4AJ7A

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei (oxidized form).
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACMPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Expression, Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Studies of Different Redox States of the Active Site of Thioredoxin 1 from the Whiteleg Shrimp Litopenaeus Vannamei
pubmed doi rcsb
molecule tags Oxidoreductase
source organism Litopenaeus vannamei
molecule keywords THIOREDOXIN
total genus 36
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4aj7A00
3HVVA 1ACVA 7GSSA 2HZEA 2AUVA 4TXVA 1TU8A 2XHFA 2PVOC 1XW9A 3DIEA 2MBSA 6GSYA 4FYUA 1WPIA 1U3AA 3Q6OA 1YEXA 2LKUA 3P8WA 1A2LA 4MDCA 2DJ1A 3IDVA 1LJRA 2IJYA 2VCXA 4EL1A 5ENUA 1F2EA 3VI5A 4POMA 17GSA 2RM6A 3EC3A 1X9MB 4N11A 4TR0A 22GSA 1A8YA 1JZOA 3F4SA 4NV5A 5H5SA 3ZREA 4HJMA 1GTIA 1AXDA 4F03A 5D93A 4OO4A 3WGDA 1FHEA 5ECRB 4DSQA 2DMMA 1TKDB 3VI7A 3LFLA 2HRNA 2GS3A 1O7UA 5GAND 3G9BA 3FZ4A 4NHZA 2VAFA 2WDUA 1PGTA 3KIJA 2C3QA 2GT5A 3UVTA 1VF1A 2P5RA 5L71A 2GQLA 2NVLA 3VPTA 3M9KA 4J56E 1I9DA 1R5AA 2MMZA 4KE3A 4IW9A 2WULA 4H86A 2QC7A 3TJBA 2ZCTA 2R5GA 1UVZA 4IELA 4MA9A 2M80A 3VLNA 3KTLA 9GSSA 2H01A 4ZL8A 2O8VB 3C1SA 1PD21 5DBQA 1Y6EA 5A4VA 4POKA 2VOCA 2JZRA 2GSQA 1EP7A 2QGVA 5D9WA 2AJQB 4GQFA 4OFTA 1PSQA 3V1WA 1TI1A 5ECKB 3FK8A 1OKDA 1EV4A 1Z5YE 3TRPA 4E8HA 5ID2A 1GSUA 1BJXA 4WKWA 5CRWA 2PVQA 4L5LA 4XTSA 1MDJA 2OA7A 4JEDA 2OBKA 1V98A 1S3DA 3GKKA 3UBKA 3RHCA 5D8IA 5CO3A 1YF0A 5KN2A 2B5XA 3QCPA 1OC8A 5J5NA 2DJKA 3FRCA 1HYUA 1ZZYA 2AB6A 5J4UA 4KDUA 3RDWA 3HKRA 1TOFA 2O89A 2OKAA 4HQSA 1Z3EA 2CZ2A 1TK8B 1K0CA 4HI7A 5G5FA 4HQZA 2HYXA 3HZ4A 2CVDA 2CAQA 4ZIJA 3GSSA 2NTOA 1F3AA 4XS4B 1IYHA 5ECMB 2GVPA 3TDGA 6GSUA 4Q5FA 2H71A 2VD1A 1YY7A 5DAKA 2PERA 1PKZA 1URMA 5HFIA 1G6YA 2K9FA 4IQAA 2YOIA 4EF0A 2H6ZA 5HR3A 1PL2A 3M9JA 4GLTA 4XRDA 3C71A 2C0FA 2E2GA 3HDCA 3KEBA 2VIMA 3I43A 3CRUA 2FGXA 1Y25A 2C1YA 3D5JA 3H4KA 2GSSA 3A3TA 4MZBA 2O87A 2YJ7A 1A24A 4IQ1A 2R37A 3S9FA 