4A62A

Parm from r1 plasmid in complex with peptide from c-terminus of parr
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
MLVFIDDGSTNIKLQWQESDGTIKQHISPNSFKREWAVSFGDKKVFNYTLNGEQYSFDPISPDAVVTTNIAWQYSDVNVVAVHHALLTSGLPVSEVDIVCTLPLTEYYDRNNQPNTENIERKKANFRKKITLNGGDTFTIKDVKVMPESIPAGYEVLQELDEADSLLIIDLGGTTLDISQVMGKLSGISKIYGDSSLGVSLVTSAVKDALSLARTKGSSYLADDIIIHRKDNNYLKQRINDENKISIVTEAMNEALRKLEQRVLNTLNEFSGYTHVMVIGGGAELICDAVKKHTQIRDERFFKTNNSQYDLVNGMYLIGN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transport protein
molecule keywords PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
publication title A Bipolar Spindle of Antiparallel Parm Filaments Drives Bacterial Plasmid Segregation.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 109
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06406 StbA StbA protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A01
5BPMA 3ZX0A 5F2RA 4JHDA 2VYPA 5B8HA 2FSNA 2WUSA 4DHYA 3ENHA 4HTLA 4CZGA 3MN6A 5FPEA 1GLBG 4EAHD 2F9WA 3LDOA 5JMVA 1BUPA 3HSCA 4BRGA 4FWRA 3QICA 4BR7A 3GL1A 4MLEA 2QXLA 2EWSA 1T6CA 3O1BA 4CD1A 1RGIA 5EVZA 1BOTO 1GLDG 4AM7A 3AAPA 3ID8A 3DXKA 5AQSA 5I9EB 1XQSC 2QWRA 5AR0A 3VGLA 2ASOA 3VOVA 3SLCA 4BQZA 3CJ1A 5AQXA 2Q0UA 2P9NA 1HJOA 3IUCA 5KQDA 3DXMA 3VPZA 1WUAA 1J6ZA 1NLVA 2D0OA 5EOYA 1HPMA 3O4WA 4K25A 3R9PA 1LCUA 2IVNA 1Z05A 4M63C 5AQPA 3AAQA 3EZWA 3TPQA 3TU5A 3UKUA 1EQYA 3DXKB 2QWNA 4CZJA 4CZLA 3KHYA 5AQKA 3H3NO 2BUPA 2P9NB 4QS9A 5FPDA 4BVOA 3W0LA 3I33A 3CQXA 3J8AA 2NRHA 1SZ2A 4B1UB 4CZMA 3MCPA 4RWTA 1G99A 1ATSA 4RCHA 3P4IA 3VEVA 2E2NA 4Y0WA 5ADXH 2YHWA 3FZKA 1H1VA 1ATNA 4BVPA 3R8EA 1MWMA 5AZJA 4ISFA 1TYQB 4DCHA 4B1WB 3CJCA 5ELZA 1KXPA 3R6MA 3WXJA 2A5XA 5AQRA 3WXKA 1U2VB 4BR2A 2FF6A 3D2EB 3M3ZA 1S3XA 1GLCG 1NBWA 4I6MA 4RTFD 5JLHA 2E8AA 3CJ7A 4CI6A 3ATVA 5FPNA 5EX5A 5AZJB 2A6AA 4CZKA 2YJEA 3UB5A 1RFQA 3VEXA 3WXLA 5BREA 3KVGA 2Q2RA 2FXUA 5FPMA 2D0PA 3H1VX 2QWQA 2YHYA 3JXUA 2A42A 3IMXA 3WQUA 4BRDA 2YCHA 2P9LA 1QZ6A 3C7NA 2GUPA 3I8BA 5BN9A 3IDHA 2GWKA 3D7EO 1S22A 4BRFA 3EN9A 5AQYA 1QQMA 5EXWA 2ZWHA 3ZX2A 2Q1NA 5AZIB 1GLFO 1C0GA 