4A61A

Parm from plasmid r1 in complex with amppnp
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
321
structure length
309
Chain Sequence
HHLVFIDDGSTNIKLQWQESDGTIKQHISPNSFKREWAVSFGDKKVFNYTLNGEQYSFDPISPDAVVTTNIAWQYSDVNVVAVHHALLTSGLPVSEVDIVCTLPLTEYYDRNNQPNTENIERKKANFRKKITLNGGDTFTIKDVKVMPESIPAGYEVLQELDERDSLLIIDLGGTTLDISQVMGKLSGISKIYGDSSLGVSLVTSAVKDALSSYLADDIIIHRKDNNYLKQRINSIVTEAMNEALRKLEQRVLNTLNEFSGYTHVMVIGGGAELICDAVKKHTQIRDERFFKTNNSQYDLVNGMYLIGN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title A Bipolar Spindle of Antiparallel Parm Filaments Drives Bacterial Plasmid Segregation.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transport protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
total genus 92
structure length 309
sequence length 321
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-31
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a61A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a61A01
1ATNA 2IIRA 4JAXA 5AQFA 1ESVA 1TUYA 4BRGA 3DXKB 5JLFA 1BG3A 2ZGZA 3EN9A 3B8AX 2YI1A 1TYQB 4RWTA 3O6WA 2HOEA 3LM2A 4EFHA 3VGMA 4H0OA 5BPLA 5FPMA 3SMSA 4I6MB 3BF3A 5ELZA 1YVNA 2NZTA 3UB5A 3LDNA 4IWVA 4CD3A 3FFKB 3VESA 2IVOA 3CQXA 4CD1A 4QS9A 4FWPA 5BR9A 3O08A 1GLAG 4K43A 1DEJA 1T44A 2FSNA 3IFRA 2E2OA 4BC5A 3S41A 3M1FA 4DHYA 1RDWX 1P8ZA 2FLOA 1MWKA 4EHTA 3D2EA 2ASOA 1YUWA 1HKCA 3GE1A 1XC3A 3VEWA 4XH1A 4DCHA 1NGFA 2Q0UA 3WEEB 4CZEA 3FLCO 3FZLA 2GWJA 2P9UB 3A8YA 1GLBG 3DXMB 1Z05A 2YHXA 4WQ5C 3CHWA 1ZC6A 2A5XA 5ADXH 4H0TB 3W3DA 1Y64A 3HTVA 4BQLA 5JMVA 4FWKA 3D7EO 1QQMA 4FPBA 5BRFA 1BO5O 4LC9B 5EOYA 5AZIB 4MO4A 3ULEB 3CJ1A 4NO7A 1EQYA 3R8EA 4FL9A 4H5WA 4H5NA 5E84A 3IMXA 3C7NB 3AAPA 3MDQA 2VYPA 2V51B 2E2PA 4CBXA 3O1BA 2E1YA 2V7ZA 3ID8A 2GTDA 3QBWA 3C7NA 4QS8A 3LDQA 1KAXA 2E2QA 4BR5A 3WXLA 1NGAA 1NGHA 3VF4A 4ISGA 3O8MA 3P4IA 4CBWA 4BRFA 4GNIA 4ISEA 2A42A 1NM1A 4JD2B 3I8BA 4BROA 4J8FA 2VCPA 3FR0A 3WQTA 4B9QA 2QXLA 4BR2A 2PAVA 3SLCA 4BR0A 3U9DA 2YHWA 5AQHA 4JNEA 2QM1A 3TU5A 3FGUA 2QWNA 1GLEG 4CBUA 4GY2B 4BR7A 1S22A 2J4RA 2Q1NA 4XH5A 2CGKA 1C0GA 2QWMA 3UKRB 4BG8A 4JHDB 4H0YB 2I7NA 3DWLA 