4B05A

Preclinical characterization of azd3839, a novel clinical candidate bace1 inhibitor for the treatment of alzheimer disease
Total Genus 102
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
102
sequence length
389
structure length
371
Chain Sequence
KGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHDEFRTAAVEGPFVTLMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title Discovery of AZD3839, a potent and selective BACE1 inhibitor clinical candidate for the treatment of Alzheimer disease.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 102
structure length 371
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b05A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b05A02
5P70A 3INFA 4Y4XA 5P72A 5COPA 4Y5AA 5APRE 1A30A 5P6VA 4APRE 4Y53A 3SA9A 3IXJA 1META 1MSMA 5P40A 1SMEA 3QROA 1SP5A 2F3KA 4Y50A 3VFBA 3LZUA 1ZSFA 5JFPA 1ME6A 3WB5A 1LS5A 5P3RA 1D4HA 5P8DA 5P6BA 3LITA 1HVJA 5P13A 2ZHVA 2O4LA 2G1RA 3OAGB 3HAUA 4PYVA 3G70A 5P4ZA 3NDUA 4D89A 5HE5A 1B6KA 5P6PA 3KYRA 4B1CA 4Q1WA 3H5BA 2JE4A 4Q1NA 3RSVA 2WF4A 5P3SA 1C6ZA 5P7NA 4A6CA 4FAEA 3S85A 3QP0A 1C6YA 4Y5LA 4CPQA 1EPQE 3NXEA 3VSWA 3VYEA 4B1DA 1EPLE 5P78A 5P26A 1YTJA 2QZWA 5OZEA 2IQGA 5JG1A 1AXAA 2JJIA 5DR4A 5P7GA 4FM8A 1A8GA 1M4HA 2SAMA 3S56A 2QZLA 4ZIPA 5P6SA 4CMSA 5IS4A 3O9CA 4Y47A 3D1YA 4J0TA 4ZPFA 3PBDA 5P02A 4RVJA 2FDEA 3TPPA 3TLHA 4OC6A 4I0IA 2HB3A 5P80A 5KOSA 2OAHA 5OZ4A 5P4FA 4YOAA 3L5EA 5OZ7A 5P4VA 5P2IA 3UPJA 1APUE 5P34A 4Y3AA 3ZPTA 5P4SA 5P3EA 1FQXA 1NPVA 3BUGA 3BVAA 5P7JA 1AM5A 5P5DA 5KR1A 4H3GA 2VA7A 5P2NA 5P7RA 1EBYA 1FG8C 2PYMA 1GVUA 5CLMA 1FQ4A 5P5WA 3PLLA 2Q55A 1MT9A 3NU3A 5P5YA 2AVQA 1W50A 2FIVA 1ZAPA 3NU5A 3QRSA 4MC9A 5P6TA 1W6HA 4ZSRA 2VJ7A 5OZMA 3GW5A 3LIZA 3UDNA 4GJDA 1LF3A 3DM6A 2BPZA 3O9GA 5OYWA 4RGHA 1HIIA 4Y41A 1K1TA 5BRYA 4LXAA 3D1XA 4Y3QA 