3O80A 1HKCA 1ZC6A 5E26A 5AQJA 2QWMA 3BP8A 5AQFA 3G25A 3CETA 4BG9A 1HX1A 2DPNA 3LDNA 5AQZA 4JD2A 4EFHA 1GLLO 4O8KA 3FGUA 4FWKA 4WQ4C 4BR9A 1YXQA 2E2OA 4B1VA 4BRAA 2CGJA 1K8KA 2YHXA 1TUUA 3L4IA 2ZF5O 3H45C 3ATUA 3A0IX 2E1YA 3CQYA 2AP1A 3WT0A 1X9JA 1SAZA 2GTDA 4GNIA 3O1WA 3QFPA 1DEJA 2A41A 2H3GX 3CJAA 3VGMA 3WUHA 4FWSA 4IO8A 4BRLA 1SQKA 3U4LA 1K8KB 4JHDB 3VF2A 3CI5A 4BRKA 1RDWX 2OANA 4HWIA 2E88A 3LM9A 3W3DA 3IFRA 3HZ6A 3O08A 2A40A 3GG4A 2Q0RA 4K41A 3VEWA 3SJHA 4FO0A 4XH5A 2V51B 4NO7A 4BC4A 2FF3B 4XH1A 4BREA 2Q31A 1NGFA 3GE1A 3DXMB 1IG8A 4FPAA 4K43A 5AQIA 4BRCA 5BR9A 3BF1A 2P9KA 5AQUA 5LY3A 4MO5A 2P9IA 4BGBA 2J4RA 3D2FA 2P9UA 5ADXA 3DJCA 2ASPA 1NMDA 3UKUB 5F1XA 4M7YA 3H46O 1JCEA 3HI0A 4B1YB 5AQOA 3WXIA 4KBOA 5TKYA 1NM1A 1D4XA 3EL2A 3VEYA 2NZTA 4J8FA 5AFUA 2P9KB 1QQNA 4MO4A 3VETA 3O5BA 2P9IB 4LC9B 3VF6A 3D2FB 5EY4A 4C23A 4DB3A 4F9OA 2ZGZA 1E4FT 1YVNA 3LDLA 3SK3A 2E2PA 2YJFA 3BEXA 1GLJO 1NGIA 5BRDA 3ZEUA 5BN8A 1Z6RA 2FSJA 2QW9A 4L3QA 1P8ZA 4MLHA 3B8AX 4H0XB 4BR0A 3ZETA 3UKRA 3FZFA 4BC2A 2BTFA 1HLUA 3AY9A 3H1QA 5JLFA 3M1FA 3ENOA 3WEEA 4BG8A 3MN9A 3MN5A 4B9QA 1DGKN 3RSEA 1ESVA 1YUWA 4NB4A 3O8MA 4WQ5C 3ZEUB 2QM1A 5BRFA 4CZHA 3ZETB 3UKRB 3LDQA 3LL3A 4I6MB 5BRHA 4GY2B 1V4TA 2GWJA 5AQQA 2UYTA 4FSVA 5AQTA 4JN4A 3AARA 1R59O 4PKHA 1T44A 3FFKB 2GELA 3HM8A 3FZLA 3RSEB 4Z94A 5F0XA 1MDUB 1BWFO 2CH6A 2V52B 3FZMA 4IZ9A 4PKIA 4PL8A 1GLAG 1U6ZA 4JNEA 4DQ8A 3BUZB 4E1JA 1GLEG 3A5NC 4EIAA 1NGEA 1IJJA 2P9LB 4IXCA 5AQGA 3QDKA 1YAGA 3A8YA 4IWVA 3C7NB 4CBWA 1ATRA 1JCFA 1NGCA 3MK6A 4ISEA 4IJAA 1ZBSA 4FWMA 2HF4A 5BPLA 4XEIA 4A62A 2IIRA 1HKGA 1NGHA 3M6GA 4WYBA 4A2AA 3KZBA 2PAVA 4CJ7A 2P9SA 2FSKA 3ZX3A 4BRPA 4YDUC 2GEMA 4AM6A 2V7YA 3VEZA 2PBDA 3QBWA 3L6QA 4WQ4A 3CHWA 4JD2B 3WQTA 2QWOA 1BU6O 3CERA 2QWPA 3DWLA 4BRMA 4B1ZA 4H03B 2P9SB 3HTVA 5JICA 3BF3A 5KPZA 3H6EA 4M7XA 4FWLA 5E84A 1NGJA 1QZ5A 4FWQA 1X3MA 4H0YB 4BC3A 3QBXA 4H5WA 5KPRA 1ZXOA 1QQOA 3U9DA 3C0BA 1XUPO 2E20A 3QFUA 5CE3A 3QMLA 2YI1A 3EO3A 4H5VA 1NGDA 1BA1A 2I7PA 5AQMA 4H5RA 4FPBA 2FLOA 1V4SA 3A5MC 3VESA 3VEOA 1XC3A 1TUYA 1OKJA 2ITMA 1DKGD 3FR0A 3LM2A 4A2BA 1BO5O 3FLCO 1NGGA 