4ARQB

Structure of the pesticin s89c, s285c double mutant
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
338
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVCYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFCDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Yersinia pestis
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PESTICIN
total genus 108
structure length 338
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arqB02
3OE6A 1I6SA 3HTGA 1L06A 4I7LA 2B6XA 257LA 1C61A 184LA 3HTBA 155LA 1L40A 4I7TA 1G0MA 1P5CA 3CDVA 236LA 3SBAA 159LA 139LA 1QUHA 2ANXA 3DN1A 227LA 3C81A 1KY1A 1K28A 1QTZA 201LA 3DMVA 1L93A 4K5YA 3HUAA 1L73A 2LZMA 3SBBC 1WTHA 3GUIA 1L88A 1C63A 4EKPA 3D4SA 1P7SA 1L29A 150LA 1C6TA 174LA 3NY9A 4YXAC 2QARC 1L41A 1CX6A 1LI3A 1L79A 1G0GA 1XJUA 6LZMA 2RAZX 1DYCA 4W57A 3F9LA 4ARMB 1P56A 1CV4A 1DYFA 256LA 149LA 1CU2A 1L13A 1QT3A 1OVHA 1L70A 180LA 246LA 3UONA 1CU5A 3DN3A 127LA 160LA 3HT7A 4W54A 1QS9A 220LA 1P6YA 1L19A 4W53A 1LPYA 1G0PA 1QUDA 210LA 1CVKA 1D3NA 1D2WA 1L64A 1SX2A 3GUOA 1C6NA 2LC9A 239LA 1L74A 4W51A 1L36A 1L08A 152LA 119LA 1LI6A 3L2XA 1L31A 3CDQA 2B72A 1OV5A 1ZYTA 225LA 3DMXA 1C64A 2F47A 3HWLA 198LA 1L21A 1C6GA 3PDSA 1CU3A 1L01A 1C6QA 2B6WA 2RB1X 1L97A 1NHBA 1JTMA 3HTFA 251LA 4ARPA 2NTHA 3RZEA 4I7KA 216LA 1LYFA 1D3FA 7LZMA 143LA 3NYAA 102LA 166LA 104LA 1L95A 1KY0A 1OV7A 3GULA 1LGUA 1XEPA 4AQNA 1G0JA 1L30A 1LLHA 1LWGA 1L14A 1LI2A 223LA 1OVKA 4ARQA 190LA 1QTDA 3C7WA 1C6AA 1PQIA 1QTVA 1SSYA 3DKEX 4OO9A 197LA 1L82A 200LA 3NY8A 1LYHA 1L81A 112LA 1L34A 172LA 1L25A 259LA 247LA 1G1WA 168LA 1L28A 242LA 1KS3A 130LA 3CDOA 4I7PA 1L57A 2RBNA 1SX7A 1PQOA 129LA 3PBLA 1L53A 260LA 1L49A 3HH5A 2O4WA 233LA 113LA 3LZMA 1L68A 1LYJA 1G0KA 1L16A 1C6MA 2HULA 138LA 1L04A 1C62A 1L09A 182LA 228LA 1CUQA 1L45A 1QTCA 1L11A 2B6ZA 222LA 4ARJA 1P3NA 1C6LA 1L60A 1P36A 3GUPA 2OU8A 3DNAA 209LA 2OTYX 108LA 255LA 3HDEA 167LA 188LA 1L35A 1L0JA 