4ARQB

Structure of the pesticin s89c, s285c double mutant
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
345
structure length
338
Chain Sequence
VPAFLFSGSTLSSYRITIALPHYVDLPGRSNFKLMYIMGFPIDTEMEKDSEYSNKIRQESKISKTEGTVCYEQKITVETGQEKDGVKVYRVMVLEGTIAESIEHLDKKENEDILNNNRNRIVLADNTVINFDNISQLKEFLRRSVNIVDHDIFSSNGFEGFNPTSHFPSNPSSDYFNSTGVTFGSGVDLGQRSKQDLLNDGVPQYIADRLDGYYMLRGKEAYDKVRTAPLTLSDNEAHLLSNIYIDKFSHKIEGLFNDANIGLRFCDLPLRTRTALVSIGYQKGFKLSRTAPTVWNKVIAKDWNGLVNAFNNIVDGMSDRRKREGALVQKDIDSGLLK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PESTICIN
publication title Structure and Mechanistic Studies of Pesticin, a Bacterial Homolog of Phage Lysozymes.
pubmed doi rcsb
source organism Yersinia pestis
total genus 108
structure length 338
sequence length 345
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF16754 Pesticin Bacterial toxin homologue of phage lysozyme, C-term
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4arqB02
1L13A 1LYJA 2RAZX 4W54A 253LA 1L47A 1SWYA 4YXCA 4S0WA 2Q9EA 1L90A 2O4WA 112LA 1KY0A 2B70A 158LA 6LZMA 1C6BA 145LA 1JQUA 211LA 1C63A 1OV5A 2OE9X 4W58A 1CU6A 4EKRA 1L30A 3HH4A 1L19A 2OTZX 146LA 2B72A 1P5CA 2F32A 241LA 234LA 1D2YA 1QTZA 2HULA 1L09A 1QTCA 1B6IA 1SX2A 238LA 3DN8A 1L65A 247LA 1QSQA 148LE 1KW5A 1L20A 1L32A 230LA 245LA 1L38A 1L56A 3GUOA 1G06A 1L64A 1L59A 219LA 2B6YA 2RBQA 3NYAA 1LW9A 3FADA 5LZMA 155LA 1LWKA 3DN2A 3JR6A 235LA 3DN0A 3C8RA 1CV5A 3HU9A 231LA 3GUIA 3EMLA 3OE9A 1PQKA 1L11A 1G0PA 1PQOA 4W55A 222LA 4EKPA 4I7MA 4EPIA 2B75A 141LA 2RBRA 3HH5A 1L42A 7LZMA 1C6HA 3HTDA 224LA 3DN1A 4PJZA 2RH1A 126LA 259LA 1C69A 127LA 1L00A 1QTVA 212LA 1L60A 150LA 1L67A 1OVHA 4ARLA 1L61A 2F2QA 4I7KA 3C7WA 3C8QA 1DYEA 1L68A 1L49A 2B6XA 1L66A 181LA 1DYAA 1L14A 2RBSA 3GUMA 1LPYA 1L05A 4W59A 261LA 1ZURA 1L08A 1LYFA 1D3NA 1JTMA 2OE7X 228LA 3FA0A 114LA 209LA 110LA 1L76A 2B7XA 1QUDA 1CU3A 1P3NA 1LGWA 190LA 3HH3A 109LA 2L78A 4GBRB 1C6EA 1L74A 1OVJA 1K28A 3HH6A 1G0JA 2OU9A 1L12A 1C6AA 1LYIA 1G1WA 3CDRA 4LDOA 1L58A 4W53A 1L07A 