 1FQ8A 1G0VA 1M0BA 2BPYA 4DJRA 5P6TA 5P0GA 4MC6A 3T6IA 4MC9A 3GGUA 1LYAB 2O40A 1D4SA 5P0SA 3DM6A 3OUDA 4I0JA 5SZ9A 1BAIA 4B1DA 2G27A 3KFSA 5OYZA 1IDBA 3S85A 1ZJ7A 3G70A 4ZLSA 4EXGA 4ZSMA 3JVWA 5P12A 1IBQA 3QVIA 5P2QA 1EC1A 2QI1A 5OYWA 4AA8A 4YCYA 5P5RA 4JOOA 1HVIA 2AOFA 2QD8A 5P1QA 2P3AA 4M8YA 3K5CA 4UPJA 1VIKA 4J0ZA 3OQAA 5P3UA 4DQFA 2QAKA 3QS1A 5B18A 2V12C 5P0JA 5P0VA 1BXOA 4WTUA 4XX3A 3WSJA 1LF3A 4QJ6A 3RSVA 5P3LA 5P2SA 4Y4XA 3BUGA 4I0IA 2OHRA 2R38A 5P18A 3JW2A 2NNKA 3VYFA 2J9JA 3KFRA 3ZKXA 2ER0E 5P42A 3GI6A 1ZSRA 4Y5CA 2ZJJA 3L5FA 5P1GA 5OZTA 2R43A 4YD6A 1MRXA 2NXMA 2OHSA 5P08A 3RTMA 1PFZA 4A6BA 5P6CA 2OHTA 5P28A 3O9HA 2UXZA 3DOXA 4Y4DA 5P1PA 4R91A 5P4XA 1HRNA 2VJ9A 5OZHA 3VF5A 4Y3DA 3ZL7A 5P5ZA 4H3IA 1CMSA 2AQUA 5P62A 1HPXA 5P1BA 2I4UA 5P5HA 4H3GA 4Y3AA 3UFNA 2ZJNA 3VFBA 5P0PA 2F3FA 2V11C 1GVWA 3PI0A 4EJDA 1HWRA 3U71A 3WZ7A 5HU1A 2VKMA 1Z1HA 5P82A 1A9MA 1KJ4A 4I0GA 3BVAA 5P7ZA 4B1CA 2Q64A 4YOAA 3A2OA 5P2RA 5P7YA 4Y5EA 1NH0A 3EM6A 1HSIA 1B6LA 2PSVA 5P6NA 5P1HA 3EKVA 1SGZA 4OBJA 3L38A 2MIPA 3OQ7A 3NU4A 5P4NA 1AXAA 5HE4A 5P3AA 5P2ZA 3G72A 3EL0A 3KFPA 4PHVA 4FGXA 5P32A 2J9KA 2NMYA 3OADB 4DJQA 5AH9A 2FXEA 5P7QA 1PPKE 5P1OA 4I0ZA 5OZFA 5P22A 5CONA 3VV6A 5KQYA 3IN3A 1HOSA 2F8GA 2ZHRA 4B05A 5P6DA 4DV9A 4EWOA 4YD7A 3PLLA 5OZUA 3HDKA 5E5KA 4HE9A 4ZIPA 3O9CA 5HVPA 5P0XA 2P4JA 5P0UA 3O9EA 4AZYA 4NJUA 5P8FA 1VIJA 4CPXA 5IS4A 1PROA 5P57A 5P3XA 2QNQA 3OU4B 4Y54A 2QI7A 2PWCA 3LIXA 4FRSA 3Q3TA 3PVKA 5DR8A 4Y9WA 3UQRA 5P19A 1D4YA 4ACXA 3PSUA 1DPJA 1W6HA 2OF0A 1IZHA 2APRA 3SA6A 5P4OA 3L3AA 1IDAA 1SMEA 4D89A 4E43A 2PYMA 5OZ2A 5P2BA 2BPWA 5HDUA 1HIHA 2HB3A 3NUJA 2AZCA 3HW1A 5OZYA 3S8IA 5ISJA 3T7QA 3ZLQA 1AJXA 3FIVA 1K6VA 3OXCA 1LYWB 1XL5A 4K4RA 4FM6A 3S54A 5P0TA 4FAEA 3HAUA 2FGUA 2PYNA 3OQFA 3UDNA 5HDVA 1SMRA 4IVTA 2IL2A 5TOLA 1EPNE 4I10A 1HXWA 1BDLA 1LEEA 5F01A 2VA6A 4Y3NA 5OYTA 5OZ3A 2WF1A 5P4SA 1BV7A 4B72A 3OUAA 2AODA 4JPEA 3CKRA 5P27A 5P00A 4U7VA 5P85A 4LXMA 3Q5HA 4YD3A 1CPIA 3BUFA 3LPKA 6UPJA 2ZJHA 5P7OA 3UFLA 5P5OA 4QGIA 2AVVA 5P7LA 4RCFA 3GGXA 2H6TA 5P81A 4Y6MA 1WKRA 4J1KA 1K6TA 2RKGA 5P6OA 3RTNA 5DR7A 5P7EA 5P7VA 1FF0C 3O9IA 2BBBA 5JFPA 4D83A 3CKTA 1HTRB 3FNTA 5P7KA 4J0VA 1TW7A 2AIDA 1HSGA 5HD0A 4RYCA 5OZBA 5P5LA 3QBHA 