4ACXA

Aminoimidazoles as bace-1 inhibitors. x-ray crystal structure of beta secretase complexed with compound 23
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
386
structure length
370
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Aminoimidazoles as BACE-1 inhibitors: the challenge to achieve in vivo brain efficacy.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 370
sequence length 386
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-12-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4acxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4acxA02
4EJLA 5OZ7A 3S53A 1Z1RA 4PEPA 1NSOA 4M8XA 2O4KA 3LPJA 3LINA 3OAGA 3LIYA 5DQ1A 1FEJC 5P78A 3EL5A 4IVSA 5ISJA 1SDVA 5P76A 1AAQA 5T4SA 3OAGB 1IIQA 2VA5A 2IGXA 4GJCA 2G20A 4Y4ZA 2VJ6A 4KE0A 5P6JA 1KJFA 2OHSA 5P1NA 2NNKA 2AVVA 3OU3A 3K5CA 3RSXA 3M9FA 5P4WA 1SBGA 4PZWA 4DJRA 2R9BA 5P8AA 5EZZA 4Y5EA 5P42A 2O4PA 5P17A 2Q63A 3U71A 2ZE1A 2QHYA 4OC6A 2IL2A 3T11A 5OZCA 3ZKGA 2HB4A 5P47A 2G27A 2HPEA 5P5BA 1BXOA 1HSHA 3FNTA 5AGZA 5P1YA 5JODA 3EKWA 2ZDZA 5P0PA 1HVRA 1T3RA 3IXJA 5OZ3A 3NDUA 5P6FA 1RL8A 5P8LA 5P1LA 2J9KA 2O4NA 3S45A 3KA2A 5C9FA 4Q1YA 2AOJA 1TW7A 5P55A 5DQ5A 1QBUA 2FNTA 1HBVA 3DUYA 2ER7E 2OAHA 3OOZA 4J0YA 2CEMA 5OZ5A 1HIIA 3EKVA 5P6PA 1NH0A 3QBFA 1IVPA 3NDTA 4B77A 1MUIA 3NLSA 1DAZC 6FIVA 5P8OA 4YCTA 3I2LA 3O9EA 4HE9A 5P2QA 5P8GA 5P4IA 2AODA 5P3IA 4I10A 5OZWA 5P5QA 5KQYA 3ZKIA 5P39A 3T7XA 2BJUA 5OZ4A 5DGWA 5OZZA 5HE5A 4MC6A 4DJPA 1B6KA 5COPA 3G6ZA 5P5ZA 3UQRA 3NWXA 1BILA 1APVE 4OBHA 2P3BA 2PSVA 3PBDA 4J54A 5OYQA 3CYWA 5P8JA 4YD5A 4U8WA 2ZGAA 1M0BA 2QD7A 4FSLA 5P7JA 1XL5A 4Y48A 3ZKNA 1EC0A 1UH9A 2P3BB 1OEWA 3PCZA 5P4ZA 3HD8A 3SA9A 2G24A 4YD7A 5P14A 1AXAA 1A9MA 5P20A 2Q54A 5P5FA 2P4JA 2FGVA 5P60A 2QU3A 4JP9A 3CICA 2QMDA 4DQFA 4K9HA 3HVGA 1SDTA 