The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
|
structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
30
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3J80 O; 4JI7 K; 4X62 K; 4KHP K; 5LL6 Z; 4LF6 K; 4CW7 B; 4YHH K; 4JI2 K; 4OX9 K; 1HR0 K; 1IBK K; 4NXM K; 4GKK K; 1N32 K; 2VQF K; 4DV0 K; 1XNQ K; 4DR3 K; 2E5L K; 3J7Y P; 4JV5 K; 4B3M K; 4LFA K; 4X65 K; 5BR8 K; 1FJG K; 1XMO K; 4DUY K; 3J81 O; 4X66 K; 2F4V K; 4JYA K; 4V19 S; 4K0K K; 5LMU K; 4LFC K; 2ZM6 K; 4JI8 K; 4NXN K; 5FLX O; 2UUA K; 5IWA K; 4JI6 K; 1IBL K; 1I94 K; 4DV1 K; 2UU9 K; 4DV4 K; 5A2Q O; 1N36 K; 4CVN E; 3T1Y K; 3T1H K; 4JI0 K; 2HHH K; 1N34 K; 4DV6 K; 1HNZ K; 4B3R K; 4DV3 K; 4DR7 K; 1J5E K; 1XNR K; 4JI3 K; 4DR6 K; 5AJ3 K; 3OTO K; 4JI1 K; 4LF9 K; 4JI4 K; 4X64 K; 4DV7 K; 1IBM K; 4DUZ K; 4LF8 K; 1N33 K; 1XMQ K; 2VQE K; 1HNW K; 4DV2 K; 4DR4 K; 3JAM O; 1HNX K; 4LF7 K; 2UXC K; 4DR5 K; 4B3S K; 4DR2 K; 2UUC K; 4YY3 K; 4GKJ K; 2UXD K; 4LFB K; 4LF4 K; 2UUB K; 4DR1 K; 4JI5 K; 4AQY K; 4DV5 K; 4B3T K; 3J7A P; 5LMN K; 2UXB K; 5IT9 O; 4LF5 K; #chains in the Genus database with same CATH topology 1XC9 A; 3WNE A; 1NJI O; 4OPJ A; 2YHW A; 4YOX A; 3M8P A; 5C12 A; 3LM9 A; 4LF6 K; 4YHH K; 3SYZ A; 1Q7Y O; 1OKJ A; 1GOB A; 3UKU A; 4E19 A; 2HVH A; 4FOE A; 1YJW N; 4DV0 K; 5AQY A; 1LW0 A; 4PHT X; 4FK0 A; 1LWE A; 1K8K A; 3RMB A; 1D4X A; 3D2E B; 3PIP L; 5M1F A; 3HM9 A; 2NRV A; 4AM6 A; 3A5L C; 4DTJ A; 1FJG K; 4ILH A; 3TR8 A; 4BC3 A; 4X66 K; 1QZ5 A; 3VQ6 A; 3H1Q A; 4CJK A; 1ASW A; 2JWK A; 4W5N A; 1HYZ A; 3MN5 A; 3DJC A; 4A5A A; 3B8A X; 4CZK A; 1W0H A; 3OS1 A; 5C2D A; 4FO0 A; 4BR2 A; 5C24 A; 1X9J A; 1VSE A; 4KV8 A; 2YJF A; 4DV1 K; 3N4Q A; 3VMF B; 1S9G A; 1BA0 A; 2Q31 A; 3KLG A; 1BCO A; 3R8E A; 3CQ8 A; 1U45 A; 2OTL N; 4IOA L; 1BU6 O; 3Q7C A; 1M90 O; 5GAH P; 3EE8 A; 2X78 A; 1NMD A; 1BG3 A; 1JCE A; 3VES A; 3AVC A; 4XH5 A; 2YNH A; 5KPR A; 2PFU A; 4JI1 K; 4DUZ K; 2KQ2 A; 