4AJ7A

Crystallographic structure of thioredoxin from litopenaeus vannamei (oxidized form).
Total Genus 36
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
36
sequence length
105
structure length
105
Chain Sequence
MVYQVKDQEDFTKQLNEAGNKLVVIDFYATWCGPCKMIAPKLEELSQSMSDVVFLKVDVDECEDIAQDNQIACMPTFLFMKNGQKLDSLSGANYDKLLELVEKNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Expression, Purification, Crystallization and X-Ray Crystallographic Studies of Different Redox States of the Active Site of Thioredoxin 1 from the Whiteleg Shrimp Litopenaeus Vannamei
pubmed doi rcsb
molecule keywords THIOREDOXIN
source organism Litopenaeus vannamei
molecule tags Oxidoreductase
total genus 36
structure length 105
sequence length 105
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 1.8.1.9: Thioredoxin-disulfide reductase.
pdb deposition date 2012-02-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00085 Thioredoxin Thioredoxin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.30.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Glutaredoxin Glutaredoxin 4aj7A00
1GUKA 4KDUA 2H1DA 1T3BA 3U6VA 5GAND 3EURA 4WEYA 3H4KA 2O85A 3ME8A 4NMUA 2H8LA 3UVTA 4IN0A 2K8SA 2WZ9A 4PXOA 5IPHA 2CVDA 2FWGA 2B6MA 4KW6A 1EP7A 1GNWA 3LFLA 3EWLA 4BVYA 1U3IA 3TGZA 3FK8A 3HCZA 3WGXA 2KP1A 1JHBA 1AIUA 5CP1A 2N5BA 5J3RA 2QSIA 2LJAA 2P31A 1VRSD 5ECLB 2KOKA 2A4VA 1PX6A 1Y6EA 4OCFA 4TXOA 1AC1A 2GT5A 1LU4A 2YPMA 3DKSA 1YQ1A 9GSSA 2H1AA 3LYKA 1O6JA 2YJHA 4LMWA 2CVBA 2IMFA 4IJIA 1XBSA 20GSA 1NHYA 4FIWA 3MWHA 2C4JA 4FH8A 2AYTA 4HZ2A 5IO0A 5AIVA 4MMMA 2EIOA 4AF2A 2WDUA 4F0BA 3HJMA 5D93A 4KDXA 4ZILA 5HR2A 3RHBA 1ACVA 2C3NA 2A2RA 3N9JA 2G0FA 4F03A 1HQOA 3P8WA 1EV9A 2YWIA 3GNJA 4L0WA 4OD7A 1M9BA 4LLRA 