The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
79
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structure length |
79
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Chain Sequence |
GAMEQEAIQRLRDTEEMLSKKQEFLEKKIEQELTAAKKHGTKNKRAALQALKRKKRYEKQLAQIDGTLSTIEFQREALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
|
| source organism |
Homo sapiens
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| publication title |
Cc2D1A is a Regulator of Escrt-III Chmp4B.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B
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| total genus |
38
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| structure length |
79
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| sequence length |
79
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-12-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | ESAT-6-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3OGI B; 2AZ0 A; 3GWK C; 2DE0 X; 2VRZ A; 3G80 A; 1WA8 A; 1WA8 B; 3ZBH A; 4GZR B; 3HR0 A; 3TXS A; 3GVM A; 3TXQ A; 4ABM A; 2KG7 B; 2KG7 A; 4I0X B; 4I0X A; 3O9O A; 4LWS B; 2VS0 A; 3FD9 A; 4LWS A; 2AZ2 A; 2B9Z A; 3Q4H B; 3Q4H A; 3FAV B; 3FAV A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5KHG A; 4IT5 A; 3QTC A; 4A5U B; 3DXR A; 1QLE C; 1RPO A; 4DYL A; 4MVU A; 3CCU V; 4K35 A; 4B3T B; 5BR8 B; 3TET A; 4FMT A; 5BZB A; 4LWS A; 1N4C A; 1NR1 A; 1RM1 B; 2K9P A; 1RSO A; 4JI5 O; 1NKD A; 3E8B A; 3BY6 A; 1YVW A; 1AJQ A; 3SYA A; 4JV5 B; 1QVF U; 1V55 C; 1S5H C; 4JI7 B; 1WAZ A; 4LF6 O; 5L3F A; 4K8Z A; 4WFE A; 4KXR A; 2IU3 A; 4PEL A; 4CH4 A; 3F7Y C; 1NBM G; 3WB2 A; 4JI0 B; 3CXH F; 3K04 A; 1VAR A; 2B9Z A; 3CWB H; 4DV6 B; 3QO7 A; 2LFS A; 3BA9 A; 1PNL A; 4DW1 A; 2E74 B; 1FAF A; 1ARO P; 3G71 V; 5B1A C; 1N34 O; 2E5L B; 1QBZ A; 1SET A; 4X1Y A; 1M93 A; 4GCZ A; 1SRY A; 2V1D A; 3K59 A; 4ZI7 A; 1U96 A; 3CMA V; 4DK0 A; 2R9I A; 1S77 D; 5LXT B; 1GK9 A; 4FFB A; 5C8Y B; 4ASU G; 1YJ9 V; 2RDC A; 1H2S B; 4BWA A; 2JGD B; 3HKB B; 4YJ2 B; 1WA8 A; 1K5Q A; 1B6Q A; 5LYJ B; 1YEW A; 