2QKK A; 3PUF A; 4KHQ A; 1CZB A; 4DV2 K; 4FVU A; 4AHU A; 3L2V A; 1TKZ A; 4JRQ A; 1TVR A; 1QVG M; 5JMV A; 3THV A; 5I3U A; 3MX2 A; 2ASO A; 2BTF A; 4CES A; 3WNF A; 4B1V A; 1KC8 O; 1WBD A; 3CJ7 A; 4H5T A; 3TU5 A; 3LDO A; 3CJC A; 2HBM A; 1NG9 A; 2KTQ A; 1BL3 A; 2HNZ A; 4DSE A; 3ZSY A; 3DLG A; 1VSJ A; 3D2E A; 1QSL A; 5J2N A; 4Z0U A; 4M42 A; 1X9S A; 5LJW A; 5LL6 Z; 4CFD A; 2QWQ A; 2XY7 A; 4CZM A; 3PX4 A; 3KLF A; 3AO1 A; 5KQD A; 1VSF A; 2E2N A; 5KTQ A; 3SJJ A; 3CCM N; 3G25 A; 5MLC Q; 3MCP A; 3T19 A; 1UA0 A; 2VWJ A; 2YNI A; 4KRE A; 1MA9 B; 1C1A A; 1IKW A; 1QQM A; 3HP6 A; 5JS2 A; 4IEE A; 1X9M A; 5KI6 A; 1KD1 O; 4BRM A; 1YVN A; 4CEE A; 4BC2 A; 2BAN A; 1HYV A; 1WAJ A; 3O9R A; 3GBT A; 3JXU A; 3ZSX A; 1A5X A; 5BR8 K; 1KLM A; 2OPP A; 1JLA A; 4OKE A; 1GLJ O; 5LMU K; 4BWM A; 3TTD A; 3PV8 A; 2FXU A; 3MDQ A; 3O4W A; 4BAC A; 5J2Q A; 3JS6 A; 3UE5 A; 3V1O A; 3AAP A; 3NCI A; 1P8Z A; 2UU9 K; 4GMJ B; 1QQN A; 1FKP A; 5HP1 A; 1EXQ A; 4CZH A; 4B9S A; 4XEI A; 4EP4 A; 1VQ4 N; 5GIO A; 4E7K A; 4H0Y B; 4OLB A; 1XNR K; 1ATR A; 5TKY A; 3AVM A; 1HNV A; 3V1R A; 3F9K A; 4H4O A; 5KQ8 A; 4BRG A; 4QS7 A; 3RMC A; 4LH5 A; 1JCG A; 4CEF A; 3HK2 A; 1HKB A; 3NHG A; 3SAH A; 3AO4 A; 3MWP A; 2OZS A; 2I7N A; 3LP2 A; 4UY8 O; 4DQI A; 4YY3 K; 1RT4 A; 3ZEU B; 4DQS A; 1NLV A; 1VQ6 N; 3OVN A; 4AH9 A; 4B8C A; 3OS0 A; 3J7Z O; 1TKT A; 3BEX A; 3G71 N; 3H3O B; 3OYK A; 4F8R A; 3I55 N; 3K5L A; 3KTQ A; 3RSE B; 3D45 A; 2P9K B; 3EKS A; 4A57 A; 4FWP A; 3AGK A; 1NK0 A; 3QEX A; 3KK3 A; 3EE9 A; 4OX9 K; 4FZZ A; 3L2R A; 4HHT A; 5C10 A; 3QIC A; 1YHQ N; 1LV5 A; 3AV9 A; 4WYB A; 4NYN A; 4RW9 A; 1N32 K; 4A62 A; 1EKE A; 4DU4 A; 1TK0 A; 3VQP A; 1RDU A; 4M7Y A; 1YI2 N; 4BG9 A; 1NKB A; 3O9U A; 4MLH A; 1TL3 A; 1BHL A; 3ATU A; 4DU1 A; 3O8M A; 5AFU A; 4V19 S; 4OGC A; 2YKN A; 4KH5 A; 4CJ5 A; 1N6Q A; 1RT3 A; 5AQH A; 4CJR A; 4C8N A; 4FLT A; 2X74 A; 4CI6 A; 3WXK A; 2E2O A; 5ELZ A; 1J54 A; 2JWL A; 5EY4 A; 