The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
79
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structure length |
79
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Chain Sequence |
GAMEQEAIQRLRDTEEMLSKKQEFLEKKIEQELTAAKKHGTKNKRAALQALKRKKRYEKQLAQIDGTLSTIEFQREALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B
|
| publication title |
Cc2D1A is a Regulator of Escrt-III Chmp4B.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Protein transport
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| total genus |
38
|
| structure length |
79
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| sequence length |
79
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-12-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | ESAT-6-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3GVM A; 3HR0 A; 1WA8 A; 4I0X A; 2VRZ A; 3O9O A; 3Q4H B; 2AZ0 A; 3GWK C; 2DE0 X; 3FAV A; 2AZ2 A; 4GZR B; 2VS0 A; 2KG7 B; 4LWS B; 1WA8 B; 3FD9 A; 3TXQ A; 4I0X B; 2KG7 A; 3Q4H A; 3ZBH A; 3G80 A; 2B9Z A; 3TXS A; 4ABM A; 3FAV B; 3OGI B; 4LWS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4P9P A; 1SQP H; 2UUA O; 4DV7 O; 1G6U A; 2BCC H; 2R9R B; 3APO A; 1JFF B; 3P30 A; 2Q8V A; 4DUY B; 3TJT A; 5JH7 B; 4MW3 A; 2QWQ B; 1YJW V; 4HNA A; 1B04 A; 2BTQ B; 4IYH A; 5BMV B; 2PYJ A; 4X1I B; 3ZS8 C; 3GWO A; 3BCC H; 1KP3 A; 3G6E V; 4W4L A; 2ZDI C; 4PJ0 Z; 2UXN A; 1J5E O; 4O4I B; 2OCC C; 2P67 A; 1COW G; 1YEW A; 2QA4 V; 2BTO A; 3ZRS A; 3E83 A; 2Y69 B; 1N0N A; 2ODM A; 2YSU B; 5IWA O; 2Y69 C; 1VQM V; 4LFA B; 4TUY B; 1YDX A; 1LNQ A; 1SQQ H; 2RQ6 A; 2PI4 A; 2OYQ A; 1XNR B; 2FKX A; 1XIL A; 2LJ2 A; 3K08 A; 4J9Z B; 2Q0O C; 5KHJ A; 1AR5 A; 3SDL A; 4U7N A; 2H8P C; 1M4U A; 2Y0I A; 3OMI B; 4ZIB A; 5L3G A; 1XMQ O; 3EFF K; 5B1N A; 4JI3 B; 3J80 N; 1JFF A; 4GT1 A; 1XRE A; 5JH7 A; 1R6K A; 3BHP A; 4DR3 B; 1YVW A; 5LGT A; 2BTQ A; 2XTA A; 1N8R W; 1Q6H A; 2UXB O; 5BMV A; 5B5E Z; 1PPJ H; 2UXD B; 4X1I A; 1D5N A; 2QM4 A; 1GH6 A; 4NTX A; 4O4I A; 3NR7 A; 4LF9 B; 4RQE A; 1RPR A; 