2IKUA 4RCDA 3S43A 4Y3HA 1RL8A 3UF3A 3OAGB 4PPHA 5P8UA 1C6XA 2PK5A 5P4CA 3K4VA 5P07A 2WEDA 5P3KA 3NDWA 4HLAA 5P1XA 1MERA 1EPRE 3S7MA 4HDFA 4YBFA 5P48A 1D4LA 2I4XA 3SA7A 2PH8A 5P2XA 3WZ6A 3R1GB 2A4FA 4ZPEA 3O99A 2QNNA 3KDCA 5ENKA 3SA5A 5P09A 5P4ZA 2G1NA 1MT8A 4YD4A 4YE3A 4U8WA 2AOHA 1A94A 2VA7A 4Q5MA 4RCEA 3K5FA 5OZJA 1NSOA 1XDHA 2WHHA 3NU3A 2ASIA 3I2LA 4Y4EA 2ER6E 1B6JA 4Y43A 3KMXA 5COOA 3EM4A 1LF4A 5P72A 3DUYA 1AIDA 2IGXA 3HZCA 3PCZA 5P5JA 4YA8A 4Y57A 1FIVA 1IZEA 4APRE 1K6CA 3URJA 1LYBA 2OHMA 2ZDZA 4Q1NA 1FKNA 1Q9PA 2I4DA 2XFJA 3QAAA 4I8WA 1YTJA 2OHKA 1RNEA 3IAWA 4OBDA 1BIMA 3CYWA 5P11A 4RVXA 1HSHA 3EL5A 5P5WA 5P4UA 1UH7A 5P51A 1HVHA 1K1TA 2VJ6A 5P7SA 5P66A 5P6IA 2P3BB 5C9DA 5DR4A 1FMBA 3TKWA 2QK5A 5ER2E 5P1MA 3I8WA 2BKSA 1DIFA 2WF3A 4J1FA 3TKGA 3URLA 4WY1A 5P8GA 4JP9A 1EPME 4OBHA 5P1LA 3ZKIA 5P8MA 5P5FA 1C6ZA 3ZKMA 2FNSA 3D1XA 4GJ6A 3LINA 4I0HA 4ER4E 5P1WA 4DQHA 4LBTA 3FSMA 3L59A 1HTGA 4LXKA 1B6MA 2ZE1A 2Q55A 4J54A 2HS1A 5P8AA 2NNPA 2QI6A 5P8TA 3OXXA 1W6IA 3UDJA 1AZ5A 2JXRA 3L5CA 3MWSA 3MXDA 5P86A 3UDRA 5P3JA 1IZDA 1GVXA 5P6GA 4OBZB 4RROA 4Y53A 3INHA 5P38A 5OZEA 5P7MA 5P8RA 2WECA 4Y5MA 4EHCA 4A4QA 3PLDA 2G1YA 3VV8A 5DQ4A 5DR3A 2QI3A 2ZHSA 3O9GA 4LXAA 1YTGA 5P50A 5P8SA 6FIVA 3PWRA 4B0QA 1W50A 2ZHVA 5IE1A 1ZPKA 1QBRA 4A6CA 4FM8A 5OZ7A 5JODA 5P7BA 3GI4A 4F74A 1HHPA 5P6EA 4DJPA 4MC2A 5P2GA 3VF3A 1LYBB 1HBVA 1ZBGA 2AVQA 2P3DA 4GJDA 4YBIA 2VIYA 5EZXA 3LZSA 1APWE 4J1HA 4EQJA 4KUPA 1AVFA 4DQGA 4KE0A 4F73A 3UCBA 1G6LA 4EYRA 5OZXA 3ZPUA 4RGHA 3VSXA 3OU3A 3D91A 1HVSA 3BXRA 2OHNA 1NPAA 5OZVA 1EBKC 3O9AA 5ISKA 5P0ZA 5UPJA 4TRYA 5OZRA 1PPLE 4KB9A 3TOFA 2QCIA 1KJ7A 5P02A 3PCWA 2B7FA 5P3YA 4DJWA 5AH8A 2HB2A 1Z1RA 3RTHA 1F34A 4RVIA 4QJ2A 1W5WA 2Z54A 2QZKA 3BGBA 3EBZA 5P1KA 2VNNA 5DQCA 1EC0A 5P8JA 4I0EA 5IVSA 4NPTA 5P7WA 1XE5A 1PSOE 5AH6A 5P6AA 4TRZA 2OHUA 4L7GA 2Q3KA 4K8SA 3PM4A 1EPPE 4GJCA 5P7CA 5P5BA 4Y3WA 3D20A 2XYFA 5P4HA 4OC6B 5P4BA 3APPA 3RU1A 4GJ9A 1EC3A 4GYEA 4XXSA 3FNSA 2Q11A 2FMBA 3FKTA 1M43A 5P7JA 2JE4A 2HPEA 3APRE 5P0FA 4FSEA 5P4PA 2AOJA 4J0YA 4H3FA 5HTZA 2BQVA 4GMIA 3CMSA 5I70A 2B8VA 4HA5A 4JPCA 5J25A 3DCKA 4FL8A 4BFDA 2I1AA 3R4BA 4L1AA 5P1SA 5P2MA 5FIVA 3IXKA 5P0IA 2Q54A 2ZGAA 5OZMA 2QD7A 2FIVA 3S2OA 5P8VA 3IVIA 3OHFA 