4ARJA

Crystal structure of a pesticin (translocation and receptor binding domain) from y. pestis and t4-lysozyme chimera
Total Genus 105
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
105
sequence length
322
structure length
318
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNSITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVVNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNLFEH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PESTICIN, LYSOZYME
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 105
structure length 318
sequence length 322
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-04-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arjA02
3DN0A 2B70A 1L72A 1L45A 1L98A 209LA 129LA 168LA 1L79A 1DYCA 1PQJA 148LE 1C6KA 3QAKA 4W54A 1LGXA 115LA 4PJZA 1PQMA 4I7TA 229LA 1T6HA 1C6QA 219LA 2OU8A 1B6IA 3CDOA 3HT7A 3F9LA 197LA 2B6ZA 1QUGA 1L13A 218LA 1G06A 152LA 1L09A 3HH3A 227LA 3D4SA 261LA 1L42A 5I14A 3RUNA 1L15A 1L80A 4EKPA 3C81A 1T97A 1L96A 2CUUA 147LA 258LA 178LA 155LA 2F2QA 146LA 1QT7A 3NY9A 1OYUA 1L19A 260LA 4I7OA 224LA 3DKEX 1QS5A 3DMZA 1C6BA 4EPFA 1L59A 159LA 1P7SA 1TLAA 1L39A 1QSQA 3C7ZA 1LI3A 1OWYA 1ZURA 3HUQA 1L52A 2L78A 206LA 3HU9A 2Q9EA 1L65A 214LA 1G1WA 1SWYA 3HUAA 1LYHA 1CV3A 195LA 3C80A 4I7LA 4I7NA 4IAPA 1P6YA 4I7QA 1L11A 1CX6A 3RZEA 1L40A 1KW5A 1PQIA 1PQKA 6LZMA 1I6SA 1L61A 1C63A 4OO9A 190LA 3FA0A 4ARQB 1QUHA 1JQUA 1L70A 144LA 111LA 1P2LA 2OU0X 1D3JA 4ARJA 1QT3A 3C8QA 189LA 1CV1A 1C6CA 1QTZA 4ARLA 1D3NA 186LA 2LZMA 157LA 3SB5A 1L89A 151LA 1DYGA 1C6EA 1L16A 2NTGA 3C82A 169LA 103LA 131LA 3UONA 3DN8A 1P36A 1L90A 211LA 156LA 166LA 1L0KA 1C6TA 3V2YA 109LA 262LA 164LA 254LA 1CUPA 158LA 1L32A 3C7YA 3FI5A 256LA 3C8SA 1KY0A 1XJTA 165LA 1L12A 141LA 1L92A 1QSBA 1LWGA 1WTHA 1QT5A 1L23A 1QS9A 4W56A 1LYEA 1C6PA 170LA 1OVKA 4YXAC 2OTYX 1L57A 1EPYA 1P2RA 4DAJA 1L49A 4I7KA 1QUOA 3DN4A 1LI6A 1JTMA 142LA 1L14A 182LA 3ODUA 3C7WA 1JTNA 1SSWA 1CV5A 3PDSA 259LA 1L44A 257LA 1L17A 1LYFA 1L74A 2RAZX 3OE8A 1SWZA 2IGCA 1C6AA 2O4WA 188LA 143LA 1DYDA 2OEAX 1DYFA 3DMVA 172LA 4EKQA 3CDQA 1SX2A 122LA 2Z6BA 1CV4A 1C66A 1DYEA 1L48A 3HT8A 4I7RA 1D3FA 174LA 3FADA 1KW7A 4I7SA 1L29A 3HTBA 4ARPA 3VW7A 