The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
79
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structure length |
79
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Chain Sequence |
b'GAMEQEAIQRLRDTEEMLSKKQEFLEKKIEQELTAAKKHGTKNKRAALQALKRKKRYEKQLAQIDGTLSTIEFQREALE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B
|
| publication title |
Cc2D1A is a Regulator of Escrt-III Chmp4B.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Protein transport
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| total genus |
38
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| structure length |
79
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| sequence length |
79
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-12-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | ESAT-6-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3TXS A; 3HR0 A; 4LWS B; 4I0X B; 3FAV A; 3GWK C; 2AZ2 A; 2VS0 A; 4ABM A; 1WA8 B; 3Q4H A; 2AZ0 A; 3G80 A; 3GVM A; 4GZR B; 3OGI B; 2KG7 A; 3FAV B; 2DE0 X; 3Q4H B; 4LWS A; 4I0X A; 2VRZ A; 3O9O A; 3FD9 A; 1WA8 A; 2B9Z A; 3TXQ A; 3ZBH A; 2KG7 B; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NI8 A; 3CC2 V; 2EIJ B; 2KQX A; 3E22 B; 2JGD B; 4PJ0 Z; 2Q0O C; 4GKJ B; 3HKD A; 3CP1 A; 1T5E A; 1JX9 A; 4UVA A; 1NS1 A; 2XAH A; 1QVG U; 1AP5 A; 4J7J A; 4CH3 A; 3ZRV A; 4X66 B; 2QWP B; 4CBC A; 3L73 H; 4MS2 A; 5JVD B; 4O4H A; 3ASO B; 2FL4 A; 3BEH A; 4JI2 O; 1RP3 B; 3C3S A; 4GT1 A; 3G4S V; 5H6R A; 1XNR B; 1OCR B; 1J95 A; 2E5L O; 1I94 B; 1PL0 A; 3SYO A; 3B8M A; 4LNU B; 4TV8 B; 1IVS A; 3LSQ A; 4ZI7 B; 1JR9 A; 5C8Y B; 5JH7 B; 1BHB A; 2RMK B; 3D8C A; 4I50 B; 1V54 B; 1SZX A; 1KP2 A; 4NB5 A; 5EBM C; 4EB6 B; 3OR6 C; 1H8E G; 3PJS K; 2AGA A; 2Y0I A; 4YHH B; 1JQ0 A; 4DR2 O; 2DQ0 A; 2YIC A; 2CUG A; 2FTK A; 2K1E A; 2O57 A; 3JAL A; 4FFB B; 4QE7 A; 1HNW B; 1H8H G; 1KKD A; 3TXQ A; 4UCR A; 4JAU A; 1RSO A; 1ENV A; 2WWW A; 4MVM A; 1LUV A; 4ASU G; 4CH5 A; 3ZED A; 4JI0 B; 3HKE A; 3JAR A; 1KBH A; 4O2B B; 5IY5 B; 4KL1 A; 5GON A; 4J7Z