The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
38
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sequence length |
79
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structure length |
79
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Chain Sequence |
GAMEQEAIQRLRDTEEMLSKKQEFLEKKIEQELTAAKKHGTKNKRAALQALKRKKRYEKQLAQIDGTLSTIEFQREALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Cc2D1A is a Regulator of Escrt-III Chmp4B.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Protein transport
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| molecule keywords |
CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN 4B
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| total genus |
38
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| structure length |
79
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| sequence length |
79
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-12-08 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Helix Hairpins | ESAT-6-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3FAV B; 2B9Z A; 3Q4H A; 1WA8 B; 1WA8 A; 3G80 A; 4GZR B; 3HR0 A; 3TXS A; 4ABM A; 2AZ0 A; 3Q4H B; 4I0X B; 3GWK C; 2AZ2 A; 3FD9 A; 3O9O A; 3OGI B; 3GVM A; 2KG7 B; 3FAV A; 2VS0 A; 3ZBH A; 4I0X A; 3TXQ A; 4LWS A; 4LWS B; 2VRZ A; 2DE0 X; 2KG7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4N21 A; 2A06 H; 3ICX A; 1HNZ B; 4MTF A; 2AXT Z; 3HKC B; 2XAH A; 3UO2 A; 1S72 V; 4DUZ B; 2Q7H A; 4P30 A; 3STZ C; 4DR3 B; 4DXW A; 3N2G B; 4I0X B; 1XDC A; 2JEX A; 3L71 H; 2ZCE A; 2Y0I A; 3CCV V; 4DV3 O; 3VQY A; 1K92 A; 3L70 H; 5H5N A; 1WB7 A; 1MZE A; 1TUE B; 1GM8 A; 4LR3 A; 1VP7 A; 4X9Q A; 1GN2 A; 4MTG A; 3VBB A; 2N04 A; 5LYJ B; 3U0Z A; 2WLN A; 3UCS C; 2Q68 A; 1ZX3 A; 4JTC B; 5A2Q N; 4WFE A; 4MVU A; 5BXZ A; 3RT3 C; 2VQE O; 2QR4 A; 3TJT A; 4EB6 B; 4AQY O; 4OPA A; 4U3J A; 3IC7 A; 3M7M X; 3ZCC A; 5CBF A; 4DK0 A; 2VWK A; 3LSS A; 2QTS A; 2UUC O; 1IDS A; 2GTS A; 1WA8 B; 5LMU O; 1VF6 A; 3RN4 A; 3ETQ A; 2WA3 A; 5EC2 C; 3ZRW A; 4B08 A; 1MAB G; 2XAQ A; 2DYS B; 3FD9 A; 