4XRAA 4Q5FA 1TOFA 4MJBA 3D22A 1OC8A 1SYRA 1XCCA 3F8UA 2DIZA 4TR3A 5B8BA 3TOTA 3DYRA 3I6AA 2DJKA 3TRQA 4N10A 2H70A 2B1LA 3GSTA 1OC3A 1K3LA 4LMVA 2CX3A 1X0RA 1AAZA 1MTCA 3A3TA 5AIXA 1A2LA 1UN2A 3TCOA 2XPEA 2FCHA 4XIHA 5GSSA 1TK8B 3HA9A 3IPZA 2C0GA 1WOUA 4ZB6A 1LBKA 1G7OA 3GURA 4BWSA 5J4UA 1GSSA 1Z6MA 2R3XA 1YY7A 1TI1A 1QGVA 2E0QA 3ZLPA 2B5EA 4WKWA 1EOGA 4K7OA 2VLTA 4ZBAA 4TW5A 1WP0A 2VIMA 1XWGA 4ECBA 3BCIA 1LJRA 5ECKB 2WCIA 8GSSA 1ERWA 3GRXA 3ERWA 4HOJA 3TDGA 1V98A 1ZOFA 4HEA2 2IPAA 4ECJA 4HDEA 4L8EA 1BJXA 1V2AA 4D73B 4IKHA 5DQSA 2N5AA 1A24A 1M2BA 4PQHA 1GSYA 2EC4A 1XZOA 1G6YA 1Z5YE 5ECRB 4EF0A 2OE0A 3LQ7A 2M72A 2H6ZA 2CZ2A 2YOIA 3IXRA 5G30A 4GSNA 4K0NA 3IC4A 1YZXA 3M8NA 4FYUA 1GSEA 5E59A 3L4NA 5C04A 2OBIA 1TP9A 4MF6A 1AW9A 3RPPA 4F82A 3GH9A 1GUHA 3WGDA 1G7EA 1ON4A 4WBJA 1F37A 2VLVA 4LA1A 2GDRA 3LGCA 2AHEA 2VCQA 2LUSA 3UBLA 1A2JA 1SYXA 2DJ2A 3F4SA 5IIZA 3GN3A 1R5PA 4HJMA 2H72A 3DIEA 5KEJA 1SK1A 3SBCA 5C00A 3I69A 2RM6A 2X99A 4YQMA 2GQMA 4D73A 2YZHA 3GTUB 2MZCA 5IMZA 4BL7A 1ZMAA 3TKSC 4K1FA 5HFIA 1KBNA 1T8EB 5D9VA 1WWJA 3J7Yk 2Z9SA 2F9SA 3J7Yb 4Q5RA 4ZBDA 2VL2A 3TB2A 2PVOC 3OR5A 2AJQB 5ECSA 4YAPA 2WJUA 3H93A 3U5RE 5KN0A 4O5RA 3KJYA 2OE1A 5CAXA 2H01A 3M1GA 1YF0A 4IW9A 1NM3A 4FYBA 2LEGA 6GSYA 4HQZA 4XS6A 5ID2B 2OE3A 5B7CA 4F0CA 1UVZA 2LQOA 2ZUPA 5IM9A 1K3OA 2IMIA 2YWMA 3QFAC 5B6MA 2E2MA 3TOUA 5EPFA 5A4WA 1URMA 1N2AA 1AQXA 2NVLA 3VWXA 1PRXA 4ZL9A 3K8NA 1WIKA 2NBSA 2IFQB 5JWOB 2VCWA 5DDLA 5KN2A 3IDVA 5KN3A 2I81A 1A0RP 5G1KA 5HR1A 3PGTA 3CTFA 1FHEA 2L4QA 3FYGA 2VLUA 4XS4B 5DCHA 1I5GA 3IK7A 5HFKA 4NV2A 2B7JA 2PBJA 1SK2A 2LJRA 3HD5A 4EO3A 4J56E 1U3AA 4POBA 1YEPA 2F8AA 1T1VA 6GSXA 2VCXA 1O8XA 3E9JB 4F9ZA 2ZNMA 3TKQA 2WGRA 2H1GA 2AUVA 2YV7A 1EGRA 4PNGA 4K7IA 3TJFA 2H0IA 3ZVJD 