A; 3RYI A; 4YXW G; 3JD1 A; 1HW7 A; 1F4N A; 3ICX A; 2XAQ A; 3AG1 C; 2UXD O; 1YJN V; 4DV6 B; 2EIM C; 1VQL V; 1GMG A; 1OHH G; 1PP9 H; 3MHS C; 4B3S B; 3ZHU A; 1WJZ A; 5CA1 A; 4FLV A; 3T1Y O; 4KHP B; 2QGN A; 3SPH A; 5J2U A; 2EUL A; 2IJK A; 1Z5W A; 4FZ1 A; 1IBL O; 3D36 A; 1XHZ A; 5EC1 C; 2IH1 C; 2FB5 A; 1SQB H; 2L35 A; 2BTQ A; 5DEC A; 3BA8 A; 4IHJ B; 3K3W A; 2ZE8 A; 4FZ0 A; 2ZIM A; 1CPY A; 3JAT A; 3CCE V; 4LF6 B; 1ARO P; 1US6 A; 3ABK C; 4DW1 A; 4YJ2 B; 4JYA B; 5KHJ A; 4JPR A; 3RYH A; 2AXT Z; 4X64 O; 1JA8 A; 1VF7 A; 4HBN A; 1KEC A; 1BQZ A; 1AJQ A; 2D2C B; 1V55 C; 2ETN A; 5LOV B; 3UT5 A; 4EFE A; 2A06 H; 4UVB A; 1FD9 A; 1B6Q A; 3QO8 A; 2VQE O; 1COW G; 3ZN0 A; 4NXM O; 4LR3 A; 2EIL B; 4JYY A; 5IJ0 A; 2X6A A; 1VQN V; 4QIW F; 1E79 G; 1V9P A; 4YJ3 B; 1ZSP A; 5J2T A; 1O9H A; 4JTC B; 1EN5 A; 4KXR A; 3ZX6 A; 4CC5 A; 2ZDI A; 2QWR B; 4X65 O; 1G1X B; 1OCZ C; 2YS8 A; 4FLT A; 3KKY A; 3RGB A; 2YSU B; 4LFC O; 4DRX B; 4F6R A; 3SPC A; 1K4D C; 1FFX A; 2ARH A; 4X62 O; 1Q86 W; 4DR7 O; 4CS2 A; 2R9A A; 5FPR A; 1S77 D; 3FYI B; 3ABL C; 5KAF Z; 3G6E V; 4X1K A; 5JCO C; 2B9Z A; 3LDE A; 2B1I A; 2YEV B; 3OMN B; 5F2V O; 1D5N A; 4X9Q A; 5L3G A; 1RM1 C; 5BZB A; 4QPK A; 4JI7 O; 2WLL B; 3R66 A; 4K0K B; 3RBZ A; 1GN4 A; 3ML0 A; 2DN9 A; 2P4V A; 4OXS A; 1S72 V; 1D5A A; 3E8H A; 3E22 A; 3UO2 A; 5EZY B; 2JGD A; 4JTD B; 1FS0 G; 2F93 B; 1R3I C; 3STL C; 1NZ6 A; 2GTS A; 2YC0 A; 1F51 A; 5D5Q A; 5BXZ A; 5IWA B; 1QR9 A; 2WA3 A; 5JVD A; 1OCC C; 2RJZ A; 2GUZ B; 3OUF A; 1SQX H; 4R7C A; 1IDS A; 3VBB A; 3CCQ V; 4LF9 B; 1V55 B; 4G27 B; 2EZO A; 5H5N A; 3SJA C; 3N27 A; 4LNU A; 4TV8 A; 1K8A W; 3ZMZ A; 4WFE A; 4ZI7 A; 5C8Y A; 4XDL A; 5JH7 A; 2Q67 A; 4FFK A; 5KA6 A; 4JI6 B; 2CTR A; 4I50 A; 5B1B B; 3BA9 A; 4GKK O; 2OCH A; 2PI5 A; 2YXH A; 5IYB O; 4EB6 A; 1L8D A; 1K5Q A; 2R9I A; 1K73 W; 2QTO A; 1JCH A; 3UQ8 A; 1DGS A; 4AIL C; 2JS5 A; 1I08 A; 3RT3 C; 2Y69 C; 3B09 A; 4FFB A; 3PN1 A; 2ZE6 A; 2ADQ B; 2QR4 A; 2KG7 A; 1OCO B; 2Y0P A; 3ZN1 A; 5KLV H; 2Q68 A; 2UXN A; 3OTO B; 1R73 A; 3RVY A; 2JJ2 G; 1TA8 A; 2DWD C; 1MMM A; 3ABL