4AW1A

Human pdk1 kinase domain in complex with allosteric compound ps210 bound to the pif-pocket
Total Genus 77
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
77
sequence length
293
structure length
283
Chain Sequence
QHAQPPRKKRPEDFKFGKILGEGSFSTVVLARELATSREYAIKILEKRHIIKENKVPYVTRERDVMSRLDHPFFVKLYFTFQDDEKLYFGLSYAKNGELLKYIRKIGSFDETCTRFYTAEIVSALEYLHGKGIIHRDLKPENILLNEDMHIQITDFGTAKVLARANFVGTAQYVSPELLTEKSACKSSDLWALGCIIYQLVAGLPPFRAGNEGLIFAKIIKLEYDFPEKFFPKARDLVEKLLVLDATKRLGCEEMEGYGPLKAHPFFESVTWENLHQQTPPKL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Substrate-Selective Inhibition of Protein Kinase Pdk1 by Small Compounds that Bind to the Pif-Pocket Allosteric Docking Site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-PHOSPHOINOSITIDE-DEPENDENT PROTEIN KINASE 1
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
total genus 77
structure length 283
sequence length 293
ec nomenclature ec 2.7.11.1: Non-specific serine/threonine protein kinase.
pdb deposition date 2012-05-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00069 Pkinase Protein kinase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.510.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Transferase(Phosphotransferase); domain 1 Transferase(Phosphotransferase) domain 1 4aw1A02
3.30.200.20 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Phosphorylase Kinase; domain 1 Phosphorylase Kinase; domain 1 4aw1A01
4YNOA 1L3RE 1M2PA 3EYGA 1Z57A 2E9UA 3PIZA 4FI1A 4FSQA 5EQPA 3UNJA 3M1SA 3TEIA 4CKJA 2BAKA 4E20A 4I23A 2PWLA 4Y95A 3MTLA 3EZRA 4OTIA 3D5WA 4ZSGA 3CJFA 5A14A 3UG1A 3UPXA 3Q52A 4M14A 4O0XA 3G0FA 5AR8A 3RNYA 4AGWA 5FBOA 3H9OA 3EFWA 4CSVA 4G3FA 4O2ZA 4NIFB 3A62A 5BVEA 2XS0A 2B9HA 3ZLWA 5EG3A 5DEYA 5JT2A 3W2OA 4C36A 2G01A 3PJ2A 3QXPA 2R3KA 3D2KA 3GU4A 4YSMA 3CTJA 2YITA 2ITTA 5HU3A 5IUHA 1R0PA 3ZUUA 2QOQA 3KULA 3TIYA 3RNIA 2X4ZA 3EQDA 4IFCA 3UIXA 3ZRMA 3AT3A 2R9SA 2X8DA 1ZYJA 2RIOA 3T9TA 3BU3A 5HNGA 3VVHA 1SYKA 2I6LA 3ZLYA 4F0GA 3VW8A 3TJDA 1YQJA 2F7XE 5KX8A 4QTCA 3VO3A 2QHMA 1MUOA 2V0DA 1Z5MA 2BDJA 5CI7A 5HE0A 5HLNA 4DTAA 3GP0A 2F7ZE 1OUKA 3AC8A 1O6KA 2GCDA 1ZARA 2XNNA 4K18A 4FVPA 5HESA 5DEWA 4F0FA 5L3AA 