4ARLA

Structure of the inactive pesticin d207a mutant
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
347
structure length
342
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVSYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVALGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFSDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLKLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Yersinia pestis
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PESTICIN
total genus 119
structure length 342
sequence length 347
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arlA02
1D3NA 1DYBA 4I7RA 1QT8A 173LA 3UONA 3CDRA 201LA 2OU9A 3V2YA 1L86A 1C6CA 3NY9A 217LA 256LA 150LA 1OWYA 1D2YA 1G1WA 1SSYA 1C6NA 4W53A 1QSQA 2L78A 1G0QA 1DYCA 1L24A 1L71A 162LA 140LA 1L36A 1L91A 1JTNA 214LA 3HTGA 1C6IA 3GUNA 3GUIA 216LA 1L49A 1OV5A 1L30A 2O4WA 4I7JA 3VW7A 3GUOA 4I7NA 1LLHA 254LA 107LA 234LA 1CX6A 3CDVA 1CV6A 3CDTA 1LI3A 182LA 1L92A 228LA 1SSWA 177LA 2OE4X 1OWZA 1P6YA 1XEPA 4LDEA 4YXCA 2ANVA 164LA 3G3VA 4I7KA 4LDLA 4EPIA 1JTMA 2HUKA 2O7AA 3C83A 1L25A 1D3JA 1L72A 1L38A 3SB8A 2RB1X 1QSBA 1L84A 114LA 122LA 1LW9A 3C82A 1EPYA 1L29A 1L81A 3HT8A 1CU2A 224LA 1L46A 1B6IA 2OTZX 104LA 3GUMA 1L77A 1CTWA 2F2QA 1G1VA 3PBLA 137LA 1LYEA 1L40A 235LA 4DAJA 146LA 2RBOA 1L41A 1KW7A 1ZWNA 3C8RA 3LZMA 3SB9A 1CU3A 128LA 3L2XA 1QT5A 125LA 1C6EA 1C6HA 241LA 3DN6A 2B7XA 1L79A 1OV7A 111LA 1L01A 1QT4A 3QAKA 3HDFA 1L14A 142LA 227LA 1L45A 1L20A 1D9WA 2F47A 113LA 1G0MA 3K2RA 2NTHA 188LA 1L66A 169LA 4ZPUA 1L65A 1L06A 3HH6A 1C68A 160LA 1QUOA 1T8FA 156LA 4I7QA 238LA 1LYHA 221LA 3DN4A 1P2LA 1L18A 1KW5A 259LA 3FI5A 1L82A 3G3XA 260LA 3HUQA 1C65A 143LA 148LE 1C6GA 1LWKA 2B6YA 2RAZX 1L17A 212LA 1DYFA 230LA 1L60A 3GUKA 1LYFA 118LA 1L26A 1LYJA 4I7OA 3HH4A 4DJHA 1LGWA 4W52A 166LA 1L23A 1L35A 4W51A 2RB0X 1DYAA 213LA 2OE7X 1QTDA 2B6XA 4I7SA 1QT7A 1CV3A 2LC9A 2Q9EA 3EMLA 253LA 1C6DA 2CUUA 3V2WA 1L52A 244LA 1NHBA 215LA 1LYDA 4ARMB 1L42A 4ARQB 168LA 1C6TA 112LA 1G0GA 3CDQA 109LA 3HH3A 1LGXA 1T8GA 1CV1A 176LA 4YX7C 3HDEA 1L0KA 1L76A 3HTDA 210LA 1L61A 1LGUA 225LA 205LA 4ARPA 1L80A 159LA 3DN8A 3SB7A 1L53A 1G0LA 197LA 1L51A 4EKQA 2F32A 