4AB5A

Regulatory domain structure of nmb2055 (metr) a lysr family regulator from n. meningitidis
Total Genus 51
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
51
sequence length
216
structure length
216
Chain Sequence
GEAGELRIAVECHTCFDWLMPAMGEFRPMWPQVELDIVSGFQADPVGLLLQHRADLAIVSEAEKQNGISFQPLFAYEMVGICAPDHPLAAKNVWTAEDFIGETLITYPVPDEMLDLPKKILIPKNINPPRRHSELTIAIIQLVASRRGIAALPYWTVMPYLEKGYVVHRQITADGLQSKLYAAIRTEDTDKSYLNNFCQIIRERGFADLPGLSELE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structure of the Regulatory Domain of the Lysr Family Regulator Nmb2055 (Metr-Like Protein) from Neisseria Meningitidis
pubmed doi rcsb
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
molecule tags Transcription
molecule keywords TRANSCRIPTIONAL REGULATOR, LYSR FAMILY
total genus 51
structure length 216
sequence length 216
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-12-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ab5A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4ab5A02
4IO7A 3B7DA 3H7MA 1JNFA 5I56B 4IO2A 4UACA 5K2XA 3PD9A 1ANFA 1FQEA 3CSGA 3S2VA 1OIBA 4MH5A 3SESA 4RPNA 3W15C 4M1VA 1SD3A 5AA2A 5HM4B 1WDNA 3DP6A 4TOZA 1FTKA 1JW1A 3B6QA 4FIMA 4GLIA 4KI0E 5CC2A 3HPIA 4QSEA 2DYXA 4R6HA 4IGTA 4U21A 1ATGA 1MDP1 2OK2A 2PMSA 5AA4A 3MP6A 4GXAA 3O66A 4E0WA 4KCCA 5HBCA 2O7UA 2NXOA 2PBWA 2F34A 3O6HA 3OOAA 3PU5A 2F7BA 4MBPA 1PB7A 3IAZA 3K1PA 1SI0A 1LB8A 1FQDA 1VR5A 3Q27A 1MXUA 4RNSA 5JK4A 2RINA 3IL1B 4LA9A 4QFLA 4ECFA 1OMPA 1R6ZA 4UA8A 1PB8A 3MPKA 2PVUA 3R6UA 3MZ9A 4QF9A 2XX7A 2REJA 5I58B 4ZZAA 4PFYA 3C9HA 3H6UA 1TFDA 1A54A 3V89B 2RKMA 1WODA 2Z8EA 4U4SA 3KOTA 1B6HA 3N6UA 4BDNA 1XC1A 1LFIA 5DVIA 4LUBA 4JWXA 1LAHE 2F6GA 2ZYNA 4H67A 3A3UA 4JSOA 4O3BA 4POWA 1M5EA 4NMYA 2ALUA 5A5XB 2I48A 5H8HA 3TQLA 5I57B 1OQGA 1DPEA 4LZ7A 1NNPA 