The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
59
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sequence length |
186
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structure length |
186
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Chain Sequence |
b'APMTEVEQKAAAGVFDDANVRDRALTDWDGMWQSVYPYLVSGELDPVFRQKAKKDPEKTFEDIKAYYRKGYVTNVETIGIENGVIEFHRDNNVASCKYNYAGYKILTYASGKKGVRYLFECKDANSKAPKYVQFSDHIIAPRKSAHFHIFMGNTSQQALLQEMENWPTYYPYQLKANEVVDEMLHH'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
METAL-BINDING PROTEIN YODA
|
| publication title |
The Salmonella Enterica Zint Structure, Zinc Affinity and Interaction with the High-Affinity Uptake Protein Znua Provide Insight Into the Management of Periplasmic Zinc.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Salmonella enterica
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| molecule tags |
Metal binding protein
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| total genus |
59
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| structure length |
186
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| sequence length |
186
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-06-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2AL0 X; 2FR3 A; 5B27 A; 1FEN A; 1BWY A; 3O22 A; 3B2I A; 4XME A; 4HPD A; 1KT7 A; 5FEN A; 2NNE A; 1QFT A; 1YIV A; 3GAQ A; 4O9S A; 5DG4 A; 4ZHD A; 5LJH A; 4GNY A; 1T68 X; 1LIB A; 2RQ0 A; 4BVM A; 1SXW A; 2CZT A; 1LIE A; 1B4M A; 4A1H A; 5LJB A; 5L8O A; 1RBP A; 3HWG A; 3WBG A; 1ADL A; 2ASN X; 3P6F A; 1O1U A; 1UZ2 X; 4MVI A; 1YWD A; 2QOS C; 1JYJ A; 1QG5 A; 3UEW A; 2JU3 A; 1X8O A; 4GET A; 3EM0 A; 4QZT A; 2QO6 A; 2HMB A; 3O19 A; 1B56 A; 1HBP A; 1QY0 A; 2G79 A; 1ALB A; 5BVQ A; 3U9P C; 5HZ9 A; 4AZM A; 2WUT A; 2NP1 A; 1TVQ A; 5HZ6 A; 2WEW A; 3FA7 A; 3FEL A; 1OBQ A; 1AB0 A; 2R74 A; 1P6P A; 1NP4 A; 3WXQ A; 1GKA A; 2AT5 X; 1OEK A; 1ZRY A; 2E4J A; 1XCA A; 1T8V A; 4AYH A; 4IB8 A; 3RZY A; 1OBU A; 4GRJ A; 3OJY C; 1BJ7 A; 1IFC A; 5HZQ A; 3G7X A; 5LKF A; 2Q4N A; 4YFQ A; 2QO4 A; 3FMZ A; 3AKM A; 3MVF A; 4M7M A; 3BU1 A; 4ZGU A; 4I3B A; 1R0U A; 1GT5 A; 3QKG A; 1GXA A; 1YWA A; 5K06 A; 5D8J A; 2G78 A; 4N7D A; 4M6S A; 3WJB A; 4AZN A; 2OVE A; 4GKC A; 5DPQ A; 4YGZ A; 1DZJ A; 2RD7 C; 1G85 A; 4QYN A; 4I3D A; 1BRP A; 3P6E A; 4XMH A; 1S2P A; 3BX7 A; 2GC9 A; 5IO7 A; 1IFB A; 3APX A; 