4AA9A

Camel chymosin at 1.6a resolution
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
313
structure length
313
Chain Sequence
YLDSQYFGKIYIGTPPQEFTVVFDTGSSDLWVPSIYCKSNVCKNHHRFDPRKSSTFRNLGKPLSIHYGTGSMEGFLGYDTVTVSNIVDPNQTVGLSTEQPGEVFTYSEFDGILGLAYPSLASEYSVPVFDNMMDRHLVARDLFSVYMDRNGQGSMLTLGAIDPSYYTGSLHWVPVTLQQYWQFTVDSVTINGVAVACVGGCQAILDTGTSVLFGPSSDILKIQMAIGATENRYGEFDVNCGNLRSMPTVVFEINGRDYPLSPSAYTSKDQGFCTSGFQGDNNSELWILGDVFIREYYSVFDRANNRVGLAKAI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords CHYMOSIN
publication title Camel and Bovine Chymosin: The Relationship between Their Structures and Cheese-Making Properties.
pubmed doi rcsb
source organism Camelus dromedarius
total genus 84
structure length 313
sequence length 313
ec nomenclature ec 3.4.23.4: Chymosin.
pdb deposition date 2011-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4aa9A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4aa9A01
2G94A 1U8GA 3NDWA 4Y3YA 1BV9A 3PBDA 3LPJA 1GVWA 1ZLFA 2QD8A 2P8HA 1SP5A 5P81A 1EPPE 5P66A 1IZEA 1IDAA 2QU3A 4HLAA 4J0ZA 5P63A 2PQZA 3KDCA 1BWAA 3D1XA 3VYEA 1ER8E 4FM6A 4DH6A 1LF3A 3QI1A 5P1XA 5P67A 5P5MA 5P76A 3VFBA 3EL1A 1C70A 4OC6B 1F7AA 4JPCA 3NXNA 5P4ZA 3EL4A 1ZBGA 4Y3PA 2B42A 5P41A 3G70A 4WY6A 4Y3NA 4Y3TA 3KDBA 2I4DA 4MC1A 5P8VA 5P04A 5P3GA 2QNNA 1E80E 5P8SA 2OHQA 5COKA 3OUAA 3RTHA 1ZJ7A 4YD3A 1ODXA 2AOCA 1QBUA 4YD6A 5P4BA 2NXMA 3OXCA 5P1MA 1MT7A 3VFAA 3PI5A 5OZFA 5P1TA 5P43A 5P5AA 1QS8A 5DPZA 4YOBA 1M0BA 4EWOA 3B80A 1ZPKA 5HCTA 4Z22A 2ZHVA 2AIDA 4HDBA 2G1SA 1LYBB 1K2BA 1K6VA 4Y5EA 1SIPA 5P7OA 4LL3A 5OZ4A 3EKYA 3ER5E 5OZZA 3KA2A 5P2BA 2AODA 3EBZA 4XX4A 3BXSA 5SY2A 3L5EA 2HPEA 1AXAA 5HTZA 1AJXA 5HDXA 5OZ1A 4ZPEA 4CPQA 3PSGA 1SIVA 3SA7A 2FLEA 5P29A 5JG1A 1FEJC 5J25A 2JXRA 4EP2A 4FAFA 5P7KA 4H3FA 2BQVA 3HD8A 2ASIA 2B7ZA 3GGXA 3UDQA 1A9MA 3NU4A 3URIA 2ZE1A 5OYYA 1RV7A 5P1DA 