1XIL A; 2QDO A; 3ZBH A; 2DOS A; 3L72 H; 1BL8 A; 3I5D A; 1HR0 B; 3B40 A; 1Q7Y W; 3LNM B; 3LNN A; 2QWR B; 4QE7 A; 4LFA O; 4ZI7 B; 3SYA A; 1YJN V; 1LUW A; 3ZX6 A; 4LP8 A; 1VMG A; 1I5Y A; 4YHH B; 4O4I B; 1BS3 A; 1GTO A; 1MG1 A; 4CH6 A; 3UO3 A; 3ABK C; 2WLH A; 1G1X B; 2GDS A; 1NJI W; 2QKA A; 3RBZ A; 4UCS A; 4QE9 A; 2VRZ A; 1JR9 A; 4JAA A; 3RFR A; 4GCZ A; 1HDJ A; 2NLJ C; 3RWR D; 2VQE B; 3MHH C; 4MVM A; 3M99 B; 2ZNJ A; 4B7K A; 1PV0 A; 2ZIM A; 3ZMS A; 1SQP H; 2D3O W; 3JCU Z; 1PD3 A; 3ZHU A; 2B1I A; 4BW5 A; 1FXK C; 1Q8I A; 4I55 B; 3AG2 C; 5D5Q A; 5GTI Z; 4A5U B; 1AR4 A; 1FJG O; 4KHP O; 4LF6 B; 3UM7 A; 5L3G A; 3K5L A; 1H2L A; 3OEH G; 4O2B A; 1N4C A; 3WG7 B; 1HWY A; 1MZF A; 1SQV H; 2YC0 A; 4Z1M G; 3ZED A; 1Q82 W; 2Q69 A; 1EN5 A; 3K06 A; 4D7T A; 3D3I A; 3HKD B; 5LOV B; 1WPX A; 1WPB A; 3QG5 A; 3ZHQ A; 3APO A; 5BR8 O; 1S76 D; 2JS5 A; 2Q0A A; 3D3Q A; 5LHI A; 3G4S V; 4QIW F; 2RNB A; 1VQ6 V; 1ZSP A; 5L3E A; 1TUB B; 3H1L H; 2UXB O; 2OTJ V; 4RWU A; 4PDR A; 2PYJ A; 5LOV A; 3BEH A; 1YDX A; 4DV0 B; 3J81 N; 4FLZ A; 2GSM B; 4CH5 A; 1H2S B; 3HKD A; 4MTO A; 4XBF A; 3W7U A; 3CCE V; 1G6U A; 2Y4T A; 5JCO A; 4CZZ A; 3ETD A; 4JV5 O; 1JJ2 U; 3DC5 A; 1R6K A; 2IU0 A; 3AG3 C; 2C2A A; 2CE4 A; 1W0J G; 2O57 A; 3WFV A; 3F7Y C; 5IY5 C; 4DUY O; 3FAV A; 3ZRV A; 1Y74 A; 3ABK B; 5LXT B; 1QLE C; 1BQZ A; 5CA0 B; 2EIM C; 5LA6 A; 3BRC A; 2EIN C; 1QCE A; 4DO2 A; 1I94 B; 1EZV H; 4KUM A; 4YIO A; 3ASO B; 2Q6A A; 2W6I G; 4ZHQ A; 1W2B U; 1FYJ A; 3WB2 A; 4ZI7 A; 1YIT V; 2Q67 A; 5B5E Z; 1M1K W; 1H38 A; 2WPD G; 1BHB A; 3K3W A; 3APQ A; 2LW1 A; 2FB5 A; 1L1F A; 4RAI A; 3JAS A; 4LF9 B; 5FLX N; 1NTZ H; 2ADQ B; 2JGD B; 3FYI B; 1GK9 A; 1SQF A; 3CHX A; 1QNM A; 1KKD A; 3CE2 A; 5KA6 A; 2KQX A; 5B1N A; 1GN3 A; 1R3K C; 3SYC A; 1NVP B; 1Q43 A; 2LFR A; 3H1H H; 3B2E E; 4K0K B; 4EEQ A; 3CJH B; 1DF5 A; 3ZN0 A; 4DV5 B; 5IYC O; 3SPG A; 5A9G A; 3CME V; 3B09 A; 3PJS K; 4J42 A; 1RFY A; 1AP5 A; 4RUE A; 1A32 A; 5B66 Z; 1W59 A; 4DV6 B; 5LXT A; 3JAL B; 2B9Z A; 3Q4H A; 2Y69 C; 1CPY A; 1FPO A; 1VQK V; 1H2N A; 4X62 O; 3RGB A; 1QR9 A; 3FB8 C; 3OTO B; 1WP8 A; 3ZRW B; 2QGN A; 