2F66 C; 4I4T B; 3K03 A; 3MAQ A; 1AI6 A; 2VRZ A; 4Z2W A; 1URF A; 3RT3 C; 3E8B A; 3IGA C; 2EIM C; 3F5T A; 3D8C A; 5LYJ B; 1NT2 B; 4WCE V; 2DW4 A; 4TUY A; 1Q8I A; 4GKJ B; 1SRY A; 3ZHQ A; 4FLX A; 3STZ C; 4UUJ C; 1NVP D; 3OTO B; 5JQG B; 4FIP C; 3SJB C; 4JYA B; 4JF3 A; 2WLI A; 5KX5 A; 1U96 A; 4DR6 O; 1TVK B; 2DQ0 A; 5GON B; 2Y4U A; 1Q82 W; 2YI9 A; 4RAI A; 2R9A A; 1QHT A; 4EFB A; 3TXS A; 4O2A B; 4GX1 A; 2Q0A A; 3OR6 C; 4LF6 O; 1EN4 A; 1KKD A; 3VQX A; 2QR4 A; 2YI8 A; 4JYY A; 1N36 O; 1KYO F; 5DM6 V; 4JI1 B; 2EIN B; 4K0K O; 4AHC A; 1HNX B; 3K58 A; 2ZIN A; 4JZ2 A; 4I4T A; 4O2B A; 2UUC B; 4GKK O; 3ABK C; 3OM3 B; 4X1K B; 4DV0 O; 3G71 V; 4UVA A; 3OT7 A; 2Z0A A; 3K5L A; 1NH2 B; 5LYJ A; 2F4V O; 4LFC B; 4QPJ A; 5BXZ A; 5E79 Z; 3UCS C; 1GK9 A; 2P6J A; 5KHH A; 1AI7 A; 3KCX A; 4F4L A; 5A2Q N; 2DYS C; 4GX0 A; 1M56 C; 3IFX A; 3ZN1 A; 5JQG A; 3SYO A; 4YHH B; 4YIP A; 3JAW A; 1SER A; 3ZRX A; 1TVK A; 3OR7 C; 1L0L H; 5GON A; 4U3J B; 3B8N A; 3JAT B; 2Y4T A; 4KUM A; 3ZMT A; 1KBH A; 2BE3 A; 4KHP O; 4O2A A; 5EBM C; 3U11 A; 1AVM A; 2NR5 A; 3WG7 B; 1Q3E A; 2CTP A; 4MSW C; 1BHB A; 3AG4 B; 4RQF A; 1LUW A; 5IJ0 B; 3AG3 C; 1IBL B; 1G1X B; 3CHX A; 5L3E A; 3FX7 A; 4R8C A; 5BZB A; 4OX9 B; 2RCV A; 3OMA B; 3ZMS A; 2GSM B; 1M57 C; 2CGO A; 4X1K A; 4MTO A; 4PA3 A; 1R6N A; 3BVO A; 3E8F A; 5JJJ B; 3ETD A; 4JI5 B; 4DV1 B; 2JGU A; 3CME V; 1JVM A; 4NTW A; 3E22 A; 3JCZ A; 3WU2 Z; 1GM9 A; 2LQT A; 1B6Q A; 3L9D A; 4PA7 A; 4HAM A; 3PJS K; 2FYU H; 5KLV H; 3SJC C; 2OIE A; 1B06 A; 2H94 A; 1JJ2 U; 4IHJ B; 2A06 H; 4CZZ A; 4BIZ A; 3P3N A; 2AHY A; 2EZP A; 5H6Q A; 4FLZ A; 2V7Q G; 4U3J A; 3JAT A; 2CE4 A; 4YXW G; 3FB6 C; 4FZ1 A; 4AI8 A; 2B1G A; 3ZRV A; 1N4C A; 4B3R O; 4YY3 O; 3NXS A; 3G67 A; 3EHB B; 1YHQ V; 4I0X A; 4XDJ A; 2H3O A; 3K04 A; 3OTF A; 1V55 C; 4X20 B; 4XDK A; 2JDI G; 2IM9 A; 5IJ0 A; 2ZR2 A; 3DC6 A; 4I55 A; 2P90 A; 4IIJ A; 3LNN A; 3W7S A; 3UT5 B; 1BL8 A; 2F23 A; 2YIB D; 3FB7 C; 2HJD A; 2DN9 A; 3CS5 A; 1K4C C; 1AP6 A; 4HZ3 A; 1N34 O; 5LL6 Y; 1JMK C; 4F6R B; 3UKM A; 2XT9 A; 3I5D A; 4CS4 A; 3ETG A; 