3ZETB 5LJVA 3UKUA 2ASPA 3BUZB 3IDHA 3D2FB 4C23A 2ZGYA 4FWNA 3QFPA 3A5NC 4H5VA 4A61A 4FWSA 4CZJA 2FSKA 3QMLA 5BPNA 1NWKA 2UYTA 1GLCG 3J8AA 3GG4A 4BG9A 3R6MA 2HF4A 3JXUA 5AQRA 3VEXA 3H3NO 3ENOA 4AM7A 2A3ZA 4CZIA 2P9KA 4IZ9A 4BC4A 2P9PA 1KXPA 3M3ZA 1TUUA 4KBOA 1NGIA 2Q36A 3M6GA 3CERA 1BDGA 4FWQA 5BPMA 4ISFA 4MLHA 4MO5A 3QBXA 3L0QA 5EXWA 5AQPA 3CETA 1QZ5A 3MMVA 3DXKA 1E4GT 3RSEB 2A41A 3WXJA 1NGGA 3IUCA 4FSVA 4CZKA 1HX1A 2P9IB 1TYQA 4B1UB 2E88A 1X9JA 1G99A 2GELA 2GUPA 1HKGA 2EWSA 3LL3A 4RCHA 4PKGA 2QWLA 1BOTO 1QHAA 3BEXA 4M7YA 4BVOA 4I6MA 3MN7A 1D4XA 4CZFA 4HWIA 1E4FT 4FOEA 1LCUA 2V7YA 3EKSA 4DQ8A 1YAGA 4WQ5A 2P9LB 4BRQA 4CZMA 1ATRA 4H0PA 4MLEA 5EY4A 4WQ4C 2AA4A 1J6ZA 1NGBA 1NLVA 5JICA 1HJOA 1KAZA 2QWRA 1DKGD 1JCGA 2BTFA 3LDPA 3AY9A 1S3XA 2A6AA 1IG8A 4BRCA 1DGKN 4BRNA 3AARA 3UE5A 3MN9A 4BRHA 3FE1A 1GLLO 3JS6A 1SZ2A 2D1KA 4WYBA 5LY3A 4H5RA 4F9OA 3FZFA 1KAYA 3ZX3A 1U2VB 3WEEA 5BREA 5KPTA 2HMPA 3MK6A 2P9UA 3WT0A 4FPAA 4PKIA 3DXMA 5FPDA 1HKBA 4FWOA 4K41A 2QWOA 3ZX2A 1K8KB 3ZX0A 3H6EA 4EIAA 3R9PA 3I33A 1WOQA 3DJCA 3VEZA 4PL7A 3U9ZA 5AQNA 2FSJA 3H46O 2CH5A 5AZIA 1H1VA 3EKUA 3ULEA 2E8AA 5AQJA 1T6CA 1IJJA 5F2RA 3ZEUB 3BF1A 4BRKA 4DB3A 3LDLA 1NMDA 3CJ9A 3W0LA 2YCHA 3VGLA 2W40A 3DAWA 2ASMA 2PBDA 3VERA 4A62A 2I7PA 1YXQA 3A5LC 2P9NB 3OHRA 5EX5A 5AZJB 3KZBA 2Q2RA 3SK3A 4Z94A 2E20A 4BR4A 2YHYA 3GL1A 1LOTB 4YDUC 1QQNA 4CI6A 3FZHA 4JD2A 5AQVA 2DPNA 2FXUA 3HZ6A 3U4LA 4IXCA 4IJNA 3GDQA 2P9SB 3VEYA 4A2BA 3ATVA 3MN6A 4A2AA 2D0PA 4BRDA 4CZHA 4BRIA 3H1VX 4BGBA 2VWBA 3WXIA 5B8HA 3ATUA 3CJCA 5F0XA 3MN5A 3QB0A 3SJHA 3UKRA 4CZLA 4JHDA 3ZETA 3VF6A 2Q0RA 3D2FA 3LM9A 4K42A 1XQSC 3MCPA 5AFUA 3H45C 4H0XB 1WUAA 2IVNA 4JN4A 1SQKA 2AP1A 2HF3A 2Q31A 2CGLA 4CZGA 5JLHA 3CIPA 5E26A 4B1VA 3O1WA 3WXKA 4CJ7A 1XUPO 3GBTA 4WQ4A 4B1YB 3O80A 3EZWA 1GLJO 5LJWA 2YJFA 4XH4A 1GLDG 5BRDA 3O5BA 5AQKA 1MA9B 5AQMA 3RSEA 3EO3A 5AQXA 2D4WA 3A5MC 2FF6A 2F9WA 3BP8A 2P9IA 1RGIA 1NBWA 5EVZA 3VEOA 4BQZA 2BUPA 3C0BA 3KHYA 3WUHA 4QS7A 4B1XB 1T6DA 4RTFD 3WQUA 3U8XA 1Q18A 4BVPA 4BRAA 3A5OC 2P9LA 5KQDA 4BR9A 3H1QA 4FO0A 5FPEA 2WUSA 3VOVA 4EAHD 3VETA 1R59O 5AQYA 2ZF5O 3VEVA 3CJBA 