4ARLA

Structure of the inactive pesticin d207a mutant
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
347
structure length
342
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVALGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 119
structure length 342
sequence length 347
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arlA02
1SX7A 1L69A 2F2QA 2RB0X 2B6TA 1C6AA 189LA 3FA0A 1L68A 1L86A 1L93A 1C6EA 118LA 1L94A 1DYAA 1L00A 1LYEA 256LA 3HTFA 209LA 3SB6A 3RZEA 247LA 141LA 3G3VA 163LA 1G0QA 1JQUA 1ZURA 251LA 4EKRA 1L74A 3DMVA 3OE9A 1C6LA 234LA 1LI3A 4ARQB 1T8AA 233LA 1TLAA 1C6QA 1LPYA 1L77A 3HTDA 212LA 1L60A 3DN2A 4LDEA 175LA 172LA 1D3FA 3HH4A 157LA 3L2XA 236LA 1L92A 4LDLA 190LA 1G0GA 1L25A 3GULA 2HUMA 4EXMA 1JTMA 1KY1A 1LI2A 213LA 150LA 2RH1A 222LA 4PJZA 1C6KA 1L35A 1LI6A 245LA 3HT6A 1G07A 258LA 1L42A 231LA 1T8GA 1B6IA 1L51A 3HU9A 1L91A 1C69A 1L40A 228LA 1C6FA 1QT5A 2B6YA 2B70A 1LGXA 1OVKA 1D2WA 1KW7A 1G0MA 2RB1X 1QT7A 4EPIA 1LYDA 188LA 260LA 2F32A 185LA 1P3NA 1LW9A 3GUJA 3NY8A 4YXAC 1QTBA 137LA 1L55A 1C66A 4W54A 3SBAA 1L81A 131LA 2O79A 4EKSA 1XJUA 1DYGA 4I7QA 226LA 3C7ZA 2OE9X 1L50A 1L52A 1L34A 3SB7A 242LA 1L30A 127LA 145LA 1C6BA 147LA 1KS3A 128LA 237LA 1DYBA 110LA 1L23A 3RUNA 232LA 3G3WA 1L57A 183LA 1L89A 1L39A 1QS5A 221LA 2RBNA 108LA 1CU0A 1ZYTA 1SX2A 103LA 219LA 2RBRA 3PBLA 1D3MA 1CX7A 1C6HA 252LA 3HH3A 3HUKA 1L06A 139LA 217LA 1L19A 3CDRA 1XJTA 254LA 3HDFA 1CV5A 1L07A 2RBSA 1LLHA 143LA 1L71A 146LA 1QUHA 2ANVA 1L08A 3K2RA 123LA 1P36A 2RBQA 4OO9A 1L76A 1KY0A 1L97A 3HUAA 1D2YA 239LA 1C6CA 241LA 227LA 2HUKA 3C7YA 156LA 1PQOA 126LA 1C6JA 1L28A 240LA 1CTWA 1L54A 198LA 3UONA 3V2WA 4W51A 148LE 2ANXA 191LA 3C8SA 2Z6BA 211LA 3GUIA 1L73A 4S0WA 173LA 1L62A 3CDOA 1QS9A 3OE8A 2HULA 1SWZA 1L82A 1L41A 1D3JA 125LA 3HU8A 4AQNA 1L33A 3DN6A 171LA 177LA 1I6SA 262LA 1L64A 2A4TA 178LA 167LA 3SB8A 2B75A 210LA 1C6PA 3SBBC 174LA 115LA 1OVHA 246LA 2RBOA 250LA 1L26A 1L98A 1G06A 180LA 4I7PA 7LZMA 223LA 1OWYA 195LA 1C60A 2OTYX 1L65A 151LA 2B7XA 4EKQA 3C80A 1G0JA 1L96A 3HT8A 2NTHA 3HH6A 3ODUA 2OU9A 2RBPA 4LDOA 1L48A 1P64A 1OV7A 1L53A 1CV3A 