3UEMA 2FWHA 2CX4A 4E8HA 4JZQA 1SD9A 5ID2A 2L59A 3DWVA 1OC9A 1Z7PA 4OFMA 4DSQA 2L5OA 4MCUA 2TRXA 5IMVA 3F3QA 5H5RA 5IMCA 1WMJA 4NAXA 5ECIB 4KCAA 4NWYA 5G5FA 2R37A 1HNBA 3EINA 1OKDA 3IV4A 5JCGA 3CTGA 2V2GA 4I2UA 4NHZA 1A0FA 2HZFA 3ZIVA 5EL8A 5AGYA 1XWBA 3EMPA 1RQMA 1ZCPA 3G9BA 2FUG2 3KP9A 4ACSA 3ZTLA 4HUAA 1FG4A 3JCML 3ZITA 1GWCA 3CSIA 2GSSA 2LNTA 2O8VB 4FO5A 1B48A 1TXXA 2TRCP 2GS3A 5IOWA 3MDKA 1DUGA 2X64A 2TIRA 1GSDA 1PSQA 2WRTA 3GMFA 5CO3A 1PX7A 2JADA 4E8EA 3QD9A 1XXUA 2R6KA 3QDNA 3N5OA 1WRYA 4GRFA 4I8BA 3IE3A 5B6NA 4XCSA 2IN3A 2MMAA 2LNSA 4O92A 2O89A 4EVMA 2D2ZA 10GSA 4OCEA 4HQSA 4GTUA 4TXOB 4IQAA 4J2FA 5ECQB 3Q74A 3L9SA 1Z3EA 1ERUA 3HVSA 4KA0A 3ISOA 1MEKA 1YF1A 3A2VA 2BJXA 2HRFA 3UBKA 1BYEA 4TVEA 4MP4A 4ML6A 1OKTA 2RUFA 1SJIA 4HS1A 2P0GA 3KZQA 4KDYA 2RUEA 3CSHA 3NIVA 5J9CA 5D9TA 2ALBA 1R26A 2VO4A 3HKRA 6GSTA 2MMZA 3M9JA 3C73A 2MYGA 4KNDA 1GP1A 2LRCA 3GX8A 4ZIJA 3UIWA 1SJZA 4MK3A 2HSHA 2V41A 11GSA 3IAS2 1BG5A 3FZ4A 5LCZA 3APOA 4XTSA 3KH9A 4ISDA 4PQIA 1AXDA 3GKMA 2PVQA 4MF5A 2VUPA 4G2EA 2PN8A 5DVBA 2WFCA 2AV4A 2K6VA 4GQFA 5J5NA 3LEFA 1FOVA 4MH3A 3GYKA 1RW1A 1TK5B 2NDOA 2HRNA 1DSBA 2JZRA 5FHIA 4MLYA 3C71A 4KE3A 4JU5A 2GQLA 4AGSA 2HXKA 3US3A 3BD2A 4BVXA 5CYYA 4MDCA 1KTEA 4IJ3A 2DSAA 3CXGA 2F3MA 4NHWA 3FZ9A 2GZYA 4K9ZA 2R4VA 4ILFA 1EP8A 1XWKA 2H6XA 2DMMA 1W89A 1R4WA 3C8EA 3RDWA 2DJJA 3E0UA 3ZMKA 1FAAA 3C1SA 4G19A 2H30A 2L57A 2VM1A 1Q98A 3CSJA 3KCMA 1F6MC 3TJBA 3LYPA 1X5EA 1TDIA 3M3MA 1UA5A 1E6BA 3VI5A 3SWLA 2LQQA 4DSRA 3TUEA 2K18A 5CRWA 4IGJA 1MD3A 2I9HA 1USBA 1GTAA 2XBQA 3F6DA 2PUKC 4P3YB 2PPTA 3TKPA 2YJ7A 3G7IA 1EZKA 3KMNA 2VCVA 3FR3A 4MF7A 4BWQA 4PURA 3VWVA 1O8WA 4KCEA 1FVJA 4KAEA 3IHQA 2MBTA 2FD3A 3O3TA 3GH6A 4O32A 1EGOA 3L78A 3EYTA 1T4ZA 2DBCA 1OE7A 1V40A 2C3QA 