4AHSA

Parallel screening of a low molecular weight compound library: do differences in methodology affect hit identification
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
154
structure length
150
Chain Sequence
SPGIWQLDCTHLEGKVILVAVHVASGYIEAEVIPAETGQETAYFLLKLAGRWPVKTVHTDNGSNFTSTTVKAACWWAGIKQEDGIPYNPQSQGVIESMNKELKKIIGQVRDQAEHLKTAVQMAVFIHNHKRKGYSAGERIVDIIATDIQT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Parallel Screening of Low Molecular Weight Fragment Libraries: Do Differences in Methodology Affect Hit Identification?
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Human immunodeficiency virus
molecule keywords INTEGRASE
total genus 60
structure length 150
sequence length 154
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-02-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4ahsA00
1NJYA 1TL3A 4FLTA 3VQAA 1ZBLA 1WN7A 2RF2A 3LWLA 4KI6A 1U47A 3UIQA 4FJNA 1BQNA 4OGCA 3ZSOA 3LZIA 3PY8A 4CFCA 2HMIA 2HHVA 4DQPA 4ICLA 4B9UA 3TAEA 2R7YA 1T7PA 1D5AA 2EHGA 4CEQA 3OYMA 1HQUA 3L2VA 3QNOA 1DLOA 2ATQA 4C8NA 3V9XA 4FJ8A 1TAUA 1J5OA 1Y97A 1WSHA 3IS9A 1QSLA 3OVNA 4ZHRA 4PY5A 3IAYA 4DSJA 3I8DA 1Z26A 1SUQA 4M3UA 1FKOA 4DTNA 2DY4A 4KB1A 4M3XA 4M3ZA 4Z4HA 1UOCA 1ZBIA 1KFDA 4KKOA 1S1WA 1RDDA 1A5XA 4PUOA 2YV0X 2FBXA 4FM0A 2GBZA 1UAXA 4CE9A 1T8EA 3DLBA 1U4BA 4Z4CA 4J2BA 1BIZA 4IBNA 3HVRA 3SPYA 1GOAA 3HPOA 1BQMA 4N56A 1TV6A 1HJRA 5KTQA 2IGIA 2BGGA 2G8WA 2P5GA 1LW2A 3KK3A 4DWIA 2WONA 3ITHA 1KCFA 4HHTA 2HHWA 4CJRA 4FCYA 2YNGA 3AVAA 3MXJA 1JL2A 3OYAA 4C8MA 4BDPA 4F2SA 4Z4FA 3KLEA 3L2RA 4HUGA 4CEBA 4E1NA 4FJLA 1TL1A 3IRXA 4CFDA 3CM5A 4RW7A 1Z25A 2VG5A 4CGFA 2YNHA 1RTDA 5J1EA 1WSGA 3AO4A 1X9WA 3AVHA 3SCXA 4AILC 3DRSA 2O4GA 4GW6A 3TAMA 4C8OA 1KSPA 3OS0A 4CHNA 2KZZA 4KHNA 4JLHA 3V9ZA 3S3NA 3KJVA 2OZMA 2ZE2A 3SJJA 1BISA 4OKJA 5CYMA 3TABA 3AVGA 1RBSA 2Y1JA 4I9LA 5E41A 3LAKA 1NJWA 3OYKA 2YKNA 4ELTA 4FJJA 1RDCA 2NUBA 3U3GA 3WNHA 3DLHA 1RT3A 4CJFA 4CJUA 2XY8A 5KRSA 3NCIA 4CJWA 4F8RA 4W5TA 2IC3A 4FW1A 