4YB5A 2IEEA 3T9HB 3TCHA 1LCTA 1PC3A 1MPDA 2O1LA 2OLBA 3BBRA 4G68B 2ZYKA 2QS1A 4GL0A 2V84A 4XXUA 4BLAA 2V3QA 3K4UA 3MC2A 3SEUA 2DWIA 2ABHA 3KGCA 4K3FA 4P0GA 4R6KA 4F1YA 3U94A 3B6TA 4NTLA 3S9NC 3LUYA 4H1XA 1POY1 1NNTA 3C36A 3E4RA 4G4PA 2F7CA 4ELQA 4GWOA 5CBRA 2UVJA 4KHZE 5DEXB 1XT8A 4PP0A 3PGFA 2Q8JA 1FTJA 1B5IA 3B6WA 4PFUA 3RQTA 5I2KB 3TCGA 4DCXA 4EDPA 4DDDA 1BTJA 2G29A 3UA8A 2F97A 1Y4CA 3H6TA 3G3KA 3SEVA 3TTRA 3UORA 2XXTA 3I6VA 5EYFA 4KYEA 3G3GA 4XKNA 1GV8A 3U8QA 2XHDA 1AH5A 3FD3A 4U1OA 5FTHA 2DWHA 4FATA 5IAIA 1MDQA 4N07A 3CFLA 3MVYA 3U92A 4NEDA 1Q1KA 2Z8DA 2E1SA 4C1UA 4YMAA 3FATA 3EPEA 4NWDA 4E0XA 4LVQA 3FASA 1ELJA 1QKBA 3IB1A 3RN8A 2I4BA 3PUYE 1DPPA 3HSTA 4H5GA 4YB7A 5CRYA 4YZZA 5JTYB 3TDJA 2FNCA 2Q89A 4HCWA 3GBBA 4YU0A 1DOTA 3VLUA 3PPPA 3RPWA 3WAFA 1B58A 4JWOA 4N6PA 3S9LC 4DLDA 3UGWA 1EZPA 3TQWA 2Y84A 4KD5A 4O3AA 5CI5A 3OO6A 3RLFE 5LOMA 2F6PA 2O68A 1MQHA 2F8DA 3FIRA 3IB2A 4POXA 1B3GA 2XXIA 1JW4A 2QS3A 1QKAA 2Y7WA 1SI1A 2G93A 2Z22A 1FQBA 2QJEA 3VVFA 5CBSA 4JB7A 4PQJA 3S9EA 1NL5A 4QFPA 1OLCA 1JVYA 5L9SA 2O51A 4TLMB 4WEPA 5DVFA 4ZEDA 2ONSA 3FXRA 2GHBA 3TFLA 3PPRA 3TYHA 5I59A 4FORA 1MQDA 4R2FA 4FJPA 1RKMA 5TPAB 4AQ4A 4I62A 5H8SA 1UTBA 1YCJA 3KN8A 5H8FB 4DCYA 1D9VA 4EUOA 5H8NB 2GH9A 2VGQA 3FJGA 3V8XB 4YMBA 1QJMA 2DVZA 1ZKBA 3IB0A 4QHQA 1LFGA 1MQGA 2HZLA 1MRPA 2I3VA 3ZKKA 3OO8A 3UP9A 3CRBA 4BDRA 1AOVA 4KYSA 2XXPA 3S9MC 3M3KA 1B2HA 1QULA 3N94A 3EHSA 4FE8A 3K6VA 2P2AA 2NWJA 3DELB 2REGA 4ZEKA 3H4ZA 2GFEA 3PPOA 3PUWE 1M5FA 3L6HA 4OYVA 1IITA 4ZECA 3KSJA 1H44A 3OENA 4P11A 1QW0A 2UVIA 4U4XA 4YICA 3CFZA 2AL5A 3OELA 3PMVA 5FHOA 1VE4A 2DSFA 2X7PA 3ZS6A 3FJ7A 5AA3A 4LONB 4ESWA 1M5BA 1Y1ZA 1USYH 1IXCA 1LB9A 1LLSA 3L6GA 4OETA 3RGYA 1A99A 3EHUA 4ND9A 3N5LA 4YAHX 3SEXA 2WKYA 3PD8A 1S9TA 4PFWA 4BDMA 3G3HA 3QXMA 1RYOA 3OO9A 1VFDA 3K02A 3IOVA 2I6EA 5H8NA 