4ARQA

Structure of the pesticin s89c, s285c double mutant
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRPNFITIALPHYVNLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVCYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFCDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 113
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arqA02
1G0GA 1T6HA 3DNAA 125LA 149LA 1OWZA 1CV4A 255LA 126LA 3C8RA 1SWYA 189LA 1G1VA 1L97A 3C82A 3ODUA 3CDRA 1L08A 1C65A 1L63A 1KW7A 3HUAA 1C6FA 2OU8A 2B6YA 222LA 2IGCA 1LYHA 4EKRA 4EPIA 196LA 1G07A 215LA 4I7LA 3DN8A 4I7TA 1LW9A 1L52A 219LA 3DN0A 1L79A 259LA 2RB2X 3D4SA 2ANXA 1L44A 1KNIA 1L94A 1L64A 1LPYA 103LA 2B6XA 2OE7X 3C81A 1P56A 129LA 4PJZA 1CV6A 1L71A 1XEPA 1L56A 2RBPA 2NTHA 1DYAA 1L34A 1L68A 4YXAC 1CU6A 2RAZX 250LA 2B6ZA 146LA 1QS9A 1L76A 1L0KA 4IAPA 3QAKA 1L54A 1L04A 2A4TA 1QUHA 1CU5A 1ZWNA 156LA 2RAYX 3C8QA 1L07A 102LA 1NHBA 1L65A 2RBQA 109LA 2B72A 4I7PA 4DAJA 253LA 1PQMA 3RZEA 1OYUA 130LA 1L15A 254LA 1L74A 141LA 206LA 3HH4A 3NY8A 2F32A 177LA 3SBBC 2ANVA 1L11A 3G3VA 262LA 131LA 161LA 1D3MA 209LA 142LA 150LA 1P37A 1L92A 3CDOA 3RUNA 3SN6R 195LA 3HT9A 1L51A 205LA 118LA 3C7WA 2LC9A 1CV1A 1LYIA 237LA 4W57A 4EJ4A 163LA 3DMXA 216LA 143LA 4W56A 1CV0A 1L06A 1L26A 4OO9A 1L22A 3HWLA 2OTZX 192LA 4I7OA 1P36A 257LA 3PBLA 1D9WA 1OVJA 1C6TA 3G3WA 138LA 4W54A 3FADA 1CX7A 3C8SA 211LA 151LA 3GUIA 187LA 229LA 3HDFA 171LA 1SX7A 1C6GA 1JQUA 1L81A 3SB7A 2B70A 2OE9X 200LA 1XJTA 123LA 2O79A 1L42A 4ARLA 4EKQA 223LA 2F2QA 3HTFA 1QUGA 152LA 1L72A 120LA 1L27A 1QT8A 4ARJA 1C6QA 3C80A 231LA 1QTZA 157LA 1L18A 127LA 3CDVA 3FI5A 1PQIA 185LA 1C67A 119LA 4W55A 1L84A 2L78A 169LA 1QSQA 1CU3A 1L17A 1C6MA 4GRVA 2RB0X 113LA 1CTWA 1PQKA 1QTVA 1D3NA 1L10A 4S0WA 1SWZA 3OE6A 1L98A 1L91A 1P3NA 1L77A 3JR6A 236LA 155LA 1SSWA 2F47A 256LA 1LWKA 233LA 1P46A 172LA 1LYFA 4ARQB 1L86A 1L53A 3F9LA 1L57A 3CDTA 170LA 3HUKA 2NTGA 1C6PA 1L75A 4W58A 5I14A 1LWGA 3HU8A 1QT7A 1TLAA 1CUQA 1LI3A 2B6WA 168LA 1L70A 214LA 4W53A 248LA 178LA 3DKEX 1LYDA 238LA 1JTMA 1C6IA 198LA 1C69A 159LA 3DMZA 201LA 4ARQA 3DN2A 1JTNA 247LA 2OU9A 4ARMB 