4ARMB 1L85A 1L75A 201LA 223LA 4I7JA 3L2XA 115LA 232LA 1LLHA 214LA 4EKQA 226LA 1L10A 182LA 1QUHA 1QUOA 3HT6A 1LI2A 1L91A 3DN6A 1L89A 103LA 1L15A 1C6PA 1PQIA 1L77A 1C62A 1QT5A 3GUKA 4IAPA 4LDEA 178LA 130LA 191LA 1CU0A 3GULA 1L26A 2B6ZA 3DN3A 4DKLA 1L44A 2RB2X 138LA 2OU8A 120LA 1D9WA 251LA 118LA 1L02A 1P64A 3CDTA 3DMZA 197LA 3G3VA 1L93A 1P37A 195LA 206LA 1L87A 1C6QA 2O79A 3RUNA 2NTGA 225LA 160LA 1L55A 1C6KA 1D3JA 1XEPA 1L21A 151LA 3HUAA 1KS3A 4I7PA 257LA 157LA 2NTHA 1T8AA 3OE0A 1L63A 3C7YA 2RB0X 1L54A 107LA 1C6IA 1LI6A 1L31A 1OV7A 3DKEX 1QTDA 1C67A 3V2WA 1CV4A 2RB1X 149LA 180LA 176LA 3CDOA 3GUPA 3HUKA 3SBBC 3SB9A 3HDFA 1L50A 2RBNA 4W52A 1CUQA 1L57A 1C68A 170LA 1KW7A 152LA 2OU0X 4I7NA 200LA 104LA 3C83A 1L71A 3HU8A 2OEAX 1L40A 1P36A 4ARJA 1LYEA 256LA 3HDEA 2Z6BA 3G3XA 119LA 4EKSA 1C61A 1C6GA 1DYBA 1ZYTA 2B6TA 4W51A 1QT3A 1L82A 1L79A 3K2RA 168LA 122LA 243LA 1L73A 1C6JA 1L37A 4ARQB 240LA 1T97A 1L83A 1C6FA 249LA 3HUQA 1L0JA 2B74A 2LCBA 254LA 221LA 1CU2A 262LA 1CV1A 4DJHA 199LA 188LA 1L29A 4I7OA 1L28A 215LA 3SB7A 4ARQA 1L04A 1L0KA 3QAKA 3SB6A 220LA 4YX7C 233LA 1TLAA 1P46A 137LA 162LA 1D2WA 1L46A 185LA 1QTBA 174LA 1C6CA 1QTHA 1L24A 2Q9DA 1L88A 164LA 1L03A 1XJTA 144LA 1SWZA 2ANVA 1C60A 4ZPUA 1G0MA 1D3FA 1L22A 1LYHA 159LA 3C81A 3PBLA 3SBAA 184LA 4OO9A 1L95A 1CX6A 1SSWA 113LA 1C6LA 1G0GA 2HUMA 4EPFA 1C6DA 3G3WA 2ANXA 1L43A 3FI5A 1G0LA 187LA 1LYGA 2A4TA 4ARMA 1T8GA 3GUJA 139LA 3CDVA 1QT4A 1CX7A 4DAJA 3GUNA 1C64A 4I7QA 1QT6A 217LA 1KNIA 1T8FA 252LA 210LA 3OE8A 1CU5A 1G0KA 1LI3A 1L96A 1QT8A 1L16A 236LA 2B73A 1DYGA 147LA 171LA 142LA 1NHBA 4GRVA 3HTBA 2LC9A 3RZEA 3NY8A 4W56A 1I6SA 4YXAC 1L92A 248LA 129LA 189LA 2IGCA 2B6WA 1P6YA 167LA 169LA 1OWYA 1L23A 125LA 1T6HA 1L01A 244LA 2F47A 242LA 1P7SA 2RBPA 111LA 3UONA 1CTWA 218LA 1QSBA 3PDSA 1L39A 3SB5A 1D3MA 1C6MA 4EJ4A 3SN6R 3LZMA 1L41A 140LA 1PQJA 1JTNA 1G1VA 1OVKA 1L52A 1QS9A 1C65A 1L94A 1P2LA 196LA 1G0QA 175LA 123LA 1L84A 3C82A 4I7TA 1CVKA 1C6NA 1L35A 3HT9A 186LA 3F8VA 3DMVA 1L72A 1C6TA 1L06A 1OWZA 250LA 