4DQ3 A; 3TGC A; 2X45 A; 4EDE A; 3FR5 A; 3MBT A; 4RUN A; 1PMP A; 4YMY A; 1SY1 A; 1B8E A; 3KFG A; 1BSO A; 1RLB E; 5HWZ A; 2HYS A; 3FR2 A; 1VYG A; 4LKP A; 1MVG A; 2YG2 A; 5F6Z A; 2A0A A; 4UU2 A; 1O1V A; 1JZU A; 4XMC A; 3JSQ A; 1EW3 A; 2O62 A; 5HTE A; 4ZHH A; 1QFV A; 1AQB A; 3STK A; 3B2J A; 1EXS A; 4ALB A; 1GT4 A; 3VG4 A; 1CRB A; 5JR8 A; 3CMP A; 1KT6 A; 1G74 A; 1GX8 A; 1OPA A; 1X89 A; 2AT0 X; 2FR2 A; 5H9L A; 3NQ3 A; 5F6B A; 3STN A; 3D97 A; 1QY2 A; 2AT3 X; 3CR6 A; 1OPB A; 2F73 A; 4HPB A; 1MDC A; 1E02 A; 2K23 A; 1EPA A; 4RUU A; 3VG2 A; 3U03 A; 1H91 A; 1I04 A; 3O2Y A; 4I9S A; 4A1Y A; 3C76 X; 2L67 A; 3Q6L A; 1KT5 A; 1LNM A; 2X46 A; 4KII A; 4ORW A; 4HFO A; 2A13 A; 1SY0 A; 2LBV A; 5HA0 A; 2MJI A; 3F9D A; 3SAO A; 1IW2 A; 1GX9 A; 2XKL A; 2W2B A; 2XST A; 4NLJ A; 1YP7 A; 5H9N A; 4CK4 A; 3PPT A; 3NP1 A; 1VYF A; 2LBA A; 1G5W A; 1I05 A; 2FT9 A; 1KT4 A; 1MX7 A; 1CBI A; 3WJC A; 3TGB A; 2HLV A; 4TKB A; 3KZA A; 5H9A A; 3F8A A; 3FEK A; 3P6C A; 3EYC A; 1DZM A; 1SA8 A; 1A18 A; 4NNS A; 1X8Q A; 5HZ8 A; 5H9K A; 4TNN A; 1TW4 A; 4I3C A; 4AW8 A; 1AVG I; 1EPB A; 1LKE A; 2QO5 A; 1U17 A; 3D96 A; 4HPC A; 1QQS A; 3L4R A; 5HCD C; 1ICN A; 2FWV A; 1I4U A; 2OZQ A; 4YH0 A; 4GE1 A; 4ZFX A; 5HA1 A; 5KHP A; 1U0X A; 2FTB A; 2BLG A; 1HQP A; 4OS8 A; 5B29 A; 1FTP A; 2EU7 X; 1BM5 A; 1L6M A; 3ZUI A; 1JYD A; 1TXL A; 3EBK A; 3T1D A; 2CBS A; 3I17 A; 4YCH A; 4GH7 A; 2A3F X; 4MVL A; 2PY1 A; 2JU8 A; 5EDC A; 1IKJ A; 1ZND A; 4LZU A; 1O8V A; 4XMF A; 5D47 A; 1N0S A; 2WR6 A; 2FRS A; 2WWP A; 3ZQ3 A; 3DTQ A; 4ORY A; 2Q39 A; 1GT1 A; 4YKO A; 5D45 A; 2R56 A; 3FA8 A; 1CBR A; 4AZO A; 5LJC A; 3PED A; 1LFO A; 3KFH A; 4AZR A; 1KQX A; 4NP1 A; 3WJG A; 1ML7 A; 1E5P A; 2OVA A; 1E00 A; 1SY3 A; 2JU7 A; 1PEE A; 1FEM A; 1OEE A; 4YKM A; 1NP1 A; 3VG3 A; 3FIQ A; 2NNQ A; 3FEN A; 2AT6 X; 4QAE A; 1BSQ A; 2KT4 B; 1YP6 A; 2LB6 A; 1Z24 A; 3BSZ E; 2LFO A; 2AKQ A; 2Q2P A; 2RCT A; 4ZHF A; 3U0D A; 1SXX A; 3B2H A; 4IAW A; 3WVM A; 4K19 A; 1QAB E; 5FAZ A; 1LIF A; 3I0A A; 1BLR A; 1ACD A; 1JJJ A; 1EQD A; 2CBR A; 2GTF X; 4PSQ A; 4HPA A; 5HCC C; 3BRN A; 2NND A; 1SY2 A; 1VPR A; 3HWF A; 1BSY A; 1X8N A; 1KGL A; 1LPJ A; 5LJD A; 1LID A; 4YDB A; 1DF3 A; 5EPQ A; 3HWD A; 3HK1 A; 4ZCB A; 3APV A; 4WFV A; 4IMO A; 3ZUO A; 4ZJ0 A; 2DM5 A; 1DZP A; 1FDQ A; 1OEJ A; 2HZR A; 3B2K A; 1XKI A; 2A2U A; 3NX2 A; 3FLL A; 3ELZ A; 1ERB A; 4Y0S A; 1BBP A; 1CJ5 A; 4WFU A; 4DQ4 A; 5HBS A; 3ELX A; 