4AB5A

Regulatory domain structure of nmb2055 (metr) a lysr family regulator from n. meningitidis
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
GEAGELRIAVECHTCFDWLMPAMGEFRPMWPQVELDIVSGFQADPVGLLLQHRADLAIVSEAEKQNGISFQPLFAYEMVGICAPDHPLAAKNVWTAEDFIGETLITYPVPDEMLDLPKKILIPKNINPPRRHSELTIAIIQLVASRRGIAALPYWTVMPYLEKGYVVHRQITADGLQSKLYAAIRTEDTDKSYLNNFCQIIRERGFADLPGLSELE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
publication title Structure of the Regulatory Domain of the Lysr Family Regulator Nmb2055 (Metr-Like Protein) from Neisseria Meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LYSR FAMILY
total genus 51
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ab5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ab5A02
4PFYA 3KSJA 1N04A 5KCJB 2NVUB 1OLCA 4H6DA 4FORA 4QFOA 2OBGA 1B0LA 1ZBMA 3TMGA 4ELQA 3B7DA 4KPTA 3W9VA 1Y4CA 3Q29A 4R73A 4PQJA 1FTJA 2Y84A 4LP2B 3OO9A 2I3WA 4DXBA 4NWCA 2XXVA 4OETA 2UVJA 5ICQA 4NMYA 4GXSB 4Q0CA 3O6HA 4JSDA 1LBBA 3LSWA 4X1DA 5K2YA 2ZXTA 2VP1A 2F36A 3LSXA 4OERA 1GV8A 1WVJA 3TTRA 5K2XA 4U2RA 3K6UA 2P0SA 2H4IA 2DE3A 1MRPA 2DXRA 3EHUA 3RGYA 1QUJA 2Q9TA 3N6TA 2HAVA 2Y7PA 4L17A 3IAZA 4N6PA 1B1XA 1LB9A 1J1NA 3TDJA 4IGRA 1FQFA 1LCTA 1R9QA 4DCXA 2REJA 2XXPA 3QIMA 2REGA 4H0WA 4YU0A 3U92A 3H4ZA 1R1NA 4YKJA 4ZS9A 1SW2A 2P1SA 4DIGA 5BUUA 2UVGA 2ZNTA 3KJ7A 2XXTA 2V93A 2QS2A 1MH3A 2XXRA 5I58B 2YJPA 2FYIA 2GFEA 1B2HA 4R6HA 4M4GA 5B7DA 5JEIA 3UORA 1B3EA 3MVZA 1NMUA 4GOTA 3L6HA 4R2BA 1N76A 2QS1A 2PVUA 4MF3A 3UGWA 4F22A 1JW5A 3T9UA 4IB2A 1VE4A 1XVYA 3T9VA 5AA4A 1ZLQA 2HQ0A 4C0RA 3G3GA 3MC2A 4LUBA 1BLFA 3LSFB 4K3FA 5H8HA 1MY0A 3HPIA 3OD7A 4RY1A 1AOVA 1LFIA 3DP8A 4YAHX 1PC3A 4AB6A 1SBPA 3K01A 2QRYA 1A8FA 4JWOA 1XS5A 2DP8A 3MZ9A 4OMBA 5I59B 3T9HB 4F3PA 3MWBA 