4APCA

Crystal structure of human nima-related kinase 1 (nek1)
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
303
structure length
293
Chain Sequence
HHHHDLGTENLYFQSMEKYVRLQKIKAILVKSTEDGRQYVIKEINISRMSSKEREESRREVAVLANMKHPNIVQYRESFEENGSLYIVMDYCEGGDLFKRINAQKGVLFQEDQILDWFVQICLALKHVHDRKILHRDIKSQNIFLTKDGTVQLGDFGIARVLNSTVELARACIGTPYYLSPEICENKPYNNKSDIWALGCVLYELCTLKHAFEAGSMKNLVLKIISGSFPPVSLHYSYDLRSLVSQLFKRNPRDRPSVNSILEKGFIAKRIEKFLSPQLIAEEFCLKTFSKFG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
publication title Crystal Structure of Human Nima-Related Kinase 1
rcsb
molecule keywords SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE NEK1
total genus 99
structure length 293
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-04-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4apcA02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4apcA01
3SKCA 4FX3A 1OL7A 2J0KA 3OS3A 3SQQA 4KBCA 1U54B 3W2PA 4DTAA 4RX5A 5KMLA 1TVOA 4D55A 3P7CA 4PMSA 5LMKA 3W2RA 5I0BA 2Q0BA 4R8QA 4KIQA 2YIQA 3LOKA 4XG2A 3OCBA 3R63A 3E64A 3N4VA 5B7VA 2WMAA 3EN7A 3LJ2A 3MESA 5BQ0A 1PXMA 3GOPA 5CU0A 2ZVAA 5L2IA 3A62A 4I20A 3HRFA 5HCZA 3AMAA 3ORIA 1Q3DA 4JOAA 3PIXA 4APCA 1YOJA 5HBHA 4BDAA 4DEDA 5JQ8A 3BQRA 3Q9ZA 3G90X 4CXAA 4E26A 4TWNA 5FLFA 2WMVA 1XH6A 1R0PA 3P86A 4FIIA 5DT3A 3TM0A 1NXKA 3QKLA 4ANSA 4IXPA 4O7LA 2PVRA 4K0YA 2F4JA 4ZTNA 5CI7A 5DA3A 3ALNA 3VS0A 4Y85A 3SLSA 4CKJA 2ITNA 3CXWA 5IMEA 5IH4A 3MWUA 3FEGA 3FI2A 4BTFA 2VX0A 2YM6A 5HTCA 1YWVA 2KTYA 3HMMA 2JDSA 5AUUA 2W7XA 2B54A 2R3NA 5LARA 1H1SA 2I0HA 2QOLA 4UXQA 4Z3VA 3OCGA 3SXRA 4QTAA 5L2QA 5AP7A 2P55A 3TT0A 1LUFA 4MWHA 2UVXA 2C3IB 5FGKA 5F4NA 2WHBA 2I1MA 5JGDA 3RPYA 4ALVA 4C62A 4MF0A 3FSKA 4IX6A 1OL1A 2LAVA 1H07A 3NNXA 1OBDA 5M06A 4XX9A 3N4UA 1U4DA 3EQPA 1W8CA 5IA5A 3O23A 3DKGA 5HBEA 3CTHA 4YZBA 4QMSA 2JAMA 5E90A 4C02A 2XKCA 3KY2A 4IVCA 4O0XA 1KE7A 2OXXA 4WUAA 3F69A 4EL9A 4FKIA 4RIYB 3BHHA 5TO8A 4DGMA 4QP4A 1LR4A 3H9OA 4ZTQA 4D0WA 3C0HA 3O0GA 3R02A 1NVSA 4MD8E 1JAMA 4DTKA 4HNIA 4YHTA 2XS0A 3DNEA 3N51A 1XHAA 3G2FA 