4ACUA

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors. x-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 14
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
388
structure length
372
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Aminoimidazoles as BACE-1 inhibitors: the challenge to achieve in vivo brain efficacy.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 372
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4acuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4acuA02
5P74A 2OHLA 5P5FA 3Q6YA 5COOA 5OZZA 3OU4B 1C70A 5P5ZA 5HCTA 5BWYA 3I8WA 3SM1A 5AHAA 4JPEA 4RYCA 2G1SA 5SZ9A 1VIKA 3QAAA 2HS2A 5HVPA 4K4QA 5P17A 5P3AA 5P3KA 3LZSA 4ER4E 2RKFA 4I0HA 3IXOA 1HVSA 1PSOE 4R8YA 5P26A 2HB4A 4H3JA 5P1KA 1E82E 5P8UA 2P3AA 1EAGA 2FS4A 5P4PA 1FFFC 5P60A 5P7CA 2VIJA 3FSMA 3ZL7A 1IDAA 1QRPE 4HEGA 2PYMA 3VLAA 4LC7A 3U7SA 1BDLA 3FV3A 5P13A 5P1AA 5FIVA 4YA8A 1RNEA 2J9KA 2QMPA 1J71A 3NLSA 3D91A 1KZKA 3PMUA 3TPLA 3UQUA 1K6VA 4X7IA 5P0PA 1AAQA 4L1AB 2V0ZC 3UDJA 3URLA 4AA9A 2F81A 2WEAA 3NSHA 3O9EA 1QBRA 5P6PA 3BUHA 4FSLA 4Y53A 3B80A 4YD7A 1ER8E 1D4JA 2FDEA 1LF4A 5P0OA 1LYWB 5P8GA 5COKA 3SO9A 4ZPEA 4I1CA 4GJ5A 1GVWA 5DQ2A 3OUAA 2AVQA 1E80E 3QVCA 2Z4OA 1K1UA 4RROA 1AVFA 3AIDA 1EPQE 2IGXA 4CPXA 4Y4EA 5C9DA 4I0GA 4Y3EA 4TRYA 3BRAA 2BPVA 5P7FA 5P7DA 3SLZA 5P24A 2P3BB 5P0SA 2JE4A 5P41A 1KJHA 1EPOE 3IA9A 3Q70A 4DJYA 4R91A 4YE3A 3S56A 4CPWA 1FQXA 3NUOA 3ECGA 3LHGA 1K6CA 4QJ9A 5IVTA 4Y35A 5B18A 5P5KA 3SA8A 4Y3HA 2AVOA 4R5NA 2ER6E 1EEDP 4NKKA 1TQFA 2FXDA 4Y45A 2BQVA 2OHTA 1B6KA 1WKRA 3NWXA 4RGHA 4J0YA 2O40A 1HSGA 5P5UA 5P31A 5P82A 4EQJA 1LYWA 3KDBA 5DR3A 4Y3NA 4QLHA 4B77A 4XX3A 5P2KA 5P4UA 5P71A 5P1YA 2HC0A 3QBFA 2FXEA 5P5AA 3T7QA 4EPJA 5BS4A 5P69A 5TOLA 4XX4A 5P8CA 1FMXA 1SH9A 5P70A 2B8LA 