2OJLA 4F0CA 1WMJA 4MJEA 2BJXA 1T3BA 4BL7A 5EY6A 4TR3A 1K0AA 2H1GA 3HVXA 2FWGA 2HLSA 1FB6A 1XVQA 2YWMA 1BEDA 2AV4A 4Q5RA 1XWBA 3UOMA 4K2DA 1UN2A 4Z7XA 4AJ8A 3GHAA 5B8AA 1R7HA 3ZFBA 2FA8A 1V58A 3GRXA 3C73A 1NHOA 5JCGA 5ELAA 4HZ2A 4I5QA 2WRTA 1XFLA 2JSZA 3ZIJA 4RI6A 1CQHA 4KUNA 4IS0A 1XWGA 2H1DA 5KN3A 1XW5A 3KGKA 4MJBA 4AF2A 1T8EB 5AISA 2N5FA 1Q98A 3Q18A 2PMTA 1GSQA 1VGLA 6GSVA 3A2VA 1G0TA 1JLVA 3L9UA 2L59A 5GSSA 3TKSE 2GTUA 3HZ8A 4CW9A 3FZAA 2GLRA 1JFUA 1EP8A 1U87A 3Q74A 3EINA 5GSTA 1MDKA 1BG5A 4OCEA 13GSA 3F6FA 2C8UA 4GF0A 4MZCA 4ZB6A 1NW2A 5JCWA 1OE7A 3GX0A 1QUWA 5AIVA 1MTCA 1A2JA 2DJ3A 1T00A 3KTBA 1AAZA 3IAS2 1KEBA 1DBYA 3MSZA 2L4QA 2I4AA 3GN3A 2KP2A 3BOAA 2X99A 4Q5QA 5IOWA 3UARA 1EZKA 1V2AA 3H1NA 4ULXA 3E9JB 3LYPA 3QOUA 4EO3A 1AUCA 5F06A 4KDXA 2B7JA 5G1LA 2DLXA 4FYBA 2MBTA 2PN8A 5F0GA 3KCMA 3F3QA 1X9WB 1ZCPA 2RLIA 4KX4A 3IV4A 2JADA 1GUHA 3TRXA 1W4VA 4PQ1A 2DJ2A 4KGIA 1VF2A 3IK7A 4RQXA 1XWAA 1V40A 2YZUA 3LXZA 2IPAA 1TDIA 1H75A 2MMAA 5GAPD 3TJFA 5ECHB 4MJAA 3EU4A 3EWLA 5ABRA 3F6DA 3PGTA 5IMFA 1RK4A 5JWRB 3M1GA 1GSYA 4N30A 1JZDA 1Z6MA 5HQPA 1QFNA 2WGRA 2WCIA 2H0GA 4ILFA 2F8AA 2B3SA 3BBYA 3ED3A 1N2AA 3LWAA 1HD2A 3G7IA 3M8NA 2CT6A 1K3YA 1SL2B 3EMPA 1QGVA 1YKCA 4V2MA 1XZOA 3MDKA 1SKRB 2OE3A 2KOKA 4NV2A 2BTOT 2XPDA 5C00A 2O7KA 4XS1A 3KMOA 3L0HA 1QQ2A 3GURA 2YV7A 5IQYA 2VCVA 2EC4A 3GTUA 2VCZA 3EE2A 3CMIA 3FR6A 1XIYA 3TUEA 2TRCP 4EVMA 1I5GA 3H79A 3M0FA 3ZMKA 1ABAA 1X0RA 2OADA 19GSA 4TR4A 3GKNA 2ES7A 4E8EA 3VWXA 3ZRDA 1T7PB 2J9HA 4MMMA 1ST9A 3RPPA 2LSTA 2H0IA 1ERWA 2OACA 4DSSB 3CSIA 3QAVA 4BWQA 2X8HA 2EIRA 1PX6A 3CYNA 1GTUA 3MNGA 3UBLA 1YZXA 1AIUA 3ZYWA 3EVIA 3FKFA 11GSA 1A23A 1GLPA 1TU7A 4ECJA 10GSA 1N8JA 3CTFA 4L5OA 2N5AA 16GSA 5G5EA 3PINA 1OC9B 2BMXA 4D73A 4F82A 4GSTA 1AC1A 1NSWA 2V41A 4GRFA 5EVOA 2LNSA 3DKSA 2JACA 2H30A 1R5PA 4KH7A 1A8LA 4LMVA 2VLTA 2CQ9A 1MDIA 5IMDA 3QFAC 2HZEB 1SYXA 1B4QA 5IMZA 4POBA 6GSXA 4YH2A 3F0IA 4PXOA 3ZL5A 1GSFA 5CRHA 1W89A 5INYA 1EV9A 3LG6A 4L8EA 4HU7A 5F07A 4KB3A 4KAEA 