1KNIA 2B74A 111LA 1L09A 130LA 1L56A 2OU0X 4E97A 196LA 3HDEA 4W52A 1L22A 1L18A 1C6TA 1L84A 1P56A 3DN3A 1QTHA 1QUOA 184LA 170LA 2Q9EA 3DN4A 1KW5A 1L31A 176LA 199LA 1SSYA 1PQKA 2O4WA 1L72A 1QUGA 1G0KA 1D9WA 1P37A 1LYJA 1DYDA 2RAYX 259LA 3DKEX 1QT8A 3D4SA 1QSQA 4I7TA 5I14A 2B73A 3HWLA 2Q9DA 1LYHA 1QTZA 1QSBA 261LA 160LA 1L87A 1P46A 1OWZA 4ARMA 3LZMA 122LA 3EMLA 4EKPA 119LA 114LA 2B72A 2B6XA 1QTDA 1SSWA 1L85A 1SWYA 1P6YA 1CU5A 3NY9A 142LA 2OU8A 249LA 2F47A 2OTZX 3GUMA 1L01A 1P5CA 1T97A 200LA 155LA 2OE7X 3C8QA 158LA 1WTHA 1L15A 1CVKA 1JTNA 3HT7A 206LA 1L12A 1L38A 253LA 1L14A 159LA 3DMXA 1C68A 3CDTA 109LA 1L10A 1L95A 4IAPA 230LA 1G0LA 1G1VA 1C65A 3GUOA 1L24A 187LA 1L21A 3C82A 1L43A 140LA 1L37A 3HTGA 2L78A 1L27A 1L70A 235LA 1C6DA 1L02A 1L83A 4GBRB 129LA 1LYFA 4I7LA 182LA 1NHBA 4ARQA 1L46A 1LWKA 107LA 4ARLA 2B6ZA 3GUPA 1P2LA 1CV6A 3HTBA 1L75A 3DN1A 2LCBA 1PQDA 3DN8A 2B6WA 216LA 1LGUA 1LYIA 3GUKA 4DJHA 224LA 3V2YA 4W56A 4GRVA 4ARJA 1L45A 1T8FA 1CU6A 1C62A 4I7RA 162LA 3G3XA 1L05A 1P2RA 3HUQA 4PK0A 1L67A 2CUUA 3DNAA 255LA 4I7MA 225LA 3F9LA 248LA 238LA 1QT4A 4LZMA 4W58A 205LA 4W59A 4ZPUA 1L80A 1OV5A 2RAZX 1PQMA 161LA 229LA 3DMZA 3OE0A 1L11A 2OEAX 4I7SA 4I7OA 1EPYA 1L36A 4EJ4A 144LA 1C6IA 113LA 1L47A 1L99A 165LA 1QT3A 3C83A 1CX6A 152LA 3OE6A 3C7WA 1CV0A 1DYEA 1OYUA 1C6GA 257LA 120LA 1P7SA 4EPFA 1XEPA 1DYCA 181LA 197LA 1DYFA 1CV1A 1L0KA 4DAJA 1C6MA 220LA 2QB0B 1G0PA 1CUPA 3HH5A 1G1WA 3PDSA 1L79A 1C67A 1L32A 3SB9A 2QARC 112LA 3CDQA 138LA 1CV4A 3CDVA 1QTVA 1CUQA 214LA 1T6HA 1L13A 1C6NA 166LA 3FADA 4I7KA 3QAKA 4ARPA 1PQJA 2IGCA 1PQIA 4I7NA 1CU2A 1L90A 1L59A 3C81A 1OVJA 3DN0A 4W55A 4DKLA 1CU3A 1L66A 1K28A 1L17A 4K5YA 3NYAA 192LA 1QT6A 243LA 164LA 1QUDA 1L20A 1D3NA 1L0JA 4YXCA 149LA 102LA 215LA 169LA 3SB5A 3F8VA 218LA 1C61A 3C8RA 3GUNA 2LC9A 1LGWA 4ARMB 1L04A 1LWGA 201LA 4YX7C 1LYGA 1L29A 1QTCA 1L61A 104LA 4W57A 1C64A 6LZMA 186LA 3HT9A 1C63A 2RB2X 3L64A 1L49A 1L88A 5LZMA 1L58A 1ZWNA 3VW7A 168LA 2NTGA 3FI5A 1L16A 1L03A 3JR6A 4I7JA 4W53A 2O7AA 2LZMA 3SN6R 1L63A 244LA 2OE4X 1L44A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3N9AA 1L69A 3FA0A 