167LA 1P7SA 3GUOA 1L30A 1L14A 1L35A 1L58A 1L50A 1KY1A 4W51A 1WTHA 2Z6BA 4W52A 1L47A 1C61A 111LA 3NY9A 3DN4A 1C6LA 251LA 1L20A 1C64A 1L33A 1T8AA 3VW7A 1L59A 4EPFA 1L96A 230LA 165LA 1DYBA 166LA 1EPYA 1LYJA 1QTHA 4ARMA 3L2XA 5LZMA 1L48A 1L23A 1P64A 1L37A 3EMLA 3HTGA 260LA 1L83A 1L69A 220LA 2HULA 184LA 180LA 239LA 2RBOA 1OVKA 1LGXA 1G0KA 2LZMA 158LA 1C63A 2OE4X 1L80A 3HH5A 1OWYA 3F8VA 1PQOA 1KW5A 243LA 1L13A 2Q9DA 190LA 249LA 2B6TA 1L61A 2RH1A 1L46A 1LLHA 6LZMA 3DN1A 1KS3A 218LA 1P5CA 2HUKA 4AQNA 2LCBA 1G1WA 4LZMA 1OVHA 4I7QA 1L55A 1QT6A 1C6KA 1P2RA 3SB8A 4EKSA 114LA 4I7NA 1C6HA 3HT8A 1G0QA 3L64A 112LA 2RBRA 3GUMA 1XJUA 3C7YA 1OV5A 1CVKA 3DMVA 3HDEA 252LA 197LA 242LA 3LZMA 128LA 2RBSA 3SB9A 1CU0A 173LA 1C62A 174LA 1L0JA 3SBAA 160LA 1PQJA 4ARPA 191LA 2RB1X 3C7ZA 1L28A 1G0MA 1SX2A 3C83A 1CU2A 181LA 122LA 182LA 3GUJA 148LE 1L60A 3HTDA 3FA0A 3V2WA 1D2YA 2CUUA 224LA 3OE0A 3HH3A 1DYFA 1G0PA 3HT6A 1L03A 1QUDA 1L12A 1PQDA 1G0LA 2QARC 1L36A 1G0JA 147LA 1OV7A 4I7RA 164LA 1L95A 1LI6A 1L93A 1L32A 1C68A 4LDLA 1ZURA 1L41A 1LI2A 1DYEA 1L01A 3GUNA 1L21A 183LA 4I7KA 4EKPA 1P6YA 1QT5A 1L45A 1L89A 1DYDA 1T8FA 1L90A 1C6EA 3V2YA 261LA 4YXCA 2B74A 1C6AA 1KY0A 1QTDA 241LA 115LA 1L88A 1L62A 258LA 2B7XA 2Q9EA 3NYAA 1C6JA 3OE9A 145LA 4E97A 4W59A 1SSYA 3GULA 228LA 1C6NA 4EXMA 1L09A 4PK0A 4K5YA 188LA 2QB0B 1I6SA 1QTBA 1B6IA 212LA 227LA 1L43A 1C6CA 137LA 2HUMA 232LA 104LA 144LA 1L49A 4I7SA 7LZMA 1CV3A 1L67A 1DYGA 1L66A 244LA 176LA 3HUQA 1QT4A 3HT7A 1C6DA 1QS5A 1LGWA 246LA 4DJHA 225LA 175LA 3GUPA 1K28A 1T97A 4I7JA 1L99A 1QT3A 1L05A 1L31A 1L40A 217LA 108LA 1P2LA 1L39A 3CDQA 3DN3A 1G06A 110LA 1T8GA 162LA 1C60A 1L73A 2B73A 186LA 4GBRB 1C66A 226LA 139LA 1L24A 4LDEA 140LA 1DYCA 1L82A 3SB6A 107LA 4LDOA 3OE8A 1CX6A 245LA 3PDSA 3UONA 1D3FA 1L19A 3HH6A 3SB5A 1QSBA 4YX7C 2B75A 1CUPA 210LA 1L38A 3GUKA 1CV5A 2OEAX 4DKLA 1LYEA 1QUOA 1D2WA 2O7AA 4ZPUA 1LYGA 2RBNA 2O4WA 2OU0X 3HTBA 235LA 1L85A 213LA 3G3XA 3HU9A 4I7MA 1D3JA 1QTCA 240LA 1L00A 1L87A 3DN6A 234LA 1LGUA 1L25A 3K2RA 1ZYTA 2OTYX 199LA 221LA 1L02A 1L16A 1C6BA 1L29A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZVYB 