4AQNA

Crystal structure of pesticin from y. pestis
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
345
structure length
340
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Toxin
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 119
structure length 340
sequence length 345
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4aqnA02
213LA 244LA 1C6AA 3DNAA 131LA 4W52A 190LA 1L41A 4LDLA 1KS3A 2HUMA 3C80A 237LA 2B6YA 259LA 2OU8A 3OE6A 1L67A 3HH3A 111LA 4YX7C 2QARC 4PK0A 1D3NA 1G0LA 1L55A 1C65A 1L98A 3C8SA 2B75A 1L45A 1L03A 3C8RA 1L17A 1L0KA 3CDTA 249LA 1L18A 248LA 1D2YA 1LGUA 4DJHA 1L83A 1C6DA 4I7OA 1P3NA 230LA 197LA 1LYEA 3CDVA 2Z6BA 1C6GA 2OTYX 167LA 1CX7A 1C6LA 2OE7X 2RB2X 1C6IA 254LA 3RUNA 142LA 4I7QA 1CUPA 1L72A 1L74A 1KY0A 251LA 1G1WA 1L47A 242LA 3HTFA 1G0KA 223LA 3GUOA 1L14A 3DMXA 146LA 2ANXA 211LA 2RBSA 1L81A 4W59A 1CV5A 4I7TA 2CUUA 122LA 2RAYX 1QT6A 1L08A 140LA 240LA 2QB0B 1L79A 3D4SA 3HU8A 3SB8A 4ARMB 1CU0A 1EPYA 258LA 157LA 3FA0A 3SB7A 4EKRA 3DMZA 1DYGA 1SWYA 206LA 1L0JA 4ARQB 1P6YA 3EMLA 3SB5A 4EXMA 169LA 127LA 4ARPA 260LA 1L61A 1QT5A 1T6HA 3HH5A 3F8VA 1OVHA 3HH4A 150LA 1L09A 1LW9A 221LA 138LA 2F47A 215LA 253LA 3HTDA 1D3MA 1QTZA 1L36A 2OE9X 2RB0X 1NHBA 1L75A 3GUKA 3PDSA 176LA 3LZMA 1CTWA 4GBRB 3DN2A 209LA 1CV1A 1L30A 1L60A 148LE 1OV7A 1QSQA 3G3XA 1JTMA 3OE9A 1D3FA 1KNIA 1L94A 2O79A 3GUIA 1C6NA 2LCBA 3HU9A 2ANVA 123LA 191LA 1L15A 1PQMA 149LA 1L33A 3CDOA 2LZMA 103LA 4I7JA 2B6WA 1QUOA 1QT8A 1T8AA 4EPIA 175LA 1LYIA 3DN6A 1L10A 1DYFA 3C7ZA 162LA 1OVJA 4W55A 180LA 1C67A 1CU3A 4S0WA 1LI3A 235LA 1L97A 119LA 1KW5A 1C6KA 1B6IA 1LGXA 220LA 1L66A 1C69A 4I7RA 1C6FA 1P5CA 1L85A 1C64A 1L96A 2RBRA 1XJUA 239LA 115LA 1L86A 112LA 185LA 139LA 3ODUA 1L46A 3SBAA 250LA 1L57A 1L49A 5LZMA 3HTBA 3K2RA 4DAJA 1QS5A 2OU9A 2RBPA 1CV0A 3NY8A 2RBOA 2RH1A 1L84A 1LI2A 2HULA 1C6CA 7LZMA 4I7PA 6LZMA 1OYUA 108LA 3HTGA 3L64A 2B6XA 1QUGA 1T8GA 1QUHA 229LA 3CDRA 1L82A 102LA 1LYJA 2OU0X 4I7LA 4EJ4A 155LA 159LA 3DN8A 1LYDA 1L62A 173LA 3VW7A 1LGWA 4ARMA 1SSYA 198LA 1L70A 1L50A 2F2QA 2O4WA 1L56A 1OV5A 4DKLA 1DYEA 201LA 1DYAA 1L21A 152LA 233LA 1CU6A 