B; 1W0J G; 2ZIN A; 5B3S B; 2L6L A; 4O2B A; 3BFR A; 4UCV A; 5K1P A; 5E1A C; 2GBO A; 2OTJ V; 1H2S B; 3WB2 A; 1Y67 A; 2A7W A; 2LW7 A; 4C7U A; 3O9O A; 2UU9 O; 3B4S A; 3D3Q A; 1JOY A; 1AP6 A; 4GCZ A; 4JF3 A; 1K9M W; 4DV1 O; 1VQO V; 2XT9 A; 1Q5O A; 1RFY A; 1WN7 A; 1JJO A; 3CE2 A; 1BQ0 A; 1KB9 F; 1YXB A; 4OX9 O; 3AG2 B; 4PA3 A; 2UUB O; 1XDC A; 2WLN A; 1WP8 A; 3CCR V; 3LDC A; 5KMG A; 3ZMT A; 4P9O A; 1IBK B; 3CS5 A; 4UCU A; 2ODM A; 4Z2W A; 2KSD A; 3NR7 A; 4JV5 B; 1OCC B; 1VQP V; 1GK9 A; 4PDM A; 1Q81 W; 3JAR B; 2GSM B; 3JYC A; 4IHJ A; 1IXB A; 4MW3 A; 3RYI B; 3ZIA G; 1VIB A; 5LXT A; 1YZB A; 3ZHS A; 2ZE5 A; 4J9Z B; 4YIO A; 1R3J C; 2JVD A; 2UUA O; 2PYJ A; 4P30 A; 5IDJ A; 1S76 D; 2F1M A; 1XI1 A; 3L71 H; 4YJ2 A; 2P67 A; 3WFV A; 1R6N A; 5JJJ B; 1IUR A; 3RYC B; 1I7F A; 4B3M O; 3SYA A; 4JI2 B; 5L3F A; 3E8F A; 5CA1 B; 4LH7 A; 5LOV A; 1JMK C; 1Q6U A; 4B3T B; 3CCM V; 3UKM A; 1BGY H; 5J2U B; 4LFB O; 3U10 A; 4A5U B; 3T4D A; 3JCZ A; 4OPA A; 4O4L B; 5B1N A; 1K7D A; 5LA6 B; 3EVK A; 4AHC A; 3K08 A; 2LQT A; 2YIA A; 1FXK C; 2C2A A; 3LNM B; 3LDD A; 4YJ3 A; 2IJJ A; 4FM2 A; 1B06 A; 2CE4 A; 2E74 B; 3VQX A; 2PZS A; 4FK5 C; 4ABM A; 4EEQ A; 3ETE A; 4DR2 B; 4Q6G A; 3LSU A; 5JJE B; 1AI5 A; 5D5P A; 2AHY A; 2CGO A; 4G28 B; 3A2F A; 3RFR A; 1R3L C; 4NVP A; 4DRX A; 3JD4 A; 1M1K W; 4GUN A; 1MZF A; 3IC7 A; 2OWO A; 4B3R O; 3AG3 B; 2NN4 A; 1OJH A; 5KUK A; 2R9R B; 5LP6 C; 4JI5 B; 5CA3 A; 1IXM A; 2UXB B; 2Q6A A; 1PD3 A; 3NXS A; 1HNX O; 2F4V O; 3RWR D; 1HWY A; 3JAM N; 2YEV A; 4DR6 O; 4RO2 A; 4DXW A; 3E35 A; 5KHI A; 3A0B Z; 2UXC B; 1SKV A; 3QO5 A; 5EIB C; 2DJV A; 1BCC H; 2A3Q A; 1XMQ O; 1TVK A; 2WLL A; 3OEH G; 1DF4 A; 2Z5U A; 1Q3E A; 1YIJ V; 3BCC H; 2YXY A; 3DTU B; 4UV9 A; 1ZLZ A; 2BE3 A; 4EKW A; 2EIK C; 4I7Z B; 1VF6 C; 1PNK A; 3W7U A; 4DV4 B; 3X2Q C; 1BS3 A; 1YF2 A; 2CDY A; 1B3Q A; 1GM8 A; 1AIL A; 1NJI W; 1VQ5 V; 2OIG A; 4LP8 A; 5GTI Z; 3JAW B; 4NKG B; 3ZRS A; 2HKO A; 5A9G A; 2JEU A; 3IJ4 A; 4AQY B; 2VS0 A; 2F43 G; 4X1K B; 4MVO A; 2VWJ A; 4JI4 O; 1UJW B; 2GTA A; 3J81 N; 1EBO A; 2OTL V; 3JSN A; 3RYF A; 