3DNAA 5I54A 1UIHA 1VDSA 1CV4A 255LA 1FBIX 126LA 1SWYA 189LA 1KIRC 5KXZA 135LA 1L63A 1KW7A 4L41A 1GF7A 1SQ2L 1UIDA 1C6FA 2OU8A 3LHMA 4EKRA 1IWZA 4GN3A 4J1BA 219LA 1FN5A 259LA 1LHIA 2RB2X 3A91A 1IVMA 3FE0A 3LYOA 1L94A 2MECA 1F6SA 1GFKA 1P56A 129LA 1JWRA 3A67Y 4PJZA 2MEBA 4WM6A 3AZ7A 2NWDX 3N9EA 1L34A 1YILA 1LZ6A 3WYHA 1IWWA 1REMA 4WM1A 4YEOA 146LA 194LA 4HTQA 4IAPA 1GWDA 1NMMA 3QE8A 5LA8A 1QUHA 1CU5A 1ZWNA 4D9ZA 2DKVA 102LA 1L65A 1QSWA 2RBQA 5I5QA 3AGIA 4DAJA 1L15A 5LVKA 1L74A 2WARA 141LA 3NY8A 1NBYC 4HJVA 2F32A 3G3VA 3CT0A 4XENA 262LA 3CSRA 209LA 1LJGA 3B6LA 150LA 3T6UA 1HEQA 1IP3A 1WTNA 1CKFA 4N8ZA 4Z46A 2LC9A 1CV1A 3G3BB 4DD3A 3WUNA 4GLVA 143LA 4W56A 5LAFA 4OO9A 1XGPC 1D9UA 3IJVA 1IY4A 4I7OA 4NG8A 2W1LA 1B5UA 1UIFA 4LYZA 1N4FA 3OJPA 1OVJA 3CB7A 138LA 2XTHA 2YBIA 211LA 2DQCY 1LSYA 4ETBA 3GUIA 1O23A 4II8A 5E4PA 5APEA 4B4JA 1C6GA 2G4PA 2DQFC 1B5XA 1GBOA 1WQQA 4R0FA 200LA 123LA 1L42A 1GE2A 4ARLA 5KXKA 2F2QA 1KXYA 5HNCA 1LZ4A 4RW1A 1LSGA 4ARJA 3C80A 1BB3A 1JTTL 5KXTA 4BS7A 2L78A 5DLAA 4DD0A 1C6MA 1UIGA 5KXLA 2C8OA 1IO5A 1FLWA 4OWEA 2RSCA 4S0WA 1LMCA 3OE6A 1SLYA 1L77A 3WPKA 1GF5A 1JUGA 1SSWA 1LAAA 233LA 2MEHA 1LYFA 4ARQB 1TDYA 1L53A 4NGKA 4ZFPA 1B7PA 2NTGA 3HUKA 1RFPA 1QT7A 1RCMA 1LZNA 1TLAA 1CUQA 214LA 178LA 1HF4A 1LSEA 2BQJA 5DN4A 4WO9A 1JTNA 247LA 5LVGA 1P7SA 4CFPA 3GUOA 1L30A 4KT3A 1L58A 1VDTA 4C5FA 4W51A 3CQLA 3DN4A 3WW5A 1A2YC 1AM7A 1T8AA 2AUBA 4NGYA 1G7JC 230LA 3L2XA 3QY4A 4LGKA 5E9RA 1LJJA 3EMLA 1LOZA 3W6FA 4YEMA 1L83A 5FELA 184LA 180LA 1YIKA 239LA 6LYZA 1LMNA 1C63A 3TXGA 1OUDA 2OE4X 3HH5A 3F8VA 1L13A 2DQDY 2I25L 249LA 2RH1A 2ZYPA 1LLHA 1DPXA 1GFUA 1GD6A 5F14A 1JJ1A 4XJGA 4AQNA 4LYBA 4LZMA 1OVHA 1L55A 3SB8A 3HT8A 4N1EI 1JPOA 3L64A 2RBRA 3TMXA 1XJUA 3C7YA 2G4NA 1IOQA 197LA 4UWUA 173LA 1C62A 5LYMA 1JTPL 4HTNA 1L0JA 4I8SA 3J6KA 5L3IA 3TXFA 1G7MC 1LSAA 3C83A 3M3UA 4YM8A 1CU2A 3V2WA 1L60A 4LYMA 3HTDA 1W6ZA 1D2YA 5KXYA 1IP4A 1LJKA 224LA 4TUNA 1GE0A 3HH3A 1L03A 1QUDA 1L12A 4OWAA 1JKCA 1I20A 1ZMYL 4B4IA 1G0JA 5LVIA 2FYDA 1XGRC 3EMSA 3A3QA 1B9OA 1C68A 3EXDA 3GUNA 1DYEA 4NSGA 1L90A 1D0KA 4CFOA 5KXPA 4YXCA 2B74A 