4AB5A

Regulatory domain structure of nmb2055 (metr) a lysr family regulator from n. meningitidis
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
GEAGELRIAVECHTCFDWLMPAMGEFRPMWPQVELDIVSGFQADPVGLLLQHRADLAIVSEAEKQNGISFQPLFAYEMVGICAPDHPLAAKNVWTAEDFIGETLITYPVPDEMLDLPKKILIPKNINPPRRHSELTIAIIQLVASRRGIAALPYWTVMPYLEKGYVVHRQITADGLQSKLYAAIRTEDTDKSYLNNFCQIIRERGFADLPGLSELE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the Regulatory Domain of the Lysr Family Regulator Nmb2055 (Metr-Like Protein) from Neisseria Meningitidis
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
molecule keywords TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LYSR FAMILY
total genus 51
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ab5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ab5A02
1HSEA 2YPNA 5F7VA 3IAZA 1A40A 1FTKA 4GF8A 3CG3A 3F11A 4QF9A 1ATGA 4OTEA 2F6GA 5ITOA 4QSEA 4R74A 3M3KA 1USYE 2ZNUA 1B5HA 1WODA 2W7YA 3WAEA 1LB9A 3B6QA 5JK4A 4C0RA 4NMYA 2RCBA 4H5GA 1IITA 1US5A 4LZ8A 2I4BA 4F31B 4U1ZA 5H8HA 5CRYA 1PC3A 2Y7PA 4ZEIA 2Y7KA 4YAHX 5I58A 1A7LA 4U22A 2F7AA 3MP8A 3SKPA 3VLWA 4ECFA 5M2VA 3I3VA 2O7IA 1UTHA 1MXUA 1MPBA 3E4RA 1Q35A 4JWOA 4XXUA 1MS7A 5I2NB 4TLMB 2DE3A 3CG1A 3C9HA 1MQGA 5ICTA 1JEUA 1MH3A 3TEPA 3MZ9A 1LCTA 1BLFA 4FECA 5L9SA 4LZ7A 3S2VA 3MVXA 2XXPA 4XIGQ 2XX7A 4GL8A 1NNFA 3ODBA 5TPAB 4NEDA 2Y7RA 2E0SA 1S9TA 4JSDA 3N26A 2Y84A 2XX8A 1Y9UA 1NNTA 2UYFA 3D4CA 5AA2D 4F1VA 2HZLA 3ILTB 2I3WA 3IO4A 2O7UA 3RY3A 1JW4A 3OMBA 1I6QA 1VE4A 2LAOA 4BDMA 1US4A 2Q89A 4OYVA 1B6HA 1ZU0A 2XXRA 4QFNA 3O6HA 5JTYB 3LSWA 4OETA 5B70A 3HSTA 3KN7A 3RT8A 3B7DA 1IXIA 3MPKA 4EQBA 4BDQA 4TOZA 4MF3A 2DVZA 2VOZA 3TTKA 3K2DA 4NWDA 2O84X 2B3FA 4RJZA 1B7ZA 3OO9A 4OEVA 4ZZAA 3IO6A 2H25A 4GFRA 1I6AA 3K6UA 4NF5A 2RF1A 