4S1GA 3NDXA 5ENMA 1FIVA 3R1GB 2WEAA 1ZAPA 4B05A 1BV7A 4Y3ZA 5P22A 3NR6A 3QAAA 4GB2A 3RTHA 1KJ7A 4DPIA 5KOQA 4Y41A 2HIZA 1UH8A 4JPEA 5P4GA 1HTGA 3UQPA 2NXDA 5KAOA 3D1XA 2B8LA 5OYTA 5P46A 3IA9A 2HB3A 4RVIA 4FE6A 2B42A 3S7MA 5P7CA 3S2OA 7UPJA 2NNPA 4CPQA 5SXNA 3SKFA 3RSVA 3HW1A 5IS4A 5P5CA 3SA4A 3CIDA 5APRE 1XDHA 5P35A 1HEGE 4B1CA 5P7QA 1FLHA 4I1CA 3LNKA 6UPJA 5P0BA 1KJ4A 5SY2A 1HXWA 5P0RA 2IGYA 4B78A 3NU4A 5P2FA 3UDQA 2FXEA 4R8YA 2ZYEA 3UFLA 3IVHA 1B6JA 5P80A 3OQ7A 4FRIA 2OHNA 2FGUA 5P3JA 1KZKA 1W5WA 3CYXA 1QBSA 1EBZA 3H5BA 3BGCA 2WEZA 1ENTE 4Y58A 5P44A 5P0MA 5OZNA 1W51A 3OHFA 4DQGA 3QVCA 5P5TA 1PSNA 1DPJA 3WSJA 5KR8A 2VNMA 3I6OA 5P2XA 3EXOA 2BBBA 1G0VA 3OU1A 5P8QA 4ZE6A 5P8EA 4Y5NA 3PJ6A 5P0SA 3OXCA 4RCEA 4J1CA 5P7RA 4B72A 3DCRA 5HD0A 5P49A 4NJUA 2AVQA 3OU1B 3RVIA 5P74A 3PMYA 2ER0E 3VV6A 3S54A 5KR2A 2IQGA 2QD8A 4Y3GA 3ZMGA 2QNPA 2EWYA 4UPJA 1D4SA 5P2HA 1GNMA 3EM3A 1FQ4A 3QVIA 3G70A 2Q55A 2B7FA 5DR1A 2RMPA 2IKUA 5P7EA 2J9JB 4RROA 3GGAA 4Y5AA 5P87A 4ZSRA 1TCWA 1YT9A 5SY3A 2FIVA 5P3OA 3I25A 1UPJA 5P7DA 2FDEA 5P54A 1N49A 1B5FA 3LITA 5P2LA 3CIBA 1HVHA 3T7PA 2QI0A 5P4UA 4H1EA 2APRA 5P2NA 3EMYA 3INDA 4J0ZA 5C9DA 4YOBA 2AVOA 4RYGA 3IXOA 3BHEA 3PLDA 2AQUA 1PPME 5IVQA 2UXZA 1Q9PA 5P0IA 2SAMA 2V11C 3PLLA 4I8WA 4LAPA 1XN3A 1UH7A 1CMSA 3G72A 4GMIA 5P4XA 3UDRA 1D4LA 1D4JA 2VNNA 3SABA 3BVAA 3NXEA 4I12A 5P4DA 4GJ5A 5OZIA 5P06A 5P04A 1GVVA 4OBZA 5P13A 5AH8A 2G1OA 3ER3E 4A6CA 5P4NA 5P1KA 4CPRA 2QI5A 5P1DA 3S85A 1IZDA 5P41A 5P6DA 3UDKA 5OYXA 1QS8A 4OBZB 3BXSA 5P0CA 1RNEA 1ZSRA 3WB5A 2VS2A 3HZCA 4Y3XA 5OYWA 4WY6A 4DFGA 1SMEA 1FQXA 1MESA 2R3TA 2WF2A 3GI0A 1BDQA 1OEXA 4RVXA 3WZ6A 2P3AA 5P33A 2XFIA 1HXBA 3VF3A 5P7FA 2HS1A 5P88A 4QGIA 5P2TA 4HEGA 4QJAA 3VG1A 3L38A 1BDLA 4J0TA 3SQFA 4Y3MA 3LPIA 4KUPA 5P6LA 2R3WA 4CPSA 5P3ZA 4Q1WA 3T7QA 3FNSA 