4B1EA

New aminoimidazoles as bace-1 inhibitors: from rational design to ab- lowering in brain
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
388
structure length
375
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 1
publication title New aminoimidazoles as beta-secretase (BACE-1) inhibitors showing amyloid-beta (A beta ) lowering in brain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 101
structure length 375
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-07-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b1eA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4b1eA02
2NTRA 4LL3A 3KFNA 5P8HA 5P7CA 5ISKA 1MUIA 5P0KA 1ZLFA 3LIXA 3VYFA 5P4PA 2HB2A 2VNMA 5HDZA 1YM4A 3LIZA 3O9LA 2G1OA 3QVCA 4Y3JA 4ER1E 1BV7A 2WF4A 4GYEA 4YHQA 2AODA 3SAAA 4FRJA 3H0BA 4B72A 1GKTA 5CLMA 4Q1XA 2AIDA 5P2TA 5P47A 5P6TA 3PWMA 5P20A 4CPUA 2I0AA 4R8YA 4Y41A 1UPJA 2AVOA 2UXZA 2WKZA 4I10A 3OWNA 5P4VA 3PI0A 5P0AA 4CPTA 4Y3WA 5OZ9A 5P6XA 8HVPA 2AZ9A 3QRMA 2RKFA 5P0GA 5P2LA 3BUGA 4DJRA 4HDBA 5P41A 5P0WA 3L5BA 2ER9E 4FAEA 3SA7A 5P5CA 4ZEAA 1ZSRA 3QP0A 5P2FA 5P46A 4L1AB 5P3BA 4FCOA 3LIQA 4HLAA 5P5GA 3SA6A 3OUBA 2AVVA 3PMYA 3M9FA 4KB9A 2A4FA 2G1SA 1HVJA 2ANLA 5P1YA 5P0VA 2F3FA 3T7PA 4F73A 5P08A 3SA4A 4J1HA 1MVPA 5DR1A 1QBRA 3R4BA 2FNTA 1QRPE 5P3LA 2V13A 5P7VA 3I8WA 4R93A 2G21A 1LS5A 3TPLA 5P7EA 1LYBA 2QI3A 3VF7A 4HE9A 4DUSA 5P3SA 1YX9A 5DR4A 1XL2A 5B18A 4UPJA 1DPJA 2I4WA 5CONA 1BDRA 5KQZA 1BVGA 2PH6A 1C70A 1FG8C 1ZPAA 1BIMA 3L5FA 4RRSA 2B7FA 3FNUA 3NDTA 2RENA 3T7QA 5P4TA 4DV9A 1D4JA 4AA8A 2I4QA 1LV1A 5P5ZA 5HDXA 3TTPA 1SGZA 4FIVA 1E5OE 2QP8A 3FSMA 2F81A 3O9HA 4Y5PA 4H3GA 3TNEA 2AZ8A 5P4IA 3MXEA 2I4DA 4DQBA 5P7MA 5P0NA 2JYSA 1HXWA 5P8KA 4HEGA 3K4VC 3PJ6A 3O9LB 5HE4A 3K5DA 5AGZA 4NPTA 4J1FA 4B1EA 2ZHRA 4FM7A 1KJFA 4QGIA 1K6PA 