3B2E E; 1BE3 H; 1LNQ A; 1ZX3 A; 3P32 A; 3FD9 A; 4JI3 B; 1H2L A; 4DR1 O; 4DV5 B; 3HPL C; 2PF4 E; 3E86 A; 4JI1 O; 3CME V; 3CCS V; 1ZWI C; 4GZR B; 2GV9 A; 4W4K A; 2HHH B; 1YDX A; 3CC4 V; 1F7Y A; 1RPR A; 2YDE A; 4MTF A; 3HR0 A; 3BY6 A; 2X6C A; 3GWK C; 4JZ2 A; 2E76 B; 4I9W A; 5E79 Z; 2DE0 X; 3F5T A; 1GN2 A; 2WSS G; 2JRI A; 1QCE A; 4IYI A; 4DYL A; 3ZBH A; 4DV2 B; 3ZS8 C; 5KA5 A; 3FFQ A; 1P4R A; 4O4J B; 3CCJ V; 1KU9 A; 4LF8 O; 2W0F C; 1Q90 D; 3CX5 F; 1GO3 F; 4NR1 A; 3TGU H; 3B77 A; 3I56 V; 1H2G A; 1GM7 A; 3ZMV A; 4QNH B; 1VQ6 V; 1BT8 A; 3E2E A; 3E89 A; 1XNQ O; 3X2Q B; 4DW0 A; 1XBL A; 1O9G A; 2ZCE A; 1NH2 B; 2KG7 B; 4JI7 B; 4LC1 A; 3K5N A; 4LWS B; 4K8Z A; 4LF4 O; 1WLE A; 1SQF A; 1KC8 W; 2RQ6 A; 4J7K A; 4TQD A; 1VP7 A; 1WB7 A; 3OM3 B; 2E75 B; 1N32 B; 1P7G A; 1R6T A; 2V7Q G; 4UCO A; 1M57 C; 4NYK A; 2QJ1 A; 4PA7 A; 4DV7 O; 4MVU A; 2QTS A; 2JK5 C; 3QF7 A; 4J41 A; 3VOU A; 4E2L A; 1Z5V A; 2Q73 A; 1D2D A; 3LSS A; 3T1C A; 3K9S A; 3A0H Z; 3ZRW A; 5IYD O; 4ZHQ B; 1KKC A; 4J42 A; 1ZL8 B; 3RYC A; 5LMN O; 1N33 B; 2QWN B; 4CS3 A; 5IYC O; 2P7T C; 1WPB A; 4WBN B; 1MAB G; 2QSA A; 3WB0 A; 4U7O A; 1FJG O; 4J11 A; 1AR4 A; 1XHX A; 2M7W A; 4BW5 A; 5KMG B; 4LF7 O; 4O4L A; 1K33 A; 5LA6 A; 2ZNJ A; 4OPH A; 2K9P A; 1FXH A; 2H8P C; 1N4C A; 1S5L Z; 2B5U A; 1YTF D; 1KYO F; 2YXL A; 2PTM A; 4YY3 O; 2UXX A; 1YI2 V; 1N34 B; 3BVO A; 5LXT B; 1FXV A; 3M99 B; 5CN0 A; 2UUC O; 1XMO O; 2EZP A; 4I55 A; 3TK1 A; 4RAI A; 2V4D A; 4WFA V; 5CBG A; 4LFA O; 5LMU B; 4CC6 A; 1IBM O; 4WFG A; 2WLI A; 1Y74 A; 5H9C A; 4DUZ B; 5BR8 O; 1VEW A; 5J9P C; 1BSM A; 2FYU H; 1VAR A; 4I9Q A; 3CRQ A; 2HEP A; 3DXR B; 5L3B A; 4NXN O; 1AVM A; 1JJ2 U; 4LF5 B; 3CWB H; 5B5E Z; 3H1J H; 3K5L A; 1UFI A; 5LYJ A; 1N36 B; 2XUM A; 2Q7G A; 2NNU A; 2XTA A; 1BL8 A; 4GKJ O; 4NTX A; 1OZ0 A; 4O2A B; 2LFS A; 3MDS A; 1M57 B; 3AK2 A; 3QG5 A; 4F4L A; 4MVZ A; 3ZHR A; 3K0G A; 3MHH C; 4DUY B; 5B1A C; 5EIB D; 2CH7 B; 3AG1 B; 3JAW A; 1XNR O; 1L1F A; 1DTO A; 4D7T A; 2EIM B; 5ITZ B; 1I94 O; 2N74 A; 1XQ8 A; 4NTY A; 4DV0 B; 1F4M A; 4N23 A; 3OAA G; 2X7R B; 