3ZSQA 2KFNA 1JLCA 2BE2A 1HRHA 3TANA 5HRPA 2HHSA 4FLYA 3SV4A 1B92A 4CEEA 1S5JA 3ZT4A 2E6MA 1SL1A 3NF9A 4CHOA 3LP0A 1JLGA 4OVLA 3O3FA 3MAQA 4B9NA 3DLKA 3QETA 3L2WA 2HVIA 1CZBA 3NF7A 4E7HA 3S3MA 3VQQA 2XO7A 3K58A 2HHUA 2D0BA 4KRFA 4DS5A 3V81A 2KFZA 5T7BA 1QE1A 2IS3A 4NCGA 4DF8A 3RWUA 1XI1A 4DTSA 3SQ2A 4KREA 1QS4A 4M3TA 2Z1GA 5EU7A 4DU1A 2VG7A 3QNNA 4ELVA 3VQPA 4E0DA 1LAVA 4JS5A 2KW4A 4ID1A 4Z4GA 3OYEA 3JYTA 3NAEA 3NGZA 1KRPA 4DTUA 1C1CA 4BE1A 4KO0A 5FDLA 1TK8A 4Q5VA 5J2QA 3VQDA 1CXUA 3KLGA 4CK2A 1QHTA 2OPSA 3M8QA 4K8XA 1YTUA 2F8TA 4HCBA 1IKYA 1CZ9A 4E19A 4E3SA 3NFAA 5CZ1A 4DLGA 1X9MA 4QCLA 3ZT3A 1SKSA 4DTPA 2XRIA 2PYLA 1BCMA 1JLFA 4KHUA 3DYAA 3OJSA 1ASUA 3DOLA 1KLMA 4FK4A 3M8RA 2IAJA 1RBUA 3ZSYA 4CGGA 3SUOA 3NDKA 4DG1A 2D5RA 1ZBHA 4L8RB 4FJGA 1KFSA 3QIPA 4FJMA 1C0TA 1WSIA 1S9EA 4B08A 1UA1A 1S9GA 1TK5A 3VQCA 1I3AA 3DLEA 3OJUA 3VQEA 5KGXA 5HP1A 1NOYA 3AVKA 1HPZA 3V9WA 3QO9A 3SQ1A 4FZXC 1WNSA 1ZBFA 3AVLA 4DFKA 3AVIA 4FJKA 4Z4IA 2Z1IA 3DM2A 1S1TA 4TSXA 3SUPA 1LV5A 1JLAA 3CM6A 3PO5A 4KV8A 4FXDA 4Z4EA 3B6PA 3KLFA 4B9MA 3T1AA 1QQCA 5HRSA 2W42A 1U04A 4FM1A 3PX6A 1VSKA 1I39A 3AA3A 5KI6A 1YT3A 3LWMA 2JLEA 1IO2A 4DSFA 2HHQA 4E89A 4CIEA 3SYZA 3AO1A 4DFJA 4CJPA 4M3RA 1C0MA 4J2EA 4YFUA 3LALA 3B6OA 4PA1A 4BACA 1VSJA 4FLXA 4DTOA 2Z1JA 4AHRA 3LP2A 4CJQA 1NK0A 1IKXA 1HNVA 2X6NA 1IH7A 3BDPA 2VWKA 5HLFA 1RDBA 4DQRA 1A5WA 1KVAA 4YNQA 3RTVA 4M3WA 4DSKA 2RN2A 3TAQA 4M41A 1L3UA 2F8SA 1EXQA 3VA3A 4FYDA 1S1VA 4G1QA 4R5PA 3SUQA 1U45A 1W0HA 1SL0A 3CG7A 4CFAA 4AHTA 4B3OA 2BANA 4OGEA 4HTUA 1N5YA 4CEOA 4RW6A 2DFEA 2Q3SA 4XIUA 1F21A 4EP5A 2HNYA 3OYNA 3BGRA 4ID5A 3WNGA 3HM9A 4IDKA 4EP4A 3K5MA 1D8YA 3VQ6A 4OLBA 1XWLA 1Q8IA 2G8HA 4ELUA 4OPJA 1TKZA 3C6TA 3TAGA 4CHPA 4LY7A 3OY9A 3HP9A 4H4MA 4DF4A 4M45A 4E7IA 1KTQA 4O4GA 3RMBA 5CYQA 4I2PA 4H4OA 4DU4A 2Y1IA 3F73A 1TK0A 3SZ2A 2P5OA 1REVA 3L8BA 1NKBA 4BDYA 3AVBA 3L2QA 3HJFA 2GUIA 4GVMA 3AVFA 1TVRA 4WE1A 3SNNA 1VSIA 3PUFA 4HVJA 3OYDA 4FJIA 1XC9A 4N76A 1EETA 1VSDA 3EY1A 3CQ8A 4DMNA 3ASMA 2P1JA 