4AJ7A 2IIYA 1HYUA 3RAZA 2HE3A 3CBUA 4V2LA 3A2WA 4IP1A 5DAKB 4WBRD 3FRCA 2J23A 1GL8A 1Q4JA 1T00A 4L0UA 1SL0B 1U6TA 3IRAA 3HYPA 3QMXA 3O6TA 2LV3A 5IOXA 2YCDA 2EIQA 4MPGA 1SK0A 3KXOA 2X8GA 3GL5A 3MAKA 4G9HA 4ZB9A 3F6FA 3BCKA 1VF2A 2HLSA 2WULA 17GSA 2DJ3A 1ABAA 3D6IA 3S9FA 2C0EA 2CA8A 2C3TA 4TKYA 3AY8A 2GSRA 1IYIA 1JZRA 5AN1A 4V2MA 2VAFA 3WGEA 2C80A 1PD21 2RIIA 1GULA 4XRDA 3F9UA 5ABRA 3IOSA 4IP6A 2VL9A 1SKRB 1ZYEA 4JBBA 3O76A 2HZEB 1K3YA 3UMAA 1X9WB 4RQRA 5A4VA 2OADA 2OKAA 4X43A 2HFDA 3L9VA 5DCGA 3F63A 5A5KA 4WF4A 4Q5QA 4PX1A 3ED3A 3VURA 2ZCTA 1ML6A 1XFLA 5DAKA 2X8CA 2QKEA 4PQ1A 4WF5A 1Z6NA 4RQXA 3G7JA 2H66A 4GF0A 2VL2C 3ZL5A 4OO5A 3RBTA 2H71A 5ECNB 1THOA 3Q19A 1HNAA 5AISA 4EDYA 1PQNA 1XWCA 1WE0A 2IJYA 4Z7XA 1PL1A 1XOAA 2ON7A 4MJCA 3GA4A 1R7HA 4GSSA 2PWJA 2KUCA 5D8IA 6GSSA 3FY7A 3DGQA 2N5FA 3DXBA 2B5YA 5DJLA 4WETA 1UC7A 3TJGA 1BQ7A 2VD0A 3EE2A 4GWRA 2LTKA 5F07A 2HZEA 4KH7A 2FLSA 3FEUA 4I5QA 4I6XA 1PN9A 1X9SB 1TK0B 1OC9B 4V1Ap 3ZZXA 4WR4A 4ZL8A 3CMIA 3DEXA 3MNGA 2LRTA 2J9HA 3CYNA 4LL1B 2WS2A 3UVHA 1F3AA 3ZYWA 3KH7A 3D0ZA 5LNKe 1QK8A 4K0GA 3M0FA 3CRUA 1VF3A 3HJPA 1PMTA 2RLIA 4JR4A 2H76A 5KN1A 2FWFA 3ZRDA 5ECHB 3Q18A 1M0UA 1PGTA 5HR0A 5JWQB 3GKKA 3PH9A 3WD6A 4QL9A 1ZYQB 1ZL9A 3C1RA 2HT9A 3ZIJA 2FHEA 1TRUA 5DQYA 4DEJA 5INYA 4EUYA 4MA9A 6GSWA 5G31A 1MD4A 4XS1A 5F0GA 2VOCA 1O85A 1SJ6A 19GSA 4EDZA 1AQWA 22GSA 4ECIA 2BMXA 4K2DA 3CRTA 4I97A 5G5EA 5HFGA 1XPVA 1GNEA 5FWGA 2HSYA 3EU4A 3F4TA 1B4PA 1BAYA 2A2SA 4BA7A 3GKXA 5IMAA 2NPBA 5DJMA 1R5AA 2B5XA 3QCPA 2GTUA 1EV4A 1ERVA 1TRSA 4EC0A 3VFIA 2GSTA 2LS5A 2VCTA 1WPIA 5G2ZA 5ELAA 1WJKA 4CHSA 1KNGA 4TRXA 1YEXA 3V1WA 2G2QA 3KP8A 5G1LA 1K0MA 3IBHA 5L71A 3HXSA 2CT6A 1EEJA 3D4TA 3RHCA 1GTUA 3LORA 2PGTA 5H5QA 3QAVA 1I9DA 4ML1A 2M80A 1J08A 