161LA 1DYCA 3DNAA 2QB0B 173LA 3C80A 4AQNA 1L18A 3DN4A 1L33A 198LA 1L53A 1L25A 1LGXA 2OE4X 3HWLA 1DYFA 4ARPA 2QARC 1L36A 3SB8A 166LA 260LA 1PQMA 1DYDA 1LGUA 1PQDA 183LA 1L69A 131LA 4W57A 1QS5A 1P2RA 1C66A 1L70A 177LA 3C8SA 229LA 1L81A 1ZWNA 165LA 3HTGA 2RAYX 2CUUA 1CV6A 246LA 5I14A 3HT7A 237LA 192LA 4EXMA 258LA 3DMXA 1SX7A 3HTFA 163LA 3F9LA 1CUPA 1EPYA 2OTYX 4I7SA 4I7LA 213LA 239LA 1QT7A 1LYDA 4LDLA 4I7RA 156LA 1L97A 1G07A 1CV0A 1L86A 2HUKA 205LA 2RBOA 3C7ZA 3NY9A 1L80A 3D4SA 1L34A 227LA 3L64A 1CV3A 216LA 1L45A 108LA 2O7AA 3ODUA 4E97A 128LA 1L99A 143LA 172LA 1L48A 1LWGA 3VW7A 1L62A 2LZMA 4LZMA 1P56A 1L98A 3CDQA 1L51A 1OYUA 4PK0A 1WTHA 255LA 102LA 3OE6A 1KY1A 1SSYA 3V2YA 1L27A 1L17A 3HT8A 1QUGA 4K5YA 1XJUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2AUBA 1LYJA 1DI5A 3OJPA 4HJYA 1RJCB 4XJGA 4ZEEA 1IP3A 2HEAA 2XBRA 5LVIA 6LZMA 4UWVA 2HECA 1F10A 5LA5A 1GB0A 1OV5A 1XGQC 5JENB 1EQ4A 1WQMA 3TXEA 5LAFA 1WTNA 146LA 4LT1A 4M6DA 1J1XY 1C10A 1GFAA 1D0KA 1B6IA 1SX2A 1HEQA 4N1CC 247LA 3WW5A 3HBEX 1LW9A 1LWKA 3KAMA 4KXIA 4MR1A 1HMLA 3HU9A 2HU3A 1I20A 1UIAA 1VDSA 2RSCA 3OE9A 5KXNA 5DL9A 1G0PA 4WG1A 4XADA 1H6MA 4LYZA 154LA 3HH5A 3WPKA 3P4ZA 4X3BA 3P68A 4WLXA 2RH1A 1LZRA 2ZNWY 1GB6A 259LA 3LZ2A 1IWYA 3HBHA 4C5FA 4N9RA 2LZ2A 1LKRA 3WULA 1OVHA 2D4JA 2I6ZA 4UWUA 1YANA 2F2QA 4I7KA 4RW2A 3M3UA 1XEKA 5KXMA 1L49A 1L14A 2F30A 1IWVA 2RBSA 3OK0A 3GUMA 1LPYA 1B5ZA 1D3NA 2OE7X 3B0OA 228LA 4U3XB 1D6QA 3FA0A 209LA 1RE2A 1UIFA 110LA 4B4JA 1LGWA 190LA 3HH3A 1L74A 4NSHA 1IWXA 3W6DA 1K28A 1AT5A 3D3DA 4DDCA 1GB9A 4KPMA 3LYMA 1C6AA 4OWAA 4LDOA 4ETCA 1HSWA 5I4XA 5KXYA 2BQFA 4DD7A 115LA 2F4GA 8LYZA 1LLHA 5II3A 5I5QA 1XSFA 1UUZC 3A92A 3DN6A 1IC7Y 1L89A 1QT5A 4WLDA 1EL1A 1CU0A 1B0DA 1L26A 5F9XA 1XFPL 1L44A 2I26L 4OWCA 3VWOA 1L02A 3DMZA 1LSGA 1HSXA 3P66A 1P37A 5LVJA 2ZQ3A 195LA 206LA 5HMJA 1LSPA 4NHIA 4P2EA 4FJRA 3HUAA 3WU9A 3TMVA 5B05A 257LA 1B9OA 157LA 1GFJA 1L63A 4GCFA 2DQGY 4XJDA 2YBMA 1RI8B 1CV4A 149LA 180LA 3HUKA 3SB9A 1L50A 2RBNA 4W52A 2LHMA 1YIKA 4CHXA 1C68A 2BQJA 