4EXMA 125LA 1L92A 1L00A 1L62A 4EKSA 3SB9A 2NTGA 140LA 2F32A 1L84A 1QTHA 1L33A 1L39A 261LA 1C6JA 1D3JA 1LYIA 4IAPA 1L80A 2OEAX 1C6BA 1L71A 212LA 1L90A 1C66A 1XJTA 3C7YA 162LA 111LA 4I7NA 103LA 4W55A 211LA 2B6YA 186LA 1KW7A 2OU9A 2CUUA 1PQMA 2OTZX 1L03A 4YX7C 142LA 1CX7A 1KNIA 4W52A 169LA 4YXCA 217LA 3C82A 4DJHA 1C69A 3G3VA 4LDLA 262LA 2RB2X 4I7RA 3V2WA 3SN6R 3FI5A 1C60A 3HUKA 2RB0X 2RBOA 1JQUA 1QT7A 2ANVA 1L69A 1T8AA 148LE 2OE4X 2RBSA 231LA 4LZMA 3HT8A 1C6HA 1C68A 3C8QA 145LA 1C6PA 1L85A 178LA 3CDTA 2LCBA 3HT9A 3SB5A 1G0QA 3HH6A 2B74A 2QB0B 1C6EA 1T6HA 3OE0A 1L17A 4ZPUA 163LA 1L0KA 4EPFA 3HDFA 3HUQA 3HH4A 1QTBA 1LYDA 3FA0A 1QSBA 1L52A 171LA 1L65A 1L12A 1L50A 4GRVA 213LA 3RUNA 221LA 1CV0A 195LA 248LA 4I7SA 1L24A 1G07A 252LA 1L56A 5LZMA 151LA 3VW7A 2RBPA 3FADA 131LA 2RAYX 1SSWA 2RBQA 224LA 1L05A 2OE9X 1L91A 1L54A 1CTWA 1L48A 146LA 1D2YA 1L44A 241LA 158LA 1P37A 2Q9DA 1DYBA 253LA 1DYDA 3C80A 3HH3A 176LA 1T8GA 249LA 4S0WA 1CV6A 3G3WA 187LA 1C67A 109LA 1QT6A 234LA 1CV3A 1CV1A 114LA 1CU6A 3CDRA 1G1VA 4PJZA 107LA 1L37A 2OE7X 141LA 245LA 1T8FA 173LA 3DMZA 1QT5A 3HT6A 1ZWNA 1TLAA 4ARMA 199LA 1L94A 3OE9A 1P46A 3EMLA 1L63A 237LA 1L10A 3C7ZA 156LA 3F8VA 4ARQB 238LA 1T97A 192LA 189LA 2OU0X 3SB7A 2B6TA 2O7AA 3G3XA 230LA 3DN0A 1SWZA 118LA 1QS5A 229LA 2B75A 1L67A 4LDOA 2Q9EA 4ARLA 2RH1A 1LGWA 258LA 1L38A 2Z6BA 3C83A 3DN2A 3DN8A 1L22A 1QUOA 1L75A 2B7XA 1LW9A 1L98A 3HTDA 1LWKA 250LA 1C6FA 1L18A 1L55A 1SWYA 4W58A 4W59A 1DYAA 219LA 4EKRA 120LA 3GUJA 1L89A 206LA 183LA 1QT4A 4I7QA 157LA 1G0LA 1P64A 1LYGA 2HUMA 1L51A 1QSQA 2RBRA 1OVJA 1C6KA 1L02A 110LA 1OYUA 1KW5A 3SB8A 3V2YA 161LA 2HUKA 1ZURA 3GUNA 4I7MA 244LA 2L78A 4GBRB 1L58A 3JR6A 254LA 3DN4A 4I7OA 1OWZA 1L27A 1L99A 3DN6A 2IGCA 4DKLA 191LA 3C8SA 1L77A 215LA 1P2LA 128LA 1L20A 218LA 123LA 1C6DA 181LA 1LGXA 177LA 1G06A 1D3MA 122LA 2O79A 3GUKA 3OE8A 1L32A 1L42A 147LA 175LA 1QT8A 243LA 1CU0A 1PQKA 1OWYA 1L86A 4DAJA 144LA 