3SYC A; 1FPO A; 3E35 A; 4IHJ A; 3CCL V; 2NNU A; 1XUQ A; 4HBN A; 1S77 D; 2E74 B; 5GTH Z; 1VQ9 V; 3K5M A; 2WLJ A; 2P5O A; 4ZOL B; 2R70 A; 1OCZ B; 2HLD G; 1I5X A; 3JAK A; 4J11 A; 3BAA A; 5B66 Z; 1VIB A; 2Z5U A; 3DXR B; 2X0L A; 2ZE8 A; 1HR0 B; 5J2T B; 2L35 A; 3W7W A; 1FXK C; 2O57 A; 4X20 A; 2QM8 A; 1DLB A; 1PNM A; 1GN6 A; 1KP2 A; 3MHS C; 3ETQ A; 2Q6A A; 1K8A W; 4L8J A; 1Y76 B; 2W0F C; 4UXN A; 5H6R A; 3UT5 A; 1ZWI C; 4FM1 A; 1ZL8 B; 4J7Z A; 4UCU A; 3A2F A; 3OEE G; 1OCC B; 1H38 A; 3D3Q A; 1F23 A; 1PP9 H; 1HNZ O; 2JVD A; 1WB7 A; 1LR1 A; 4N21 A; 4JGS A; 1I94 B; 3JSN A; 5LA6 B; 4A5U B; 3F7V C; 3L70 H; 2OTJ V; 1IDS A; 4J80 A; 2EIK B; 4LCU C; 5EK0 A; 4DR5 O; 4B7K A; 4ZOL A; 2QTS A; 2A7W A; 2YEV B; 4CH3 A; 4P30 A; 4DV4 B; 1YIJ V; 4PV1 B; 3IC9 A; 3DXR A; 2Q4P A; 4UFZ A; 5K1P A; 3T1Y B; 2V1D A; 5LMN B; 4B7E A; 3A0B Z; 5LHG A; 1VMG A; 1H8E G; 2UUB O; 3STL C; 4U3F H; 3FYE B; 3K5O A; 5J2T A; 1IXB A; 2XND G; 4B3S B; 4H33 A; 3C90 A; 2HG5 C; 1MZE A; 1NTK H; 1ZTE A; 3K57 A; 1F4M A; 4Q6G A; 5IYD O; 1Y76 A; 3OEH G; 1VP7 A; 1GMG A; 2EUL A; 2Q68 A; 2HKO A; 4NXN B; 1BS3 A; 1L0N H; 1ZL8 A; 2GTA A; 1ZLZ A; 1K5Q A; 3GVM A; 2ZM6 B; 1SZX A; 4DR2 O; 4FJC C; 5EC2 C; 4AQY B; 3CB2 A; 1NI8 A; 4JI2 O; 4LF5 B; 1K4D C; 4LNU A; 2HHH O; 4DR4 B; 5DN6 G; 5LA6 A; 2QWR B; 3E89 A; 5JJE B; 1Z2G A; 3FFQ A; 3ZMZ A; 3ZMU A; 2QGN A; 4JI8 O; 2E5L O; 1K97 A; 3CSX A; 1JJO A; 1OCR B; 2JS3 A; 1GTO A; 1Y66 A; 2ZIM A; 2QDO A; 3FAV B; 1M93 A; 4MVM A; 4WFH A; 2Q73 A; 1OCR C; 3JAM N; 1VAR A; 1EN6 A; 3GWK C; 4TSF G; 4JTC B; 2Q7G A; 4BW9 A; 1XEQ A; 3HKC B; 3ASN C; 4K3A A; 1N32 O; 1N33 B; 1ARO P; 2OT5 A; 1XHZ A; 4R6Z A; 1UJW B; 3H1H H; 4DUZ B; 1FAF A; 5L3B A; 1H2N A; 1IBK O; 4ZKI A; 4FZ0 A; 3CCM V; 2ZE7 A; 1W59 A; 3EVK A; 3VQV A; 2K9P A; 4X89 A; 4X62 O; 5LGN A; 2UXX A; 2EX3 A; 2HJF C; 3AK3 A; 1WA8 B; 5IDJ A; 3JD0 A; 3SJA C; 4LFB B; 2EIL C; 3B40 A; 1QCE A; 4LH7 A; 1KUQ A; 4RUF A; 1WAZ A; 4JV5 O; 2QE7 G; 4FM0 A; 1TUE B; 2YIB A; 1E79 G; 1CEZ A; 1HW7 A; 4DR7 O; 1NQT A; 2GV9 A; 3FAV A; 4MS2 A; 2IU3 A; 2PYL