2QMDA 3APPA 1DMPA 3L3AA 4Y48A 2OHTA 5P60A 1F7AA 1EPRE 5P6BA 4GJCA 2PH8A 4KE0A 5P0ZA 1K6TA 1EC1A 3NU3A 5I3YA 4Y4TA 2QI1A 5P6NA 5P6PA 3DCKA 4Y3PA 3BUFA 3PMUA 4PPHA 5HE5A 5P3PA 3VLBA 1WBKA 4OBFA 3RTNA 1NPAA 3UDJA 2I4UA 4Y3DA 5P7PA 3PLDA 5HDVA 5DQ4A 2Q64A 5AH9A 5P76A 2FXEA 4RVIA 5P67A 5P7WA 1SDUA 2QHZA 5OYWA 2O4PA 4J5JA 5OZ5A 4CPSA 1SDTA 3BGBA 5P5BA 5P8EA 4U7VA 1ZSFA 3O9CA 5IVRA 4GJ8A 3I7EA 4ZE6A 3D3TA 4H3JA 2PYNA 5COOA 5P54A 3A2OA 4Q1WA 1BWAA 3AIDA 5T4SA 1GNMA 4YCYA 5P77A 1HIHA 2IKUA 5P02A 1YTGA 3JVYA 3SM2A 2JJJA 1KJ7A 2OHSA 5P19A 5P4OA 2AOFA 1LYBB 2V16C 5P5JA 5AH7A 5P4BA 4Y45A 5P1QA 3QAAA 4Y4XA 3UDRA 3INFA 2PWCA 3QBHA 1ZJ7A 1IZDA 5HU1A 4L6BA 2B8VA 4Y3SA 2QZWA 1K2BA 5P52A 4YD3A 5P78A 2ZHVA 3CMSA 3S43B 3OOZA 3MSKA 1EBWA 5P6GA 1TW7A 3PBDA 5P8GA 5BWYA 3LPIA 3HVPA 3PLLA 3VLAA 2IS0A 4Y3QA 2NMZA 4Q5MA 2FMBA 5P05A 4DFGA 1EC3A 3VFAA 1SH9A 4YD5A 4XX4A 5P26A 3EBZA 2RKGA 9HVPA 4R92A 4X2LA 5P8OA 3MWSA 4FSLA 5P7HA 4U7QA 2I1AA 4JPCA 2EWYA 5P55A 4GB2A 3PVKA 5C9BA 4YD6A 3URLA 3R1GB 4DJQA 2H6SA 2OHPA 5P2OA 5KR8A 3IVHA 3OHHA 5P82A 1HIVA 5P75A 4K4QA 4J0PA 4Y5BA 3R0YA 3O9BA 1XE5A 5P24A 3BHEA 2CENA 1IDAA 4Y47A 4CMSA 5DPZA 3PBZA 5P23A 1OEWA 1PPLE 1B6PA 5KR2A 5P7SA 1FQXA 1FQ4A 4GIDA 5P8FA 5P87A 5P0FA 5P8TA 4RCFA 3OTYA 4Y56A 1APTE 1NSOA 3LZYA 3AUPA 4QJAA 4Y4WA 1K6CA 6APRE 2NNKA 1ZP8A 3HAWA 5KQFA 5P7GA 1IVQA 3VCMA 4DH6A 7UPJA 3INEA 2IRZA 5P2SA 1NH0A 4DJVA 5P0DA 2PC0A 4DJUA 2ER0E 1HIIA 3DCRA 2QMPA 4GZFA 5I3WA 3KDBA 3HW1A 3OK9A 4RCDA 5AH6A 3GW5A 5P7FA 5P6KA 5BS4A 5P1ZA 2HAHA 1YTHA 2AZBA 2QAKA 5OZXA 1A9MA 1EC0A 2Q5KA 3FIVA 5P0CA 4ACUA 1D4HA 4Y5CA 1HPOA 5OZQA 1APWE 4YOBA 2OHKA 2UPJA 3BVAA 4D85A 3OADA 1W6HA 5P2BA 5OYUA 4A6CA 1XL5A 1IZHA 2NMYA 4ZSPA 3S2OA 1HVCA 3UDHA 2IKOA 2CEMA 2ZJKA 1LYAA 1HOSA 2AOIA 4DJWA 3B7VA 1HXBA 3EL5A 4EQ0A 2PYMA 1HWRA 4DJYA 