4AQ4A

Substrate bound sn-glycerol-3-phosphate binding periplasmic protein ugpb from escherichia coli
Total Genus 169
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
169
sequence length
418
structure length
418
Chain Sequence
GSHMVTTIPFWHSMEGELGKEVDSLAQRFNAENPDYKIVPTYKGNYEQNLSAGIAAFRTGNAPAILQVYEVGTATMMASKAIKPVYDVFKEAGIQFDESQFVPTVSGYYSDSKTGHLLSQPFNSSTPVLYYNKDAFKKAGLDPEQPPKTWQDLADYAAKLKASGMKCGYASGWQGWIQLENFSAWNGLPFASKNNGFDGTDAVLEFNKPEQVKHIAMLEEMNKKGDFSYVGRKDESTEKFYNGDCAMTTASSGSLANIREYAKFNYGVGMMPYDADAKDAPQNAIIGGASLWVMQGKDKETYTGVAKFLDFLAKPENAAEWHQKTGYLPITKAAYDLTREQGFYEKNPGADTATRQMLNKPPLPFTKGLRLGNMPQIRVIVDEELESVWTGKKTPQQALDTAVERGNQLLRRFEKSTK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE-BINDING PERIPLASMIC PROTEIN UGPB
publication title Determinants of Substrate Specificity and Biochemical Properties of the Sn-Glycerol-3-Phosphate ATP Binding Cassette Transporter (Ugpb-Aec(2) ) of Escherichia Coli.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
molecule tags Diester-binding protein
total genus 169
structure length 418
sequence length 418
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4aq4A02
2ZXTA 5CMBA 4TLLB 5CMCA 3VLWA 3MJNA 2UVJA 4BDOA 4OYVA 4JSDA 1ZJLA 3S4UA 5I2NB 4DXUA 1JEUA 2DYXA 2ZYNA 3S2VA 4BDLA 4WKMA 2F7AA 4DCXA 5A5XA 1B1XA 2DVZA 4WXJA 3L6HA 2ANJA 2DQVA 2XXUA 1MM6A 4F3SA 4GIZA 1MY2A 1M5FA 5AA2D 3OO6A 4BDRA 1MXXA 2OWTA 4I9DA 4BDMA 2F36A 3USDA 4R72A 2PVUA 2VHAA 1UTBB 2DE2A 3OO9A 4LUBA 1D3KA 3MPLA 5AA1A 2QJEA 3LUYA 5EHSA 1VSOA 3C9HA 1NH8A 2Q2CA 4F19A 1Y4CA 2H5YA 1PDAA 3KN7A 4IGRA 5B7DA 4YB6A 3ZKKA 1RYXA 2CZLA 1Z7NE 2Z8DA 5KDTA 4O3AA 4OESA 2IA4A 3A3CA 2RC9A 3RUMA 1OQGA 1I69A 3VLVA 1XHYA 3DP8A 4XXUA 4KYEA 4Q8RA 1AH5A 4EQ7A 5CC2A 5ITOA 3VLUA 2XD3A 2YLNA 4Q30B 5CBSA 1DPEA 1CE2A 3KGCA 2V84A 4H65A 4UACA 3T9VA 2QPQA 2OJTA 4JWYA 2O69A 