4LF4 O; 1K4C C; 2WLJ A; 5K1X A; 3IAY A; 1NVP D; 1F4N A; 3SPJ A; 2XT9 A; 4GKK O; 3E83 A; 2A7W A; 2W0F C; 1EZJ A; 5DED A; 1PKX A; 4MS2 A; 3ZJZ A; 5JVD A; 2BE3 A; 3GWK C; 1WAZ A; 4B3T B; 2QKS A; 1F51 A; 3NR7 A; 4B3R O; 1Q90 D; 2ZE7 A; 3CXC U; 2NN4 A; 4DR7 B; 5CBH A; 3RYI A; 1TVK A; 2Y4U A; 2YID A; 1PNM A; 5L3D A; 2DWE C; 1JA8 A; 5JJE B; 3HR0 A; 2Y48 A; 1Y74 B; 2AZ0 A; 1JX9 A; 4DV6 O; 4G28 B; 5IJ9 B; 2IJK A; 1VQN V; 2JVD A; 2A0L A; 3JCZ A; 3TCU A; 4NTX A; 3OFN G; 2P06 A; 4O2B B; 3OAA G; 2D2C B; 4K8Z A; 4YJ3 A; 5H6Q A; 3FB7 C; 4H44 B; 4E2L A; 3OEE G; 4FZ1 A; 2ZXW B; 2QM4 A; 1JMK C; 3D8C A; 2P67 A; 1MSW D; 5KMG B; 4LF7 O; 3D36 A; 1PPJ H; 1E1R G; 1SC5 B; 3OTO O; 2IJH A; 3LDC A; 1VEW A; 1IZ3 A; 1K97 A; 4TQD A; 4X66 B; 3T1C A; 3R66 A; 1FXK B; 1JPX A; 3ABM B; 3J80 N; 3U10 A; 1S3J A; 4WFA V; 2Z5U A; 3QO7 A; 5J2U A; 5KHG A; 2FYU H; 5BMV A; 1HR0 O; 3CP1 A; 2HJF C; 3BA9 A; 4PA6 A; 5EBL C; 2ODM A; 4UB8 Z; 1KUQ A; 1URF A; 1H2K A; 1IBL B; 1T5E A; 1JVM A; 1G8M A; 5K1P A; 4QPJ A; 3BFR A; 5GTH Z; 4UUJ C; 3AEI A; 3CRA A; 5EC1 C; 5LA6 B; 2ADP A; 2Y69 B; 4NXN B; 2YI8 A; 3HKE A; 3TXQ A; 1XL4 A; 2L6L A; 3C3S A; 4JI1 O; 5FNV A; 1R3L C; 4D6T H; 1DK1 A; 4UCR A; 2LJ2 A; 3L73 H; 4ZOL A; 5LP6 C; 3N27 A; 4PA7 A; 4MVQ A; 3EVK A; 3T1H B; 3FX7 A; 3ML0 A; 3AK3 A; 4DV7 O; 2LP7 A; 1P7B A; 1UFI A; 4KL1 A; 3RYH A; 2YXY A; 4KHP B; 1DF4 A; 1AJP A; 1AR1 B; 2HFE C; 1RP3 B; 3IFX A; 4I4T A; 3E8G A; 4WFF A; 2JGD A; 3F7V C; 2E75 B; 1LR1 A; 4GKJ O; 2WA4 A; 4PEL A; 2ZXW C; 5DEC A; 2IM9 A; 2Q9L A; 2R9A A; 1CXZ B; 4K35 A; 1GM7 A; 1QLE B; 2HVJ C; 4UVA A; 2AGA A; 1KKC A; 2RMK B; 1ZL8 B; 4JTD B; 4LFB O; 4XDJ A; 3TET A; 3EFF K; 2DQ0 A; 2Q4P A; 3ZN1 A; 3QO5 A; 3FFQ A; 1OCZ B; 4UCT A; 4JGS A; 2P90 A; 4DR1 O; 5B1A C; 1YZB A; 3CEI A; 4PDM A; 5JJJ B; 2BOC C; 5CB4 A; 4JAS A; 5IYB O; 2EIN B; 2ITD C; 2ZDI C; 1R3I C; 4H33 A; 3T1H O; 3AG4 B; 4I50 B; 4BWA A; 5E79 Z; 3CX5 F; 3BAA A; 3QVN A; 2N05 A; 2LGQ A; 4J9Y B; 4FLU A; 2YI9 A; 4IYI A; 5LMU B; 1B04 A; 3E8B A; 2F23 A; 5EIB D; 3DSQ A; 5IT9 N; 3TXS A; 3RYF A; 2LQT A; 3BVO A; 1XL6 A; 5FNV B; 1K7D A; 2UXC B; 