241LA 4E97A 195LA 2A4TA 4ARQA 1QTHA 174LA 212LA 1L90A 107LA 2L78A 1L91A 3OE8A 226LA 1L76A 1L07A 4I7MA 1L43A 1XEPA 205LA 3G3WA 4LDOA 4K5YA 1P64A 1C63A 1L04A 2B70A 1C6HA 165LA 188LA 1SWZA 109LA 3DN0A 1L31A 3L2XA 1K28A 1ZWNA 1L23A 3V2YA 2B74A 1DYBA 3CDQA 3DN4A 1D2WA 1L93A 262LA 1CUQA 1G1VA 1CU5A 1I6SA 227LA 151LA 3HH6A 187LA 1CV3A 4W58A 1C6MA 1LYGA 245LA 4GRVA 2Q9EA 219LA 1JQUA 184LA 3C7YA 1L42A 236LA 1P36A 166LA 3C7WA 1L39A 1L65A 1QUDA 1XJTA 4OO9A 4ZPUA 4W57A 1QTDA 1L73A 1L01A 1L24A 256LA 2OEAX 1P7SA 234LA 1L27A 1SSWA 1OWYA 1L71A 1L40A 144LA 3DN1A 1LI6A 164LA 1L34A 1P2RA 1G0GA 1LPYA 3HUAA 4I7KA 189LA 1CVKA 129LA 1KW7A 3C83A 1L29A 1L32A 1PQOA 1C6QA 1L25A 1P37A 3GUPA 1C6PA 4I7SA 224LA 4LDEA 2RBNA 1L53A 2B72A 1PQDA 1L13A 145LA 1L63A 1CX6A 2Q9DA 1L28A 1L64A 1L51A 261LA 2HUKA 1L44A 2LC9A 3GUNA 1QSBA 1SX2A 2O7AA 120LA 3JR6A 1QS9A 2F32A 1OVKA 1G0PA 3DKEX 1PQIA 1QTVA 1L52A 3GULA 1C6TA 1ZYTA 1G0QA 192LA 4EKSA 1LYHA 1G06A 3C8QA 178LA 2IGCA 1D9WA 231LA 1CV6A 4ARJA 114LA 2OE4X 216LA 1L54A 3OE0A 143LA 1DYCA 130LA 3QAKA 218LA 3C82A 1C6EA 3F9LA 2NTGA 1QT7A 4ARLA 1L87A 1L88A 125LA 1L80A 1L20A 170LA 1L59A 2RAZX 1L16A 3HT9A 2NTHA 1PQJA 158LA 1L58A 1C62A 3HUKA 1LYFA 1L77A 252LA 255LA 2B6ZA 247LA 3DMVA 1LLHA 1L00A 1P2LA 168LA 3RZEA 1L05A 199LA 1SX7A 1L12A 1L02A 3G3VA 104LA 1WTHA 1CU2A 4YXCA 1LWGA 1LWKA 1QT3A 1C68A 200LA 210LA 2RB1X 4YXAC 1C60A 1C6BA 225LA 238LA 3HT8A 2RBQA 4W56A 1OWZA 147LA 1G0JA 196LA 161LA 113LA 1P56A 3SB9A 177LA 1PQKA 163LA 1L48A 1L99A 3HDFA 2OTZX 171LA 4W51A 2B6TA 3C81A 1QTCA 1T8FA 186LA 3GUMA 3NYAA 1L92A 3FI5A 156LA 4W53A 128LA 3HT7A 3DN3A 3V2WA 1JTNA 4EPFA 1KY1A 4LZMA 1C61A 1L68A 214LA 126LA 1QTBA 4EKPA 4AQNA 1QT4A 1C6JA 110LA 1L95A 1T97A 141LA 1C66A 183LA 2B73A 1L22A 181LA 232LA 222LA 1L06A 1L11A 228LA 118LA 1L19A 3SN6R 3UONA 1ZURA 1L26A 246LA 3SBBC 1G0MA 4I7NA 160LA 1L37A 1CV4A 3SB6A 1TLAA 4IAPA 3HWLA 182LA 3HT6A 172LA 4PJZA 3NY9A 4W54A 3PBLA 1L69A 1DYDA 1P46A 3HUQA 1L89A 3FADA 3HDEA 4EKQA 137LA 3GUJA 1L38A 243LA 1D3JA 1L35A 257LA 5I14A 217LA 1G07A 2B7XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