1Q8WA 3KN6A 3HLLA 2H8HA 2RFEA 4G5JA 1PYXA 4XMOA 1KE5A 1OKWA 4QMNA 4WO5A 5JGAA 2AC3A 1ZYDA 4FV9A 2VTLA 4GEOA 2JDOA 5CAOA 4C3RA 4BDBA 3GEQA 1M52A 3FV8A 3LXLA 3Q6UA 3ZLSA 3RAKA 4E7WA 4FL1A 3E87A 3PPZA 3QC4A 5F94A 2JBOA 3ORKA 4WNOA 4BDEA 3NYNA 3I5NA 4MEDA 4I5MA 4D2SA 2CPKE 3HUBA 4MVFA 2PZIA 4D9TA 2VTOA 4ZEGA 1O6LA 3RNIA 4QPAA 4L67A 5GIOE 4HJOA 1XBCA 3F7WA 3NYOA 5H9BA 4UX9A 4ZLZA 3JS2A 4BKZA 1LEWA 2HCKA 3VS4A 2IW6A 1PXPA 3PY0A 4BZDA 2I6LA 3SRVB 3AG9A 4WSQA 3BELA 5KE0A 3DBFA 3ZCLA 3OY1A 3WZUA 1GZNA 4Y5QA 1FMOE 4YGAA 5GJFA 3Q2JA 4TY1A 1KV2A 5EDQA 5KX8A 2GNLA 2V62A 4EQUA 3BYMA 3D4QA 3UG1A 1H8FA 4ZJJA 4YURA 3SHEA 2WQBA 3IG7A 3UPXA 1MRYA 2W99B 4YBKA 1OM1A 3ZM9A 2ZM4A 3NW7A 2J9MA 4DH8A 3LIJA 2OSCA 2J7TA 5DR6A 1IA8A 2BFYA 3QX4A 5HESA 2BFXA 3WF5A 5AAEA 5AIKA 4KUJA 4UXLA 2NRYA 4AUAA 2GU8A 4BRXA 4C59A 5L2SA 2J50A 1YDRE 1CTPE 2Z60A 3EB0A 4PQNA 4BCMA 3DS6A 2BTRA 4XLIA 1YDTE 3D2KA 1E1VA 4OT5A 3UZPA 4FKSA 2HWPA 4FICA 2C3LA 3DQWA 5KMKA 3T9IA 4E6AA 4UN0C 2XNEA 4ZZOA 2XK3A 1UKHA 1QL6A 3S2PA 5AV4A 2ERZE 5M53A 5HNGA 4GT3A 1XR1A 5FBNC 3CGFA 4C33A 4N70A 4BWPA 4L46A 3OTVA 3ITZA 3MA6A 3MH1A 5CTPA 5LMBA 4QMZA 3FY0A 4G3DA 4IWOA 5FWKK 4HVGA 5BVNA 2HK5A 4G3FA 1CKIA 2CGWA 4DHFA 2W96B 5HVKA 3UPZA 4I4EA 5JQ5A 5DR2A 3UQGA 4FEWA 3MH2A 4AN3A 4BDFA 4F0IA 2W9ZB 5E8WA 1AGWA 1PXNA 2XH5A 4KIOA 4BN1A 3U51A 3PJ1A 1I44A 4L00A 4XS2A 3PXQA 4CD0A 4USFA 2VTPA 4FV3A 3FL4A 3VF8A 4K9YA 4F1OA 4CFMA 5E92A 2VWUA 5IQEA 1O9UA 1YXSA 4YNOA 1JWHA 1RQQA 1PXKA 5CF5A 1KE9A 2XM8A 1JLUE 4E6DA 2GFCA 4OTDA 4H3BA 3HV4A 1SM2A 4IAFA 4IIRA 4O0YA 3GI3A 4YZCA 4YZMA 3R71A 1UU8A 2WTDA 5HOAA 4PTEA 4DE4A 3GCVA 2GNIA 3Q60A 2PMNX 4FTNA 2CKOA 4F7SA 2YM7A 3IS5A 2BZHB 5C9CA 2X7FA 3BYOA 4FIJA 3W8QA 4EH9A 2HOGA 1BI8A 4IAYA 2ZV2A 5GZAA 2ITQA 5AUTA 3QD3A 5GJGA 3RK9A 3TG1A 4G34A 4RIWA 5LWNA 2O63A 1PHKA 2PVHA 2EWAA 3HNGA 5AMNA 3TJCA 5DMZA 4NTSA 3R9NA 3WOWA 2R2PA 3QC9A 4RLLA 4YZDA 4D2TA 5HORA 2OI4X 1UNHA 3KK8A 3KRLA 3UVQA 5M56A 2WPAA 4RRVA 3TDVA 3QD4A 2GDOA 2XK9A 4EOKA 3ZDUA 4FIEA 1WCCA 1RW8A 3ATTA 3QBNA 2PZ5A 2ZAZA 4KB8A 4DLJA 4F0FA 3V5QA 