4AQ4A

Substrate bound sn-glycerol-3-phosphate binding periplasmic protein ugpb from escherichia coli
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
418
structure length
418
Chain Sequence
GSHMVTTIPFWHSMEGELGKEVDSLAQRFNAENPDYKIVPTYKGNYEQNLSAGIAAFRTGNAPAILQVYEVGTATMMASKAIKPVYDVFKEAGIQFDESQFVPTVSGYYSDSKTGHLLSQPFNSSTPVLYYNKDAFKKAGLDPEQPPKTWQDLADYAAKLKASGMKCGYASGWQGWIQLENFSAWNGLPFASKNNGFDGTDAVLEFNKPEQVKHIAMLEEMNKKGDFSYVGRKDESTEKFYNGDCAMTTASSGSLANIREYAKFNYGVGMMPYDADAKDAPQNAIIGGASLWVMQGKDKETYTGVAKFLDFLAKPENAAEWHQKTGYLPITKAAYDLTREQGFYEKNPGADTATRQMLNKPPLPFTKGLRLGNMPQIRVIVDEELESVWTGKKTPQQALDTAVERGNQLLRRFEKSTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Determinants of Substrate Specificity and Biochemical Properties of the Sn-Glycerol-3-Phosphate ATP Binding Cassette Transporter (Ugpb-Aec(2) ) of Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
molecule tags Diester-binding protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN UGPB
total genus 169
structure length 418
sequence length 418
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A02
4BDNA 3FV1A 3CSGA 3I6VA 4ISUA 1N3WA 3K1MA 1FCKA 5HBCA 4ZEKA 3FXQA 3O6HA 4QFOA 2UYEA 3ILTB 2NVUB 3TTLA 3K00A 1A8FA 3OO9A 4OWDA 4YKPA 5TPAB 1N7XA 3C32A 2OCUA 4EF1A 1H45A 3W15C 1MRPA 5CMBA 3TQWA 2ZNSA 3C36A 1VE4A 4IGRA 4U4XA 5FHNA 1B1XA 5I57B 5I2NA 4QF9A 3EHSA 4OQOA 3IX1A 2ZMBA 2XXTA 4JWOA 4GL8A 4YU0A 3WAEA 3LSLA 2QS1A 1M5EA 5CC2A 2B65A 1EU8A 3OO6A 1IUDA 2A5TB 5BUUA 1A7LA 4U4SA 3EQ1A 1Q1KA 4YKIA 5AA3A 1PDAA 3SDFA 3A09A 3SEUA 2V93A 1FTOA 4ZEIA 3RQTA 3T96B 3USDA 1MXYA 1H76A 4WEPA 3DM0A 4R75A 3KG2A 5KCJB 3S9MC 2VD2A 2H25A 1MY0A 4MLQA 3UP9A 3MAMA 2QMXA 3RTFB 1P1NA 2I0BA 1FQAA 2O7IA 2UVJA 4I8CA 4ZEBA 4IY6A 5TPAA 1Y4CA 1MY3A 3V89B 5DVJA 4F1UA 1F9BA 4NE4A 2DXRA 3PV0E 3IB1A 3H4ZA 3KZGA 2O1MA 4NF6B 4LZ5A 5I57A 1B3GA 4KHZE 2PBWA 1LSTA 2Q88A 3C31A 4O3CA 1RYOA 4U21A 1N0TA 2XX9A 3TKDA 3R6UA 3MQ9A 2DS9A 5H8HB 4IO5A 4POXA 3MP8A 3T9HB 1QKBA 1MG1A 4QSEA 3ECRA 3VLWA 1N84A 1MPCA 1GVCA 1OVTA 2A5TA 3SERA 4PETA 2F34A 2HZLA 