5P6HA 2R8NA 2R3WA 2ZJKA 1TCXA 5P06A 2RENA 4K9HA 5P53A 5P0WA 3L5DA 5HCTA 3LZUA 5P6JA 1A8GA 3OWNA 5P76A 3MSJA 5P6XA 3QRMA 4F75A 5P4RA 3OUDB 2B8LA 4APEA 1WBMA 5DQ1A 5C9BA 4Y3EA 4Y4TA 2BPVA 3URIA 4AMTA 5KR2A 3ST5A 1EBWA 1AJVA 5P64A 4COEA 2HC0A 1WBKA 5P5SA 5P71A 4Y3QA 1ZP8A 4DJUA 5AHBA 1QS8A 3TL9A 3R2FA 1ZLFA 2P8HA 3INFA 5P26A 1LS5A 3BXSA 5P5IA 3OQDA 3TPLA 3FX5A 5P3GA 5P4AA 2FGVA 5P2LA 4NJSA 3C9XA 4I1CA 1HXBA 1KJHA 1FG6C 1MT7A 5P8PA 5P3EA 4TVHA 4X2LA 4I8ZA 4Y45A 4CPSA 3S56A 3NUOA 1LF2A 3CICA 4GB2A 4ER2E 2HPFA 4LC7A 1BXQA 5KQZA 4HDPA 4IVSA 5P39A 5P0AA 1U8GA 3SACA 1XL2A 3TOHA 5P59A 3KDBA 1APVE 3O9FA 2QP8A 3BVBA 2J9JB 1HPOA 5P8CA 5P2HA 1MPPA 3EKXA 3MSKA 3DV1A 5P2DA 3EL9A 5P78A 5P37A 5P8LA 3CIDA 3NU6A 5P1ZA 3EC0A 4DI2A 5P65A 2WKZA 5P8HA 4CPRA 4Q1YA 3HLOA 5KQXA 5ENMA 2ZHUA 3HD8A 3EKQA 3ER3E 5P4QA 1DP5A 5P8KA 5P4VA 5P0EA 3BHEA 3I6OA 1FB7A 4PEPA 1YTHA 1SGUA 3KN0A 6APRE 4OD9A 2PK6A 4ZSRA 2IRZA 5P0YA 9HVPA 3KMYA 3SABA 5OZ6A 5P2VA 2EWYA 2I4QA 2JYSA 5P14A 1OHRA 3OQKA 1K2BA 4Y44A 2F81A 1JLDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Z4X A;  2WJO A;  3EKT A;  4QJ7 A;  5P2W A;  4Y3Z A;  5P4W A;  5P44 A;  3HBO A;  3QRV A;  1EAG A;  2HB4 A;  5P6Y A;  5P7N A;  4R92 A;  4CPQ A;  1GKT A;  2QI5 A;  5P7G A;  3IGB A;  2WL0 A;  4J1E A;  4YDF A;  5DGW A;  2V0Z C;  1KJF A;  3EMY A;  5OZI A;  4QLH A;  5P2O A;  2P3B A;  1W5V A;  3NLS A;  5KOQ A;  2SAM A;  2BB9 A;  5P5D A;  1OEW A;  3HVP A;  5OZP A;  2UPJ A;  1ODW A;  4OD9 B;  5P5E A;  2FDP A;  2FDD A;  1TCW A;  2V13 A;  4YCT A;  1MSN A;  5P79 A;  5DPZ A;  1MIQ A;  2PSG A;  5P0H A;  3ZKQ A;  4Y3T A;  1QBU A;  3KDD A;  4U7Q A;  2I0A A;  3H5B A;  2QZL A;  3UDP A;  5P47 A;  4Y50 A;  1BWA A;  1ZPA A;  1SP5 A;  5P0R A;  2VJ7 A;  5P34 A;  1XS7 D;  4BEK A;  4FM7 A;  3TLH A;  1B11 A;  4RRN A;  5P4I A;  4Y5A A;  2NTR A;  5OZL A;  5PEP A;  4LHH A;  4OBZ A;  3QI1 A;  5P0O A;  3SPK A;  1FMU A;  3SKG A;  4Y4A A;  1SIV A;  1FG8 C;  4Q1X A;  1EPL E;  1MEU A;  1W51 A;  1ZTZ A;  3HVG A;  5P40 A;  5P7X A;  4Y36 A;  2G21 A;  5BRY A;  2PWR A;  4Y4G A;  5IVQ A;  3TPP A;  5P3Q A;  3PWW A;  2ANL A;  3WZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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