3WAFA 3FXUA 4KR5A 1N84A 2A5TA 1PB9A 5LOMA 5A5XB 3K6UA 1Q1KA 4H6DA 4Z0IA 5CMMA 1P1UA 4P0GA 1M5EA 4LQ2A 3GXAA 1FTJA 4F39A 3CG3A 4XIGQ 3I3VA 4R74A 5DTBA 2I49A 3IJOB 3K6WA 3C36A 4IGTA 4GRKA 4DLDA 2LAOA 1OMPA 4Z7EA 5B70A 4OFLA 3KJ7A 4G8NA 1A99A 2IEEA 1QUKA 4E0XA 3TUSA 3A09A 2ZYMA 3IB2A 4PP0A 3IK6B 4KCDA 1HSLA 4RK2A 4F1UA 1F9BA 1LB9A 1J1NA 4HCWA 1IEJA 5EHMA 1SI1A 3OEKA 1DOTA 1EZPA 4OWDA 5KDTB 3UP9A 4ZE8A 1B51A 4MH5A 4DZ1A 2NVUB 3PD9A 4R9GA 4YB5A 5DT6A 4U4XA 2F35A 2V3UA 3OEMA 3MWBA 3UA8A 4NF8A 4ISUA 1ZIUA 2XXRA 3WAEA 5ITPA 3MVYA 4RA1A 3U94A 3EQ1A 4GXSB 1LBCA 2XX8A 2A5TB 4DIGA 3VFJA 5AA3A 3H6WA 4JB7A 4DCYA 4R75A 1JVXA 4JWOA 4P11A 3O29A 1FTOA 4ECFA 5IKBA 4GL0A 4RY1A 4GFRA 2F97A 3L6GA 3RTWB 3W9VA 4TLMB 3PPRA 3T9XB 3PU5A 2GH9A 3KG2A 4YU0A 2DWHA 1PBQA 5BUUA 5HPQA 2A5SA 1FTLA 3N94A 3FATA 3PMXA 3MBPA 2XHDA 3B6TA 2V3TA 4ESWA 1BIYA 3TELA 2OZZA 3CG1A 5L9SA 1VR5A 1VE4A 4FATA 2P0SA 1JVYA 3LC8A 1MY4A 4FECA 4FEDA 2R9JA 4ZZEA 4IO7A 2I58A 3VXCA 3O28A 4Q5TA 2Q88A 3C32A 4K3FA 3IB1A 3CSBA 4WEDA 3UIFA 4NF8B 5F1QA 1LFGA 2XXWA 1N04A 4H8IA 3SERA 2OBGA 2PT1A 3H6UA 3LSWA 2HEUA 4NWCA 1MS7A 2P2AA 1YAEA 4YMAA 1XVYA 4R6KA 2ALUA 3QIMA 4F3GA 1FQCA 1NMUA 1LAHE 5L8DA 4RPNA 3KZGA 1FQEA 1URSA 5HM4B 4G2ZA 3MVZA 4ELRA 1P1WA 1WVJA 1TXFA 2O7UA 4H67A 3V89B 1B7ZA 3SEWA 1BLFA 3UORA 3IO6A 1SYIA 1USYE 3D4GA 1IUDA 3PMVA 1Y3QA 4FEBA 4I62A 4PFUA 3HHGA 2GRVA 4OTEA 3H6VA 4WEPA 4ZEIA 1SW4A 1JW1A 2PX1A 1AMFA 4ELPA 3KBRA 4PETA 3TFLA 4L17A 1IQ7A 4KYDA 1L5TA 5I59A 4R6HA 3PD8A 3SEYA 1B4HA 2CMOA 3TODA 4P0IA 5FTIA 2D3IA 5FHNA 2NUVA 4QFLA 2HAVA 3BFTA 2REGA 3CFXA 3TYHA 1B05A 5DVJA 4RNSA 3C34A 5CBRA 3G3IA 1Q35A 1FQFA 4R2FA 3K1NA 3SEXA 3M3KA 3BFUA 2F6GA 4GXAA 1A54A 1MY3A 1Y9UA 4DXBA 2HAUA 2FNCA 3VXBA 1MPDA 1QUIA 4H0WA 3KN8A 2XXVA 1OIBA 1EZ9A 3RTFB 1FQBA 1SBPA 2QRYA 5HBCA 3FXQA 2I6EA 3Q25A 2I0BA 4ND9A 2UVIA 4AQ4A 3OOAA 3JYRA 