3HTFA 1GFTA 1GB0A 4NGYA 1G0QA 4EKRA 251LA 1T3PA 1QDRA 5KKIA 3B72A 1WQQA 4OWHA 4NHIA 3KAMA 212LA 4H8XA 1BVXA 1UIEA 1BGIA 190LA 4DYGA 1LOZA 1JTMA 150LA 2RH1A 1H6MA 5DLAA 1D0KA 2HEAA 1LI6A 2FBDA 5KXNA 1T8GA 4B0DA 2B6YA 1UIFA 1IP2A 1REYA 1Z55A 4WOAA 1OVKA 5KXMA 1OQMA 4DC4A 1BQLY 3P65A 3HBHA 260LA 1LSEA 2F32A 1XEIA 185LA 3NY8A 4NGIA 137LA 1YKZX 1XJUA 1HMKA 3WVYA 4I7QA 4N0JA 1WQOA 1L50A 1B5YA 1GF9A 1L30A 1CKCA 127LA 4WO9A 2BQNA 5B1GA 4RLMA 3W6CA 1KS3A 1GF8A 4G4HA 1JWRA 237LA 4NGOA 1DYBA 5DN4A 1LJGA 4ETDA 1LYOA 1GE0A 1RE2A 5KXZA 1CU0A 1SX2A 103LA 4TSBA 3PBLA 3TXJA 2DQFC 3CSQA 3HH3A 2RSCA 1BWJA 4LT0A 1YKXX 1CKGA 2C8OA 4LYBA 3HDFA 1P36A 1CKFA 4HSFA 4LFPA 2N5ZA 2BPUA 1L76A 1LSBA 1G7LC 1KY0A 1GF0A 1L97A 2BQKA 3WVXA 1GB3A 241LA 227LA 1CTWA 1L54A 191LA 5HMJA 5FDJA 3GUIA 1L73A 5II3A 4S0WA 1JEFA 3CSZA 1A2YC 173LA 3W3EA 2HULA 4BADA 1D6QA 1I6SA 2ZWBA 262LA 4KL7A 3D9AC 5I54A 167LA 3SB8A 4LYTA 1C6PA 1HSXA 246LA 1LMOA 1L26A 2BQGA 4I7PA 2ZIKA 1CJ8A 223LA 5KY1A 1C60A 2G4NA 1FBIX 1UICA 1L65A 2LYMA 4NEBA 4HV2A 2MEGA 4CFPA 1WQRA 5KXOA 1JUGA 2NWDX 4B4IA 4LDOA 4MCKA 1P64A 1CV3A 1L09A 4W94A 1UIHA 5B05A 2Q0MX 4O34A 4WLTA 1LZTA 3LZTA 1NMMA 1WQMA 1B0DA 1L84A 4WLDA 1GAYA 1HHLA 199LA 4TSCA 1D9WA 1LYJA 2RAYX 4HP0A 1LJFA 1QTEA 3D4SA 2Z2FA 1QTZA 6LYTA 1OWZA 4H8YA 122LA 3LYZA 4LFXA 4LGKA 1IP5A 135LA 1SSWA 1WTMA 5D5CA 1NBYC 3WU9A 3GUMA 2EPEA 1T97A 3QE8A 206LA 1L38A 1ZMYL 4IAPA 4LYMA 5KKJA 4DD9A 1F6SA 1L24A 1OUDA 2GV0A 3A67Y 1G7MC 1L37A 1N4FA 3W6FA 1JSFA 1L70A 1C6DA 2Z39A 129LA 4WL7A 5LA8A 4YEOA 182LA 4OOTA 1IC5Y 4ARQA 5KXXA 1HENA 1BB6A 1MLCE 1OUEA 3GUPA 3HTBA 3ULRA 1BB3A 3DN8A 4YM8A 4C3WA 224LA 4W56A 4GRVA 4WM2A 1C62A 162LA 3WXUA 3F6ZA 4LYZA 5IHGA 1L67A 3WUNA 1C43A 5LAGA 225LA 3GXRA 4WM3A 4II8A 1GF5A 1EQ4A 205LA 1L80A 1HELA 4W96A 4WL6A 1GFUA 4NSGA 1JKDA 3OE0A 4P2EA 1EPYA 2F30A 165LA 152LA 1IWXA 1NKHA 1GF4A 197LA 1KIRC 4H9FA 1D0LA 1LSDA 1KIQC 4GCDA 1HFXA 1L79A 3SB9A 4Z3MA 1YAMA 2ZILA 4DDBA 4OOOA 214LA 1L13A 2MEHA 4NWHA 1REXA 1C6NA 3QAKA 1B7LA 1GBOA 1UA6Y 1L59A 3C81A 1OVJA 4HPEA 1IP7A 2D4JA 3WL2A 4DKLA 1CU3A 1IOCA 1OUBA 1LAAA 1UIAA 1K28A 2WARA 4K5YA 1AM7A 192LA 2BAAA 