4A7DA

X-ray crystal structure of hewl flash-cooled at high pressure
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
publication title Fast High-Pressure Freezing of Protein Crystals in Their Mother Liquor
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 41
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4a7dA00
3CT0A 1O23A 2NWDX 4LFXA 1NDMC 4HPEA 3WVYA 4ZIXA 5EBHA 5L3HA 5I5QA 4LYMA 1G7MC 1UCOA 1RE2A 4NGKA 3W6AA 4Z41A 1LHIA 1UACY 2MECA 4WLXA 135LA 1IP3A 4ETBA 5B05A 1NMMA 1HEQA 1REXA 3K3TA 4GN3A 1D6QA 1FBIX 1I20A 3IJVA 1LZTA 3N9CA 5LVGA 4H9FA 4G4CA 1XGQC 1YQVY 4OWEA 2BQEA 4NHTA 1GBYA 1BB7A 2I25L 1F6SA 1LSNA 4WMGA 4G9SA 5IELA 1CJ8A 1B7PA 2BQOA 4DC4A 1JIYA 2ZYCA 4H9EA 4R6CA 3AGHA 1LMNA 2G4NA 1YKXX 1JITA 1YROA 3F6ZA 2D4KA 5LAGA 1B5YA 1LOZA 4AGAA 7LYZA 5ILFA 4LFPA 4DD0A 5HLLA 1BHZA 4ET8A 2HEDA 3VWOA 1CKCA 5KXPA 1IR7A 2HEEA 1LSCA 3FE0A 2HEFA 5KKIA 4C3WA 1GB2A 4L41A 4LYCA 2MEAA 1BQLY 1BGIA 3G3BB 4DWXA 2BQAA 4G4BA 2IFFY 4TSCA 2YBHA 4ML7A 3CSZA 3P65A 5F9UA 1LHHA 4PGJB 3BKHA 3M3UA 1GBXA 1DPXA 1WQPA 1IP4A 4NHQA 4XJGA 2HECA 1OUCA 5IDDA 3ULRA 3WMKA 1D0MA 5KXNA 3A94A 1HC0A 134LA 1WQOA 3OK0A 1WTNA 3HBEX 4WLDA 1LMCA 4W94A 3TMVA 1UIHA 1LJEA 2BQMA 1LSGA 1RJCB 3LHMA 1IWXA 3A96A 3AW7A 2Z19A 2CJLA 2BQKA 3A34A 1LSBA 4GN5C 1LAAA 2BLXA 2YBMA 4J0LA 4NSJA 4OOTA 3TXJA 5T3FA 4ETEA 1GF5A 2X0AA 1YL1X 4WG1A 4WL6A 4LYBA 3ZEKA 1B9OA 4DD3A 5I4XA 1HFXA 2AUBA 2EIZC 4XJHA 5DN5A 2HUBA 2W1LA 3OJPA 4LGKA 1JPOA 2D4IA 4C5FA 4M4OA 2BQHA 1DQJC 4TUNA 3WH1A 4B4EA 1GBOA 1LZAA 4H9HA 1CJ6A 1HEMA 1BWIA 4BAFA 3WUMA 1LJ4A 2VB1A 1YKZX 4W96A 4G49A 1GF3A 1RCMA 2D4JA 4CGEA 5HMJA 1NBZC 1REMA 3TXGA 3CT5A 2A7DA 3TXBA 4MCKA 3WXTA 1B0DA 1FKVA 1N4FA 4OOOA 4PJ2C 1GE0A 5LYMA 9LYZA 4XYYA 5FEKA 1XSFA 4DDAA 2ZYPA 1LYOA 1FN5A 1QIOA 2MEGA 1LMTA 1LHJA 4LT2A 4ETDA 1B7QA 1V7TA 3W3EA 5E4PA 1YKYX 4LT1A 3TMUA 4NGVA 1GXXA 2B5ZA 3AJNA 3A92A 3W6FA 3WUAA 2DQGY 1GHLA 3J6KA 4WM2A 5HNCA 2FBDA 4J1AA 4B4IA 1OUDA 1MLCE 3A93A 1LZSA 1NQIA 1LTMA 3GXRA 1LSAA 4IASA 4IJ4A 5LIOA 2Y8PA 2H5ZA 5APDA 2W1MA 4Z3MA 1LZGA 