4CJTA 4KTZA 3TR8A 3S9HA 2OZSA 4DU3A 4AHSA 1BL3A 3LDSA 1NJXA 1S1XA 1D9DA 1NK5A 4CCHA 2HVHA 4I2QA 1RT7A 1WSJA 3HL8A 4EZ6A 4FJ5A 2QXFA 3NH1A 3RMCA 3QESA 4OLAA 1ZYQA 3KLHA 3VQ7A 3LPTA 4CJKA 1XHXA 1IKVA 1BI4A 4LSLA 4B8AB 3FFIA 3NE6A 3RMDA 3SQ0A 4LH4A 4CJSA 2ETJA 2LSNA 2FC0A 3NGIA 3ZCMA 4N41A 1LAWA 3HK2A 3LZJA 3VA0A 4KTQA 2I5JA 4IG0A 3MEDA 4CEAA 4FVMA 3QEXA 3QEVA 1UA0A 1NK7A 4FK2A 3OYBA 4PWDA 3P5JA 4CEZA 1BCOA 5K14A 4DTJA 1Q9XA 4NCBA 4AH9A 1O1WA 3SPZA 5I3UA 1S6QA 2FBTA 3SI6A 1Q9YA 2ITGA 1NJZA 1SV5A 4N5SA 4FJ9A 3AO2A 2YNFA 4KHYA 4QOZB 3K5NA 1T03A 4KTWA 4E7LA 3TWHA 2GV9A 4NYFA 4BE0A 4DFMA 4DSLA 3DRPA 4CECA 2G8IA 1QTMA 4CJ4A 4JRQA 1RILA 2VWJA 1YVUA 1B9DA 3KK1A 5J2PA 3P83D 4F3OA 2EX3A 1C0UA 3VQ8A 2DFFA 1SKWA 4DQIA 1VK0A 3T19A 4RG8A 5KRTA 2RPIA 1JLBA 4OJRA 4E1MA 5SWMA 3OYHA 5KGWA 2XHBA 1SL2A 3L3UA 4W5OA 4HUFA 4Y1DA 3AVCA 4FLVA 2HNZA 1U48A 5D3GA 5HRRA 3HPHA 2HHTA 4DLEA 3O4QA 1RTHA 3ISNC 1RBTA 1WLJA 2HB5A 3PV8A 1RTJA 1NK6A 4W5NA 3QINA 4FLUA 4J2AA 4CFBA 1A5VA 4KFBA 3H08A 2FBVA 4CGDA 3C94A 1RT1A 2WOMA 3DOKA 2B4JA 5C25A 1S6PA 1HMVA 4O55A 4RW9A 3RMAA 2BDPA 1RT4A 3RR8A 5FRNA 2XY5A 4LH5A 3V4IA 1KVBA 3SV3A 2HHXA 2OYQA 4CHZA 4OKKA 3KTQA 3S3OA 3NH2A 2ZQBA 2YHBA 1GOBA 4LD0A 4ZTJA 3O3HA 3NBPA 4DQQA 3C6UA 2X6SA 1YTAA 2G8VA 3ZSVA 4HUEA 2QKBA 3TI0A 1NK9A 2YKMA 3ZSZA 3MEGA 5HBMA 3MECA 3D0PA 4FLWA 3V9SA 4AHVA 3A2FA 3V1QA 2PYJA 5DMRA 1X9SA 4FJHA 3ULDA 4JRPA 3ZT0A 3QLHA 3OYJA 2A1RA 3KLIA 3LP1A 3U6FA 3KKSA 2G8KA 3CFPA 4H8KA 3HT3A 3KD1E 3T3FA 5SZTA 4NCAA 4F3TA 2PY5A 1ZBUA 1RDAA 3ZSRA 1S1UA 3U3YA 1JXBA 3E01A 1SKRA 2OPQA 4C8LA 3V1OA 3QEWA 3HYFA 4CK1A 3AO3A 3VQ9A 2G8FA 1IKWA 3LAMA 4FM2A 3K5LA 1QSYA 1TKXA 4C8KA 2KZMA 5FROA 4CF9A 4KPYA 4M42A 1ASVA 1NK8A 1RT5A 3THVA 3ZT2A 1QSSA 4AHCA 5FRMA 4ZTFA 3K5OA 4F2RA 4E7KA 4EZ9A 2D0AA 3V6DA 1G15A 1U49A 3KD5E 4DSIA 2X74A 1HYVA 3AVMA 4OPKA 1WAFA 2YHAA 3NGYA 3WNEA 3HP6A 3DLGA 4LSNA 2ZD1A 4Q0BA 1VSFA 3DRRA 2D0CA 1FXXA 3DI6A 2VG6A 1B9FA 1MU2A 3CYMA 2B5JA 1WAJA 1BHLA 1JKHA 1BGXT 4J2DA 3AA5X 3MEEA 3LP3A 