5H8FA 2YLNA 2I3VA 2DS9A 2RF1A 4TOZA 5B70A 3QSLA 1CB6A 2GHBA 4I9DA 5I56B 1B7HA 3C33A 1T0KA 2Q2AA 3R6UA 3ZKKA 4KYEA 3S2VA 4GD5A 2P2AA 4G8MA 4N07A 4DXUA 2R6GE 3RQTA 2QL3A 1O64A 4H1XA 4TLMB 3RLFE 4IO6A 1ZJLA 4FECA 1VFEA 4DZ1A 4KCDA 4EF1A 1DMBA 3C34A 3MPLA 3V8XB 4BLAA 4BDNA 2F78A 1H45A 3UN6A 3OELA 3PPPA 4O3BA 3PPQA 2PT1A 4O3AA 1B7UA 1NNFA 3IK6B 3IOTA 5HBCA 4RYAA 3USDA 1JQFA 1QULA 2UVIA 1Y1MA 4DXCA 1USYH 4O3CA 4WEDA 4X1BA 4NF6A 5H8QB 2ZNSA 1M5CA 5TU0A 3E3KA 3OO6A 3PUZE 4XKQA 5H8NB 3D4CA 1DPEA 2IEEA 4QFLA 2O51A 3ZS6A 3W15C 3OENA 3UIFA 4F3BA 5ELVA 4QSEA 3WAEA 1NNTA 1SYIA 4KYDA 4F18A 5DVJA 2V3TA 1P1OA 3K6WA 3OOAA 2H25A 3O2AA 1EZOA 4DLDA 3CIJA 4M1VA 4YKPA 3FGSA 4G8HA 3KFMA 4NWDA 3EHSA 1N84A 1OQHA 4F1YA 5EYFA 4OEUA 4GWOA 5FHNA 5AA2A 5CMKA 3WAFA 1GVCA 1QVSA 3JYRA 1FQDA 4UACA 1TXFA 4ZE9A 2F35A 1DTGA 3JV9A 5I2NA 2I0CA 1LB8A 4NF5B 2LAOA 1IXGA 3KGCA 4HCYA 3RY3A 3U94A 3SERA 3H06B 1TWYA 2Q2CA 4ESXA 5DVIA 3M8UA 4YMBA 4NF4A 4ZE8A 1FW0A 5ITOA 3FD3A 1FTOA 3KEIA 4IO3A 1D9VA 1B4ZA 3TCHA 3E13X 4ONYA 1M5DA 2Z8DA 3MW0A 2Z22A 3CVGA 1N7XA 3I3VA 4MBPA 4GXAA 4YICA 1JNFA 4LA9A 3K1NA 4F29A 3K0VA 3Q27A 4TLLB 2RC8A 3QK6A 2DVCA 3CRBA 3QUJA 4ZDMA 1IZ1A 4KHZE 3O29A 3GBAA 3S9EA 1R9LA 1PBPA 1Y1ZA 4OYVA 1ATGA 2G93A 4G68B 4F19A 4IO2A 3EN3A 4RK2A 3U93A 3FJMA 4IY6A 4GL0A 1CE2A 3G3JA 5KDTA 4QRZA 1LFGA 2GRVA 3THIA 1SW1A 1FTMA 4PFWA 5I57B 1PB7A 3PPOA 4PFTA 1LSTA 5J1DA 1ZIUA 3EF7A 2Q89A 3G3FA 3CSGA 4HTGA 1GGGA 3O6IA 1MDQA 3IB2A 3SEXA 4C1UA 2V3QA 3SEUA 2XXXA 3PUWE 3KG2A 3U1OA 3CI8A 3KN3A 2BJJX 4U1ZA 3MUQA 1BP5A 3LBSA 2R71A 2V84A 2XXHA 1JW4A 1M5EA 2RKMA 3A09A 3UK4A 2HEUA 4ZECA 2W7YA 4ZEIA 4I62A 3IJOB 2Y7KA 2PYYA 5L9MA 4C1TA 4OFLA 2H99A 3ZSFA 1NH7A 4XTCQ 1FQAA 4PE5B 2CZLA 3R7XA 3IORA 3MP1A 2KLFA 1A7LA 2ZMBA 1Y20A 3BKIB 5L9OA 