1JCFA 3ENHA 4O5FA 3D2EB 2E2NA 5AQWA 1JCEA 1RFQA 1QZ6A 5AR0A 4FOIA 2YJEA 2CH6A 1BUPA 5AQIA 1U2VA 4IO8A 3CQYA 3VGKA 1C0FA 5BN8A 4O8KA 4BC2A 4E1JA 4M63C 3F9MA 3HM8A 4IJAA 3QDKA 2KHOA 3GOIA 2H3GX 4FWRA 1CZAN 5TKYA 4BREA 4FWLA 5AQTA 1K8KA 5AQZA 4BRLA 4BRPA 5AQUA 1U6ZA 5I9EB 3CJ7A 1X3NA 1ATSA 4B1WB 4PL8A 5F1XA 4EHUA 2D0OA 4YDUA 1NGEA 1V4TA 1NGDA 1MDUB 1X3MA 3HI0A 1OKJA 2OANA 5BRHA 2V52B 4PKHA 5AQSA 2QWQA 2Q97A 4AM6A 3ZEUA 1HLUA 4BC3A 1HPMA 3LDOA 4HTLA 1BA0A 3FZKA 2GEMA 2GWKA 1BA1A 3H3OB 3QICA 4H0VB 3O4WA 3L6QA 5ADXA 3SMPA 2P9NA 5AZJA 5FPNA 2E1ZA 3FZMA 5AQQA 3VPZA 4H5TA 5AQOA 1QQOA 5AFUH 4XEIA 3HSCA 4FWMA 5CE3A 3CI5A 4L3QA 1ZBSA 2IVPA 2FF3B 3A0IX 4H03B 2P9SA 2NLXA 1NGJA 3EL2A 1HUXA 4BRMA 1V4SA 1SAZA 4Y0WA 2CGJA 1ZXOA 2QWPA 3HBTA 4NB4A 3UKUB 3VF2A 5KPZA 1BU6O 3TPQA 5AQGA 4M7XA 3CJAA 4BGAA 2W41A 2A40A 5AQLA 1BWFO 2ITMA 4K25A 2QW9A 2NRHA 1Z6RA 3G25A 2F9TA 3L4IA 5KQ8A 5BN9A 4B1ZA 2P9KB 2ZWHA 3AAQA 1MWMA 1GLFO 2P9PB 3VENA 5KPRA 3QFUA 3KVGA 1NGCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2RF2A 4DU4A 3CFRA 3TSPA 4LF5K 1TVRA 1IH7A 2YI1A 3B8AX 4CVNE 3O6WA 4I9QA 1RT6A 4H0OA 3HP6A 3BF3A 1YVNA 4WFBL 3E01A 3UIQA 3LDNA 4CD3A 1VSFA 3KK2A 3J7ZO 3FFKB 4CESA 3VESA 1VQ8N 4GKKK 4OO1J 1GOAA 1D5AA 4CGHA 4E7IA 2DY4A 1JLQA 2FSNA 3IFRA 4DUYK 2Z1HA 1YT3A 1U48A 4KAZA 1FW6A 2JLEA 1MWKA 3KJVA 3SV3A 5FRMA 2G8FA 2ASOA 3VEWA 1Q81O 3OBYA 2XY8A 3DRSA 1NGFA 4CGIA 3PX4A 1T03A 4M3ZA 3FZLA 2P9UB 4AQYK 3A8YA 4KHQA 3DXMB 3CHWA 5GIPA 4EZ6A 4B9MA 4H0TB 4AHRA 4FWKA 4CGGA 4Z4HA 2G8WA 3T19A 4MO4A 3MEEA 3ULEB 4AH9A 1RDCA 2VYPA 3T7ZA 4DS5A 3U6FA 2V51B 4MDBA 4K8XA 4CF9A 3CCJN 3QBWA 3U3YA 1KAXA 2OZSA 3SBTA 1NGAA 3RR8A 3K5OA 5TKWA 2OTJN 1NJIO 3K57A 3O4NA 3MEDA 3CCVN 4B8AB 1J53A 3I8BA 2UU9K 2O8BB 3VQBA 4J8FA 3FR0A 4DKWA 2QXLA 3VQ8A 4BR2A 3V1RA 1RT3A 2YHWA 2YV0X 3T3FA 4FK0A 2QM1A 3FGUA 4JK8A 4CBUA 4BR7A 4CIFA 3VTIA 3CMAN 4H0YB 3NDKA 3ZETB 2ASPA 4FJHA 4C23A 2ZGYA 2OTLN 4OPKA 4FWSA 4KV8A 3TAQA 3F9KA 3VQ9A 1EKEA 3JXUA 4GV6A 2A3ZA 2P9KA 4IZ9A 1BHLA 2P9PA 4R79A 5C15A 4N5SA 2Z1GA 3CERA 1U49A 1IKWA 4MO5A 2YKNA 5T7BA 2AJQA 2NRVA 1QZ5A 3MMVA 4FW1A 3IAYA 1G15A 1OH6A 3IUCA 