2Z2FA 1QTDA 1VEDA 1WQMA 3A96A 4J1AA 3W6DA 145LA 4XADA 5F16A 3AJNA 1YQVY 1L43A 1C6CA 1UIBA 232LA 1NQIA 7LZMA 1CV3A 1L67A 244LA 1LJEA 4NHPA 1WQRA 3HT7A 1GBSA 4I0CA 1LZ1A 1LGWA 5DL9A 1LYZA 225LA 175LA 1QT3A 4XJFA 1IORA 2HTXA 1P2LA 4N5RA 1AZFA 162LA 3WPJA 1E8LA 1L73A 1FKQA 5FCPA 139LA 3P4ZA 4NSJA 1L82A 3A94A 1HMLA 1DI5A 1ZVHL 3OE8A 1CX6A 1JSFA 3SB5A 3CSQA 4OWCA 3RZ4A 3GUKA 1UICA 4DKLA 2O7AA 4ZPUA 2RBNA 2O4WA 2BLYA 4Z41A 4NHSA 2D4KA 2DQGY 213LA 3G3XA 1LTMA 1QTCA 5B1GA 4NHTA 4H91A 240LA 2W1MA 1IEEA 5A3EA 4EMNA 199LA 1UIAA 1W08A 1F0WA 1L16A 4HPIA 4C3WA 1G0GA 1HEOA 1GE1A 1GHLA 1OWZA 3ZVQA 3WU7A 1PS5A 1P2CC 4DDAA 4B4EA 3HUAA 5B05A 4H8ZA 1LZSA 4J0LA 222LA 2HEAA 4WG1A 4EPIA 196LA 1G07A 215LA 2ZQ4A 208LA 3K3TA 1L52A 3DN0A 1L79A 1NKHA 4H92A 1RE2A 1CJ9A 1VDPA 3CT1A 5FHWA 1L64A 1LPYA 103LA 4G4BA 1VAUA 2B6XA 4NGLA 1BB6A 1CV6A 2F2NA 1FLQA 1L56A 1JKAA 1NBZC 2DQIY 2RAZX 250LA 5KXMA 1L76A 4GCFA 1LMAA 2A4TA 3AYQA 1WQNA 1JJ0A 2B72A 1GF6A 1XGQC 3RZEA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1ZVY B;  3DNA A;  5I54 A;  1UIH A;  1VDS A;  1CV4 A;  255L A;  1FBI X;  126L A;  1SWY A;  189L A;  1KIR C;  5KXZ A;  135L A;  1L63 A;  1KW7 A;  4L41 A;  1GF7 A;  1SQ2 L;  1UID A;  1C6F A;  2OU8 A;  3LHM A;  4EKR A;  1IWZ A;  4GN3 A;  4J1B A;  219L A;  1FN5 A;  259L A;  1LHI A;  2RB2 X;  3A91 A;  1IVM A;  3FE0 A;  3LYO A;  1L94 A;  2MEC A;  1F6S A;  1GFK A;  1P56 A;  129L A;  1JWR A;  3A67 Y;  4PJZ A;  2MEB A;  4WM6 A;  3AZ7 A;  2NWD X;  3N9E A;  1L34 A;  1YIL A;  1LZ6 A;  3WYH A;  1IWW A;  1REM A;  4WM1 A;  4YEO A;  146L A;  194L A;  4HTQ A;  4IAP A;  1GWD A;  1NMM A;  3QE8 A;  5LA8 A;  1QUH A;  1CU5 A;  1ZWN A;  4D9Z A;  2DKV A;  102L A;  1L65 A;  1QSW A;  2RBQ A;  5I5Q A;  3AGI A;  4DAJ A;  1L15 A;  5LVK A;  1L74 A;  2WAR A;  141L A;  3NY8 A;  1NBY C;  4HJV A;  2F32 A;  3G3V A;  3CT0 A;  4XEN A;  262L A;  3CSR A;  209L A;  1LJG A;  3B6L A;  150L A;  3T6U A;  1HEQ A;  1IP3 A;  1WTN A;  1CKF A;  4N8Z A;  4Z46 A;  2LC9 A;  1CV1 A;  3G3B B;  4DD3 A;  3WUN A;  4GLV A;  143L A;  4W56 A;  5LAF A; 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