4FYCA 2B7KA 5IIZA 3AY8A 1SYRA 1SJZA 1ERTA 1GH2A 1TXXA 2B1LA 3RAZA 1B9XC 4TXOB 5DVBA 3NIVA 2HRFA 3TB2A 5G30A 5D9VA 4IP1A 1VF4A 3KMNA 3Q19A 1AQVA 14GSA 4PURA 1TI3A 3H93A 3TCOA 5JWQB 5DALA 5ECNB 3CSHA 3HY2A 5LD0A 1FAAA 3GIXA 2HSYA 1SENA 6GSWA 3ERGA 5IPHA 1J0FA 3D22A 3QFBC 5AIXA 5AGYA 1BQ7A 4PUFC 4PQHA 5HR0A 2B5EA 1XOBA 2YN1A 4IKHA 1NM3A 4BPYA 4MF5A 5CYYA 5LNKe 2VUPA 3WGXA 4LL4B 3JCML 4ZBDA 3ZVJD 2YWOA 3APSA 2RM5A 3LYKA 4XS6A 3UL3A 2FLSA 4ZL9A 1OYJA 4O5RA 1XPVA 1AQXA 4CDOA 2LUSA 2E2MA 3GX8A 4K7IA 1G7OA 1BAYA 3GL5A 4WBJA 2LQOA 2GZYA 2R2JA 1R4WA 2FHEA 4PX1A 1MD3A 3F8UA 4ZBAA 1F3BA 3RBTA 2YANA 5ELGA 3TOTA 4KSOA 1JHBA 3MAKA 20GSA 2WB9A 4I97A 5CP1A 1ZGNA 3TOUA 3A2XA 1K0MA 2GSRA 5ID2B 2LS5A 3QDNA 3BJ5A 2DIZA 1PMTA 1ZYQB 3M3MA 4HS1A 3FHKA 1THXA 1SD9A 3F4TA 3IR4A 4MCUA 1SK2A 2LV3A 3W8SA 4V2LA 1G6WA 1YF1A 1QXHA 3UJ1A 5IO2A 1DE2A 1K0NA 3CRTA 1FVKA 4QL7A 3ZVJA 2HZFA 1SJIA 2IFQA 1XXUA 5FHIA 1TP9A 1RW1A 4TOPA 2KLXA 4O92A 2HE3A 5DAKB 1Z6NA 3UMAA 4DVCA 4HZ4A 2DJ0A 1Z7PA 1O8XA 3BCKA 4V1Ag 2YZHA 2LRTA 3G7JA 4JE1A 4ZXGA 1O85A 4MPGA 4FH8A 2GQMA 1TRUA 4LMWA 3LQ7A 4NHWA 5DJMA 2LRCA 4G9HA 3C8EA 4X0XA 1BYEA 1XWKA 2GZZA 5A4UA 2QKEA 5DQSA 4LA1A 5DQYA 4CHSA 4DEJA 4OFNA 3FW2A 2AYTA 2H6YA 2XC2A 1SKSB 1GNWA 3GYKA 5ECQB 4V1Ap 4X1UA 3FYGA 1WRYA 3FY7A 3HXSA 5DJLA 1H4OA 3PH9A 4TR1A 4WEYA 3W8JA 1OE8A 2ZUPA 4BVYA 1ZMAA 5D73A 5LCZA 4ISDA 3IPZA 3HD5A 2RUEA 3SBCA 1HNCA 3WD6A 3UVHA 2CAIA 4K7OA 1PX7A 2V2GA 1UC7A 5H5RA 5HR2A 2GDRA 2Z9SA 5B6MA 1X9SB 1OC3A 2PPTA 2VM1A 2IL3A 4TN8A 2LEGA 2YNXA 2DC5A 3J7Yb 5J9CA 2FUG2 2K8SA 4JR6A 4HJ2A 4MF7A 1EOGA 3NOFA 2F8FA 4KCAA 5IMVA 3KXOA 2OE1A 1DUGA 4AGSA 3CTGA 3TKSA 3HVSA 1XW6A 3IOSA 2VO4A 3PR8A 4YQUA 4K1FA 2L4CA 2JL4A 4KSMA 3HJMA 4YAPA 1PA3A 3QR6A 1OAZA 3DRNA 5EL8A 2H74A 2C80A 2GQKA 4P3YB 3QPMA 1LBKA 2B5YA 1YJ6A 2VLVA 2C3NA 1EOHA 2M46A 2LQQA 5CNWA 3ISOA 2FWHA 3GA4A 3OR5A 3TJKA 2CZ3A 4WXTA 1JZRA 3GFKA 1ILOA 3J7Yk 4MK3A 2L5OA 4X43A 2MMOA 3F9UA 4WR5A 5D9TA 2ALBA 1GUKA 4N0ZA 1SKWB 1YEPA 3HHVA 4MP4A 1SL1B 