4AXTA

Crystal structure of hen egg white lysozyme from an auto harvested crystal, control experiment
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
publication title Crystal Direct: A New Method for Automated Crystal Harvesting Based on Laser-Induced Photoablation of Thin Films
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4axtA00
4WM1A 5L3IA 1GFUA 4DC4A 5KXYA 5KXWA 4LYMA 4WM5A 3WXUA 1LMPA 2IFFY 1F6RA 1QSWA 1SLYA 4HSFA 4GCDA 1TAYA 4H93A 1VDQA 1KXWA 3LYZA 4BAPA 1OUEA 4P2EA 1D0MA 1YKZX 1V7TA 4LT3A 1LJFA 5HMVA 5HNLA 4G49A 4DD0A 4WM4A 4ETEA 2Q0MX 1E8LA 4WOAA 3KAMA 5LYMA 1C46A 1FKQA 4ETBA 4HP0A 4QEQA 5I4YA 1JWRA 1OUFA 1FKVA 2DKVA 3M18B 1G7MC 1DI4A 1JISA 2GV0A 1LYOA 4UWNA 5FSTA 4B1AA 1G7JC 2LHMA 4G9SA 5LIOA 4G4BA 4C5FA 2HUBA 4Z3MA 5B59A 1UACY 2FYCA 5KXSA 4ANRA 1C43A 2G4QA 4I0CA 3FI7A 3P66A 1HEPA 3RNXA 4MR1A 3D9AC 1QSAA 5KXKA 4NY5A 1IWZA 1IO5A 1IY3A 1OUHA 3EO5A 2ZQ3A 3RW8A 4AXTA 4CHXA 1J1XY 2HEEA 1IOSA 1HNLA 2BQKA 1EQEA 1CKFA 2BQCA 1JPOA 3LHMA 4DT3A 3P65A 1WTNA 5DN5A 2BQGA 194LA 5LYZA 1VEDA 1C08C 2YBNA 2YBHA 3AJNA 5LA8A 3GXRA 1J1PY 1CNSA 1GBZA 5APCA 1LSGA 4OWBA 1RFPA 1LHHA 2BQIA 2F4GA 3A90A 3W6EA 2LYOA 1BB7A 1LJ3A 4XJGA 3WUAA 3WUNA 5LVJA 3IWRA 1DKKA 3A67Y 2I26L 1JKCA 1WTMA 2EPEA 5LYTA 4PJ2C 1NWGA 1NMMA 3A8ZA 153LA 1I20A 2LZTA 3E3DA 4IJ4A 2Z19A 1LJNA 1D6QA 4RW1A 5KY1A 5B06A 5B1FA 1XGQC 5L3HA 1REMA 5B05A 4ETAA 1UIAA 1UIHA 1YROA 4TX7A 5FHWA 1GFAA 3EXDA 1GB9A 3LYMA 5DN4A 3AGGG 4YENA 1GE0A 3A6BY 3LZ2A 2A7DA 1OUCA 1LZYA 2ZIKA 5LINA 1DKJA 1RCMA 4LYTA 5FDJA 1B5VA 1IR7A 1LJGA 2DQCY 4LYOA 4NGLA 193LA 7LYZA 4YEOA 4N1EI 1IOCA 2F4AA 2BAAA 1BHZA 4PGJB 4UWVA 1LZBA 4WG7A 1WQNA 2MEFA 4GCFA 132LA 1LJIA 4GCBA 4B4JA 5FEKA 1UIDA 4LT1A 4ET8A 1LSFA 4Z46A 4OWCA 1LTMA 2C8PA 4HJZA 1VDSA 3TMUA 1YQVY 4HV2A 2ZYPA 2HECA 4IATA 5T3FA 1B5YA 3W6BA 5DM9A 1D0LA 4GCEA 4J1AA 1OUDA 4WM2A 3WUMA 4A7DA 3RZ4A 5LAGA 1LKSA 3A6CY 1GAZA 1BVKC 1BB6A 4WM3A 3TMWA 4DD9A 3WVXA 4NHQA 1XGUC 1Z55A 4ML7A 1B7OA 1IEEA 4NG1A 3B72A 4PRUA 1IY4A 1DXJA 1GF4A 1H6MA 1IC7Y 1LZCA 4NGIA 4RLMA 1WVUA 