A; 2JJ1 G; 3K59 A; 1XOU A; 2YXL A; 2ZT9 B; 4TWK A; 1QVF U; 3ABU A; 3OW2 U; 5BY1 A; 3G4S V; 4BW5 A; 3HKC A; 1XMO B; 1QU7 A; 4K35 A; 1DF4 A; 4H13 B; 2K1E A; 3UO2 A; 1GAX A; 5IJ9 B; 4DV7 B; 2QKA A; 2EJR A; 3TK1 A; 4FMT A; 3J81 N; 1QNM A; 1S3J A; 4DV3 B; 2XUM A; 4LF4 B; 4MVQ A; 2P4V A; 2R9I A; 3LDE A; 1EBO A; 3W7X A; 4EB6 B; 1KQS U; 1HP8 A; 1O9G A; 2B1I A; 1PL4 A; 2JEU A; 3W7U A; 4UVC A; 2Y0P A; 1JPX A; 5LHH A; 1QLE B; 2ZD9 A; 1NH2 D; 1Y6X A; 1CXZ B; 3CRM A; 2OIG A; 4WFG A; 4FK5 C; 4CH4 A; 4TV8 B; 5H2F Z; 1V54 B; 5IT9 N; 4FPP A; 1GM8 A; 5H9C A; 2CDY A; 2VWK A; 2Q9L A; 5EYP B; 5EBL C; 1SES A; 1KC8 W; 4FFK A; 5ITZ B; 2LO1 A; 4PA4 A; 1QBZ A; 2Q7H A; 4MW8 A; 1W2B U; 1HNW O; 1BT8 A; 2HP8 A; 4JI4 B; 2AZ0 A; 2HEP A; 3L75 H; 5L3D A; 1D2D A; 4IGG A; 2AZ2 A; 4GZR B; 5LGU A; 4LR3 A; 4QE9 A; 1AP5 A; 2JS5 A; 1AIL A; 3TXQ A; 4PI0 A; 3T4D A; 5IJ9 A; 3JD1 A; 1XMQ B; 1MA1 A; 2ADP A; 2YIA A; 2WA3 A; 1SA0 B; 1OZ0 A; 3CP1 A; 4NVP A; 3RVY A; 4EB6 A; 4DRX B; 4YJ3 B; 1BHA A; 2UXB B; 5CB4 B; 4DR1 O; 1XNR O; 3M8A A; 4CS3 A; 2XHB A; 4WFB V; 2B5U A; 4U7O A; 5TIS Z; 2KB1 A; 2Q69 A; 1QLN A; 1F7Y A; 4NYK A; 3SJQ C; 2X6B A; 3AK1 A; 2X6A A; 3RN4 A; 4TV8 A; 3IC7 A; 3BY6 A; 5FNV B; 4BIO A; 2KQX A; 3BA8 A; 2DYR B; 3O9O A; 1SQG A; 4BIU A; 5EYP A; 4X66 O; 2ETN A; 1YF2 A; 2DMX A; 3DGE A; 3CCS V; 2PI5 A; 5LMU O; 1YZB A; 2E75 B; 1FJG B; 2UXD O; 4MTF A; 5KMG B; 4P9O A; 2P22 C; 4DV2 B; 1TA8 A; 1ZSP A; 4CS2 A; 4LF9 O; 3WFV A; 1TUB B; 2HFE C; 1M5I A; 1SQB H; 3H1L H; 1GRJ A; 5BR8 B; 1SA0 A; 3RVZ A; 4IT5 A; 1WPB A; 2A3Q A; 2N04 A; 3CCJ V; 4YJ3 A; 2UU9 O; 5H5N A; 4GLX A; 4LF7 B; 3T4Z A; 1R6T A; 4UV8 A; 3ZED A; 5CB4 A; 1BGY H; 2DWD C; 4PI2 A; 1XNQ O; 2JK5 C; 3T1H B; 3OTO O; 1XBL A; 4K0K B; 3RYI B; 2IH1 C; 4LBE C; 4B08 A; 1NTM H; 5FL7 G; 3CXH F; 5FNV A; 1AJN A; 2YC0 A; 4DV0 B; 2PTM A; 2NN4 A; 1WNS A; 3QNE A; 2EIN C; 5IY5 B; 3G6B A; 2IJK A; 4JI7 B; 1HWY A; 1DGS A; 1TAE A; 1H2S B; 2DJV A; 1MSD A; 2FML A; 4LP8 A; 1H2K A; 2EIJ B; 4FFB B; 2F43 G; 3AG7 A; 3JAS B; 1HNX O; 4FLU A; 2ZKO A; 4LWS B; 5B3S