4AGAA

Hofmeister effects of ionic liquids in protein crystallization: direct and water-mediated interactions
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Hofmeister Effects of Ionic Liquids in Protein Crystallization: Direct and Water-Mediated Interactions
doi rcsb
total genus 46
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4agaA00
4QY9A 3TXFA 1TAYA 4NGVA 5J7CA 3IJVA 3P65A 4AXTA 1NBYC 2YSSC 1WQPA 1FBIX 1JJ0A 1WQMA 1IR9A 5E4PA 1LMQA 194LA 2BQOA 4KXIA 1JUGA 5JENB 1JPOA 1IX0A 1QDTA 2EPEA 4NGIA 4N1CC 1HFXA 4ZIXA 1G7IC 1HF4A 2F2NA 1G7HC 2HTXA 4NGKA 4HJZA 1B0DA 4N5RA 3WU9A 2BLXA 4TTDA 3HFMY 1JHLA 1F6SA 1LMOA 1WQNA 4NGLA 1UIDA 1QTEA 1T3PA 3LHMA 1IOSA 4XJIA 4PPOA 3TXBA 1CJ6A 1UA6Y 2DQEY 1ZVHL 3B6LA 1KXXA 1QSAA 5LAGA 5M1YA 4LYZA 2HEDA 1EL1A 2YBHA 3FE0A 1LMAA 5AMYA 2YBJA 4XJHA 3LYMA 2DQJY 1GFGA 5KXNA 5E9RA 1GFEA 1JKDA 1GB7A 4HP0A 4LFXA 1LMTA 1GFTA 4LYCA 4NWHA 4C3WA 1FKVA 1LZBA 2BQNA 4L41A 4HJYA 4IATA 4PHIA 5A3EA 4DD3A 4QGZA 1CNSA 5LINA 1CKGA 1LCNA 1DPXA 1T6VL 2CWIA 4II8A 4WLDA 1QUSA 1I1ZA 1REXA 5APDA 1GEZA 1DI5A 4OWEA 3OK0A 3QE8A 1Z55A 4J0LA 4XADA 1OUAA 1XGUC 5ILCA 1PZYA 1XGTC 1HEOA 2D4JA 4H93A 1JSEA 4NSIA 4QEQA 3W6BA 4AGAA 1WTMA 5FCPA 1IR7A 1JJ1A 1LJNA 1J1XY 1FDLY 1N4FA 4MSTA 2G4PA 1IP7A 2BQIA 1RCMA 4CGEA 1REMA 3LYOA 4PJ2C 1IWVA 1JTTL 4M6DA 1VAUA 2HUBA 4B1AA 1B5WA 1B7MA 1OUCA 1AKIA 4CFOA 3A6BY 2D6BA 3AGIA 4LFPA 1IWXA 1BWIA 1HEPA 1LSCA 4ET8A 7LYZA 1LSGA 5KXRA 1LZ9A 1C7PA 2Z19A 5FDJA 2BQCA 2DQIY 1YILA 2Z38A 4ET9A 1GF7A 1LZNA 3P4ZA 5KXZA 1GDWA 2MEHA 1IVMA 3GXKA 5KXKA 3RU5A 4H9HA 3EMSA 2D4KA 1GD6A 1GFKA 1LZSA 1YQVY 1GAZA 3N9CA 4NSGA 4YEOA 3A67Y 1IWZA 1KIPC 1LOZA 2F30A 2Z2EA 3HBHA 4H9AA 1LSZA 4B4EA 4QDNA 5FEKA 4EMNA 2Z18A 4O34A 1LMNA 2W1LA 4G9SA 4N9RA 4NHSA 3T36A 4XJBA 3W6AA 4OOOA 3TMWA 3SP3A 2D91A 1E8LA 4B4IA 4E3UA 3CB7A 4CJ2A 