3TKRA 4MPFA 1JLWA 3H79A 2P5RA 2PU9C 4J57E 1S3CA 1FVKA 3EMXA 1HNCA 2AAWA 3W8SA 2CVKA 5GSTA 1VGLA 3WT2A 1M99A 5GAPD 4MZCA 3KD0A 1G0TA 5IQYA 1SL1B 4YQVA 5H5SA 1VF4A 2F51A 4CW9A 1PKZA 3DMLA 3NZNA 1K0CA 3TKSE 4FYCA 4OWYA 4I2TA 1X5CA 2LSTA 3GKNA 3EU3A 4MJEA 1E2YA 1GH2A 1S3AA 1GTBA 4RI6A 3TJJA 2P5QA 2HNLA 1SD8A 1A8LA 2B1KA 2L6DA 4HI7A 3TRXA 3KIJA 3ZVJA 4OFTA 1ZZYA 4X0XA 5IMFA 4XHMA 5ECMB 3GFKA 1TRVA 4IELA 4YQUA 2I3YA 3TJKA 2RM5A 5E4WA 3MSZA 3GHAA 3QOUA 4K8MA 2YP6A 2K8VA 2GQKA 1OE8A 1T7PB 1EWXA 1TI3A 3A2XA 3WYWA 3BOAA 2GSQA 2HYXA 2FWEA 1GSQA 1O81A 4IBPA 3NOFA 3RPNA 1SU9A 1DE2A 1YDKA 4KSMA 3KMOA 3LXTA 1TTZA 4GCIA 5DALA 3APSA 1OAZA 4GQCA 3VPQA 1JFUA 1V57A 4TOPA 4N30A 4JEDA 2IMDA 5CRDA 5IO2A 3KEBA 2GT6A 2DJ1A 1TW9A 1XW9A 3ERFA 1CQGA 2OJLA 1GSUA 2DIYA 4TR4A 2H1BA 4JR6A 1TU8A 1K0OA 4ZXGA 1A8YA 2H0GA 1ST9A 4MZWA 1S3DA 2IMEA 4HU9A 5ELGA 2I1UA 3IK9A 1F9MA 1NHOA 3UL3A 4V2NA 4KX4A 1ZGNA 1XW5A 1OVNA 4ID0A 5GZZB 1JZWA 3ZREA 5CRHA 1YJ6A 4GXZA 1TRWA 4L5LA 2NTOA 2JACA 1A23A 5COHA 3W6GA 2OA7A 1JZDA 2GZZA 2HI7A 3L0HA 1PA3A 4DVCA 4PGTA 2B7KA 2JU5A 5D9XA 2X8HA 3HY2A 2EIRA 5B8AA 2DJ0A 3QAGA 4N11A 1GTIA 3IR4A 2MMNA 3QFBC 4RI7A 2IMKA 4JE1A 4KGIA 1TJDA 3EVIA 1O7UA 4OMVA 2O87A 4G10A 3VWWA 3IAM2 2V6OA 1MDIA 3VPTA 3BJ5A 2LJKA 1X5DA 1Z7RA 2H6YA 3FR9A 1GLQA 16GSA 4OFNA 1XWAA 1M2DA 1Y25A 5F06A 3VK9A 3GIXA 5HR3A 3LG6A 4K6XA 1SKSB 2E2GA 5HQPA 1XW6A 1V9WA 3FR6A 4PUAA 3PR8A 1W4VA 4ZL7A 3A5WA 1RK4A 3C7MA 3HVVA 1YKCA 2OACA 1K0DA 4DSSB 4YH2A 5FT3A 4EL1A 1QQ2A 5D9WA 1H4OA 1FB0A 1XVQA 2IWTA 3G7YA 2F8FA 4KB3A 3ZFBA 2JL4A 2GZPA 3QPMA 2AB6A 2L6CA 2V32A 5EVOA 4V1Ag 3FHKA 5F8BA 3Q6OA 4NXIA 3DD3A 2JSZA 4POMA 5LD0A 2R2JA 3LJRA 4ZB8A 5CREA 2LKUA 4H86A 1TKDB 4TR0A 1M9AA 3UJ1A 3P7XA 1AUCA 3E3EA 1BEDA 5JWRB 2H0HA 