2ZT9 B; 4FM1 A; 1OHH G; 2HKO A; 2GSM B; 3K08 A; 4MTO A; 4X20 A; 4JAU A; 4I55 B; 4GT1 A; 1PL4 A; 2QWR B; 3AG1 B; 4MVS A; 3S3X A; 3JAM N; 2CTW A; 3B40 A; 2GV9 A; 3N2K A; 1YI2 V; 2PUS A; 2GUZ B; 2JDI G; 4Z2W A; 1IXM A; 1KKD A; 4J7K A; 4KHP B; 1AB3 A; 2KG7 B; 2WLI A; 3ASN B; 4DRX A; 2E75 B; 5CA1 B; 1Q3E A; 4DV2 B; 3K9S A; 2FYU H; 1XMQ B; 1NH2 B; 5CB4 A; 4R6Z A; 4CBC A; 4JI6 O; 4ZOL A; 1AP5 A; 3CCJ V; 4DV5 B; 4NKG B; 3G80 A; 2ZNI A; 5JJE B; 4FZ0 A; 2EIM B; 1NH2 D; 4B3S B; 2LGW A; 4YIO A; 5KUM A; 1PL0 A; 3K3W A; 4DR3 O; 2P67 A; 2W6I G; 1VQP V; 4MS2 A; 2WA4 A; 2QTO A; 1WB7 A; 4TT3 G; 1EN5 A; 4UV8 A; 2E76 B; 4CS4 A; 3FYI B; 2EZP A; 4NB5 A; 2ATK C; 1XIL A; 2L6L A; 1SZT A; 4E4E A; 4DO2 A; 3UM7 A; 2M7W A; 2X6C A; 4JI2 B; 3AK2 A; 4PDV A; 5DEC A; 3LNM B; 2LJ2 A; 4U3F H; 2ZDI A; 3CPW U; 4TOI A; 1SA0 A; 3LSQ A; 1ZX3 A; 5LHG A; 2UUA O; 4DV4 O; 4O4I A; 3W7T A; 5LXT A; 1XI1 A; 4OGQ B; 5J2U B; 2ZM6 O; 1Q82 W; 1HW7 A; 3ZHS A; 1KKC A; 1D2D A; 2Q0O C; 2JGU A; 2JGD A; 2ZXW B; 1PM9 A; 3HKB A; 1HNZ O; 2Y4U A; 1QR8 A; 4BW5 A; 4RQF A; 3CS5 A; 1Z5V A; 1E1R G; 1ORQ C; 5LYJ A; 1K92 A; 3GVM A; 2CH7 A; 1I94 O; 4GKJ O; 4I0X B; 4LF6 B; 4G27 B; 5IDJ A; 2EJ7 A; 2Q6A A; 1R3I C; 2QM4 A; 4JTA B; 5GW7 A; 1KD1 W; 4I55 A; 4J10 A; 1R6K A; 3CME V; 2EIL B; 4EFB A; 1OCZ C; 1Z5W A; 4W4K A; 3JAS B; 2HEP A; 1OV9 A; 2GUZ A; 4JZ2 A; 2NN4 A; 3E2E A; 2YI9 A; 2JJ1 G; 2Q69 A; 2LFR A; 1H2K A; 3SPG A; 2CUG A; 1M56 C; 2KG7 A; 4N23 A; 4PJ0 Z; 4DW0 A; 3D36 A; 2EBO A; 3OR6 C; 1B06 A; 5CA1 A; 1VQN V; 1O9G A; 2EIJ C; 1NTM H; 1AP6 A; 1B04 A; 3SJQ C; 4GYC B; 4PA7 A; 3AG7 A; 4X66 O; 4G2K A; 1XNR O; 5B1N A; 1M1K W; 1OCR B; 4YJ3 B; 2PI4 A; 1SC5 B; 3HKC B; 1LR1 A; 4J9Z B; 4DR5 B; 3G6E V; 1VQO V; 4ZBM A; 1YJN V; 5IYZ B; 3OMA B; 3P32 A; 2Q5Z A; 2Q4P A; 3SYO A; 3ABT A; 3CCL V; 2K1E A; 1YIJ V; 2D3O W; 1GN6 A; 3KZI Z; 2RMK B; 1Y76 B; 3BAA A; 2DWE C; 3J80 N; 2PY5 A; 4MVQ A; 5EIB C; 1JA8 A; 2P06 A; 1XEQ A; 2Y69 C; 3ML0 A; 4PD4 F; 3SJB C; 3E8H A; 3OAA G; 1MA1 A; 2QTS A; 2Q68 A; 1NTZ H; 4Q6G A; 5GON A; 3JD3 A; 3DSQ A; 1VP7 A; 3N27 A; 4KL1 