2ZMBA 4KPTA 1MY1A 2DVCA 4ZEIA 1L5TA 4QFKA 3R7XA 2AIXA 2UVHA 1SYIA 2DE4A 3E3KA 4ZE8A 3RT8A 3BKIB 4ZE9A 1B3FA 5L9OA 1R9LA 3G3IA 1UQWA 1FCKA 1B3HA 4P0IA 1PEBA 2HZKA 4R2BA 4WEDA 4MF3A 3TAJA 2RC8A 1BIYA 2RF1A 3VFJA 2ZNSA 1Y9UA 4OMBA 5I84A 4AB5A 4DXUA 4IO4A 1FW0A 3T93B 4GOTA 4ZEFA 2DQVA 4LZ8A 2M8CA 2PT1A 2R9JA 4GD5A 3IORA 4QSCA 4OEVA 2LAOA 5DEXA 1UTHA 1I69A 5KZTA 3KOSA 4U2RA 2ONKE 3OEKA 5TP9B 1UIVA 4YB6A 2FYIA 2XD2A 3MQ9A 4Q30B 4F3BA 3C33A 5CMMA 4ZDMA 4LATA 2O7IA 2PYYA 4KCDA 1URGA 3KBRA 3CIJA 1B9JA 3F11A 3H6VA 3GBAA 4KR5A 2F35A 3KSXA 2A5SA 4NF4B 4EF2A 3ONMA 1N3WA 1B3LA 1QUJA 1P1OA 1XHYA 4FEDA 4ZZEA 1Y1MA 1IXHA 1LAGE 2DWAA 4FECA 1YAEA 3ILTB 1URSA 3ILUB 4OQOA 5K2YA 4F1UA 3HN0A 4H8JA 1B40A 3SETA 5M2VA 1USYE 1A55A 1M5CA 1FTMA 4ZS9A 4RY1A 1B52A 2ZNTA 5ELVA 1XOCA 1MY0A 4U23A 2H4IA 2D3IA 2P0SA 3FJMA 1N7XA 4M4GA 4XTCQ 5I57A 3KJ7A 2I0CA 3DLNA 3PMWA 2I58A 3EHTA 4WXJA 1AMFA 2OWTA 4Z0IA 3FVNA 3RUMA 1ZBMA 4R74A 5BUUA 3MBPA 2F78A 3D4CA 3PPNA 4GQOA 3TTKA 3QAXA 1JEVA 3A09A 4F3SA 1XVYA 3Q26A 1MH3A 4O3CA 3QUFA 2KLFA 1Y3PA 1A7LA 2HAVA 3SERA 1ZTYA 3T9XB 4G8MA 3MZ1A 4RK2A 4DIGA 4Q8RA 1N3XA 2QMWA 2HQ0A 1MY3A 2OZZA 2R71A 3GXAA 5CMCA 2FA7A 4G68A 3RTWB 4X48A 4L17A 3MAMA 4GL8A 1SBPA 4R9FA 5AE4A 4IY5A 4NF5B 2THIA 1UTBB 3KFMA 3SDFA 4ELPA 5HPQA 5ICTA 3SKPA 3O28A 5I59B 4R6YA 3FXUA 1JETA 2HCAA 2AYSA 4HCYA 4TQUQ 1PB9A 1FQAA 2F36A 2VD3A 3FVGA 4X1DA 4H5FA 3CG3A 1B0LA 3WAEA 3KEIA 1N76A 4HW8A 3USDA 4G68C 2E0SA 3KN3A 1P1NA 1MXYA 2O1MA 1N7WA 3VVDA 4C0RA 2V3UA 1ZIUA 2BJJX 2OWSA 4XIGQ 3VVEA 1LCFA 1XVXA 4OESA 3UN6A 3T9VA 1IIWA 3HCQA 2H98A 4YKPA 1B46A 4THIA 1OVTA 2D21A 3N6TA 3JZJA 4H6DA 4I1DA 3U72A 3RNNA 1B5JA 4GFRA 2GRVA 3D4GA 4IO6A 4PE5B 2DS9A 5ITOA 1ZMGA 4BDOA 3PUVE 3QYTA 4F31B 3DP8A 3GZGA 3IX1A 1IQ7A 4DXBA 5B7DA 4YKIA 3FV1A 1POTA 5F1QA 3K2DA 4DZ1A 5L8DA 2Q2CA 1EU8A 2F5XA 