4AQ4A

Substrate bound sn-glycerol-3-phosphate binding periplasmic protein ugpb from escherichia coli
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
418
structure length
418
Chain Sequence
GSHMVTTIPFWHSMEGELGKEVDSLAQRFNAENPDYKIVPTYKGNYEQNLSAGIAAFRTGNAPAILQVYEVGTATMMASKAIKPVYDVFKEAGIQFDESQFVPTVSGYYSDSKTGHLLSQPFNSSTPVLYYNKDAFKKAGLDPEQPPKTWQDLADYAAKLKASGMKCGYASGWQGWIQLENFSAWNGLPFASKNNGFDGTDAVLEFNKPEQVKHIAMLEEMNKKGDFSYVGRKDESTEKFYNGDCAMTTASSGSLANIREYAKFNYGVGMMPYDADAKDAPQNAIIGGASLWVMQGKDKETYTGVAKFLDFLAKPENAAEWHQKTGYLPITKAAYDLTREQGFYEKNPGADTATRQMLNKPPLPFTKGLRLGNMPQIRVIVDEELESVWTGKKTPQQALDTAVERGNQLLRRFEKSTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Diester-binding protein
molecule keywords SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN UGPB
publication title Determinants of Substrate Specificity and Biochemical Properties of the Sn-Glycerol-3-Phosphate ATP Binding Cassette Transporter (Ugpb-Aec(2) ) of Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 169
structure length 418
sequence length 418
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A02
4H8JA 3TDJA 5BWJA 1URGA 3K1MA 1FW0A 1MQGA 2ABHA 4HS7A 3FJGA 1EZPA 2ZNTA 5CC2A 2IA4A 4XKRA 3O28A 3TELA 3TTRA 2DWAA 1SYIA 2OZZA 4IO3A 3R7XA 3GBAA 3M3FA 4KCDA 4KD5A 3O6GA 5AA2B 4BDNA 5KCJB 2AL4A 4XIGQ 1HSLA 1SD3A 2UXAA 1YPNA 1B5JA 4ESWA 3OOAA 2H4IA 2F7AA 4LZ5A 3FGSA 1OQHA 3RTWB 2I48A 4U2RA 5CI5A 4BDRA 1MY0A 3M3LA 4F22A 4U22A 4Z7EA 5J1DA 1XVXA 3PGFA 2BJJX 1B7UA 2ZYOA 1UIUA 4F39A 1DTZA 4R75A 5HPQA 2Y7PA 2HXWA 1DMBA 1PB8A 2D5WA 4RK2A 3BKIB 3LBSA 2PT1A 4PETA 4KYDA 2Q2AA 3K02A 1D3KA 4ECFA 1Q35A 3A3CA 3ZS6A 2Q8JA 1M5CA 2F97A 1MPBA 4R6KA 3UORA 4FECA 2OCUA 2UVGA 3KN7A 2PBWA 4U4XA 1SW5A 3MQ9A 3K1PA 3F11A 2GHBA 3PPQA 4I9DA 3C33A 3PMWA 5CMBA 2Y7WA 4LONB 2ALUA 2I0CA 3IJXB 3ZSFA 1B5IA 5I57A 1B3EA 5AA3A 4ZEKA 1NL5A 4KYSA 3FXUA 3S9LC 4C1UA 3N6TA 4ELPA 5I2NA 3BBRA 5CMKA 1MXYA 2Q2CA 4E0XA 5H8NB 3DP8A 1ELJA 1BKAA 3MAMA 3LSFB 1PBPA 5H8SA 4YB7A 2R9JA 3TQWA 3T9HB 3TTMA 1YCJA 2HQ0A 3H03A 4X1DA 4LQ5A 4U21A 2F7BA 