185LA 2B70A 3K2RA 1PQDA 1D9WA 214LA 1PQJA 4EKQA 2B73A 4I7JA 5I14A 4EPIA 1C65A 1C6IA 164LA 1L66A 1DYGA 205LA 1L46A 232LA 3SB6A 1L76A 1DYEA 1LYEA 1P2RA 240LA 3HU8A 196LA 1B6IA 1L43A 1L72A 1L87A 1JTNA 115LA 4EJ4A 126LA 2F2QA 3C8RA 137LA 1L61A 2A4TA 3L64A 165LA 1L47A 1L96A 1QUGA 1L15A 4E97A 1L59A 1C6CA 3ODUA 235LA 4PK0A 3GUMA 1L83A 1L23A 1CUPA 1L26A 170LA 4LDEA 1CV5A 226LA 1EPYA 3HU9A 1L07A 3QAKA 4W56A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2G4PA 2MEHA 4XJBA 3HTGA 1BHZA 4WM3A 4QEQA 1WTMA 3B0OA 1LZ8A 1IC4Y 4I7TA 1GHLA 1LJEA 4HJZA 1JUGA 236LA 4QGZA 139LA 5JENB 1VDPA 4DDBA 3QNGA 1XGPC 1HMLA 227LA 1KY1A 1L93A 1WQRA 5B06A 1GB6A 5DN4A 1WTHA 1GPQC 1NBZC 1JTTL 4LZTA 1F10A 1C6TA 3WL2A 1L41A 1TCYA 2DQEY 1G0GA 1HELA 6LZMA 4W57A 3F9LA 4MCKA 1CV4A 256LA 5A3ZA 1LZCA 3G3BB 207LA 4DQJA 1JKAA 5FCPA 3P64A 1HSWA 1OVHA 1RI8B 2BQGA 180LA 5F9UA 3CSZA 3UONA 133LA 127LA 160LA 1IORA 194LA 4W54A 1IR7A 220LA 1C43A 1LPYA 1G0PA 1L64A 1O23A 4WLTA 1C6NA 1LSGA 4AGAA 4W51A 5LA5A 2D91A 1AM7A 1NBYC 1LI6A 3CDQA 1UCOA 2BQBA 1ZYTA 3AGHA 1B0DA 1GWDA 2HEAA 4J7VA 1OP9B 198LA 4WG7A 1RJCB 1L01A 1L97A 1JTMA 1UACY 1REYA 4ARPA 4I7KA 4H9FA 3RU5A 1AT5A 1B5UA 4X3BA 3NYAA 4H94A 1DZBX 3WU8A 5FEKA 3TXHA 104LA 1AZFA 1KY0A 1QTEA 3E3DA 2XQOA 1FLUA 2LHMA 5APCA 1VFBC 1XEPA 5FELA 4GCFA 1G0JA 1WVUA 1LWGA 1LI2A 223LA 3WPJA 1OVKA 1C6AA 3DKEX 4OO9A 200LA 3TXBA 4TWSA 1L81A 1IP7A 2C8OA 1L25A 259LA 168LA 1QIOA 242LA 1YAQA 1KS3A 2HEDA 1FLYA 1L57A 4I7PA 1UIHA 1BWIA 1D0MA 1SLYA 129LA 3CT5A 4OWAA 3AZ7A 4NHTA 2O4WA 4L41A 3WVYA 3LZMA 2FYCA 1LJ3A 4TSBA 3W6EA 138LA 4OWEA 1LYOA 228LA 5KXRA 1CUQA 1L45A 4ARJA 1JKDA 1P36A 2I6ZA 3A8ZA 2LYZA 4GN3A 4HPEA 1L00A 4B4IA 4P2EA 4EKSA 2NTGA 4KL7A 140LA 4PHIA 1C08C 3CSQA 3LN2A 1L39A 3K3TA 4G4HA 4IJ4A 4IAPA 2OEAX 1C6BA 4Z41A 1L71A 1L90A 5LVJA 1CJ6A 1UICA 2OU9A 4XJHA 5L3HA 2OTZX 1KNIA 169LA 4LYOA 1EQ4A 2XTHA 5KJ9A 4LT2A 4G49A 1B5YA 4I0CA 1HEMA 1T8AA 148LE 1LZDA 4R6CA 1C6PA 1L85A 4J1AA 