213LA 1L41A 4LDLA 1UICA 2QARC 2Z37A 1LZ8A 5KXYA 2F30A 2IFFY 1C65A 1L98A 3C8SA 4DWXA 1IWUA 1YL1X 1RFPA 1L17A 3CDTA 1LGUA 4Z3MA 2LYOA 4CGEA 5LAFA 4HSFA 2OTYX 4HV2A 1E8LA 1EQ5A 1V7SA 1VDQA 3RUNA 2EKSC 1GB6A 1LJGA 142LA 5KJ9A 1LMNA 1G7MC 3HTFA 1WQQA 1ZVYB 1LMTA 1L14A 1D6QA 2FBBA 146LA 1GF6A 1YIKA 5KXKA 2DQJY 2RBSA 1IP1A 2CUUA 3HU8A 2RAYX 240LA 140LA 3D4SA 3SB8A 5E4PA 2MEHA 1LZEA 4NIJA 258LA 4ANRA 1GDXA 4EKRA 1DYGA 1SWYA 206LA 3K3TA 4EXMA 5LYMA 1UIAA 1UIGA 1L61A 4WM4A 1OVHA 2BQBA 4H9FA 1L09A 1VAUA 3HTDA 2Z2EA 4LGKA 1QTZA 2OE9X 2F2NA 3GUKA 3PDSA 4GBRB 1LSYA 1L30A 4HPIA 4ZIXA 2MECA 3GXKA 2ZIKA 1JTMA 3OE9A 1EL1A 2A7DA 1KIPC 4WLDA 2Z39A 1QSWA 5ILFA 1C10A 1ZMYL 1QUTA 4I0CA 4NFVA 5FEKA 2HU3A 2D4KA 1OUCA 4EPIA 1BWHA 1LYIA 1JEFA 1GB9A 2BQOA 5DM9A 1UIBA 5HMJA 4HJZA 180LA 4NHQA 235LA 1GB0A 1HF4A 3KAMA 4ETAA 1C69A 4PGJB 1C6FA 2DQGY 1XJUA 1QTKA 239LA 1L86A 3WVXA 3J4GA 1L46A 3T36A 1HHLA 4R0FA 1TCYA 5LZMA 4QEQA 3BKHA 5K7OA 4X3BA 1G7JC 2ZYCA 1GE3A 2LYMA 1CV0A 1JTOL 4H8ZA 1YQVY 4CHXA 4UWVA 7LZMA 3HTGA 3P68A 1UIEA 2LHMA 1QUHA 4TSCA 1L82A 4I7LA 4H9CA 159LA 2FYDA 1B2KA 1LYDA 1L62A 173LA 4YOPA 4XJDA 3VW7A 4DYGA 5I5QA 1L50A 3LYZA 4LFPA 2CDSA 1DYEA 1OUFA 1HERA 1GB8A 1QTHA 174LA 1L90A 2MEDA 1NKHA 1CKCA 1L76A 3A92A 2B70A 1IP4A 3A67Y 1C6HA 3RU5A 4G49A 4H93A 1K28A 4PRUA 1L93A 4O34A 1NQIA 3HH6A 1IWZA 5T3FA 4GRVA 2Q9EA 3A8ZA 1IOCA 1P36A 4NGIA 1HNLA 4DDAA 2LYZA 1GWDA 3RZ4A 1QUDA 4DDCA 1BWJA 1L73A 1L01A 3TXJA 3WVYA 234LA 4N8ZA 4N1CC 1LI6A 1FLUA 1P2RA 3A91A 189LA 1GFAA 1CNSA 1GHLA 4H90A 2MEGA 3AGHA 1KW7A 1L29A 3M3UA 4NGWA 132LA 224LA 1WTMA 4N0JA 1NDGC 5IHGA 1LKRA 2F4AA 3W3EA 4ETDA 5DN5A 1FBIX 3A94A 3ZVQA 4G4BA 1QSBA 1SX2A 3TXGA 1LMAA 1PQIA 1GXXA 1L52A 4H9EA 3GULA 1XEIA 1G06A 1LMOA 2IGCA 2OE4X 3ZEKA 218LA 1IOSA 3C82A 1C6EA 2BQHA 3WXUA 4R6CA 4GN3A 1IOQA 2ZWBA 3HBDA 170LA 4UWNA 2D4JA 1L58A 1JSEA 1TAYA 3VWOA 1HEQA 1EQEA 2CWIA 1QQYA 1LYFA 4TWSA 4H91A 255LA 2B6ZA 1GEVA 3A96A 3TXEA 3WW6A 1UUZC 4J1BA 7LYZA 3G3VA 4LT0A 1CU2A 2BQFA 1GE1A 5D5FA 1VDSA 1LSPA 4II8A 4W96A 3AW7A 238LA 2BQCA 1WQOA 2D4IA 3TXDA 154LA 1RJCB 1P56A 5LVJA 1RE2A 3SB9A 2HEFA 177LA 1PQKA 1IOTA 4RW2A 3TXKA 1QUSA 1QIOA 4HV1A 1ZVHL 