1G7HC 1G7LC 2DQDY 5B07A 5JENB 1JTTL 1HELA 3AW6A 5KXLA 1HC0A 1LYSA 1JTPL 3WU7A 4NHIA 3WXTA 1DPWA 1IWUA 1LSYA 2BQOA 5F9UA 5KJ9A 5KKIA 4NSJA 3ULRA 2F2NA 1UBZA 4E3UA 3P64A 1GF9A 1UIGA 2HEAA 4WLYA 1GFVA 1QQYA 3TXKA 3TXHA 5LVGA 1LJ4A 4GN4A 4N0JA 2Z2FA 4KXIA 1D6PA 1LSNA 1T3PA 1LHKA 3LYOA 4WG1A 4BADA 1IC4Y 1GB0A 1REXA 4CFPA 1HSWA 1ZVHL 5KXTA 1I1ZA 4HJVA 3WW5A 1GBWA 2Z38A 5APEA 1UUZC 1IWXA 1HHLA 2CJLA 3W3EA 9LYZA 3AZ5A 4FJRA 5J7CA 5I53A 4KL7A 1HFZA 3CT1A 1TEWA 2AUBA 5B1GA 2I25L 1GDWA 2D4KA 1KIRC 1HEOA 1NBYC 1B9OA 1WQPA 3GXKA 1IWTA 1YILA 1INUA 3RT5X 4DYGA 5IHGA 1GBOA 2YVBA 4DDBA 1YAPA 1LMAA 1JSEA 5KXNA 4GN5C 1LZRA 3B0IA 1GB2A 2WARA 5FCPA 2HTXA 4H9AA 3A91A 3WU8A 5LA5A 1LZ1A 2LZ2A 3B6LA 1IP4A 3WPKA 2YBLA 4B4EA 1GXXA 4XN6A 1HENA 2BQMA 4RW2A 1YAMA 4U3XB 3TMVA 1GBYA 4ZFPA 1LMQA 2H9JA 5M1YA 2Z37A 1JHLA 1GEVA 1JTOL 4YOPA 5II3A 2HEDA 1TDYA 1B5XA 4H9IA 1IP1A 4C3WA 1IP3A 4XYYA 4ET9A 1JKDA 4LT0A 1WQRA 1P2CC 1VAUA 2YSSC 3D3DA 3LZTA 4G4CA 1F6SA 1T6VL 4H9EA 3ZVQB 2BQLA 3CT0A 1LSCA 1RJCB 1LKRA 1ALCA 2VB1A 2Z18A 2CWIA 2MEEA 1NQIA 3AGIA 4J7VA 1TCYA 1XEIA 3AZ6A 5AMYA 2BQEA 2Y8PA 2FBBA 154LA 4PPOA 1ZMYL 4B4IA 5F9XA 4ETDA 1UC0A 5KXXA 1DI3A 1HERA 1YL0X 5IELA 1YKXX 207LA 3A95A 3N9AA 2BPUA 1BB4A 1LHMA 4I8SA 1B7LA 1JEFA 2F30A 4GN3A 1LZDA 1FN5A 4BAFA 1UA6Y 1LYZA 3P68A 4LYBA 1DZBX 4YEMA 1MELL 2DQGY 1RE2A 4NGYA 1F0WA 4O34A 1LZAA 4WLDA 4TSBA 1GE2A 4H91A 4OWAA 1GBSA 1UIEA 1OUGA 4ETCA 3B0KA 1O23A 1KIPC 1LOZA 1QTEA 3J4GA 1QTKA 1UIBA 2HEFA 3BKHA 3N9CA 1XFPL 4PRQA 1CJ6A 2XBRA 1C7PA 1WQOA 1VFBC 1UICA 1A2YC 3ZVQA 4HTQA 3ZEKA 1IR8A 4NGZA 1DI5A 5ILFA 3TXEA 1IWYA 5C6IA 2MEIA 3CB7A 4WO9A 4Z41A 1B7PA 1CKGA 1GEZA 2BQAA 4HJYA 5LVKA 1QDTA 5DLAA 2DQEY 1J1OY 1RI8B 5D5FA 1B7QA 1HFXA 4LYCA 4FDYA 3QY4A 1JJ3A 2ZNXY 1XEKA 1ZV5L 1GD6A 2LYZA 1FBIX 4MSTA 1BB5A 1LMOA 1LJKA 1HEQA 2RSCA 3AZ4A 1CJ8A 5KXPA 4OOTA 1B0DA 5HQ1A 1LZGA 4H92A 1GF7A 2DQAA 4N8ZA 1BGIA 1FLWA 2BQBA 4H8ZA 1IP7A 4M6DA 1LZ9A 5F81A 2YDGA 5I4XA 1V7SA 4N9RA 1LJJA 2BQNA 1XEJA 2BQHA 1AM7A 2DQIY 4KPMA 5LVIA 1KIQC 2D4JA 1YIKA 3WULA 1LSMA 1HF4A 1WQQA 