5KDTB 4U23A 5AE4A 3QXMA 5CI5A 1BTJA 4EF2A 4OFJA 3FUZA 4ELOA 2ONKE 3C9HA 3KZGA 1MQIA 5AA3A 4Z7EA 1AMFA 1F9BA 3DELB 1S50A 4NF8A 3K02A 2E0SA 1S9TA 2A5TB 2H9BA 5FTIA 2B3FA 2IA4A 1FQEA 2ZYNA 1UIUA 1A40A 5DEXA 3RT8A 4OEVA 2UYFA 4THIA 2NWJA 2DQVA 3C35A 2R9JA 3HHGA 1P1NA 4R74A 1QW0A 2E1SA 3TTNA 2DWIA 3HN0A 3UP9A 2Y7WA 4U4XA 1L5TA 3ZKLA 1IQ7A 4YMAA 5CBRA 3H6VA 3IOVA 2O6AA 1LFHA 2F97A 2WKYA 3PV0E 2I4BA 4YB6A 2A5SA 5CRYA 5DTBA 3SEVA 2F6PA 1ZKBA 4EQBA 1I6BA 3B6TA 3DM0A 4GIZA 4QSCA 3CR9A 4PP0A 1TFDA 1QKAA 2Z8FA 2XXUA 5F1QA 5TP9A 3DP6A 1MY1A 1LAGE 3G3HA 4FIMA 5CMCA 4OZ9A 3RNNA 4LZ5A 1AH5A 2ONSA 1D4NA 3IB1A 5DVFA 4QF9A 4RPNA 3SEYA 2NOOA 4R6YA 3KBRA 1SI0A 1B3LA 1B7ZA 5FTHA 3MAMA 2X7PA 4FAJA 1QUKA 4KI0E 1MPBA 1SYHA 1B3FA 4EUOA 3VLVA 2VOZA 3IX1A 2F8DA 4NE4A 4ESWA 4EXLA 1O63A 1S7YA 2F7AA 4OENA 4POXA 1OVTA 3PMWA 2DE2A 3MVYA 4GVOA 2OLBA 1UTBA 4PETA 1MH4A 1JEUA 3FJGA 3VXBA 2HAUA 5CMBA 4MLQA 1B52A 3PUYE 1URDA 4R2FA 3E9XA 3VV5A 4GL8A 1XVXA 1VFDA 4HW8A 2O7IA 1US4A 1M5BA 3S9NC 1IEJA 4FE8A 2XXYA 4JDFA 3RN8A 1NNKA 3QYTA 4JWXA 3TEPA 3EQ1A 3MQ9A 1LCFA 1UIVA 3AXFA 4XKRA 5AA4B 1URGA 1ANFA 4YB7A 4TQUQ 4IO5A 3B6WA 4Q5TA 2X7QA 1PB9A 4U4SA 1B1HA 3TTMA 5EHMA 1IUDA 5H8HB 4ZZEA 3VFJA 2VHAA 1MM7A 5I2KA 1AIVA 4ISUA 1MQGA 1SDXA 3OSRA 3OEKA 1YTVA 2DVZA 1UTHA 1NNPA 3G7WA 3ILUB 1JW1A 3IL1B 1EH3A 3O6GA 5F7VA 4GF8A 2QMWA 1ZMGA 3RTWB 2OZZA 1QKBA 3CG1A 3K2DA 5H8FB 3G3KA 1WODA 1MXWA 3TUSA 4GLIA 4NEDA 5AA1A 4I8CA 4X9TA 4RJZA 4G4PA 2O1MA 1MXUA 1SQYA 2DWHA 1FQBA 4Z0IA 3E4RA 4H5GA 1B3HA 2UVHA 1N3XA 3K4UA 5JTYA 2QS3A 3P7IA 4JXIA 4DDDA 2M8CA 5TPAA 1USYE 2ONRA 1DOTA 5BWJA 3I5OA 3K1PA 4YB5A 1MXZA 2ESNA 2V3UA 3U8QA 2PT2A 3GZGA 1H76A 4JBZA 5A5XA 3FIRA 1KWHA 3O28A 2V25A 1D9YA 2FNCA 3FZVA 3OMBA 4IY5A 3FXRA 1Y4TA 2Z8EA 3FVNA 1SI1A 1GTKA 3KN7A 