2H9BA 3ILUB 3CIJA 4R6HA 4G8HA 1B58A 1OLAA 5I59B 1MH3A 3KGCA 1O64A 1B9JA 1JVXA 1Y1MA 5H8NB 1Y3NA 4FEDA 5KCJA 3LSWA 3Q28A 3AXFA 3CRBA 3U1OA 5M2VA 2DE4A 3LUYA 4OESA 4H67A 4JBZA 3IOWA 1PB9A 3O9PA 4ZEFA 3DP4A 3MJNA 4Z7EA 4KI0E 1LLSA 4F2OA 3H6TA 4BLAA 2FNCA 3PPOA 4IO3A 5ISUA 1SVXB 3VDFA 3F11A 3GZGA 4NF6A 4R9FA 1M5CA 2F78A 3TAJA 4ZZEA 1B2HA 3QXMA 4G77A 5TP9B 3OENA 5H8HA 1R6ZA 3TTNA 2CZLA 1WODA 4GFRA 5BWJA 1ZJLA 4H5GA 4KCDA 3ONMA 1MQDA 4O3AA 1XVYA 1H3DA 4TLMB 4YKKA 1NFTA 3H6VA 5DTBA 3B6TA 5CMKA 1B0HA 2ANJA 3KSJA 4RJZA 4X9TA 1ANFA 3FJ7A 5I59A 2HAUA 1J1NA 3FGSA 3IJXB 1XT8A 1B3LA 3MUQA 1I69A 3B6WA 4RPOA 3UN6A 1LCTA 1EZOA 3L6HA 4O3BA 4GWOA 3H3GA 5L8DA 3QUFA 3N26A 3MZBA 3PUWE 4TLLB 2WKYA 4DCYA 3BBRA 2B3BA 2ESNA 2OBGA 1IEJA 3TUSA 2XXHA 2I3WA 2ZXTA 2QS2A 1SD3A 4YICA 5ICQA 3K6XA 1ZTYA 4NF8A 4F19A 3EHTA 2HAVA 2UXAA 5K2YA 2UVHA 4AB5A 2YJPA 1VR5A 2D21A 2Q89A 4F3SA 2VGQA 3A3UA 5LOMA 1YAEA 4GF8A 4EQ7A 1ATGA 4ESXA 3Q25A 4Z0IA 4QFKA 2V3TA 2HZKA 4LZ7A 4QRZA 5DYHA 4R6KA 3MBPA 3H6UA 5DVFA 4PFUA 2H99A 3GXAA 2F5XA 4KFQA 3K0VA 3EF7A 1SW4A 1OVBA 1M5FA 1AMFA 1SBPA 2O51A 5CBRA 3FVOA 5AA1A 1SW5A 3O2AA 1IXIA 3PMVA 2DWHA 3E9XA 2YLNA 2O84X 4OXVA 3JYRA 4ZS9A 4NTLA 5JTYB 2H4IA 1IZ1A 4OVJA 3UA8A 4LONB 5AA4B 2V3QA 3FZVA 4FE8A 1P1WA 4RXLA 2P1SA 4ELQA 1D3KA 2H5YA 1LBBA 3D4CA 1MM7A 4UACA 5CI5A 3MWBA 2AIXA 4Q8RA 3RGYA 2IA4A 1MDP1 1URDA 4F39A 3FATA 5EHSA 3VV5A 1VFEA 2DP8A 3MZ9A 1WDNA 4RYAA 3RNNA 1P1OA 1XOCA 3T9XB 5ICTA 4NEDA 4GIZA 3PMXA 4NF5A 1O63A 1FTKA 3KJTA 1KWHA 2I0CA 2Z23A 3C35A 4PP0A 3VE1B 1JQFA 1IXGA 4YB5A 2AL5A 1R1NA 1CB6A 3BFUA 1I6QA 4OEUA 5CRYA 5DEXB 1BP5A 2Y7PA 4R6YA 2QRYA 4QSDA 1I6BA 4NWDA 2KLFA 4QHQA 3TCGA 4FJPA 5JTYA 1IITA 1XS5A 2F36A 1PEBA 3OOAA 1MM6A 5AA4A 1A54A 4ND9A 4R73A 3O66A 2RINA 2PX1A 3PD9A 3C4MA 3FVGA 2UVGA 4PE5B 3UORA 5F1QA 1NH7A 3VXBA 3IK6B 2X7QA 4ZEDA 5CMMA 1B1HA 2PT2A 4BDQA 4FATA 2ALUA 3IB2A 3KOTA 2RC9A 2X7PA 3MVWA 4LVQA 3W9WA 4X48A 4FIMA 1BKAA 1B40A 3LR1A 2R71A 1DOTA 3IO6A 3TELA 1XVXA 3FVKA 4JXIA 1QUJA 5JK4A 2F35A 3LSFB 1A40A 3THIA 4IO4A 3QK6A 2RKMA 1P1QA 1OMPA 