The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
b'KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS'
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
|
| molecule tags |
Ribosome
|
| total genus |
30
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-25 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1HNW K; 1N33 K; 4DUY K; 4X64 K; 5IWA K; 4JI1 K; 1N32 K; 2UUA K; 4LF4 K; 1XNR K; 4DV6 K; 1HNZ K; 4DUZ K; 3J80 O; 4LFB K; 4NXN K; 4LF7 K; 4JI8 K; 4DV3 K; 4DV5 K; 4JYA K; 3J7Y P; 4CVN E; 4DV2 K; 4YY3 K; 4JI7 K; 5AJ3 K; 1HNX K; 2VQF K; 5LMN K; 1FJG K; 4X66 K; 4DR2 K; 4DR3 K; 2UXC K; 4LF8 K; 1IBM K; 5IT9 O; 4GKK K; 4DV0 K; 3J7A P; 4GKJ K; 2ZM6 K; 5A2Q O; 4DR1 K; 4LFC K; 1XNQ K; 2UXD K; 1XMQ K; 1N34 K; 4YHH K; 4NXM K; 2UU9 K; 3JAM O; 3J81 O; 4DV7 K; 5LL6 Z; 1HR0 K; 4DR6 K; 3T1H K; 3OTO K; 4JI0 K; 4DR5 K; 4JI5 K; 2VQE K; 4LF9 K; 2UUB K; 4JV5 K; 4CW7 B; 4DR7 K; 4X62 K; 1IBK K; 4B3S K; 4JI4 K; 4JI2 K; 4DV1 K; 1XMO K; 2UXB K; 4AQY K; 4OX9 K; 4LF5 K; 4LF6 K; 2F4V K; 4KHP K; 4B3M K; 2HHH K; 2UUC K; 5BR8 K; 5LMU K; 4JI3 K; 1N36 K; 3T1Y K; 4X65 K; 4V19 S; 1IBL K; 5FLX O; 4B3R K; 4K0K K; 4DV4 K; 2E5L K; 1J5E K; 4JI6 K; 1I94 K; 4DR4 K; 4LFA K; 4B3T K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3HXM A; 4N76 A; 3CM6 A; 1M1K O; 1Q9Y A; 4BRA A; 4AHS A; 1S22 A; 4OKJ A; 2E2O A; 2HHS A; 4E0D A; 3WNG A; 4MQ3 A; 3O9T A; 3QO9 A; 3KWG A; 5AQQ A; 2EWS A; 1RBR A; 4F8R A; 2IC3 A; 4IXC A; 3W0L A; 3CXC M; 4DV2 K; 4HUF A; 2E88 A; 3F5T A; 4F4K A; 1RT5 A; 3HI0 A; 1RT6 A; 1HNX K; 4FLW A; 2VQF K; 1C6V A; 4CFC A; 4DHY A; 1IBM K; 2HMI A; 3THW A; 4YOR A; 2P9S B; 2G8W A; 4C8L A; 1VQO N; 1A5W A; 4DF8 A; 1BI4 A; 1GLL O; 4C8M A; 5A2Q O; 4DSI A; 2HST A; 3HBT A; 4BC5 A; 1L3V A; 4BWJ A; 1ATR A; 2ASM A; 1EWR A; 4KB1 A; 3IAY A; 5BR9 A; 3JAM O; 1NWK A; 4O0J A; 3NF9 A; 4HHT A; 2G8K A; 3JS6 A; 3K9J A; 4GV9 A; 4BRH A; 3C95 A; 1HR0 K; 4H0V B; 4EZ6 A; 4MDB A; 2O8F A; 1OVQ A; 1S72 N; 1ITG A; 4BWM A; 3SBT A; 1WB9 A; 2UUB K; 4JKE A; 4BRO A; 4K43 A; 3S3O A; 4CD1 A; 2DTU A; 4JI2 K; 4JI4 K; 5AQY A; 1JKH A; 4YNQ A; 4YOV A; 3ULE A; 2UUC K; 4PL8 A; 1TYQ B; 2OZM A; 1RTH A; 4DQP A; 2D0O A; 3B8A X; 4CJW A; 4X65 K; 5FPM A; 3ZCM A; 2A1R A; 3K5L A; 4BR9 A; 4LH4 A; 2EX3 A; 3NGI A; 1WSG A; 2DFE A; 3MN9 A; 3ZSY A; 4W5O A; 3CQY A; 5GIO A; 1G99 A; 4F3O A; 4BRC A; 4FWO A; 4FCY A; 3CME N; 3O3G A; 4YFU A; 1VQP N; 3SAG A; 3PSI A; 3UKR B; 4BC4 A; 3I55 N; 1W0H A; 1QZ6 A; 2NZT A; 4IFY A; 1DEJ A; 5J2M A; 4DQI A; 3ZSZ A; 2G8H A; 3V1O A; 3M8S A; 3TU5 A; 1S9E A; 4J2D A; 4JK9 A; 2YHX A; 4NXN