3EN3A 1O63A 1GTKA 4F39A 3O2AA 3H3GA 1DSNA 4PETA 2A5TA 3HV1A 3IJOB 4IGRA 3QIMA 4QFNA 4R9GA 3P7IA 5H8QA 4OHNA 3TTMA 3M3LA 2X26A 3I5OA 2RC7A 1RYXA 3PUZE 1LAXA 1MS7A 1ZLQA 3TTNA 1EH3A 2AL4A 4OVJA 5I2NB 4MFIA 5AA2B 5I2KA 2Q9TA 4ZEBA 1SVXB 1HSEA 3I3VA 1OLAA 2F7AA 3HO7A 3JV9A 4WKMA 1US4A 3C35A 1NNFA 3TKDA 4RXLA 2Y7PA 2QMXA 5TP9A 2IA4A 3BFUA 4U22A 2OJTA 3Q29A 2B65A 1UTHB 3FXQA 3K6WA 5FTIA 4NF6B 3MUQA 2CZLA 3O29A 2RC9A 4OEUA 2RCAA 4RPOA 3O6IA 4FAJA 2GHAA 3KG2A 2ZYMA 4X9TA 3H6WA 2DWJA 2V25A 4KQPA 3TTLA 2I0BA 1LSTA 2VP1A 3PV0E 1B51A 1R9QA 2A5TB 3DM0A 4TLLB 1IEJA 4OFLA 5H8QB 4KYDA 3TODA 4F29A 5JTYA 4KFQA 1IZ1A 3QK6A 2QRYA 4NF5A 1O64A 2Z8FA 4OFOA 4DE8A 1T0KA 2QSXA 4OFJA 3KJTA 2DP8A 1B7UA 4ELRA 1B4HA 5ISUA 4LP2B 1LGBC 2W7YA 3G3JA 4LQ5A 1B1HA 2XXXA 1J1NA 1Y3QA 2ESNA 3T9UA 2HAUA 4NF6A 4R75A 1P1QA 4BDLA 3MWBA 3MP1A 1B7ZA 4YKKA 1AIVA 4JSDA 4IY6A 3LR1A 2Z23A 3TCFA 3LC8A 4H0WA 4HS7A 1JW5A 1MXVA 3Q25A 1US5A 2QPQA 1D3KA 4OWDA 4IO3A 1M5DA 3O9PA 4GF8A 3R26A 1H45A 1PBPA 3IJXB 4LQ2A 4GRKA 3VXCA 4RYAA 2YLNA 2XXWA 3U1OA 3CSBA 3LSLA 4Q5TA 4H8IA 4QSDA 4F22A 1OVBA 2ANJA 2HFBA 4MLQA 1B05A 4GXSB 1YPNA 4U1ZA 4F2OA 1A8EA 5F7VA 4G8HA 1H43A 3MP8A 1DTGA 3GLBA 1P1WA 4YKJA 5AA4B 3K01A 2OBGA 3C4MA 1GGGA 4IO5A 4OZ9A 1MM7A 1SYHA 1EZOA 4JXIA 5TPAA 2O84X 1MY2A 3CG1A 3HHFA 1B3EA 1MM6A 2I3WA 1Z7NE 1CE2A 1Y4TA 1P99A 2V93A 2VOZA 1MG1A 3LSWA 3C34A 3VXBA 1YTVA 4IB2A 4C1TA 3RT6B 2ZYOA 2QS4A 4OXVA 5TU0A 3TEPA 1B7HA 3K1NA 3MPLA 4BDQA 5ITPA 3IO4A 2OCUA 3IR1A 3T22A 3PUXE 1F9BA 1I6QA 2XXUA 3OEMA 1TT1A 3OMBA 3K0VA 2XXRA 3MVXA 3ZKLA 2R6GE 3CVGA 4G8NA 1I6BA 3T66A 5DTBA 3Q28A 3RY3A 1PDAA 2DOJA 2V3TA 5IKBA 2XD3A 3IOUA 4XKQA 1Z7ME 2CMOA 2NUVA 4X1BA 5CMBA 2B3FA 1XS5A 3OSRA 4EQ9A 4GIZA 3FV2A 3CR9A 1EZ9A 2UXAA 1O7TA 1VSOA 2DXRA 2VHAA 3IO6A 3MW0A 4DXCA 1MPCA 3K6XA 4ELOA 5ICQA 1QUIA 4NF8B 3FVOA 