5BRF A; 1U6Z A; 3TTF A; 3AVH A; 4O5F A; 4DQQ A; 1DLO A; 1V4T A; 4C1N K; 4CHN A; 3VEO A; 3KLE A; 2GEL A; 4IG0 A; 4EHU A; 3TWH A; 4IO9 L; 4FLU A; 4C8L A; 3ZEU A; 5BPM A; 4CK2 A; 3C7N B; 1KFS A; 3O80 A; 2WOM A; 3IFR A; 1BDG A; 4EP5 A; 2B5J A; 5DM6 L; 1O13 A; 1T3V A; 2YHB A; 3CHW A; 4YOV A; 1IBM K; 3HZ6 A; 4FPA A; 3F2K A; 1HNW K; 1P90 A; 3RSE A; 4IDH A; 2P5O A; 3PLA A; 2QI2 A; 4B9U A; 2P9K A; 3LP0 A; 3LDL A; 4U7B A; 4AHR A; 3G6E N; 3NMU A; 4B3S K; 1WSF A; 1U04 A; 1B92 A; 3ZLJ A; 4NO7 A; 5B8H A; 4BRC A; 1HQU A; 4YOW A; 2UXD K; 1KSP A; 3OY9 A; 4B1W B; 2OTJ N; 1K9M O; 3ZYY X; 2DFF A; 1JKH A; 5GIN A; 4ILG B; 3AGR A; 4Z4C A; 5M1N A; 3LPT A; 4O55 A; 2WC9 A; 1NKE A; 3N4P A; 3HPG A; 3OYE A; 1X9W A; 3KWI A; 2ZGZ A; 4DMN A; 3C6H A; 4J2D A; 2JLE A; 1NGA A; 1JXB A; 1ZC6 A; 2VGM A; 4JS4 A; 1WSH A; 4BE0 A; 3IKM A; 1CZA N; 1C0M A; 1RT7 A; 3KKR A; 3FE1 A; 4ILJ A; 1ATS A; 3LDQ A; 2ZWH A; 5BRH A; 1NNE A; 4OKK A; 3G10 A; 4H5V A; 4CJT A; 3D0P A; 2QA4 N; 3DLH A; 3RRG A; 3CM5 A; 5GAE P; 4A2B A; 4PQU A; 5FRM A; 2OCE A; 4CZL A; 5FRN A; 2VG5 A; 4KFB A; 4X65 K; 3CMA N; 1VQP N; 3S3O A; 4H5R A; 3AVK A; 1NJW A; 4HTL A; 3C7N A; 3EZW A; 3W3D A; 4OGE A; 1KLN A; 5LJV A; 1BUP A; 4BQL A; 3ENB A; 4ID5 A; 5CR4 A; 4BDP A; 3HT3 A; 3C6U A; 1HJO A; 3ZT4 A; 1KRP A; 4KI4 A; 2E2Q A; 3OYJ A; 4DSI A; 4FJH A; 4I9Q A; 4JN4 A; 5HLF A; 2YJE A; 4IJN A; 4IOC L; 1JXE A; 3QNO A; 1VSH A; 4KTZ A; 5CZ2 A; 4CJ4 A; 3VF6 A; 3MED A; 4BRE A; 5M1P A; 4AHT A; 2HF4 A; 1QQC A; 4JI4 K; 3FZM A; 4CF1 A; 5KPZ A; 2UYT A; 2V52 B; 3TAG A; 3VEZ A; 3SI6 A; 4WFN L; 3BGR A; 2WON A; 3GG4 A; 4KTQ A; 4BRA A; 4CEC A; 1S6P A; 3O9Q A; 3ULD A; 4DTP A; 1VSL A; 3HPH A; 4IWV A; 3NVM A; 1J6Z A; 3CJA A; 3AA4 A; 1EWQ A; 1MDU B; 1VQ9 N; 1VSM A; 4CBU A; 4CHO A; 3CET A; 4FJM A; 3DWL A; 1S1V A; 2D0P A; 5I9E B; 3EKU A; 3AA2 A; 1HKC A; 4O44 A; 4AHC A; 1JLQ A; 2D0A A; 3OYH A; 4CJ3 A; 3OJS A; 2O8B B; 5KGX A; 3ID8 