1L09A 3JR6A 3HWLA 185LA 211LA 3FADA 1L27A 1L97A 3GUJA 3SBBC 3DN2A 2OE9X 3F9LA 2RBQA 1SX7A 4I7LA 2RAYX 2OU8A 187LA 3HTFA 5I14A 1D3FA 3DMXA 4GBRB 1L13A 110LA 3FA0A 2B6ZA 102LA 1L59A 1CUQA 1L0JA 3DNAA 2O79A 2B72A 1QTHA 4I7MA 1PQKA 126LA 2RH1A 1L12A 2Q9DA 3C7ZA 1C63A 1L19A 183LA 174LA 152LA 2QARC 3G3WA 1T8AA 1CX7A 1QTBA 237LA 108LA 219LA 3NYAA 4PK0A 252LA 2RB2X 181LA 4LDOA 123LA 2LCBA 5LZMA 255LA 1C66A 1C60A 1L34A 186LA 1P46A 1PQDA 1OVJA 1L55A 199LA 4K5YA 1L96A 1L33A 1KNIA 4PJZA 1G06A 1PQJA 2B6WA 1L00A 3DN1A 233LA 1I6SA 1DYEA 4E97A 1L58A 4EKSA 2B6TA 1L44A 3HT7A 2HUMA 1P37A 2IGCA 178LA 1CVKA 1G0PA 1QUDA 251LA 198LA 1WTHA 1L31A 229LA 2RBSA 1L85A 3DN3A 1L15A 1C67A 1CV4A 1SX2A 129LA 1ZYTA 258LA 2HULA 1OVKA 1TLAA 1KS3A 151LA 2ANXA 120LA 2NTGA 3C8SA 3OE8A 4EKPA 4S0WA 1L47A 189LA 1LYIA 138LA 1C69A 3DMZA 1L68A 3SN6R 1L87A 1C6JA 3HTBA 3D4SA 1C64A 1QTCA 1DYGA 4YXAC 1QTZA 3SB5A 4OO9A 196LA 1P5CA 1L54A 3DN0A 4I7PA 1L56A 1L99A 3GULA 1L48A 1CV0A 1L98A 3HT9A 1C6PA 3RUNA 206LA 115LA 1C61A 1G0JA 3OE0A 3DKEX 161LA 1T6HA 1L57A 1CU0A 3HH5A 2RBPA 1DYDA 3HUKA 1L32A 249LA 243LA 103LA 4ARJA 4W55A 163LA 1PQMA 226LA 246LA 3CDOA 4LZMA 1C6KA 195LA 4I7TA 1LYGA 1L04A 1QUGA 1QS9A 1G0KA 1L39A 155LA 1SWYA 1SWZA 2RBNA 250LA 3SB6A 1P3NA 3ODUA 3SBAA 232LA 240LA 4W59A 3C7YA 1L02A 3OE9A 1L43A 172LA 1L10A 1LI6A 1C6BA 184LA 147LA 1QTVA 222LA 6LZMA 3F8VA 1C62A 1LWGA 149LA 1C6LA 1L70A 170LA 3C81A 3L64A 1L95A 1LPYA 3C80A 1L50A 4ARMA 4GRVA 1L90A 3PDSA 4ARQA 2Z6BA 1L75A 191LA 2LZMA 4EXMA 218LA 1P2RA 167LA 200LA 127LA 1L94A 1L88A 1OYUA 1XJTA 4W54A 4EJ4A 223LA 247LA 4EKRA 1L11A 1L74A 2QB0B 1L03A 1L05A 1KY1A 2B70A 1P56A 3OE6A 1CV5A 3GUPA 175LA 1L22A 4W58A 1QT3A 1L63A 119LA 1P36A 145LA 1OVHA 2OEAX 1L08A 245LA 1LI2A 3HU9A 1QS5A 242LA 130LA 262LA 171LA 1L83A 236LA 4AQNA 1L73A 4ARLA 1JQUA 144LA 1CU5A 1T97A 2B74A 1L67A 7LZMA 1D2WA 1PQIA 1ZURA 1P64A 165LA 1L62A 1L93A 190LA 1CUPA 1CU6A 1G07A 3C8QA 158LA 4DKLA 4IAPA 1L64A 1PQOA 1L89A 261LA 3NY8A 1L37A 1C6QA 248LA 1QUHA 1L28A 3RZEA 2B75A 2A4TA 1C6FA 1K28A 1D3MA 131LA 239LA 1C6AA 220LA 192LA 3HU8A 1P7SA 257LA 1L69A 4EPFA 3C7WA 180LA 1L07A 4W56A 2OU0X 1C6MA 1KY0A 3DMVA 1L21A 209LA 4W57A 1QT6A 1XJUA 