198LA 112LA 223LA 1C61A 128LA 2O79A 196LA 1L30A 249LA 1L51A 1P37A 185LA 191LA 1L67A 1L71A 1CU2A 3PBLA 1SX7A 2NTHA 1L58A 160LA 1OV7A 125LA 120LA 1L76A 1PQOA 1L10A 114LA 1L77A 2LCBA 3NY8A 1L27A 3C8RA 3HUKA 1OVJA 4E97A 1OV5A 2RAYX 2B7XA 1LW9A 2B6XA 3SBAA 1L31A 1L02A 4GBRB 1C6LA 4I7MA 215LA 4LDLA 1G0JA 2RBPA 1ZWNA 1ZYTA 237LA 1G07A 1L18A 2B74A 1LGWA 1D2YA 251LA 2B72A 1L04A 1LWKA 236LA 1QTHA 1QT8A 2RB0X 3DN6A 1L88A 245LA 1G0LA 1C69A 3HT6A 3GUPA 239LA 1L07A 1L50A 2HUMA 3DNAA 1L84A 140LA 1P3NA 1L01A 127LA 1G0KA 232LA 1P46A 4ARMB 1NHBA 1L94A 1DYAA 104LA 2OU9A 1C65A 1LYGA 1QTCA 2RBNA 210LA 161LA 1G0MA 3NYAA 221LA 4W55A 1L63A 1CU3A 205LA 1QT4A 4LDEA 1KNIA 119LA 225LA 184LA 2ANVA 3F8VA 4W52A 4DKLA 150LA 242LA 4GRVA 137LA 1L05A 3GUMA 176LA 244LA 3HH4A 1T8GA 4EKRA 3G3WA 1L87A 1LLHA 2OTZX 1CX7A 1L64A 1P64A 4EPIA 7LZMA 123LA 1CV6A 1L95A 3CDTA 2B73A 1CU5A 1PQDA 1OWZA 1L69A 3SB6A 2OE9X 238LA 3HT9A 4EKSA 163LA 1KY1A 1L83A 1L93A 4K5YA 1L99A 5LZMA 3DMXA 175LA 1L22A 1XEPA 4W51A 2QB0B 231LA 3HH6A 3GUKA 3HDFA 183LA 1L06A 3JR6A 243LA 1QTBA 1L38A 3EMLA 2ANXA 255LA 3OE9A 1QTDA 1L82A 2F32A 1C62A 248LA 1SSYA 4W57A 1C6NA 1CU6A 3OE6A 1QT6A 3GUOA 1L21A 3V2WA 1DYBA 3K2RA 3SN6R 1G1VA 4EJ4A 1L73A 3HH5A 4S0WA 3HDEA 4W58A 1CVKA 1L03A 1L60A 1L85A 4I7PA 1L62A 2HULA 252LA 171LA 3GULA 1L28A 3HTDA 1L75A 1L24A 226LA 1C6FA 1L55A 1G0GA 4AQNA 1LPYA 1C6JA 1L36A 4LDOA 1CUQA 4ARQA 3HTFA 1L34A 220LA 108LA 180LA 1L97A 1P56A 1L08A 200LA 126LA 2RBRA 102LA 1L54A 192LA 1C60A 1XJUA 3HTGA 4I7JA 2OE7X 1D9WA 110LA 1L53A 1L43A 1L33A 1T8AA 4ARMA 138LA 253LA 2RB2X 3GUNA 3HU8A 1T8FA 118LA 1OVHA 1D2WA 1G0QA 1L25A 2RBQA 1C67A 1D3MA 201LA 3SB8A 3L2XA 1L26A 1L81A 4YX7C 1L91A 2B6WA 1P5CA 181LA 217LA 1C6HA 4PK0A 2RBSA 1L0JA 3DN2A 213LA 3GUJA 1L68A 1LI2A 177LA 173LA 139LA 235LA 2OE4X 2LC9A 4YXCA 2B6TA 2HUKA 1G0PA 1LYIA 1C6MA 3DN1A 113LA 4ZPUA 130LA 1L56A 230LA 1CV0A 3DN3A 2RH1A 1CTWA 1C64A 3SB9A 3HWLA 1C68A 233LA 2A4TA 1C6IA 1L47A 1L20A 228LA 2RB1X 2B75A 222LA 4DJHA 2QARC 234LA 216LA 3CDVA 2O7AA 247LA 4W53A 1KS3A 4W59A 250LA 1L46A 149LA 3G3XA 1L37A 3SBBC 187LA 107LA 3GUIA 1L00A 1LYJA 3L64A 1C6GA 1C6DA 3G3VA 162LA 1LGUA 1QUDA 241LA 3SB7A 1LYDA 1K28A 2RBOA 4EXMA 2B6YA 1L86A 240LA 