5P6NA 4EP2A 3UF3A 4LHHA 1LYWA 5P3BA 5P84A 5TOLA 1EBYA 1EPPE 3LIVA 5ER1E 3QP0A 4YE3A 1RV7A 2V0ZC 5P0VA 3IN4A 4Z4XA 1K2CA 1CPIA 1MEUA 5P75A 2AOHA 1T7JA 2AVSA 2QMFA 5P7HA 3NU5A 5FIVA 4B70A 1A8GA 2PWRA 3R2FA 4FAEA 5P5UA 5P2CA 2NTRA 5P48A 1GNOA 2XYEA 2ZJNA 4Y6MA 3MSJA 4J1EA 5P8FA 5P5KA 5IVRA 1QBTA 4Y4WA 5P53A 2G26A 4Y5CA 4LP9A 1XE5A 5JFUA 5P7PA 4GJBA 4DJUA 4GYEA 5KQXA 3LPKA 4Y56A 1META 3FSMA 2OHMA 3VSWA 5P0TA 1MT9A 5P28A 2QI6A 1FFIC 1HVIA 4BFDA 2BQVA 1A94A 4Y3TA 3VLBA 4TRZA 5P79A 2ZHTA 2G22A 5P73A 4EWOA 5P1PA 5P5PA 5P7BA 2G1RA 1RQ9A 1DP5A 3UQUA 4AA9A 1OD1A 4CPTA 1AJXA 4LL3A 4OBGA 5P3QA 2AOCA 5P02A 3PVKA 5P0DA 3K4VA 3O9CA 2A1EA 4PHVA 4RRSA 1GVTA 3JVWA 2BKSA 4RCFA 3KT2A 5P4BA 4HDFA 3OGPA 1BVEA 4YBFA 5P8IA 2QU2A 3KMYA 4NJSA 1YTHA 5P6BA 3AUPA 4YDGA 3O9LB 5P6VA 4QJ9A 2PWCA 3LZSA 4K4QA 5E5JA 4J1HA 1APUE 1ER8E 1LYBA 5P0KA 3VYFA 2B8VA 1FGCC 1HWRA 5HDUA 3L5BA 5P5EA 2WKZA 2WHHA 2G1SA 2IKOA 5P3XA 2QP8A 4ER2E 4NPUA 4Y4JA 3WZ8A 6APRE 5OZAA 5P30A 4Y51A 5P6SA 5P7GA 3TOFA 5P3GA 5BRYA 1SMRA 2A4FA 5P5YA 4MC1A 3OUCA 1MTRA 3PBZA 3L5DA 2Q3KA 3INHA 3PCWA 5P6HA 3QRMA 7HVPA 2CEJA 4AA8A 4Y4EA 4FIVA 4GJDA 5SZ9A 4LXKA 3FKTA 5OZ1A 3FX5A 3PMUA 4Y35A 4Y4XA 5OZKA 4AUCA 3Q3TA 5DR7A 3EKPA 4Y5MA 3A2OA 4E43A 2ZJMA 4OC6B 3TPJA 5OYZA 1MT7A 5OZYA 3PSUA 3S56A 2QI4A 5P1FA 4DV9A 5P6EA 2ZHRA 4DQEA 5OZJA 5P7MA 5OZSA 1APWE 4H3GA 5OZRA 5P3EA 2IDWA 2ZHSA 1MIQA 1SIPA 5P2WA 3PI0A 5P3DA 5DQ2A 5P61A 5AHCA 1JLDA 2XFJA 1QRPE 1XN2A 3APPA 4Y3SA 2QI7A 1K1UA 4R93A 5P7KA 4EXGA 2QZWA 1FFFC 4XXSA 3SKGA 5P7UA 5P40A 2OHKA 5CONA 5P3FA 5P77A 4Q1XA 3R0YA 5P4SA 4D88A 3PGIA 4ACUA 5P52A 5P26A 5P3MA 5P8TA 1TSQA 5P1QA 1M4HA 5P7NA 3UTLA 4Y4UA 1EC2A 5DR3A 2I4XA 3OXVA 3OQAA 1FF0C 3Q70A 2ZJLA 1DIFA 4Z22A 1AVFA 1LF2A 1W6IA 2IS0A 3EM4A 5OZDA 3EL9A 5HVPA 4Y44A 5P8KA 5P81A 2O4SA 4JECA 5P0YA 