3OD7A 5FHMA 2ONRA 4LZ5A 4NE4A 1PBQA 3THIA 2O6AA 2H9BA 4RK9A 1GVCA 4FEBA 1LFHA 3VLVA 1N04A 1BLFA 1IXIA 3A3CA 1JVXA 3RTFB 3G3FA 3UK4A 3VLWA 1MQIA 4MLVA 2QL3A 2I49A 1R1NA 1TWYA 3V5AA 3ZSFA 1SW2A 1D9YA 3UIFA 1VFEA 3MVWA 2XXHA 5JEIA 3FVKA 4I9DA 4H65A 5KCJA 1BKAA 4NF4A 3H03A 3H06B 1Q35A 3KZGA 5DVJA 1MXZA 2UYEA 1MH4A 2XXYA 3CI8A 3E13X 3ODBA 2H5YA 2H99A 4NF8A 1FTLA 1N84A 2O69A 2YPNA 3JYRA 4HTGA 2Y7IA 5AA1A 3M3FA 4EXKA 1Y3NA 2HEUA 3K1MA 1DMBA 4EXLA 1NH8A 1NNKA 1H3DA 5B70A 1A8FA 2Q2AA 5L9MA 5J1DA 4XKRA 1ZU0A 2D5WA 2XX8A 3CFXA 2XXQA 4GVOA 1DTZA 3AXFA 3M8UA 3SEWA 3VE1B 1Y20A 2DE3A 5H8HB 4RJZA 4F2QA 3E9XA 4JDFA 5FHNA 3T96B 1URDA 2DE2A 3FGSA 3PPQA 3TPAA 4ESXA 5A5XA 1LBCA 2VD2A 4RA1A 2XXVA 3TUSA 1FQFA 2QS2A 1MPBA 1A40A 4EQBA 1TXFA 5CMKA 2ZNUA 1OQHA 3MJNA 2B3BA 3G7WA 5KCJB 3V83A 3IK6B 2ZXTA 3VV5A 4OTEA 4Q0CA 3N26A 2Q88A 2UVGA 2HXWA 3HHGA 3K6UA 4QFOA 4EQ7A 3FUZA 1IXGA 4EF1A 1UIUA 1H76A 3EQ1A 1SDXA 1D4NA 1JQFA 5DYHA 2NVUB 1FTOA 3IOWA 3TELA 4PFTA 3EF7A 1HSJA 1ZJLA 3TMGA 5CM6A 3W9WA 4G77A 4F1VA 3KN7A 3MZBA 3FZVA 3LSXA 4ONYA 4F19A 5I2NA 4F18A 3C32A 3OO7A 4OERA 4AB6A 1NH7A 3IOTA 4G2ZA 4R73A 4F3PA 1IUDA 2NOOA 4I8CA 4JWYA 4OENA 1CB6A 3QUJA 4F3GA 1B5HA 5BWJA 1AL3A 1BP5A 1WVJA 1S50A 3LSFB 2YJPA 1KWHA 3LBSA 4NWCA 3ECRA 1SW5A 5KDTA 5EHMA 1HSLA 1P1UA 3U93A 3W9VA 5KDTB 1B1XA 1JEUA 2H25A 1B32A 2I4CA 1S7YA 3VDFA 3OSQA 4Z7EA 2UYFA 3TZAA 3MVZA 5H8FA 1NMUA 2Y7KA 3C31A 1SW4A 1NFTA 1SQYA 2Y7RA 1N0TA 2PX1A 3QSLA 1QUKA 4N13A 5EHSA 3DP4A 1MY4A 1TFAA 2RCBA 3K00A 3OXNA 1MXXA 4XKPA 1I6AA 1NKXA 5DT6A 1MQJA 1MXWA 3BFTA 1SW1A 1LAFE 3SEYA 5AA2D 5I56A 1B0HA 4ISUA 1B4ZA 3PMXA 4QRZA 2P1SA 2X7QA 1II5A 1FQCA 4JBZA 2PT2A 5I58A 3S4UA 1LBBA 3O6GA 1GR2A 2DXYA 1QVSA 4R72A 2XX9A 3O97A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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