1NPVA 5P74A 4Y5EA 3KYRA 5OZ7A 3UQWA 4X7IA 3VYDA 2V12C 5OZGA 4NJVA 5SY2A 4Y4ZA 4CPQA 3HBOA 5OYSA 5P3IA 3QIHA 1FQ8A 4Y9WA 2HIZA 2IEOA 5P7BA 5P7KA 4CPXA 2AQUA 3KM4A 1OEXA 3MXDA 4DPIA 3L5DA 1UH9A 3BRAA 3FKTA 2G1YA 3K5CA 1RV7A 3CIBA 1E82E 3INHA 4FM6A 3MSJA 3PGIA 3SQFA 4H1EA 5P3GA 5P2VA 4TVHA 5P1BA 1MTRA 4Y44A 5P7UA 1AIDA 1FG6C 5P1OA 5P6VA 5P8MA 1HTRB 4TVGA 1MPPA 3NUOA 1SIPA 5P2MA 2QI6A 2XYEA 2BKTA 5P79A 5P0OA 5P1XA 4Y5GA 3LPKA 2NNPA 5IE1A 3QBFA 2NXMA 1T6GA 3ER5E 3OHFA 2BJUA 1GVVA 2OHRA 3PRSA 3KFRA 2VNNA 4YDFA 3O9EA 5P3VA 5P5KA 3Q70A 5P4FA 5OZCA 4A6BA 1EEDP 2RSPA 2G20A 4Y3GA 2CEJA 2J9JB 5P5AA 3EKVA 3SO9A 1YTIA 5KOQA 4Y3AA 2G1RA 4HZTA 2FIVA 1SMRA 5OZMA 3B80A 5DR7A 1G0VA 2PWRA 3ZPUA 2AOCA 4Y36A 1WKRA 2QI0A 2ZJHA 5TOLA 1LF4A 4J1EA 3OADB 4Y5NA 2G69A 3SKGA 3ZOVA 5P3JA 4L7JA 5DR8A 5P4RA 3TH9A 2G27A 2V00A 5OZAA 4CPRA 5P1VA 1M4HA 4EJKA 2FGUA 5P71A 2O4SA 1BV9A 4B0QA 5EZXA 4Z2ZA 5P2IA 1ER8E 2FLEA 1TSQA 3WSJA 5JFPA 4FSEA 1GVXA 3EM6A 4HVPA 3PCZA 3EC0A 3TLHA 3VFBA 4FRSA 2WL0A 1MSNA 5P8UA 4JOOA 2O4KA 2QNPA 3S85A 3KN0A 4A4QA 4OBKA 1G2KA 2PK5A 4KE1A 5P7RA 3NU4A 5P11A 5ENMA 2AOHA 4K4RA 5HCOA 3OU1A 1PSAA 3LPJA 2O4LA 1YTJA 5SXNA 3KFPA 1MT8A 3QRSA 1A8GA 4JECA 4DQFA 5SY3A 2ER6E 4RYCA 3U6AA 3PSGA 3HD8A 3FX5A 3D91A 4QJ6A 3NR6A 2BBBA 2IENA 4ZSQA 1TCXA 2F8GA 4YBFA 3NYGA 4RRNA 1CMSA 1PFZA 5P4ZA 5P5UA 1EAGA 4I0FA 1T6EX 2Q55A 2R5QA 4NKKA 5P10A 5OZWA 5P3OA 3K4VA 4K9HA 1CZIE 2P3AA 4BEKA 4F74A 1HVLA 3D1YA 3SA8A 4OBJA 3ZKQA 4ACXA 1RPIA 1QBUA 5P6IA 1DW6C 1FMBA 3N3IA 5P53A 4RYGA 1YG9A 4Y3HA 5P1AA 1TCWA 1B11A 4Z50A 3T7XA 5P88A 3O9IA 4LBTA 1KJGA 4RCEA 4GMIA 3EKPA 5P2UA 4OC6A 4QJ9A 3ZKNA 4ZIPA 2PQZA 3URIA 2WEBA 4PZXA 2VIYA 4XX3A 5P4KA 4HDPA 2P4JA 2QD7A 4Y3LA 2Q11A 1HHPA 3D1XA 2OHUA 5KOSA 3VUCA 5P49A 4Y6MA 1HVHA 3VG1A 4Y4EA 4Y57A 5KR0A 3PWRA 1AJVA 3I6OA 2MIPA 3UDMA 