4B6LA 3DBQA 2ZM1A 3ZXZA 4AW5A 5M07A 3IDBA 3DAJA 5CT7A 4BDJA 4HGEA 4E5BA 4EUUA 3U54A 3ACJA 4FV4A 2VWXA 3NAXA 5M53A 4BCHA 3FZPA 2JDSA 3LW0A 5JFWA 1NVRA 2CGUA 2KTYA 3AC4A 3QCSA 4YC8A 4DBXA 2X81A 4YJSA 5AUYA 5CWZA 1OKVA 1B38A 5EHOA 4LMUA 3PVWA 4ALVA 5J1VA 1RDQE 3F5XA 3U8WA 3DNDA 4QQTA 4B9DA 5JGBA 2ITZA 5L6OA 5AP6A 3M42A 2XEZA 2XH5A 2JBPA 5E8TA 3BV2A 1PRYA 1NA7A 3E5AA 3V5WA 5C4LA 4I4EA 2IVUA 4QMYA 1AGWA 1OECA 4IC8A 3ANRA 4CVAA 3A8WA 1OL2A 5KKRB 5JFVA 5KUPA 4BWKA 4XP0A 2JDVA 1YDRE 4L00A 4AW1A 4M97A 2C6TA 4NJ3A 4EOPA 4CKIA 4BR3A 4BHNA 2XYUA 3ETAA 5F94A 4NEUA 3VRZA 4O83A 3FMHA 3BGPA 3LMHA 3QUDA 2EB2A 2C5NA 5EM7A 4IH8A 4ZXTA 2BZIB 3ZEPA 3CPBA 3PJ8A 5EKNA 3CD8A 3UC3A 4BIEA 3FMLA 4AZEA 3R9RA 1W82A 1LEWA 2WFYA 5C01A 4EBWA 5AUUA 3IS5A 2CKPA 2P2HA 3N4UA 5DOSA 5HVJA 3KCFA 1Z9XA 3F6XA 5EI2A 5FTOA 4DH1A 3AGLA 3R6XA 3WZUA 3COMA 3ULIA 1JLUE 1BI7A 2FUMA 3VF8A 5IZFA 1S9JA 4F6UA 3ORNA 3FMKA 3F88A 3S0OA 3P79A 5E91A 4Y46A 5CEOA 4C38A 2PUPA 4GT4A 3PTGA 4BCPA 4IZAA 2J90A 3NYOA 4WOVA 3QA0A 3NIZA 2HY81 4FV1A 4JNWA 4WG4A 5CT0A 5CZHA 4ANBA 2BVAA 4GS6A 4CFFA 2PMOX 4XG8A 3R1SA 3TKHA 4EONA 2E9PA 3DKOA 4AS0A 5FTGA 2F9GA 3O71A 2YN8A 1CM8A 1V0OA 2XNBA 5I3RA 2IVVA 2R4BA 4OT6A 4X6QC 2R3OA 2WD1A 3L9MA 4IX6A 5EFQA 1XJDA 2PY3A 5AUTA 4OAVB 1WVXA 3O8UA 3QX4A 4BDIA 4D2VA 4NM7A 2QU5A 3MN3A 5DGZA 5GIOE 1H28A 4F9YA 4MNEA 1YDSE 2FSLX 3A99A 2PTKA 3Q60A 1S9IA 2HZIA 4BGGA 3DAEA 4EK4A 3KRXA 3G33A 5JFSA 4ONAA 1GZOA 4CFWA 4AX8A 4RIXB 3IOKA 4FTLA 2Z60A 4G6NA 3R21A 1F0QA 4DF3A 1H26A 3PXZA 3OXTA 2VWWA 1YWRA 4ZK5A 4WBBB 2GNLA 4Y73A 5I9ZA 2GTMA 1H25A 3WYYA 2ETRA 2GNFA 4NIFA 4NM5A 4X6RA 2HZ0A 1Q99A 4HVSA 4JQ7A 4FOBA 3LCKA 4BCKA 2B9JA 2R3NA 4PX6A 5C8KA 5DMZA 1YOJA 5AJQA 4R6VA 5CSPA 4S31A 3KVWA 5J9YA 4XV2A 4UXQA 5FP6A 4ACMA 3LJ1A 3RINA 2WMSA 4PMMA 5E8YA 1Y91A 3KKVA 3ZSIA 3SLSA 2J5EA 5J7HA 4N57A 2YAAA 1GIHA 1PXLA 4DTBA 5EYCA 3HRBA 3PRFA 3N4TA 2VGOA 3TL8A 2W1HA 1J7IA 5AV4A 5IG1A 4O96A 2Z02A 4C2WA 4D0WA 4H39A 5L6WL 4MXXA 4I3ZA 4BIDA 5J9LA 4G9RA 4MTAA 5KMMA 4MKCA 5CSXA 3GFWA 1REKA 5M08A 3F69A 2XKEA 4YC3A 5D41A 5DA3A 4PL4A 3VUGA 4EC8A 3QTUA 3EFJA 5M4FA 3QALE 4F7NA 1ZXEA 4GJ3A 5K5NA 4DYMA 4JIAA 4HOKA 2WQBA 3QLFA 3ODZX 4FTRA 3NZ0A 4WNOA 3VC4A 3ZH8A 4NH1A 