4BDLA 4KD5A 3HHGA 4YB6A 4LUBA 3O29A 3GLBA 3S4UA 5AE4A 3U92A 4F3BA 3LSXA 4Q5TA 3V5AA 2DE3A 5I58B 2XD2A 3O6GA 3TQLA 2ZNUA 2O1LA 2NXOA 3S9NC 1IXHA 3VFJA 4XIGQ 5A5XB 3RY3A 5H8QB 2XXRA 4JB7A 1EZ9A 1AIVA 1FW0A 4FECA 5FHOA 3OELA 3PPNA 1LFHA 3K1PA 2AL4A 3ZKKA 4R74A 2FA7A 5ITPA 2A5SA 2F7CA 4BDOA 1B7ZA 5I56B 4LQ5A 1AL3A 4ZECA 3K6VA 1ZMGA 3OEMA 3PUXE 3LBSA 3TCFA 5CMCA 4FORA 4XKRA 3RPWA 1FQEA 1LBCA 4IO6A 4F1YA 3FV2A 4UA8A 2CMOA 2QPQA 3QIMA 2XX8A 1JVYA 1SQYA 4KQPA 3QSLA 1LAGE 3HCQA 3KOSA 1A55A 4IO2A 2DVZA 4G68B 3MW0A 1MPBA 3CG3A 2O6AA 2HXWA 1MY4A 3RLFE 1Y20A 1FQDA 3MPLA 2NOOA 3MVZA 1B4HA 2D5WA 2HCAA 2VD3A 4F3GA 3K4UA 4MH5A 2QMWA 2HFBA 3FJMA 2OJTA 4OERA 5L9MA 1LCFA 3SEXA 4BDMA 4KR5A 3PPRA 3HPIA 4JSOA 4NWCA 2REJA 5L9OA 1VSOA 5I56A 5K2XA 2I4CA 4WEDA 2HEUA 1AH5A 2GHBA 3T66A 4GOTA 4ECFA 1PBPA 1JNFA 3U8QA 3HV1A 1R9QA 2FYIA 3IOTA 1QKAA 3R7XA 1FQBA 3IR1A 1OQHA 2XXUA 4QSCA 2VOZA 5DVIA 4POWA 2B3FA 5HPQA 3I5OA 3DLNA 4FEBA 3H7MA 4RY1A 2R6GE 4XKPA 3Q27A 2PVUA 1HSLA 3R26A 1NL5A 4E0WA 4GVOA 1JW5A 2Z22A 3L6GA 4ZE9A 2XXVA 3KJ7A 1TXFA 3N6UA 1UQWA 5EYFA 3G3GA 1M5BA 4Q30B 4G8MA 1JW1A 4DDDA 2IEEA 2DYXA 5H8NA 2HQ0A 1HSJA 2XXWA 3IL1B 3RN8A 1NKXA 1FQFA 5B70A 4K3FA 4IY5A 4ZZAA 3P7IA 4GD5A 4THIA 5I2KB 2UVIA 1Y4TA 4F1VA 4F22A 4YKJA 1BTJA 3Q29A 1I6AA 1ZBMA 3S2VA 4PFWA 2M8CA 3C9HA 4F29A 1S7YA 2ONRA 3IB0A 5TP9A 5ITOA 1GV8A 1N04A 5H8SA 3M3LA 4HS7A 2I48A 1LAFE 4KPTA 2V3UA 1MXWA 3VLUA 1URSA 3H06B 3OEKA 3E13X 1II5A 1BIYA 3U72A 2ZYNA 3K1NA 3OD7A 4AB6A 3KN8A 1QUIA 1B05A 3S9LC 3JV9A 1TFDA 1XC1A 3TFLA 1B52A 3MVXA 1MQJA 4GLIA 2XXPA 1MQIA 1A8EA 4XTCQ 3IORA 4AQ4A 3RTWB 1TFAA 4TQUQ 2D3IA 3PD8A 3TODA 3UIFA 1Z7ME 2F97A 4XKQA 5J1DA 2Q2CA 3E3KA 2E0SA 1SYIA 2I58A 2Q2AA 1FTJA 3VVEA 1EH3A 5AA2B 2YPNA 1OIBA 4F3PA 5I2KA 3CFLA 2UYFA 1MXZA 4PFTA 3RT6B 1SW1A 2DWAA 4GQOA 1FTLA 1Z7NE 1IQ7A 3IJOB 4MLVA 4MF3A 4HCYA 2AYSA 1T0KA 1QW0A 1YCJA 4F2QA 1USYH 3SEYA 3S9EA 3H03A 3MP1A 2F6GA 2RF1A 3HN0A 3CVGA 4GXAA 3GBAA 4IGTA 2OWSA 1MDQA 2V84A 3TPAA 2XHDA 2Q9TA 2VP1A 2NUVA 2I3VA 5AA2D 1LAHE 3PGFA 3W9VA 1N3XA 3PUVE 1DMBA 2Y7KA 3I3VA 