A; 3K79 A; 1URF A; 1K97 A; 5KA6 A; 4BW9 A; 1XRE A; 4Q20 A; 1FPO A; 1H38 A; 3RYF B; 1GAX A; 2ZE5 A; 4U3J B; 3OD4 A; 3CB2 A; 3CD6 V; 1FFT B; 4DV0 O; 1VQL V; 4LF4 O; 4Z1V A; 4O2B B; 1YCI A; 2PF4 E; 4UCS A; 3HPL C; 3JAK B; 4I0X A; 4J42 A; 5EC1 C; 3WFV A; 1KC8 W; 2UXD B; 2CTR A; 3LUT B; 1QCE A; 5KHK A; 3AG3 B; 1SQX H; 4X1I B; 3JSN A; 3JAS A; 5JWP A; 1Y4M A; 1XMO O; 1MG1 A; 4CZZ A; 3RGB A; 2X0L A; 2YIB D; 1VQ8 V; 3D8C A; 3AEI A; 3JSL A; 1BZK A; 2EIK C; 2UUA B; 5IJ0 B; 1SQG A; 3H1L H; 4DV4 B; 4ZIB A; 3FAV B; 4IYH A; 1L0L H; 2OCC B; 1R3K C; 2ZM6 B; 1MMM A; 4IHJ A; 2HVK C; 2EZO A; 3ZHQ A; 5J2T B; 4UCO A; 1HNZ B; 4D7S A; 3QVN A; 4WBN A; 4YJ3 A; 1SER A; 1ZTE A; 4JI3 B; 1H2M A; 2UUB O; 2GDS A; 1I94 B; 4GKJ B; 2QKS A; 4J7J A; 3CYO A; 3H01 A; 1YIT V; 1I08 A; 2DN9 A; 1CPY A; 5TIS Z; 3ZMV A; 2JEU A; 4LF5 B; 1GO3 F; 1I5X A; 4LCU C; 4GKK O; 2PYL A; 1AI7 A; 3G4S V; 2GBO A; 1L0N H; 1NJI W; 1Y76 A; 5LA6 B; 1P7G A; 2LW1 A; 2P6J A; 3AG2 B; 3OR7 C; 3T1Y O; 3O65 A; 3T4Z A; 1JJO A; 2QWQ B; 2PI5 A; 3A0R A; 4XDK A; 1G6U A; 5IWA O; 3P30 A; 4MVZ A; 2ZNJ A; 4PI0 A; 1SZX A; 1Q86 W; 1PD3 A; 3AK3 A; 4HYO A; 2CGN A; 3NR7 A; 2CE4 A; 4RO2 A; 1N8R W; 1K73 W; 2PZS A; 4X66 B; 1IDS A; 3OUS A; 1EN6 A; 1BL8 A; 1XNR B; 3HKE A; 2XAS A; 1LUW A; 1G1X B; 3BHP A; 4YHH O; 4DR7 B; 1WPX A; 1MZE A; 1NS1 A; 3RYF A; 4U3J A; 3C3S A; 2HR3 A; 2PGG A; 4O2B A; 3NXS A; 4DV1 O; 2IJK A; 3CC4 V; 2EX3 A; 2XAQ A; 3JAK A; 4ZI7 B; 4DV3 B; 2UXX A; 1VQ4 V; 1YXB A; 5LP6 C; 4BIO A; 4DR2 O; 2DWD C; 1MZF A; 5K1X A; 4FFB B; 2DJV A; 4MTG A; 4B08 A; 1Q6U A; 2HLD G; 4DK1 A; 2A9H A; 2R9R B; 1TVK B; 1OCC C; 4X1I A; 3QNE A; 1VQ5 V; 3SYC A; 1WA8 B; 4TV9 A; 3HR0 A; 4I5S A; 5FNV B; 3RYC B; 3U11 A; 1M9N A; 2KB1 A; 3AG1 C; 1M57 B; 2AHY A; 5IJ0 A; 3L9D A; 5EK0 A; 3FAV A; 1SQV H; 1VQK V; 1IBL O; 4QPK A; 1YJW V; 3AG4 B; 1KQS U; 3T1C A; 3N2K B; 4FZ1 A; 5J2T A; 1WN7 A; 3D36 C; 4O4L B; 2QEX V; 5B1B B; 3W7S A; 4XDJ A; 2CDY A; 2WLI B; 3MHH C; 3CP1 A; 4LF4 B; 4LF9 B; 4F6R B; 3SR2 C; 1BMF G; 5IYD O; 3CEI A; 3S3W A; 4UCT A; 2EIM C; 1N33 O; 1VF6 C; 3RVY A; 2VWK