4AHSA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
b'SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule keywords INTEGRASE
source organism Human immunodeficiency virus
molecule tags Transferase
total genus 60
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahsA00
3TABA 3VQ6A 1C1BA 4JRPA 2R7YA 2B6AA 4F2RA 1RNHA 4DFJA 4CJSA 1XHZA 3L8BA 3AVMA 1GOCA 3L2UA 3SUOA 1HYVA 1TKZA 1BI4B 4RW4A 5HRRA 1FKPA 2XRIA 1JLBA 3CFRA 3AV9A 2VWKA 4M41A 4CHYA 4DQSA 4CIFA 4DLEA 2Y1IA 1NJZA 3ZSOA 4UQGA 3JSMA 2YHAA 3NF8A 1RBVA 5KGXA 4ZHRA 2Z1JA 1DTTA 3HL8A 1TKTA 3NF7A 5T7BA 4FLUA 3SQ0A 3V9UA 1C1AA 4B8AB 4W5RA 2XY6A 1ASWA 3AVBA 1KLMA 1KVAA 4N56A 3EZ5A 1VSDA 4DTJA 4I9QA 1RT7A 1RT5A 3LALA 4KV8A 2P5GA 4CF8A 1LWCA 3RTVA 4C8OA 4Q0BA 4BDYA 4Z4FA 1NKCA 4N76A 4DQIA 2HHWA 2FBTA 4DMNA 5KI6A 4FM2A 3O3FA 1A5VA 4CJVA 3IG1A 4ZTFA 4O5BA 4DTSA 3MEDA 4Q5VA 2FC0A 3SJJA 1HNVA 1A5WA 1LW0A 4HUEA 1ZBIA 3B6PA 3TR8A 1KLNA 2VG5A 3AVGA 1KVCA 2IDOA 4O44A 3ZSZA 1LW2A 2E4LA 2EHGA 3VQ4A 3I8DA 4OKJA 4I2PA 3VQCA 1IKVA 2QKBA 3MEGA 4HVJA 5CYMA 1HRHA 3T1AA 1C6VA 1NK0A 1WSGA 4Z4EA 3SUNA 4DF8A 1MU2A 1VRUA 4PWDA 3AO2A 3DLKA 3HM9A 3NF6A 4CFAA 4CIGA 4PUOA 1BCOA 4O4GA 4G1QA 1SL0A 1YTUA 4KI4A 1KFSA 1NK5A 2ZE2A 4CJKA 5DK5A 3LWMA 2KFZA 3DM2A 5I3UA 2PZSA 2B4JA 1JLGA 4N5SA 4W5QA 3NGZA 3NHGA 4RW6A 4M3RA 3D0PA 4M3ZA 2ZD1A 4CHOA 1NK6A 1RT4A 3AVKA 5HBMA 3QLHA 2Z1GA 2Z1IA 2O4IA 3BDPA 1BQMA 1WAJA 2BDPA 3PUFA 3ZCMA 1SV5A 4ID1A 4RW7A 5CY4A 1VSIA 4DWIA 1QQCA 4N41A 3VQDA 3CFOA 4HHTA 4B9SA 4KHWA 4FZZA 3D45A 3RRHA 4KREA 3DLHA 4I9LA 1SKRA 1ZBLA 1VSLA 4NCAA 3C6UA 5KGWA 1NK8A 4AHUA 1ASVA 3OYLA 4KHUA 4Z4IA 2RN2A 3V1RA 2P51A 2YNFA 1VSMA 3V9ZA 4F4KA 1UA1A 1WAFA 3K59A 5D3GA 1B92A 3AVAA 1S1VA 1S9GA 3LDSA 4BDZA 4AH9A 3MEEA 1DTQA 2JLEA 2GUIA 1BCMA 4K8XA 4CEOA 3TAGA 3V9SA 3TI0A 4FLZA 3LPTA 2HMIA 4HCCA 4FK0A 3HK2A 3SI6A 3AA2A 2XHBA 2G8UA 4B9LA 1WSHA 1X9MA 3CFPA 1B9DA 