2KP1A 2HSHA 1Z7RA 2A4VA 4KDYA 1GULA 5AN1A 3UEMA 4PNFA 1T4YA 2MMNA 4IJ3A 5F8BA 1PRXA 3IE3A 4WF5A 1HQOA 3EU3A 1VF3A 8GSSA 3R2QA 4EC0A 4O32A 2JSYA 4EDYA 2RUFA 2F9SA 4F0BA 4BVXA 1M99A 1K3OA 2C4JA 4BWSA 4EDZA 3F63A 1E2YA 1B8XA 1ZOFA 4OWYA 2R6KA 1KTEA 2A2RA 3RPNA 5GZZB 2NDOA 2MZCA 5IOXA 2HFDA 3SWLA 1TJDA 3EMXA 2H72A 3P7XA 3U5RE 2VL2A 3GMFA 4MJCA 12GSA 4NAXA 2DJJA 4QQ7A 3WT2A 2B6MA 4IVFA 3ERFA 2LJKA 4I2TA 2R3XA 1B4PA 5E59A 2N5BA 3HA9A 4NPBA 3DGQA 2LRNA 5JWOB 4I6XA 2H76A 4MH2A 4TKYA 4GWRA 2NBSA 2C3TA 4GTUA 2CV4A 4WBRD 3KP9A 3ME7A 3IRAA 2B1KA 2H66A 1GRXA 2GZPA 2P5QA 1EEMA 1WOUA 2MYGA 3GL3A 1TRSA 5D9XA 3HCZA 3TJGA 2DIYA 3APOA 3ZFLA 4QL9A 4MABA 1A2MA 2FNOA 1GLQA 1M2BA 1ZL9A 2E7PA 4MH3A 2H1BA 2H6XA 5KN0A 1SK0A 4IP6A 4MF6A 1JZWA 3GTUB 3ZIVA 4ACSA 3GH6A 2CX3A 5G1KA 2HT9A 2I9HA 3ZMLA 3IAM2 5ECIB 1A0RP 4ZB8A 2ZNMA 3IBHA 4F2IA 3WGEA 4IBPA 3ZLPA 1WIKA 2JU5A 3VFIA 3TRQA 2AHEA 3U6VA 2WS2A 4NWYA 1DE1A 1XVWA 2REMA 5IPGA 5G31A 1LU4A 1K0BA 2K6VA 3WT1A 1SK1A 4ID0A 5DCHA 1MEKA 4L0UA 3FR3A 2C0EA 2GSTA 4ECBA 2IIYA 4OCFA 4OMVA 1CQGA 4TXOA 2VD0A 3D21A 1U88A 3GKMA 3H8QA 3D0ZA 4JBBA 4LLRA 1M2DA 1J08A 2TIRA 5H5QA 4K9ZA 2PWJA 4G10A 4D73B 2ON5A 1OVNA 4RUVA 1KNGA 3K8NA 1U6TA 1YKAA 2DMLA 2EIQA 3QAWA 2NPBA 2H1AA 1K0OA 2K8VA 3LXTA 4OO5A 3US3A 2YPMA 3UIWA 4JRRA 2H8LA 4I8BA 3LORA 4EXJA 2YWNA 2YCDA 2C0DA 3D4MA 4EE0A 1YDKA 2EIOA 4HU9A 4KA0A 3KD0A 1FG4A 18GSA 1F9MA 2IMFA 2K18A 3W6GA 4AJ6A 3LEFA 3WYWA 3I69A 1XWCA 3DMLA 1WJKA 2C0GA 1USBA 3APQA 1PL1A 2FA4A 4HEA2 4AJ7A 2IMKA 2VCWA 3HJPA 1AW9A 1GSDA 4F9ZA 2F51A 4ECIA 2V6OA 3KJYA 2QSIA 3ZZXA 3GSTA 1O6JA 2OBIA 3P2AA 5EPFA 4RI7A 1F6MC 4GCIA 3E3EA 1WP0A 5DALB 2CA8A 2FWEA 3VPQA 1O73A 4FO5A 3I6AA 3VK9A 2H75A 2I1UA 1M9AA 3BCIA 3P90A 3C7MA 5HFKA 4IN0A 4OD7A 1M0UA 4ML6A 1JLWA 2DSAA 3KH9A 4NMUA 1GTAA 4IHUA 5HFGA 2VLUA 4KW6A 5ECLB 3EYTA 3TKPA 1QK8A 2VL3A 1SL0B 4XS4A 4G2EA 2IMDA 1X5CA 2TRXA 2L5LA 5CREA 1X5EA 4EKZA 4MPFA 3L4NA 2PGTA 3IK9A 4JR4A 4ZBBA 1Z9HA 5IM9A 4DSRA 2IN3A 3QAGA 4YQVA 3FEUA 4XRAA 