4RPOA 5KDTB 3DLNA 1QUJA 3TCFA 4GQOA 3SDFA 4X9TA 2QL3A 1LB9A 1ZJLA 1SDXA 4H8IA 2WKYA 1EZ9A 3CG1A 3CFLA 3D4CA 1P99A 1SW4A 4GVOA 1A7LA 3MJNA 4G8HA 3KOTA 5FHMA 5I2KB 3TTKA 4HTGA 1P1WA 4E0WA 4R6YA 3T96B 1N0TA 2B65A 3G3IA 3N94A 1II5A 3EHSA 4NF8B 2KLFA 3S9EA 4ONYA 3I5OA 3V89B 5L8DA 3H3GA 3OO8A 1IZ1A 2OWTA 5TP9B 1MY1A 4H0WA 3OEMA 1FTLA 1NKXA 3B6TA 4OEUA 1MPDA 1PEBA 5AA1A 3E13X 3G3FA 4OWDA 1UTBB 3SEUA 4YKJA 1LCTA 2ANJA 3MPLA 3V83A 2AL5A 1LAHE 4C0RA 4ELQA 3FIRA 1B2HA 1HSEA 1OMPA 1SYHA 2XX7A 4IO6A 1MH3A 2G93A 1B05A 5JTYA 3TYHA 3FVOA 4THIA 4DXCA 2RINA 3HCQA 3MP8A 5LOMA 2OWSA 2RKMA 3OO9A 3Q25A 3O66A 4LZ7A 3QAXA 5DVFA 3DELB 5I84A 4FJPA 2R6GE 2ZMBA 2V3QA 4NF4B 1IXGA 5ELVA 2DYXA 4AB6A 3U93A 3M3KA 4DIGA 1BIYA 3DP6A 1Y3QA 5DYHA 3ONMA 1QUKA 5DT6A 1Y1ZA 1URDA 2DSFA 4ZEIA 1FCKA 4N07A 4G4PA 3H06B 4PE5B 4RJZA 4I62A 4NF5A 3TUSA 1MPCA 4YB5A 5FTIA 4MF3A 4QFOA 3SESA 1LFHA 2LAOA 3KGCA 3RPWA 4EUOA 3KN8A 3FJ7A 3KJ7A 5I58B 1PDAA 4F2QA 2DQVA 3TTLA 3RTFB 4R2BA 1URSA 1NNKA 1SW1A 3OD7A 3C34A 3VXBA 5EHSA 3PUZE 3K4UA 4G68A 5DTBA 3O9PA 2VOZA 1TT1A 3WAEA 2HAUA 1M5EA 4R6HA 3TCHA 3TAJA 4X48A 2DWHA 4F3BA 2OBGA 3JZJA 4KCCA 1MQDA 2NXOA 2O68A 5A5XA 2YJPA 3ZKLA 1L5TA 1P1UA 3PMXA 3OSQA 2ZYNA 3E9XA 1OLCA 3N26A 3GLBA 4Q8RA 1SI1A 2F78A 3Q28A 5EHMA 3O6HA 3EQ1A 2I3WA 1LAFE 5L9SA 3S2VA 3GZGA 2UVHA 3W15C 1MXWA 1MQHA 1RYOA 4EQBA 4WXJA 3RQTA 3KZGA 4GXAA 3USDA 3Q29A 4R9FA 1AMFA 3CRBA 4QFLA 2Y7IA 1GVCA 3EN3A 2H98A 1WDNA 1I6AA 5H8HA 3S4UA 5I59B 4F19A 5KZTA 1WVJA 3HO7A 1B5HA 4YU0A 3FVNA 2XXYA 2CMOA 2PMSA 3H6UA 2XXUA 3OSRA 2F7CA 4LP2B 3H7MA 3P7IA 1N84A 2UVIA 1USYE 1B40A 4ZECA 4C1TA 1GGGA 4OXVA 2X7QA 2O7IA 4IGRA 3CG3A 4PFTA 2QJEA 1QULA 3TFLA 3VV5A 3TEPA 3CVGA 2FNCA 2XXQA 3A09A 1FTMA 1FTOA 3PD8A 4WEPA 4OYVA 3HPIA 1S9TA 3K6WA 4IO7A 5I56A 3E4RA 3WAFA 2H9BA 5TPAB 3IOVA 4H5GA 2ZNSA 3U72A 3RN8A 1ZMGA 4OEVA 3S9NC 1TFAA 5FHNA 1B4ZA 4P0IA 3OO7A 4GLIA 4O3BA 4OFJA 1LLSA 3BFUA 1JVXA 2V3UA 5AA4B 3QXMA 3VVFA 1S50A 1UTHA 2RC8A 4N6PA 2H25A 1Y9UA 4OETA 2QS4A 4JWYA 4GD5A 4AB5A 4R9GA 4EF2A 3V5AA 4NMYA 3VFJA 3KSJA 4MLQA 5AE4A 4MBPA 