4LGGA 3CC6A 3VHKA 2WQMA 4IM0A 4FEUA 3F5GA 5F95A 4B4LA 1OBGA 5DGZA 5HIDA 4BL1A 4E93A 4EOIA 3E88A 4ZTLA 3TZMA 4R78A 1W83A 3KREA 4FTTA 5FTOA 4GK2A 3TTJA 3WZEA 5IQIA 3BV2A 3KQ7A 2JDVA 2R3MA 4J96A 4F9BA 4N6ZA 1F3MC 2R3LA 2YZAA 4H58A 4HNFA 2OF4A 1FVVA 2QKWB 3TNQB 4ZY5A 3A99A 4YNEA 3P5KA 4H36A 5AV3A 4DA5A 2X7GA 3BGQA 4MNEB 4I23A 4WHZA 5EKOA 5B2LA 3RPSA 4F1MA 2VO0A 4ACCA 4PDYA 1CM8A 5JSMA 3QRUA 4K77A 5DT0A 3UP2A 4GMYA 3R30A 1IEPA 4J53A 4U3ZA 5D1JA 3U9CA 3KA0A 4A4XA 4F9AA 3GC0A 4OBPA 1PJKA 3OXTA 2W1DA 3D94A 4FNXA 4J95A 4O38A 4I21A 3I79A 5AUVA 2HELA 4FKOA 5LXMA 5CYIA 2A0CX 4BDHA 4EYJA 4PMPA 5I9VA 4L3JA 1QMZA 1IR3A 2QOIA 5KBQA 3JYAA 5AP5A 2PZYA 4PL5A 4PL3A 2CN5A 4RMZA 2YM8A 3UIUA 2BROA 2ZM3A 3RZBA 3SGCA 1OUYA 3GFWA 5ANJA 2UZLA 3FQSA 1Q8YA 1DM2A 2PZRA 4UBAA 3R7OA 4O0TA 4RG0A 2C6TA 5CSXA 4LRJA 2VTRA 2VX3A 3VUTA 4PV0A 2B9FA 2XIRA 4U6RA 3NGAA 3NWWA 5M09A 3SG8A 4ZY4A 3OWLA 4NM3A 3PP1A 1J3HA 4OTRA 4DAWA 5L6PA 5JMSA 3EWHA 3AD5A 4I5PA 4IC7A 4DG0E 3ID6C 4JI9A 5CF4A 4V0GB 4QYFA 3FLZA 4I6QA 3DCVA 1H1PA 5EG3A 4O96A 1T45A 2BDFA 1BI7A 4FODA 1Y6BA 3BZ3A 4FE2A 3FDNA 4NW6A 1PXOA 2C1AA 3VQHA 4CGAA 3QRJA 4JG6A 1UNGA 1G3NA 4K2RA 4DT8A 1YVJA 1Y91A 5AA9A 4U44A 3GQIA 1WVYA 4BCPA 3MY1A 3QYZA 3OG7A 5C01A 2UZOA 3PJ2A 3R8MA 3O7LB 3C4WA 3Q9WA 3EOCA 3EQHA 3KMWA 4AZWA 4BYIA 3ZH8A 4F7JA 4D0XA 3IK3A 4GU6A 4RT7A 3LKMA 3HKOA 2GS2A 4Q2AA 4AX8A 3GU4A 4EOLA 2BRMA 5JK3A 2VGPA 4G17A 3QWJA 3HA8A 3ZSGA 3BWJA 1JQHA 4K6ZA 1S9IA 4MBIA 5KMNA 2HW7A 2OF2A 3FMDA 4PTCA 2W5HA 3ROYA 1K2PA 3MFRA 3COHA 4RA4A 3O8TA 4XEYA 5AEPA 4QP2A 3E8NA 1OPJA 2EXMA 2WTVA 4Y72A 4BC6A 5EYMA 2W1GA 3QXOA 4RZWA 4UZDA 2HW6A 2Y7JA 4HYHA 4CZUA 2DWBA 3Q32A 3MB7A 2O0UA 3KKVA 2WMSA 3W55A 2HZ0A 1CDKA 3FLSA 3PXYA 5AP2A 4BGHA 4EHEA 4CQEA 4RWLA 3D7TB 4FF8A 5ANGA 3H4JA 1PMNA 2REIA 4F7LA 4ACDA 2X8EA 3GXLA 3OXZA 3RPRA 2J6MA 4P5ZA 3MB6A 2CCIA 4WG3A 4XLVA 3THBA 4AZFA 4U9AA 4H1JA 4J7BA 5EH0A 5K4JA 2VWBA 3TV7A 1SVEA 3BCEA 2R3FA 2IO6A 4QO9A 3FMNA 3DB6A 3DU8A 1YXUA 4FTAA 5J8IA 2X2LA 2XF0A 3CY3A 4BIEA 4X2GA 5CEKA 2B9JA 3E3BX 5CSHA 2YISA 3GU8A 4YO4A 2QI8A 