3JAK A; 4DV2 O; 3T4D A; 3E8H A; 2R70 A; 4TV8 B; 4CC5 A; 2M7W A; 4DR4 O; 1UPG A; 3JAR B; 2DMX A; 2CTR A; 2JRI A; 4LH7 A; 4H13 B; 1D2D A; 1TUB A; 5IJ0 B; 5CB4 B; 2ARH A; 4DK1 A; 2EJR A; 4G2K A; 1KB9 F; 4JI8 O; 1OJH A; 3X2Q B; 4G27 B; 3K58 A; 4FZ0 A; 1AR5 A; 1QU7 A; 1BMF G; 1LUV A; 3F5W C; 1VQ4 V; 2B5U A; 2OCC B; 2CH7 B; 2P22 C; 5LYJ A; 1XHX A; 2EIL C; 3DGE A; 2ZD9 A; 4BR6 A; 3OM3 B; 1K5S A; 5BY1 A; 4WCE V; 4JPR A; 3RVZ A; 3E22 B; 1Q81 W; 4X1I A; 2Q0O C; 4PDV A; 3IGA C; 1JCH A; 1H2G A; 1HNW B; 3AG3 B; 4LF5 O; 4JTA B; 2N74 A; 2FL4 A; 5JJN B; 2WLK A; 4GUN A; 5C8Y A; 5KUM A; 4AHC A; 5EYP A; 2E3C A; 1N36 O; 4PI0 A; 1GAX A; 1NT2 B; 3CC4 V; 4HNA B; 1VQ7 V; 4KFM A; 4QPK A; 4DR3 O; 4B3T O; 4W4L A; 4J7Z A; 1Y76 A; 2PUS A; 4ZBM A; 4B3R B; 4PA4 A; 4YJ2 B; 4NKG B; 3K0G A; 2XAG A; 4ASU G; 4DR7 O; 1WLE A; 1QLN A; 4JI0 O; 4BW9 A; 1M90 W; 2M6Y A; 3RW0 A; 1YTF D; 1B6Q A; 4WBN A; 1UJW B; 4F6R A; 3CWB H; 5H9C A; 1N34 O; 2HHH O; 1GRJ A; 1YEW A; 2W0X A; 4I4T B; 2QM7 A; 2ZT9 B; 4AQY B; 4LFC B; 1K9M W; 2ZNI A; 4Q20 A; 4NR1 A; 4JV5 B; 1VIB A; 1KMI Z; 2GV9 A; 1FFX A; 1JJO A; 2YIC A; 3ZS8 C; 2UU9 O; 3CRR A; 4TOI A; 1N0J A; 2BTQ A; 2RCV A; 3JAL A; 5KAF Z; 3CCJ V; 2H8P C; 2RDC A; 4FPP A; 3T1Y O; 4DRX A; 1Y76 B; 3JD4 A; 5IE9 A; 3SPC A; 1JOY A; 2AW9 A; 2XHB A; 1EN6 A; 3ETE A; 4FFB B; 4QJF B; 4YY3 O; 1US6 A; 3OMI B; 2XAJ A; 3G80 A; 1JQ0 A; 2V4D A; 5IWA B; 2OIG A; 4ABM A; 5JH7 A; 1QBZ A; 1RM1 B; 1V54 B; 1H8E G; 2RJZ A; 4HBN A; 2JDI G; 2QWO B; 4DR6 B; 5EBW C; 1BQ0 A; 2NNU A; 4ZOL B; 3CC2 V; 3GB7 C; 4MVR A; 1M56 C; 2VQF O; 5B3S C; 3G67 A; 4IHJ B; 2QKC A; 3DXR B; 3ABL B; 4WFB V; 2UXD B; 5KLV H; 1N34 B; 4I5S A; 1ENV A; 2MW2 B; 3QTC A; 2Q73 A; 4IYH A; 3L74 H; 1XNR B; 5J2T A; 2YXL A; 2V7Q G; 3OR6 C; 4C7U A; 5GON B; 4JF3 A; 3K9S A; 4MT8 A; 3FKS G; 4X1Y A; 2QWP B; 2WWW A; 4DR2 O; 3BAB A; 1OCO C; 2IU3 A; 2H94 A; 4DYL A; 2BCC H; 2CK3 G; 2IH1 C; 1TAE A; 3JAK B; 3OE7 G; 4EKW A; 2K9P A; 1RSO A; 1HNX B; 5CA1 A; 4EB6 A; 1SF9 A; 2OWO A; 1XMO B; 4J11 A; 3G71 V; 1KQS U; 1E79 G; 3I55 V; 2F4V O; 2OTL V; 3UT5 B; 1O9G A; 2ZIN A; 4UFZ A; 3N2K A; 