2OTYX 141LA 2B73A 3HUAA 2RBRA 157LA 1L16A 139LA 231LA 3HT6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KXNA 1D3NA 4H1PA 1B7OA 5FSTA 1KXXA 4MSTA 2BQNA 1GFHA 1VDPA 256LA 150LA 1QSQA 4NGIA 5DM9A 4PPOA 1GDXA 1HMKA 1HENA 4H9BA 216LA 1L49A 1LAAA 4N9RA 1L30A 4I7JA 4H9FA 2HEEA 1YL1X 1B7MA 6LYTA 1VEDA 4LT2A 234LA 1CX6A 1UIEA 1HEQA 154LA 1I1ZA 5ILFA 177LA 4LDEA 4A7DA 1IOQA 1IWWA 5KXXA 4AGAA 4NHTA 4I7KA 4NSJA 1JTMA 2O7AA 1L72A 2RB1X 1W6ZA 114LA 122LA 5AMYA 1L29A 1L81A 3HT8A 224LA 1B6IA 3GUMA 3WU9A 2Z37A 4R0FA 3AW6A 137LA 4GCCA 235LA 3WPKA 4J7VA 3TXDA 1JITA 4TTDA 125LA 1LJKA 4O34A 1G7MC 1FBIX 1OV7A 1QT4A 3QAKA 4H9CA 1L20A 1D9WA 1GB5A 4OOOA 3WUAA 2NTHA 1L66A 3KAMA 4LGKA 1L65A 3AB6A 1L06A 3HH6A 4LZTA 1YANA 3TMVA 1T8FA 156LA 5LVIA 238LA 221LA 1P2LA 1L18A 4ET9A 1KW5A 5HNCA 3BKHA 3LYZA 1L82A 5LIOA 4HTKA 5HQ1A 1LCNA 4DD1A 4HSFA 2RAZX 3B72A 1LSZA 1L60A 1MELL 1LZYA 5B05A 1JUGA 4WM4A 4OWAA 4XYYA 4I7OA 4W52A 1GF9A 1XGTC 1HELA 1GB7A 1L23A 2C8PA 1HHLA 1B5XA 2HEDA 2Z19A 1FDLY 1QTDA 1VDTA 2B6XA 4I7SA 3WVXA 2LC9A 1C43A 1CV3A 3EMLA 3P65A 5F9UA 4RDSA 3A6CY 1L52A 4J1AA 1V7TA 1LYDA 168LA 1T8GA 1CV1A 2CGIA 2DQDY 3HTDA 210LA 4PHIA 3P4ZA 205LA 1LSAA 2YBIA 3DN8A 4B0DA 197LA 1IR9A 1L09A 4N1EI 3FADA 1WQNA 1L97A 3GUJA 4ETCA 3SBBC 3DN2A 4I7LA 2C8OA 2RAYX 3HTFA 3DMXA 2D4IA 1L13A 2B6ZA 4PRQA 3F6ZA 5C6IA 102LA 4NGVA 1GF3A 1L59A 1L0JA 2W1XA 1QTHA 2H9KA 3C7ZA 3TMWA 1KXWA 4LT3A 3T6UA 1T8AA 1OUDA 5KY1A 1JKAA 4X3BA 219LA 252LA 1ALCA 4LDOA 2LCBA 1T6VL 4EMNA 1GE0A 1P46A 4DQJA 1YAOA 5HMJA 4ZFPA 4PJZA 1PQJA 3DN1A 233LA 1I6SA 1QSWA 3D3DA 5KXLA 4EKSA 2HUMA 2I25L 1GFTA 5APCA 2Z12A 4TUNA 1QUDA 1L31A 229LA 3DN3A 4MR1A 4DD2A 3WXTA 1CKCA 193LA 129LA 1ZYTA 2HULA 4DQ7A 120LA 4QEQA 4LYBA 3P64A 189LA 3AZ6A 1CKGA 2I6ZA 1LHJA 3CSQA 1C64A 7LYZA 1QTZA 5M1YA 1GB9A 196LA 1DKJA 3DN0A 4NWHA 1L99A 3G3AB 4H91A 2NWDX 1QQYA 4LYCA 1LJGA 1C6PA 4XENA 4DQ5A 1G0JA 2EPEA 1UIGA 2RBPA 1DYDA 3LYOA 4NFVA 4XJGA 2BQFA 1GF6A 1LHIA 4ARJA 1PQMA 226LA 246LA 2ZYPA 4G4BA 2ZIKA 1C6KA 2I26L 1LMOA 1XEKA 3WVYA 1AT6A 2BLYA 1FKQA 1UA6Y 2FBDA 1L02A 2YBMA 1L10A 4NHQA 1C6BA 222LA 6LZMA 4H92A 4Z41A 1LWGA 2MEFA 4CHXA 4NGZA 1L95A 1L90A 3E3DA 1B2KA 3WUNA 4WG7A 127LA 2W1LA 1YIKA 1XJTA 3CSRA 