2QWLA 4QS7A 2VCPA 4BQLA 4BGAA 1HKBA 3O6WA 4FL9A 4FOEA 4B1XB 4EHUA 5AQVA 3OHRA 2NLXA 2W41A 3A5OC 2W40A 3ULEA 3LDPA 2F9TA 3GBTA 2P9UB 3DAWA 4H0TB 1Q18A 3F9MA 1TYQA 3SMPA 1C0FA 4QS8A 5AQLA 1CZAN 3U8XA 3VENA 3L0QA 3U9ZA 1JCGA 4FWPA 4BRNA 4EHTA 1U2VA 2I7NA 3D2EA 4BRHA 1WOQA 2E1ZA 3EKUA 3ULEB 3MMVA 4FWNA 3JS6A 3EKSA 3SMSA 1BG3A 4H0VB 4IJNA 5AFUH 5AQWA 2V7ZA 3GDQA 5AQHA 4BRIA 3GOIA 3VGKA 1HUXA 2HMPA 3WEEB 4ISGA 1Y64A 1NGAA 3CJ9A 2CH5A 4PKGA 2VWBA 1QHAA 4WQ5A 2ZGYA 3MN7A 3S41A 2IVPA 4BC5A 2IVOA 2HF3A 4A61A 2CGLA 1KAXA 3QB0A 2AA4A 2D1KA 2ASMA 3MDQA 4FWOA 3HBTA 4CBXA 5KPTA 5AZIA 3CJBA 4H5TA 2P9PA 1BA0A 3FZHA 4K42A 2CGKA 1T6DA 4BR5A 1BDGA 1KAYA 4O5FA 4H5NA 3VERA 2A3ZA 2E2QA 4PL7A 3A5LC 1NGBA 4FOIA 4XH4A 4CZFA 2D4WA 1E4GT 2HOEA 3UE5A 3CIPA 4CZIA 1LOTB 2P9PB 1X3NA 5BPNA 3FE1A 3H3OB 4CZEA 2Q36A 4JAXA 1MWKA 4BROA 4H0PA 4CBUA 4BR4A 1KAZA 4H0OA 1MA9B 1NWKA 5LJVA 5LJWA 4YDUA 5AQNA 2Q97A 2KHOA 4CD3A 3VF4A 4BRQA 5KQ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3ZX0A 4FW1A 4KKOA 1N5YA 4JHDA 2VYPA 4N5SA 3ZSRA 3C95A 4CZGA 4AHRA 4FM0A 4FJ7A 3ALYA 3LP3A 1JLGA 1DTQA 4E7LA 1BUPA 4GMJB 4DTRA 2ETJA 4JK9A 1S72N 3KD5E 3QEIA 4AHCA 3AV9A 1BOTO 3TR8A 3CCLN 1B92A 5HROA 3AVGA 1RTJA 3ZCMA 1C1BA 5KQDA 3VPZA 3HOSA 1N8RO 1NLVA 5EOYA 3OYJA 5FRMA 1LCUA 2PFUA 2OPPA 4I9QA 3AAQA 3EZWA 2OTJN 1VSIA 4OGEA 1SUQA 4M41A 1N6QA 1S1TA 1RBUA 1XI1A 2BUPA 4R79A 4FVMA 4FM1A 4DFJA 4BDPA 4B8AB 1LAWA 5DM6L 3MCPA 3PSIA 1RT1A 1NK0A 4DWIA 4Y0WA 2NRZA 3OA9A 2KFNA 1X9WA 3SI6A 5HL7L 1H1VA 3ZSOA 3SJJA 3CCVN 3R8EA 4DV2K 1OH7A 1QVGM 1VSMA 3WXJA 2A5XA 3LPTA 1RT3A 3QERA 3IG1A 3M3ZA 4CJPA 1S9EA 3G4SN 2HW3A 2D0BA 5JLHA 2E8AA 3HPGA 3L2RA 3SV4A 3LZJA 3S3OA 3LAKA 3AVMA 3VEXA 3THXA 2FXUA 1KFDA 2D0PA 4MQ3A 3KLIA 2YHYA 2A42A 1IG9A 3J7ZO 4BRDA 2OTLN 4BWMA 2P9LA 4E1NA 3S3NA 4Y1DA 4R5PA 3NDKA 3CCJN 3KLFA 2Z1JA 3EN9A 4DLEA 2ZWHA 4DS4A 2BE2A 1IKXA 1HMVA 5AZIB 4CHZA 1HKCA 2ITGA 2WBNA 3CMAN 2P1JA 2KFZA 4FJ9A 2QWMA 3R1XA 2JWKA 3M8SA 4YORA 5D3GA 3CETA 4BG9A 2DPNA 3LDNA 2HHHK 3QEPA 2XO7A 4E7KA 3DOKA 2G8WA 3G10A 1KD1O 1VSFA 4EP5A 1K8KA 3P38A 3QIOA 1IBLK 3L4IA 2ZF5O 2D0AA 