4A62A

Parm from r1 plasmid in complex with peptide from c-terminus of parr
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
320
structure length
320
Chain Sequence
MLVFIDDGSTNIKLQWQESDGTIKQHISPNSFKREWAVSFGDKKVFNYTLNGEQYSFDPISPDAVVTTNIAWQYSDVNVVAVHHALLTSGLPVSEVDIVCTLPLTEYYDRNNQPNTENIERKKANFRKKITLNGGDTFTIKDVKVMPESIPAGYEVLQELDEADSLLIIDLGGTTLDISQVMGKLSGISKIYGDSSLGVSLVTSAVKDALSLARTKGSSYLADDIIIHRKDNNYLKQRINDENKISIVTEAMNEALRKLEQRVLNTLNEFSGYTHVMVIGGGAELICDAVKKHTQIRDERFFKTNNSQYDLVNGMYLIGN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title A Bipolar Spindle of Antiparallel Parm Filaments Drives Bacterial Plasmid Segregation.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PLASMID SEGREGATION PROTEIN PARM
source organism Escherichia coli
molecule tags Transport protein
total genus 109
structure length 320
sequence length 320
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06406 StbA StbA protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4a62A01
1TUUA 3VOVA 3C7NB 5JLFA 4BRMA 2D0PA 4BR0A 3GBTA 1RFQA 4FO0A 2QWMA 3D7EO 2Q36A 3WQTA 3HI0A 4M7XA 3UKUA 2ZGYA 2QWNA 4Y0WA 5KQ8A 1U6ZA 3O5BA 3ZX3A 3SK3A 4NB4A 3ULEA 1NGIA 4O5FA 4H0OA 4FPBA 3FZMA 3WEEA 5I9EB 4CJ7A 1GLBG 4JHDA 5BPNA 2YJEA 4A2AA 5LJWA 4MO5A 3O6WA 3O80A 2IVPA 2GWKA 4RCHA 4BRLA 3BP8A 5AQZA 5JICA 2FSNA 4BRDA 4L3QA 1MWMA 3ZEUB 4QS7A 1HKBA 4XH5A 3W0LA 1U2VB 5KPRA 2YHWA 1TYQB 3MN5A 4CZEA 4B1WB 4JD2A 5AQTA 1Y64A 2P9PA 4HTLA 1ZXOA 3BEXA 2P9UB 1X3NA 3H3OB 3VPZA 2Q1NA 4BVPA 2E8AA 5AQFA 1QHAA 4ISGA 4EHUA 3A0IX 4BRPA 3QICA 1WOQA 2ITMA 2QWOA 3TPQA 4CZIA 3FR0A 3VESA 4BQZA 4C23A 2ASPA 1GLCG 1MDUB 3H1VX 5AQNA 3H6EA 4B1UB 2UYTA 5AQHA 3DWLA 4DQ8A 3W3DA 5AQXA 2GUPA 4CBUA 4AM7A 3ULEB 2GEMA 3RSEB 2YCHA 2J4RA 2D1KA 3WEEB 4FWSA 1NGCA 4E1JA 4CZFA 5AQMA 3OHRA 3FLCO 4GY2B 3VF2A 5TKYA 4NO7A 2QWPA 3EZWA 4BR9A 2FSKA 4B9QA 3VEYA 3QFPA 2Q97A 4HWIA 5EX5A 4F9OA 1NGDA 3F9MA 4CBXA 3ENOA 3HM8A 4BROA 2E2PA 5FPEA 1T6DA 2E2QA 3FFKB 4H0XB 3VGKA 4FWQA 5AFUA 3HTVA 2P9PB 3ATUA 2I7PA 1D4XA 1E4GT 3CIPA 1KAZA 1XC3A 5CE3A 1NGHA 3LDQA 5BRDA 1S3XA 1OKJA 1CZAN 1YVNA 3J8AA 5AQIA 3HZ6A 4CZKA 2F9TA 