5HROA 4PQUA 4AHRA 2HW3A 3DLBA 2GV9A 4IFYA 3VA3A 4DF4A 2W42A 4I2QA 1RDCA 4CGFA 3C6TA 4CFDA 3KLGA 3S3MA 1L3VA 1EKEA 4JLHA 1Z25A 2F8SA 2DFFA 5HRNA 3P83D 4E1MA 1RCHA 3SYZA 3OYBA 4M3YA 3AVHA 4BE1A 1VSJA 4FM1A 2G8VA 4R5PA 3NAEA 2IS3A 4BWMA 3QESA 1BHLA 4CERA 3QEWA 4FCYA 4GW6A 1TV6A 3VQAA 4IG0A 1C0MA 3CYMA 4CEFA 1WSEA 2PY5A 1LAVA 2BANA 3U6FA 4IKFA 3DOKA 3ITHA 3RMDA 3HT3A 4C8KA 2OA8A 1S6QA 4FW2A 2BGGA 1BIZA 2FBVA 2Q3SA 1X1PA 4CJLA 1YTAA 4DLGA 2LSNA 3ZT0A 1S1XA 4KFBA 3VN5A 2WONA 4OGEA 4DSKA 3ZT2A 1U45A 1KSPA 2OPQA 3AVNA 2ZQBA 4QAGA 4CF1A 1U49A 3M8PA 3OYKA 3KD5E 2E6MA 4W5NA 1NJXA 1REVA 1SL2A 1LWEA 3TAPA 4NCGA 3KK2A 1J53A 3KJVA 3E01A 1ZBFA 4FK4A 2IGIA 3RWUA 3QIOA 2PYLA 2A1SA 3DYAA 3ZSWA 4CHPA 3L3UA 4E19A 3OS2A 3V6DA 3PX4A 4FJHA 1KCFA 4KPYA 3AO5A 1UAXA 2X6SA 1LAWA 2OZMA 4KO0A 3WNEA 1D8YA 1GOBA 4FJ5A 3NF9A 3KLHA 2OPSA 2YKNA 4OLAA 2KTQA 1S5JA 4B9MA 4F2SA 4EZ6A 4DU4A 4CEBA 4LH5A 4FZXC 1KRPA 1L5UA 3C95A 4CJRA 3RRGA 4FXDA 2AJQA 3I0RA 4LD0A 2F96A 3CG7A 4OKKA 4Z0UA 1RBSA 5HP1A 5J2PA 3KK3A 4CEDA 1S1WA 4DSJA 2OPRA 1VSKA 5CZ2A 3S3NA 4FJLA 1B9FA 1RILA 3VQ7A 2RPIA 3SCXA 1ZYQA 4KKOA 1T03A 2G8FA 2G8HA 3RR7A 4DSIA 1WLJA 4DU1A 1XHXA 3HJFA 2O4GA 3O4QA 1Q9XA 4B9UA 4FJIA 4Z4GA 1TGOA 5C24A 4MFBA 3AO4A 3HVRA 3K5LA 5J1EA 2I5JA 1EX4A 1TAQA 1Z26A 4CEAA 4Z4HA 5I42A 1C1CA 4CGJA 1BI4A 2QKKA 3VQPA 1KTQA 2ITGA 4H8KA 3QEVA 3DOLA 1CXQA 3MXMA 1BISA 3VA0A 4FM0A 3L2RA 4M3TA 1XC9A 3AA4A 4DQQA 4FJNA 2YNGA 4CHQA 2WOMA 3SPYA 1CZBA 2G8WA 4ZTJA 1R0AA 1NK9A 4FJ8A 4CEEA 3QETA 1VRTA 4DS4A 5EU7A 3QERA 3DRPA 4C8NA 3NE6A 1RT2A 3OYEA 3LP3A 4KHNA 3WNGA 4FJ9A 1VSEA 1QTMA 1RT3A 2RF2A 4IG3A 3MAQA 3UIQA 4F8RA 2HHVA 3PO5A 4LH4A 1RT6A 2HHXA 2FBYA 1K6YA 5C42A 2D0CA 3NH1A 2PYJA 4FJKA 3M8RA 3L3VA 4KTWA 1X9WA 4H4MA 1EP4A 1TL1A 2DTUA 3OYIA 3MXJA 4NYFA 4ELVA 4ELUA 4DTPA 3PY8A 3NGIA 4OJRA 3OYFA 2XY5A 1WNSA 3EYZA 1Q8IA 3KD1E 4B9TA 3ZSQA 1JLCA 3MECA 3WNFA 2DFHA 4IFVA 