4AY1A

Human ykl-39 is a pseudo-chitinase with retained chitooligosaccharide binding properties
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
AYKLVCYFTNWSQDRQEPGKFTPENIDPFLCSHLIYSFASIENNKVIIKDKSEVMLYQTINSLKTKNPKLKILLSIGGYLFGSKGFHPMVDSSTSRLEFINSIILFLRNHNFDGLDVSWIYPDQKENTHFTVLIHELAEAFQKDFTKSTKERLLLTAGVSAGRQMIDNSYQVEKLAKDLDFINLLSFDFHGSWEKPLITGHNSPLSKGWQDRGPSSYYNVEYAVGYWIHKGMPSEKVVMGIPTYGHSFTLASAETTVGAPASGPGAAGPITESSGFLAYYEICQFLKGAKITRLQDQQVPYAVKGNQWVGYDDVKSMETKVQFLKNLNLGGAMIWSIDMDDFTGKSCNQGPYPLVQAVKRSLGS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Human Ykl-39 is a Pseudo-Chitinase with Retained Chitooligosaccharide-Binding Properties.
pubmed doi rcsb
molecule keywords CHITINASE-3-LIKE PROTEIN 2
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 130
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00704 Glyco_hydro_18 Glycosyl hydrolases family 18
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.10.50.10 Alpha Beta Roll Chitinase A; domain 3 Chitinase A; domain 3 4ay1A02
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ay1A01
1JZ8A 1OB0A 1HX0A 4FLQA 4J7RA 4CU6A 4AD4A 2ZXDA 1CXLA 3D3AA 2QMJA 3GBEA 2VX4A 4KH2A 1K9EA 1HP4A 4YN5A 1MFVA 3VX0A 2B31A 1UKPA 1UD6A 1PIFA 3RCNA 5EB8A 1UWUA 1QNPA 3U5UA 1VFOA 4W93A 5D8WA 3RO8A 4B9YA 2WMIB 4JFTA 3VIKA 2VX5A 3ARVA 1DWIM 4W85A 4MB1A 3ARRA 5A2AA 1UZ4A 2AOSA 3ZT7A 1V3IA 1G5AA 1ESWA 3BCFA 2XWEA 1LL7A 1R8LA 3MMUA 3CMGA 1C7TA 1VRXA 3IAPA 2EQDA 3WQ5A 1CECA 1UKOA 1RD6A 4MDOA 3CGTA 1X6LA 1UQYA 1CWYA 2NT1A 1E4IA 2OYMA 2GK1A 1ZBCA 1V08A 3OBAA 1B1YA 2PI6A 2XFYA 3DHPA 5A6BA 1EO5A 2W5FA 1TUXA 3NDYA 2IXVA 4AZ7A 1RP9A 1E6RA 4Z2KA 1GHRA 3OZPA 5LA2A 2D24A 2BY1A 2UY2A 2DT0A 5CLWA 1J0KA 4X0NA 3S2CA 1VAHA 2CHOA 5CGTA 3WD1A 1W9BM 4LX4A 2RGMA 1HKKA 4MNMA 2VZTA 4PTWA 5A3HA 3SCWA 3OLIA 1JZ3A 4UQEA 5FKYA 