164LA 2BQLA 1LJIA 3P4ZA 1D3NA 4PPOA 149LA 3SB5A 5LVGA 1C61A 1C10A 1LGWA 1L04A 4RDSA 4XENA 1LMNA 1HERA 5LZMA 1ZWNA 5L3IA 168LA 1L16A 2B5ZA 3CT5A 3JR6A 4I7JA 2O7AA 5F9XA 3SN6R 4PJ2C 244LA 2Z2EA 1G7HC 1E8LA 2CGIA 1SX7A 4C5FA 2F2QA 3N9EA 3TXKA 153LA 4N1CC 1L00A 256LA 3SB6A 2BQOA 141LA 163LA 1DPXA 3DMVA 3OE9A 1C6LA 234LA 1LI3A 1B7RA 1QUTA 1XEKA 3W6AA 1LZYA 5F81A 233LA 3QY4A 1TLAA 1IOTA 4XJHA 1IP6A 208LA 1LPYA 4DD7A 1L77A 1HEOA 2YBJA 1GBSA 175LA 4WM5A 3HH4A 4DD0A 157LA 3CB7A 4DQ7A 3WUAA 2YBIA 1LSPA 1WVUA 2DQCY 1G0GA 2BQJA 3GULA 4H9IA 4EXMA 1IX0A 1LI2A 134LA 213LA 1LYZA 3HBEX 4PJZA 1C6KA 245LA 4CGEA 1B6IA 2D6BA 5D5FA 4GN4A 3HU9A 1C69A 1L40A 228LA 1C6FA 4OW1A 5FELA 2B70A 5C6JA 1LGXA 1G0MA 2G4QA 1G7JC 4EPIA 1YANA 3GUJA 1LZ5A 1YL1X 4HJYA 1LZBA 1L81A 4EKSA 4G9SA 226LA 1LZ9A 2A7FA 4LZTA 1B7NA 1EQ5A 145LA 1C6BA 1NDMC 1JISA 4H92A 1REZA 232LA 4DWXA 183LA 1NQIA 1GFJA 1L39A 1GBYA 2FYDA 219LA 4DDAA 1DI4A 139LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3N9A A;  1L69 A;  3FA0 A;  3HTF A;  1GFT A;  1GB0 A;  4NGY A;  1G0Q A;  4EKR A;  251L A;  1T3P A;  1QDR A;  5KKI A;  3B72 A;  1WQQ A;  4OWH A;  4NHI A;  3KAM A;  212L A;  4H8X A;  1BVX A;  1UIE A;  1BGI A;  190L A;  4DYG A;  1LOZ A;  1JTM A;  150L A;  2RH1 A;  1H6M A;  5DLA A;  1D0K A;  2HEA A;  1LI6 A;  2FBD A;  5KXN A;  1T8G A;  4B0D A;  2B6Y A;  1UIF A;  1IP2 A;  1REY A;  1Z55 A;  4WOA A;  1OVK A;  5KXM A;  1OQM A;  4DC4 A;  1BQL Y;  3P65 A;  3HBH A;  260L A;  1LSE A;  2F32 A;  1XEI A;  185L A;  3NY8 A;  4NGI A;  137L A;  1YKZ X;  1XJU A;  1HMK A;  3WVY A;  4I7Q A;  4N0J A;  1WQO A;  1L50 A;  1B5Y A;  1GF9 A;  1L30 A;  1CKC A;  127L A;  4WO9 A;  2BQN A;  5B1G A;  4RLM A;  3W6C A;  1KS3 A;  1GF8 A;  4G4H A;  1JWR A;  237L A;  4NGO A;  1DYB A;  5DN4 A;  1LJG A;  4ETD A;  1LYO A;  1GE0 A;  1RE2 A;  5KXZ A;  1CU0 A;  1SX2 A;  103L A;  4TSB A;  3PBL A;  3TXJ A;  2DQF C;  3CSQ A;  3HH3 A;  2RSC A;  1BWJ A;  4LT0 A;  1YKX X;  1CKG A;  2C8O A;  4LYB A;  3HDF A;  1P36 A;  1CKF A;  4HSF A;  4LFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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