1L41A 167LA 3C83A 4LZMA 1CU0A 3OE0A 1L66A 2Q9DA 1L35A 212LA 2F47A 199LA 246LA 3CDRA 1QTVA 3LZMA 145LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1L98A 8LYZA 1DYCA 1PQJA 1YL1X 1KIRC 5B05A 1LGXA 1CJ7A 4J0LA 1WQRA 5M1YA 3B72A 3AGGG 4H91A 1QTEA 4TWSA 261LA 1L42A 4NSIA 1IWXA 4TSBA 4DD3A 4GN4A 1LHHA 1WTMA 2HEBA 5APCA 1CNSA 1QT7A 224LA 3DKEX 1GXXA 2N5ZA 3DMZA 4NIJA 4RDSA 1L59A 2I6ZA 2HUBA 2RSCA 4DQ7A 4DT3A 2NWDX 4N8ZA 1QSQA 3C7ZA 1ZURA 2L78A 2YBIA 1GHLA 3LYZA 1CKCA 206LA 5E4PA 5KXXA 1IP3A 1L65A 1D6PA 1LYHA 1GFJA 195LA 3C80A 3EMSA 1UUZC 4IAPA 1BQLY 1LZEA 1P6YA 4LZTA 5F14A 1CX6A 3AW7A 1TAYA 1PQKA 4DDCA 4CGEA 1LZ4A 1C08C 4ARQB 5KXOA 4P2EA 144LA 111LA 2OU0X 1D3JA 4ARJA 1C6CA 1FKQA 1JHLA 4EOFA 1HEPA 3IJUA 1DYGA 1HENA 3GXRA 4PRUA 1C6EA 4B4IA 2MEAA 3A96A 1FBIX 1D0LA 2NTGA 134LA 4OWBA 1VAUA 131LA 4DDAA 1RFPA 3P68A 1HMLA 166LA 1L0KA 1C6TA 2IFFY 254LA 158LA 1L32A 1IOSA 1LYSA 1Z55A 3C7YA 4DD1A 1KY0A 3ATOA 4KL7A 3D3DA 1IR8A 4HP0A 1QS9A 1OUGA 4E3UA 2IHLA 1XEJA 3AB6A 1SLYA 1EPYA 3RW8A 5LYTA 1B7QA 2W1LA 3DN4A 5LXWA 1ZVHL 5KKIA 182LA 4NSHA 3LN2A 1L44A 1W6ZA 1LZYA 4QY9A 1B7NA 1JSEA 1LYFA 1L74A 3EO5A 4G49A 5KXYA 1O23A 1B7PA 4NSJA 2IGCA 1LMCA 1JEFA 188LA 2O4WA 4UWVA 1CKFA 1DYDA 2OEAX 1DYFA 3DMVA 4DD2A 1VDPA 4DQJA 1GE4A 2CWIA 4NG1A 5LA8A 1HFXA 2Z2EA 3HT8A 4I7RA 1LSEA 3HTBA 4ARPA 198LA 2MEEA 1RE2A 223LA 2DQIY 1C61A 4N9RA 1L30A 4WM6A 191LA 1L67A 1D6QA 4WLTA 3RU5A 2BAAA 1IR9A 3PBLA 4AGAA 1SX7A 1CKGA 3W3EA 1L10A 3W6CA 2ZILA 1LZ1A 2YBNA 4E97A 1OV5A 1PS5A 1JUGA 1LW9A 3N9EA 1BB7A 5A3EA 1UIDA 2RBPA 1UCOA 1L18A 2B74A 1LGWA 2B72A 1WQMA 4HTKA 4H8XA 1L88A 5LA5A 4OWAA 3WVYA 239LA 1L07A 1UBZA 140LA 127LA 3QNGA 1F6SA 1LJEA 4NFVA 2YBJA 1L94A 4RW2A 1DYAA 1LYGA 5B07A 3P64A 2RBNA 4HSFA 161LA 5KJ9A 221LA 5K7OA 3EXDA 1L63A 1GB9A 1KNIA 119LA 184LA 4W52A 4LT3A 242LA 4GRVA 4R6CA 4I0CA 1GB8A 137LA 3GUMA 1GXV2 4HV1A 4WLXA 3TXDA 1LAAA 4EKRA 1IP6A 2OTZX 1CX7A 1L64A 1P64A 1GFRA 4H1PA 5LVJA 7LZMA 4FJRA 4DC4A 1L95A 1GEVA 3CDTA 2B73A 5APFA 4H9IA 2OE9X 3OK0A 1AKIA 163LA 1HNLA 3A3RX 3N9AA 3DMXA 3A90A 5D5FA 1L22A 4W51A 5KXZA 3A8ZA 3HBEX 3LYMA 1QTBA 2ANXA 2F32A 1C62A 1SSYA 3OE6A 1GF4A 3SN6R 1J1PY 3FI7A 2I25L 4S0WA 3HDEA 5KXTA 1BWIA 1L85A 4I7PA 5HNLA 2ZIJA 2B5ZA 1D0MA 