4AZYA

Design and synthesis of bace1 inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides (compound 10)
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Design and synthesis of beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme (BACE1) inhibitors with in vivo brain reduction of beta-amyloid peptides.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4azyA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4azyA02
2O4LA 1EBYA 5ISJA 3BUFA 3HD8A 4EYRA 1CPIA 4RCDA 2V11C 4Y3EA 4L6BA 2NXMA 5OZSA 3LIZA 5P61A 1GVXA 1TCWA 4DJUA 1FGCC 1EPOE 3DCKA 5P0TA 5DGUA 4HDFA 5SY2A 1MVPA 2ZE1A 3EKWA 1LYBA 5P7OA 1OHRA 5I3WA 5P8JA 5P66A 5P1EA 6UPJA 2HIZA 5P6ZA 2BPWA 3EM4A 3I2LA 5HD0A 5P8SA 2IS0A 3VLBA 1GNNA 5OYSA 3TKWA 2I4VA 4YD6A 4DQGA 4QJ8A 1XL5A 2QK5A 3L5CA 4HEGA 5P52A 4J54A 3INEA 1DW6C 4Y3LA 1QBRA 2OHQA 5P4OA 2OHUA 3UDHA 4MC6A 3U71A 2NNPA 5P0BA 5OYRA 5P6PA 3VSXA 2AOGA 4Y3XA 5AHBA 3ZKQA 4HZTA 2XYFA 3O9GA 3OUAA 2F81A 4FRIA 4GJBA 3ZLQA 4IVSA 3KDCA 4S1GA 2ER6E 1HTEA 1YX9A 5P7TA 1J71A 4BFBA 2RSPA 2ZYEA 5OZVA 3B80A 1IZHA 3QBHA 5P86A 4FIVA 3I7EA 3OU4B 1NPAA 2RKGA 4OD9A 4YCTA 5P4HA 2QMPA 3F9QA 5OZMA 5P82A 5P6WA 5OZXA 4Y5AA 2PWRA 3LHGA 4R95A 3EMYA 3Q4BA 1HHPA 4YD7A 4B0QA 1AJVA 2B60A 5IVRA 2BPZA 5P0PA 5P0QA 5P53A 3OUBA 3CKRA 3VF3A 2BKSA 5P1BA 1D4SA 5P6AA 2AVVA 2G1YA 2QMDA 1SMRA 3BVBA 5HE7A 3GI6A 3TLHA 5KQXA 4LL3A 1T6GA 3PWWA 4LXMA 1APVE 2I4DA 5OZAA 3S7LA 1LV1A 1FFIC 3SA3A 2PYMA 1FMXA 1XN2A 4B77A 2PSVA 5OZUA 4Y9WA 1ZSFA 4DJOA 5P0AA 4F76A 3KYRA 4MC2A 3LIXA 1Z1RA 5P09A 3NDWA 2V10C 4APEA 3FNTA 1GNMA 5P54A 1T3RA 4D8CA 1EC0A 5P42A 4Y3JA 5IE1A 1E5OE 5P06A 5SXNA 5P38A 4OC6B 4GJCA 3FNUA 3TOGA 4J5JA 5JFUA 1W5VA 5DGWA 2V13A 1W5YA 4B78A 5ENKA 5P7MA 1MEUA 5P2FA 1BV7A 5P0YA 4ZPEA 3NU6A 1T7KA 4EWOA 5BS4A 5P65A 2BPXA 4MC9A 5P28A 3DV1A 3EC0A 3O9LA 3TOFA 3IAWA 3PLDA 4I0JA 5P7WA 1UH7A 2ZJMA 4PZXA 4XX4A 3NUJA 3OTSA 4OBDA 4FL8A 1HSGA 3SA6A 1U8GA 5EZXA 1EPNE 4F75A 5P7IA 3UQUA 4Y4DA 3UHLA 1T7IA 3VUCA 1FQ5A 4B1DA 2I4WA 5P3NA 