1LPIA 1XGRC 4KPMA 3TXKA 3A93A 4KL7A 1OUGA 2DQDY 3N9EA 3ZVQB 1KIRC 1B5UA 4CFPA 3QY4A 2HEAA 3B72A 4DT3A 1A4VA 4WM3A 1GPQC 2DBTA 2BQLA 1BHZA 1BQLY 4WL7A 3IJUA 4LYBA 4RLMA 5LYMA 3WUNA 1GAYA 2HEFA 2YVBA 3ATOA 3AYQA 4G4CA 1QSWA 1G7MC 2W1YA 1LAAA 3G3BB 5LXWA 5KY1A 1HFYA 2BQGA 2PC2A 1NDMC 1LJKA 4OWCA 4GCDA 2DQFC 4HJVA 5D5CA 5KJ9A 1BWJA 4H9BA 1VEDA 1DKKA 4J1AA 1UIEA 3AZ5A 4Z98A 5F9UA 1LYSA 1RJCB 1B7OA 1YL1X 5I4WA 2X0AA 3QNGA 4H90A 1I20A 5F14A 5T3FA 5D5FA 1GFAA 1JWRA 2D4IA 4HV1A 4A7DA 2BAAA 3A92A 1IP3A 1CJ8A 1UBZA 4GLVA 1SQ2L 5KXXA 2MEIA 1GFRA 4NHPA 1MELL 1B5XA 3A3RX 3EBAB 3TMVA 1UCOA 5KXMA 1HERA 1TBYA 1B7LA 2BQJA 5LVKA 4HPIA 1UICA 1EQ5A 4GCBA 1DPWA 3WULA 5DN5A 3W6CA 5B1FA 1B7QA 2ZWBA 2XBRA 3A6CY 3LZ2A 3W6EA 5C6JA 3D3DA 4TSBA 3A96A 2DQGY 1LKSA 1GXXA 1UIGA 3WL2A 1LSAA 1F6RA 1NKHA 3CSZA 4C5FA 3WXUA 2BQDA 1D6QA 4W96A 1JKBA 1FLYA 3J4GA 4GLAA 4WOAA 2NWDX 4Z3MA 1B5ZA 1FN5A 1GWDA 1YROA 5II3A 8LYZA 3AGHA 2HU1A 1GF0A 1WQRA 1QTKA 133LA 1LZYA 1JJ3A 2BQEA 4LT3A 3WPJA 2H9KA 1D0KA 5B07A 4Z46A 1HSWA 5B59A 1BB5A 3TXGA 4BADA 4NY5A 2DQAA 1IR8A 4U3XB 2MEAA 1INUA 1TEWA 1LZ4A 1GBXA 4LT2A 3CSRA 3ULRA 1OUEA 2ZIKA 4IASA 1FLUA 2WARA 4R0FA 2HU3A 1GF9A 1JTPL 2LZ2A 3B0KA 1LMCA 4G4HA 5DM9A 1B7SA 4H8XA 1YL0X 1UIBA 1YIKA 1JITA 1JKCA 3TXHA 2HECA 1IOCA 1GBZA 3LZTA 1BVXA 4I8SA 3WXTA 4YEMA 1GE3A 1WQQA 4LT1A 1VDSA 3AZ4A 4HTKA 2C8PA 4ML7A 1JEFA 1I56A 3BKVA 1VDTA 2ZQ4A 1YAMA 4ZFPA 4UWNA 1GB9A 3ATNA 4DD1A 3CT5A 3CSQA 1GEVA 1IY4A 3B0OA 2MEBA 1LMPA 134LA 4X3BA 4RLNA 4WLTA 2ZYCA 3WMKA 3N9AA 4DD9A 2MEEA 4UWVA 4H9FA 4CHXA 2DKVA 5LVIA 4OWAA 1NHEA 6LYZA 1LZ1A 4WO9A 1B5YA 1GF5A 1GF8A 4I0CA 4DDAA 3RZ4A 3AW6A 1BWHA 2BQBA 3AZ6A 5APCA 4HTQA 5K7OA 2BQAA 4BAFA 2YBNA 5LVJA 4H8ZA 4LYOA 1B5VA 4TX7A 2F4GA 193LA 1LZCA 4R6CA 1ZMYL 3K3TA 1IP1A 1TCYA 2W1XA 1GB0A 1HEWA 4NGJA 1MLCE 1LHJA 1LSYA 4UWUA 5B1GA 