3P2AA 2CAQA 2FY6A 5J9BA 5JCWA 1U88A 2V6KA 3VI7A 2QC7A 1NSWA 4LL4B 4L5OA 3KTBA 2FGXA 2MBSA 1K0AA 2JSYA 4GSTA 4HU7A 4AJ8A 3I43A 2L4CA 18GSA 2QGVA 3L9UA 2VM2A 3DRNA 4EE0A 4PUFC 2IL3A 1V58A 2YNXA 3R2QA 2GGTA 1VF1A 2H19A 1XOBA 3EC3A 2B3SA 2MMOA 1NW2A 2REMA 2WB9A 13GSA 1G6WA 2BTOT 3HZ4A 3ME7A 1PKWA 3PINA 2VD1A 2KHPA 4EXJA 3I9V2 4DSSA 3F3RA 1EOHA 3VWUA 1AQVA 3APQA 3VLNA 3ERGA 2VL3A 2KP2A 6GSUA 1DE1A 4X1UA 3LXZA 1GLPA 3GX0A 1GRXA 2YN1A 2CQ9A 3GUSA 2R5GA 1JZOA 1THXA 3FZ5A 4BPYA 2I4AA 1FW1A 3GL3A 1EEMA 1MDKA 4IS0A 1QUWA 14GSA 4GLTA 4RUVA 3TRPA 1A2MA 3D21A 1X9MB 3LWAA 3TKSA 3HZ8A 4NPBA 1XIYA 2FA4A 4EKZA 2E7PA 2DMLA 1HD2A 1PL2A 4KUNA 2CAIA 2JZSA 4KSOA 4IHUA 4AJ6A 4YAVA 3LSZA 5F05A 3QR6A 2YWNA 2GVPA 4WXTA 4F2IA 4MH2A 1QFNA 2FNOA 3QAWA 5D73A 3ZFLA 1F2EA 2YV9A 1JLVA 4QL7A 1ERTA 1T4YA 1FO5A 2C0DA 4TR1B 2XPDA 3KGKA 4MABA 2OBKA 1XVWA 2YZUA 3DVXA 3H1NA 5DBQA 4WR5A 3GTUA 2V1MA 4HJ2A 1QMVA 4POLA 5A4UA 2YWOA 4N0ZA 1BX9A 3FZAA 1B8XA 3P90A 2DLXA 3DVWA 2CZ3A 4ECCA 2M46A 2FA8A 5CNWA 3M9KA 2CV4A 1B4QA 3FKFA 2GLRA 4JRRA 3D4MA 3H8QA 4QQ7A 1B9YC 2C1YA 5ENUA 2LRNA 4O7HA 5IMDA 1YKAA 2XBIA 3F0IA 4NV5A 3W8JA 3FW2A 3BBYA 6GSVA 5D96A 2PERA 1U87A 4K7NA 5J41A 4PNFA 1OYJA 1M7TA 1CQHA 5ECPB 4ZBBA 5CRGA 2DC5A 2KLXA 4TR1A 1J0FA 3KTLA 4MZBA 1GUMA 5ECOB 2IFQA 3ZMLA 2XC2A 4N0VA 1KEBA 1SKWB 1B9XC 2L5LA 1K0NA 1DBYA 3GSSA 1QXHA 3HJOA 4MJAA 3HHVA 4TN8A 4Q5NA 4XS4A 1GSFA 4POKA 4OO4A 12GSA 2H75A 1MDJA 4CDOA 1Z9HA 2C0FA 2C8UA 4IQ1A 2H74A 2YANA 4IVFA 1O73A 1K0BA 1SL2B 4TXVA 1J9BA 3UAPA 2VCZA 2PMTA 1IYHA 2K9FA 3F4RA 3D5JA 3KM6A 1TU7A 1C72A 1M2AA 2JZTA 3UARA 1F3BA 5JCUA 2ON5A 3WT1A 5DALB 1H75A 3HDCA 1SENA 3IA1A 3GV1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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