4QFKA 1LSTA 4F1YA 1FTKA 2E1SA 3PU5A 4KR5A 4OTEA 2I58A 1FQDA 5L9OA 1EZOA 3K6UA 3MZBA 3IB0A 3UGWA 4OERA 4EXKA 2RC7A 3KSXA 1B7HA 5DEXB 2E0SA 3PPOA 3G3JA 1XS5A 4BDQA 4DXBA 1Y3NA 3VDFA 1POTA 1B1HA 1LAXA 2V93A 1T0KA 2QS1A 4OFLA 1MXVA 3IJOB 1IITA 2O1MA 3N5LA 3O97A 1Y4CA 3PUXE 4DCXA 3H6WA 1CB6A 4XTCQ 2Z23A 4R74A 2RF1A 4LZ8A 2IEEA 4KI0E 2HZLA 3BFTA 1S7YA 5F7VA 1SBPA 5TU0A 3U1OA 2XXRA 3MPKA 1MM6A 4MFIA 4EF1A 4IGTA 1MH4A 3K2DA 3W9WA 3PD9A 4F1UA 5FTHA 4OENA 1M5FA 3MZ1A 3IOTA 4X1BA 4HCYA 2OLBA 2RC9A 5DVJA 3MVXA 4L17A 1EH3A 3UK4A 1IEJA 4FORA 3G3KA 3IB1A 1B3GA 4H65A 3SKPA 1JW1A 1UQWA 1NNFA 2HAVA 1B4HA 3DP4A 3RNNA 1FQAA 3RUMA 3VVEA 4H5FA 5CMMA 1N7WA 4IB2A 5H8QA 1NNPA 4JSOA 3K00A 1ZLQA 4RPNA 3AXFA 3MW0A 4I8CA 1Z7NE 2YLNA 3SERA 2I0BA 2DWJA 4OHNA 2DVZA 1SQYA 4LVQA 3KJTA 3QK6A 2D21A 4KQPA 1MM7A 5H8FA 3LR1A 5ISUA 1Q1KA 1A8EA 2UYEA 1O64A 1LFIA 2F6GA 3OO6A 3MC2A 3MZ9A 5CRYA 1WODA 1LB8A 2QSXA 4LATA 4DCYA 2I3VA 3LSXA 5AA2D 2DE2A 3KEIA 2XXIA 1XHYA 4ELOA 2O1LA 3OELA 2ONKE 4G8NA 1HSJA 1B3LA 1JQFA 3CSGA 1DTGA 2O7UA 4OMBA 3EF7A 4U4SA 3U92A 1JNFA 1NH7A 3PUVE 2VGQA 3OEKA 2AYSA 1FQBA 4BDOA 4P0GA 1LGBC 3Q26A 1JVYA 1AIVA 4KPTA 2RCAA 1FTJA 4R72A 1RKMA 1GV8A 5CMCA 1BTJA 4BLAA 3R26A 5I57B 2VP1A 2Y84A 3FVKA 4NF6A 4FE8A 2XHDA 3IO4A 4ZEBA 4GL0A 5I2NB 4QSEA 2QPQA 2F5XA 3SEXA 4FATA 3FATA 4U1OA 1BLFA 1UIVA 5JK4A 4DZ1A 4XKNA 3LC8A 1XOCA 3H6VA 1D4NA 4PFWA 1MQJA 1I6BA 1Y4TA 1NH8A 4Q5TA 3E3KA 4G2ZA 4HW8A 1ZKBA 2V25A 1B32A 4RXLA 3V8XB 4JB7A 3FV1A 2XX8A 1A54A 4POXA 1MG1A 2QRYA 5EYFA 2W7YA 1XVYA 2XX9A 1A55A 3OMBA 1JETA 1B7ZA 4EDPA 4N13A 2XXVA 2B3BA 1MQIA 2Q9TA 2A5TA 4JBZA 3IOUA 4QFPA 4QSCA 4FIMA 1QUIA 3PV0E 4YMBA 3UN6A 4DXUA 4ZZEA 3TTNA 2HCAA 1ANFA 2O69A 4O3CA 4TLLB 2F36A 1I6QA 3ZKKA 2VD2A 1H3DA 3H4ZA 1JW5A 4RYAA 2B3FA 4M1VA 3MVZA 1QKAA 1OLAA 2P0SA 1QVSA 3I3VA 4WEDA 2QMWA 3PUWE 1IXCA 1US5A 3FXRA 4IO2A 1PBQA 5JTYB 3JYRA 4RK9A 1N3WA 4JSDA 1OVBA 1VE4A 1ZIUA 1PC3A 2DE4A 2ZXTA 4JWXA 1KWHA 1NMUA 1R1NA 5ICQA 5HM4B 2VHAA 5AA2A 5KCJA 3UIFA 1B52A 1FQFA 4ELRA 2P1SA 3A3UA 3IX1A 3MVWA 4Q30B 3K6VA 4H6DA 2I4BA 4H1XA 