3SB5A 3AW7A 3RNXA 4GN4A 3HH6A 1UIGA 2QB0B 1C6EA 1DPWA 3P68A 3TXIA 2Z37A 1DI5A 3HDFA 3HH4A 4ZEEA 2ZNXY 2ZILA 3WXTA 1L65A 4LT1A 5FSTA 1V7TA 4GRVA 213LA 2VB1A 5F14A 1GDXA 2RSCA 1LYZA 4XJGA 2YVBA 1EQEA 252LA 1WTNA 1LZ4A 151LA 1LSNA 1OUHA 2RAYX 6LYTA 1OUAA 3TXDA 4C5FA 2OE9X 1GFHA 1CTWA 241LA 1D2YA 3ZVQA 1P37A 1JHLA 253LA 4GLAA 4PJ2C 1OUIA 3ZEKA 249LA 4RLMA 4S0WA 1GAYA 2H9JA 109LA 1BWJA 1CU6A 1XGTC 141LA 1GFKA 1T8FA 3DMZA 1GE2A 1TLAA 1GB5A 2YBIA 1QSWA 1P46A 4RW1A 5LAGA 1L63A 237LA 3F8VA 1IC5Y 189LA 5I4YA 4NWHA 1GXXA 3DN0A 1QS5A 5F81A 4CHXA 4ML7A 2N5ZA 1GEVA 258LA 2ZQ3A 1FN5A 4CJ2A 3DN8A 3A6CY 1LMPA 1CKHA 3WU9A 2A7DA 3WULA 1L18A 4OWCA 3AGIA 1G7MC 4EKRA 1ZV5L 1W6ZA 3LZTA 183LA 157LA 1G0LA 1QSQA 5F9XA 1LSEA 3A3RX 1LHJA 3SB8A 1JITA 2HUKA 1XGQC 1ZURA 1OUCA 7LYZA 1GFGA 2L78A 1IWVA 2YDGA 1L58A 4N9RA 1G7HC 254LA 4YEOA 1OWZA 3D3DA 1CKFA 1XEIA 4H8XA 3C8SA 1IWUA 1LYYA 1P2LA 5C6JA 5ILCA 1LJGA 1EL1A 181LA 3WYHA 4G9SA 3W6FA 2O79A 1D3MA 122LA 4GCEA 1LSFA 1L42A 3LYZA 147LA 175LA 3GXKA 243LA 1CU0A 4DAJA 5B07A 5C6IA 144LA 4M4OA 4NSHA 5I14A 3QY4A 4EPIA 1DYGA 1L66A 3SB6A 1LMNA 1LYEA 2MEGA 1IVMA 4QY9A 1LMOA 196LA 1V7SA 126LA 2LZ2A 1L47A 1L96A 5LIOA 1L15A 4E97A 5I54A 1WVVA 5DM9A 1QUTA 1J1PY 4D9ZA 1HEPA 170LA 1LYSA 1YROA 2D6BA 2Z38A 4H8ZA 1LJNA 1L07A 4B4JA 1ALCA 3OE6A 1I6SA 2MEBA 1C46A 3CSRA 1L06A 3WPKA 3P66A 4UWUA 257LA 1AKIA 1IP3A 4AXTA 1LMTA 4NSJA 1YAPA 3CDVA 159LA 4H9EA 1GDWA 1QUHA 3AW6A 4Z98A 3C81A 1K28A 1QTZA 1HF4A 4HV1A 5A3EA 2MEIA 1L73A 4TSCA 3SBBC 1C63A 1GFRA 3D4SA 1P7SA 4OWHA 3NY9A 4YXAC 4IASA 1L79A 4XJDA 2RAZX 1DYCA 3A95A 1DYFA 1REZA 4YEMA 1UIFA 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2GV0A 1DPXA 1LZEA 1LJ4A 1UC0A 1T6HA 4ZPUA 1LSBA 163LA 1XEJA 1L0KA 1G7LC 2BQMA 3HUQA 1QSBA 4WLDA 1L52A 171LA 2BQAA 4Z46A 4ETCA 1L50A 5LINA 4WG1A 2EIZC 4PPOA 1BVXA 1RE2A 2BQJA 4DQ7A 2EQLA 195LA 4I7SA 1G07A 2C8PA 2DQFC 1L56A 3AJNA 3N9AA 4ETBA 1SSWA 224LA 4NHIA 2B5ZA 1CJ8A 3HH3A 