4YHHK 1S9GA 1VQ7N 1N5YA 4JI7K 4B1UB 1N32K 4DTRA 5E41A 2HBLA 1HKGA 5M1FA 1SKSA 4PKGA 1HNIA 3BEXA 3LALA 4F2RA 3THWB 1D4XA 4IOCL 1YJ9N 4FOEA 1IKYA 2NRZA 3VA3A 2P9LB 2VWJA 4DLGA 4MLEA 5EY4A 3E1YA 3SYZA 3L4QA 3SJJA 3OYGA 4F2SA 4IO9L 1DKGD 2NRTA 4DG1A 3NVMA 4G9ZA 3LDPA 3SBGA 3AY9A 4ZTFA 4W5NA 2A6AA 1IG8A 4B9TA 4C8LA 4RW4A 1GLLO 1IKVA 2D1KA 4WYBA 1TAQA 3CG7A 3CPEA 1BQNA 1KAYA 5BREA 2HMPA 2P9UA 3DXMA 4V19S 3WNHA 3DOLA 4K41A 3CCRN 3ZX2A 4EIAA 4WCEL 3NGIA 2QI2A 1WOQA 4QAGA 4KHUA 3DJCA 4KI4A 3U9ZA 1VQ5N 3TTCA 3H46O 4FZYA 5DK5A 2VGNA 3SPYA 1H1VA 3ULEA 3M8PA 3TAFA 4Y1DA 1SL0A 4E19A 1IJJA 3BF1A 2IAJA 5J1EA 1YF5L 5GIOA 4CJ5A 2W40A 4CEBA 2PBDA 4IEEA 3VERA 4A62A 3WXMB 2ZQBA 2P9NB 3OHRA 3KZBA 4F3OA 2E20A 4DLEA 3GL1A 2HVHA 3QO9A 4CI6A 3RTVA 1RTIA 5AQVA 1NK4A 2O8BA 1X9MA 3U4LA 2P9SB 1NK6A 3VEYA 3NH2A 4FM2A 4A2BA 1RNHA 3QEWA 2OA8A 1SV5A 1HNVA 4A2AA 3OYLA 4B9NA 1BQMA 3H1VX 2BGGA 2D5RA 2VWBA 4TSXA 4J2DA 1W97L 3ATUA 3OYAA 1S1WA 3FFIA 3QNNA 3ZETA 3VF6A 3WNGA 3OJSA 4FM1A 4AHVA 1XQSC 2OCEA 1J54A 4CHQA 3PO4A 2AP1A 2HF3A 2NRRA 2CGLA 4JYAK 4FK2A 1HYVA 1XUPO 2ZM6K 3C94A 3CCMN 1WAJA 3AVBA 4Z0UA 4B1YB 3QEVA 2ZJRL 1GLDG 5GINA 1N8RO 3AVMA 3NGYA 2G8HA 2D4WA 1LV5A 3I0SA 5C42A 1P90A 1WSIA 1NBWA 5EVZA 4HCCA 3VEOA 1VSDA 4PY5A 5C0YA 4GKJK 1I94K 4LY7A 1VQKN 3Q7CA 5GAGP 3THWA 3P31A 2HSTA 1L5UA 3WQUA 1QVGM 1LAVA 1HRHA 2P9LA 5KQDA 4BR9A 3OS1A 4B3TK 4DF8A 4EAHD 2ZF5O 2HHQA 1JCFA 5H1SQ 2OPQA 4OPHA 4GV3A 3HL8A 3RWUA 1TKDA 3PSFA 1QZ6A 1J9AA 3HO1A 3V9WA 2YJEA 2KZMA 2OPRA 3EE9A 2UXDK 3CQYA 4JI3K 4BC2A 1NKCA 3F9MA 3HM8A 4FLTA 3QDKA 4GV9A 1CZAN 2WOMA 4KTWA 4FJMA 5HROA 1YTAA 4AHTA 3THYB 3AVAA 2D0OA 1EXQA 3VA0A 2P5OA 2BDPA 5M1QA 4FJ8A 3V4IA 1KSPA 2OANA 4I2PA 2XY7A 4PKHA 2IS3A 2A1SA 2F8SA 1HPMA 2UUAK 4HTLA 1SS6A 3LZIA 3H3OB 4RG8A 3MXJA 4H0VB 3O4WA 3L6QA 3KLIA 4HCBA 4KHSA 2P9NA 3L3UA 5FPNA 1W2BM 1VAZA 4PA1A 3CMEN 5CZ1A 1DT9A 4IBNA 4JI5K 3NMUA 2P5GA 1LWFA 3K58A 5CYMA 4LF7K 2P9SA 2NLXA 1U04A 1NGJA 3AVKA 1HUXA 5HL7L 3V9UA 4X65K 1V4SA 4CGFA 4DSLA 2PFUA 4Y0WA 2PZSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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