2XXWA 3FZVA 4NF5B 3IOWA 3MVYA 3K0VA 4UA8A 2Q89A 3SEWA 4GOTA 5DEXA 4PFYA 4O3AA 4G77A 2UYFA 3C31A 2REGA 5IAIA 1R9LA 1MS7A 2GHAA 2GH9A 4FEDA 3TZAA 2VD3A 4F3GA 2NWJA 2RCBA 5ITPA 4JXIA 2ONSA 4I1DA 3OENA 3EHUA 3FUZA 4G68B 2PYYA 4NTLA 1B3HA 4TQUQ 1P1QA 2THIA 4UACA 1NNTA 3ECRA 1O63A 2AIXA 2GFEA 3QUJA 4LA9A 4XKPA 3KN3A 4OZ9A 3LSLA 3MUQA 5A5XB 1LAGE 3W9VA 3L6GA 2DE3A 1D9VA 1MY3A 4IY6A 3JV9A 4F31B 3GXAA 2P2AA 4R2FA 1MXZA 1I69A 1TXFA 2DXRA 1P1OA 4RA1A 4KFQA 1DPPA 1B58A 3K1NA 2I49A 4BDMA 3N6UA 5H8NA 2I6EA 4YMAA 3KG2A 3FXQA 3MBPA 3VVDA 2V3TA 4ZS9A 1EU8A 3H6TA 3M8UA 2XD2A 1QJMA 1CE2A 4PFUA 3K6XA 1OIBA 2XD3A 4QFNA 1RYXA 3QUFA 3FD3A 4NWCA 3TKDA 2O51A 2ZNUA 5KDTA 3VE1B 4QSDA 4KYEA 3T9VA 1A40A 1ZU0A 2A5SA 4ESXA 5H8HB 1IXHA 3CFXA 2Z22A 1US4A 3PMVA 1MY2A 3QIMA 5I2KA 3HV1A 3T66A 1IXIA 4M4GA 4IO4A 1JW4A 3K01A 3OXNA 3C36A 1B1XA 3THIA 3ILTB 1M5DA 4NF8A 4F1VA 3FV2A 1B6HA 2FA7A 3TCGA 3CSBA 4YAHX 1AOVA 3IB2A 1F9BA 3HN0A 2DVCA 3C4MA 5TP9A 4H67A 4ZE9A 5I56B 3RT8A 2ESNA 3SEVA 4MH5A 2CZLA 4NWDA 1P1NA 3FASA 1R9QA 2Q88A 1UTBA 5F1QA 2NVUB 1H44A 1AH5A 1SW2A 3CI8A 2Z8FA 5ICTA 1MXXA 2Z8DA 1TFDA 1IUDA 4YICA 1JEVA 3D4GA 2REJA 1UTHB 3PPRA 3RLFE 4LQ2A 1XT8A 4ZEDA 4QHQA 3QSLA 2I4CA 3O2AA 5B70A 2XXTA 3HHFA 1D9YA 1GTKA 3VLUA 4FAJA 3ODBA 3B6WA 4TOZA 2YPNA 3VXCA 1SI0A 4NF4A 1QW0A 4Q0CA 3KOSA 1QKBA 1R6ZA 3O6IA 4U23A 3UA8A 2XXHA 1B9JA 1VR5A 2O84X 2F8DA 5CBSA 3VLVA 2DWIA 3T93B 3EPEA 2ZYMA 3T9UA 2HFBA 3B7DA 1XC1A 1OQGA 1H45A 3S9MC 2G29A 3CR9A 4EQ9A 2H5YA 2R71A 4NE4A 1OVTA 4ISUA 5JEIA 3ILUB 4ZZAA 4IO5A 1O7TA 1N76A 1ZTYA 2PT2A 5I58A 3DM0A 1LBCA 3KFMA 1ATGA 5CM6A 3G7WA 1LCFA 3PPNA 3PPPA 3CFZA 1Z7ME 2XXPA 3IORA 4GWOA 5K2YA 4ND9A 1NFTA 2NOOA 3SETA 1B46A 1DPEA 4R73A 2D3IA 5CBRA 4ZDMA 3QYTA 2O6AA 3KBRA 3LSWA 4PQJA 4ZEFA 4ZE8A 2Y7RA 3G3HA 3RT6B 1A8FA 3HHGA 4PP0A 2PVUA 1MRPA 2OJTA 1H43A 1TWYA 4YKIA 2F35A 5L9MA 4JWOA 4XXUA 4F3PA 3RY3A 4YKPA 4NEDA 1YAEA 2M8CA 3SEYA 1N7XA 4POWA 4GXSB 1Y1MA 5H8QB 5M2VA 1A99A 4JDFA 4QF9A 3MP6A 2QS3A 3TQLA 1Y20A 1LFGA 4RY1A 3G3GA 2PX1A 3L6HA 4K3FA 4FEBA 2Z8EA 4RNSA 3U94A 2FYIA 4GFRA 