3NYGA 3OXXA 3QROA 4OBFA 4YD3A 1AZ5A 1NPVA 1MPPA 1G35A 2VJ7A 5HDVA 1PPLE 2FMBA 5P3RA 1ODWA 4EJKA 2VIYA 5P2UA 4EP3A 1AJVA 4Y3NA 5OZLA 2QZLA 4NPTA 5P89A 1FQ7A 3RTMA 2BPVA 3KDDA 3OQFA 1ME6A 2OHTA 3ZPUA 4EYRA 2VIEA 1K2BA 2WF0A 3ZPSA 4L7GA 3KDBA 1IBQA 3K4VC 3FV3A 4IVTA 1ODXA 5P0XA 1MRXA 3I7EA 4Y3WA 1PSAA 5P4KA 5OZMA 3JW2A 3QI1A 1HVKA 5P32A 3O9AA 5P1IA 5P6WA 3GGVA 5P6XA 2CENA 4COEA 3I8WA 3TH9A 2F3EA 3O9BA 5P12A 5P0LA 4RRNA 2OHPA 2P3DA 5P8SA 3K5FA 5DQ4A 1W5VA 5P0AA 5P58A 2G94A 2F81A 5P8MA 1W50A 2NXLA 2P3CA 5P3WA 2AOEA 3SLZA 5P4JA 5P1HA 2JJIA 4CPWA 3VV8A 3GI6A 4N00A 1ZJ7A 5P7TA 4HDPA 4F76A 1KJGA 4OBDA 5P4CA 5JFPA 3HAUA 4Y4BA 3VSXA 2WEBA 3LIQA 1BWAA 5P4YA 2OHQA 5P3HA 5P86A 2FDPA 5JG1A 5P1JA 4CPXA 1K1TA 4CP7A 3RU1A 4PZXA 5HCTA 5P2VA 4FRJA 5P72A 3CKRA 2WF1A 3NUOA 3KDCA 2R38A 1HVCA 3K5GA 4B0QA 4NJVA 4J1FA 3EL4A 1FMBA 3ZKQA 1E5OE 3QRVA 5P5VA 2QHZA 3QS1A 5P4MA 1IZEA 1NPAA 1GVWA 3BC4A 1A8KA 1K6TA 2JE4A 5P8PA 3IGBA 3LZUA 2QI1A 3OGQA 1ZLFA 2QMPA 3VYEA 3S43A 5P3YA 3NU3A 1BVGA 5P1ZA 4YHQA 3ER5E 3OUAA 3S43B 5P68A 3EBZA 4FM8A 3QIHA 3GI4A 3MXDA 4Y3QA 5P0QA 4GJAA 3S8IA 2RSPA 4HVPA 2QI3A 5P62A 3EKQA 2ER9E 4Q1NA 5DQCA 3TPRA 5P18A 2PSGA 3L59A 2G69A 5E5KA 5OZBA 3OU4A 3NU9A 4LXMA 5P05A 4DI2A 1BWBA 1HTRB 4J0VA 4GJ9A 4YDFA 3BVBA 5KQZA 3LZVA 4YD6A 3TOGA 4Z50A 1B5FB 3EM6A 2Q11A 4RVJA 3WZ7A 3OU4B 4Y4GA 5OYRA 2F3KA 5P6CA 5P29A 3UDNA 5P08A 5P5LA 3OWNA 4J0PA 1EPRE 4I0JA 3KF0A 2JYSA 3OY4A 4I0GA 3DV1A 5P0FA 1C70A 1D4KA 1MSMA 4XX3A 5P7YA 4EQJA 4Y54A 4WY1A 5C9BA 4Y3YA 1D4IA 5P7IA 4K4PA 1AIDA 1PPKE 2QCIA 3RTNA 2VA6A 1T7KA 1YTGA 4XX4A 4HLAA 2AOIA 5P8BA 2PYNA 3APRE 5P8CA 3TOHA 3TTPA 3TNEA 1SP5A 5P7SA 3ZPTA 3O9GA 1W5YA 5P09A 5P2YA 3HDKA 1EPQE 2V12C 1WBMA 4EQ0A 4MC2A 4ER1E 4LXAA 4DH6A 3VFBA 2AOFA 4Y5BA 2IENA 4FGXA 2PSUA 3K5DA 5P1RA 2ANLA 3VUCA 1W6HA 4JPCA 3BUFA 