5P48A 1LYWA 2VIZA 3GGXA 1C70A 4Y3WA 3SM2A 5P04A 4HVPA 5IS4A 1YTHA 4FM6A 1HPVA 5P2XA 5P5AA 2J9JA 4B00A 4EXGA 4ZLSA 5P0LA 5P2ZA 5P8IA 3S45A 1M43A 2ER0E 3KDDA 5AHCA 2OF0A 5P3UA 3T11A 1QRPE 3NXNA 5P64A 3T3CA 4YOBA 1BWBA 4ZSMA 1BBSA 5P7AA 4EHCA 1AIDA 6FIVA 5P1NA 4RZ1A 1K2CA 5KQFA 2QNPA 5P6HA 1YT9A 1WBKA 3H0BA 4B1CA 3OU1A 1YM2A 3R4BA 1GVVA 3CICA 3EL0A 4FCOA 4YDFA 2QHYA 5IVTA 3GGVA 5OYVA 4ER2E 1ME6A 1IBQA 5P39A 4L7JA 1UH9A 3JVWA 4ZPFA 5P74A 4I0FA 3K5GA 3WSJA 5DR8A 5OZ2A 4Y3TA 5I3VA 5P1TA 3UDMA 3S7MA 3KMXA 2IKUA 5P4AA 3SM1A 2ZJNA 3O99A 3HVPA 2JYSA 3PWMA 5P45A 4NPTA 5P7QA 2AOIA 1UH8A 3KT5A 3OXVA 1YTJA 2PSUA 1FIVA 2QI5A 2AIDA 3C9XA 5P3EA 5E5KA 1DMPA 4LHHA 5P24A 4HDPA 3OQDA 1B6LA 4R93A 2I1AA 4FAFA 4B05A 5P2MA 5P3HA 1VIKA 1IZDA 3BVAA 1HPXA 5P4YA 3WB4A 3SKFA 3O9FA 5P60A 2VNMA 1IZEA 5DR0A 3OQKA 2WECA 5P4XA 3L3AA 3T7XA 5P7ZA 3HVGA 5DQ4A 4WY6A 3TPJA 3SO9A 2FDPA 3SA5A 4GJ6A 3PCZA 4BEKA 5P2OA 4Y48A 5P7EA 5P4GA 3HLOA 1PSNA 3PWRA 2IENA 3D1ZA 4LXAA 2VA7A 3PSGA 4Y3PA 2HAHA 1MIQA 3BGBA 4RVJA 2QI4A 2Q5KA 3OOTA 1HSIA 2QD8A 3HZCA 4NJVA 3TKGA 3NSHA 1HTFA 3SPKA 3ZPUA 2QP8A 4Y50A 5P81A 5P0KA 1BV9A 4Y5EA 2ER7E 5P1VA 4Y53A 4N00A 2Z54A 4M8YA 3JW2A 2QAKA 3LPIA 5P0UA 2NNKA 3H5BA 5P0EA 3VFBA 5P2AA 2ANLA 2BKTA 4J0PA 4GIDA 5OZNA 2R38A 2PH8A 2UY0A 1PROA 1D4LA 1B6PA 4PYVA 3KDBA 5P4IA 3ZKXA 1D4HA 4RLDA 2G69A 5KR8A 5P2KA 5OZLA 3QAAA 5P07A 2ZJKA 5P6XA 1K6TA 2WF4A 4GYEA 3NU9A 3BXRA 1FFFC 3LZSA 3LINA 3UQWA 2F3EA 1KJFA 5OZQA 5P46A 2NMYA 5JFPA 3BRAA 4Y57A 5P85A 4J1FA 5P8QA 4RCFA 3ZKIA 2H6TA 2P3DA 2QI0A 5P0GA 4ER4E 5ENMA 5P1KA 1IIQA 1E81E 3DCRA 3SA9A 5OZWA 4RCEA 4Q1YA 4Y4UA 4Y3MA 1LYAB 3HDKA 5P5VA 1IDBA 4YCYA 3PVKA 3LIVA 5PEPA 5P8TA 5P8OA 3INDA 5P5KA 3UCBA 3ZMGA 4GJ8A 5OZHA 1BXQA 5P1SA 5P30A 5P7RA 3NWQA 4I0IA 3L5DA 5C9BA 3ZKMA 1SDTA 5HDXA 2PK5A 1APTE 3B7VA 4DI2A 3LPKA 4QJ2A 5P5YA 4DQBA 5P59A 2B8LA 3IN4A 2I0AA 1MTBA 1SDUA 1LYBB 3NLSA 5P19A 2I4XA 3IGBA 3UFNA 1B6KA 4I8WA 5P36A 4YD3A 1HIHA 3UDRA 5P0NA 2OAHA 1G6LA 5P8CA 4KE0A 2Q55A 5P5FA 5P2YA 