4TLMB 1YTVA 3MWBA 3IO6A 2F6PA 5BUUA 1IIWA 5H8FB 3C35A 2X26A 3PUYE 3C9HA 3FVGA 5FHOA 4HCWA 4IY5A 5I59A 2X7PA 1N04A 5IKBA 3B6QA 2DXYA 5B7DA 5DVIA 4YZZA 1VFEA 2HEUA 3T9XB 3U8QA 1SVXB 2H99A 2V84A 4GL8A 4G68C 3IAZA 3MP1A 4LUBA 3TPAA 1MXUA 4DE8A 1AL3A 2HZKA 4F2OA 3O29A 4EQ7A 3TMGA 2DP8A 2ONRA 3IL1B 2OK2A 1FQCA 1PB9A 1JEUA 1BP5A 4OVJA 1MY4A 4MLVA 5TPAA 1B51A 1MDP1 1LBBA 3R6UA 1B3FA 2QS2A 4DDDA 3CIJA 1POY1 4NF6B 4DLDA 3UP9A 3IR1A 4GF8A 5AA4A 1H76A 2DS9A 1FQEA 3GBBA 4P11A 3VLWA 1DSNA 1B0LA 2UVJA 4QRZA 4EXLA 1Y3PA 3Q27A 3RGYA 4Z0IA 4OQOA 3EHTA 3IK6B 2XXXA 1VFDA 1J1NA 4AQ4A 3HSTA 4OFOA 3T22A 2NUVA 5K2XA 2QMXA 4XKQA 1ZBMA 3LUYA 3I6VA 4KHZE 1VSOA 4BDLA 4WKMA 4YB6A 5HBCA 4G8MA 3C32A 1B0HA 5ITOA 1M5BA 2GRVA 4U1ZA 4OESA 1USYH 2ZYKA 2Y7KA 4YKKA 4F18A 2A5TB 2F34A 1MDQA 4GIZA 3FJMA 1DOTA 1PB7A 4F29A 1GR2A 3TODA 2DOJA 4F3SA 1N3XA 4GRKA 1IQ7A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4H8JA 3TDJA 5BWJA 1URGA 2OWZA 3K1MA 1FW0A 1MQGA 2ABHA 4HS7A 3FJGA 4PFIA 1EZPA 4GWUA 4PFBA 2ZNTA 5CC2A 2IA4A 3T1BA 4XKRA 3O28A 4DI4B 2PFYA 3TELA 3TTRA 2DWAA 1SYIA 2OZZA 4IO3A 3R7XA 3GBAA 3M3FA 5EQ8A 4KCDA 4KD5A 3O6GA 5AA2B 4BDNA 5KCJB 2AL4A 4XIGQ 4HXVA 1HSLA 1SD3A 2UXAA 1YPNA 1B5JA 4ESWA 3OOAA 1KA1A 2H4IA 1DCUA 2F7AA 4LZ5A 3FGSA 4O94A 1OQHA 2QVUA 3RTWB 2I48A 4U2RA 5CI5A 3FBPA 3RPLB 4BDRA 1MY0A 3M3LA 4F22A 4U22A 4MNIA 4Z7EA 5J1DA 1LBWA 1XVXA 3PGFA 1FJ6A 2BJJX 1B7UA 2ZYOA 1UIUA 2XWVA 4F39A 1DTZA 4FBPA 4R75A 5HPQA 2Y7PA 2HXWA 1DMBA 1PB8A 2D5WA 4RK2A 3BKIB 3LBSA 2PT1A 4PETA 4KYDA 2Q2AA 3K02A 1INPA 2WX9A 1D3KA 1Q35A 4ECFA 4X04A 1FBHA 3A3CA 4PFRA 3ZS6A 2Q8JA 1M5CA 2F97A 1MPBA 4R6KA 3UORA 4FECA 2OCUA 2UVGA 3KN7A 2PBWA 4U4XA 1SW5A 3MQ9A 3K1PA 3F11A 1FBCA 2GHBA 3PPQA 1G0HA 4I9DA 3C33A 3PMWA 5CMBA 2Y7WA 4LONB 4JVIA 2ALUA 2I0CA 3IJXB 3ZSFA 1B5IA 5I57A 1B3EA 5AA3A 4ZEKA 1NL5A 4PE3A 4KYSA 3FXUA 3S9LC 4C1UA 3N6TA 4ELPA 5I2NA 3BBRA 5CMKA 1MXYA 2Q2CA 4E0XA 5H8NB 3DP8A 1ELJA 1BKAA 4MEVA 3MAMA 3LSFB 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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