1L3SA 1RBVA 2E6LA 3C95A 4AHUA 3TAFA 3PX4A 2Z1HA 4CERA 3K2PA 4IG3A 3AVNA 4B9TA 3HXMA 3AV9A 4QAGA 2XY7A 4GMJB 5CY4A 1GOCA 1W9HA 4KAZA 1LW0A 1RTIA 4MQ3A 5J2MA 4CEFA 4BE2A 3MXMA 4KB0A 1RNHA 1RCHA 1XHZA 3G0ZA 4I9QA 2AJQA 1LWFA 1L5UA 3AA4A 1UWBA 1RT6A 1CXQA 3OS2A 3I0SA 3OS1A 4KHWA 1TKDA 1T05A 3K57A 1EKEA 3EZ5A 1D9FA 1VRUA 2IDOA 3KIOA 2P51A 5C24A 5C42A 3OYCA 4IKFA 1HYZA 3ZT1A 1RT2A 4BWJA 4RW4A 3QEIA 1VSLA 2X78A 1KLNA 3NH0A 1WSFA 3ZSWA 4CHQA 4FLZA 1DTTA 3L2UA 1KVCA 1X1PA 3TAPA 1JLEA 4CJEA 1NK4A 3VQ4A 4OKEA 1FK9A 3HO1A 4O44A 3ZSXA 1DTQA 1NKCA 4Y1CA 4CIGA 4W5QA 1J53A 3NHGA 2O4IA 2F96A 3DMJA 4F4KA 4Z0UA 4FZYA 4FJ7A 1C1AA 2FBYA 1JLQA 1NOZA 1TGOA 4CK3A 4M3YA 5DK5A 4CGIA 4CESA 1J9AA 3LANA 3P1GA 2QK9A 3LPUA 3L3VA 4CJ3A 5J2NA 1HYSA 4CHYA 3M8PA 3QEPA 1NKEA 3PX0A 3KK2A 3D45A 3I0RA 4O5BA 3OYFA 2DTUA 3HVTA 3HSTB 1L3VA 1VRTA 3M8SA 1VSMA 3O3GA 4FK0A 3OYGA 3AA2A 1IG9A 2YNIA 2G8UA 4KHSA 4CGHA 3NF8A 2E4LA 3VQBA 3DLRA 3O4NA 3ALYA 3QIOA 2KQ2A 3JSMA 3EYZA 3K59A 4BDZA 4IFVA 4W5RA 2HNDA 1RBRA 4NYNA 3RR7A 3G10A 1CLQA 4FW2A 2OA8A 4N47A 2PZSA 1VSEA 2B6AA 1ITGA 1EX4A 2RKIA 4IFYA 4CJLA 1TKTA 3V9UA 3QERA 3SUNA 2QKKA 3WNFA 3PO4A 3VN5A 4B9SA 3CFRA 3AVJA 5JS1A 1C1BA 1WSEA 4CF1A 3IG1A 1R0AA 4DFPA 4DTRA 4DSEA 4B8CA 4BWMA 4CF2A 3OYLA 4E7JA 3SQ4A 1JL1A 1HNIA 3VQ5A 3OYIA 4KI4A 1C6VA 2OPRA 4KHQA 4JS4A 4PQUA 4DS4A 1L3TA 3CFOA 4HCCA 1TAQA 1FKPA 1K6YA 1VSHA 2OPPA 4CGJA 4RW8A 2DFHA 2KTQA 5CZ2A 5JS2A 4CJ5A 4DTMA 2HW3A 4MFBA 4CEDA 3V1RA 4K8ZA 1LWCA 2IOCA 3TARA 1BI4B 1LWEA 2JGUA 3HPGA 2XY6A 1HQEA 3MXIA 5I42A 4CIFA 3AO5A 4DQSA 4DTXA 3RRGA 4I7FA 2A1SA 3NF6A 1ASWA 1EP4A 3KKRA 4CF8A 4B9LA 1JXEA 4CJVA 4CF0A 5HROA 4FJXA 1J54A 1BIUA 4UQGA 3RRHA 4B9VA 4FZZA 5HRNA 1N6QA 3F9KA 4O0IA 4O0JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3VQAA 1ZBLA 1WN7A 3LWLA 1QVFM 4IFEA 4OGCA 3LZIA 3PY8A 4CFCA 1IJJA 2IVOA 3SAHA 1D5AA 2EHGA 1HQUA 3FZHA 4HWIA 4C8NA 1Y97A 2KKZA 4PY5A 3IAYA 2JWLA 3JS6A 4DSJA 3I8DA 1Z26A 5AQOA 3SAGA 1FKOA 4JK7A 4M3XA 5GAGP 5AQKA 4NLBA 5AQRA 1ZBIA 