1ZLQA 3IOVA 1ANFA 2UYEA 1MDQA 1LAGE 5FTHA 4LONB 2FA7A 3RLFE 2I3VA 4YKPA 2AL5A 3H03A 5L9OA 4POXA 3MW0A 2OK2A 4YKJA 1B52A 4M4GA 5I59B 3MPKA 3V5AA 3TCGA 1A8FA 4OMBA 4OFOA 1MPCA 3OSRA 3TDJA 3LSFB 1Y3PA 1M5DA 1MQJA 3FXRA 3T96B 1US5A 5TPAA 4RYAA 2R71A 3N6UA 2Q9TA 4F18A 3DM0A 1LGBC 4GWOA 4PFWA 2G29A 4KQPA 3FJ7A 4IO6A 2RF1A 3UN6A 1LAXA 4RJZA 3P7IA 4KHZE 2F5XA 1URDA 3W15C 1O7TA 3OXNA 4ZEBA 4XKPA 2HZLA 2RCAA 4OENA 4NF5A 3R6UA 1LB8A 4QSCA 2H25A 3MUQA 3MC2A 2PYYA 2V3QA 2HFBA 3TTKA 3O97A 4LP2B 1SVXB 3UK4A 1FW0A 4FAJA 4GVOA 1LFHA 2QS3A 3B6WA 3C35A 3MP6A 1B5JA 4MLQA 3DP4A 3OSQA 5I56A 3E4RA 3EPEA 1AL3A 1H43A 3E9XA 1TWYA 1B32A 2XXIA 3K1PA 4U2RA 4NF4A 4O3BA 1EH3A 1R1NA 4E0WA 5CRYA 5KZTA 1GVCA 4BDNA 1NL5A 4ELOA 4G68A 2F8DA 1MQGA 2OCUA 3DELB 1IXCA 4R6YA 3RY3A 3U1OA 4M1VA 3H4ZA 2KLFA 3H6TA 5H8NA 2H9BA 5TPAB 1MQHA 1S50A 2AL4A 3Q26A 4HW8A 3S9NC 2XX7A 1B5IA 3O9PA 5ISUA 4ELQA 3G7WA 4PFYA 1Y3NA 4X48A 1NH7A 3E3KA 3K1MA 3O2AA 2B3FA 1JNFA 4NF5B 3ONMA 2E1SA 3PPQA 4OHNA 2GHAA 5M2VA 3HN0A 3OELA 4XKNA 3MZBA 4ONYA 2Q8JA 2DWIA 1GTKA 3HSTA 3K6XA 1HSEA 1P1OA 2DS9A 1PB7A 5H8HA 5I56B 4JSOA 1XOCA 3RT6B 4NEDA 4KYSA 1N76A 1Z7ME 3IOWA 4NF4B 2ZNUA 5JEIA 2D5WA 3CFLA 1A40A 3FGSA 3RT8A 4F29A 4G68B 2ZYOA 4YZZA 1MRPA 3N26A 3ECRA 1VFEA 5I58A 1UIUA 2X7QA 3PUVE 3CFZA 1B3FA 4UA8A 1ZBMA 1B58A 4R73A 2RCBA 3CIJA 1QKBA 2F6PA 1BP5A 4G77A 1GGGA 2H98A 2F7BA 1N3XA 3TZAA 2ESNA 4DDDA 1N7XA 4LZ7A 3FVGA 3QYTA 2XX9A 1NNKA 1TFAA 4EQ9A 3SEVA 4YKIA 4EDPA 4C1TA 3OD7A 3FJGA 1PEBA 1A7LA 3EN3A 1LLSA 3TTRA 3LR1A 1H45A 4LVQA 1MXZA 2XXXA 1JW4A 5H8HB 1RKMA 2I3WA 3IO4A 2PMSA 1FQAA 4EXKA 1LCFA 2DXYA 1XT8A 1N0TA 2REJA 1DTGA 3F11A 4GQOA 3MP8A 4F22A 4XKRA 2V25A 2O51A 3I6VA 4OERA 4ZDMA 3PPNA 1B3EA 4FIMA 3SDFA 5I58B 2XXQA 2Z23A 3THIA 3FVOA 2Z8EA 3IX1A 2DWJA 1GR2A 5K2YA 2ZMBA 3IJXB 3SEUA 4C1UA 3BKIB 1D9VA 3S9LC 1MXVA 3IAZA 2E0SA 1UTHA 