5P2JA 1D4HA 5DPZA 5P4WA 2P3BA 5P6TA 4YD6A 5DR4A 5P7XA 4Y5AA 1AM5A 3EBZA 1ME6A 3GI4A 5OZSA 3UHLA 5OZ6A 5P1LA 5P8TA 5P1JA 5P6ZA 4L7HA 3OUCA 4Y5CA 1CMSA 4EWOA 2APRA 3BXRA 4Y47A 1U8GA 5OZUA 5P2IA 4QJ6A 5P2ZA 5P7PA 2P8HA 1MT8A 1B6PA 1T6EX 2IEOA 2NR6A 5P7GA 5OZ7A 3QPJA 3PWMA 1C6XA 2VJ9A 2B60A 1FB7A 3PLLA 5P0QA 5P0AA 2ANLA 1KJ4A 5JFPA 5J25A 1IZIA 2O4PA 1HTRB 3ZMGA 1XE5A 5P2QA 2F3FA 5P5TA 1HSIA 3L38A 3KMYA 3LIYA 4ZPFA 4A6CA 3PCWA 4QJAA 3PCZA 3C9XA 2FIVA 4E43A 2RKGA 1C6ZA 5AHCA 5CLMA 3K1WA 1HVCA 5P0TA 5P3LA 4FGXA 3QIHA 5HE4A 5P3ZA 5P6RA 3UDKA 5OZ1A 5P5XA 5P5CA 1M0BA 3PBZA 5P48A 5P3DA 3ZPUA 1ENTE 5KR2A 4RRSA 1FF0C 2P83A 4DI2A 2ZHVA 2QI7A 4OBKA 3UCBA 2FMBA 1ZJ7A 4HDFA 4Y43A 3RVIA 1Z1HA 2HM1A 5P5QA 1HPOA 4GJAA 3SA7A 5P7ZA 5P4EA 1ZSFA 3GGXA 1Q9PA 2NNPA 3UDRA 4ZIPA 4FRKA 4Y5BA 3PSYA 4Z2ZA 5P5EA 4Y3FA 4Y51A 3NXNA 4U8WA 1C6YA 2A1EA 5P5NA 3SABA 3ZKQA 2ER7E 4Z50A 2WEDA 3TOFA 4OBFA 5P0LA 5BRYA 2QMDA 2QCIA 2V12C 4ZEAA 4KE0A 4ZSMA 5P6AA 1Z8CA 2PC0A 2QZLA 5P29A 3CYXA 2OHPA 3BGBA 3LZYA 2G24A 4ACUA 1APWE 5UPJA 5OZNA 5P5LA 3GI0A 4DH6A 1MSNA 1T7IA 5OZQA 2P3CA 4GJBA 3UDNA 3OU3A 4Q1YA 1YTJA 3CMSA 3EL9A 3EL0A 4DFGA 3AUPA 3QROA 3OQFA 2QMFA 4MC2A 1SGUA 5P7QA 4Y3YA 4PEPA 4Y4BA 3OWNA 3B7VA 3UDQA 2QI1A 3HBOA 1FQ5A 3CKPA 3U6AA 5P0MA 4Y4WA 2MIPA 4K4PA 4FRSA 5P8BA 5P7UA 3OQ7A 4EJKA 3G6ZA 5KOQA 2ZJJA 1YT9A 3S85A 2BPWA 3ZPTA 5P76A 2VS2A 1XN3A 3OXCA 5P08A 4OBGA 3UQWA 2JXRA 1EBZA 4LAPA 2IL2A 3G72A 2QNPA 2WF2A 4PPHA 4Y5GA 3WZ7A 5P14A 1VIJA 1W51A 2BBBA 3NWQA 4Y3JA 5P1HA 5P1RA 3FNTA 3O99A 3OTYA 4LXKA 3R1GB 4DJXA 5P78A 3VYEA 5OYZA 5OZPA 5P34A 1BXOA 3RU1A 5P38A 1MRXA 2OHKA 3LNKA 1QDMA 3N4LA 3DM6A 5HDZA 3ZKNA 5P49A 5P1WA 1DAZC 5ENKA 2RSPA 4FLGA 1F7AA 2B42A 4YBIA 4F73A 1A30A 5OZ5A 4DUSA 5P7SA 2NMYA 2HPEA 5P65A 2G1OA 4Y5KA 4OBZA 5P19A 3VG1A 4WY6A 