2AZ9A 1SDVA 5P1PA 3UDNA 1HXWA 3HBOA 5F01A 5DR3A 4GYEA 1HVJA 2R38A 4B00A 5P3RA 1OD1A 5P2HA 3BRAA 2VA6A 1PPME 3OU4B 4APRE 3EKWA 4GJ5A 1C6ZA 5CONA 1QBRA 5P3NA 3PWWA 3SA4A 3CKTA 4Y47A 5HVPA 3UFLA 4Y5KA 5P11A 4L1AA 5P7HA 1UH8A 2OHSA 2V11C 2ANLA 5OZGA 5P6DA 4FRKA 4ZE6A 2AOJA 1LS5A 1UH9A 3QAAA 1FQ4A 3INDA 3QBFA 5P1YA 2B8VA 1B6MA 5P6RA 1HTEA 4NJVA 5HE4A 3S43B 5OZHA 5OZ3A 5OZ2A 5P2OA 3TOFA 3VV6A 3O9LB 3JVYA 3LZSA 4F73A 2OF0A 5P5ZA 2PH8A 4ZIPA 6FIVA 4HDPA 1EPOE 2RSPA 1HVSA 5P7VA 5P77A 1A94A 4Y3FA 1EC1A 3U71A 4DJQA 5P16A 4DJYA 5KOQA 5ISJA 2V00A 1FMXA 5BWYA 5TOLA 2OHUA 2ZJIA 4B05A 5P7QA 2R43A 2VIJA 3OHHA 5P6PA 3OQFA 3NU5A 4FRJA 3SM1A 3Q3TA 3PMUA 2FIVA 5P6CA 3CMSA 3OOZA 1FG8C 2FGVA 5P74A 4LXAA 1HPVA 2P3DA 2O4NA 2AOFA 4Y6MA 3EKQA 5P57A 1BILA 4DJPA 2OHKA 3CIBA 2XYEA 3IXKA 4Q1XA 5P2MA 2ER0E 5DQ4A 2QD7A 4CPUA 2I0AA 5P4DA 3ZPTA 3FV3A 5P82A 4EJKA 1D4JA 5OZVA 3ER3E 2AVSA 4Y45A 4OC6A 3DK1A 3AIDA 4NPUA 4Z50A 4I11A 2QI3A 4BELA 5P84A 3LNKA 5P7EA 3NU3A 3IXOA 5P86A 1LYWA 2ZJMA 2VIYA 1HHPA 1IIQA 1TCXA 1YM4A 4Q1WA 4RROA 1HSGA 1FQ6A 2QI1A 3S53A 5P8AA 2O4PA 5KQXA 5P1KA 4Y3JA 1ENTE 4YBIA 5P3QA 4Y37A 2CEJA 4OBGA 1HPXA 5P3IA 3HAUA 2AZ8A 5OYXA 1MSMA 5P8PA 2G1RA 3UCBA 5P1RA 3BUHA 3OXWA 1G2KA 2BBBA 2F81A 5C9BA 2G20A 5P7SA 4YOAA 5P33A 1EEDP 3OQKA 4K9HA 1K6CA 2BJUA 2VA7A 1M4HA 3K5FA 1D4SA 1LYBA 1BBSA 3C9XA 3NDXA 3H0BA 3UDKA 1HTRB 3IVHA 4EXHA 5P56A 5P8EA 3OK9A 3UDJA 1QRPE 5P23A 5P7YA 4DJUA 3TLHA 3O9HA 5P62A 4S1GA 2QU2A 3OAGB 5P37A 5P61A 3O9GA 1C6XA 4CP7A 3ZKQA 5OZCA 3UTLA 5COOA 4YD4A 3PMYA 1HVHA 5DR8A 2BB9A 5F00A 5P5FA 2NNKA 5KAOA 2PSGA 3L5FA 1K2CA 1IBQA 2PMAA 3OOTA 1ZAPA 2XFIA 3QVIA 2ZJLA 5P85A 2NMYA 4Y3XA 1EC0A 2G1OA 4H3JA 3SACA 1APWE 5P2FA 3O9FA 5AGZA 4CPTA 3OADA 3GI4A 2HS2A 3GI6A 3OGPA 3IN4A 2IQGA 1FQ5A 1XL2A 3KT2A 4Q5MA 5P8FA 3BXRA 3PB5A 1MTBA 4U7VA 1RPIA 2R5QA 5P8DA 5P8HA 3T11A 5P2GA 3T7QA 2QNQA 5AH8A 3MSKA 1FLHA 