4KKOA 4FPAA 1S1WA 4PUOA 4CD1A 1YJNN 1UAXA 4CE9A 1T8EA 4J2BA 1U4BA 1JCEA 4KH6A 2UUCK 1GOAA 5LL6Z 5GAHP 4BVPA 5C10A 1LW2A 2YJFA 1P8ZA 3O08A 1X3NA 2YNGA 3MXJA 4F2SA 1JL2A 4C8MA 4K25A 3KLEA 4E1NA 4FWRA 4FJLA 1TL1A 4M63C 1NGDA 5KQDA 1K8AO 2VG5A 1RTDA 2O8BA 3AO4A 5AQPA 3BUZB 2O4GA 3JAMO 1V4SA 1KSPA 1YIJN 3OS0A 4AM7A 2ZE2A 3SJJA 1BISA 3HRGA 5AQQA 3FR0A 1RDCA 4WCEL 1ZXOA 1VQON 3VF2A 2XY8A 3CMAN 5KRSA 4FW1A 4B3TK 1JLCA 3U9DA 4FLYA 3SV4A 1B92A 4ISFA 3VEWA 3RSEB 2E6MA 3DLKA 3L2WA 4JKCA 1VQ9N 3S3MA 3NF7A 4E7HA 3VQQA 3LDOA 4DS5A 3V81A 4NCGA 4DF8A 1XI1A 3O6WA 4BRDA 1QS4A 4DV2K 2QM1A 5JLHA 4DU1A 3QNNA 4ELVA 3VQPA 1LAVA 4WQ4C 3OYEA 3NAEA 1SAZA 4AF1A 2QI2A 5FDLA 1TK8A 1HX1A 1NG9A 3KLGA 3CIPA 3M8QA 3TSPA 4HCBA 4XH4A 4ILGB 5CZ1A 3DJCA 4QCLA 3ZT3A 5AQWA 4OO1J 3P38A 3THXB 4FWMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3VQA A;  1ZBL A;  1WN7 A;  3LWL A;  1QVF M;  4IFE A;  4OGC A;  3LZI A;  3PY8 A;  4CFC A;  1IJJ A;  2IVO A;  3SAH A;  1D5A A;  2EHG A;  1HQU A;  3FZH A;  4HWI A;  4C8N A;  1Y97 A;  2KKZ A;  4PY5 A;  3IAY A;  2JWL A;  3JS6 A;  4DSJ A;  3I8D A;  1Z26 A;  5AQO A;  3SAG A;  1FKO A;  4JK7 A;  4M3X A;  5GAG P;  5AQK A;  4NLB A;  5AQR A;  1ZBI A;  4KKO A;  4FPA A;  1S1W A;  4PUO A;  4CD1 A;  1YJN N;  1UAX A;  4CE9 A;  1T8E A;  4J2B A;  1U4B A;  1JCE A;  4KH6 A;  2UUC K;  1GOA A;  5LL6 Z;  5GAH P;  4BVP A;  5C10 A;  1LW2 A;  2YJF A;  1P8Z A;  3O08 A;  1X3N A;  2YNG A;  3MXJ A;  4F2S A;  1JL2 A;  4C8M A;  4K25 A;  3KLE A;  4E1N A;  4FWR A;  4FJL A;  1TL1 A;  4M63 C;  1NGD A;  5KQD A;  1K8A O;  2VG5 A;  1RTD A;  2O8B A;  3AO4 A;  5AQP A;  3BUZ B;  2O4G A;  3JAM O;  1V4S A;  1KSP A;  1YIJ N;  3OS0 A;  4AM7 A;  2ZE2 A;  3SJJ A;  1BIS A;  3HRG A;  5AQQ A;  3FR0 A;  1RDC A;  4WCE L;  1ZXO A;  1VQO N;  3VF2 A;  2XY8 A;  3CMA N;  5KRS A;  4FW1 A;  4B3T K;  1JLC A;  3U9D A;  4FLY A;  3SV4 A;  1B92 A;  4ISF A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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