4O8KA 5F0XA 4MLEA 3U9DA 1GLLO 4H0PA 3DXMA 2QWLA 5AR0A 1RDWX 3WXKA 1C0FA 5E84A 3VGLA 3A5OC 2E1YA 5KPTA 3A5NC 3AAQA 5BN9A 2D4WA 2F9WA 3BF1A 3QMLA 4IJNA 2NRHA 4CZJA 3D2EA 4I6MA 4IZ9A 4RTFD 2P9LA 3L4IA 5AQJA 2VWBA 3VENA 4DCHA 2HOEA 4EFHA 4CZHA 2CGLA 4BRCA 1GLFO 1ESVA 1KXPA 5KPZA 3O4WA 4H03B 2A40A 1IJJA 1BO5O 4BRIA 2QWQA 3LM9A 5AZJA 4A62A 1DEJA 1S22A 4FPAA 4CBWA 3FZLA 3BUZB 1K8KB 4K43A 2HF4A 3BF3A 3S41A 3CI5A 5ADXH 5LY3A 4JNEA 1T6CA 2P9SB 4BRNA 4BRQA 4MO4A 1J6ZA 5EOYA 3R8EA 2P9IA 5AQWA 5AQUA 3IDHA 1X3MA 4CD1A 3UKRB 3KZBA 2I7NA 5AQOA 4BR7A 2CH5A 1XQSC 1NGGA 5BRFA 4FWKA 3WQUA 2AA4A 1NMDA 5BPMA 4YDUC 1XUPO 3ZETB 4BRHA 2BTFA 2Q0UA 3P4IA 1JCFA 3DXMB 4FOEA 4A61A 1MA9B 3CJ9A 3SMSA 2P9NA 4FWLA 3VEWA 1ATSA 3C0BA 4H5NA 3VEXA 4WYBA 4BGBA 3CQYA 4BREA 3GOIA 4WQ4C 3QBXA 3DAWA 5ELZA 1YUWA 5AQGA 4BC2A 4B1YB 3CETA 4BRAA 4WQ5C 4I6MB 1KAXA 3LDOA 5B8HA 2P9LB 3U4LA 1HLUA 3HSCA 1NM1A 1BU6O 1T44A 3VEOA 3FZFA 3JS6A 3UKUB 1QQNA 2P9KA 4EIAA 4EAHD 2E88A 3O1BA 3IFRA 2YI1A 2Q0RA 3HBTA 4BR2A 1R59O 2HF3A 5AZJB 3L0QA 4H5VA 4BRGA 4IO8A 4BR5A 3QFUA 5AZIA 3D2FA 3CERA 1X9JA 4JHDB 5BREA 1WUAA 2VYPA 3U9ZA 3SLCA 4K42A 3R9PA 4BR4A 1BG3A 4BGAA 1NBWA 1RGIA 2ZWHA 5BR9A 2QXLA 2NZTA 3CJ1A 1HUXA 4H5RA 4CZGA 3M1FA 2E2OA 3I33A 3WUHA 5EVZA 1QQMA 4QS9A 3C7NA 2EWSA 3TU5A 3FE1A 3H45C 2QW9A 3IUCA 3A5MC 1GLJO 4JD2B 1NWKA 3WT0A 4FL9A 2IVNA 4YDUA 3MCPA 2YHXA 4BRKA 5JLHA 1JCEA 3AARA 4FWNA 1ZBSA 1EQYA 1HKCA 3M6GA 2P9NB 1NGFA 4K41A 1HX1A 1Z6RA 2V52B 4GNIA 4M7YA 3ID8A 3ATVA 5AQKA 4WQ4A 3H3NO 3MN7A 2CH6A 1QQOA 4PL7A 4BVOA 3SJHA 2CGJA 4WQ5A 1BA0A 4BRFA 4EHTA 3GDQA 1NGAA 1SZ2A 4BC3A 3KVGA 4CZMA 3LM2A 2IVOA 3LDNA 4FWRA 4BC5A 2FXUA 3IMXA 2ASMA 2P9KB 1BWFO 2V7ZA 2A6AA 3ZEUA 2A5XA 2H3GX 1BA1A 1U2VA 4BC4A 1TYQA 3H1QA 3D2FB 2WUSA 5JMVA 5LJVA 5AQQA 5F2RA 4ISFA 4PL8A 3CJAA 2P9UA 3MDQA 4ISEA 4BG9A 2VCPA 4IWVA 3ENHA 2OANA 1E4FT 5KQDA 1C0GA 1SAZA 4H5WA 5EXWA 3A8YA 4H0YB 3CJBA 4QS8A 3UE5A 5AQVA 5BRHA 3EL2A 4FWPA 1V4TA 3VETA 5F1XA 4Z94A 3O08A 2KHOA 3EKSA 2A42A 4B1ZA 3RSEA 3VGMA 2QWRA 1YXQA 1BDGA 1Q18A 3MN9A 1V4SA 4K25A 3FZHA 3VEZA 1KAYA 3I8BA 3ZX0A 1NGJA 3LL3A 3WXIA 4M63C 4PKIA 4XH4A 2PBDA 2V51B 