3EC0A 2VJ7A 3ZKXA 4RZ1A 4R92A 3OUDA 3WZ8A 3S43A 3QBHA 2B8LA 4ER2E 3N4LA 2P3BB 4QJ8A 5P1LA 3LIYA 1TSQA 4RLDA 4DQHA 5P2TA 3PI0A 4QJ6A 3OQDA 3UQUA 3OQ7A 2F3KA 3F9QA 2BPWA 2I1AA 2J9KA 1E81E 5P20A 5P7IA 3N3IA 1FKNA 2MIPA 2OHMA 1OHRA 3OGQA 5P8BA 2WEZA 4GJ9A 5P7BA 5SXNA 3O9BA 4IVTA 5P8GA 4J0VA 4I0ZA 4ZSQA 4FLGA 4BFDA 5P6OA 5P4GA 5P7NA 5P6UA 4TRWA 5AHBA 3KDDA 2VJ6A 2IKUA 5OZBA 3VUCA 3PLLA 4N00A 3NSHA 3BUGA 5HDUA 5P8KA 3EKPA 3L59A 4RYGA 3TPRA 4R5NA 4Y5PA 5P6JA 5P5LA 1HIVA 3U6AA 5P7DA 5P3JA 5P2UA 1LYAA 4ER4E 4GJDA 4YDFA 1HPSA 2HB2A 1HBVA 4RYCA 4Y4XA 5P0IA 3SA5A 5P6AA 4AA8A 2AVMA 3HVGA 2ZJJA 2WL0A 5P0RA 3BGCA 2Q54A 2APRA 5HU1A 5DQ5A 2QZXA 3UQRA 3VSXA 5P36A 3LHGA 5OZ9A 1HVIA 2H6TA 4QJAA 4Y3GA 1HRNA 2G22A 3PWMA 4RCDA 3WB5A 5P8CA 2G1NA 1M43A 1IVQA 5P46A 2QI7A 2F8GA 4J1FA 2UY0A 4JOOA 4QJ9A 4L7HA 3NUOA 3UHLA 3QRVA 4Y4AA 5KR8A 5UPJA 3PCWA 1XE5A 3CIDA 4K4PA 5OZIA 1YTJA 4Y43A 5P68A 4Y3AA 4EQJA 1VIJA 4Y5MA 5P0HA 4Y3QA 1NSOA 2WECA 5P17A 2B7FA 5P73A 4DVFA 1F34A 3OUBA 4I0GA 4OBZB 1J71A 3KFNA 1KJ7A 1ME6A 4I0DA 3O9IA 5P4IA 5P4YA 4CPRA 3A2OA 3OAGA 4DQCA 3SA3A 3ZMGA 1CMSA 1IDBA 2WHHA 5P08A 3D1YA 3GGAA 5P8JA 4Y3DA 5P1HA 4K8SA 4Y4DA 2O4SA 2A4FA 4LP9A 3PSYA 4MC2A 2PH6A 2FDDA 4Y50A 5P09A 5P5NA 2G26A 4K4RA 1EC2A 5P51A 3ZPSA 1MT8A 3R1GB 3PCZA 4Y4TA 5P53A 1BDLA 1T7JA 3DV1A 4K4QA 1HWRA 5P4KA 4HDFA 4J1IA 1META 1BDRA 4YA8A 1TSUA 3IA9A 1FMUA 3L3AA 5P03A 1Z1RA 5OYUA 4ZPFA 4FM7A 3QPJA 4OBHA 5P3PA 1MUIA 1GVTA 5JODA 1MT9A 2VS2A 5P7LA 3UPJA 4HZTA 2VKMA 5P8TA 4Y4JA 3DJKA 2BKTA 4J0YA 1MIQA 3L38A 5OZ6A 2CEMA 5P3TA 2J9JA 2P3BA 2JJJA 5P7CA 3OQAA 4EQ0A 5P8QA 4EJ8A 4BFBA 3TPJA 2HB4A 3GI5A 4DFGA 4LAPA 1ZSFA 5P50A 5T4SA 5P1VA 1GNOA 4AA9A 5P6FA 3DUYA 1HVRA 2IEOA 4PPHA 5ENMA 1AAQA 4Y5NA 5P5EA 5P15A 3SLZA 3EXOA 2UPJA 3HVPA 4ZPGA 3KMYA 5OZ8A 5P8NA 4L6BA 1HEGE 3INEA 5P8LA 5P22A 3OXVA 3R0WA 5P49A 1SMRA 4DJRA 4YCYA 3SA8A 1IZIA 4RRNA 