2I26L 5F81A 1IWWA 9LYZA 2Z2FA 1HSXA 2EIZC 5C6LA 1QIOA 4WMGA 5I4XA 4ETCA 2XJWA 4PRQA 4HV2A 1HEQA 1BB4A 4NEBA 2EKSC 4NHQA 1HENA 1LZ5A 1VFBC 4LZTA 3W6FA 5I54A 1ZV5L 4N0JA 1DZBX 4LYMA 5KXSA 5ILFA 1YAPA 4WM1A 1GBWA 5L3IA 2IHLA 1WQOA 1IC4Y 2CJLA 5KXPA 3T6UA 1LKRA 2ZYPA 5L3HA 1OUBA 1HELA 2N5ZA 5DLAA 1JTOL 4NWEA 1WTNA 1YKYX 5HNLA 4NGZA 1GBYA 1IO5A 4ETBA 4OOTA 2ZNWY 1D0MA 2LYOA 4NHTA 1HNLA 3A95A 5LAFA 4WG7A 1V7SA 2C8OA 2MEDA 5C6IA 1LYZA 1RFPA 3TMXA 4NG1A 1TDYA 3P68A 1LSPA 4RW1A 4WG1A 4NG8A 1GE4A 2YBIA 2XBSA 4WM6A 5DL9A 1GB2A 1F10A 1LZGA 2BLYA 3P64A 1YKXX 4LGKA 1H87A 4Z41A 2MECA 1IC5Y 3J6KA 1NMMA 2DQCY 2BQMA 4H1PA 5LVHA 1GXV2 4DYGA 3LYTA 1IORA 1LHMA 1W08A 1OUJA 1GB5A 4GCEA 1G7LC 2BQKA 3B0IA 1UUZC 2LYMA 1WVVA 4XJDA 3TXDA 1KIQC 5LYTA 1DQJC 1GF4A 1HEMA 4WO6A 1IP2A 4NSJA 4H9IA 1BGIA 1GB6A 2LZTA 1ALCA 2AUBA 1IP5A 1B7RA 5B06A 5F16A 5KKIA 3WVXA 1OUIA 1GE2A 1IC7Y 1LSFA 1BB6A 1XGQC 4NHIA 3FI7A 3TMUA 4HSFA 4WL6A 4HPEA 154LA 2LYZA 3A8ZA 1IWUA 1O23A 2Q0MX 1J1OY 2EQLA 4PRUA 2YBMA 4G49A 3CQLA 1GFJA 1C43A 1QUTA 4YF2A 2Z37A 1LYOA 4TWSA 1F0WA 3WW6A 3ZVQA 1JISA 153LA 5B05A 1G7JC 1CJ9A 1GBSA 1QQYA 4ETDA 1J1PY 3AW7A 2H5ZA 1LJHA 1YANA 5LVGA 1LJEA 4GN4A 5F9XA 5I5QA 3AZ7A 5KKJA 1UACY 4TSCA 1JSFA 3WVYA 1NQIA 1AM7A 4P2EA 2GV0A 4WLYA 1XEJA 1EQEA 1D6PA 2BPUA 3LYZA 1ZVYB 4RDSA 4HTNA 5HQ1A 2DQHY 4NFVA 5HMJA 4B0DA 1IY3A 4DD0A 1LSEA 1NWGA 3BKHA 1UC0A 1OQMA 3IWRA 4B4JA 5IHGA 1LJJA 3A91A 1LYYA 2IFFY 1UIHA 1IP6A 1WVUA 4FDYA 3KAMA 4H92A 3WUMA 2I25L 2MEGA 1CKDA 3AGGG 1LZAA 3EXDA 1LHIA 2G4QA 1DI3A 4GN5C 1B2KA 3WPKA 2FYCA 3A3QA 4D9ZA 1HMKA 1C45A 4FJRA 4H8YA 4OWBA 3TXEA 3WPLA 1C10A 1IP4A 4XN6A 1XFPL 4W94A 3WU8A 3W3EA 5KXOA 3RW8A 4H94A 4GCFA 2MEFA 1PS5A 1DI4A 1GBOA 1LZTA 5LYZA 4OWHA 5IDDA 1LZ8A 3P66A 1IWTA 1JIYA 2CGIA 1KXYA 2XTHA 1NF5A 2LHMA 3WUAA 1LJ3A 4YM8A 4PGJB 1LSNA 3WW5A 1OP9B 