3WXLA 4BQLA 2FF3B 4CZLA 3O8MA 3CJ7A 4LC9B 4XEIA 5E26A 5FPMA 3SMPA 3ZX2A 5BPLA 2DPNA 3CJCA 2BUPA 1SQKA 3D2EB 5AQRA 3GG4A 3U8XA 2GTDA 3DXKA 5ADXA 3MK6A 3FGUA 1DKGD 3AY9A 4PKHA 4FSVA 1IG8A 2W41A 4B1XB 2IIRA 4KBOA 3GL1A 2FLOA 3EN9A 3MN6A 3QBWA 1ATRA 4XH1A 1P8ZA 1QZ6A 2QM1A 3B8AX 1G99A 2NLXA 3EO3A 5AFUH 5BN8A 4JN4A 2E2NA 3GE1A 2P9IB 3O1WA 4DHYA 4DB3A 1BOTO 2Q31A 5AQPA 3LDPA 5EY4A 3R6MA 3WXJA 4RWTA 2CGKA 1HJOA 1GLEG 2FF6A 3M3ZA 4IJAA 2GELA 2PAVA 1NGBA 2ZGZA 3JXUA 4J8FA 3QDKA 3G25A 4PKGA 5AQSA 4H0VB 3L6QA 1TUYA 5FPNA 1LOTB 3VF6A 3CHWA 2YHYA 2A3ZA 3MMVA 5AQLA 1Z05A 3KHYA 4H0TB 4CI6A 1GLAG 1H1VA 3VF4A 1K8KA 3H46O 1HPMA 2V7YA 2ASOA 1NLVA 3DJCA 4FOIA 4B1VA 2GWJA 2P9SA 3DXKB 1ATNA 4AM6A 2YJFA 3CQXA 4BG8A 1HKGA 2HMPA 4MLHA 5AQYA 3AAPA 3LDLA 3UKRA 2FSJA 2ZF5O 4H5TA 2D0OA 3QB0A 3VERA 1LCUA 2E20A 3UB5A 4FWOA 5AZIB 3A5LC 1BUPA 2AP1A 2E1ZA 5FPDA 3ZETA 1YAGA 1ZC6A 1MWKA 3VEVA 2A41A 1NGEA 4CD3A 4JAXA 2Q2RA 3EKUA 2W40A 4IXCA 3FZKA 1GLDG 4FWMA 1QZ5A 1DGKN 4A2BA 1JCGA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3DLKA 2OTJN 4LFAK 3VOVA 3C7NB 4F3OA 4CW7B 3WXMB 4I9LA 4BR0A 1RFQA 2QWMA 3D7EO 4G1QA 1KLMA 2Q36A 3WQTA 3KK3A 3THXA 2QWNA 4JKAA 4ICLA 4H0OA 2VG7A 2HHSA 5J2MA 4AHCA 5I9EB 1RILA 1GLBG 1CXQA 4JHDA 1YITN 1ASUA 5KRSA 3L2WA 1WSFA 1LV5A 2YJEA 4OO1J 3VMFB 4DSKA 4MO5A 2IVPA 2GWKA 4FZYA 4BRLA 3BP8A 5AQZA 4KHNA 4UY8O 1WLJA 2X78A 4AHRA 3LZJA 3OYIA 3OS1A 1FKPA 4CJ3A 4XH5A 5HL7L 3VQ5A 3SV4A 3C65A 1RTDA 4LH4A 4CGHA 4JD2A 2OCEA 3F73A 4KHUA 2P9UB 4PQUA 3OY9A 5LMNK 1M90O 2E8AA 3T1YK 4CVNE 4ELVA 5EU7A 2ZQBA 3V9SA 4HCCA 1BGXT 1YJ9N 2QWOA 3MAQA 3NGZA 4FLXA 4B9SA 5IT9O 2ASPA 3V9WA 3ZSYA 2D5RA 4YORA 3NCIA 1JJ2M 2HBMA 1JLEA 1U49A 3ULEB 5CYQA 4Z4GA 1TAQA 2YCHA 2HNYA 2J4RA 4KV8A 4E1JA 4E0DA 5AQMA 4IFYA 1HJRA 4KTQA 5K14A 1QSSA 5TKYA 4NO7A 2QWPA 4BR9A 3NMUA 1SS6A 5M1KA 4BDZA 2FBYA 3F9MA 4CGJA 2RN2A 4O4GA 3VQBA 1BL3A 2GBZA 4M3ZA 3CPWM 1QE1A 2E2PA 3I8DA 1WSJA 1QTMA 4JKDA 1Q9YA 3VGKA 4FWQA 1SUQA 2P9PB 4CCHA 1E4GT 2FBVA 3CIPA 1KAZA 3K5MA 5CE3A 3TI0A 4FLYA 3LDQA 1NMNA 3SQ2A 4CFDA 4FJ7A 1RBUA 1RBVA 1U47A 3HVTA 1FXXA 3AO1A 2QWLA 3SBGA 4CK1A 2VQFK 4KB0A 1C0FA 