5P2CA 4J0ZA 5OYVA 4YA8A 2IGXA 2G26A 4RZ1A 2Q15A 4FAFA 4Y37A 5OZOA 5P3EA 1XS7D 1EBZA 4GJ9A 4BELA 2WECA 2R8NA 5OZRA 3PI5A 4M8YA 1C6YA 1AXAA 3SLZA 3KFSA 3OU1B 5P34A 5P2AA 4LXMA 5P8IA 5P6SA 1AVFA 5P5YA 3PHVA 2OHNA 5P7ZA 5P44A 3CKPA 4TRYA 3VV6A 2VJ6A 3OUCA 5P40A 4ZPEA 4LXAA 4YCTA 3EL9A 4OD9A 3DJKA 2VIEA 1HVRA 4QJ7A 3MSLA 4I0EA 5OZDA 5P5TA 1IBQA 2JJIA 2PK6A 5P6LA 1ZPKA 5P5QA 3SABA 2B8LA 5P43A 2JXRA 5P14A 2NXDA 4FL8A 4J55A 3L58A 2QZKA 1ODYA 3NDUA 4OC6B 4QJ2A 2WEAA 3KT5A 5OZPA 5P6WA 5P13A 2V0ZC 4Y4BA 4B77A 3L5CA 5OZ8A 5C9DA 5P8SA 5P6MA 1JLDA 5P2DA 5P0TA 5P4SA 5P6ZA 4EQJA 4Y43A 2IDWA 1HSIA 3RU1A 5P03A 5JG1A 3RVIA 5P3FA 1MESA 3LINA 4ZSRA 3EKYA 3VYEA 1FQ7A 1XN3A 3EM3A 1C6ZA 2VJ7A 1HEFE 4DJXA 5P2XA 3OGQA 5P3KA 5HD0A 5OZTA 3LHGA 3WB5A 5P7QA 1J71A 3HLOA 4BFBA 5P1UA 2WF1A 4Y3NA 3OGPA 3ZLQA 3NXEA 1EPPE 5P5HA 5AHCA 1XN2A 3U7SA 1MTBA 3I25A 5P3CA 5HCTA 1XDHA 3UTLA 3EKQA 1Z1RA 5P15A 4Y35A 1EBYA 5HDUA 4EPJA 2ZJMA 5P1PA 2FGVA 5P5EA 5P3DA 1HVSA 2AVMA 5P4NA 1B5FA 5P81A 5P1EA 3KMXA 5P1GA 1FF0C 4I8ZA 5OZNA 4E43A 3NWQA 2AOEA 3ST5A 3SM1A 2V11C 1IIQA 2Z54A 1IVPA 5P3XA 1AM5A 5P3ZA 4OD9B 5P7OA 3GI0A 5P07A 1FQ5A 3EM4A 5DQ5A 2HS1A 4APRE 2R43A 4MC2A 3TPJA 3FNTA 3L38A 2ZYEA 3GI6A 3VV7A 3EL4A 3URJA 3IGBA 4YBIA 3UCBA 4FRIA 3KDDA 5HVPA 3UF3A 3ZKSA 4GJ5A 2OHQA 4B1DA 5P4DA 5P2GA 5P57A 3NU5A 3TOHA 2P8HA 5JFUA 4Y5LA 2BPZA 3CYXA 1APUE 5OYRA 5P1CA 5P25A 4HDFA 5KAOA 5P37A 3IA9A 5P04A 5DGWA 5P58A 3APRE 4Y4AA 4I0DA 1C6XA 2WEZA 3DV5A 3PSYA 2R38A 4J1KA 4Y53A 5P1HA 5P66A 2IL2A 3KA2A 5OYQA 4XKXA 4EJDA 1B6MA 2HPFA 5P72A 1G6LA 5IVQA 1HPVA 6FIVA 5P3NA 2P3BA 1A94A 3UDPA 1HBVA 5P6QA 2XFKA 4OBDA 5P12A 5ISJA 3U71A 3SA3A 5P80A 1ODWA 5I3VA 1PPKE 3Q4BA 5P6UA 5UPJA 5P8PA 2R3TA 5P5VA 5AHAA 3OU3A 5OZBA 2AVQA 2APRA 1A30A 2V10C 3O9AA 1D4SA 1Z8CA 3JW2A 5ENKA 3SACA 3UDQA 5P63A 1UH7A 