5I3YA 4Y6MA 1HIHA 5P5GA 2O4SA 3KFPA 4CPQA 3R4BA 5P2TA 2PH8A 3OHFA 2IGYA 3VYFA 5P35A 1OHRA 1UH7A 5P4GA 4OBJA 3SA4A 4DJRA 3KFRA 1ZSRA 2VIYA 4J0PA 5P2DA 2I4XA 1G6LA 3EL4A 4Y3AA 2R9BA 5OZRA 1MERA 5P6MA 1B5FB 1EPNE 3KM4A 2BKSA 1BVEA 4R95A 4Y5EA 5P8OA 2F80A 3H5BA 5P2UA 2R8NA 3HDKA 2NXLA 1RQ9A 5SY3A 3BHEA 3PB5A 4U7VA 4J1KA 4F74A 5P4AA 2FNSA 3JVWA 4M8YA 5OZ2A 5HE7A 2VA6A 5COPA 1RPIA 3LIXA 3UQPA 3HAUA 1A94A 3ZLQA 1D4LA 3OUDB 4FM8A 3URIA 4NPUA 1MVPA 3BVBA 3LZUA 1LYAA 5AH6A 4I0FA 4GJDA 1LYBA 4L7JA 4LHHA 1E81E 4Y4UA 5P10A 3INHA 5P2YA 2Q63A 4S1GA 4H3FA 5P89A 4CP7A 5P8HA 5P6GA 2ZJKA 4DPFA 1BV7A 3JVYA 2PQZA 4J0TA 2J9JB 5HU1A 1B6MA 4YHQA 1D4KA 2QD7A 5HDXA 5C9BA 3VFBA 5P0UA 3SA5A 2HAHA 4TVGA 3TNEA 5P80A 4Y4JA 2WECA 5P7LA 3SAAA 2AVSA 2B7FA 3PLDA 5P39A 5P05A 5P37A 2Q55A 2HB2A 5P4TA 3EL5A 3L5BA 3O9GA 3VEUA 3VV7A 2PSUA 4ER2E 3DOXA 1YM4A 1FQ7A 3OAGB 1XS7D 1RL8A 4Y3PA 4R93A 1K2CA 4NJUA 2UY0A 5P3FA 3OQKA 4YCTA 3VLBA 3QRVA 1APVE 1HVKA 5OZ3A 2ZHTA 2IKUA 4I11A 3PM4A 1NH0A 5P66A 1FFIC 1ZP8A 2BB9A 2PYNA 2ER0E 3NU3A 4J55A 5F01A 5P1MA 5P3VA 2XFKA 3OU4A 3K5GA 4DJWA 5OZ4A 5P3OA 1DP5A 3EKQA 2VKMA 4YCKA 3MWSA 2P3DA 4PHVA 3A2OA 5P6HA 4D83A 5P63A 2WEBA 5P56A 3WB4A 1MRWA 1CPIA 5P1XA 5P4ZA 1W6IA 3EKVA 1IZDA 3O9HA 4APEA 4DJUA 5JODA 1LF3A 2V16C 4MC1A 4MC9A 4HZTA 1YTGA 4OD9B 4RVIA 4YD5A 5P02A 7HVPA 5P6BA 5P6KA 3EKWA 5P52A 3RTHA 3OADB 4DJOA 1UH9A 2O4LA 5P3NA 3QRSA 1HXWA 1WBMA 2VJ7A 5P61A 4DQHA 1YM2A 5P45A 2ZHSA 1SIVA 4FRJA 3BGCA 3TTPA 1LZQA 3FX5A 2XYFA 4B72A 2I4DA 4BELA 1SIPA 3TPJA 5P86A 3U71A 3UQXA 4B0QA 4Y44A 3EMYA 5P3XA 3TOGA 3UDPA 5JG1A 5OZJA 4DJQA 5HD0A 2HS1A 5I3WA 3Q5HA 4I0EA 3K5FA 4RYGA 5P4IA 6FIVA 3VFAA 5OZHA 5P8PA 4L1AA 3ZKXA 4RVJA 5P4SA 2O4KA 3LINA 5P0DA 3MXEA 5P8IA 4EYRA 2ZJMA 3S43B 3VF7A 4RZ1A 5P6EA 3SKGA 5HU0A 3FNSA 5EZXA 2FGUA 4QJ8A 