1LHKA 3E3DA 5EBHA 2B5ZA 1LSDA 5KXTA 2RSCA 5HLLA 5APEA 4ETAA 1YKZX 3D9AC 132LA 1LTMA 1AZFA 1VDPA 1GFUA 2CDSA 1DXJA 3RNXA 1VATA 1GFHA 1JKAA 1FLQA 1HFZA 1REYA 1VDQA 4OW1A 1HC0A 1IOTA 2FYDA 2ZIJA 2FBBA 5LIOA 4DDBA 5I53A 5IELA 1LJFA 4NGWA 2BQHA 4YENA 1CKHA 4NSHA 3F6ZA 2W1MA 4MR1A 1DKJA 1YAQA 1BB7A 4N8ZA 3A90A 1IIZA 3ZEKA 4BS7A 1YAOA 4KT3A 1GHLA 2FBDA 4GCCA 4WM2A 4XYYA 1XEKA 2I6ZA 4B49A 1LZ6A 2BQFA 1FKQA 3OJPA 3AB6A 1W6ZA 4RW2A 4TUNA 2H9JA 4DD2A 4XJGA 1LZEA 1BVKC 1H6MA 3EO5A 4NIJA 1D0LA 1LJ4A 4LT0A 207LA 1IEEA 1LHHA 4H9EA 2ZNXY 208LA 1AT6A 1EQ4A 1CKFA 1GDXA 1RI8B 4N1EI 4DWXA 4WM4A 1XSFA 4ETEA 5FSTA 3M18B 2VB1A 4MCKA 4J1BA 4XENA 5DN4A 5I4YA 5KXWA 1B9OA 1OUDA 1AT5A 1HMLA 2ZQ3A 1OUHA 2A7FA 4J7VA 5FHWA 6LYTA 1LSBA 3VWOA 1V7TA 2Y8PA 1GF6A 5KXYA 1GF3A 3WYHA 3A94A 4BAPA 2YDGA 1RE2A 3A34A 4LYTA 1CJ7A 1LZRA 4M4OA 3G3AB 4DD7A 4DDCA 3CT1A 5KXLA 1A2YC 1REZA 1UIAA 2HEBA 2A7DA 5LA5A 1B7PA 4YOPA 1LHLA 1LZDA 3WU7A 4EOFA 4ZEEA 5A3ZA 5HNCA 1NBZC 4IJ4A 3M3UA 1IWYA 4NGOA 1GB8A 1CKCA 4XJFA 1LJGA 1XEIA 3LN2A 1KXWA 1QDRA 1IOQA 4DC4A 4WLXA 3WH1A 3TXIA 1GE1A 4G4BA 5L9JA 3HBDA 1C46A 1SLYA 1FLWA 2G4NA 1GE0A 4H91A 1D9UA 1C08C 4NGYA 4H9CA 1UIFA 1P2CC 4GN3A 1GB3A 2YBLA 5APFA 1NDGC 5LA8A 3HBEX 135LA 5HMVA 1BB3A 3CT0A 4WM5A 2Z12A 5FELA 4ANRA 1XGPC 3TXJA 3W6DA 3GXRA 1B7NA 1HHLA 2HEEA 2Z39A 2ZILA 3AJNA 3MGWA 1GFVA 2F4AA 3RT5X 1LSMA 1OUFA 1LJIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QY9A 3IJVA 3P65A 1NBYC 2YSSC 4ARJA 3D4SA 5E4PA 1QDTA 4NGIA 3DN4A 1CV1A 2F2NA 1G7HC 244LA 3WU9A 3LHMA 4PPOA 1CJ6A 140LA 3B6LA 1QSAA 4LYZA 2HEDA 3HTGA 3FE0A 4XJHA 2Q9DA 1GFGA 5E9RA 1LMTA 1FKVA 4IATA 1SX2A 1CKGA 1LCNA 4II8A 1XGTC 4QEQA 237LA 1LJNA 2G4PA 1IP7A 1L19A 3DMXA 4CGEA 4YXCA 4M6DA 225LA 196LA 1B5WA 160LA 1B7MA 2D6BA 4EPFA 7LYZA 1LSGA 1LZ9A 1GDWA 1IVMA 4I7NA 3HU9A 4H9HA 4IAPA 1GFKA 