1KXYA 1IORA 1IC5Y 1LZNA 4NWEA 4XENA 2ZYCA 4H9BA 1GXV2 3AZ7A 1LSBA 4LGKA 1LSPA 1LCNA 1LPIA 5A3EA 1B5WA 1GWDA 2ZILA 4J0LA 4GLAA 4HPIA 1GF5A 4NSGA 1BWJA 1GB8A 4W94A 1PZYA 1AZFA 3TMXA 1GPQC 4NFVA 3MGWA 4RLNA 1IWWA 5E4PA 1CKDA 3EMSA 2EKSC 1YAQA 4WMGA 4TUNA 4DD7A 4IASA 4TWSA 1GE4A 2YBIA 1HSXA 3AGHA 3B0OA 4H8XA 3OK0A 4TSCA 1CJ7A 1GB7A 1XGTC 4XJBA 4XJHA 3A3QA 5FELA 5F14A 1WVVA 4ZEEA 3QNGA 3WPLA 2FBDA 3HBHA 1LZ6A 3W6DA 2MEGA 1GFEA 1IWVA 1BB3A 4R6CA 3WYHA 5D5CA 2W1MA 1VATA 3A96A 5A3ZA 2MEHA 1LSZA 2W1LA 1GF8A 5I54A 3HBDA 1LHJA 4NWHA 4DWXA 4EOFA 1D9UA 1JSFA 5KKJA 4NHTA 1TBYA 1GB5A 2N5ZA 4OWEA 1IVMA 4DD1A 1QUSA 3TXBA 2D91A 4GCCA 5KXRA 4J1BA 3CSQA 4HV1A 5HNCA 1LSAA 6LYTA 1IP6A 1JJ1A 6LYZA 2NWDX 1B7MA 3F6ZA 1LYYA 1XGRC 1IR9A 2BQFA 1KXXA 1VDPA 1GFKA 4NHPA 2H5ZA 2HU1A 2DQFC 2HU3A 3TXFA 5HLLA 1C10A 1JITA 4R0FA 4NHSA 3TXDA 2MEDA 1H87A 3LN2A 1PS5A 4LFPA 3CSRA 4DD3A 1EQ4A 1XGPC 1N4FA 3A92A 2DBTA 3A3RX 3K3TA 1FLUA 1GFTA 2H9KA 2ZQ4A 1MLCE 1OQMA 1GFGA 3WW6A 1GFRA 1UIFA 4NSHA 4OW1A 3IJVA 1GB3A 3LYTA 5LVHA 3TXGA 1EL1A 1FLQA 3OJPA 1GE1A 4G4HA 1VDTA 4WLXA 1CJ9A 1IOTA 1OUJA 4H90A 3WU9A 2HEBA 1FLYA 1LZTA 4H9HA 1C45A 3IJUA 4CJ2A 4RDSA 4M4OA 4NGVA 1F10A 5IDDA 4EMNA 1LHIA 1EQ5A 3TXIA 4LFXA 5HMJA 4B0DA 1AT6A 2B5ZA 2BQDA 4LYZA 5I4WA 4QDNA 2XBSA 4WL6A 3AB6A 2I6ZA 1GE3A 2MEAA 1YKYX 4LZTA 1NBZC 4MCKA 1IIZA 1YAOA 1B7NA 5APFA 1BVXA 1NDGC 4ZIXA 2BQJA 2BLXA 5C6JA 1OUIA 1QUTA 4DD2A 5KXMA 2Z12A 1LZ8A 3J6KA 5K7OA 1GHLA 3T36A 2YBJA 8LYZA 1W08A 4NSIA 1UCOA 1LJEA 1HMLA 1GDXA 1LMNA 2YBMA 1AKIA 1LZEA 4WLTA 1A4VA 2BLYA 3A34A 5L9JA 1IP5A 3T6UA 4NGKA 1IX0A 3N9EA 4H8YA 1CKHA 1LZ4A 1YL1X 4W96A 4HTKA 1XSFA 5APDA 1JIYA 4QGZA 5LXWA 1JUGA 4YM8A 1LMTA 5DL9A 5I5QA 1GF3A 1NDMC 4CFOA 4WL7A 1GF6A 2Z2EA 4H1PA 3AYQA 1GBXA 1D0KA 1GFJA 1OUBA 3W6FA 2CGIA 4H9FA 3TXJA 1DQJC 2D4IA 4YF2A 1CKCA 1BQLY 3CSZA 5C6LA 1B5ZA 1HEWA 2G4NA 1W6ZA 2W1XA 3WL2A 1OP9B 3G3BB 4TTDA 1I56A 2ZIJA 5ILCA 4QY9A 2W1YA 5LAFA 2ZNWY 4UWUA 2G4PA 1HEMA 1LSDA 2X0AA 1HMKA 3BKVA 4X3BA 1B7RA 2PC2A 3WMKA 4N5RA 2EIZC 2XTHA 4OOOA 2LYMA 1IOQA 1B7SA 