A; 3HL8 A; 4CJQ A; 4FWS A; 4IO8 A; 3HOS A; 3VQ5 A; 4KB0 A; 3PX0 A; 1I3A A; 3M3Z A; 4FM0 A; 1CXQ A; 5AQK A; 4NXM K; 3I0R A; 2B4J A; 3LDP A; 2KW4 A; 4L8R B; 4OKJ A; 4OLA A; 2BH1 A; 4FSV A; 4DQP A; 4DTS A; 1WSG A; 3S9H A; 2OYQ A; 5AQN A; 3PSI A; 4UQG A; 4WQ4 C; 3SUQ A; 3OYC A; 1X3M A; 3UKR B; 3KLI A; 3O3F A; 1GLA G; 5AR0 A; 4JLH A; 4ELT A; 2LSN A; 3ZSO A; 3LPU A; 3VTI A; 4NB4 A; 1KVA A; 3CPW M; 4ELV A; 2XHB A; 3O5B A; 5BRE A; 4U67 L; 3CER A; 3NF7 A; 2NRH A; 4JKB A; 4FLV A; 3A5M C; 4AM7 A; 2B6A A; 3TSP A; 4IDK A; 1KQS M; 3ENH A; 4JI6 K; 3IRX A; 3A8Y A; 2FSN A; 4BR5 A; 2QWR A; 4CJS A; 4HUE A; 3CJB A; 4DFM A; 1G99 A; 3T1Y K; 3OBW A; 1ZBI A; 4WE1 A; 1C1C A; 5HOO A; 3DLL L; 2HHH K; 3EN9 A; 3CME N; 4K25 A; 1J5E K; 4CJL A; 4FWK A; 1TK5 A; 3OTO K; 3LAM A; 3MXI A; 4DG1 A; 1ZBF A; 4GNI A; 1RTH A; 2YNF A; 3EZ5 A; 1CLQ A; 2DPN A; 4WFB L; 2OAN A; 1D8Y A; 2O8B A; 3SCX A; 3D6R A; 5CZ1 A; 4F3T A; 3CQX A; 1U2V B; 1YJ9 N; 3SBG A; 4M41 A; 2BE2 A; 3T7Z A; 1HPM A; 4MO5 A; 4JKF A; 1RTD A; 3HOT A; 4C8K A; 4M3Y A; 4JI5 K; 4AQY K; 1T03 A; 1ZBH A; 2W6L A; 1NK8 A; 3DOK A; 5C25 A; 1IO2 A; 4E7H A; 4OVL A; 3RR7 A; 2UXB K; 3P38 A; 3D2F B; 1RNH A; 1RBR A; 4PL8 A; 3K57 A; 3TAN A; 3UKR A; 3KK7 A; 3F9M A; 1KAX A; 3CI5 A; 3AVL A; 1T05 A; 4I2Q A; 1VQK N; 1WAF A; 3W0L A; 5AFU H; 3BY5 A; 1BQM A; 3DRS A; 2I5J A; 2R7Y A; 3L0Q A; 2G8V A; 1A5V A; 4CJE A; 2VQF K; 3CCR N; 4IEI A; 5AQO A; 1XNQ K; 2E5L K; 4BE2 A; 3E66 A; 3FZH A; 4JV5 K; 1QS4 A; 5M1O A; 1DGK N; 3H45 C; 4ZHR A; 4K8Z A; 3LAK A; 1XHZ A; 2QK9 A; 1SAZ A; 3J81 O; 2Z1G A; 4O4G A; 2XY6 A; 3QEW A; 1UWB A; 2OZM A; 5HRS A; 5H1S Q; 4BC5 A; 3WXL A; 4JKG B; 3OJU A; 4JI8 K; 1KCF A; 2YCH A; 2UUA K; 3TAP A; 1NGJ A; 1XWL A; 4JKE A; 1IJJ A; 3AO3 A; 4CHZ A; 2NRT A; 1WOQ A; 4C8M A; 4BDZ A; 3SBT A; 4WQ4 A; 5M1Q A; 3CXC M; 3TAF A; 4BR7 A; 2ZF5 O; 5KGW A; 4KHN A; 4GV3 A; 1HRH A; 2HVI A; 1U2V A; 4DHY A; 4FJ8 A; 1IG8 A; 1GLE