3EL9A 2OHKA 2UXZA 4QGIA 4DQFA 1C6YA 3O9EA 2G1OA 1AXAA 5COOA 3DM6A 4FS4A 1MUIA 3R0WA 4CKUA 3T7PA 3TPLA 2G1SA 5DR1A 3ZL7A 1MT8A 5P11A 3G72A 2QZXA 3QRMA 4ZSRA 4OBGA 3ECGA 5P4UA 2G94A 5ISKA 4I0GA 5P4TA 4I1CA 3PLLA 3SACA 5P89A 5P8EA 5OYWA 1KJHA 3NWXA 3VV6A 5AH7A 3D20A 2WF1A 1FQ6A 2P83A 3RSVA 5P22A 5P41A 3LIQA 2IRZA 5IVSA 4Y3RA 4DJVA 4COEA 3UDKA 3EM3A 3HAUA 4FGXA 1BXOA 3KFSA 5OYQA 2VJ6A 5P12A 4I0EA 4H3JA 1EC3A 1EEDP 1SGUA 5P3RA 4Y3HA 1HXWA 1B5FA 5OZOA 1EPRE 4DPFA 4Y37A 5P71A 3G70A 5P8LA 1RNEA 5P29A 2IL2A 2VKMA 3OADA 4L1AA 3QVIA 2WL0A 3S43A 5OZ1A 5P3BA 7HVPA 5OZJA 1SGZA 4OBKA 5T4SA 4EJDA 3OXXA 5P3GA 3BHEA 3O9CA 4Y3AA 3EL1A 4Y54A 3EKTA 5P88A 1HTRB 1DPJA 2FMBA 3VFAA 3FNSA 4OBZA 4OBJA 5P7BA 1HBVA 5P6LA 2Q3KA 2NR6A 3INFA 4J0YA 1ER8E 2AVSA 3PEPA 2R5PA 5F00A 2I4QA 1EPQE 4YBIA 5P5RA 5P18A 3JVYA 5P0RA 3SABA 5P62A 5P5SA 2ZHUA 5P5IA 4ACUA 3CYWA 5OZ5A 5P16A 1NH0A 1W6HA 4Z2ZA 3ZPTA 5P3AA 2VIEA 3QIHA 4H3IA 1PPKE 2OHTA 2FXDA 1K6VA 6APRE 3L59A 2I0DA 1CZIE 3OQAA 4J1CA 5P5XA 3MSLA 5OZ8A 3MXEA 4DJXA 2Q64A 4Y5LA 3O9LB 1WBMA 5P4LA 5P27A 3O9AA 5P1FA 1GNOA 4Y47A 2P3BA 3VLAA 2VIJA 5P58A 1G35A 3S56A 1C6XA 5FIVA 1G2KA 1W6IA 5P63A 2AZBA 5P0FA 2FNTA 1K1UA 1XE6A 2PMAA 2P4JA 5P7UA 3TL9A 5P0OA 5P2IA 5P7XA 3URJA 3HBOA 3Q6YA 2O4PA 4JP9A 1AM5A 1LYWB 5P6KA 1QDMA 5P7YA 5OZCA 3G6ZA 4X7IA 5UPJA 1HVSA 2HPEA 5P40A 3PHVA 2VA5A 2J9JB 2BPYA 3EKQA 1KJ4A 2WKZA 3NU5A 1F7AA 3CYXA 4WY1A 5P43A 5P4SA 4DJRA 1B6JA 2JJJA 2QHCA 2Q54A 2QI7A 5OZTA 3GW5A 5P1QA 5AH6A 5KR0A 4FSEA 4Y4GA 4R91A 1QS8A 5P1YA 5P4FA 5P50A 2XYEA 2PSGA 8HVPA 3KM4A 4ZIPA 2V00A 5P8HA 5P73A 2WF2A 3OU4A 1META 3KFPA 5P79A 4Q1XA 5E5JA 3LIYA 5P3PA 1MPPA 5KOQA 4AA8A 5P4RA 3N3IA 2IDWA 4TRYA 5OZIA 2FDEA 3RTHA 1MT7A 4NPUA 1LF3A 4RROA 4IVTA 1YG9A 2QD7A 3CIDA 1OEWA 3EL4A 2WEAA 5P0WA 5P5DA 2OHSA 1XDHA 2G24A 2B42A 1ZAPA 3DUYA 1HPOA 3PCWA 2BQVA 5DQ5A 5P8MA 3O9DA 5P5NA 2I4UA 4HDBA 1AJXA 3K5CA 4L7HA 2ZHSA 2QZKA 3NYGA 3M9FA 4OBHA 2NPHA 4E43A 5P33A 3GI5A 3T7QA 2IKOA 1C6ZA 5SY3A 1QBUA 3NDXA 5P78A 5OZ4A 