1TRWA 2G0FA 2LJAA 1F37A 4XIHA 1U3IA 4K0GA 5J41A 3F3RA 3KZQA 1TTZA 3TKRA 3N5OA 4HOJA 3VWUA 3DEXA 1C72A 1R26A 2WJUA 3QD9A 1UA5A 5DDLA 3DVWA 3FR9A 3EURA 2V32A 3L9VA 3NZNA 2FY6A 2R4VA 1EEJA 2YWIA 4XCSA 3DWVA 5IMAA 2CVKA 2OE0A 4JZQA 3KH7A 4K7NA 4K6XA 1PN9A 4ZL7A 1XOAA 4BA7A 3BD2A 3MWHA 4MLYA 5F05A 3GH9A 2P0GA 2IWTA 2JZSA 5KN1A 1SJ6A 5G2ZA 1ERUA 3TKQA 1SU9A 2RIIA 1G7EA 3GV1A 4WR4A 5J9BA 2IFQB 1VRSD 1RQMA 3CBUA 2H73A 6GSTA 3G7YA 3UAPA 4TRXA 1QMVA 2HI7A 2GGTA 1S3AA 1PKWA 5FWGA 1J9BA 2CVBA 4N0VA 3DVXA 3KM6A 1S3CA 2FWFA 1X5DA 2VM2A 1ON4A 2L57A 2KUCA 3LGCA 4OFMA 1TK0B 3ME8A 3ZITA 1FOVA 5C04A 4V2NA 1EGOA 1BX9A 2HXKA 4HDEA 3VWVA 1GP1A 2X8CA 2IMIA 4I2UA 3FZ9A 1M2AA 3N9JA 2LTKA 2PUKC 2X64A 1V57A 5ECOB 1DSBA 2V1MA 3TJJA 4HUAA 4K8MA 2XBQA 1GUMA 2VCTA 4ML1A 4NXIA 2WFCA 2I81A 2X8GA 2XPEA 5ECSA 4TR1B 1ERVA 2F3MA 4GSSA 4FIWA 4ZB9A 5B6NA 4TVEA 3E0UA 2H0HA 5COHA 3F4RA 3CXGA 2XBIA 2M72A 2DBCA 1FO5A 1TRVA 3KP8A 1WE0A 4RQRA 4TW5A 4WETA 2FD3A 3VWWA 1EGRA 4N10A 2FCHA 3TKSC 2A2SA 3FZ5A 1AQWA 2H70A 1TK5B 3IA1A 4G19A 5J3RA 2L6CA 5CRGA 2CX4A 2E0QA 4LL1B 3O3TA 1WWJA 6GSSA 1PQNA 1XBSA 4GSNA 4POLA 1T4ZA 1HNBA 1HNAA 2GT6A 3LJRA 5E4WA 1GL8A 1FB0A 1MD4A 3TGZA 1B9YC 1SD8A 1GNEA 3DXBA 3DYRA 2D2ZA 2P31A 1FVJA 1KBNA 5KEJA 1A0FA 2WZ9A 4XHMA 3L78A 5IO0A 4J57E 5ECPB 1M7TA 1O8WA 4KCEA 4PUAA 2PU9C 4L0WA 2ON7A 1Q4JA 1K3LA 1NHYA 5DCGA 3L9SA 1GSEA 5FT3A 3HJOA 3GUSA 4O7HA 2LJRA 1O81A 4KNDA 1TW9A 4GQCA 5D96A 2PBJA 1E6BA 2YV9A 2J23A 5HR1A 3IHQA 4PQIA 1YQ1A 2IMEA 5A5KA 1T1VA 4ZILA 2V6KA 4IJIA 2I3YA 2L6DA 1ZYEA 1XCCA 1GTBA 3IXRA 3A5WA 4YAVA 1EWXA 3VURA 4EUYA 4PGTA 1V9WA 5IMCA 4ECCA 3IC4A 2VL2C 5JCUA 3HYPA 3I9V2 4K0NA 4JU5A 5CRDA 5B7CA 4DSSA 1B48A 2YP6A 3O6TA 2VL9A 5CAXA 3ZTLA 2AAWA 4PNGA 1K0DA 4GXZA 2O85A 2H19A 2YJHA 2LNTA 1IYIA 2HNLA 2G2QA 3CSJA 1GSSA 3C1RA 3RHBA 3D6IA 4Q5NA 3ERWA 3A2WA 3LSZA 3O76A 1OC9A 1GWCA 3QMXA 4WF4A 5B8BA 4YQMA 2KHPA 5A4WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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