The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
89
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sequence length |
227
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structure length |
227
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Chain Sequence |
GPLGSMSTLDLNHLADLYDRKDWNACKKELLKLKVELAKQNLFVPTSDKEKASFARNVFEYGVLVSIQTCDIESFARYASQVIPFYHDSLVPSSRMGLVTGLNLLYLLSENRIAEFHTALESVPDKSLFERDPYVEWVISLEQNVMEGAFDKVASMIRSCNFPEFSYFMKIVMSMVRNEIATCAEKVYSEIPLSNATSLLYLENTKETEKLAEERGWDIRDGVIYFP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and Functional Characterisation of Rpn12 Identifies Residues Required for Rpn10 Proteasome Incorporation.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Schizosaccharomyces pombe
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| molecule tags |
Protein binding
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| molecule keywords |
26S PROTEASOME REGULATORY SUBUNIT RPN12
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| total genus |
89
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| structure length |
227
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| sequence length |
227
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha Horseshoe | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat | Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4B0Z A; 3T5V A; 4TRQ A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RRN B; 2LAH A; 5FIN A; 2PQR A; 2WXQ A; 2Y0B G; 3ZPJ A; 4TXP A; 5D66 A; 5BXU A; 4I9E A; 2F8X K; 1K1B A; 2P9L G; 1TNO A; 3B7U X; 4F1S A; 3GYZ A; 2V4H C; 3L16 A; 1SA5 A; 2QFC A; 3KD7 A; 3ZYQ A; 4J8F A; 3FUN A; 5BW8 C; 4O1P A; 2XGO A; 4GMJ A; 3UQ3 A; 2AXZ A; 5AQ9 A; 3S7F A; 3ENE A; 3PVL A; 3NF1 A; 3JXJ A; 4HFG A; 1D8D A; 1OWL A; 4RQI A; 1UN8 A; 4JA7 A; 3QAR A; 3SO8 A; 1Z3Y A; 3ULQ A; 2I9C A; 1TN8 A; 3TAX A; 3SZ7 A; 3RIB A; 4DPR A; 2IU1 A; 3ABM E; 4GA2 A; 4HB5 A; 2YHE A; 2VYI A; 4XIF A; 1K8K G; 4L9P A; 5D2M C; 3FFL A; 3C98 A; 2J4D A; 4A1G A; 2P9K G; 2J07 A; 3DXK G; 3PRE A; 1XGW A; 1HX8 A; 4E6H A; 3CVP A; 2I1J A; 2WXN A; 4WAF A; 3TG5 A; 5EID A; 1MX2 A; 3ASD