1MVPA 1NPAA 5AHAA 5P1FA 5EZXA 5P4AA 1RNEA 5P0ZA 5P54A 4J0TA 2F3FA 5P3BA 4DQGA 5P3DA 3PLDA 4QLHA 2FGUA 5HU0A 5OZOA 1OEXA 1ODYA 2I4XA 2QK5A 5P5DA 3CYXA 2HS1A 5P8RA 4Y57A 3ZOVA 3SKFA 5P2JA 2WF3A 1BVGA 3O9EA 2WF4A 1HVLA 4TRZA 5ISKA 4TRYA 2ER9E 5P5HA 5P0XA 1FFFC 5DR0A 1T7KA 5P47A 5P6ZA 2QMPA 3VV7A 5P7WA 5P3CA 1BV7A 1G0VA 5P7PA 5BRYA 2Q55A 5P28A 4GMIA 5I3VA 4M8XA 4X7IA 5P88A 5P69A 3SA9A 1YG9A 5P4OA 1T3RA 4MC9A 4Y48A 2OHPA 1A8GA 4B78A 5P0KA 5IE1A 5P0AA 5P4VA 5KQFA 4XKXA 4EXGA 3KYRA 5OZAA 3Q6YA 1W5YA 4NJUA 2HM1A 2QCIA 2F3EA 5P05A 1D4YA 2VA5A 3RSVA 1GVVA 2IKOA 3PGIA 5P2VA 2BPYA 5P0BA 2WJOA 5P1JA 5P7TA 5P3EA 2NXLA 2RKGA 4GJ7A 5OZQA 2VIZA 4Y5GA 1FGCC 1ZSRA 3NDTA 1DW6C 1Z1HA 2BPXA 4OD9B 1W6HA 3SAAA 3QS1A 3EL5A 5P4UA 2QZWA 3I6OA 5P10A 4FCOA 1B6PA 4OBZA 3ST5A 5P26A 3O9AA 1QBSA 5P6LA 3D91A 4IVSA 4F76A 5OZ0A 4FE6A 3IGBA 3K1WA 5DR7A 1DAZC 2Q64A 3ZLQA 4J0PA 1BIMA 3NUJA 2AVQA 3Q70A 4GJ8A 3PBZA 4DJWA 4B70A 5P0QA 5P27A 3OWNA 2R5PA 2UXZA 4D89A 4PZWA 4Y3RA 3KN0A 5DR1A 5P55A 1HXBA 4YBFA 5P5IA 3LIQA 1C6YA 4EJLA 6APRE 1DIFA 5P6MA 5P3LA 4MC6A 5OZ5A 1MTRA 3GGUA 4RVIA 5P00A 5P2SA 3IVIA 4Y3ZA 3LIXA 1AM5A 4FS4A 5P4QA 5P3WA 1LF4A 3L5BA 4YCKA 5OYZA 5P64A 1SDTA 4I0IA 4L7GA 4AMTA 1N49A 4ZSPA 4PEPA 4NPTA 5OZSA 3VLBA 4YHQA 3L5DA 4LXMA 4Y4BA 3EMYA 2P3CA 2IGYA 5P6YA 3T3CA 2QI5A 4Y3EA 4GJ6A 5P70A 1HEFE 4GB2A 1GKTA 1W6IA 5P4PA 3K5GA 4DJOA 1CPIA 4DQBA 4YD5A 3TKGA 3INFA 5I70A 1ZTZA 3NDUA 1KJHA 5P0MA 5ER1E 1HPOA 5P8IA 2NXDA 7HVPA 5P0YA 1B5FB 1XL5A 1LZQA 5P72A 5P5JA 4QJ2A 5HCOA 1TQFA 4NJTA 4FRSA 2BKSA 1Q9PA 2FS4A 1AIDA 4I0JA 5P3OA 4R8YA 2QD6A 3K4VA 5P6KA 4Y5AA 3BUFA 3Q4BA 1YTGA 1LV1A 4Y4GA 3WB4A 3PEPA 1FFIC 4BEKA 5P7JA 5SZ9A 2G24A 5E5JA 5P0UA 4I0FA 5ENKA 5P4TA 4ER1E 1QDMA 1K6TA 5P1UA 4EP3A 5IVTA 4Y4ZA 5OZKA 3MXDA 3G6ZA 1AVFA 4Y53A 4X2LA 1IZDA 3OU4A 3WSJA 5P0EA 3OTYA 3D1ZA 5EZZA 2ZHUA 3PSUA 5P2DA 3NYGA 3KFPA 3DCKA 3TPPA 3EM6A 