3ATUA 2WTUA 3U3YA 4O44A 1NKBA 4GNIA 3K2PA 3RMBA 1K6YA 3VGMA 3CJAA 4DV5K 5JS2A 3MWTA 1WSFA 4CEDA 1TK8A 1KLNA 3VF2A 1K8KB 4B9VA 2XY7A 3L3VA 5J2PA 2Y1JA 3KK1A 3D6RA 3E01A 2QI2A 4KHPK 1KVAA 3VQ6A 3W3DA 4B9SA 3F73A 3HZ6A 5I42A 4K41A 4IDKA 5GINA 4FLTA 1ITGA 4NO7A 4X64K 4B9LA 4DMNA 1K73O 3HXMA 3GE1A 1IG8A 3RVCA 5AQIA 4BRCA 3L2QA 3AO2A 4AH9A 2RN2A 1WB9A 1QS4A 4BGBA 2J4RA 1GOCA 2O8FB 1NMDA 3AVKA 4A5BA 3H46O 4B1YB 4E3SA 4IKFA 4E0DA 3VEYA 2F8SA 1QQNA 3DI6A 3EEQA 3AVLA 3K5NA 5EY4A 4C23A 4WFBL 3Q7BA 1WSIA 3LDLA 1Q81O 2E2PA 2YJFA 3ZEUA 5BN8A 4L3QA 1P8ZA 2FBTA 5CR4A 3B8AX 2HHUA 3ZETA 3FZFA 2BTFA 3AO4A 3SUOA 5JLFA 3WEEA 4BG8A 4V19S 2DY4A 3I56N 4B9QA 1DGKN 3AGRA 3DYAA 3OVNA 4U7BA 3LWMA 3ZEUB 3THVA 3T1AA 5TKWA 2B4JA 1FXXA 3ZETB 1S1VA 5BRHA 2GWJA 5AQQA 5KGWA 2FBXA 5DM7L 4FSVA 5AQTA 1M1KO 2O8DA 1R59O 4PY5A 3OYKA 4BE1A 1K9MO 3TAQA 4DFPA 1BWFO 4IZ9A 2ZJRL 1U6ZA 3TI0A 4DQ8A 3BUZB 1GLEG 2VGNA 4G1QA 4YHHK 3ZSVA 1ZBIA 3LDSA 5AQGA 3JYTA 3A8YA 4FJLA 4FK0A 1ATRA 1HNIA 3MEGA 2QKKA 3NGIA 2HHWA 2B5JA 3SBTA 1WSGA 3HPHA 4CJ5A 3CCRN 1NJYA 1S6PA 1KLMA 3OY9A 3LALA 4FWMA 1NJZA 2UXDK 3J7AP 3M6GA 3SAGA 2PAVA 4YDUC 2RKIA 4CJSA 4F8RA 2PZSA 4FZZA 2PBDA 3VQEA 3KK2A 5SWMA 4JD2B 3WQTA 3NVKA 1BU6O 1LW0A 3ZT4A 1JLCA 3CERA 4J2BA 4B1ZA 2JGUA 1L3UA 3PV8A 1WAFA 3ZT1A 3LP2A 4CEQA 4CGHA 3CCQN 3TABA 4RW6A 4N47A 5E84A 1B9FA 1EP4A 1YJWN 3KLHA 1P90A 1QZ5A 4B3SK 4QAGA 2KZZA 3IS9A 4JI0K 4LY7A 4Z4GA 1SV5A 2DFFA 2E20A 2IS3A 1OVQA 4HUGA 4JI6K 4LD0A 1U45A 1QSYA 4E7IA 3DLEA 1NGDA 1BA1A 3CFOA 1OH5A 4ELUA 1Z25A 4MFBA 3Q7CA 1OKJA 1DKGD 4FJIA 4YY3K 3QIPA 3CPEA 1BO5O 3PX4A 3FLCO 2G8VA 3LP1A 1MU2A 4BGAA 3O6WA 4Q5VA 2UUCK 4DUYK 3VQPA 2RHKA 2NLXA 3V6DA 4KREA 1KRPA 2P9UB 4KAZA 4JI3K 3AO1A 1LWCA 4DS5A 1XMQK 3SMPA 3D0PA 3T19A 4NYNA 1JCGA 4BRNA 2GBZA 4Z4IA 3QINA 2I7NA 1W97L 3D2EA 3PSFA 4JI2K 2HHVA 3DLRA 4OLBA 2WONA 2W42A 4CJTA 3MMVA 3JS6A 4QCLA 3EKSA 1XHXA 3SMSA 4ICLA 5K14A 2FBVA 5J1EA 4NXNK 4IJNA 3K5MA 1TKZA 1RT5A 5GAEP 4JK8A 4PHTX 3O4QA 4IOCL 1RTHA 4C8LA 3I55N 4ISGA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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