3OGPA 1OD1A 5P31A 3VG1A 1EBWA 2UPJA 1HEFE 5P49A 1FG6C 5P7HA 2XFJA 4Y3YA 4EQ0A 4YDGA 3SA8A 2FS4A 3NUOA 3NXEA 2NTRA 3EM6A 5HDVA 3EL5A 3PM4A 3UQXA 5P3WA 1EPPE 1ZLFA 3VSWA 3INHA 1W5WA 5P3TA 5P2CA 1B11A 2QU3A 1FG8C 1GKTA 1APUE 4J1IA 4DQCA 2BPVA 5CLMA 4DJYA 4J55A 5P6TA 2RKFA 5P6SA 3OUCA 4Y43A 5OZGA 3WZ6A 4B70A 3OWNA 3WB5A 2FLEA 5BRYA 4M8XA 4EQJA 4I12A 2R8NA 5P80A 1HRNA 4EP2A 3SLZA 5P2EA 1K6CA 4Y36A 4K4QA 4PPHA 4HE9A 4PHVA 3L38A 2BBBA 2G27A 4A6CA 1DAZC 2WF0A 2FGUA 2O40A 5P2UA 5P4NA 1BILA 1TCXA 9HVPA 3DV5A 5P2SA 5P2NA 4J1EA 3PBZA 1XE5A 5ER1E 5P4DA 4XKXA 1FB7A 3VV8A 5OYTA 1XL2A 4J0ZA 3QN8A 3OY4A 1QBTA 5P56A 3TTPA 5I70A 4GJ5A 5P83A 4DFGA 4UPJA 3K5FA 5CONA 5P10A 2ZJJA 5P0MA 5P47A 1PPLE 2F80A 3OU3A 5P34A 5P76A 3PI5A 5KQZA 4QJ7A 1TQFA 3PSUA 4FRJA 1HIVA 5P2QA 1E80E 1HVCA 3I25A 1LEEA 3SFCA 5P6QA 4DVFA 5P5GA 5P75A 1MESA 5P3SA 2OHNA 3S8IA 5P0XA 5P3CA 5P8FA 2QMFA 4WTUA 5OYZA 5P4QA 5P0ZA 2ZJIA 5P5QA 1HVHA 4D89A 1BVEA 3FV3A 2AOHA 5P1RA 5P4WA 3S54A 3PJ6A 4DJPA 2HB4A 4GJDA 2AVOA 5AH9A 5P5MA 2Q63A 5P6CA 2R43A 2AOJA 2B8VA 3CMSA 1HPSA 3URLA 5DQCA 5P4BA 4Y51A 5P2BA 3QROA 3OHFA 5P8PA 3OUDA 4JPCA 3OAGB 4BELA 4Y3FA 3SA7A 3KFRA 4YCKA 5P0HA 3LZUA 4LP9A 4XX3A 1DP5A 5DQ1A 5KR1A 3L58A 5P7PA 2HC0A 5OZ7A 5HCTA 1LZQA 3GI4A 4LBTA 4D83A 2V16C 2VIYA 5P8UA 5P5OA 5SZ9A 1DIFA 2HM1A 1K1TA 3VF5A 3WZ8A 5P08A 5P1ZA 5P2WA 1MRWA 2J9KA 2ASIA 4JPEA 5P05A 2NXLA 4J0TA 3WZ7A 2OHMA 5P17A 1MSNA 1RV7A 2B7ZA 4X2LA 1W51A 5P3XA 5P1UA 5AGZA 4AUCA 1PSAA 2H6SA 3NR6A 4GJ7A 2G20A 4ZSQA 1ODWA 3UPJA 2JE4A 5P6GA 5OZ6A 5AHAA 4JECA 2WF3A 5HDZA 5OZKA 5C9DA 4CP7A 3IXOA 3UDYA 2EWYA 4Y5MA 4Q1NA 1EAGA 4DV9A 3PI0A 1B5FB 2ZHRA 3IN3A 5OZ0A 1HEGE 1RPIA 3VF7A 4Y45A 3TH9A 2QI1A 2P3AA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O4L A;  1EBY A;  5ISJ A;  3BUF A;  3HD8 A;  4EYR A;  1CPI A;  4RCD A;  2V11 C;  4Y3E A;  4L6B A;  2NXM A;  5OZS A;  3LIZ A;  5P61 A;  1GVX A;  1TCW A;  4DJU A;  1FGC C;  1EPO E;  3DCK A;  5P0T A;  5DGU A;  4HDF A;  5SY2 A;  1MVP A;  2ZE1 A;  