1NPAA 3R2FA 5OZ9A 5P8NA 1W5YA 5P22A 1BVGA 3HVPA 5P8DA 5OYQA 3OADA 3RSXA 1Z1RA 4DQCA 5P0XA 3URJA 3OXVA 5P68A 3L5FA 3PMYA 3PSUA 4NJTA 5P07A 3TL9A 5P2EA 4EXHA 3ER5E 4Y58A 1QBTA 5P3GA 5P59A 1FQ8A 1ZPKA 3S54A 2UXZA 3ST5A 3QBHA 4YBFA 4OC6B 2HPFA 2QZXA 1SDUA 4I0JA 2G94A 5P7TA 4OBDA 3TPPA 4L7GA 4MC6A 2VA7A 3L3AA 1BXQA 3N3IA 5P2LA 3OU1B 5P6VA 3WSJA 3QP0A 5P3CA 5DGWA 5P44A 2R3WA 2P4JA 3T11A 3QN8A 4EQ0A 5P01A 5OZIA 3S43A 3VUCA 5P2MA 5P4BA 5P5DA 4NPTA 3KFNA 4J1IA 5CONA 1ZPAA 5P3EA 4DQEA 2VIZA 2PK5A 5P3IA 2G21A 4DVFA 4Q5MA 5P3TA 1FG8C 1EC2A 3S45A 3NDWA 1M43A 2AVMA 5OZWA 1XDHA 1FIVA 5P5YA 3ZKMA 3S2OA 2ZJIA 3DJKA 2VA5A 1SMRA 4AMTA 4FIVA 5P88A 4YDFA 2I4VA 4FCOA 5KR0A 1UPJA 4GMIA 4J1EA 5P7KA 1HVRA 1IZHA 5OZTA 3LIQA 4AUCA 5HTZA 4TRZA 3EM6A 2JJJA 4Q1XA 5OZKA 4OC6A 2F8GA 2R5PA 3L5EA 3EM3A 5T4SA 2PWRA 2XFJA 5P2SA 5ENMA 1A9MA 5I3XA 1FQ6A 1TCXA 4Q1WA 3NU9A 2FDDA 3IXKA 2WEZA 1AZ5A 3CIDA 3FKTA 2Q54A 2Q64A 4FS4A 5P5MA 4FAFA 5P8EA 1D4IA 1FGCC 5OZVA 4HVPA 1HTEA 4J0ZA 2AVVA 2R5QA 3T7PA 2QHZA 4R92A 4LBTA 1IIQA 3O9IA 4D8CA 2H6TA 2ZYEA 3GW5A 5P5WA 5P2CA 2OHMA 3DUYA 3QI1A 3R0YA 5P1GA 1G2KA 3DV1A 4Y41A 5P0NA 3BUFA 4Y4DA 2QU3A 5P6UA 4CKUA 4AZYA 1A8GA 4JP9A 1SDTA 1HPVA 5P16A 2IKOA 3INEA 4I10A 4YOAA 5P0YA 2QNQA 3IXJA 2G27A 1FEJC 1DMPA 1E5OE 2WKZA 3T6IA 1TZSA 3NDXA 3PI0A 4WY1A 5OZOA 5OZMA 1T7JA 5P4LA 3EC0A 3OOZA 5C9FA 5OZEA 5P6WA 1HPSA 5OZFA 1GKTA 1ZAPA 3EM4A 3KF0A 3TKGA 3LIZA 5PEPA 1NPWA 3ZKGA 2V13A 3SM2A 4FAEA 1AJVA 2H6SA 2ZGAA 1DW6C 4K4RA 2I1AA 3LIVA 2QHCA 5P5VA 4DPIA 2WF1A 5P3RA 4I0ZA 4Y4ZA 3ZKSA 3DK1A 1IBQA 1ZTZA 5P2BA 2AODA 4J0VA 5P3UA 2WJOA 4CPSA 3L59A 4XKXA 1LF2A 5P8JA 3WZ8A 4QJ2A 5DGUA 3PEPA 3UPJA 3INFA 4H3IA 3WB5A 5P0ZA 5P0KA 3VV8A 5P5JA 4Y3DA 4A4QA 2CENA 4RCEA 3O9LB 2PH6A 4Y4AA 2VJ6A 3CKTA 3NU6A 2BJUA 4NJSA 5P4MA 1EC1A 4Y57A 