4OBSA 1OWQA 4AW7A 3AHVA 1BPLB 3RM9A 1ZBVA 2W63A 3CUGA 4CD5A 1QHPA 5GNYA 3CBWA 4U33A 3VIOA 1UKQA 3LMYA 1E43A 2EPLX 1BGGA 4HA4A 3VU2A 1XSIA 1VFFA 1E6XM 4FK9A 2BY2A 2XVGA 3ZJ8A 3BAXA 1WNOA 3AZRA 1TVNA 3MUAA 3VINA 4D6JA 1XV8A 2ZXQA 2VI0A 3KZSA 5BRPA 2VT0A 4UOZA 2CERA 2X2YA 1JYWA 3L4VA 3PZIA 1ZB5A 4J3WA 1FHLA 2F61A 4W8AA 4XZWA 5FCZA 1GVIA 5BRQA 1BG9A 2D0GA 2CKSA 1QNQA 2E8ZA 1EA9C 3DHUA 3QOKA 3THDA 5TD4A 2Z1SA 1UQZA 1JZ2A 1UD3A 4PMRA 4CN6A 1MYRA 4AD5A 3POCA 3AIVA 3AIWA 5DF0A 1KXVA 1BHGA 1N82A 4WSJA 1JYVA 4D6EA 4Z2HA 2F2HA 3VIJA 1QI3A 3MANA 3CZKA 3WDPP 2YLLA 1UR2A 5CPSA 3ARSA 4R5EA 1JF5A 4RE2A 1M03A 3ZR5A 1KR0A 4LYRA 1E5NA 1UR4A 1Q6EA 4AWEA 1IZKA 1QBAA 3BCDA 1JIBA 4TVDA 4M81A 4FF5A 2BXYA 3SCVA 4BQ5A 1V6YA 3B8SA 2ZX7A 3NYDA 2FGLA 2G3JA 2BVDA 1GOOA 5BXTA 1VJZA 3CZEA 1ECEA 1W1YA 3EMCA 3CIVA 1P6WA 2F8QA 4JHOA 3U7BA 1OGGA 1OD8A 3WQWA 1CGYA 2ZE0A 1W3JA 3VGGA 3PZ9A 5FL1A 3M46A 3TTSA 1JNDA 4AD0A 1K9FA 1EHNA 1CGXA 2A3AA 2XVKA 1CXFA 1B0IA 1JZ6A 1GOMA 1KCKA 4IPNB 1CGTA 3K4DA 4Y7EA 2WWCA 2Y8KA 2VR4A 4RE3A 3WNOA 1QHOA 1L8NA 1KB3A 3GNPA 5HPCA 4MNJA 1NWTA 1H09A 1FH7A 2ZUSA 3SCQA 3T09A 2DSKA 5ABHA 4M56A 1E0XA 4WIWA 1QVBA 5CSUA 1W3HA 2D23A 3WNLA 3GXIA 1XH2A 5A1AA 4CKQA 1CGUA 3WD4A 3N04A 3FAXA 1WKYA 3DECA 3SEPA 3B9EA 3AMLA 4V28A 1JYNA 4TTGA 4HMCA 3NUKA 1ZU8A 5A8QA 1B30A 2J8FA 2PF0A 4CD6A 3EDFA 1S46A 1B3ZA 1TR1A 3MO4A 4UFJA 3WELA 1JXKA 3GDBA 4B16A 1R85A 3TA9A 1E4MM 1HT6A 3CUFA 1V0KA 4JHZA 2Y2WA 4P8VA 3AYRA 4AD1A 3SUVA 2FDMA 4Z2IA 1SMDA 1E1FA 1JD9A 2E3ZA 2UY3A 3WNNA 2JE8A 2WWDA 4ATLA 4OOZA 3L4ZA 2HISA 1CYGA 4XB3A 4UFKA 4L4OA 1MW1A 3F5LA 1XH0A 4E8CA 2WHLA 1EHAA 3AHXA 3OG2A 4X0VA 3A4AA 2YL9A 1NOUA 2PWGA 2JIWA 5D9NA 2WBKA 4B9ZA 4BF7A 1UH2A 2Z1KA 3SCUA 2VQUA 1HJVA 2E9MA 3FHQA 5A6SA 2EEXA 5DO8A 4ACZB 1ZBWA 1HKMA 1SFSA 3CZGA 5ABGA 5I23A 1OIMA 3VNYA 5DEZA 3ZSTA 2EPOA 1WAWA 1V3HA 