3D2IA 3MFUA 3NR9A 2JC6A 4HZRA 5ETAA 4F7NA 4Y73A 2HZNA 4FGBA 2CLQA 5CU4A 2F2CB 3WIKA 5A54A 4XJ0A 1ND4A 4C38A 3V5WA 3G0EA 5JFXA 4EORA 1NVQA 3QLGA 3EHAA 4G6LA 5FXQA 4E5AX 3NZ0A 4BCHA 4UB7A 3VBWA 3FSFA 1JKSA 4L3LA 3QA0A 4BKYA 3G0FA 4BDIA 3E7VA 3F5PA 2YHVA 3OCSA 2C6LA 3G51A 2OJFE 2XB7A 4ZK5A 4FKUA 3PY3A 5K0KA 2O5KA 1JSUA 3MSSA 2PE1A 4DC2A 3A7HA 3BWFA 4KS8A 2NNWB 1UU3A 3FY2A 5EI2A 5AX9A 3ZONA 3UDBA 1H25A 4C2WA 5J9ZA 2IZRA 3RAIA 4ZS4A 4X3FB 4ZLYA 4PMMA 3RAWA 3S3IA 3WZJA 3FZRA 4ANBA 2FH9A 5LOHA 3D5WA 3DXQA 1P2AA 4WNMA 5CQWA 2WKMA 2YIYA 3R8VA 4IBMA 2QD9A 3DV3A 4O7WA 3G9LX 1R0EA 5CVHA 3EJ1A 1URCA 3PA3A 2ONLC 5D10A 3UOLA 4EOPA 3FWQA 5AJQA 2OFUA 3QX2A 1DI8A 4CSVA 4F0GA 3I6WA 4C4HA 2C5OA 4I6FA 2I0YA 3QAME 4FZDB 4FV2A 4KNBA 1XBBA 4NYEA 4GIIA 4O84A 2QLUA 2ZB0A 4FTRA 4FSWA 1K3AA 4XUFA 5EHYA 5LCKA 4M12A 2QQ7A 3HA6A 5IISA 4IEBA 4QPMA 3REPA 2E9OA 4RWIA 1JNKA 2WU6A 4ZTHA 3CR0A 1ERKA 1OECA 3EFJA 3C0IA 4ASDA 4EH5A 1YXTA 4EOMA 2JKKA 3I5ZA 3R7IA 3HP2A 4ZMEA 3PRFA 5JFVA 4KBAA 5AUWA 3W2QA 4XNEA 4QYEA 1Y6AA 2OJ9A 1UWJA 3PWYA 2WELA 3LLAA 4F9CA 1G8SA 2VV9A 1FVRA 4KAOA 4A9SA 3MDYA 4TNBA 2XEYA 5J9LA 4YJSA 3N4TA 4AN9A 2UZBA 5EW3A 2PUNA 4FZFB 2E9VA 2EXEA 4H1MA 1NW1A 4FTKA 4BIBA 4N0SA 2E2BA 4YHFA 3BBWA 4BBMA 2R0UA 2ZV7A 2PMOX 5CS6A 4JX3A 5CAVA 4FV0A 3VJNA 3LCKA 3FZSA 2PWLA 5E8SA 4YC3A 5FP6A 2UZUE 3ZEPA 2Q83A 3IW8A 4Z16A 4X6RA 1FOTA 3MVMA 3V3VA 3WE4A 3W1FA 5B0XA 3DJ7A 4DLIA 2IW9A 4RWKA 3IKAA 4R77A 3K5VA 4C0TA 4O2ZA 3RNYA 4AOIA 3HL7A 3QQGA 2WZJA 4WNPA 2WIHA 5CY3A 4QP8A 5LWMA 5DI1A 2YN8A 5AM6A 3I7CA 3ZS5A 5HLPA 2QG7A 3K3JA 4WBOA 4C57A 4CLJA 3SW4A 2C6DA 4JG7A 4GUEA 3RJCA 2W1HA 4BR3A 2X4ZA 3QTRA 1U5QA 3A2CA 3MYGA 3ETAA 2JFMA 4QPSA 4A9TA 1J7IA 3K5UA 4E5BA 5IG1A 3VUDA 3DDPA 3IECA 4BF2A 4XG6A 4RPVA 3RZFA 5FG8A 1UWHA 3MH0A 5BVFA 3LFAA 2OFVA 5GJDA 3B2WA 5AUZA 3F2AA 4RQVA 5IU2A 2CDZA 3MPAA 3OP5A 3FC1X 3QQJA 5CAPA 3NCGA 3DLZA 3MTLA 5BVDA 3LMIA 4E4NA 4R5SA 2QHMA 3CS9A 3Q4UA 3ZRMA 4JRNA 5J95A 5ANIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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