4GLIA 2X26A 2HXWA 5DVIA 3Q29A 2I0CA 2QS2A 2Y84A 1A55A 2DOJA 3V83A 4HS7A 4QRZA 1YPNA 1H76A 1B40A 4F3PA 4G8MA 3G3GA 3FJMA 3K02A 2O1LA 1B7UA 3O6HA 1MXWA 1II5A 4ZEFA 1SI0A 4ZE9A 4R9FA 2RKMA 4EF1A 5AA2A 4QHQA 2B3BA 3U72A 1P99A 3K6VA 2ONSA 4O3CA 1WDNA 1OQHA 1OLCA 3RGYA 4KPTA 2UYFA 4EF2A 2ZYKA 1IXHA 2I4BA 2PT2A 3K4UA 5ICQA 3U93A 2V93A 3D4CA 2PBWA 1MDP1 2ABHA 4IO3A 2Z8FA 3GLBA 1O63A 3H3GA 1Y20A 1DTZA 4H5FA 1N3WA 4GOTA 4KCCA 1UTHB 1KWHA 2Y7PA 4FORA 3BBRA 3JV9A 1B2HA 3MZ1A 4IY5A 2HQ0A 1QUJA 5J1DA 2YJPA 2XD2A 4ZEDA 3PGFA 3FV2A 3TTNA 1I6AA 3TQLA 2R6GE 2DVCA 4YB7A 4QFOA 1OLAA 3PUZE 3V8XB 1US4A 4NWDA 5KCJA 3O6GA 3HV1A 4F2OA 5AA2B 4EUOA 4F2QA 3HHFA 4F1YA 1T0KA 3B7DA 3HO7A 4LZ5A 1XVXA 3FVKA 4LQ5A 1AIVA 1IXIA 1FQDA 1VFDA 2VD2A 3R7XA 4I1DA 3KEIA 1BTJA 3CSGA 4U1ZA 1MY0A 2Q2AA 3C4MA 3OENA 5L9MA 1CB6A 1NNFA 1ATGA 1DPPA 5F7VA 1EU8A 1MG1A 4G8HA 3ZKLA 1P1QA 5CM6A 4POWA 3N5LA 2F78A 3VE1B 3UGWA 1B3LA 3E13X 3OO7A 5I84A 2XXHA 1POY1 2H99A 2QL3A 2WKYA 3SETA 3T93B 3O66A 4NE4A 4RK9A 4YICA 3R26A 4IO5A 2ONRA 3FVNA 5JTYA 1TFDA 3QUFA 3MVWA 2D21A 1B4ZA 4QFPA 2VD3A 2FYIA 3IORA 3FASA 4H1XA 4QSEA 1S7YA 2UXAA 3KFMA 5CMKA 4FJPA 5KCJB 1ZTYA 5K2XA 2O6AA 2Y7WA 4U4SA 3OO8A 2XXPA 4HTGA 2QMXA 3MP1A 3IOTA 2F34A 1B3HA 3KOTA 2Q89A 3HCQA 2DWAA 4DXCA 3TTMA 2ONKE 3M8UA 3QAXA 4YKKA 1MH3A 1ELJA 1Y4TA 1XS5A 1LBBA 2X7PA 2UVGA 1LAFE 1HSJA 4PE5B 4NTLA 3TQWA 3TEPA 2XXYA 1ZKBA 1XC1A 2NOOA 4F3BA 1JQFA 3QUJA 2ZNSA 1MXUA 3JZJA 3PUWE 2VP1A 4QFNA 3VVDA 3RQTA 5JTYB 3C33A 3MVXA 3Q28A 1P1NA 4U1OA 4YAHX 4JWXA 4I8CA 1URGA 4TOZA 1MQIA 4U21A 3EHSA 1AOVA 4OETA 2O84X 3EHTA 5JK4A 4BDQA 1SDXA 1SD3A 4QSDA 2W7YA 4ZS9A 1GV8A 1OVTA 3N6TA 1B1HA 3I5OA 1S9TA 1LSTA 2XXTA 3G3HA 3TCFA 3MQ9A 1H3DA 5IAIA 2P1SA 2QSXA 1MXYA 3S9MC 1NFTA 3TKDA 3H7MA 5H8FA 1YTVA 1JEVA 4GF8A 1DMBA 3K00A 4ZECA 3G3JA 1IITA 2DSFA 1Y1ZA 2G93A 3LSLA 5TU0A 1QKAA 3FZVA 5H8NB 