1B0O A; 1YWB A; 4Y0Q A; 4AZQ A; 1KOI A; 4TQ2 A; 2L68 A; 4ORR A; 5L8I A; 4ORS A; 4NYR A; 3C77 X; 3C78 X; 1JBH A; 2L5P A; 4ZHC A; 5LKE A; 1LF7 A; 2P8G A; 2IFB A; 2L9C A; 1E06 A; 1GM6 A; 1HN2 A; 4ORX A; 4R0B A; 1D3S A; 1D2U A; 3DSZ A; 5BVS A; 4NLI A; 1YUP A; 2MM3 A; 3JS1 A; 3NX1 A; 1ZNK A; 4A8Z A; 4EFG A; 1DZK A; 2RCQ A; 1TOW A; 1PM1 X; 3RSW A; 3P6G A; 1IIU A; 3D95 A; 3PEC A; 2N93 A; 2CM4 A; 4XMD A; 4TJZ A; 1QWD A; 2W2A A; 5BVT A; 4EEJ A; 3HWE A; 5F7G A; 2GJ5 A; 2KTD A; 1SXU A; 2RA6 A; 1ICM A; 5L8N A; 2WQ9 A; 3B2L A; 1DFV A; 2HZQ A; 3CWK A; 3NR3 A; 5EEE A; 5LJG A; 1GKA B; 3S26 A; 2Q9S A; 3FW4 A; 1NGL A; 5HZ5 A; 4QZU A; 4YDA A; 4ORU A; 1HMT A; 3CQN A; 4ZHG A; 4IBA A; 5F1E A; 5FFH A; 1URE A; 2OFM X; 2FLJ A; 4ZH6 A; 3BLG A; 4QGW A; 3VG5 A; 1KT3 A; 4WBK A; 3BX8 A; 1SXY A; 3FR4 A; 1HMR A; 3FA6 A; 4Y0R A; 3CQR A; 4YFR A; 4OMX A; 1AEL A; 3WJF A; 3IA8 A; 4YFP A; 4OS3 A; 3P6H A; 5HAE A; 3CBC A; 5HTD A; 4IMN A; 3BY0 A; 4OS0 A; 4GNW A; 1ZNH A; 1X8P A; 4QGV A; 3APU A; 5EED A; 1U18 A; 3STM X; 2HNX A; 1EIO A; 3P6D A; 4ALO A; 4TKJ A; 5LJE A; 4QGX A; 5AQ6 A; 3NPO A; 3VG6 A; 5KIC A; 5EDB A; 4ES7 A; 1FEL A; 3KFF A; 4IB9 A; 4I9R A; 1KZW A; 1EII A; 2JOZ A; 4LZV A; 2AMM X; 3PH5 A; 4YBP A; 1DV9 A; 1QY1 A; 1HMS A; 5C0N A; 4EXZ A; 1ZNL A; 1A57 A; 1YWC A; 4YGH A; 3VG7 A; 1ERX A; 2CM9 A; 1OBP A; 3BU9 A; 4ARH A; 2WSJ A; 2CZU A; 2A2G A; 4YCE A; 1G7N A; 1DC9 A; 5H8T A; 5D48 A; 1KXO A; 3WJE A; 4YGG A; 4BQU A; 2FS7 A; 2MO5 A; 5EZ2 A; 4D6A A; 1TOU A; 4LKT A; 2AT8 X; 4Y0P A; 3AKN A; 3UEU A; 3UEX A; 4TLJ A; 4AZP A; 1MX8 A; 1JV4 A; 1X71 A; 4ZR2 A; 3APW A; 2WEX A; 3PH6 A; 1MUP A; 3CBS A; 1PBO A; 1HBQ A; 2JN3 A; 1S7D A; 2LKK A; 4QYP A; 3EMM A; 3K3L A; 5IO6 A; 5CE4 A; 1LIC A; 2OVD A; 2AH7 X; 1S44 A; 3KQ0 A; 3WJD A; 1ZNG A; 1FE3 A; 4IAX A; 1BRQ A; 1KZX A; 1A2D A; 1CBQ A; 1I06 A; 4MVK A; 1EUO A; 4XMG A; 3NQ9 A; 3BDR A; 3NAD A; 3TZS A; 2FS6 A; 5LJK A; 1T0V A; 2R73 A; 2WQA E; 3FEP A; 2ACO A; 2ALL X; 4ODD A; 4YBU A; 1JJX A; 3FW5 A; 3PP6 A; 1X8U A; 1CBS A; 2Q2M A; 3FA9 A; 4OMW A; 4A60 A; 1A3Y A; 3EBW A; 4IB7 A; 2POA A; 2ACP X; 4N7C A; 1EAL A; 5IO5 A; 5KID A; 1ZNE A; 3UEV A; 4TKH A; 4IB6 A; 2W2F A; 4NNT A; 1KQW A; 4D6B A; 2K62 A; 3KFI A; 4UU3 A; 1BEB A; 5D4A A; 1GT3 A; 2QM9 A; 4NYQ A; 3TF6 A; 3TGA A; 4BOE A; 2OFR X; 5HCE C; 3IFB A; 1GGL A; 3BS2 A; 4ZH9 A; 5F58 A; 1IKE A; 2G7B A; 2ANS A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HOE