5CBSA 1UTHB 5FTIA 1IXCA 1MXXA 2Y7RA 5I2NB 2NWJA 3T22A 3G3HA 4DLDA 1DTZA 1B3EA 3K2DA 5FHMA 3SKPA 1B32A 1B6HA 4C0RA 1WVJA 2REGA 1CE2A 1URGA 4LZ8A 5DT6A 4I62A 3PU5A 2XXYA 5JEIA 1NH8A 1PB8A 1US5A 3PUYE 3FVNA 1AOVA 3TEPA 3FXRA 3HSTA 4H0WA 5L9SA 4DCXA 3VLVA 5HM4B 5F7VA 1DSNA 2F6PA 1DTGA 1N76A 3KEIA 4YMBA 2E1SA 1GTKA 4U1ZA 4JSDA 3SEWA 1HSEA 4G68C 3V83A 3U94A 5H8FB 4N07A 4H1XA 4H8JA 2DWIA 1A99A 1GGGA 4PFYA 3Q26A 3JZJA 2G93A 1B7UA 1JEUA 5IAIA 5B7DA 1B4ZA 2O7UA 1MQHA 1UTHA 5FTHA 1B5JA 2ZYOA 3OXNA 1NNKA 4NMYA 3B6QA 3MP6A 2P0SA 3SEVA 1Y9UA 3MZ1A 4GRKA 4KYSA 1L5TA 3U93A 1USYE 3OO7A 4OYVA 4H8IA 3IOUA 5DEXA 1OLCA 3T93B 2PMSA 1S50A 2QSXA 2ONSA 1PB7A 4HTGA 4EQBA 1D9YA 2XX7A 2RCBA 4ELOA 2XXQA 2Z8FA 1Y3PA 4RK9A 3VXCA 1POTA 3C33A 2F8DA 4LQ2A 2DVCA 5EHMA 1MPDA 2Z8EA 3MPKA 1RKMA 4OETA 3FJGA 3MC2A 1TWYA 2QL3A 4QFNA 3RUMA 3H6WA 2W7YA 1XHYA 3QAXA 4FAJA 5H8FA 3DP8A 2DWJA 4KYDA 2GHAA 4WXJA 4YMAA 2OZZA 3O6IA 3G3JA 1O7TA 1M5DA 3O28A 3FASA 1FQCA 3LC8A 1RYXA 4OTEA 1QVSA 4DXCA 5KZTA 1UTBB 4LA9A 1NNPA 4N6PA 3G3KA 4EF2A 4G2ZA 3QYTA 3T9UA 4ELRA 4GXSB 1LFIA 1LAXA 3OMBA 1B46A 1LGBC 5I58A 1B3HA 3CSBA 1TT1A 4F18A 3KBRA 1SI1A 1GR2A 1Y1ZA 2OK2A 4Q0CA 3OO8A 4JWYA 3K6WA 4EQ9A 2O68A 5A5XA 5I84A 5H8QA 4JDFA 1SW2A 3CI8A 2V25A 4LP2B 2ONKE 2RC8A 3M3FA 4NF4B 3EPEA 1YPNA 4OFOA 3KFMA 2P2AA 3M3KA 2X26A 3SESA 3PMWA 3V8XB 1B0LA 4C1UA 1JETA 1QJMA 4EXKA 5CM6A 4N13A 4X1BA 3RT8A 1MH4A 2XD3A 1MXVA 4GL0A 2DQVA 4ESWA 4BDRA 3T9VA 3B7DA 3KN3A 3IOVA 3MVYA 3C34A 3K6UA 3ZSFA 4NF8B 4R72A 2PYYA 3HO7A 1YTVA 4F31B 1NMUA 1UTBA 1IIWA 2RC7A 4TOZA 2THIA 2I6EA 4G68A 4M1VA 4DZ1A 2ZYKA 3N6TA 4PQJA 3HHFA 3N94A 1LFGA 4EDPA 3EHUA 4DIGA 3UK4A 4R9GA 3FIRA 5TU0A 4ZE8A 1MS7A 2I4BA 5IKBA 1PC3A 1MY2A 1B3FA 4XKNA 4P0GA 3K01A 2ABHA 2Y84A 3ZKLA 4RPNA 3BFTA 1ZIUA 2ZNTA 1B7HA 3PPQA 4NF4A 3UGWA 1DPEA 4I9DA 1S9TA 4JWXA 4P11A 4EUOA 2QS4A 4U1OA 4ZDMA 3ZS6A 3G7WA 1UIUA 1D4NA 3EN3A 2VHAA 4H65A 3CFXA 2XXIA 3TCHA 4QFLA 4OMBA 4L17A 2G29A 4QFPA 3TTKA 1SDXA 2QJEA 1ELJA 2Z8DA 3O97A 1SYHA 2DSFA 2GRVA 3ODBA 2LAOA 2PT1A 2GFEA 1Q35A 4IO7A 1NNTA 3A3CA 