4ICLA 4CESA 3L2QA 3AA5X 4BE0A 1SKSA 4KB1A 1HYSA 3AO3A 4ELTA 5HRSA 3HP6A 1TK5A 4FZYA 4WE1A 3K2PA 1ITGA 1JL2A 3KKSA 4CJ3A 3AVJA 2E6LA 3ZSVA 3LZJA 4KB0A 3ISNC 3H08A 1IKXA 1S1TA 3FFIA 4EP5A 1QSLA 2YNHA 3HP9A 2KQ2A 5HLFA 4DS5A 3AVCA 1T8EA 3HO1A 2VWJA 1JKHA 3V81A 1T7PA 3DLEA 4XIUA 3LP0A 4J2AA 4DQRA 4LSNA 3K5MA 1RDDA 4O0JA 4CFBA 1KVBA 4TSXA 3PX0A 3QNOA 4BE2A 4CJ4A 4MQ3A 2ATQA 3WNHA 2GBZA 5CZ1A 4PA1A 2Z1HA 3ZSRA 1FKOA 1IKYA 4EP4A 3SZ2A 3QNNA 3CM6A 4JS4A 1S9EA 3T19A 4EZ9A 3V9XA 1U48A 4KTQA 3TAMA 4CEQA 4HUFA 4CK3A 3V4IA 1QS4A 3NBPA 3T3FA 1RBUA 4HUGA 4LSLA 1J5OA 4QOZB 1A5XA 4E89A 3SUQA 2D5RA 3OVNA 4FLXA 4FYDA 3THVA 1U47A 3AA3A 4NYNA 1X9SA 2KZZA 2VG7A 3K5NA 3AVFA 2HNYA 4FVMA 2OYQA 1LWFA 4CGGA 3ZSYA 5K14A 1RTJA 4KAZA 1JLQA 1D9FA 3VQQA 1KFDA 3NCIA 4DSFA 4FLVA 5SWMA 4F3OA 1YT3A 3OS0A 1NKEA 4KRFA 1UWBA 4B3OA 1IKWA 4CHNA 1RT1A 1ZBUA 4RG8A 1L3SA 4CJQA 2YV0X 4CE9A 1TKDA 4AHSA 1SKWA 3VQ9A 3KK1A 1S6PA 2HHUA 1XWLA 4B9NA 1Y97A 2OPPA 4DG1A 3LP1A 3NH2A 5J2MA 3S9HA 3MXIA 1L3UA 1NOYA 1IO2A 3RMBA 1BL3A 3SQ1A 4K8ZA 1NK7A 3HSTB 4CJEA 3VQBA 3PO4A 2DY4A 4BWJA 2P5OA 3O4NA 1WSJA 3K5OA 3NFAA 4M45A 5JS1A 1RTDA 1IG9A 3QINA 4W5TA 4DTNA 4OVLA 3AVIA 4CGDA 3OYJA 3OJSA 2XO7A 3IAYA 4M42A 3HPHA 5FDLA 3OY9A 4J2DA 4JS5A 1HQEA 4CGHA 4CIEA 4C8MA 1EXQA 3I0SA 3L2VA 1N5YA 1BIUA 1U04A 4CK2A 3DLRA 1UOCA 5C25A 2KFNA 4CJTA 1HPZA 4E1NA 4ID5A 2VG6A 4AILC 1NK4A 4AHTA 4M3XA 1DLOA 1F21A 3U3YA 3TAQA 1Q9YA 4CF2A 2HVHA 1D9DA 4DSEA 2ETJA 4KTZA 4CF9A 3QO9A 2JGUA 4E7HA 3SQ2A 2FBXA 2IC3A 1W9HA 4GMJB 4QCLA 3QEPA 1FK9A 1J54A 3A2FA 3SV3A 3VQ5A 4KHQA 3TWHA 1RDAA 3TARA 1TL3A 3K57A 5E41A 3C94A 1JLEA 3M8QA 3EY1A 4Z4CA 2D0AA 4DTMA 2YKMA 4E7IA 3LANA 4O0IA 1TKXA 4BDPA 3KLEA 3P1GA 3F9KA 1C0TA 2HB5A 3JYTA 1D5AA 4AHCA 2BE2A 3HPOA 1GOAA 5KTQA 1JXBA 4FW1A 3F73A 2DFEA 4E7JA 3QEIA 3VQEA 4CCHA 3ZSXA 4B8CA 3LAKA 4CF0A 2HVIA 4DTRA 2Y1JA 2YNIA 4IDKA 2F8TA 3TANA 3VQ8A 3IS9A 4GVMA 