3WEZA 2X1IA 4HMDA 2X09A 3RPMA 3MKKA 4PCSA 5IXEA 1MXDA 5D8ZA 3OA5A 6TAAA 2DIEA 5HOSA 4XV0A 4Z2GA 4AD3A 3U7VA 4KGJA 3O2LA 4KRUA 3PZTA 2A3EA 1K9DA 2WMKA 2CNCA 4AEFA 1XCXA 3A47A 2IUZA 3K4AA 3RILA 4J3SA 2VX7A 3SIMA 2WHMA 1ISZA 2DDXA 1QOXA 1UG6A 2O9OA 2YDQA 3WQ4A 1XCWA 2A3CA 3EBVA 1W3KA 2ZIDA 1HJSA 1V6UA 4PYSA 3BAWA 3UG3A 3ZMRA 1B3VA 1WO2A 3W6LA 1FP9A 4P8WA 5EFFA 3VGEA 4W88A 1BQCA 4U5IA 5E09A 5A6AA 2ZUUA 1E6ZA 1W3LA 4TVUA 2BHZA 1U2YA 4H04A 5A6BD 1UD2A 4PUDA 2D2OA 1JFHA 1DWHM 2W4XA 3VMOA 4AZCA 4GQQA 3GH7A 3FNDA 3I3DA 2O9RA 5BXPA 1QBBA 4P7QA 3ZM8A 4MB5A 2WLYA 3U57A 2GK1B 4MJ4A 3UESA 4H8UA 4GPNA 1TA3B 4ACYA 5IFTA 2BNJA 3A4XA 4AMCA 2XM1A 4F8XA 3T2PA 1XHGA 2WVVA 2CXGA 1I75A 4P8UA 3WBEA 1AQMA 1JAKA 1R7AA 3QGVA 1Z32X 3ARZA 1BYCA 2EBNA 1R87A 4HOZA 3IJ9A 3RIKA 4U31A 3OLDA 1EDQA 1CGWA 3WH9A 2VCCA 2V3EA 2DIJA 1B3XA 1JG9A 3II1A 5DFAA 4D6IA 4H8VA 1BVZA 3AIBA 4DUXA 4D6FA 5A2CA 1QW8A 2DH2A 3WFLA 1UWIA 1WB0A 3WH7A 3IAQA 4OUEA 3T0DA 2J7EA 1JD7A 4NRSA 4XZBA 4IUGA 1IZJA 2J62A 1E9LA 2VRQA 4MTVA 3W37A 4M8UA 1EOKA 3DYMA 1UR0A 1E72M 3SUTA 3VD5A 3HU7A 3W27A 4D71A 3GXFA 3KEHA 4B3LA 5A8NA 1UR1A 3CHEA 1TG7A 1L0PA 2GDVA 4CU8A 4PMUA 3CHFA 3UCQA 1HN1A 1W9PA 3K46A 5A69A 4BQ3A 1JDAA 1KGXA 4U2ZA 1UZ1A 1VBRA 5AYIA 2D3NA 2VR5A 1KBBA 3PZMA 4YHGA 4BZYA 3BGAA 4M80A 4J3TA 5BXSA 4JKMA 5IDIA 1VBUA 1MW0A 2GSJA 4L4PA 3ARQA 3E1F1 5BWFA 4DM2A 3QHOA 2ESCA 3MMWA 2WVUA 2MANA 1ISWA 2OSXA 1CDGA 3KL0A 3WMCA 4C7DA 1CGVA 5JBDA 3QR3A 3WBAA 4GXPA 3O9NA 4JFWA 4C7FA 2PWDA 5EBAA 3VIGA 3VUPA 4M24A 4PMVA 3UETA 5ECUA 3FY1A 2VTFA 1UD4A 2CESA 3AXHA 2AMGA 1JL8A 1CLVA 3WKZA 4Z2LA 3N11A 1H5VA 2EPMX 4W8BA 2PC8A 5BCAA 4FLRA 4W7VA 1JFXA 3VX1A 2G41A 2BY3A 2UWFA 1MW2A 3LPFA 1C8QA 1GCYA 1ITCA 3GH5A 3MSDA 1W1PA 2J7HA 5E6ZA 4CVUA 5F7UA 4UOJA 5IHSA 3AQUA 3UR7A 2DSWA 1TA3A 4WKHA 4FMVA 2WMGA 4AEEA 4BQ2A 1KBKA 4JFVA 1JF6A 3CPUA 