4ER4E 3MWSA 4OD9A 5P59A 2NMYA 5P4AA 4D8CA 3PM4A 1PFZA 3VLAA 5HU1A 4L7HA 5PEPA 3SAAA 3OK9A 2HPFA 5OYSA 1XE6A 3NWQA 4APEA 5P1AA 3GGXA 1FQ5A 3HVPA 4FCOA 4FSEA 5P1OA 1EPME 4FAFA 1EPNE 1LYWB 4I0HA 3T3CA 2XFKA 1EPOE 5P1WA 5P3TA 4K4RA 2F8GA 4ACXA 1EEDP 3ZL7A 1DMPA 1QBRA 4Y3LA 2H6SA 5P5WA 1C6YA 2V16C 2WF3A 5P2SA 1TQFA 2ZJHA 3DV5A 5OZ0A 1YM4A 1YTJA 3DCKA 5HE7A 2FXDA 4DJQA 5P2KA 3VYDA 1TCXA 3C9XA 4R95A 1HRNA 5P7AA 1B6LA 3TL9A 5P50A 5P2EA 2ZHVA 1VIJA 5KQFA 4H3FA 3KT5A 3O99A 4ZPGA 5P82A 3SACA 4H3JA 5ISKA 2VIZA 1YM2A 1FQ6A 2QZXA 3DM6A 4YOAA 1ZSFA 3EKXA 5OZEA 5P37A 3VF5A 4R92A 5P8NA 4J5JA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EJL A;  5OZ7 A;  3S53 A;  1Z1R A;  4PEP A;  1NSO A;  4M8X A;  2O4K A;  3LPJ A;  3LIN A;  3OAG A;  3LIY A;  5DQ1 A;  1FEJ C;  5P78 A;  3EL5 A;  4IVS A;  5ISJ A;  1SDV A;  5P76 A;  1AAQ A;  5T4S A;  3OAG B;  1IIQ A;  2VA5 A;  2IGX A;  4GJC A;  2G20 A;  4Y4Z A;  2VJ6 A;  4KE0 A;  5P6J A;  1KJF A;  2OHS A;  5P1N A;  2NNK A;  2AVV A;  3OU3 A;  3K5C A;  3RSX A;  3M9F A;  5P4W A;  1SBG A;  4PZW A;  4DJR A;  2R9B A;  5P8A A;  5EZZ A;  4Y5E A;  5P42 A;  2O4P A;  5P17 A;  2Q63 A;  3U71 A;  2ZE1 A;  2QHY A;  4OC6 A;  2IL2 A;  3T11 A;  5OZC A;  3ZKG A;  2HB4 A;  5P47 A;  2G27 A;  2HPE A;  5P5B A;  1BXO A;  1HSH A;  3FNT A;  5AGZ A;  5P1Y A;  5JOD A;  3EKW A;  2ZDZ A;  5P0P A;  1HVR A;  1T3R A;  3IXJ A;  5OZ3 A;  3NDU A;  5P6F A;  1RL8 A;  5P8L A;  5P1L A;  2J9K A;  2O4N A;  3S45 A;  3KA2 A;  5C9F A;  4Q1Y A;  2AOJ A;  1TW7 A;  5P55 A;  5DQ5 A;  1QBU A;  2FNT A;  1HBV A;  3DUY A;  2ER7 E;  2OAH A;  3OOZ A;  4J0Y A;  2CEM A;  5OZ5 A;  1HII A;  3EKV A;  5P6P A;  1NH0 A;  3QBF A;  1IVP A;  3NDT A;  4B77 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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