5P3AA 6UPJA 3OUAA 4Y54A 4AMTA 5P5FA 5P29A 4J55A 4AA8A 3VV6A 1HSGA 2P3BB 1HEFE 1MPPA 5P6UA 5P25A 5OYUA 1B6JA 4J1IA 4Y5CA 3VF5A 1HTFA 4DPFA 2B8VA 1W5WA 1BXOA 3S7MA 3SA5A 2APRA 1BILA 3N3IA 3TKWA 4QJ8A 4DJQA 4DUSA 2WJOA 4CKUA 3UFNA 4Y45A 5P81A 5OZLA 1TSUA 3GGXA 2BPYA 1ZPAA 5P3NA 3S7LA 1UH7A 2G21A 4LHHA 2AOIA 1TCWA 5P3TA 4F76A 1MRWA 3AIDA 3ZKXA 5P19A 3VV7A 4EJDA 1GKTA 2PWCA 2I1AA 3O9FA 2J9JB 4NKKA 4U7VA 4GJ9A 5P8OA 1VIKA 3EKPA 2Q64A 3O9EA 4XKXA 3L5DA 2HM1A 1BDLA 5P7PA 3URIA 3MSKA 3BC4A 3TOHA 5P64A 4QLHA 2AVOA 1IZHA 1K2BA 5HVPA 1PSAA 4ZEAA 1BV9A 3OHFA 3T11A 5P0GA 5P5PA 5E5KA 5P2JA 2NMZA 3MXDA 2F80A 1OD1A 5P74A 1YTGA 5DQ4A 1FQ5A 5P15A 2OHSA 5P3PA 5AHCA 5P8JA 4Y35A 5OZWA 1MSNA 4YDGA 1TQFA 3VF3A 3LZYA 5P8VA 4Y3GA 5P69A 2ER9E 4J0PA 1XN2A 5P48A 2G26A 4YDFA 2FLEA 1NPAA 1XL2A 3L59A 3QPJA 5P0YA 3KMXA 5P24A 5P66A 1APWE 1GNOA 2AOGA 1W5YA 2BBBA 5P5TA 5P2ZA 2ZHTA 3OUBA 3S53A 3LIXA 3MXEA 1FMBA 3OUDA 2FNSA 3O9IA 5P28A 3SABA 2UY0A 3G72A 9HVPA 3Q4BA 5P51A 4PZXA 2HC0A 5P7BA 1FLHA 5P0SA 5P7KA 4XXSA 1BWAA 2OHNA 3S43B 5P8IA 4R5NA 3Q70A 3PMUA 2V13A 4MC2A 3CKRA 1KZKA 1MT7A 4ZSPA 4YCKA 3SAAA 5OYVA 2I4DA 3I25A 4ZSQA 4J1KA 1AIDA 5P0QA 5P0FA 5OZ3A 4CP7A 4Y4TA 1EPOE 4D88A 1D4KA 5P8BA 4Y4BA 5P7SA 1KJ7A 4EHCA 2HS1A 5AH9A 1SGUA 1W5XA 3NYGA 3I6OA 2JYSA 1EC0A 3OHHA 5P4KA 5P1IA 1NSOA 5DR3A 1OEWA 2BPXA 2PC0A 3IN3A 4H3FA 3OU4B 3SA4A 5KOQA 6FIVA 2QD7A 2RSPA 3OK9A 3LIYA 5P7FA 2J9KA 4DQFA 3PWMA 4ACXA 2JXRA 5P7AA 2ZJLA 1FG6C 3Q5HA 3NR6A 2OF0A 5HCOA 5P12A 4Y5EA 5P56A 1FFIC 4H3IA 1HXWA 3TPJA 1BXQA 4FL8A 7UPJA 2AOFA 5P06A 5HU0A 2R9BA 5P2SA 4I12A 5ER2E 4L7JA 3HVPA 5P3WA 5P6MA 3BUFA 3ZKNA 1HEGE 3FIVA 2BKTA 4DQCA 3UF3A 1YTHA 2OHLA 3BXRA 3UCBA 4J0YA 3WZ7A 1ODXA 4HE9A 5F01A 4I0GA 4WY6A 3SKFA 2ER7E 5P01A 5P2AA 2VS2A 5P68A 1WBKA 5I3WA 5P5RA 1HSHA 3MWSA 5P32A 3EKWA 5P0PA 3ZKIA 5P53A 2WEZA 1FGCC 