1TAYA 4IATA 1N4FA 4DQ5A 152LA 2OU0X 4I7NA 5HNCA 4BADA 1P36A 3D9AC 3GXRA 1LHIA 4EKSA 1C61A 5IDDA 2X0AA 1RFPA 3ZVQA 4H9FA 2B6TA 4HV2A 4XJBA 1L82A 4E3UA 1LPIA 4DWXA 1C6JA 3TXIA 1KIRC 254LA 1NBYC 1CV1A 4Z41A 4DJHA 4G4CA 5AMYA 1L04A 1L0KA 3QAKA 3AGIA 3CSZA 1GDWA 1TLAA 1P46A 1GXV2 1B7NA 4GN5C 1C45A 4Z46A 1L24A 208LA 2Q9DA 3LYTA 1L88A 1B5VA 1L03A 144LA 1QDRA 184LA 4OO9A 4WMGA 1C6LA 1G0LA 4ARMA 1T8GA 1JSEA 5LYTA 1B7PA 1GF7A 1C64A 1KNIA 3OE8A 1CU5A 4D9ZA 1QT8A 5ILCA 1DYGA 3M18B 1DPWA 1NHBA 4GRVA 3HTBA 4NGZA 1F6SA 1LJ3A 2FBDA 3RZEA 1IWWA 4W56A 1NMMA 2IGCA 1P6YA 2CJLA 1HEMA 5D5CA 4YOPA 4HTKA 5APDA 169LA 1OWYA 1L23A 3B72A 1VFBC 1L01A 1LZBA 1AZFA 1GE4A 2HEDA 1LMAA 4QY9A 1P7SA 133LA 1CKGA 2RBPA 1LSZA 1FLYA 4II8A 1IORA 1XEIA 3PDSA 2D91A 1L39A 3SB5A 4EJ4A 4TUNA 1GE1A 140LA 2BQIA 1JTNA 1LZSA 2Z18A 1REZA 4CFPA 4LT2A 1OVKA 1L94A 1LJ4A 1P2LA 4EMNA 1L84A 3C82A 1C6NA 5HNLA 2Q0MX 1WTMA 1YAPA 4WL7A 1FN5A 1IP6A 5LYMA 1C6TA 1OWZA 1DYCA 134LA 4AQNA 3DN4A 3TMUA 1L53A 2QARC 1IC5Y 3WXUA 4M4OA 1PQMA 5LINA 3AGGG 1HMKA 1IOQA 1L70A 2Z37A 1L81A 3FE0A 165LA 1B5UA 5KXOA 1GAYA 1CV6A 192LA 2DQIY 1SX7A 1VEDA 5ILFA 1I1ZA 239LA 4ML7A 4UWNA 4I7RA 1HC0A 4NGJA 193LA 1L86A 1IOCA 4DD0A 1LJGA 3C7ZA 3D4SA 1L34A 1JTPL 1L45A 4AGAA 1UIBA 128LA 1LWGA 3VW7A 1L62A 1IX0A 1P56A 1FLUA 4OWBA 4LFPA 2C8PA 1LSAA 2EIZC 1WTHA 1KY1A 1YKYX 5HMVA 1VAUA 3AYQA 4TWSA 1XJUA 1ZV5L 1L13A 1YL0X 2XJWA 4H1PA 4YXCA 253LA 4S0WA 1GEVA 112LA 1HERA 4GCDA 3EXDA 1JQUA 1C63A 3ATNA 4HPEA 2NWDX 4WL6A 1GB5A 4KL7A 2EQLA 5DN4A 4LZTA 1JITA 3HH4A 1P5CA 2F32A 5KXWA 241LA 1FKVA 234LA 4WG7A 1D2YA 1QQYA 1B7LA 1QTZA 1L09A 1YL1X 1L65A 1QSQA 1LOZA 148LE 230LA 245LA 1L56A 5APFA 1G06A 1L64A 1GEZA 4B49A 2Z2FA 2RBQA 4GCBA 3NYAA 1LZTA 3FADA 235LA 3C8RA 1L11A 4LYTA 4ETBA 1JTOL 141LA 1XGRC 2RBRA 1L42A 3A95A 1CKCA 1CKHA 1C6HA 3A94A 126LA 1IY3A 127LA 4QEQA 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1L29A 4I7OA 2HEFA 215LA 220LA 4YX7C 2C8OA 137LA 1MLCE 1L46A 5M1YA 2A7DA 2FYCA 1GBSA 4NFVA 4DDAA 174LA 1QTHA 1XJTA 2ANVA 1JJ1A 3C81A 3PBLA 