3P64A 2D6BA 1LMQA 4CFOA 2XTHA 2BQJA 3AZ7A 3WU9A 1QSAA 4FJRA 3RU5A 1D6PA 1GE4A 2DQDY 1LSEA 1XEIA 3HFMY 5FHWA 1IWTA 1T3PA 4NY5A 2RSCA 5AMYA 5LINA 4N1CC 5KXSA 2BQLA 1FLQA 4I0CA 5B1GA 4ZEEA 1BB5A 4ZFPA 5LVJA 4OW1A 1ALCA 4WLTA 5DM9A 3KAMA 5KXYA 1JTPL 1CKFA 2MEDA 5KY1A 2Z39A 1LYSA 2DQHY 2MEIA 1LZCA 2XBSA 4QEQA 4ET9A 1FLYA 2YDGA 4YM8A 1JJ0A 5APFA 5KXKA 1GDWA 1OUJA 1B7LA 4NHPA 5KXZA 1OP9B 5IHGA 4NSIA 1LJIA 1C45A 3WPLA 4HTKA 1LZ1A 1IWVA 2F30A 1UBZA 1FLWA 3T6UA 4GLVA 1BVXA 3SP3A 1AT5A 1J1OY 2HEAA 1NDGC 4TTDA 1IWWA 1BWHA 1HF4A 1UIGA 2ZQ4A 4GLAA 5APEA 1LMAA 1IP6A 3EMSA 1IP5A 3TMWA 4DD9A 3AGIA 4YF2A 3LZ2A 1QDTA 2DQIY 4MR1A 5II3A 3RZ4A 3TXFA 1QUTA 1IC5Y 1T6VL 5ILCA 1NKHA 1I56A 1VDSA 5KXXA 2CWIA 1UC0A 4OWAA 4UWNA 5HNLA 4ETAA 1IO5A 1IP1A 1LZYA 193LA 4OWHA 4LZTA 4WOAA 4EOFA 2PC2A 4KL7A 2HEBA 4H94A 2BQBA 4XADA 3ZVQA 1KXXA 1EQ5A 1GFEA 4H9BA 4U3XB 1GFUA 3QE8A 2F2NA 4QGZA 4TSBA 4BAPA 1OUHA 4Z46A 2DQCY 1JKDA 1LJHA 1A2YC 1F6RA 3E3DA 4DD2A 3CB7A 6LYTA 3G3AB 1GAZA 1DZBX 1G7IC 4H9IA 4J1BA 2BQNA 1OQMA 2C8OA 1SQ2L 4DDCA 1GFHA 4N9RA 3AZ6A 4CHXA 5F9XA 3A91A 1CKDA 2BQDA 1XFPL 1VEDA 1GXV2 2Z37A 1UIDA 1XGRC 3A3QA 1LMOA 5I53A 1GEZA 1LZ5A 1IP7A 1WVUA 4WO9A 4A7DA 4H91A 5KXRA 1LJGA 1ZMYL 2Z2FA 1GF8A 4YENA 1LJKA 3A3RX 3WW6A 3W6EA 4NHSA 5B07A 2Z38A 4N5RA 4UWVA 4NWEA 3B0IA 1XGPC 5DN4A 4GCBA 2DQJY 1JWRA 2YBJA 1QSWA 3AGGG 4UWUA 3TXDA 1G7LC 1RI8B 3LN2A 4MSTA 2YSSC 1C7PA 3WYHA 5E9RA 4CFPA 1KIQC 1TAYA 4J7VA 5F14A 4WM1A 5KXOA 1IR9A 1IWUA 2C8PA 4NFVA 3IJUA 3A90A 5LVKA 1UIFA 5LAFA 1TCYA 5KXTA 2H9KA 1B5ZA 3FI7A 4HSFA 1JTTL 4DD1A 1JISA 2HU3A 1G7JC 5F16A 3WULA 4NGIA 1V7SA 3QY4A 1NF5A 3P68A 5K7OA 1IP2A 1LJNA 1JJ1A 1HENA 4GCEA 1GF7A 1IX0A 3LYZA 1D0LA 4XJIA 4GCDA 1IC4Y 3AZ5A 4FDYA 2GV0A 1IC7Y 1B7MA 2BQIA 2W1YA 1LYYA 1GF4A 3D3DA 1HHLA 1GB7A 4KXIA 1OUFA 1GFRA 4NEBA 1ZV5L 4XENA 3WPJA 5I4YA 1VFBC 2MEBA 3CT1A 5KXWA 2DQAA 1DPWA 4CJ2A 1IY3A 4RDSA 1HEPA 4NGJA 4NWHA 3ZVQB 4WLYA 1JUGA 1NHEA 5LVHA 2BQCA 1B7OA 4B1AA 5KXLA 1AZFA 4P2EA 1RFPA 1UIAA 4LYOA 1WVVA 3MGWA 4OWBA 4II8A 5HQ1A 1CKHA 1JSFA 1C46A 