4HTNA 4XADA 1JKAA 3WVYA 3ATNA 3FE0A 4B49A 1B5UA 1DPXA 1NF5A 1QDRA 1JJ0A 1LZ5A 3RU5A 1JKBA 3SP3A 4HPEA 4XJDA 2XJWA 1ZVYB 4H94A 3P4ZA 135LA 4NEBA 2DQHY 4H9CA 4KT3A 2Z39A 1IP2A 4NGOA 4DDCA 1QIOA 4AGAA 3ATOA 1HFYA 3CQLA 2MECA 208LA 1GAYA 1BWHA 4PHIA 1BWIA 1NKHA 1YANA 2EQLA 1AT5A 3G3AB 4XJIA 5E9RA 5F16A 133LA 3HFMY 3A93A 4DDAA 4LT2A 1NHEA 4WO6A 2C8OA 1REZA 4OWHA 5EBHA 2CDSA 3WPJA 3M3UA 4WM6A 1G7IC 1GB6A 134LA 1GFHA 2DQJY 3EBAB 3HBEX 4II8A 4N1CC 4NGWA 3W6AA 5KXOA 4NGJA 2IHLA 2D6BA 4BS7A 1LMCA 1LZSA 1LAAA 1REYA 1WQMA 2FYDA 1OUAA 4L41A 1LHLA 3W6CA 4D9ZA 3QE8A 4GLVA 4CGEA 4Z98A 3A94A 2ZWBA 4XJFA 1FDLY 5KXZA 1GF0A 3AW7A 2A7FA 1B2KA 3CT5A 2MEBA 1LSEA 1SQ2L 3VWOA 1LJHA 4NG8A 4NIJA 3WH1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1SLYA 4GCDA 1VDQA 1D0MA 1YKZX 1L40A 4WOAA 4HP0A 2Q9DA 5I4YA 2B72A 3SBAA 143LA 2DKVA 3GUKA 1C66A 1DI4A 2GV0A 4B1AA 4Z3MA 4G4BA 2FYCA 4I0CA 3P66A 1HEPA 3C80A 1QSAA 252LA 148LE 183LA 3RW8A 4CHXA 1C6HA 2HEEA 1IOSA 1HNLA 1L29A 2BQKA 1CKFA 1JPOA 1C6EA 1C60A 5DN5A 1D3JA 2BQGA 2B70A 2YBHA 5LA8A 1J1PY 1CNSA 2NTHA 244LA 2F4GA 1C6CA 1G0KA 1L18A 1SWYA 3WUNA 3DMZA 3NY9A 1JKCA 1C67A 4PJ2C 1NWGA 3DMXA 2LZTA 1D6QA 5KY1A 1L54A 5L3HA 250LA 5B05A 4ETAA 1YROA 4S0WA 4W51A 5FHWA 1L42A 4YENA 1P2LA 5FDJA 1B5VA 1L05A 4N1EI 2F4AA 2BAAA 1LZBA 3ODUA 216LA 5FEKA 4LT1A 4Z46A 4OWCA 163LA 1QSQA 4W53A 4LZMA 4HV2A 4WM2A 3A6CY 1GAZA 1BVKC 1XGUC 1Z55A 4W59A 1D3FA 5JENB 1QUDA 2DQDY 1JTTL 1L88A 5KXLA 1LYSA 1L56A 3WXTA 1DPWA 2BQOA 126LA 1UIGA 125LA 4I7NA 5LVGA 4GN4A 3G3WA 1D3MA 1T3PA 1HSWA 1ZVHL 3DN6A 4HJVA 1L84A 2Z38A 5LZMA 1C6BA 1L50A 173LA 3GULA 2I25L 206LA 1WQPA 1INUA 210LA 5IHGA 2RBSA 4DDBA 1LMAA 1LZRA 4H9AA 1L52A 1IP4A 1QUGA 1L35A 1YAMA 2H9JA 1JHLA 221LA 1B5XA 4XYYA 1JKDA 1L75A 1P2CC 3D3DA 1T6VL 4H9EA 3ZVQB 4B0DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4WM1 A;  5L3I A;  1GFU A;  4DC4 A;  5KXY A;  5KXW A;  4LYM A;  4WM5 A;  3WXU A;  1LMP A;  2IFF Y;  1F6R A;  1QSW A;  1SLY A;  4HSF A;  4GCD A;  1TAY A;  4H93 A;  1VDQ A;  1KXW A;  3LYZ A;  4BAP