3SBAA 1REMA 4NGKA 3T36A 1JEFA 2CGIA 3BKVA 1SSWA 2YSSC 4EPFA 2ANXA 1L43A 2N5ZA 2A4TA 3CT0A 2DQHY 5T3FA 4ETEA 4WM1A 4I7QA 3WL2A 1QT6A 217LA 4NY5A 1LSCA 210LA 1G0KA 1AT6A 3AZ5A 3LYOA 1NQIA 4N0JA 5L3IA 4YXAC 1L92A 4LT3A 189LA 1BQLY 167LA 4OWHA 1W6ZA 125LA 1AM7A 1LCNA 4XJIA 1G7JC 111LA 5C6LA 1B7MA 2DQDY 1GBXA 218LA 5HQ1A 1LSBA 4NHQA 3SN6R 4H9BA 4G9SA 1L41A 1VDQA 2MEHA 2YVBA 1PQJA 3MGWA 1G1VA 5IELA 1L52A 4NHSA 1HF4A 1UA6Y 196LA 1G0QA 175LA 1LZ9A 1F0WA 4I7TA 5J7CA 1L35A 186LA 3P64A 4YEOA 5KXTA 3DMVA 1L72A 5B1GA 2DQJY 250LA 3J4GA 1LJKA 3C80A 1GFHA 1L25A 1LGXA 3HWLA 1DYFA 1BB3A 4YM8A 4NGOA 2FBBA 166LA 2DQAA 1DYDA 1LGUA 1PQDA 4H9CA 131LA 1HEPA 1GAZA 177LA 1JSFA 3RZ4A 1ZWNA 5L9JA 2CUUA 5B59A 4NGLA 1JWRA 4IASA 1IC4Y 4G4HA 1GFEA 1HEWA 237LA 3DMXA 4WO6A 1I56A 1CUPA 1O23A 4NWHA 1FDLY 1WQNA 4LDLA 1NF5A 4OOOA 1XGTC 1CV0A 1BB7A 2RBOA 1D0MA 2Z2EA 1OUDA 4AXTA 108LA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2AUB A;  1LYJ A;  1DI5 A;  3OJP A;  4HJY A;  1RJC B;  4XJG A;  4ZEE A;  1IP3 A;  2HEA A;  2XBR A;  5LVI A;  6LZM A;  4UWV A;  2HEC A;  1F10 A;  5LA5 A;  1GB0 A;  1OV5 A;  1XGQ C;  5JEN B;  1EQ4 A;  1WQM A;  3TXE A;  5LAF A;  1WTN A;  146L A;  4LT1 A;  4M6D A;  1J1X Y;  1C10 A;  1GFA A;  1D0K A;  1B6I A;  1SX2 A;  1HEQ A;  4N1C C;  247L A;  3WW5 A;  3HBE X;  1LW9 A;  1LWK A;  3KAM A;  4KXI A;  4MR1 A;  1HML A;  3HU9 A;  2HU3 A;  1I20 A;  1UIA A;  1VDS A;  2RSC A;  3OE9 A;  5KXN A;  5DL9 A;  1G0P A;  4WG1 A;  4XAD A;  1H6M A;  4LYZ A;  154L A;  3HH5 A;  3WPK A;  3P4Z A;  4X3B A;  3P68 A;  4WLX A;  2RH1 A;  1LZR A;  2ZNW Y;  1GB6 A;  259L A;  3LZ2 A;  1IWY A;  3HBH A;  4C5F A;  4N9R A;  2LZ2 A;  1LKR A;  3WUL A;  1OVH A;  2D4J A;  2I6Z A;  4UWU A;  1YAN A;  2F2Q A;  4I7K A;  4RW2 A;  3M3U A;  1XEK A;  5KXM A;  1L49 A;  1L14 A;  2F30 A;  1IWV A;  2RBS A;  3OK0 A;  3GUM A;  1LPY A;  1B5Z A;  1D3N A;  2OE7 X;  3B0O A;  228L A;  4U3X B;  1D6Q A;  3FA0 A;  209L A;  1RE2 A;  1UIF A;  110L A;  4B4J A; 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