A; 2AL0 X; 2FR3 A; 5B27 A; 1SWG A; 1JQP A; 1FEN A; 1BWY A; 3AEH A; 2BC3 A; 3O22 A; 3B2I A; 4XME A; 4HPD A; 1KT7 A; 5FEN A; 2NNE A; 1QFT A; 1YIV A; 3GAQ A; 4O9S A; 5DG4 A; 1LUQ A; 5IRA A; 3WZO A; 3ZI8 A; 4ZHD A; 4GNY A; 1T68 X; 1LIB A; 5LJH A; 2RQ0 A; 3VE1 A; 1SXW A; 4BVM A; 2CZT A; 1LIE A; 3SLO A; 1B4M A; 1DF8 A; 5AJC A; 4A1H A; 5LJB A; 5L8O A; 1RBP A; 3HWG A; 4KT5 A; 1ADL A; 4O3Y A; 3WBG A; 2ASN X; 3P6F A; 1O1U A; 4CPF A; 2IZI A; 1UZ2 X; 4MVI A; 1YWD A; 2QOS C; 4O3W A; 1JYJ A; 1QG5 A; 2RTE B; 2JU3 A; 3UEW A; 1MOY A; 1X8O A; 4GET A; 1IJ8 A; 3EM0 A; 2QO6 A; 1SRJ A; 4MVE A; 4QZT A; 4BX6 B; 2HMB A; 3HOL A; 3O19 A; 2IZD B; 1B56 A; 1HBP A; 2HKD A; 1QY0 A; 2G79 A; 1ALB A; 4NV7 A; 2OF9 A; 2OVS A; 2RTL A; 5BVQ A; 3U9P C; 1OSP O; 5HZ9 A; 4WHI A; 4AZM A; 2WUT A; 2NP1 A; 1TVQ A; 4MEE A; 5HZ6 A; 2WEW A; 3FA7 A; 4GGT A; 3FEL A; 1OBQ A; 2RTN B; 4I6S A; 3Q34 A; 3VE2 A; 4ZGF A; 1AB0 A; 1P6P A; 2R74 A; 1NP4 A; 3WXQ A; 5IRW A; 1GKA A; 2AT5 X; 1OEK A; 1ZRY A; 2E4J A; 1LCZ A; 1XCA A; 3WZP A; 1T8V A; 4AYH A; 3HPE A; 2WPU A; 4IB8 A; 2BS6 A; 3RZY A; 1JJU A; 5F2B A; 1OBU A; 1NQM A; 4GRJ A; 2RTQ B; 2YMS A; 1BJ7 A; 3OJY C; 4U9C A; 1IFC A; 5HZQ A; 3G7X A; 5LKF A; 3RDS A; 3WYQ A; 2Q4N A; 4ML7 B; 4YFQ A; 4NV8 A; 1AVD A; 2QO4 A; 3ZW0 A; 3FMZ A; 3AKM A; 3MVF A; 4M7M A; 3BU1 A; 4ZGU A; 4I3B A; 1R0U A; 1GT5 A; 4LQZ A; 3QKG A; 3RDU A; 1GXA A; 1YWA A; 4CV7 A; 5K06 A; 5D8J A; 1SLD B; 2G78 A; 4N7D A; 2CAM A; 4M6S A; 1Y52 X; 3WJB A; 3VHI A; 4AZN A; 2OVE A; 4GKC A; 3D9W A; 5DPQ A; 4YGZ A; 1DZJ A; 4OKA A; 4B55 A; 2RD7 C; 1MK5 A; 1G85 A; 4QYN A; 4BCS A; 4BX7 A; 3LHN A; 4I3D A; 4Z6J A; 1BRP A; 3P6E A; 4XMH A; 5B3M O; 1S2P A; 2FGS A; 3SZJ A; 4Y5D A; 3BX7 A; 2GC9 A; 4GDZ A; 3ZWE A; 1IFB A; 3APX A; 4DQ3 A; 5IO7 A; 3TGC A; 2X45 A; 4KC7 A; 4EDE A; 3FR5 A; 3MBT A; 4RUN A; 1N9Y A; 1PMP A; 4GZV A; 3PDF A; 4YMY A; 4I60 A; 4O3X B; 1SY1 A; 4C5P A; 1B8E A; 3VHH A; 3KFG A; 1BSO A; 1RLB E; 3S5V A; 5HWZ A; 4Y59 A; 2IZJ A; 2HYS A; 1SWE A; 1VWO B; 3FR2 A; 2IZC B; 5CYB A; 3T6L A; 1VYG A; 4JHQ A; 4LKP A; 4U8U O; 3CKG A; 1MVG A; 1SRI A; 1Y9T A; 2YG2 A; 2IZF B; 2A0A A; 4UU2 A; 1O1V A; 5F6Z A; 4JGL A; 3P24 A; 3SOT A; 1JZU A; 4XMC A; 5JD2 A; 3JSQ A; 1EW3 A; 2O62 A; 5HTE A; 4ZHH A; 1QFV A; 1AQB A; 3NBX X; 3STK A; 4ID2 A; 3WZQ A; 3B2J A; 1EXS A; 4ALB A; 1GT4 A; 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