4ZECA 3RNNA 3IB0A 1SW5A 3C34A 3CFZA 5L9OA 1LFIA 1MDP1 5I84A 4TLLB 1B46A 3PD9A 4Z0IA 4G8HA 3DP8A 3B6TA 4U21A 4F2QA 1TT1A 3H6WA 1MQHA 4I9DA 1M5CA 3N94A 2A5TA 2CMOA 3RUMA 2ZYKA 1MXVA 2QJEA 2ZNTA 1MQJA 2HQ0A 2NWJA 3MBPA 4LP2B 2O69A 2Z8EA 1EZPA 4JWXA 4XKRA 4DIGA 3VVFA 3VE1B 1Z7NE 1XC1A 3PPOA 5IKBA 3RPWA 4LONB 1B58A 1SQYA 2NUVA 3OEKA 4H8JA 5I57A 3OO6A 2NXOA 2AYSA 5AA1A 2IA4A 2QMXA 2RC8A 4XKNA 3LSFB 1Y20A 2H4IA 3FVGA 1AMFA 3FVOA 3QUFA 5IAIA 3C35A 1IQ7A 3TZAA 4QSDA 4OFJA 1P1NA 2ABHA 2OWTA 2XXTA 2ESNA 1UQWA 3VLUA 4GXAA 4HCWA 5DVIA 3CSBA 1OVBA 3N6UA 3VXCA 1TFDA 1Y1ZA 1XHYA 2HCAA 4LA9A 4EQ9A 4HTGA 4LQ5A 3O97A 3O29A 1FQBA 4N07A 2HEUA 4ELQA 3MW0A 3L6GA 1O64A 5CMCA 5JEIA 2X26A 1B2HA 4QSCA 4OHNA 3IOVA 5H8HB 2NVUB 1ZMGA 4FE8A 1SYHA 3TQWA 4Q30B 1NL5A 3SESA 2FYIA 3M3FA 3MUQA 1MXWA 4G2ZA 1XVXA 3U1OA 3VV5A 4YU0A 1NH8A 1XOCA 1JNFA 2F7BA 2IEEA 2F5XA 2DYXA 3PV0E 1UTHB 3MP1A 3G3FA 3FIRA 5H8FA 1B3EA 4ZEFA 3VFJA 3QXMA 1MY4A 3JYRA 1IUDA 3G3KA 4GRKA 5H8QA 3PUWE 3QAXA 4MFIA 2UYEA 4F2OA 4U4SA 3PPNA 4MLQA 1MQIA 2OJTA 3THIA 4DXCA 3O6IA 4R6YA 2GHBA 2DSFA 2UVHA 4BLAA 4NF4A 2RKMA 2V3UA 1B7HA 1N7WA 1N3WA 3MZ1A 1RYOA 2YLNA 5HM4B 1VR5A 1VFDA 3P7IA 3C36A 2I49A 3DM0A 4U1OA 2ALUA 1JVYA 2UVGA 2D21A 4X1BA 3B6WA 3K6WA 4RK9A 4EUOA 2XD2A 2HFBA 3PPQA 4R75A 1MRPA 2XXXA 4KQPA 3I6VA 4KCDA 4PFWA 1M5DA 3ONMA 4E0WA 1B40A 4QFLA 4IB2A 4U23A 3T9UA 4IY5A 1JETA 4WKMA 3EF7A 2QS3A 4R73A 3TKDA 2WKYA 4YKKA 2PMSA 2GH9A 4IY6A 3CFXA 4NF5B 5FHNA 1MXXA 3TCGA 3H6VA 4RA1A 3KBRA 2V3QA 3IB1A 5FHOA 2YJPA 3KSXA 2DWHA 4HCYA 4PE5B 4R9FA 3Q29A 4PFYA 4JSOA 3U92A 1QUKA 3KJ7A 2PVUA 5DVFA 3G3HA 4EF1A 1RYXA 4DCXA 4O3BA 3MAMA 2A5TB 3Q26A 3PU5A 1QVSA 4H6DA 4RNSA 3PMXA 2ANJA 3E13X 3VDFA 3IJOB 3I5OA 1EZOA 1Q1KA 1D4NA 1OIBA 4OQOA 4FATA 1I6BA 5LOMA 2Y7IA 2DQVA 2QPQA 4F1YA 