2B4SB 2G2IA 4BCFA 3C4FA 1RW8A 2WMRA 4ZLYA 4M3QA 1VZOA 3VJNA 4FKWA 4RFMA 3GC8A 4U97A 4YO6A 1PXPA 3Q53A 3UOJA 4MQ1A 3VWAA 3OF0A 2FGIA 1W83A 2G2FA 4DGGA 2XUUA 4UMTA 1UNLA 4CZUA 4FKQA 4EK3A 4IIRA 3QGWA 3G0EA 4JRVA 2YA9A 1YDTE 3E63A 4M8TA 2WMUA 4RWIA 3VBTA 1MP8A 3MJ2A 4BGHA 3AD6A 2W1FA 3SDJA 1YXVA 2WQNA 4KKGA 4K8AA 3QQHA 3R1NA 3VQHA 4QRCA 4USDA 3G9NA 4FIJA 1MRUA 5AWMA 4Z55A 4AOJA 2GNIA 4UXLA 5HG5A 4OAUC 3QD3A 2C5VA 2PSQA 2ITOA 4R7IA 5EM5A 2XK9A 1MQBA 4QT1A 2YCRA 3MB6A 5BMSA 4UZDA 2P0CA 2OSCA 1R1WA 3QTWA 4FKSA 2CDZA 1ZYCA 4IHPA 2H96A 3ZCLA 4FEWA 4CG9A 2YM5A 2G1TA 4M0ZA 4ACGA 2QKRA 4ZTNA 5AV0A 3DLSA 5GZAA 1YWVA 1VYZA 3MJ1A 5AUXA 3PZHA 2XIXA 5M55A 2VTRA 2RSVA 4JDJA 2XIRA 2GQRA 4MEDA 3L9PA 4UY9A 3NRMA 4AZSA 1PKGA 4DEBA 2IO6A 3TZMA 5JRSA 4X3JA 4YTIA 4AOIA 4BZNA 3KXMA 3II5A 4IANA 4MWHA 4LOOA 4FYOA 4PDYA 4F6WA 3ZO1A 2IZSA 2RG6A 3FEGA 3UMXA 3MH3A 3PY1A 3RBWA 3SKCA 1E9HA 4TNDA 5AX3A 5GHVA 4L7SA 4GW8A 1I44A 3BU6A 2YJRA 2O2UA 3EMGA 2CJMA 2ZM4A 4FTMA 4G3GA 3HDMA 4P7EA 2PVJA 1RQQA 2QOIA 1P4OA 1VYWA 4BCIA 1WFCA 4R7BA 3WE8A 3MGYA 4NFMA 3R8UA 3V8SA 4D2WA 2G9XA 4YZBA 4OBOA 4E6QA 5IEVA 5JEBA 2XF0A 4HW7A 2R3PA 5E1SA 1V1KA 4L7FA 3FL4A 4D55A 2ZOQA 4AGCA 4FICA 4APPA 3UNKA 2WU7A 2YM8A 5FM2A 2ZAZA 1H0WA 1ZWSA 2QONA 4BI2A 2O64A 4RIXA 5HVYA 3DBFA 2BDWA 5IQDA 5DWRA 1OPKA 2W1ZA 3BHVA 3QFVA 4HYHA 2ONLA 5CX9A 4DFYA 4FSRA 4PMPA 4XG6A 4IM0A 5LMKC 1FBNA 4FEUA 5CXHA 2BRHA 4AZWA 3FI2A 3C4WA 3UIBA 2GNJA 4LV8A 2OIBA 3P0MA 3A60A 4MD7E 4D58A 5AA9A 3LM0A 4QYYA 1LPUA 4FGRA 2GQSA 1PMVA 4Y5QA 5DT4A 2JGZA 1E1VA 2VWVA 2W1EA 3IW4A 1JBPE 1OL1A 3SD0A 4J52A 4RX7A 2C5OA 4YHFA 1H01A 1ZMWA 3ANQA 3KC3A 4O38A 3Q2JA 5M06A 3NCGA 1OMWA 3EIDA 4DGOA 2R64A 3C5IA 2CGVA 3E87A 5IQFA 2V7OA 4X2GA 5E92A 2X6EA 1WBVA 5IPJA 3SOAA 5HLPA 2RGPA 1WAKA 1WBNA 5EM6A 2B55A 3O50A 2XNGA 4ZTQA 5HKMA 3VS3A 3VUHA 3CEKA 3P7CA 2W4KA 2BIKB 4MXAA 3HGKA 2QCSA 5EI8A 4CYIA 4KIKB 4QP2A 5ICPA 2HW7A 3FY2A 3T9IA 3VUKA 4EOKA 4FA2A 2O65A 4QMTA 4BZOA 2J0IA 4C4IA 4C58A 5L8LA 4W4XA 2PK9A 2IVSA 2VTNA 1HCLA 2PMLX 3QC9A 3SRVB 2GFCA 3C7QA 3KB7A 5CNNA 4C33A 4IM3A 5E7RA 2CLXA 2JBOA 4BGQA 2W96B 5BYYA 4LMNA 2JIUA 1NXKA 4ZAUA 4RWLA 3SG9A 3AOXA 2HCKA 2EXCX 4ZS0A 2PE0A 4YPSA 3V6RA 2XKDA 3IGOA 3PXKA 