1B3GA 4MLVA 1FCKA 1B7HA 3GBBA 3PMWA 4LATA 3KSXA 3LBSA 1B5HA 4KFQA 3TPAA 4OEVA 3T22A 1NKXA 4X1DA 4PQJA 5H8QA 4G4PA 4FE8A 4GL8A 4JBZA 1MPBA 3M3FA 2I48A 1D4NA 4HCYA 1N7WA 3MAMA 4ZEKA 5AE4A 4NMYA 2NXOA 1ZMGA 2AYSA 3GBAA 1RYOA 4PFTA 4GD5A 3FUZA 1QVSA 5CI5A 3S9EA 3GZGA 4OFJA 5DVFA 2DP8A 5DEXA 4AB6A 1R9QA 3IB0A 1MM7A 3T9HB 3FD3A 4LA9A 3G3FA 3T66A 4U23A 1DSNA 4NF6A 4N6PA 1MQDA 2YPNA 3FIRA 1H44A 1JETA 5I57A 3TAJA 3CRBA 5H8FB 3VVEA 2HZKA 3DLNA 4AB5A 1B9JA 2GHBA 1A8EA 2OLBA 1JW5A 3O6IA 1NNTA 3MZ9A 5ICTA 4IO4A 4R2BA 4H5GA 4LZ8A 1UQWA 1UIVA 3QSLA 4XTCQ 2QS1A 1MH4A 3CI8A 4JXIA 1M5BA 2GFEA 3FV1A 2F7CA 3EHUA 3ILUB 4OVJA 5EYFA 1SYHA 3RNNA 5H8SA 3RN8A 5H8QB 4YMBA 2Y7IA 2UVHA 3ZSFA 5FHMA 2BJJX 1PB8A 4KI0E 2B65A 4DE8A 3VDFA 1SW5A 5AA4A 2DE4A 2DXRA 4IB2A 3K01A 3CR9A 1BKAA 1O64A 3QK6A 1B0LA 2M8CA 1WODA 3VV5A 3TTLA 2NWJA 3CVGA 2I4CA 3PUXE 5I2KA 3RPWA 1D9YA 1POTA 4MFIA 1Y1MA 5DEXB 2Y7KA 3KN3A 4H8JA 3IR1A 1I6BA 3ILTB 4OXVA 3PV0E 4C0RA 4NF6B 3PPPA 4F31B 4OEUA 5TP9A 4X1BA 2Z22A 4QFKA 5I57B 1QULA 1QW0A 3H06B 4F1VA 3KOSA 4TQUQ 3IL1B 2RINA 3OMBA 3ODBA 1IZ1A 5ELVA 2RC7A 1R6ZA 2VGQA 3SESA 4IO2A 3DP6A 4THIA 3M3LA 1IXGA 2Y7RA 1USYH 4EQBA 3VVFA 3HPIA 1NNPA 4JDFA 5I2NA 1M5CA 2AIXA 3SKPA 3C31A 5AA4B 2QS4A 2RC8A 3IOUA 3W9WA 4OQOA 1R9LA 3T9UA 4MBPA 4ZZAA 1I6QA 3Q27A 1TT1A 1B0HA 4IY6A 1PBPA 1MY1A 1LCTA 2HCAA 4N13A 1B46A 1PC3A 3ZS6A 4MF3A 1ZU0A 5I2KB 1EZOA 3TMGA 3G3KA 4BLAA 1FTKA 2THIA 4ESXA 4RXLA 2VOZA 4X9TA 1LFIA 1OVBA 2O1MA 3PUYE 1UTBA 1SW2A 4Q0CA 1QJMA 3A3UA 2O68A 5FHOA 4N07A 4KD5A 3QXMA 5TP9B 4U22A 3TCHA 2DE3A 3PPOA 2QMWA 4G68C 3EF7A 1SQYA 2ZNTA 1SW1A 4XKQA 2H4IA 3LSXA 3AXFA 3K2DA 3U8QA 5BWJA 4EXLA 3B6QA 1YCJA 1FTMA 4RPOA 5DYHA 3U92A 3K0VA 3KJTA 2O7IA 4QF9A 4OZ9A 2OWSA 1IIWA 1B6HA 3KSJA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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