B; 1TUB A; 3CEI A; 1FXV A; 1LUV A; 4GUN A; 5GW7 A; 5EC1 C; 1OCO B; 3ZJZ A; 1AB3 A; 3B77 A; 4WFA V; 4KHP B; 4KFM A; 4DV6 O; 4MVO A; 2WLN A; 5B1B B; 1IX9 A; 2AHZ A; 4QJF B; 1S5L Z; 4W4K A; 2B9Z A; 4YHH O; 3WG7 C; 3CWB H; 1I08 A; 3E8H A; 3SPI A; 1G4Y B; 1K73 W; 5C93 A; 3HR0 A; 1Q5O A; 5A9G A; 2JJ2 G; 3AG4 C; 1R3K C; 3RYC B; 2V4D A; 2D3O W; 1AJP A; 2CTR A; 1Z5V A; 3VBB A; 1OHH G; 2OWO A; 4FFB A; 2CUG A; 1MMM A; 5CMU A; 3JAS A; 4LH6 A; 3A8T A; 2UXC B; 2WPD G; 4L87 A; 2GHY A; 1EM1 A; 2LFR A; 4LWS A; 5F2V O; 4I7Z B; 3LSS A; 1IBL O; 4OX9 O; 3J7A U; 1VQL V; 1SZT A; 3VQW A; 1YIT V; 1PNL A; 4G27 B; 3X2Q B; 2WSS G; 4DV1 O; 4JI5 O; 1HDJ A; 4B3T O; 3OUF A; 5AG2 A; 1Q86 W; 3X2Q C; 3L72 H; 4G28 B; 2Q5Z A; 3ZHU A; 3G80 A; 1W0J G; 2WLL B; 4B3R B; 1PV0 A; 4YY3 B; 4JZG A; 2L6L A; 1UFI A; 3H1K H; 3CRR A; 2GDS A; 4OPH A; 1KKC A; 5D5Q A; 5CN0 A; 4NXM O; 1CPY A; 1SET A; 4WBN B; 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3JYC A; 4G2K A; 4O4J B; 1WPX A; 4O4H A; 1ENV A; 2ZE5 A; 2YUA A; 1ZUQ A; 2LP7 A; 4GCZ A; 5FPR A; 1GN2 A; 2LGQ A; 5E1A C; 3T1Y O; 4B3M O; 5CA1 B; 1SC5 B; 3E86 A; 3BRC A; 3CRC A; 1FYJ A; 3JD3 A; 2ZIO A; 3CXC U; 2HHH B; 4R7C A; 4UB8 Z; 2CAZ C; 4KXR A; 4JTD B; 3THO A; 3OGC C; 1VQK V; 4DV5 O; 2E5L B; 3JAL B; 3SPH A; 1RM1 B; 3I55 V; 1I5Y A; 3FB5 C; 2ZXW B; 1Q90 D; 5FLX N; 1KMI Z; 4NXN O; 1MG1 A; 3N2K A; 1RM1 C; 4YJ2 B; 2YEV A; 2QWO B; 1RPO A; 4WF9 V; 1NBM G; 2ZM6 O; 2WLH A; 3QO7 A; 4AQY O; 3D3I A; 1X59 A; 1N32 B; 3ABL B; 1MNG A; 3JD4 A; 3OUS A; 5B1A B; 1E1R G; 2A0L A; 3ASO B; 2VQE B; 3S3W A; 5B1A C; 1RSO B; 3H1I H; 4O4J A; 1IBK B; 1BQZ A; 2ITC C; 4CH6 A; 1SS3 A; 1P49 A; 4X64 O; 3TGU H; 4DYL A; 3QG5 A; 2FL4 A; 3SPG A; 5CA1 A; 1N33 O; 4GX2 A; 1S0V A; 4YIO A; 2N74 A; 4JV5 B; 5EZY B; 3H1J H; 1S5H C; 4DW1 A; 3CRA A; 3JAL A; 2OTL V; 3OE7 G; 2IJH A; 3M7M X; 1JQ0 A; 4X65 B; 1JA8 A; 3R66 A; 1SF9 A; 3QF7 A; 4PHZ A; 4YJ2 A; 3ETE A; 4GYC B; 3B8M A; 3VOU A; 1XDC A; 4K8Z A; 1SKV A; 5IYB O; 4LFB O; 3C3S A; 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