A;  1OUE A;  4P2E A;  1D0M A;  1YKZ X;  1V7T A;  4LT3 A;  1LJF A;  5HMV A;  5HNL A;  4G49 A;  4DD0 A;  4WM4 A;  4ETE A;  2Q0M X;  1E8L A;  4WOA A;  3KAM A;  5LYM A;  1C46 A;  1FKQ A;  4ETB A;  4HP0 A;  4QEQ A;  5I4Y A;  1JWR A;  1OUF A;  1FKV A;  2DKV A;  3M18 B;  1G7M C;  1DI4 A;  1JIS A;  2GV0 A;  1LYO A;  4UWN A;  5FST A;  4B1A A;  1G7J C;  2LHM A;  4G9S A;  5LIO A;  4G4B A;  4C5F A;  2HUB A;  4Z3M A;  5B59 A;  1UAC Y;  2FYC A;  5KXS A;  4ANR A;  1C43 A;  2G4Q A;  4I0C A;  3FI7 A;  3P66 A;  1HEP A;  3RNX A;  4MR1 A;  3D9A C;  1QSA A;  5KXK A;  4NY5 A;  1IWZ A;  1IO5 A;  1IY3 A;  1OUH A;  3EO5 A;  2ZQ3 A;  3RW8 A;  4AXT A;  4CHX A;  1J1X Y;  2HEE A;  1IOS A;  1HNL A;  2BQK A;  1EQE A;  1CKF A;  2BQC A;  1JPO A;  3LHM A;  4DT3 A;  3P65 A;  1WTN A;  5DN5 A;  2BQG A;  194L A;  5LYZ A;  1VED A;  1C08 C; 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 1B5Z A;  1HEW A;  2G4N A;  1W6Z A;  2W1X A;  3WL2 A;  1OP9 B;  3G3B B;  4TTD A;  1I56 A;  2ZIJ A;  5ILC A;  4QY9 A;  2W1Y A;  5LAF A;  2ZNW Y;  4UWU A;  2G4P A;  1HEM A;  1LSD A;  2X0A A;  1HMK A;  3BKV A;  4X3B A;  1B7R A;  2PC2 A;  3WMK A;  4N5R A;  2EIZ C;  2XTH A;  4OOO A;  2LYM A;  1IOQ A;  1B7S A;  4HTN A;  4XAD A;  1JKA A;  3WVY A;  3ATN A;  3FE0 A;  4B49 A;  1B5U A;  1DPX A;  1NF5 A;  1QDR A;  1JJ0 A;  1LZ5 A;  3RU5 A;  1JKB A;  3SP3 A;  4HPE A;  4XJD A;  2XJW A;  1ZVY B;  4H94 A;  3P4Z A;  135L A;  4NEB A;  2DQH Y;  4H9C A;  4KT3 A;  2Z39 A;  1IP2 A;  4NGO A;  4DDC A;  1QIO A;  4AGA A;  3ATO A;  1HFY A;  3CQL A;  2MEC A;  208L A;  1GAY A;  1BWH A;  4PHI A;  1BWI A;  1NKH A;  1YAN A;  2EQL A;  1AT5 A;  3G3A B;  4XJI A;  5E9R A;  5F16 A;  133L A;  3HFM Y;  3A93 A;  4DDA A;  4LT2 A;  1NHE A;  4WO6 A;  2C8O A;  1REZ A;  4OWH A;  5EBH A;  2CDS A;  3WPJ A;  3M3U A;  4WM6 A;  1G7I C;  1GB6 A;  134L A;  1GFH A;  2DQJ Y;  3EBA B;  3HBE X;  4II8 A;  4N1C C;  4NGW A;  3W6A A;  5KXO A;  4NGJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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