3D5HA 1M04A 2YL5A 1EQCA 4IISA 1V0NA 4QLKA 1FFQA 2CIPA 5FL0A 1ISXA 5AY7A 1UD8A 1V02E 1CEOA 3ZO9A 1YHTA 4UFLA 1CXKA 2WAGA 5JBEA 2J7FA 3KE0A 3WEOA 5CJ5A 4OZOA 5C71A 2G3MA 4AISA 4W7UA 1VB9A 5A2BA 4PUEA 3VGDA 1QNOA 5E70A 1LL4A 4JAWA 1H4PA 3NJ3A 4RE4A 1KQZA 1V6VA 1UR9A 4CCCA 1V0LA 1Q4NX 1FA2A 4GQRA 2J77A 1XSJA 2NSXA 1V6WA 3TOPA 2XYLA 4OKDA 2WXDM 1E55A 3AZTA 2BHUA 4OBRA 2X8RA 4M82A 3WSUA 4AY1A 2YDSA 1HIZA 3W0KA 2J7BA 2D3LA 1W2PA 4W89A 3AHYA 2D0FA 1BSIA 5I78A 4NI3A 2WPGA 1UWRA 4DWSD 4HMEA 4WK9A 1DWJM 1J10A 4HZ6A 2VRKA 1NWSA 2YKKA 1B3WA 1ISVA 5CQ1A 3VM7A 2JALA 2XFRA 3BAIA 1AQHA 3MS8A 4HOWA 2EJ1A 3WQ8A 2JIEA 1V0MA 4TXEA 3UG4A 4OIFA 1K9TA 2NT0A 5BROA 4ZE5A 3WENA 3UG5A 1E1EA 2J4GA 3WQ6A 8A3HA 4DWSB 4LGXA 3GZAA 5C70A 2VC9A 3AFBA 4HU0A 3AICA 5LA1A 4PBGA 1H3GA 4HZ8A 1Y7VA 1J0YA 2YL6A 2X0YA 1QI5A 3SCNA 7TAAA 3N9KA 4PTVA 4MAVA 2X0HA 1WP6A 5AC5A 4HZ7A 3TP4A 2OYKA 3MUY1 4CD4A 4YPJA 2ZUWA 2XGBA 3RM8A 2OSWA 4AC1X 1PX3A 1UD5A 2J74A 1CXEA 2BVYA 1ITXA 3F4VA 2DSUA 1XC6A 3K1DA 3WDQA 2E4TA 3SCPA 4UFIA 2QLYA 1E0WA 3PBGA 2CBVA 5I24A 2W67A 2DT1A 2Y24A 4UFMA 1WDRA 1OT2A 3AROA 1W9DM 1MWOA 1M7XA 1ODZA 1RP8A 2OSYA 3W6MA 2BS9A 2WBGA 1PAMA 3WNPA 3W82A 2GUYA 1QHZA 5CSYA 2D22A 1I1WA 4UNIA 1KXQA 1V02A 3BAYA 4B3KA 1PEZA 1LJYA 3FW6A 3DC0A 1WDQA 4D1IA 1V3KA 1OT1A 4WSKA 3VNZA 1TFVA 2WSKA 1JZ7A 1RH9A 4P7RA 4UR9A 1J01A 3IANA 3GH4A 1J0ZA 2GJPA 1CPUA 1NQ6A 3NSXA 2FH8A 2CHNA 1W1VA 3I3EA 4QP0A 2V3FA 3ARXA 2RGLA 3BMVA 2E9BA 2CBJA 3VOCA 1TE1A 4PRWA 4YHEA 1JI1A 3WD3A 2UY4A 3WD2A 3VO0A 1LLOA 1SR0A 1GQKA 3HJEA 4JL1A 3SCRA 3VMPA 4AZ5A 1E56A 4AD2A 2XSBA 3PZUA 3KWXA 1UA7A 4PMQA 3CUIA 4KWUA 4CD7A 1UWQA 5E6YA 4UZSA 5FIPA 3VIPA 1KXHA 3PTMA 3GNRA 3UEQA 1GJWA 2CEQA 4AZCB 3NSMA 4BCEA 5JUVA 4U3AA 1HL9A 3EDEA 1AQ0A 3A3HA 2J75A 3GXMA 3L2MA 1AVAA 1G01A 4MNKA 2VX6A 5GNXA 3J7HA 3U5YA 4PTXA 4EKJA 5I5RA 9CGTA 4HOXA 