4I1DA 4OZ9A 3PPPA 3IAZA 4P0IA 4C1TA 2RCAA 3CG1A 4R2BA 3FXUA 3GBBA 3G3IA 4U22A 4ELPA 4HW8A 3WAFA 3KN7A 3OSRA 3OSQA 4WKMA 4OFJA 2ZYMA 1Y3QA 4G8NA 3SETA 3CR9A 4U2RA 3FUZA 2OWTA 4YAHX 3G3FA 1UIVA 1MQGA 4LATA 3N5LA 1B5IA 4DXBA 4H6DA 3FD3A 1H43A 1MY1A 4NF5B 3TTRA 5KDTB 3DP6A 1FTMA 4X1DA 4RA1A 4KYEA 1D9VA 4YZZA 3TTMA 2DOJA 1EZPA 4IB2A 4MFIA 3IO4A 3BKIB 4HCWA 2Y7WA 3E4RA 2R9JA 2DXYA 2BJJX 3VVDA 1ZU0A 1B51A 1SI0A 2Q8JA 1LB9A 4DXUA 2OLBA 4XXUA 1MXUA 3PUZE 1NNFA 3TDJA 2O69A 1R9LA 2GH9A 1ZKBA 1JW4A 3CFZA 1PBQA 4OFLA 1P1UA 4M4GA 1JEVA 3QUJA 4U23A 4OEVA 1LB8A 4E0XA 5ELVA 4MBPA 4RNSA 4G4PA 2XXXA 3TZAA 4R2FA 3M8UA 1US4A 2F7BA 1BLFA 1VFDA 2H98A 1P99A 4RK2A 4OHNA 1DPPA 1POY1 3KSXA 4DE8A 3TMGA 1B5HA 5KDTA 4EXLA 2DE2A 1N7WA 5AA2A 4ONYA 2I49A 1QUKA 4OENA 3TYHA 1ZLQA 4H5FA 1QULA 1OQGA 2Y7IA 3VVFA 3DELB 4KCCA 1H44A 3D4GA 2F7AA 2QS3A 4YB7A 3K02A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BDNA 1KA0A 4GWZA 4N17A 4PFRA 3FV1A 3CSGA 3I6VA 1K9ZA 4OVQA 4ISUA 1N3WA 3K1MA 1FCKA 5HBCA 4ZEKA 3FXQA 3O6HA 4QFOA 2UYEA 3ILTB 2NVUB 3TTLA 3K00A 1A8FA 3OO9A 4OWDA 4YKPA 4LN5A 5TPAB 1N7XA 3C32A 2OCUA 4EF1A 1H45A 3W15C 1MRPA 1IMFA 5CMBA 3TQWA 2ZNSA 3C36A 1VE4A 4IGRA 4U4XA 1NI9A 5FHNA 1NV3A 1B1XA 5I57B 5I2NA 4QF9A 4PAIA 4KXPA 3EHSA 4OQOA 3IX1A 2ZMBA 2XXTA 4JWOA 4GL8A 4YU0A 3WAEA 3LSLA 2QS1A 2P3NA 1M5EA 5CC2A 4P56A 2B65A 1EU8A 3OO6A 1IUDA 2A5TB 5BUUA 1A7LA 4U4SA 3EQ1A 4OVPA 1Q1KA 4N6KA 4YKIA 1G0HA 5AA3A 1PDAA 3SDFA 3A09A 3SEUA 2V93A 1FTOA 4ZEIA 3RQTA 3T96B 3USDA 5IZ3B 3IFAA 1MXYA 1H76A 4WEPA 3DM0A 4R75A 3KG2A 5KCJB 3S9MC 5ESYA 2VD2A 2H25A 1MY0A 4MLQA 3UP9A 3MAMA 2QMXA 3RTFB 1P1NA 2I0BA 1FQAA 2O7IA 4I8CA 2UVJA 4ZEBA 2PCRA 4IY6A 5TPAA 3NOHA 1Y4CA 1MY3A 3V89B 5DVJA 4F1UA 1IMAA 1F9BA 4HXVA 1K9YA 2DXRA 3PV0E 4NE4A 3IB1A 2WEFA 3H4ZA 3KZGA 2O1MA 1QGXA 4NF6B 4LZ5A 5I57A 1B3GA 4KHZE 2PBWA 1LSTA 2Q88A 3C31A 4O3CA 4P1EA 1RYOA 4U21A 1NV5A 1N0TA 3E78A 2XX9A 3TKDA 3R6UA 3MQ9A 2DS9A 2MKZA 5H8HB 4IO5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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