A; 4HLL A; 5KWD A; 3KEA A; 4I9C A; 3LVQ E; 1KT0 A; 3OXF A; 5ANL A; 4EBA A; 5KNG A; 3C5R A; 4KMO A; 2LAI A; 2J8S D; 3CKC A; 1BD8 A; 2ZIS A; 4OYS A; 2P9N G; 1S63 A; 1UJK A; 4WNE A; 3T9K A; 1K1A A; 4KZC A; 3ZEF A; 4TUM A; 4GTV A; 2XCB A; 3HG0 D; 5A23 A; 2L9B A; 3ABL E; 4J8D A; 2AWI A; 1V54 E; 1GW6 A; 5FQ6 A; 2AVP A; 3MZL B; 2EIL E; 4DK5 A; 3ISM C; 1O1R A; 4CCA A; 4JL0 A; 4IN3 B; 4U0Z A; 3EIJ A; 2WXH A; 3CHR A; 3MJW A; 1S64 A; 1HG2 A; 4H7X A; 4XKC A; 4JW1 A; 4CZ2 D; 3DEP A; 2VJ8 A; 4JXT A; 3QNK A; 3SF4 A; 1EF1 C; 5HI7 A; 4I6G A; 2V4L A; 3UI2 A; 3TJP A; 2FO1 E; 4K5C A; 3Q47 B; 1H6O A; 3W9F A; 2P9P G; 3Q15 A; 3AS8 A; 2PL2 A; 4GYW A; 3FH5 A; 4GTP A; 3QWP A; 2PQN A; 5KJL A; 1TNY A; 2KM4 A; 5FQ4 A; 4C0M A; 2QZA A; 4KVO A; 4BSX A; 3UKU G; 5CRV A; 3W9G A; 4B93 B; 4GPK A; 3CV0 A; 3RRU A; 5HS0 A; 2WXM A; 3O48 A; 3Q73 A; 4WWN A; 2XCC A; 1KZP A; 2OCC E; 3RAU A; 4XX5 A; 3AG4 E; 2F8Y A; 4G25 A; 3RU0 A; 3FUF A; 4FJZ A; 3JQ1 A; 3HHM A; 3Q78 A; 1BPO A; 3OXG A; 3I4G A; 3VTY A; 1D8E A; 4NRH B; 2X6J A; 4EPZ A; 1IKN D; 4PS7 A; 2WXJ A; 1DVP A; 4K5A B; 2QYU A; 5ENQ D; 2OND A; 5D0O D; 4KXK B; 4AVX A; 3G2V A; 3G2T A; 1N0Q A; 3PNT B; 4HOQ A; 4EZK A; 3QK0 A; 3AU5 A; 3LYA A; 1XNF A; 3DBS A; 5EIB E; 2AXU A; 1RZ4 A; 4CDR A; 4UWK A; 3G2S A; 4XKB A; 3CQG B; 5LCW J; 3C3R A; 3APC A; 2KAT A; 2WVI A; 5FT9 A; 3NQP A; 3PRZ A; 4HI9 A; 1E8Z A; 5CRU A; 2X3M A; 4CT0 A; 3CVQ A; 4MS6 A; 5FZS A; 4GML A; 4AJW A; 3HXE A; 2XEE A; 3IHV A; 4AXH A; 3Q5M A; 1OY3 D; 4EQF A; 1FVF A; 5JJ7 A; 2LXL A; 4U0U A; 2J08 A; 1IYG A; 2GRP B; 4WWO A; 5AN8 A; 1WAO 1; 2YQ8 A; 4GTM A; 5G04 J; 1QBQ A; 3I5P A; 4U7E B; 4F1P A; 2FI7 A; 3KS2 A; 4HQD A; 4I2W A; 5EKQ D; 3PE3 A; 3HXB A; 2NXP A; 3V31 A; 4N5Q A; 3AS5 A; 1DCE A; 5EN5 D; 3AAA C; 3MGB A; 4JPS A; 4GTQ A; 2WXF A; 3D9O A; 2P9I G; 4U63 A; 2NC9 A; 3N71 A; 4CT4 A; 5FQ8 A; 5FTP A; 5T4Y A; 1HO8 A; 3CQC B; 4EZJ A; 3DSX A; 5KBA A; 4C0E A; 3CK7 A; 4CYM D; 5EYP F; 4L23 A; 4U0S A; 4G8L A; 4G26 A; 4L1B A; 3UT8 A; 1OXJ A; 2J9Q A; 2EIK E; 3B95 A; 2UY1 A; 4PS3 A; 5JMN D; 4YDW A; 3SI5 A; 1NZN A; 1NP7 A; 2PNN A; 3EJN A; 2LSV A; 5FWQ A; 5BNW A; 1JUQ A; 2UY1 B; 4N3A A; 5JA4 D; 3J5Q B; 1FPP