4YEMA 4GCCA 1HEWA 2MEFA 1KXYA 1LHKA 3M18B 1LHMA 1XEJA 4HPIA 1IWYA 3TMXA 2HU1A 1LYZA 1GB9A 2ZQ3A 1LZ6A 1GF6A 4NSGA 5APCA 3WPKA 1D0KA 4WM5A 1DKKA 3B0OA 1LJJA 1C10A 1GBWA 1YAPA 2LYZA 154LA 2YBNA 4H9AA 1IR8A 1AM7A 4H8ZA 4ANRA 1WQQA 1GPQC 4WM4A 4LT0A 2G4QA 2G4PA 1JKAA 1H87A 1LZBA 1GFTA 133LA 1HMLA 6LYZA 4HP0A 1HERA 5DLAA 5LYZA 1F0WA 2N5ZA 4DD7A 1LSYA 1QUSA 4RLMA 1DI3A 4M6DA 1OUGA 4IATA 1FDLY 5KJ9A 1B7SA 5D5FA 1LSPA 1GB6A 4GN4A 1ZVHL 4KT3A 5D5CA 1LHLA 1IORA 3ATNA 1IOTA 4NGZA 5A3ZA 1KIRC 5L9JA 2Z12A 4HJVA 1YAQA 2H9JA 1BB6A 3WL2A 1LPIA 2DQEY 2EPEA 1CJ7A 1LSMA 2FYCA 1HFZA 2LZTA 4BADA 5F81A 2LYMA 3N9AA 1B7NA 1GE2A 1LCNA 2LHMA 1EQ4A 4KPMA 5C6JA 1LKSA 4I8SA 2DKVA 2EQLA 1GB8A 2FYDA 2F4GA 1GAYA 1GD6A 2Z2EA 3AZ4A 4H9CA 5FCPA 1LZ9A 1W08A 2F4AA 1KIPC 4XN6A 2XBRA 1GFGA 3BKVA 1UICA 3GXKA 1D9UA 2BPUA 1GB5A 1CKGA 1GWDA 1UIEA 2ZNWY 4NG8A 1JKBA 4TX7A 1WQMA 1WQNA 3CQLA 1IIZA 1A4VA 3WU8A 3A67Y 8LYZA 1REZA 4DDBA 2CGIA 5LA8A 4QDNA 2BLYA 2DQFC 4RLNA 1HSWA 5LA5A 1OUEA 3B0KA 3N9EA 1YAOA 1JHLA 1LZNA 1P2CC 1DI5A 2YBIA 1BVKC 3AW6A 3J4GA 4H8XA 1JJ3A 1IEEA 1YANA 4HTNA 4N0JA 4NHIA 5KKJA 1TBYA 1LSZA 3A6CY 1LKRA 4WO6A 1INUA 5FSTA 4D9ZA 4NG1A 3A95A 1XGTC 4H92A 3AYQA 3TXHA 1LZEA 2W1XA 4OWCA 1VATA 4X3BA 4AXTA 1NWGA 5B06A 4DYGA 1W6ZA 4RW2A 207LA 4WL7A 1F10A 1LSFA 3LYOA 3TXEA 1G7HC 4R0FA 4PRQA 2ZIKA 4NGWA 2A7FA 1OUIA 1HFYA 3RT5X 4WG7A 1JSEA 4TWSA 5B59A 1LJFA 1HELA 3HBHA 4LT3A 2WARA 1LZ8A 5FDJA 1CJ9A 1GE3A 1Z55A 4NGLA 4HV1A 3WVXA 1YIKA 2ZILA 1SLYA 4NGYA 1LZRA 5J7CA 4N8ZA 1WQRA 3EXDA 4LYZA 5FELA 1LZDA 1OUAA 2D91A 4XJDA 1IOCA 1GFKA 1KXWA 1JEFA 1B5UA 1REYA 1BB3A 1WTMA 5M1YA 4B4JA 2Q0MX 4ETCA 3P4ZA 4QY9A 1GBZA 4YEOA 4WM6A 1XGUC 2XJWA 4DT3A 1ZVYB 5A3EA 3LYTA 1I1ZA 3CSQA 1GB3A 2YVBA 153LA 4H90A 1JTOL 2ZWBA 2ZNXY 4PPOA 3LZTA 5B1FA 1B2KA 5HMVA 4NGOA 4PRUA 4WM3A 4H8YA 3RW8A 3A6BY 3P66A 1VDPA 4EMNA 3B6LA 1DXJA 5KXMA 4HJZA 3T36A 1YAMA 3TXIA 1J1PY 1QTKA 1VDTA 1YL0X 194LA 1FLUA 1NBYC 2MEHA 3HBDA 1B5WA 4H93A 3W6BA 2LZ2A 4Z98A 1FKQA 1UUZC 1HEOA 1TDYA 4NSHA 1C43A 3WW5A 5I54A 5C6IA 1HSXA 1IOSA 2Z18A 