4OKEA 4E7KA 2G8KA 4FLYA 1HYZA 3RR8A 1EETA 5SZTA 1U4BA 1RBRA 3CM5A 3G0ZA 1N6QA 4B08A 4H4OA 3M8SA 3TAEA 4L8RB 4CEZA 1TAUA 4CJPA 2KZMA 4LY7A 1XI1A 4JRQA 4YFUA 4J2BA 4KI6A 4M3WA 3ZT1A 1QHTA 2IOCA 2D0BA 3ZT3A 2HHSA 2X74A 3KTQA 1C0UA 5HRPA 4DFMA 1RTIA 3NGYA 2HNDA 1TVRA 3OYAA 1TK0A 1VK0A 3OS1A 3DI6A 3OYDA 4F3TA 3BGRA 3SUPA 2G8IA 3SPZA 4O55A 3HVTA 4DTUA 1HMVA 4CFCA 4FJMA 4CJUA 3AVLA 4FLWA 2OZSA 3DLGA 4KHYA 1RTHA 1O1WA 2P1JA 1SUQA 4CJ5A 1YVUA 3SV4A 3QEXA 5FROA 4DU3A 4E3SA 2XY7A 3ALYA 3SNNA 4FK2A 4M3UA 3DMJA 2QK9A 4FJGA 2XY8A 3KIOA 3LAMA 4DFKA 4I7FA 1HNIA 4NCBA 4DTOA 3K58A 1RBTA 3PX6A 5DMRA 2A1RA 4CK1A 4FJXA 4E7LA 1I39A 1CXUA 3LPUA 3OYMA 1QE1A 4RW9A 4RW8A 1UA0A 1VSFA 1NJYA 5J2QA 1NJWA 4HTUA 4FJ7A 5FRMA 1WSFA 2NUBA 4IBNA 1S1UA 3KLFA 1HJRA 2IAJA 1WN7A 1TK8A 1JLAA 2YHBA 4DTXA 1LV5A 3PV8A 3DRRA 3OYCA 3L2WA 1SL1A 4PY5A 1JXEA 3OYGA 4OLBA 4HCBA 3SQ4A 5JS2A 4W5OA 3DRSA 4DSLA 1CZ9A 5KRTA 4OPKA 1BGXT 3HXMA 3NDKA 1BQNA 3O3HA 3ZT4A 2HHTA 4CGIA 1CLQA 3ASMA 5CYQA 2HNZA 3OYNA 1NKBA 4DQPA 3IRXA 4BACA 2QXFA 4CHZA 4AHVA 3KKRA 2B5JA 3OYHA 3OJUA 3LWLA 3O3GA 3LZIA 2HHQA 4Y1CA 1WSIA 3AO1A 1ZBHA 3HPGA 1JLFA 1L3TA 3KLIA 4OGCA 4N47A 4B9VA 1T05A 5KRSA 3V9WA 3G10A 1QSSA 3P5JA 3TAFA 3U3GA 5J2NA 2KW4A 4DFPA 3RMAA 3NH0A 1QSYA 1FXXA 2RKIA 4CECA 3QIPA 4Y1DA 4FLTA 3V1OA 2X6NA 3ULDA 4J2EA 1VSHA 3LP2A 4KHSA 1G15A 2X78A 3V1QA 4YNQA 3HYFA 4CJWA 3RMCA 4CJFA 1ASUA 1JL1A 5FRNA 3B6OA 4OPJA 1W0HA 1IH7A 3S3OA 1J9AA 3CQ8A 1RDBA 1NOZA 4E0DA 4FJJA 1I3AA 2EX3A 1HQUA 4C8LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQLN 2E2PA 4RWTA 4DFJA 1MA9B 1XHZA 4JYAK 3H45C 3FR0A 3C6AA 3SUOA 1X3NA 1NJZA 4M41A 2UU9K 4FWLA 3JSMA 3P38A 1JCGA 5KGXA 2Z1JA 3HL8A 4FLUA 3VMFB 2XY6A 4B8AB 1OVYA 3EZ5A 3TSUA 4KV8A 3CC2N 1WOQA 3VTIA 3RTVA 4DQIA 3FZLA 4BROA 1HKCA 3IG1A 3ULEB 4DTSA 4ZTFA 1XUPO 4HUEA 1ZBIA 3TR8A 2VG5A 3CC7N 3ZSZA 1IG8A 5C12A 4B3TK 2O8FB 4JN4A 3VQ4A 3CMAN 