2AYSA 3MVWA 3MBPA 1A8EA 3MZBA 4FJPA 3T22A 5ITPA 2OWSA 2HZLA 2VD3A 4H8JA 2DWJA 4NF6B 2RINA 3OEMA 3IOWA 4GFRA 2DOJA 4H5FA 3TQWA 3PMVA 2ZYMA 3KSXA 3K1MA 4ZZAA 1Z7NE 1D3KA 3FATA 1YPNA 2O84X 4OXVA 4GRKA 1MXYA 2UYEA 1B4HA 1ZU0A 3Q28A 2AIXA 1JVXA 2QPQA 4E0XA 1NFTA 2ZYKA 1RYXA 4XKNA 3PPNA 3ONMA 3MP8A 4F3GA 4BDOA 2PX1A 2HZKA 3OXNA 1EZ9A 2D5WA 2O7UA 3GXAA 5AA2B 1MDP1 2Z23A 4EQ7A 4NTLA 5FHMA 1Z7ME 1B9JA 1IXHA 4JWYA 2ZNUA 2F7CA 3R26A 1PDAA 5I2NB 4LQ2A 3B6QA 4RXLA 1B40A 3BFUA 1A55A 1BKAA 2I49A 2XXQA 3S9LC 2GHAA 4GQOA 4QSDA 5KCJA 3I6VA 4NF4B 3EPEA 1I6AA 2QJEA 4LATA 2I4CA 2B65A 3IO6A 3TCGA 3VE1B 1IXIA 1H3DA 4YKIA 5H8SA 4BDQA 1XHYA 1JVYA 4EXKA 5HPQA 3N26A 5CM6A 1XOCA 2F5XA 3M3LA 4KFQA 1LAXA 2NXOA 3LR1A 2UXAA 2ZYOA 4Q8RA 3RPWA 2B3BA 4MFIA 3V89B 3PPRA 1B0HA 2THIA 3IR1A 1PBQA 4HCWA 4Q30B 3VLWA 4YZZA 3GLBA 3OO7A 4IO7A 3PUXE 1MY3A 1UQWA 2F34A 3VXCA 4P0IA 1XT8A 3HV1A 3QAXA 4R75A 3TODA 1MQJA 3KOSA 4RNSA 4AQ4A 3RT6B 3H6UA 3TELA 1B5HA 2PBWA 4X48A 2H98A 4OWDA 1Y3QA 4KQPA 4OESA 3VVEA 3TAJA 3QUFA 1URSA 3O9PA 1OQGA 2XX9A 5I58A 1PEBA 1PB8A 2VGQA 1QUIA 3CFZA 2RC7A 4KD5A 4EDPA 3LC8A 3TPAA 2OWTA 2XX8A 1A99A 1MG1A 3TYHA 1MM6A 1MY2A 3T96B 3Q25A 1QJMA 4FATA 3CG3A 3O97A 3V83A 4RPOA 4LVQA 4F1VA 5CBSA 2RCBA 4OTEA 4AB5A 5JK4A 1B46A 4PFUA 3ODBA 5ICTA 3ILTB 3PGFA 1VR5A 3MPKA 3DLNA 1RYOA 4ELRA 1HSEA 4OVJA 4WEPA 1B51A 4G77A 1TFAA 4R6KA 4F39A 3HCQA 3FV2A 4NF8B 1JETA 2XD2A 1B5JA 4OHNA 4LZ8A 3TTKA 4ELPA 5DEXB 5I59A 1BIYA 4I1DA 3K00A 1AL3A 1B05A 3N5LA 3TKDA 1VSOA 3C32A 1SVXB 3VVFA 3IB0A 1Q1KA 4H8IA 5I56A 1P1UA 1Q35A 1B5IA 1MQDA 3FV1A 4JB7A 2QSXA 4BDLA 1MS7A 3TFLA 3S9MC 3PD9A 1ELJA 1POY1 3U72A 4G8NA 2NUVA 1MQHA 3FASA 3HO7A 2OJTA 3D4GA 5IAIA 1SW4A 5TP9B 2DE4A 3L6GA 1H44A 4ZEFA 2OCUA 1HSLA 3H03A 5HM4B 3BFTA 1B58A 4DCYA 1MXVA 1Y3PA 