4I0IA 5P0GA 5P1ZA 3OXWA 5P1TA 1HHPA 5P83A 2CEMA 4B1EA 5HCOA 3LPJA 3RSVA 2PMAA 4DJPA 5ISKA 4YCYA 4YD3A 8HVPA 2QU2A 4KE1A 5P3YA 2I4QA 1HVIA 5DQCA 2ZJNA 2O4NA 3FIVA 5P6FA 4FM7A 1MTBA 3M9FA 4I8ZA 5OYYA 3SKFA 1APUE 5P1EA 5P2HA 4F75A 4PZWA 5P8FA 2JJIA 5P77A 5OYXA 5P2RA 3I7EA 5P57A 5AH8A 1MIQA 1OEWA 3IGBA 4N00A 7UPJA 3KMXA 1QBUA 3VSWA 5P84A 1WBKA 5P81A 3TPRA 1DIFA 1T7KA 4Y3WA 1GVVA 2Q11A 3UQRA 3O9BA 5KOSA 2QZKA 5P42A 1NPVA 2JYSA 5P4CA 3S53A 1EBYA 2CEJA 3HD8A 5P0VA 1MEUA 4Y9WA 1PSAA 4TVHA 1XL2A 5P25A 2IDWA 4Y54A 4GIDA 5DQ5A 5P7VA 2OHUA 1IZEA 1EBKC 3RTNA 2AOFA 1LEEA 3EL1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P74 A;  2OHL A;  5P5F A;  3Q6Y A;  5COO A;  5OZZ A;  3OU4 B;  1C70 A;  5P5Z A;  5HCT A;  5BWY A;  3I8W A;  3SM1 A;  5AHA A;  4JPE A;  4RYC A;  2G1S A;  5SZ9 A;  1VIK A;  3QAA A;  2HS2 A;  5HVP A;  4K4Q A;  5P17 A;  5P3A A;  5P3K A;  3LZS A;  4ER4 E;  2RKF A;  4I0H A;  3IXO A;  1HVS A;  1PSO E;  4R8Y A;  5P26 A;  2HB4 A;  4H3J A;  5P1K A;  1E82 E;  5P8U A;  2P3A A;  1EAG A;  2FS4 A;  5P4P A;  1FFF C;  5P60 A;  5P7C A;  2VIJ A;  3FSM A;  3ZL7 A;  1IDA A;  1QRP E;  4HEG A;  2PYM A;  3VLA A;  4LC7 A;  3U7S A;  1BDL A;  3FV3 A;  5P13 A;  5P1A A;  5FIV A;  4YA8 A;  1RNE A;  2J9K A;  2QMP A;  1J71 A;  3NLS A;  3D91 A;  1KZK A;  3PMU A;  3TPL A;  3UQU A;  1K6V A;  4X7I A;  5P0P A;  1AAQ A;  4L1A B;  2V0Z C;  3UDJ A;  3URL A;  4AA9 A;  2F81 A;  2WEA A;  3NSH A;  3O9E A;  1QBR A;  5P6P A;  3BUH A;  4FSL A;  4Y53 A;  3B80 A;  4YD7 A;  1ER8 E;  1D4J A;  2FDE A;  1LF4 A;  5P0O A;  1LYW B;  5P8G A;  5COK A;  3SO9 A;  4ZPE A;  4I1C A;  4GJ5 A;  1GVW A;  5DQ2 A;  3OUA A;  2AVQ A;  1E80 E;  3QVC A;  2Z4O A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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