3W6DA 4M4OA 1QTCA 1JIYA 1L92A 3FI5A 4G9SA 4W53A 4XJGA 3HT7A 1JTNA 4OOTA 1I20A 4EKPA 4H8YA 2CGIA 5LA5A 5LVIA 4GCFA 5JENB 1BWIA 1REYA 1C66A 2B73A 232LA 1I1ZA 3SN6R 1C45A 1B7LA 1JWRA 246LA 1IR9A 1L37A 3WH1A 1LPIA 3HWLA 182LA 2XBSA 1JITA 3PBLA 4BADA 1P46A 1FLWA 1L89A 2BAAA 3FADA 4NSIA 4HPEA 1L38A 3A3RX 257LA 5I14A 217LA 1G07A 1LSZA 3G3BB 2BLYA 1OUHA 237LA 259LA 3HH3A 4YX7C 5J7CA 4PK0A 193LA 1G0LA 1L55A 2A7FA 1C43A 4OWBA 1L03A 1L0KA 5D5CA 249LA 1L18A 248LA 1D2YA 1OUGA 3LN2A 4BAFA 1HFZA 1P3NA 5I53A 1Z55A 2Z6BA 5I54A 5APFA 4ZEEA 1CX7A 2D91A 4NGVA 4BS7A 3AZ6A 4I7QA 1L74A 1BB6A 4LYCA 5KXWA 251LA 1L47A 242LA 4DD9A 3AGIA 1J1PY 5KXXA 3D9AC 4DDBA 1QTEA 1JPOA 1NF5A 1L79A 1C08C 4PPOA 4Z98A 1IP7A 1EPYA 4NWHA 2ZIJA 1HC0A 4NG1A 1IEEA 1KXWA 1OUBA 3EMLA 4ARQB 1XGRC 1D6PA 1B7RA 1XGQC 1LYOA 4QY9A 1LHHA 150LA 2HUBA 3WW5A 138LA 253LA 3J6KA 4ETEA 2BQAA 1LMQA 2MEFA 3IJVA 4ETCA 1CTWA 3DN2A 209LA 2BQJA 1LKSA 1DKJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 213L A;  1L41 A;  4LDL A;  1UIC A;  2QAR C;  2Z37 A;  1LZ8 A;  5KXY A;  2F30 A;  2IFF Y;  1C65 A;  1L98 A;  3C8S A;  4DWX A;  1IWU A;  1YL1 X;  1RFP A;  1L17 A;  3CDT A;  1LGU A;  4Z3M A;  2LYO A;  4CGE A;  5LAF A;  4HSF A;  2OTY X;  4HV2 A;  1E8L A;  1EQ5 A;  1V7S A;  1VDQ A;  3RUN A;  2EKS C;  1GB6 A;  1LJG A;  142L A;  5KJ9 A;  1LMN A;  1G7M C;  3HTF A;  1WQQ A;  1ZVY B;  1LMT A;  1L14 A;  1D6Q A;  2FBB A;  146L A;  1GF6 A;  1YIK A;  5KXK A;  2DQJ Y;  2RBS A;  1IP1 A;  2CUU A;  3HU8 A;  2RAY X;  240L A;  140L A;  3D4S A;  3SB8 A;  5E4P A;  2MEH A;  1LZE A;  4NIJ A;  258L A;  4ANR A;  1GDX A;  4EKR A;  1DYG A;  1SWY A;  206L A;  3K3T A;  4EXM A;  5LYM A;  1UIA A;  1UIG A;  1L61 A;  4WM4 A;  1OVH A;  2BQB A;  4H9F A;  1L09 A;  1VAU A;  3HTD A;  2Z2E A;  4LGK A;  1QTZ A;  2OE9 X;  2F2N A;  3GUK A;  3PDS A;  4GBR B;  1LSY A;  1L30 A;  4HPI A;  4ZIX A;  2MEC A;  3GXK A;  2ZIK A;  1JTM A;  3OE9 A;  1EL1 A;  2A7D A;  1KIP C;  4WLD A;  2Z39 A;  1QSW A;  5ILF A;  1C10 A;  1ZMY L;  1QUT A;  4I0C A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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