1TAUA 4CK2A 4DTRA 3A5NC 3J81O 1IKYA 2D4WA 5DM6L 3BF1A 1IBLK 3PX0A 1VQ7N 4CZJA 5C2DA 3D2EA 4IZ9A 4RTFD 1XHZA 2P9LA 5AQJA 3VENA 4HTUA 2HOEA 1K6YA 2W42A 4CZHA 1IO2A 5I42A 3CCMN 1JL1A 2JWKA 3O4WA 4H03B 1IJJA 2G8HA 2OPPA 2UUAK 4NCGA 5C12A 3NF6A 3HOSA 3TWHA 3QEVA 2X74A 3SQ0A 4K43A 2HF4A 3S41A 4JNEA 3MX5A 2P9SB 3AVKA 4C8OA 4MO4A 3JAMO 5EOYA 4CJPA 2P9IA 5AQWA 5M1FA 4KHYA 4CD1A 2YHBA 3PO5A 3R1XA 3O9UA 4CE9A 1ZBIA 3TAEA 2YV0X 3T69A 3FFIA 3SUOA 4GV6A 4BWMA 1RT5A 5BPMA 3O3GA 4PUOA 2YKNA 3AVMA 3M8PA 4I9QA 2BTFA 3KTQA 4TSXA 2QA4N 3BZCA 3SMSA 4BY9C 2P9NA 1ATSA 3C0BA 4WYBA 4WF9L 3MXIA 5C2FA 3GOIA 3DAWA 3T7ZA 4CJUA 1IBKK 1W97L 1VQ8N 1S1TA 2DFEA 3CETA 4LSLA 3J80O 4GKKK 5B8HA 4CJFA 1HLUA 5LL6Z 1NM1A 1LAWA 4J2EA 1N34K 3FZFA 3JS6A 3DM2A 1QQNA 4FJ9A 3PIOL 3AO2A 3OTOK 1JLBA 3V81A 3EZ5A 4BR2A 1R59O 4IOXA 2VWKA 3AVHA 5AZJB 4BRGA 3OYJA 4IO8A 4FJKA 3QFUA 1KRPA 1WB9A 5BREA 1WUAA 4DUZK 3U9ZA 3SLCA 4A59A 3C95A 4DTMA 2E5LK 3ZSQA 1NBWA 3I0SA 1LW0A 1WSEA 3LPTA 2O4GA 3CJ1A 4DR6K 4H5RA 4JKHA 4CHPA 4CZGA 2O4IA 3DLGA 1C6VA 4KI6A 4QS9A 3C7NA 2EWSA 3LWLA 5C24A 3WT0A 4U67L 4V19S 3CCSN 1LAVA 1VSIA 4BRKA 4BACA 3V4IA 3ALYA 3S9HA 1JCEA 4FWNA 3SAHA 4FXDA 1ZBSA 3RR7A 1OVYA 1UAXA 1A5WA 2CH6A 4I2QA 2KLAA 1NNEA 4PL7A 3S3OA 4O5BA 5FRMA 3SJHA 3OYMA 2CGJA 4WQ5A 1BA0A 4EHTA 1NGAA 4BC3A 3KVGA 4CZMA 1YT3A 2FC0A 4BC5A 4JKFA 1EETA 2ASMA 3VQAA 4N41A 1RT2A 3OBWA 2E4LA 3D2FB 2WUSA 3EY1A 4WFBL 4DMNA 4ISFA 1NK8A 2UXBK 3KLGA 2P9UA 3MDQA 4ISEA 3AVAA 4FLTA 3HT3A 2WOMA 4KTZA 3QERA 1UA1A 2OANA 1BISA 4HUGA 1QSYA 3IKMA 4JI5K 1WN7A 1NKCA 4FW1A 3DI6A 4K8ZA 3KWGA 1BCMA 5BRHA 4DV4K 3VA3A 1OH8A 4GV3A 5CHIA 1V4TA 2NRRA 4GW6A 1XHXA 3BZKA 1ASVA 5F1XA 3EKSA 4FJ5A 1EO1A 2R7YA 3LALA 3QLHA 1BDGA 1Q18A 1Z26A 3K59A 1WBBA 4KHSA 1KAYA 1RTIA 4OJRA 4FCYA 1J5OA 1RTJA 1NK4A 3MECA 4GMJB 5CYMA 3WNHA 4XH4A 4PKIA 2QEXN 3WXLA 3D6RA 3NVMA 2FF3B 4LC9B 4XEIA 3SMPA 3HM9A 1RNHA 4LFCK 3TAMA 3SQ4A 1TKZA 1N6QA 3RMAA 5ADXA 2O8EA 1ITGA 1O1WA 3FGUA 1IKVA 4CHNA 5GIOA 3AY9A 3OVNA 2G8FA 5GIPA 2NRTA 5KGWA 2W41A 3PY8A 2OZMA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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