2VJ9A 3NU6A 5HE7A 5P37A 1C6XA 1BVGA 3L5FA 5P7EA 3L58A 3KFRA 3WZ8A 5P58A 3KA2A 5P1DA 5P3VA 4ZLSA 2HS2A 3OU1A 4Y5KA 2JJJA 3PVKA 2RKGA 3LPIA 4L7GA 4J1FA 5P0EA 4DJWA 4HDBA 3OTYA 5P84A 2A4FA 3KT2A 4BELA 4LXMA 3G6ZA 5P0TA 2VIJA 5P3GA 5P8SA 3EMYA 2FDPA 2G1YA 5KR2A 4AUCA 5P22A 3DOXA 3UDYA 3M9FA 5P4IA 3KDDA 1E82E 5P3YA 5P1HA 2Q15A 5P57A 3QBHA 4Z50A 1D4IA 4CPUA 3KM4A 4QJAA 5P2RA 3KMYA 5OZYA 5P4UA 5OZRA 4Y51A 5P65A 4I0ZA 2IKOA 1U8GA 5I3XA 4BFBA 5P8TA 1G35A 4TVHA 5P87A 5OZ0A 3TOGA 4Y3DA 4GJ6A 5P8AA 5P36A 5I70A 1FQ8A 2H6SA 1M43A 5SZ9A 5COKA 5P03A 4OC6B 4Y57A 1B11A 5EZZA 2P8HA 5P16A 3FNTA 4U8WA 2NXMA 4YA8A 5OZ9A 4L7HA 5HCTA 5P6IA 4LP9A 5P8GA 5P3MA 5OZIA 5B18A 1EEDP 2QI3A 3CKTA 2PK5A 2VNNA 1CPIA 4R92A 3TL9A 5P8EA 3EKVA 2P3AA 3GGVA 5OZ2A 5P3DA 5CONA 2P4JA 4OD9A 3FSMA 5P4CA 1IVQA 5P0WA 4NPTA 5AHBA 5P3KA 3MSLA 2I4UA 1LYBB 2F81A 1BVEA 5P2EA 5P38A 5P6XA 5P62A 2AIDA 3I8WA 1T6EX 1HOSA 1FMXA 2FXEA 2G20A 3FV3A 2B8LA 4CPRA 5I3YA 3KT5A 4Z22A 4D8CA 3B80A 3OQ7A 3EM3A 3NU4A 3VCMA 1HTGA 5P49A 3OXVA 3UDRA 3QAAA 2QU3A 5P7YA 5P7XA 3T6IA 3NDXA 4Y3JA 5P85A 5P30A 1HPOA 1LYWA 3O9AA 3BHEA 4I10A 1QBTA 2NNPA 3LIVA 5OZ1A 3VG1A 3B7VA 3A2OA 3DV1A 4FRJA 5P5CA 4Z4XA 3FKTA 3H0BA 1ENTE 4Y5NA 4RRNA 3T7PA 3BGCA 2IRZA 1EPNE 5AH6A 1HPVA 1ZTZA 2QHZA 2QP8A 1IZEA 4Y4UA 5P0HA 1DPJA 4L1AA 4YHQA 5P8FA 3EL9A 4APEA 2ZJMA 1MTBA 5KQFA 3QVIA 4GJ7A 4ZE6A 1HWRA 4DJVA 2HAHA 2P3DA 4FLGA 1LF2A 2R3TA 4DQGA 1E5OE 3S45A 3SACA 2I0DA 2OHTA 5P6NA 1PROA 3URLA 3HD8A 4ZPGA 3PRSA 1YT9A 1EC3A 5P77A 2PSGA 5P5BA 2IEOA 4N00A 5P89A 1SDVA 2ZJIA 1B6LA 1TCXA 5P6JA 4DQEA 3NDWA 2Q5KA 1M0BA 1IDBA 2RKFA 4FSLA 5OYZA 3APPA 3VFAA 3L3AA 4EP3A 1RNEA 3IVHA 1BAIA 2ZHSA 5P6CA 5OYTA 4RROA 5P42A 1DAZC 1PPME 2OHPA 3HBOA 4Y3WA 3DCRA 1C70A 4Y3NA 2OHMA 2Z54A 4EJ8A 5PEPA 3VYDA 3Q6YA 5P8MA 5P20A 2QZXA 5P1FA 5IVQA 2VIYA 5P73A 2AOJA 2MIPA 