3T4Z A; 1G8M A; 5HFL A; 4DR4 B; 4I0X B; 4DO2 A; 1I0H A; 2XAF A; 1U96 A; 1Y66 A; 2NR5 A; 3KCY A; 2EIN C; 1TVK B; 4N21 A; 4JAS A; 1VQ8 V; 3K59 A; 1QHT A; 2ZR2 A; 3IFX A; 3P30 A; 4H0L B; 4B7E A; 3U0Z A; 1IZ3 A; 1SC5 B; 3VQY A; 4YHH O; 2ADP A; 1ZUQ A; 1FXK A; 4X88 A; 5LL6 Y; 2IU0 A; 2A9H A; 3RN4 A; 1HNW O; 1GN3 A; 1MG1 A; 1JFF A; 3CMA V; 2ZKO A; 1HNZ B; 2EBO A; 4LFB B; 4H13 B; 1K3E A; 1NBM G; 1F23 A; 1P49 A; 3ABK B; 2P4K A; 1MZE A; 3K0D A; 2ZM6 B; 4JI0 O; 2YI8 A; 2XND G; 4D7S A; 2HP8 A; 1S0V A; 1W2B U; 2RCV A; 3A8T A; 3RYF B; 4DV3 B; 4DV6 O; 1M56 C; 1PNL A; 1M93 A; 2DYR C; 4FLY A; 1PNM A; 4B3S O; 3K79 A; 5B66 Z; 3K58 A; 4CZZ A; 5LGT A; 4ZOL B; 4O4J A; 1J5E B; 2X6B A; 4KHP O; 1Q43 A; 1BHA A; 3CXC U; 4IT5 A; 3CCL V; 2OT5 A; 3OE7 G; 4PA4 A; 1K92 A; 1TUE B; 1VF6 A; 4P9P A; 4NTW A; 2PI4 A; 2GDS A; 2CTQ A; 3ZHQ A; 5KHH A; 1XIL A; 1OCZ B; 3G71 V; 5B1A B; 5GTH Z; 4LWS A; 4J9Y B; 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3CXH F; 2PYL A; 2LFR A; 4MTX A; 1GTO A; 1SA0 B; 1P84 F; 3H9V A; 1LUW A; 5IWA O; 2EIJ C; 2WLI B; 1Y74 B; 1GN6 A; 3UO3 A; 1YCI A; 4PDL A; 3K06 A; 3L72 H; 2CH7 A; 4LF4 B; 1YIT V; 4LF9 O; 1HP8 A; 5ITZ A; 1KD1 W; 4RWU A; 1JVM A; 3CCV V; 2LJ2 A; 3OR7 C; 4KUM A; 4RQE A; 4JI6 O; 2ZXW B; 5C93 A; 4I0X A; 1MSW D; 1YEW A; 2UXD B; 1OCR C; 1OV9 A; 2ZE7 A; 5LYJ B; 2PGG A; 1ZTE A; 1CXZ B; 2CTW A; 2ZNI A; 4KFM A; 3VQV A; 5LMN B; 1GAX A; 4UCT A; 1V54 C; 2QKA A; 2IM9 A; 3T1Y B; 4XBF A; 2ITC C; 2VRZ A; 1IBL B; 4K8X A; 2BOB C; 5IE9 A; 4F6E A; 1XRE A; 2BTO A; 2WAM A; 2DYS C; 1I5Y A; 1NT2 B; 3R65 A; 3WU2 Z; 5B1O A; 3RW0 A; 3BRC A; 1YTF B; 2LW1 A; 1Q82 W; 5LGN A; 3VQW A; 1LR1 A; 2X0L A; 3C90 A; 3E83 A; 2UUC B; 2JJ1 G; 4EFB A; 4LCU C; 2OIE A; 1AR1 B; 3FB6 C; 2N04 A; 4FVM A; 5EBL C; 3EHB B; 4X64 B; 1FXK B; 3SYC A; 4JAA A; 5IY5 C; 1AJN A; 1XUQ A; 2AZ0 A; 4ZOL A; 4FMT A; 2WLK A; 5KUM A; 3STZ C; 1JFF B; 1KMI Z; 4TWK A; 1QVF U; 1Q6H A; 4U7N A; 1K4C C; 4NXN B; 1A32 A; 1ROP A; 3KZI Z; 1IBK O; 2VQE B; 3TCU A; 4NXM B; 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