5M2VA 4G68C 1A54A 3TQLA 3FVOA 1B3GA 4KR5A 4R9FA 4MLVA 3C4MA 4F31B 3DP4A 3W9WA 4BDMA 5H8QA 4DE8A 4POWA 3RTFB 4ZEBA 5H8NA 5FHOA 4LQ5A 3EHTA 4ZEKA 4IO4A 4F2QA 5LOMA 2Y7RA 2HXWA 3OO8A 1Y3NA 1FCKA 1NKXA 2RCAA 5DYHA 2DSFA 4OQOA 1UTBB 2XX7A 3SKPA 2DXYA 2O68A 5AA2D 1EZPA 2X26A 2I6EA 2XXIA 1DTZA 3FVGA 3TCFA 1B6HA 1H43A 4HS7A 2VD2A 2H5YA 3IJXB 3GBBA 3SEWA 4LONB 4KCCA 3H6WA 1YCJA 2QS4A 1ZTYA 3MZ1A 1RKMA 1LGBC 4IGTA 4H65A 3OSQA 1N3WA 3S4UA 3V5AA 3N94A 3A3UA 2ANJA 3KJTA 2D3IA 2Q8JA 4NF5A 2YPNA 2XHDA 3IOUA 3MVXA 2Q88A 5DT6A 4R72A 3PUVE 4P0GA 1R6ZA 3M3KA 1Y9UA 4LZ7A 3JZJA 4F3SA 1FQCA 1LAFE 1N7WA 4F2OA 3SDFA 4XKPA 3H6TA 5I2KB 4F1UA 4QFNA 5CC2A 1SD3A 2XXWA 4U1OA 3BBRA 1UTHB 4QFKA 3K6VA 1MPDA 2O69A 3KOTA 3ECRA 3T93B 3G3IA 4QFPA 3HSTA 1JEVA 3MP6A 1OVBA 1OIBA 1LAHE 3FVKA 4P11A 4XIGQ 1M5FA 4G68A 2Y7IA 3TZAA 4R9GA 3FXUA 1DPPA 3VVDA 4FEBA 4KYSA 4ND9A 1XC1A 4FEDA 1FTLA 5KZTA 3CFLA 4RK9A 2DWAA 2D21A 4BDRA 4XXUA 3M3FA 3T66A 2F6GA 2HCAA 5EHSA 2OK2A 1OLAA 5JTYB 3F11A 4ZEDA 2AL4A 3SESA 2FA7A 3TTLA 5CMMA 5I57A 3UA8A 1SW5A 5TPAB 2ALUA 3PMXA 4N13A 2DYXA 2RC9A 4ECFA 1OMPA 3RUMA 3H7MA 1N0TA 2HFBA 1B32A 4U22A 1EU8A 1I69A 5A5XB 3O66A 2QMXA 5I84A 1WDNA 1IXCA 2CMOA 3A3CA 4EQ9A 4G2ZA 4WKMA 3MJNA 3N6UA 1P1WA 2PMSA 1P99A 1IIWA 4E0WA 3CFXA 1IITA 1US5A 3HHFA 2XD3A 1YAEA 4JSOA 3C36A 1II5A 4U21A 1MPCA 1FTKA 3CSBA 5L9SA 1LLSA 3H3GA 1NH8A 3LSLA 4MH5A 3VDFA 3FJ7A 3FXQA 1GR2A 1TT1A 2F7BA 2AL5A 3T9XB 3LUYA 1LBCA 3IO4A 1DSNA 4YKKA 2ABHA 2GH9A 3PU5A 2G29A 3K6XA 2A5TA 4WXJA 1MY4A 1POTA 2I0BA 4H67A 1P1QA 4RA1A 1MXXA 1I6QA 2O1LA 1HSJA 3KN8A 4QHQA 2I58A 3PD8A 4OFOA 3Q26A 1O7TA 5ISUA 5L8DA 3VLUA 1NL5A 3C31A 4UA8A 5IKBA 2I48A 3SETA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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