4YOPA 1IWZA 1IY4A 1LSDA 2HTXA 3EO5A 2ZIJA 1DKJA 5C6LA 1GBSA 1UA6Y 3TXKA 2BQFA 5JENB 1EQEA 1GE1A 1GDXA 2I26L 1B5XA 1BB4A 5LVIA 4XJFA 1TEWA 4HV2A 1B5VA 1B7RA 4GCFA 1PS5A 3W6DA 5I4WA 1EL1A 1HNLA 3IWRA 4XJBA 4H1PA 3WXUA 1GFVA 4RW1A 1QTEA 1AKIA 1BWJA 1DI4A 2CDSA 4HJYA 3QNGA 3ATOA 208LA 5LXWA 1VAUA 1AT6A 2EKSC 2MEEA 2BQGA 1CNSA 3RNXA 5LYTA 1MELL 1LZ4A 3D9AC 4G4HA 4B0DA 3B72A 3WUNA 1XEKA 1UIBA 3W6CA 3A8ZA 3WU7A 3AB6A 5DL9A 1GEVA 1GFJA 4E3UA 2IHLA 4BS7A 1J1XY 1GB0A 3LYMA 1PZYA 2FBBA 4O34A 1IOQA 1JKCA 4PHIA 1IVMA 5L3IA 1H6MA 2BAAA 1GF9A 2I6ZA 2LYOA 1GF0A 1HMKA 1QQYA 3CSRA 1LJ3A 2DBTA 4B49A 1E8LA 3EBAB 4N1EI 1C08C 132LA 1VDQA 1YILA 1QDRA 4NIJA 1GFAA 1LMPA 4HTQA 2YBLA 1OUBA 4LYTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1NDMC 4ZIXA 4W51A 5I5QA 3HU8A 1RE2A 3W6AA 1UACY 1P36A 4ETBA 5B05A 3K3TA 3N9CA 213LA 1XGQC 4NHTA 2I25L 1DYCA 1L90A 4DC4A 1C66A 1JIYA 1EPYA 3PBLA 4W55A 4DD0A 165LA 1L19A 1ZURA 3DKEX 1IR7A 2HEEA 2HEFA 1C6FA 2MEAA 1P3NA 1BGIA 2BQAA 3HU9A 1OYUA 2YBHA 3P65A 1LHHA 3M3UA 1WQPA 3A94A 3CDVA 3OK0A 1WTNA 3GUIA 1LYJA 1TLAA 171LA 1RJCB 1IWXA 3HUQA 1L25A 2A4TA 3TXJA 2BLXA 2Q9DA 2X0AA 4WL6A 4WG1A 4DD3A 1HFXA 2EIZC 2W1LA 3OJPA 4LGKA 2D4IA 1DQJC 4B4EA 1L43A 103LA 1BWIA 1PQKA 3WUMA 1LJ4A 1YKZX 1RCMA 4CGEA 2O79A 3TXGA 1C6GA 3TXBA 1B0DA 9LYZA 5FEKA 1LMTA 1V7TA 1YKYX 4NGVA 3AJNA 4WM2A 5HNCA 4J1AA 4IASA 2Y8PA 2H5ZA 4Z3MA 3FI5A 3SB7A 3C8QA 220LA 1GE4A 3HFMY 2RSCA 5KXSA 1FLQA 5DM9A 4WLTA 1JTPL 1T97A 1LGWA 190LA 2XBSA 1FLYA 1L21A 5KXKA 1OUJA 1B7LA 5KXZA 1OP9B 197LA 5IHGA 2F2QA 1L30A 1L58A 7LZMA 1FLWA 3T6UA 4GLVA 157LA 2HEAA 1NDGC 1CU5A 160LA 1CUPA 1IWWA 1HF4A 1UIGA 2ZQ4A 4ARQB 4DQJA 1LMAA 4MR1A 3RZ4A 1QUTA 1IC5Y 1CV0A 1QUHA 1I56A 1VDSA 5KXXA 259LA 1IP1A 193LA 4KL7A 2RBSA 1KXXA 3QE8A 2DQCY 1F6RA 3CB7A 1C6HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CT0 A;  1O23 A;  2NWD X;  4LFX A;  1NDM C;  4HPE A;  3WVY A;  4ZIX A;  5EBH A;  5L3H A;  5I5Q A;  4LYM A;  1G7M C;  1UCO A;  1RE2 A;  4NGK A;  3W6A A;  4Z41 A;  1LHI A;  1UAC Y;  2MEC A;  4WLX A;  