5I57B 4JDFA 1ZLQA 2R6GE 1BKAA 4KD5A 3PD8A 2RINA 5CM6A 2O1MA 3M8UA 4THIA 3CSGA 3K02A 3IK6B 1MQDA 1SW1A 2XXHA 3LC8A 3RTFB 5A5XA 2I48A 4H0WA 3IOTA 4BDNA 5TP9A 2AL5A 1FQFA 4ZEDA 1MY0A 1H44A 3IJXB 3W9WA 1WDNA 4XKPA 5BUUA 4H5FA 3S9LC 3CRBA 1N7XA 3QIMA 5HBCA 2OLBA 4ZDMA 2P0SA 3T93B 4F29A 2D5WA 1F9BA 2Q88A 3UIFA 3TPAA 5HPQA 5CMBA 3Q25A 4FEBA 1B52A 2I6EA 3MZBA 1SDXA 3OSQA 3K00A 3FD3A 2I0CA 2OZZA 1MY3A 4G68C 1IZ1A 2A5SA 1P1QA 3CIJA 2ZYMA 3FASA 2B3BA 3FATA 5I59B 5H8NA 4OWDA 4QFKA 1XT8A 4X48A 2PT1A 1DMBA 3MVWA 4QFOA 1LSTA 2PYYA 3KGCA 2THIA 4IGTA 5CI5A 4PQJA 5H8FB 1JQFA 4YB7A 4AB6A 1FCKA 4MLVA 3C4MA 1PEBA 1OLCA 4JXIA 1ZBMA 4ELPA 3H4ZA 3HHFA 2V84A 4O3CA 2I3VA 4YKJA 4H8IA 4ELRA 1ELJA 3N6TA 1R1NA 3PGFA 1GGGA 3R26A 5FTHA 4DXBA 2O68A 3EHTA 1MM7A 3OO7A 1USYH 3SETA 3UN6A 3KOTA 1JEVA 1S50A 2V25A 5B7DA 3DELB 3FZVA 3TTRA 2RC9A 1MPDA 1P99A 4H67A 3SEYA 3A09A 1SBPA 4ONYA 1TWYA 1FQDA 3V5AA 3KSJA 5ICQA 4OVJA 1H43A 3ZKKA 4F1UA 3HPIA 3TTMA 1YCJA 4F22A 3MPLA 1P1UA 1R9QA 1Y1MA 1UTBA 3K6VA 3D4GA 3FGSA 4LZ5A 5CMMA 1N84A 1FQCA 1HSLA 4OMBA 2XD3A 3GBAA 1IXGA 4FEDA 3K01A 3LSXA 4KCCA 3BBRA 4N6PA 3R7XA 2V3TA 1M5EA 5AA2A 4IO3A 3HV1A 4EQ7A 3EN3A 3UK4A 3JZJA 1B4HA 2DXYA 2Z8DA 3FVKA 4ZZEA 3H7MA 1QUJA 2X7QA 2VP1A 3DP6A 2UXAA 3UGWA 2FNCA 3KZGA 4G8NA 2R9JA 3S9EA 4DCYA 2DE2A 4P0GA 3GBBA 1IXHA 5KZTA 2XXIA 4OESA 3PMWA 3A3UA 2PBWA 2KLFA 1H3DA 3HN0A 3ZKLA 4KYDA 3PUZE 4ZE8A 5KDTA 4GWOA 4G68A 1MXYA 2DS9A 4NF6A 4EDPA 1A54A 4TQUQ 3H06B 5CMKA 4YMAA 3Q28A 4ZEKA 2ZYOA 3G7WA 4IGRA 5I2NA 2VHAA 3MJNA 1Y3NA 3C33A 1O63A 2UVJA 3Q27A 3V83A 3OOAA 2Q8JA 1UIVA 4RPNA 5I58B 2D3IA 5A5XB 3TELA 2HAVA 1IEJA 3A3CA 3BKIB 5EYFA 1DTGA 5KCJA 1FQEA 4P0IA 4WEDA 2Q9TA 1J1NA 4YZZA 5AA4A 3CI8A 3KEIA 3SEWA 1BTJA 2F36A 1Z7ME 1VSOA 2V93A 4NF8A 5L8DA 2XX9A 1O7TA 1URSA 1MG1A 4EF2A 