A; 2E3C A; 4ZOL B; 4H37 A; 1D5N A; 3CCQ V; 2YC0 A; 2ZR3 A; 4EKW A; 5EBL C; 4FM0 A; 4GLX A; 3W7W A; 2VWJ A; 4NTY A; 2Z0A A; 3WB0 A; 5LA6 A; 2CTP A; 2H8P C; 3HB3 B; 4PI2 A; 3ASO B; 3J7A U; 4CH6 A; 2CTQ A; 2W0F C; 2JEX A; 1CEZ A; 4CH3 A; 3E22 B; 3IAY A; 3K5N A; 1FKA O; 1SS3 A; 1RPR A; 4DR1 O; 2QWP B; 3TXQ A; 3OE7 G; 5LOV B; 3CX5 F; 4CC5 A; 1LNQ A; 5L3G A; 2Q73 A; 4LH7 A; 2IJJ A; 2BE3 A; 1US6 A; 1GM9 A; 3RWR D; 3VQY A; 4QJF B; 4YIP A; 2UUB B; 4X89 A; 1BGY H; 3ETD A; 4X62 O; 3ZRX A; 3ABK C; 2YS8 A; 3BFR A; 3IC9 A; 3VQV A; 5LMU O; 2IH3 C; 1QVG U; 5BMV B; 3IFX A; 1Q81 W; 1KUQ A; 4BR6 A; 2QDO A; 1SA0 B; 2JS5 A; 2G38 A; 3K0G A; 3VQW A; 4O4I B; 3CXC U; 4P9O A; 5IT9 N; 3T1Y B; 3CCE V; 3M7M X; 2ADP A; 1TVK A; 5IWA B; 1UJW B; 4X1K B; 4JI1 B; 1Q43 A; 2ILM A; 1GM7 A; 2VQE O; 4MW3 A; 1W2B U; 5FNV A; 2CH7 B; 2X6B A; 3RYC A; 1NVP B; 4NTW A; 4LNU B; 3ETE A; 3E86 A; 4CS2 A; 3MD0 A; 1K5S A; 2HJD A; 4YHH B; 4I9W A; 2X7R B; 2EJR A; 4CC6 A; 1OZ0 A; 3OUF A; 3W7X A; 3L72 H; 4O4L A; 5GTH Z; 4JAV A; 5KX5 B; 5IYC O; 2Y48 A; 5L3D A; 3FYE B; 3ZIA G; 4F6R A; 4DV1 B; 2GHY A; 1H2L A; 2WWW A; 4DR2 B; 4X9Q A; 2WSS G; 3L75 H; 4RUF A; 2IBZ H; 3SDL A; 2HVJ C; 3ETQ A; 1BQZ A; 3E83 A; 4UVA A; 5FLX N; 4BIU A; 1KP2 A; 2ZIM A; 2XT9 A; 2DOS A; 2BCC H; 3DTU B; 1JOY A; 3ZMZ A; 3JD2 A; 5CA3 A; 3F7V C; 4PV1 B; 2IM9 A; 2C2A A; 2A06 H; 3X2Q C; 3TCU A; 2GTS A; 4LP8 A; 3BVO A; 4OXS A; 3E22 A; 4O4H B; 1IBL B; 3RYH B; 1SQP H; 2Z5U A; 4UB6 Z; 4B7E A; 1QLE B; 4ABM A; 5LOV A; 4I9Q A; 1K8A W; 2A79 B; 4FM2 A; 4DR6 O; 3ICX A; 3EFF K; 4LFC O; 1R1B A; 1BHB A; 1K4D C; 2ZIO A; 1N33 B; 5A9G A; 1BCC H; 1MNG A; 1QU7 A; 1HNX O; 4F6E A; 5BMV A; 1TA8 A; 5GON B; 3PJS K; 3TJT A; 5DM6 V; 4YY3 O; 1PNM A; 3EHB B; 2Z3Y A; 3ETG A; 5JCO C; 3JD0 A; 5H5N A; 2KQX A; 1IBK O; 4QIW F; 1SQF A; 3ZN0 A; 3CHX A; 4JI5 B; 1N0J A; 4X1K A; 4TUY A; 4ZHQ A; 2ODM A; 5EYP B; 5ITZ B; 1TUB B; 3G67 A; 5B1O A; 1ZSP A; 2JJ2 G; 4MTF A; 5B1A B; 4LNU A; 3B8M A; 2EIN C; 2HHH O; 2HG5 C; 4JYB A; 1RFY A; 2DMX A; 2JRI A; 3K06 A; 4NYK A; 4B7K A; 4UFZ A; 3RN4 A; 1FYJ A; 4HZ3 