5P0BA 4BEKA 3ZKSA 5JODA 5IE1A 4ZPEA 3SO9A 3R4BA 3ER5E 1G6LA 1T6GA 4K4QA 5P2TA 3OXWA 3QI1A 4A6BA 3L5BA 1ODWA 4Y9WA 2ANLA 1HVIA 5P1QA 5P5SA 4HA5A 5P7TA 4JOOA 3T7QA 1AAQA 2V12C 1MERA 1OEXA 1CZIE 5P52A 3PSUA 4Y4AA 1APTE 4K9HA 5P7OA 5P71A 2PH8A 4FIVA 3IGBA 2QI5A 4RLDA 5P8QA 3U7SA 4YD5A 4LC7A 4AZYA 3O9BA 5P45A 1K6PA 4RCEA 5OZKA 4ACUA 1LF4A 1JLDA 2ZJNA 5P6YA 2WEAA 3D3TA 5OZXA 5P1EA 3EL0A 5TOLA 3IN4A 5P6AA 1Q9PA 4FGXA 1SIVA 3QIHA 4J1HA 5E5JA 4EJLA 1QBSA 5P0DA 3QRMA 5P5JA 4YCYA 2R3WA 4B1EA 5KQXA 5P5NA 5JFUA 3PSYA 1IVPA 2WF2A 4NJVA 3OAGA 1EBWA 4RCDA 3BRAA 3OU3A 1SBGA 5OYYA 1VIJA 1N49A 4PHVA 1SGZA 5P6RA 3OQAA 4Q1XA 2QMGA 5P3UA 4IVTA 1FQ6A 4WTUA 1EBZA 2VA5A 5P0JA 5P1TA 5EZXA 1DP5A 5OYRA 2IENA 3U71A 2R43A 5KAOA 5P5KA 3L5CA 5FIVA 5P7QA 3ZL7A 5P5EA 5P07A 3NUJA 3WB4A 5P0ZA 1GVXA 1LZQA 4HZTA 4Y4GA 5P2WA 5OZPA 4GJCA 3K5GA 3ZKQA 4DJPA 2QMFA 3D91A 2HPEA 5P7DA 1QS8A 3R2FA 2I0AA 4I0DA 4MC1A 5OZCA 5IVSA 2BKSA 5P3LA 3LHGA 3C9XA 5P3ZA 3VLBA 4FCOA 1Z8CA 5OYXA 3SA6A 5DGUA 4B05A 4HDPA 3PLDA 5P6OA 1HPXA 4U7QA 4DFGA 4H3JA 5P1LA 4Y4WA 5P4OA 4FS4A 4COEA 4F74A 3OADB 3PBZA 5BWYA 1AZ5A 1EPME 1FEJC 5P4JA 1Z1HA 3QS1A 3S8IA 3FX5A 1RPIA 2O4PA 1HHPA 5P5MA 1EPPE 1RL8A 2R5PA 3ZLQA 4EYRA 3NXNA 4OBFA 1IZDA 2QD6A 2QI0A 5P27A 4YD7A 3PMYA 5P35A 5KR8A 4LAPA 5P0OA 3I2LA 3ZPUA 1NH0A 1KJFA 1QBUA 5P7UA 5P2HA 4FE6A 2QU2A 4KE1A 3D1ZA 3OQDA 3CICA 1PPLE 4FM7A 1YM4A 4EWOA 2XFIA 3D20A 1GVWA 2OHRA 4M8YA 1SDUA 1TZSA 5P5VA 4WY1A 4GJ8A 3CYWA 5P1KA 5P75A 3PM4A 3UQPA 5OZGA 5P6WA 5HDUA 5KQZA 5OZAA 1PSNA 1IIQA 2QZKA 5P2MA 5ENKA 3R0YA 1RQ9A 4NJTA 3R1GB 2AZBA 2QCIA 1ZLFA 1T7JA 3K4VA 5P5OA 2F3EA 4Y5PA 5OZHA 2QI1A 5P79A 4OBZA 4L6BA 4EQJA 5P05A 5HDZA 4CPXA 4FAFA 5BS4A 1B5FB 5OZTA 2BQVA 3DK1A 3URJA 3FNUA 5P6KA 4Y36A 5C9FA 1FF0C 3LPKA 4CPWA 1K6CA 1D4YA 2J9JA 2WECA 2IGYA 4GJBA 3JVYA 5OZFA 1KJ4A 3CIDA 4PPHA 3HAWA 