2Z2EA 1LOZA 125LA 4DQ7A 1QS9A 2W1LA 1L56A 4XJBA 4OOOA 1C6PA 143LA 4B4IA 1XGRC 3SB5A 1C65A 3A93A 1KIRC 1LYGA 1L01A 1G0KA 1GPQC 145LA 1BQLY 4W59A 1L24A 1L34A 3WUNA 1LYIA 2HEFA 3C82A 3DN6A 1P56A 1HFYA 1CV6A 1C66A 4HJVA 2HUMA 4J1AA 1UIEA 1RJCB 173LA 5T3FA 1TLAA 1KS3A 2D4IA 4A7DA 1QS5A 1IP3A 1SQ2L 1MELL 1UCOA 1QUGA 1CU6A 1B7LA 4GCBA 248LA 246LA 1L92A 2OE7X 1L71A 3W6EA 3D3DA 2DQGY 1P2RA 4PJZA 1F6RA 4C5FA 2BQDA 1D6QA 4W96A 4GLAA 4WOAA 1B5ZA 1YROA 2B6XA 107LA 2BQEA 3G3VA 1HSWA 3V2WA 2DQAA 4U3XB 4R0FA 1B7SA 3SB6A 1YL0X 4W55A 235LA 2HECA 102LA 1BVXA 1L86A 1WQQA 3AZ4A 4HTKA 1L70A 4ML7A 1JEFA 1I56A 212LA 3CT5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QY9 A;  3TXF A;  1TAY A;  4NGV A;  5J7C A;  3IJV A;  3P65 A;  4AXT A;  1NBY C;  2YSS C;  1WQP A;  1FBI X;  1JJ0 A;  1WQM A;  1IR9 A;  5E4P A;  1LMQ A;  194L A;  2BQO A;  4KXI A;  1JUG A;  5JEN B;  1JPO A;  1IX0 A;  1QDT A;  2EPE A;  4NGI A;  4N1C C;  1HFX A;  4ZIX A;  1G7I C;  1HF4 A;  2F2N A;  1G7H C;  2HTX A;  4NGK A;  4HJZ A;  1B0D A;  4N5R A;  3WU9 A;  2BLX A;  4TTD A;  3HFM Y;  1JHL A;  1F6S A;  1LMO A;  1WQN A;  4NGL A;  1UID A;  1QTE A;  1T3P A;  3LHM A;  1IOS A;  4XJI A;  4PPO A;  3TXB A;  1CJ6 A;  1UA6 Y;  2DQE Y;  1ZVH L;  3B6L A;  1KXX A;  1QSA A;  5LAG A;  5M1Y A;  4LYZ A;  2HED A;  1EL1 A;  2YBH A;  3FE0 A;  1LMA A;  5AMY A;  2YBJ A;  4XJH A;  3LYM A;  2DQJ Y;  1GFG A;  5KXN A;  5E9R A;  1GFE A;  1JKD A;  1GB7 A;  4HP0 A;  4LFX A;  1LMT A;  1GFT A;  4LYC A;  4NWH A;  4C3W A;  1FKV A;  1LZB A;  2BQN A;  4L41 A;  4HJY A;  4IAT A;  4PHI A;  5A3E A;  4DD3 A;  4QGZ A;  1CNS A;  5LIN A;  1CKG A;  1LCN A;  1DPX A;  1T6V L;  2CWI A;  4II8 A;  4WLD A;  1QUS A;  1I1Z A;  1REX A;  5APD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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