3VQCA 1IKVA 4HVJA 1GLAG 5CYMA 3NMUA 1HRHA 1NGAA 5JICA 1MU2A 3NF6A 4CFAA 4BY9C 4O4GA 3AGRA 4JV5K 5JLHA 1OH5A 3DM2A 2GX9A 1JLGA 4N5SA 4W5QA 3NGZA 2HOEA 4RW6A 2ZD1A 3AVKA 2E1ZA 1W2BM 3CJCA 5LMUK 4V19S 1VQMN 2FXUA 1SV5A 4RW7A 1RDUA 3RRHA 4NCAA 1OKJA 4GKKK 1ASVA 3JS6A 3OYLA 4Z4IA 3H1VX 2P51A 2YNFA 1VSMA 2O8EB 3PIOL 2UXDK 1XMQK 3AVAA 1S1VA 4CZGA 4YDUC 5KQDA 4DV5K 3O1BA 1DTQA 3O08A 3G71N 1X3MA 5LY3A 4K8XA 4CEOA 3LPTA 3HK2A 2XHBA 3G6EN 1X9MA 1B9DA 4AHRA 1D4XA 2W42A 1O13A 4I2QA 1RDCA 4B1VA 3PIPL 1NGDA 3C6TA 3KLGA 2P9IB 1BU6O 1EKEA 4K41A 3WQTA 4FWPA 3OYBA 4M3YA 3S41A 4FPBA 3NAEA 4IOAL 1BHLA 4B1ZA 1YXQA 4GW6A 4IG0A 4Y0WA 3GDQA 2ZJRL 2KHOA 2BANA 2ZGZA 3DXMA 3BZCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1VQL N;  2E2P A;  4RWT A;  4DFJ A;  1MA9 B;  1XHZ A;  4JYA K;  3H45 C;  3FR0 A;  3C6A A;  3SUO A;  1X3N A;  1NJZ A;  4M41 A;  2UU9 K;  4FWL A;  3JSM A;  3P38 A;  1JCG A;  5KGX A;  2Z1J A;  3HL8 A;  4FLU A;  3VMF B;  2XY6 A;  4B8A B;  1OVY A;  3EZ5 A;  3TSU A;  4KV8 A;  3CC2 N;  1WOQ A;  3VTI A;  3RTV A;  4DQI A;  3FZL A;  4BRO A;  1HKC A;  3IG1 A;  3ULE B;  4DTS A;  4ZTF A;  1XUP O;  4HUE A;  1ZBI A;  3TR8 A;  2VG5 A;  3CC7 N;  3ZSZ A;  1IG8 A;  5C12 A;  4B3T K;  2O8F B;  4JN4 A;  3VQ4 A;  3CMA N;  3VQC A;  1IKV A;  4HVJ A;  1GLA G;  5CYM A;  3NMU A;  1HRH A;  1NGA A;  5JIC A;  1MU2 A;  3NF6 A;  4CFA A;  4BY9 C;  4O4G A;  3AGR A;  4JV5 K;  5JLH A;  1OH5 A;  3DM2 A;  2GX9 A;  1JLG A;  4N5S A;  4W5Q A;  3NGZ A;  2HOE A;  4RW6 A;  2ZD1 A;  3AVK A;  2E1Z A;  1W2B M;  3CJC A;  5LMU K;  4V19 S;  1VQM N;  2FXU A;  1SV5 A;  4RW7 A;  1RDU A;  3RRH A;  4NCA A;  1OKJ A;  4GKK K;  1ASV A;  3JS6 A;  3OYL A;  4Z4I A;  3H1V X;  2P51 A;  2YNF A;  1VSM A;  2O8E B;  3PIO L;  2UXD K;  1XMQ K;  3AVA A;  1S1V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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