G; 4DV6 K; 3QB0 A; 1LCU A; 3HBT A; 3AO2 A; 4WCE L; 4WF9 L; 1YIJ N; 2OA8 A; 2ZE2 A; 5AZI B; 2ETJ A; 3P31 A; 4X64 K; 3D2F A; 4YOT A; 3MXJ A; 4NYF A; 2KFN A; 3NH0 A; 1XMQ K; 5FPM A; 4DR4 K; 3JAM O; 3KHY A; 1JJ2 M; 2A6A A; 4HUF A; 4CJ7 A; 3BUZ B; 3HJF A; 4B1Z A; 2HHW A; 3FZK A; 4KHS A; 5EX5 A; 2OPR A; 1JL2 A; 2P51 A; 3QES A; 1VQ8 N; 4LFB K; 4TSX A; 1RTI A; 3WXJ A; 2E4L A; 1S1U A; 1MWM A; 3WUH A; 1HJR A; 3FGU A; 2EWS A; 3C6A A; 4NCA A; 1GLL O; 3EO3 A; 3O4N A; 3MN9 A; 3NF6 A; 3SQ0 A; 1QZ6 A; 3TAR A; 4M63 C; 4FOI A; 3THX B; 4XH4 A; 5HRO A; 3E9O A; 4ID1 A; 2F9T A; 5GAG P; 4CIF A; 3CJ1 A; 3LDN A; 4JKG A; 3VEX A; 1KVC A; 3PO4 A; 1TUY A; 4B9M A; 5HBM A; 3BF1 A; 3V9X A; 1ASV A; 1S72 N; 2PAV A; 3O3G A; 1WUA A; 3J7Y P; 1W2B M; 1QSS A; 4O0J A; 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5C15 A; 4DTR A; 3SUO A; 5EVZ A; 4ISE A; 2IVO A; 4B3M K; 4LFA K; 1MU2 A; 3ZX0 A; 1TL1 A; 3CFO A; 3I33 A; 4LH4 A; 3OYN A; 3AVA A; 2BUP A; 3OYA A; 4F4K A; 2RHK A; 4JYA K; 1RIL A; 2G8K A; 1BIU A; 2E1Z A; 2E6M A; 2WBN A; 2IAJ A; 3S41 A; 4LFC K; 1IKY A; 1SS6 A; 3VEN A; 4CJW A; 1BA1 A; 3IAY A; 4ISF A; 1GOA A; 2QW9 A; 5E41 A; 1C0T A; 3HST B; 3NDK A; 3ZSV A; 1VSD A; 1N36 K; 3AA3 A; 5M1K A; 1EWR A; 1E4G T; 4GVM A; 1F21 A; 1HKG A; 4DS4 A; 4FPB A; 4JHD B; 4FLW A; 1JL1 A; 1TGO A; 4B3R K; 4PY5 A; 4FW2 A; 3I0S A; 2P9N B; 1L3V A; 1BGX T; 2IDO A; 3BF3 A; 1YTA A; 4DKW A; 1VQL N; 1DEJ A; 2ASM A; 5C2F A; 1D9D A; 2KZM A; 2GWJ A; 4Y1D A; 2P9L B; 3J8A A; 4CBW A; 3ZSR A; 4BRP A; 5HL7 L; 4OO1 J; 5AQT A; 4F3O A; 5EXW A; 3DXK B; 1K73 O; 1KFD A; 3VQB A; 4KHW A; 2KHO A; 4Q5V A; 2HHT A; 4DV5 K; 5D3G A; 3MMV A; 5GIP A; 4A5B A; 3OS2 A; 4O0I A; 4FVM A; 3RTV A; 3VF2 A; 4CFA A; 3J80 O; 3MN7 A; 3O1W A; 2A42 A; 4E1M A; 2PBD A; 4RW8 A; 1GOC A; 4CZE A; 2G8W A; 1FW6 A; 4DFK A; 3K9K A; 4KHP K; 1VAZ A; 4HWI A; 3JYT A; 4E7J A; 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