1Q6CA 1E71M 4HA1A 1LL6A 4DWSA 3N1AA 4M1RA 4GZEA 4F9JA 1YQ2A 2YDRA 4UQDA 1ISYA 2BY0A 2WVVB 3L4TA 4MPKA 4WF7A 3K8LA 5BYWA 4WKFA 2WMHA 2ZOXA 3K8MA 1VEPA 5FD0A 1US2A 2VL4A 3ALGA 3AZSA 2Q8XA 5CZKA 1XD0A 2J7DA 4UQCA 1PBGA 3CO4A 1VEOA 2D0HA 2WMFA 2WCSA 5M17A 1HVXA 3WFZA 1G9HA 1OGBA 3GBDA 1C93A 2ZWZA 2PBOA 2VZSA 5A6LA 2ZX5A 3PHAA 1DP0A 3AS2A 2A3BA 4HPGA 3VDAA 5GQBA 1JXJA 1VEMA 2GDUA 4ZXLA 2VCAA 1E6NA 4OOUA 1V3LA 3PZVA 1XH1A 2HVMA 4AIUA 3T0AA 3VD3A 1HJQA 2OWXA 2XIBA 2XJ7A 2OWWA 1CENA 4MNLA 4P7NA 3VGFA 1ZL1A 3AISA 1XD1A 1AMYA 2EPKX 2VZOA 3JUGA 1F4HA 3WDJA 2XVLA 1FOBA 3ECQA 3RM4A 5HXMA 3L2LA 2YA2A 5AYBA 3T2OA 5DMYA 3ARUA 4MB4A 2PWFA 3T2QA 3W26A 4E8DA 4NZCA 4PMDA 3LPOA 1QW9A 1W1TA 4NF7A 1JAEA 1OBAA 1UH3A 2VUYA 1UA3A 1HVQA 4S3KA 3WL0A 1W2VA 4ZENA 2DGAA 1E4LA 4MB3A 3W24A 1GONA 4ATDA 1WZMA 2XUCA 1PZ3A 3VIIA 2ZUTA 1UWSA 1WZAA 4AZIA 2PBGA 3ZJ6A 6A3HA 2WC3A 2DH3A 1JDCA 1B90A 2J79A 3BSGA 3W28A 1MQQA 3BC9A 2CETA 1GQLA 3GNOA 1GHSA 2W91A 3AHTA 2VNCA 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 2XFF A;  2ZX9 A;  2W61 A;  1VFM A;  2Y5E A;  3OGS A;  1E70 M;  1BTC A;  1H0G A;  2BVT A;  5D9P A;  3WMS A;  2OLH A;  3AMK A;  1GW1 A;  1VIW A;  1H41 A;  2QF8 A;  3M6D A;  5I79 A;  1FH9 A;  3OGV A;  4J3X A;  2C8N A;  4MAZ A;  5KZ6 A;  3F5K A;  4W5U A;  1XYZ A;  1EIB A;  3RME A;  3WUE A;  4C7G A;  3GYC A;  4ACZ A;  4PEE A;  3WDR A;  5C8B B;  1B3Y A;  3N12 A;  1Q6G A;  2XWD A;  2YA1 A;  2FHC A;  3AS3 A;  4PMZ A;  2X05 A;  3WH6 A;  3L4U A;  4QLL A;  2GFT A;  4D6D A;  2DT2 A;  2G3N A;  4U3C A;  3AIR A;  3T0B A;  1ZJA A;  4WLC A;  1V03 A;  1V3M A;  2EXO A;  3MMD A;  3HN3 A;  1GOQ A;  2YL8 A;  4N0R A;  3QHN A;  1A3H A;  4F66 A;  3W4R A;  1B9Z A;  3CTT A;  3AI0 A;  1BG4 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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