3LZ2A 1OUHA 3HTDA 4NHPA 1GBOA 1L55A 1LPYA 2LZTA 5APEA 1CUQA 1JJ0A 1B5YA 3A67Y 1L34A 2HU1A 4H93A 108LA 180LA 4CHXA 1L97A 126LA 1L54A 192LA 1C60A 1DI5A 1B5WA 2YBLA 1VATA 4XJHA 1FDLY 1L33A 3CT5A 253LA 3LHMA 5FELA 4W94A 3HU8A 3WU9A 1QSAA 1D2WA 1HFYA 9LYZA 2RBQA 1GDWA 4RW1A 3SB8A 1L26A 2ZIKA 1P5CA 1JKBA 3DN2A 1L68A 1LZBA 2OE4X 3TXIA 3WXTA 2HUKA 3WU8A 1G0PA 3WVXA 1G7MC 1VFBC 4YOPA 3DN1A 133LA 113LA 1GFEA 130LA 230LA 4OWCA 1CV0A 1CTWA 4H94A 4N1CC 4WG7A 1C68A 2F30A 2BQKA 4DDBA 4DJHA 2HEDA 1T6VL 1GB5A 250LA 1L46A 4MR1A 2CGIA 1RJCB 5APDA 2W1YA 4D9ZA 1GB2A 4WO9A 1OUEA 1LSZA 3SB7A 1QUDA 1H87A 2C8PA 4NWEA 2RBOA 1UIAA 2FBBA 1LJGA 1YANA 240LA 4LZMA 2BQHA 3OE0A 2Q9DA 2D6BA 1EQ4A 199LA 1BB5A 246LA 1G7LC 4HJYA 4GCDA 1DI3A 3LZTA 1SWYA 2BQGA 1LHLA 3P65A 1INUA 3RT5X 209LA 1B7SA 168LA 2ZWBA 3ATNA 1QUTA 2MEGA 4UWNA 1IWVA 1LSNA 1LZAA 4I7TA 229LA 5FDJA 1B6IA 1LZSA 3HT7A 5F81A 197LA 2B6ZA 5L9JA 218LA 152LA 2YSSC 1L09A 2EPEA 1GBYA 4WOAA 3WW5A 1A2YC 3AZ7A 1XGTC 3TXGA 4LYCA 1IOQA 3RUNA 1C46A 7LYZA 4XADA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1L98 A;  8LYZ A;  1DYC A;  1PQJ A;  1YL1 X;  1KIR C;  5B05 A;  1LGX A;  1CJ7 A;  4J0L A;  1WQR A;  5M1Y A;  3B72 A;  3AGG G;  4H91 A;  1QTE A;  4TWS A;  261L A;  1L42 A;  4NSI A;  1IWX A;  4TSB A;  4DD3 A;  4GN4 A;  1LHH A;  1WTM A;  2HEB A;  5APC A;  1CNS A;  1QT7 A;  224L A;  3DKE X;  1GXX A;  2N5Z A;  3DMZ A;  4NIJ A;  4RDS A;  1L59 A;  2I6Z A;  2HUB A;  2RSC A;  4DQ7 A;  4DT3 A;  2NWD X;  4N8Z A;  1QSQ A;  3C7Z A;  1ZUR A;  2L78 A;  2YBI A;  1GHL A;  3LYZ A;  1CKC A;  206L A;  5E4P A;  5KXX A;  1IP3 A;  1L65 A;  1D6P A;  1LYH A;  1GFJ A;  195L A;  3C80 A;  3EMS A;  1UUZ C;  4IAP A;  1BQL Y;  1LZE A;  1P6Y A;  4LZT A;  5F14 A;  1CX6 A;  3AW7 A;  1TAY A;  1PQK A;  4DDC A;  4CGE A;  1LZ4 A;  1C08 C;  4ARQ B;  5KXO A;  4P2E A;  144L A;  111L A;  2OU0 X;  1D3J A;  4ARJ A;  1C6C A;  1FKQ A;  1JHL A;  4EOF A;  1HEP A;  3IJU A;  1DYG A;  1HEN A;  3GXR A;  4PRU A;  1C6E A;  4B4I A;  2MEA A;  3A96 A;  1FBI X;  1D0L A;  2NTG A;  134L A;  4OWB A;  1VAU A;  131L A;  4DDA A;  1RFP A;  3P68 A;  1HML A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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