3NWXA 1W5YA 3TKWA 1TQFA 3HVGA 2PSGA 3OY4A 5P69A 3IXKA 4ER2E 5P7DA 4EJ8A 3L59A 5P35A 3PB5A 2BB9A 4BFDA 2QU2A 4B70A 5P86A 2G24A 1RNEA 3BXSA 4L7HA 4CP7A 1LYWA 2P3DA 3QRVA 4Y4DA 5J25A 3S54A 2IGYA 1MT7A 4COEA 1Z1HA 4I0GA 3R0WA 4APEA 3QS1A 1EPNE 5P4HA 5P8JA 3NU9A 5P1TA 5P5SA 4MC9A 4EJLA 3S56A 4EHCA 2OHLA 3UFNA 4Y4UA 5P0SA 4EXHA 2WJOA 5E5JA 3RSVA 1GNOA 3OQ7A 1BWBA 5OYXA 5P3HA 2PSVA 3OQDA 5P5NA 2OAHA 5P56A 5OZLA 5P50A 3CIDA 5P6RA 5P0UA 3VF5A 1LF3A 4JPEA 5P8LA 4HA5A 5P8QA 3O9FA 3OXVA 2F3EA 4DJOA 1WBMA 5HE7A 2G94A 4I0JA 5P29A 2QI4A 1B6KA 2QNQA 5P31A 3UPJA 5DR3A 4DPFA 1E81E 3VV8A 2B7ZA 1A8KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NTR A;  4LL3 A;  3KFN A;  5P8H A;  5P7C A;  5ISK A;  1MUI A;  5P0K A;  1ZLF A;  3LIX A;  3VYF A;  5P4P A;  2HB2 A;  2VNM A;  5HDZ A;  1YM4 A;  3LIZ A;  3O9L A;  2G1O A;  3QVC A;  4Y3J A;  4ER1 E;  1BV7 A;  2WF4 A;  4GYE A;  4YHQ A;  2AOD A;  3SAA A;  4FRJ A;  3H0B A;  4B72 A;  1GKT A;  5CLM A;  4Q1X A;  2AID A;  5P2T A;  5P47 A;  5P6T A;  3PWM A;  5P20 A;  4CPU A;  2I0A A;  4R8Y A;  4Y41 A;  1UPJ A;  2AVO A;  2UXZ A;  2WKZ A;  4I10 A;  3OWN A;  5P4V A;  3PI0 A;  5P0A A;  4CPT A;  4Y3W A;  5OZ9 A;  5P6X A;  8HVP A;  2AZ9 A;  3QRM A;  2RKF A;  5P0G A;  5P2L A;  3BUG A;  4DJR A;  4HDB A;  5P41 A;  5P0W A;  3L5B A;  2ER9 E;  4FAE A;  3SA7 A;  5P5C A;  4ZEA A;  1ZSR A;  3QP0 A;  5P2F A;  5P46 A;  4L1A B;  5P3B A;  4FCO A;  3LIQ A;  4HLA A;  5P5G A;  3SA6 A;  3OUB A;  2AVV A;  3PMY A;  3M9F A;  4KB9 A;  2A4F A;  2G1S A;  1HVJ A;  2ANL A;  5P1Y A;  5P0V A;  2F3F A;  3T7P A;  4F73 A;  5P08 A;  3SA4 A;  4J1H A;  1MVP A;  5DR1 A;  1QBR A;  3R4B A;  2FNT A;  1QRP E;  5P3L A;  2V13 A;  5P7V A;  3I8W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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