176LA 2ZYPA 6LYZA 3ATNA 3OK0A 4ETEA 3CDRA 1LJFA 1VEDA 2CDSA 3LZ2A 4WL7A 3HT6A 1ZWNA 5LA8A 132LA 5D5CA 199LA 1L94A 3RW8A 3EMLA 3W6CA 1T97A 2BPUA 192LA 2B6TA 1IO5A 2ZIKA 3G3XA 2Z18A 4RW2A 1SWZA 229LA 2BQHA 2B75A 1IP4A 1FLWA 4ARLA 2RH1A 4H91A 1L38A 4BS7A 2Z6BA 1KIQC 5ILFA 1CJ7A 1JKCA 1L75A 2B7XA 3WUNA 3HTDA 250LA 1L55A 1VDSA 1ZMYL 120LA 3GUJA 206LA 4I7QA 2CJLA 5II3A 1P64A 1LYGA 1L51A 3W6BA 1C6KA 2X0AA 1KW5A 1HFZA 3V2YA 1LTMA 4I7MA 2BLXA 4I7OA 5KXTA 3HBDA 4Z3MA 193LA 1L99A 1G7IC 1ZVYB 3DN6A 2IGCA 3TXKA 1GF4A 218LA 2DQCY 4ET9A 1C6DA 1DI3A 1LZGA 1JWRA 1G06A 3GUKA 3OE8A 1GXV2 4WOAA 4ZFPA 3BKVA 1JPOA 1PQKA 1OWYA 1GFTA 1L86A 3K2RA 1PQDA 4G4CA 3WH1A 3ATOA 1PQJA 2B73A 5HQ1A 4I7JA 5I4WA 4HPIA 4KXIA 1C65A 1C6IA 232LA 1L76A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2G4P A;  2MEH A;  4XJB A;  3HTG A;  1BHZ A;  4WM3 A;  4QEQ A;  1WTM A;  3B0O A;  1LZ8 A;  1IC4 Y;  4I7T A;  1GHL A;  1LJE A;  4HJZ A;  1JUG A;  236L A;  4QGZ A;  139L A;  5JEN B;  1VDP A;  4DDB A;  3QNG A;  1XGP C;  1HML A;  227L A;  1KY1 A;  1L93 A;  1WQR A;  5B06 A;  1GB6 A;  5DN4 A;  1WTH A;  1GPQ C;  1NBZ C;  1JTT L;  4LZT A;  1F10 A;  1C6T A;  3WL2 A;  1L41 A;  1TCY A;  2DQE Y;  1G0G A;  1HEL A;  6LZM A;  4W57 A;  3F9L A;  4MCK A;  1CV4 A;  256L A;  5A3Z A;  1LZC A;  3G3B B;  207L A;  4DQJ A;  1JKA A;  5FCP A;  3P64 A;  1HSW A;  1OVH A;  1RI8 B;  2BQG A;  180L A;  5F9U A;  3CSZ A;  3UON A;  133L A;  127L A;  160L A;  1IOR A;  194L A;  4W54 A;  1IR7 A;  220L A;  1C43 A;  1LPY A;  1G0P A;  1L64 A;  1O23 A;  4WLT A;  1C6N A;  1LSG A;  4AGA A;  4W51 A;  5LA5 A;  2D91 A;  1AM7 A;  1NBY C;  1LI6 A;  3CDQ A;  1UCO A;  2BQB A;  1ZYT A;  3AGH A;  1B0D A;  1GWD A;  2HEA A;  4J7V A;  1OP9 B;  198L A;  4WG7 A;  1RJC B;  1L01 A;  1L97 A;  1JTM A;  1UAC Y;  1REY A;  4ARP A;  4I7K A;  4H9F A;  3RU5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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