3KF0A 2WHHA 4A4QA 1A94A 5P4PA 4OD9B 3LZVA 5P6FA 3LIQA 5HU1A 3IXOA 2PWRA 4CPSA 5P4EA 3VYFA 3SKGA 4HEGA 1HVRA 1FIVA 1WBMA 5DQ5A 5AGZA 5P83A 2OHQA 1A8KA 5P08A 1HTRB 3U6AA 1SMRA 1KJGA 4Y6MA 3SM2A 5P4WA 5P1RA 3OOZA 1A9MA 5P2DA 2AZ9A 1W6IA 2Q3KA 2R5QA 5P1BA 5P6LA 5P50A 4RVIA 1LYWB 2V16C 5OZVA 2QI6A 4Y5BA 3F9QA 5P8NA 2IL2A 3GI0A 3VLAA 3UQWA 4Y3ZA 5P3HA 3OXCA 2H6TA 3OWNA 5HDVA 5P4QA 2ZHRA 4Y3YA 3KDCA 1UPJA 4RYGA 4OBJA 5P04A 3KDBA 2O4SA 3EM6A 1PFZA 5P0IA 5DR8A 5OZ6A 3FNSA 4X2LA 4PZWA 2UPJA 4DJRA 4DQHA 3NUOA 5OZ8A 4B78A 1BDRA 2NMYA 5P6HA 5P2VA 3VSXA 5P7WA 1SDTA 5P76A 2AVVA 5P2YA 4Y58A 5HDXA 2FNTA 2WF1A 5P00A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P70 A;  3INF A;  4Y4X A;  5P72 A;  5COP A;  4Y5A A;  5APR E;  1A30 A;  5P6V A;  4APR E;  4Y53 A;  3SA9 A;  3IXJ A;  1MET A;  1MSM A;  5P40 A;  1SME A;  3QRO A;  1SP5 A;  2F3K A;  4Y50 A;  3VFB A;  3LZU A;  1ZSF A;  5JFP A;  1ME6 A;  3WB5 A;  1LS5 A;  5P3R A;  1D4H A;  5P8D A;  5P6B A;  3LIT A;  1HVJ A;  5P13 A;  2ZHV A;  2O4L A;  2G1R A;  3OAG B;  3HAU A;  4PYV A;  3G70 A;  5P4Z A;  3NDU A;  4D89 A;  5HE5 A;  1B6K A;  5P6P A;  3KYR A;  4B1C A;  4Q1W A;  3H5B A;  2JE4 A;  4Q1N A;  3RSV A;  2WF4 A;  5P3S A;  1C6Z A;  5P7N A;  4A6C A;  4FAE A;  3S85 A;  3QP0 A;  1C6Y A;  4Y5L A;  4CPQ A;  1EPQ E;  3NXE A;  3VSW A;  3VYE A;  4B1D A;  1EPL E;  5P78 A;  5P26 A;  1YTJ A;  2QZW A;  5OZE A;  2IQG A;  5JG1 A;  1AXA A;  2JJI A;  5DR4 A;  5P7G A;  4FM8 A;  1A8G A;  1M4H A;  2SAM A;  3S56 A;  2QZL A;  4ZIP A;  5P6S A;  4CMS A;  5IS4 A;  3O9C A;  4Y47 A;  3D1Y A;  4J0T A;  4ZPF A;  3PBD A;  5P02 A;  4RVJ A;  2FDE A;  3TPP A;  3TLH A;  4OC6 A;  4I0I A;  2HB3 A;  5P80 A;  5KOS A;  2OAH A;  5OZ4 A;  5P4F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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