135L A;  1IP3 A;  4ETB A;  5B05 A;  1NMM A;  1HEQ A;  1REX A;  3K3T A;  4GN3 A;  1D6Q A;  1FBI X;  1I20 A;  3IJV A;  1LZT A;  3N9C A;  5LVG A;  4H9F A;  4G4C A;  1XGQ C;  1YQV Y;  4OWE A;  2BQE A;  4NHT A;  1GBY A;  1BB7 A;  2I25 L;  1F6S A;  1LSN A;  4WMG A;  4G9S A;  5IEL A;  1CJ8 A;  1B7P A;  2BQO A;  4DC4 A;  1JIY A;  2ZYC A;  4H9E A;  4R6C A;  3AGH A;  1LMN A;  2G4N A;  1YKX X;  1JIT A;  1YRO A;  3F6Z A;  2D4K A;  5LAG A;  1B5Y A;  1LOZ A;  4AGA A;  7LYZ A;  5ILF A;  4LFP A;  4DD0 A;  5HLL A;  1BHZ A;  4ET8 A;  2HED A;  3VWO A;  1CKC A;  5KXP A;  1IR7 A;  2HEE A;  1LSC A;  3FE0 A;  2HEF A;  5KKI A;  4C3W A;  1GB2 A;  4L41 A;  4LYC A;  2MEA A;  1BQL Y;  1BGI A;  3G3B B;  4DWX A;  2BQA A;  4G4B A;  2IFF Y;  4TSC A;  2YBH A;  4ML7 A;  3CSZ A;  3P65 A;  5F9U A;  1LHH A;  4PGJ B;  3BKH A;  3M3U A; 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 1VDP A;  4EMN A;  3B6L A;  1DXJ A;  5KXM A;  4HJZ A;  3T36 A;  1YAM A;  3TXI A;  1J1P Y;  1QTK A;  1VDT A;  1YL0 X;  194L A;  1FLU A;  1NBY C;  2MEH A;  3HBD A;  1B5W A;  4H93 A;  3W6B A;  2LZ2 A;  4Z98 A;  1FKQ A;  1UUZ C;  1HEO A;  1TDY A;  4NSH A;  1C43 A;  3WW5 A;  5I54 A;  5C6I A;  1HSX A;  1IOS A;  2Z18 A;  4YOP A;  1IWZ A;  1IY4 A;  1LSD A;  2HTX A;  3EO5 A;  2ZIJ A;  1DKJ A;  5C6L A;  1GBS A;  1UA6 Y;  3TXK A;  2BQF A;  5JEN B;  1EQE A;  1GE1 A;  1GDX A;  2I26 L;  1B5X A;  1BB4 A;  5LVI A;  4XJF A;  1TEW A;  4HV2 A;  1B5V A;  1B7R A;  4GCF A;  1PS5 A;  3W6D A;  5I4W A;  1EL1 A;  1HNL A;  3IWR A;  4XJB A;  4H1P A;  3WXU A;  1GFV A;  4RW1 A;  1QTE A;  1AKI A;  1BWJ A;  1DI4 A;  2CDS A;  4HJY A;  3QNG A;  3ATO A;  208L A;  5LXW A;  1VAU A;  1AT6 A;  2EKS C;  2MEE A;  2BQG A;  1CNS A;  3RNX A;  5LYT A;  1MEL L;  1LZ4 A;  3D9A C;  4G4H A;  4B0D A;  3B72 A;  3WUN A;  1XEK A;  1UIB A;  3W6C A;  3A8Z A;  3WU7 A;  3AB6 A;  5DL9 A;  1GEV A;  1GFJ A;  4E3U A;  2IHL A;  4BS7 A;  1J1X Y;  1GB0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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