2HAUA 3UP9A 4OEUA 2H9BA 1JW5A 4GL0A 1A99A 3W9VA 1GR2A 1PB7A 1HSJA 2XXWA 4XKQA 1TXFA 3QUJA 3TCHA 4OENA 1AOVA 4LQ2A 3O6GA 4ZEBA 5H8NB 4OFLA 3T9VA 4ZS9A 3OD7A 4F3BA 3FXQA 3SEUA 3TODA 3FUZA 4Q0CA 5ISUA 5EHMA 1QULA 3K1NA 4H1XA 2ONRA 1I69A 2NOOA 2REGA 1LLSA 3GLBA 4KI0E 3RN8A 1B9JA 4DDDA 4DZ1A 1B1XA 4GXSB 1MY2A 3K4UA 4UA8A 4C1TA 1NNPA 4OFOA 1EH3A 1XS5A 2H5YA 2I58A 1PDAA 2XXYA 3T9XB 1WVJA 4QHQA 3WAFA 3ZS6A 1OQHA 1R6ZA 1LFGA 4PP0A 4X1DA 4RXLA 3C32A 2XXVA 3HHGA 1A8EA 3CR9A 1DTZA 3OXNA 5I56A 4LVQA 3TTLA 4F3PA 3USDA 1B3HA 1IXCA 2AL4A 1M5FA 3GXAA 2ZXTA 3PUVE 3G3IA 1B0LA 4L17A 2GRVA 5FHMA 2Z22A 4QRZA 1B3FA 1QUIA 1TFAA 3EQ1A 3QYTA 3E9XA 2Z8FA 1CB6A 1PB8A 2I0BA 1Y4TA 4M1VA 1M5BA 1GTKA 4POXA 2B65A 3EPEA 1NNKA 1FTJA 1N3XA 1UTBB 4H65A 2F8DA 5AA3A 3KFMA 2Q2CA 4GLIA 3BFTA 1BIYA 3FXUA 1Y4CA 3SDFA 1B0HA 5DT6A 4IO7A 3EHUA 4WEPA 3V89B 3ECRA 3KG2A 5AE4A 3N5LA 5AA2B 4GD5A 1SI0A 2QMWA 1SW4A 2DXRA 3TDJA 1DSNA 3FJMA 1A55A 3LSLA 4GQOA 3BFUA 2DWIA 1PB9A 1MPCA 3EHSA 4R9GA 4PETA 4YMBA 3H6UA 4LUBA 1L5TA 1DPEA 5DEXA 1B7UA 1NMUA 3IOUA 3O66A 1H45A 5KDTB 2F35A 1MH4A 4FORA 1B51A 3S9NC 4G68B 2ONKE 4KYSA 4NF6B 1H76A 3LBSA 3TCFA 4F19A 3O2AA 1QJMA 4KR5A 1JVXA 3VVDA 3KN3A 4XTCQ 1LAHE 2X7PA 1LBCA 1S7YA 4HS7A 3FV1A 2O51A 5J1DA 1SW2A 3M3LA 1LAGE 3S4UA 4BDRA 1R9LA 3W15C 1DOTA 3TTNA 4R72A 5DVJA 3SERA 1OVTA 2RC7A 5I2KA 2QS1A 4ISUA 4EXLA 5KCJB 1IIWA 1ANFA 3KN8A 1KWHA 3OO8A 1B5JA 4IO2A 5AA4B 3FJ7A 1NFTA 1YPNA 2Y7WA 5BWJA 2P1SA 4JWYA 2VD3A 4ELOA 4NF8B 5H8SA 2G29A 3OENA 1B5IA 3G3GA 5H8QB 3R6UA 3E3KA 3MVZA 2DWJA 4U2RA 2PX1A 3PUYE 4DXUA 3RLFE 4DE8A 4KHZE 1POY1 3UA8A 3VXBA 4IO4A 1SD3A 4G4PA 3MP6A 4F3GA 3FXRA 3VVEA 1VFEA 1T0KA 3OEMA 2F34A 3T22A 4C1UA 1SI1A 5EHSA 4NF4B 4AQ4A 1ZTYA 4RPOA 4R2FA 4F39A 1NKXA 3T96B 4MBPA 2DE4A 1SVXB 2ZMBA 2ZNSA 4FJPA 