A; 2QM8 A; 1G4Y B; 5LMU B; 5KX5 A; 5EBM C; 2IW5 A; 3WG7 B; 1IX9 A; 1N34 B; 4FK5 C; 3B09 A; 3C3T A; 2OIE A; 3ZX6 A; 3AK1 A; 3UKM A; 5EBW C; 2AZ2 A; 4I7Z B; 4IGG A; 5H2F Z; 5L3B A; 1IUR A; 1E1Q G; 2BTO A; 1P49 A; 2VQF O; 4IHJ B; 4BIZ A; 5DN6 G; 1F4N A; 1K7D A; 2WA3 A; 5DED A; 1P7B A; 2F43 G; 4J7Z A; 2ZQM A; 1JCH A; 4EFE A; 4WBN B; 2VQE B; 2JIZ G; 4QE7 A; 3CRM A; 4NVP A; 2QA4 V; 4ICG A; 2B1I A; 4DUZ B; 2LP7 A; 5B5E Z; 1VF5 B; 2NNU A; 1W0K G; 1JQ0 A; 1XL6 A; 2ADQ B; 3OMN B; 4JAA A; 4D6T H; 4O4H A; 1XL4 A; 4HBN A; 2O57 A; 1DTO A; 2XOK G; 3RYH A; 1P4R A; 3AG2 C; 2B1G A; 2UXN A; 4FLY A; 2PYJ A; 4JYA O; 2F23 A; 4AI8 A; 1K34 A; 2NLJ C; 1W0J G; 3LSS A; 3E35 A; 5KLV H; 4DR4 O; 5LHI A; 1KU9 A; 1QQC A; 4N21 A; 1N36 O; 2RQ6 A; 4GX5 A; 4JI4 O; 3OT7 A; 1ZLZ A; 5IYB O; 3P3P A; 3F5W C; 3SPJ A; 4JI6 B; 2V4D A; 1TUE B; 1V54 B; 1FXK B; 3HKE B; 1T5E A; 1EBO A; 1I0H A; 1OJH A; 2OCH A; 4RQE A; 4DR3 B; 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3GWK C; 4OX9 O; 4UB8 Z; 4LF7 O; 3A8T A; 2IJI A; 2VQF B; 4PDL A; 1SQQ H; 1H8H G; 3JAR B; 1FXK A; 1OCO B; 3KKY A; 3BAB A; 2Q67 A; 4Z1M G; 2ZCE A; 4QGP A; 4HNA B; 2ZDI C; 1IZ3 A; 4MVM A; 4P2Z A; 1ZWI C; 5LHH A; 2OTL V; 1XUQ A; 2JVD A; 5LBQ A; 2JK5 C; 5GTI Z; 2QR4 A; 3N2G B; 4LF8 O; 3SJA C; 2QWO B; 2EUL A; 2Y69 B; 3H1J H; 3QO8 A; 5CN0 A; 2H3O A; 1X4T A; 4AHC A; 1THZ A; 1M90 W; 4OPH A; 3UT5 A; 4JYA B; 3JAT A; 5F2V O; 2QSA A; 3DC5 A; 4UUJ C; 3Q4H A; 5KMG A; 4DR4 B; 4JI8 O; 2XAF A; 4FLZ A; 1N36 B; 2YSU B; 4LC1 A; 3SYP A; 1F23 A; 1M4U A; 2XAJ A; 1Q5O A; 3GWO A; 2WLN A; 5JVD A; 3FB6 C; 2Q0A A; 2NR5 A; 2MW2 B; 2BSK B; 5B3S B; 4NXM O; 4PA6 A; 4KFM A; 3CCS V; 1JVM A; 1PKX A; 1AVM A; 1GN3 A; 2ZE7 A; 4J80 A; 2RJZ A; 3ABU A; 4NTX A; 3ASN C; 5BY1 A; 2AW9 A; 4JTD B; 5KHI A; 4K3A A; 2L35 A; 3CC2 V; 4DV0 B; 3CCV V; 4D7T A; 2F1M A; 2DW4 A; 4WFB V; 3K5O A; 1XDC A; 1BT8 A; 4LFB O; 1E79 G; 1W59 A; 1EZV H; 3R65 A; 3CRC A; 3K9A A; 4CS3 A; 1DF5 A; 3PN1 A; 2XTA A; 1XMO B; 4TV8 A; 3ZCC A; 5JH7 A; 4JI2 O; 1WP8 A; 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