5P60A 5DR4A 5P4JA 2OAHA 5P1SA 2XFKA 4YDGA 5DQ2A 1FQ8A 3O9LA 4D83A 3KFSA 3L5CA 1YTIA 2Z54A 1T6EX 3GGVA 4F74A 5P39A 1W5VA 5APRE 1W5WA 2AOIA 2Q63A 5P6VA 4B77A 3PJ6A 3K5CA 5P58A 4Y39A 5P25A 4Q1YA 2G69A 1T6GA 2QI6A 1SMEA 4LC7A 1BVEA 2BPZA 3BVAA 4TVGA 5AH9A 5P30A 4HA5A 4J1HA 1EPLE 3H5BA 5KQZA 1CZIE 5P0FA 5I3YA 3S56A 5P1BA 5I3XA 3EL0A 2PSVA 2ZHSA 4EJDA 2FMBA 3RVIA 3SO9A 5P2IA 4KUPA 3QRSA 5ER2E 3RU1A 4U8WA 4J5JA 2OHRA 3MSJA 5P3ZA 5BS4A 3FIVA 4JP9A 3VCMA 3ZKSA 1HSIA 5P2EA 5P71A 3TPLA 4CPXA 2R8NA 5P1AA 5KR0A 3O9DA 3CICA 1Z8CA 5P06A 3VF3A 2FNTA 3UDMA 1XN2A 3SFCA 2HIZA 2O4LA 3CYWA 5P2ZA 3TNEA 3IAWA 4Y5CA 3S7MA 4RVXA 4Y54A 5P3VA 2B60A 5P4CA 1EPRE 4Y3SA 5P1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G94 A;  1U8G A;  3NDW A;  4Y3Y A;  1BV9 A;  3PBD A;  3LPJ A;  1GVW A;  1ZLF A;  2QD8 A;  2P8H A;  1SP5 A;  5P81 A;  1EPP E;  5P66 A;  1IZE A;  1IDA A;  2QU3 A;  4HLA A;  4J0Z A;  5P63 A;  2PQZ A;  3KDC A;  1BWA A;  3D1X A;  3VYE A;  1ER8 E;  4FM6 A;  4DH6 A;  1LF3 A;  3QI1 A;  5P1X A;  5P67 A;  5P5M A;  5P76 A;  3VFB A;  3EL1 A;  1C70 A;  4OC6 B;  1F7A A;  4JPC A;  3NXN A;  5P4Z A;  3EL4 A;  1ZBG A;  4Y3P A;  2B42 A;  5P41 A;  3G70 A;  4WY6 A;  4Y3N A;  4Y3T A;  3KDB A;  2I4D A;  4MC1 A;  5P8V A;  5P04 A;  5P3G A;  2QNN A;  1E80 E;  5P8S A;  2OHQ A;  5COK A;  3OUA A;  3RTH A;  1ZJ7 A;  4YD3 A;  1ODX A;  2AOC A;  1QBU A;  4YD6 A;  5P4B A;  2NXM A;  3OXC A;  5P1M A;  1MT7 A;  3VFA A;  3PI5 A;  5OZF A;  5P1T A;  5P43 A;  5P5A A;  1QS8 A;  5DPZ A;  4YOB A;  1M0B A;  4EWO A;  3B80 A;  1ZPK A;  5HCT A;  4Z22 A;  2ZHV A;  2AID A;  4HDB A;  2G1S A;  1LYB B;  1K2B A;  1K6V A;  4Y5E A;  1SIP A;  5P7O A;  4LL3 A;  5OZ4 A;  3EKY A;  3ER5 E;  5OZZ A;  3KA2 A;  5P2B A;  2AOD A;  3EBZ A;  4XX4 A;  3BXS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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