3EKW A;  1LYB A;  5P7O A;  1OHR A;  5I3W A;  5P8J A;  5P66 A;  5P1E A;  6UPJ A;  2HIZ A;  5P6Z A;  2BPW A;  3EM4 A;  3I2L A;  5HD0 A;  5P8S A;  2IS0 A;  3VLB A;  1GNN A;  5OYS A;  3TKW A;  2I4V A;  4YD6 A;  4DQG A;  4QJ8 A;  1XL5 A;  2QK5 A;  3L5C A;  4HEG A;  5P52 A;  4J54 A;  3INE A;  1DW6 C;  4Y3L A;  1QBR A;  2OHQ A;  5P4O A;  2OHU A;  3UDH A;  4MC6 A;  3U71 A;  2NNP A;  5P0B A;  5OYR A;  5P6P A;  3VSX A;  2AOG A;  4Y3X A;  5AHB A;  3ZKQ A;  4HZT A;  2XYF A;  3O9G A;  3OUA A;  2F81 A;  4FRI A;  4GJB A;  3ZLQ A;  4IVS A;  3KDC A;  4S1G A;  2ER6 E;  1HTE A;  1YX9 A;  5P7T A;  1J71 A;  4BFB A;  2RSP A;  2ZYE A;  5OZV A;  3B80 A;  1IZH A;  3QBH A;  5P86 A;  4FIV A;  3I7E A;  3OU4 B;  1NPA A;  2RKG A;  4OD9 A;  4YCT A;  5P4H A;  2QMP A;  3F9Q A;  5OZM A; 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 4GID A;  5OZN A;  2R38 A;  2PH8 A;  2UY0 A;  1PRO A;  1D4L A;  1B6P A;  4PYV A;  3KDB A;  5P4I A;  3ZKX A;  1D4H A;  4RLD A;  2G69 A;  5KR8 A;  5P2K A;  5OZL A;  3QAA A;  5P07 A;  2ZJK A;  5P6X A;  1K6T A;  2WF4 A;  4GYE A;  3NU9 A;  3BXR A;  1FFF C;  3LZS A;  3LIN A;  3UQW A;  2F3E A;  1KJF A;  5OZQ A;  5P46 A;  2NMY A;  5JFP A;  3BRA A;  4Y57 A;  5P85 A;  4J1F A;  5P8Q A;  4RCF A;  3ZKI A;  2H6T A;  2P3D A;  2QI0 A;  5P0G A;  4ER4 E;  5ENM A;  5P1K A;  1IIQ A;  1E81 E;  3DCR A;  3SA9 A;  5OZW A;  4RCE A;  4Q1Y A;  4Y4U A;  4Y3M A;  1LYA B;  3HDK A;  5P5V A;  1IDB A;  4YCY A;  3PVK A;  3LIV A;  5PEP A;  5P8T A;  5P8O A;  3IND A;  5P5K A;  3UCB A;  3ZMG A;  4GJ8 A;  5OZH A;  1BXQ A;  5P1S A;  5P30 A;  5P7R A;  3NWQ A;  4I0I A;  3L5D A;  5C9B A;  3ZKM A;  1SDT A;  5HDX A;  2PK5 A;  1APT E;  3B7V A;  4DI2 A;  3LPK A;  4QJ2 A;  5P5Y A;  4DQB A;  5P59 A;  2B8L A;  3IN4 A;  2I0A A;  1MTB A;  1SDU A;  1LYB B;  3NLS A;  5P19 A;  2I4X A;  3IGB A;  3UFN A;  1B6K A;  4I8W A;  5P36 A;  4YD3 A;  1HIH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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