2UXB B; 2F1M A; 4B3S B; 2X6B A; 3ABU A; 2GTA A; 2HKO A; 1N33 B; 2P4V A; 5GON A; 3G6E V; 4J9Z B; 5ITZ A; 5IWA O; 1GN4 A; 3SGI A; 4UCV A; 3E22 A; 1DLB A; 1L0N H; 1XUQ A; 1SQX H; 3TK1 A; 3JD2 A; 1XI1 A; 2AHZ A; 4MW8 A; 4GX5 A; 4DR6 O; 3FB6 C; 2ZE6 A; 5B1B B; 3JSN A; 4LFB B; 1V9P A; 4J10 A; 2EZP A; 1AJN A; 4O4J B; 2JJ2 G; 4TV9 B; 1VQ5 V; 3ZMV A; 1COW G; 1VQ8 V; 1SZT A; 1S77 D; 4PA9 A; 1XNR O; 1RPO A; 1F23 A; 1R73 A; 1NH2 D; 3OMA B; 1XMQ O; 4O4H A; 4EFE A; 1GM9 A; 1ZUQ A; 5JCO C; 1AI6 A; 4DV4 B; 1PNL A; 1NU1 H; 2CGO A; 3IC9 A; 2P4K A; 3SPI A; 4GYC B; 1GKF A; 5EYP B; 3JAW B; 3GVM A; 1WJZ A; 4FMT A; 5B1O A; 4L87 A; 4DUZ O; 5DN6 G; 5J9P C; 3UQ8 A; 4J7K A; 2YUA A; 2FTK A; 1AIL A; 3HKB B; 2YEV A; 4TSF G; 4FLY A; 1XHZ A; 1D5N A; 4DV3 B; 2YXH A; 1XMO O; 3K0D A; 5IYZ B; 1SQB H; 1R6T A; 3ZMT A; 5EBM C; 4X64 O; 1NR1 A; 2G38 A; 4I7Z B; 4FM1 A; 2Y0P A; 1XRE A; 3M8A A; 2KB1 A; 1NTM H; 1Q6I A; 3H1K H; 3W7S A; 2F95 B; 3ASN C; 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3B8M A; 2EIK C; 4FLV A; 2PI5 A; 4R7C A; 2JS3 A; 2KSD A; 4GKK B; 3WU2 Z; 1HNZ O; 2ETN A; 4LH6 A; 2LW7 A; 3MHS C; 1PL0 A; 4LNU B; 2DWD C; 5JQG A; 2HJD A; 3D36 C; 3H1J H; 2DE0 X; 5LGT A; 1FS0 G; 1OCC C; 4KXR A; 1Y67 A; 4UXN A; 1QR8 A; 5IY5 B; 1MA1 A; 2ZE5 A; 4TV9 A; 3EHB B; 2PF4 E; 3OT7 A; 1KD1 W; 4JI8 B; 1J95 A; 2ZQM A; 5LL6 Y; 1RSO B; 3CB2 A; 1NTK H; 1AI7 A; 3JSL A; 3OD4 A; 1N32 O; 3AG2 B; 4FVM A; 3JD3 A; 1YCI A; 5LGN A; 3JYC A; 4I55 A; 2CUG A; 3STL C; 4BIZ A; 5CMU A; 1IBK O; 3CCU V; 2BSK A; 2VWJ A; 1S0V A; 4ZKI A; 4DUY B; 1L8D A; 1ARO P; 2H3O A; 2WAM A; 5FL7 G; 2WLI B; 1FD9 A; 4PJ0 Z; 4LF5 B; 3A0B Z; 5HFM A; 3CPW U; 2E5L B; 3CCR V; 1JFF A; 1YF2 A; 5KX5 B; 4JI3 B; 1N36 B; 4P9O A; 1V54 C; 1FXH A; 4CBC A; 1CP9 A; 4UV8 A; 4GLX A; 5C8Y B; 3X2Q C; 5LP6 A; 1Q6H A; 2Z0A A; 3ZHR A; 1U96 A; 1Y66 A; 2ZM6 O; 3SYQ A; 1Q3E A; 2EJ7 A; 2EZO A; 4B3S O; 4YIP A; 4U3J B; 2X6C A; 5E1A C; 1I5X A; 1HW7 A; 5KHH A; 3RYF B; 1S5J A; 4U7O A; 5CA3 A; 4H37 A; 3WB1 A; 3O65 A; 5LP6 B; 5IDJ A; 2HLD G; 1SZX A; 3L75 H; 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