4G8MA 2P2AA 1URGA 1Y3PA 5DTBA 3H03A 3KJTA 4YKPA 3HCQA 3T66A 3V8XB 4IO5A 3SEXA 4YB6A 2G93A 2H99A 1Y3QA 4NE4A 1P1WA 5TU0A 4I62A 3KOSA 2F6PA 3TAJA 5CC2A 2I4CA 2VD2A 2DWAA 4ZE9A 5K2XA 3RGYA 5I56B 3OELA 3H6TA 2M8CA 2DVCA 3MWBA 4N13A 5ITPA 3TMGA 2R71A 4QFPA 2DOJA 3G3JA 3S9MC 4F18A 1OLAA 4O3AA 5CBSA 4AB5A 1AIVA 1YTVA 3IL1B 3L6HA 3FV2A 5F1QA 1N76A 3O28A 2QSXA 2O1LA 1II5A 3JV9A 4YB5A 3K1MA 3K6XA 2UVIA 2QS4A 2FA7A 1MY1A 4P11A 1NH7A 3GZGA 3PPPA 2F97A 2RCAA 3UORA 3OSRA 1D9YA 4Z7EA 5K2YA 2PT2A 3QSLA 1RKMA 4UACA 4OZ9A 4U4XA 2ONSA 1ZKBA 2OK2A 1URDA 2QL3A 2XHDA 1QW0A 2VGQA 1FTOA 3MQ9A 2O6AA 3U8QA 3K0VA 1B4ZA 2ZYNA 3PPRA 1B3GA 1FQAA 3U72A 1EZ9A 2Q2AA 4WXJA 3U93A 1N0TA 5CBRA 2F7CA 4G77A 4GIZA 2XXUA 2HXWA 1UIUA 5TPAA 1LCFA 4R2BA 1LBBA 5DEXB 4OXVA 5TP9B 4IO6A 1JW1A 1LB8A 4Q5TA 5FTIA 3LR1A 3VLVA 1AL3A 4I8CA 5I59A 5DYHA 1FTMA 4NWCA 4ND9A 1LAFE 2H98A 4I1DA 4NTLA 1B32A 4FIMA 1LGBC 4GOTA 1D9VA 2QS2A 1GV8A 4POWA 1P1OA 1ZIUA 3LUYA 3MC2A 3PUXE 3MVYA 2F78A 5JTYA 1LAXA 2GFEA 3ZSFA 3SEVA 4DLDA 1OMPA 4PFTA 4JB7A 1B05A 3FVNA 3PMVA 3C31A 2DP8A 3RQTA 4RYAA 3HO7A 1QKBA 4FAJA 1AH5A 5I2KB 3CFLA 1B1HA 3IB2A 4YKIA 3TQLA 4M4GA 2REJA 1ZJLA 2GHAA 1PBQA 3TFLA 1YAEA 5ELVA 1MXZA 4ESWA 2CZLA 3K1PA 5L9MA 2E1SA 3AXFA 1MM6A 2Z23A 4KPTA 1OQGA 3DLNA 1N04A 3CVGA 1LFHA 2QRYA 3RT6B 3IORA 1A8FA 1EU8A 2OWSA 2XXQA 3TYHA 4RK2A 3QK6A 3ILUB 4Q8RA 1FW0A 4R6KA 1DPPA 2OBGA 4K3FA 2OCUA 4GVOA 4R6HA 4RY1A 3O9PA 2HZKA 4BDOA 3IOWA 3DP4A 4OERA 1BP5A 1GVCA 1CE2A 4BDLA 4LATA 3H3GA 4E0XA 4KFQA 4ESXA 1POTA 4KYEA 4F3SA 1D3KA 3IR1A 4MH5A 3RTWB 1QKAA 4X9TA 1B3LA 4JBZA 4HW8A 2AIXA 3TUSA 3T9HB 2BJJX 1MDQA 1XVYA 4EXKA 1FTLA 3IX1A 4PFUA 3FJGA 1PBPA 4YICA 1SYIA 3U94A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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