4IATA 4B4EA 4N8ZA 1L11A 1L03A 1GBWA 2A7FA 1CV5A 1BWIA 5LYMA 1GB3A 1OVHA 2CJLA 1EQEA 4H90A 242LA 4NEBA 262LA 171LA 4YOPA 4ARLA 144LA 1CU5A 1LMQA 1T97A 4WM6A 4CFOA 165LA 1L62A 1CUPA 3M18B 4DKLA 3AW7A 3TXHA 4DDAA 261LA 208LA 1HSWA 1HNLA 2A4TA 3K3TA 1UACY 4FJRA 1BB7A 1LMPA 220LA 3B0OA 4ZEEA 257LA 3A93A 1C6MA 1F10A 2EIZC 5K7OA 4W57A 141LA 4N1CC 4ML7A 1XFPL 4DDBA 2RH1A 231LA 1OUJA 4I7RA 2A7DA 173LA 1D0LA 4B4JA 2OU9A 217LA 1WQQA 4DD9A 1D2YA 1G1WA 1SSYA 3WMKA 2L78A 1G0QA 1LYSA 1LJIA 2CDSA 1GEVA 1O23A 1LZNA 162LA 2DQIY 1L36A 3WH1A 1QIOA 1A4VA 1C6IA 1YL0X 1OV5A 2O4WA 3VW7A 1LMTA 4B1AA 4HPIA 5LINA 3FI7A 4KT3A 4H8YA 3CDVA 4PGJB 1CV6A 1LI3A 5KXTA 1IC7Y 4HTNA 1XEPA 1C7PA 4KPMA 1LSEA 5FDJA 1GBZA 3G3VA 1B7SA 4EPIA 4LDLA 3C83A 1VDSA 3HBHA 3SB8A 5APDA 2BQHA 3C82A 1LW9A 1WQPA 1IWXA 1EPYA 1LSCA 2MEBA 4QY9A 1IWYA 1REXA 5C6JA 1FKVA 1WQRA 4GLAA 2RBOA 1IY4A 1L41A 1KW7A 1ZWNA 3A96A 3CT5A 3LZMA 3ZVQB 2D91A 128LA 2LZ2A 1QT5A 3QY4A 1C6EA 3DN6A 2D4JA 2BQIA 1IIZA 1JTTL 1XGPC 3HDFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 5KXN A;  1D3N A;  4H1P A;  1B7O A;  5FST A;  1KXX A;  4MST A;  2BQN A;  1GFH A;  1VDP A;  256L A;  150L A;  1QSQ A;  4NGI A;  5DM9 A;  4PPO A;  1GDX A;  1HMK A;  1HEN A;  4H9B A;  216L A;  1L49 A;  1LAA A;  4N9R A;  1L30 A;  4I7J A;  4H9F A;  2HEE A;  1YL1 X;  1B7M A;  6LYT A;  1VED A;  4LT2 A;  234L A;  1CX6 A;  1UIE A;  1HEQ A;  154L A;  1I1Z A;  5ILF A;  177L A;  4LDE A;  4A7D A;  1IOQ A;  1IWW A;  5KXX A;  4AGA A;  4NHT A;  4I7K A;  4NSJ A;  1JTM A;  2O7A A;  1L72 A;  2RB1 X;  1W6Z A;  114L A;  122L A;  5AMY A;  1L29 A;  1L81 A;  3HT8 A;  224L A;  1B6I A;  3GUM A;  3WU9 A;  2Z37 A;  4R0F A;  3AW6 A;  137L A;  4GCC A;  235L A;  3WPK A;  4J7V A;  3TXD A;  1JIT A;  4TTD A;  125L A;  1LJK A;  4O34 A;  1G7M C;  1FBI X;  1OV7 A;  1QT4 A;  3QAK A;  4H9C A;  1L20 A;  1D9W A;  1GB5 A;  4OOO A;  3WUA A;  2NTH A;  1L66 A;  3KAM A;  4LGK A;  1L65 A;  3AB6 A;  1L06 A;  3HH6 A;  4LZT A;  1YAN A;  3TMV A;  1T8F A;  156L A;  5LVI A;  238L A;  221L A;  1P2L A;  1L18 A;  4ET9 A;  1KW5 A;  5HNC A;  3BKH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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