1V0BA 4UALA 3HAMA 2WPAA 4PMTA 4QPAA 4AU8A 5HQ0A 5IDNA 3KK9A 3IECA 2IW8A 3QWJA 3FLNC 3TUCA 1Q3WA 4YLLA 2OJJA 4JDHA 1IAJA 3TDWA 2WU6A 4L46A 5KO1A 4EHVA 3NVKI 1OPJA 3LQ5A 4RX8A 4YLKA 3AMYA 4RX5A 4XG3A 2XRWA 4FSTA 2DS1A 3EB0A 4HYSA 4DG3E 4FK6A 4CEGA 3HV4A 2Y4IC 2F57A 4QQCA 4GUEA 2B53A 4K1BA 3QRJA 4IW0A 4YZMA 4GSBA 4U42A 5I0BA 4ALWA 3OBJA 4PPCA 4BDBA 3IO7A 2YM6A 4YZNA 4O27B 4V04A 4LL0A 4ZS4A 4IDVA 1KOAA 4FTTA 4WNPA 5CYIA 2C0TA 2C4GA 4RFZA 1J1CA 3I4BA 2CMWA 4IB0A 4WRSA 4YTHA 3CXWA 4DEEA 2BMCA 2CN8A 4C4HA 2QOCA 3GNIB 2C69A 2W17A 3NPCA 3RZFA 2JFLA 3FLYA 3HUBA 3WZKA 4BF2A 2ESMA 3HL7A 5IF1A 1Q5KA 2R3FA 3AC3A 3F2NA 5L2TA 2W1DA 3JR1A 4Z16A 4V01A 3OC1A 3GVUA 1DS5A 2PU8A 4I92A 4D1XA 5HHWA 5L8JA 4I5CA 5HCXA 3ORMA 3PXRA 3UYTA 4ACHA 5JQ5A 3Q9YA 3E8EA 2X7FA 4O1PA 5AV2A 2QOHA 3FDNA 4QMPA 3H10A 2PPQA 3TUDA 4ASZA 4KUJA 5M4UA 5HTCA 5IQIA 5IQHA 3GCPA 4OBQA 4OTHA 3CR0A 1K2PA 5M09A 2BROA 3JPVA 5HG7A 2VTLA 4ZLZA 4C3PA 3R01A 1KUTA 1OGUA 3OW3A 3NCZA 3Q96A 4ZSAA 3E7VA 1WBTA 2BRBA 2WKMA 5E90A 4C7TA 4CTBA 5HO7A 4MF1A 4ANOA 5I5ZA 3FQEA 3UOHA 1M2RA 2W9FB 4HYIA 3CTHA 4GU6A 4QTAA 2WMAA 2QOKA 4E6CA 5ACKA 2GTNA 2R0IA 2C3JA 4QP6A 4R78A 3QZIA 2YACA 4BN1A 3REPA 2RFEA 3EH9A 3UE4A 2UW7A 4MXYA 4UMQA 5FP5A 3VQUA 2YZLA 4KSQA 4TYIA 2X2LA 3Q4TA 2W1IA 2VX1A 3R9HA 3ITZA 4AE9A 5LVLA 2DUVA 4CKRA 3QZFA 4EOOA 4BZDA 1H8FA 3HNGA 4YTCA 1G5SA 4Q9ZA 2ACXA 5H2UA 5D7AA 3PLSA 3S3IA 4A9TA 3GQIA 2R7BA 1Y6AA 4K2RA 5E8UA 1J91A 4OTFA 4EKLA 1FMOE 3BWJA 4UN0C 2VO0A 1H1QA 3CPCA 4EHZA 3MY0A 5FGKA 3CC6A 4FIFA 2QQ7A 3BEGA 4F1OA 5D10A 4AA5A 5FM3A 4GFMA 3NLBA 2RKUA 4LQMA 4I20A 4D5KA 4EK5A 3UQGA 4TZRA 2JFMA 2VTSA 3UJGA 5AP0A 3VS6A 1B39A 1WZYA 1JKTA 4IZ7A 3KN6A 4JX3A 3TG1A 3KY2A 1Q8WA 2H34A 3C50A 3AMAA 3TTIA 2FVDA 2UZOA 5CAPA 5IA0A 3Q9ZA 2V55A 1FGKA 4XRJA 4DFZE 4N0SA 4O0TA 3BBWA 3PZEA 4YJOA 2PUNA 3A7IA 4BYIA 1VJYA 2V22A 2VTOA 3R7EA 2QHNA 3L9NA 4KIKA 1KV1A 3NX8A 3RK7A 4WG5A 4JIKA 3V04A 1U46A 2OZAA 4FG8A 4YPDA 3ZOSA 1H07A 2X7GA 3O7LD 5M51A 4AG8A 3ELJA 4L6QA 3FZ1A 3FYKX 5IH4A 4KRDA 1IRKA 4QYEA 2BZKB 3FI3A 3BE2A 1W84A 3MVJA 2UZLA 1YXSA 1OIQA 3FSFA 3IG7A 4BKJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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