A; 3CHS A; 2XQ0 A; 3CK9 A; 2XEN A; 3ONK A; 3I4R B; 3Q4A B; 4CGW A; 2GRM A; 2MYO A; 4BT9 A; 1PC2 A; 2EIM E; 3V2X A; 5EIL A; 3V79 K; 2LXM A; 4LNG A; 4U8V D; 1MHQ A; 5BUZ A; 4FHK A; 4K03 A; 2GW1 A; 3KEZ A; 5A6C A; 3TWT A; 4DRX E; 3X2Q E; 4J7W A; 3L54 A; 3SQV A; 4JC8 A; 3PE4 A; 4L2L A; 3B7S A; 2QYJ A; 2VGX A; 1U2V G; 4NUR A; 3EHN A; 1OCC E; 3VTX A; 4HOS A; 4G11 A; 4GTS A; 3KAE A; 3CHM A; 4UI9 J; 3ZW3 A; 1IHG A; 4B0Z A; 2HYZ A; 1NA3 A; 4DI3 A; 3HRA A; 4GA1 A; 1YMP A; 2FUL A; 4EBA G; 1E7V A; 3C3O A; 2V8S E; 4F3V A; 3KSQ A; 2DYR E; 3UTM A; 2M63 A; 4G24 A; 4ATZ D; 4BY6 A; 2R59 A; 3BG1 B; 3GW4 A; 2WXL A; 4TV3 A; 3QC1 A; 3FHE A; 2JLB A; 3TG4 A; 3NAW A; 3RSE G; 1Z5S C; 3LPZ A; 3ZXP A; 2P58 C; 2WXP A; 3ZKJ A; 4GB9 A; 4GPM A; 3JYS A; 2OEV A; 3IEG A; 2I1K A; 5CEA A; 1A17 A; 3LY9 A; 3U3W A; 2V5F A; 4RLY A; 4KBQ A; 2F0Y A; 4GTT A; 4GA0 A; 4TXQ A; 1EDU A; 2NYJ A; 3CK8 A; 1HFA A; 3NOC D; 1TR4 A; 3E32 A; 2WMO A; 4JEU A; 1WDY A; 4AP2 A; 4GU5 A; 5ENS D; 4ACL A; 3FUL A; 2IEJ A; 3FUI A; 3BQO A; 5CBN A; 4U07 A; 4UI9 K; 4NAC A; 4ANW A; 4D10 C; 3P2B A; 5HKP A; 2Y4T A; 2WXO A; 3DEO A; 4HXI A; 4H7Y A; 3VLE A; 3SBS A; 4PUC A; 5LX8 A; 3CVW A; 3WXX A; 3AG3 E; 1MQS A; 5LCW C; 1UOH A; 2DYS E; 2CG2 A; 3ZUV B; 2F37 A; 3GZ2 A; 4I1A A; 2WXK A; 4LNU D; 2CG3 A; 3OTN A; 3ZHE B; 3FU6 A; 3UT7 A; 5J90 A; 4N2Q A; 1X81 A; 4KZ0 A; 2AXV A; 1MZC A; 1D9S A; 2KC7 A; 4I17 A; 3L22 A; 4EHM A; 4GCO A; 4F53 A; 1ELR A; 1HU3 A; 2CFU A; 2X6F A; 3SBT B; 2L0T B; 1IHB A; 3D9M A; 3AG2 E; 3QJZ A; 2ETA A; 3UIO C; 2WMN A; 2RFM A; 1SZA A; 1ZU2 A; 4RVB A; 1FCH A; 4J8Y A; 4GZ5 A; 5DIZ A; 4B8A A; 2OOE A; 3NZU A; 3FTY A; 1HXI A; 1TYQ G; 2Q7F A; 4LER A; 4IYP A; 3FUK A; 3FUD A; 1U3C A; 4J8S A; 1N54 A; 2X38 A; 3D9J A; 3APD A; 4UWL A; 5AAO A; 5B1B E; 3ULE G; 4APO A; 3DST A; 4HRL A; 3TWR A; 3IXE A; 3NOG D; 3TWW A; 4TXR A; 4HS2 A; 2WQ6 A; 1W3B A; 1N4R A; 4UI9 C; 4YDY A; 1WG0 A; 2R02 A; 3CR3 A; 2XS8 A; 2XZD G; 4G8K A; 4HOU A; 2L6B A; 3E30 A; 5CER B; 3DSV A; 5KNH D; 1JWG A; 4I2Z A; 5D0Q D; 3MV3 B; 1K3Z D; 5ENO D; 2GRR B; 5CBO A; 3MEK A; 2X6K A; 2E0I A; 3B7B A; 3D3M A; 2IO3 C; 4DX7 D; 3FH7 A; 3TWS A; 3PDN A; 4GAA A; 4F6R D; 4LEU A; 5AQB A; 2J09 A; 3PZ3 A; 3PUK A; 3PH0 C; 3UX4 A; 2QC9 A; 3ASN E; 2FO7 A; 2R03 A; 2PM7 A; 2DZO A; 3MYV A; 4I6E A; 4C48 B; 1HG5 A; 3R7R A; 4U8Y D; 3HXF A; 2YNQ A; 4ABN A; 3C72 A; 2GRQ B; 4WND A; 1LTX A; 1Q2Z A; 4DX5 D; 1TEZ A; 4U95 D; 4MBG A; 4FHJ A; 4J6I A; 2J49 A; 1KZO A; 4LNB A; 1JCR A; 4J8E A; 3ZXS A; 3ASF A; 3QB2 A; 1VDY A; 4FJY A; 4I6J A; 1H6P A; 3Q9U C; 5ENN A; 3CVX A; 2GRL A; 3NB2 A; 2IY0 C; 3S7J A; 4HOT A; 3FU0 A; 4F7A A; 1FVH A; 4B8C B; 1H0A A; 3OAW A; 1JCS A; 3T8M A; 2XEV A; 3VLD A; 1OWM A; 3EU5 A; 3ZIM A; 5G04 C; 3ZN3 A; 4X8Q A; 4BT8 A; 3D9P A; 3IKO B; 1QZ2 A; 2H6H A; 3J5P A; 4KVM A; 4GTR A; 2L6J A; 4CGV A; 5CMW A; 4FU3 A; 3SFZ A; 1FT1 A; 4PDX A; 3FH8 A; 3DSS A; 3UM0 A; 2R2L A; 2L0I A; 3EDT B; 1SZ9 A; 5ENT D; 4ANU A; 2EQX A; 2AW6 A; 4RG9 A; 3R9M A; 3LS8 A; 3TWV A; 2WXG A; 4BTA A; 3E34 A; 3EIQ C; 5LOZ A; 1KPS B; 4LRZ A; 2MRI A; 3CVU A; 2LNI A; 1EYH A; 3UIP C; 1TNZ A; 1HF8 A; 1YYH A; 3FWV A; 3RRM B; 3BUA A; 3OXL A; 5FQ7 A; 1X5B A; 3ZVV A; 4BEP A; 4GTO A; 2OVB A; 4RSY A; 1UJJ A; 4ME2 A; 4ILI A; 3SNX A; 2KZT B; 2PZI A; 5KCM A; 3ULY A; 2ETC A; 5EDS A; 2OV8 A; 1IQU A; 3MKR A; 4YVQ C; 3D9I A; 3ZYL A; 4JHK A; 2XGM A; 4AY5 A; 2LSU A; 5FIO A; 1PAQ A; 4L2Y A; 4A63 B; 3CHQ A; 5KJM A; 4FLH A; 4DJA A; 3L6A A; 4UUC A; 3ZFW A; 1HS6 A; 3ESL A; 3BG0 B; 3DXM G; 4DLQ A; 4N3B A; 2XPY A; 3QDN A; 4LCT A; 3TGO A; 4DX6 D; 5E76 A; 5B3S E; 1ELW A; 4BFR A; 4A3V A; 3CHP A; 1OCO E; 1RW2 A; 4URK A; 4O6F A; 2CFZ A; 2OVF A; 1IXV A; 3SHF A; 4O60 A; 3EUV A; 3AG1 E; 4I43 A; 4Q69 A; 4HRM B; 4B89 A; 2WM9 A; 2ZIR A; 5ARF A; 3EHM A; 3E37 A; 4JHJ A; 2KXP C; 4N39 A; 5FZR A; 4B94 A; 2CHX A; 4QFV A; 3LJN A; 1N52 A; 3UIN C; 4LSZ E; 4Y6C A; 1N4Q A; 3RK6 A; 1U3D A; 5EX0 A; 3FUH A; 2XEH A; 1MX6 A; 4YDE A; 1E7U A; 4OAV B; 3TWQ A; 1N11 A; 2GRO B; 3NZS A; 1WY6 A; 4KT6 B; 3Q79 A; 3Q7F A; 3PUJ A; 5AJL A; 3UMV A; 5AQA A; 2DWZ A; 5HQ8 A; 3CHO A; 1G3N B; 3PNL B; 2DBA A; 3FTW A; 3CIA A; 1O5M A; 1E8W A; 4YVO A; 1JCQ A; 4CEM A; 1DC2 A; 4ACK A; 1N0R A; 3UT4 A; 1N94 A; 4N2S A; 4C9B B; 4GYY A; 4E85 A; 3FEY A; 3UXG A; 1BU9 A; 1H2V C; 1LD8 A; 3L08 A; 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