K; 4WYB A; 2KTQ A; 2D0P A; 3O3F A; 3GG4 A; 4CZJ A; 3KK2 A; 4YOX A; 3AO2 A; 4O4G A; 5KQD A; 1UWB A; 1YIT N; 2KFN A; 4FJX A; 4CBW A; 2ZM6 K; 3KZB A; 4DR1 K; 2DFF A; 1U4B A; 1XQS C; 3UB5 A; 3UE5 A; 3DRR A; 4FLV A; 4CF0 A; 3KHY A; 4BR2 A; 1QTM A; 5CHI A; 1WLJ A; 3OJS A; 4O0I A; 2NRX A; 3J7Z O; 3OYJ A; 3J8A A; 4YOY A; 2VYP A; 3WXJ A; 3VQE A; 2WBN A; 2HHQ A; 3A0I X; 4DKW A; 4AHU A; 3MXJ A; 4PUO A; 1K8K B; 2F4V K; 1HNV A; 3AY9 A; 3HOS A; 3LZI A; 4RW9 A; 3ZX0 A; 1FKO A; 3BP8 A; 1QSS A; 1S1V A; 3NF6 A; 5FLX O; 3THW B; 2V7Y A; 4JI6 K; 4M3R A; 3SNN A; 1LWF A; 3DXK A; 3U9D A; 2GEM A; 4WCE L; 1ATS A; 1BI4 B; 3UKU B; 4DTO A; 1XUP O; 4KH5 A; 3DLE A; 3HYF A; 3SZ2 A; 1HRH A; 4BRL A; 1TKT A; 1JL2 A; 1N33 K; 4H5R A; 1NK7 A; 1JXE A; 3I0R A; 3SMS A; 3AVI A; 2NNW A; 3VN5 A; 4IDK A; 1EKE A; 3BF1 A; 3MCA B; 5HOO A; 3F9K A; 3QIN A; 5CYM A; 3BUZ B; 4IO8 A; 3THX A; 1UA0 A; 3EY1 A; 4DV5 K; 4DTJ A; 4KTW A; 4OJR A; 1JLG A; 3AA3 A; 4H5V A; 4GV3 A; 1HQE A; 3GBT A; 4O44 A; 4CGI A; 4R5P A; 5AQG A; 4BDY A; 4CED A; 4IJA A; 2WTU A; 1S9G A; 4B9T A; 5J1E A; 1BUP A; 3KLI A; 2YX6 A; 2FBY A; 2QA4 N; 4ZTF A; 4CK1 A; 3NHG A; 4J8F A; 3AAR A; 5B8H A; 4B9U A; 1XMQ K; 3S41 A; 4AF1 A; 1NGD A; 5DK5 A; 3CER A; 4CIE A; 4EHT A; 3K5N A; 3AVC A; 3ZSV A; 2XY5 A; 4EP5 A; 1C0M A; 3G25 A; 3AGR A; 2X6N A; 5LL6 Z; 5HLF A; 3DLG A; 2FSK A; 1U6Z A; 4DR6 K; 3OYH A; 1HYV A; 2O8D A; 1QZ5 A; 3MWT A; 3VTH A; 4FJ5 A; 4M63 C; 2VQE K; 4LF9 K; 1H1V A; 3DOK A; 1KVB A; 3VQC A; 5HRR A; 3LDL A; 3DOL A; 3CM5 A; 1NGE A; 3VQ4 A; 3L2U A; 3L3V A; 3TTF A; 3NCI A; 3CI5 A; 2VG5 A; 3ENB A; 3OW2 M; 1Q86 O; 1JJ2 M; 4ILG B; 4FM1 A; 3QEP A; 3RRG A; 4FLT A; 4IEE A; 1D9F A; 1ZBI A; 3CJ7 A; 3JXU A; 4Y1D A; 1WAJ A; 2HF3 A; 3ASM A; 4G1Q A; 3G0Z A; 3G71 N; 3TSU A; 1RIL A; 4CEO A; 2P51 A; 1I3A A; 5M1Q A; 4FJ8 A; 1Q7Y O; 3KD1 E; 4B9N A; 1Z6R A; 1BA0 A; 5HL7 L; 2I7N A; 5BPN A; 3PX0 A; 4DSK A; 1WBD A; 1RT7 A; 4RW7 A; 2QXF A; 3KWI A; 4FWL A; 1RDA A; 3QEV A; 3L0Q A; 5AZJ A; 4AHC A; 3FFK B; 3D0P A; 3MN6 A; 3K57 A; 1JLF A; 3AVA A; 4IDH A; 3SV4 A; 3WT0 A; 3NAE A; 4E1J A; 1C0G A; 1VSD A; 3O4N A; 5AR0 A; 3ZT1 A; 2VWK A; 3KK7 A; 3O9R A; 3VER A; 5E41 A; 3CJB A; 1NMN A; 3NF7 A; 4JN4 A; 1NJY A; 3WNE A; 2NRV A; 5AFU A; 3HRG A; 2HHX A; 3MCP A; 1X9J A; 3HP9 A; 3CCV N; 4IG0 A; 2FSN A; 2Q97 A; 4E7H A; 3DLH A; 3C7N B; 3PSF A; 1MA9 B; 3W3D A; 1HQU A; 3BGR A; 3EN9 A; 2VWJ A; 4OPH A; 2P9I B; 2YHW A; 4PKH A; 4BR7 A; 1RBV A; 1WSE A; 1NKB A; 3ULD A; 1CXQ A; 3CJ1 A; 3SJJ A; 4H4M A; 4DTU A; 4FJI A; 4BRQ A; 1HLU A; 1SQK A; 2G8F A; 3M1F A; 4HTL A; 3SLC A; 4DCH A; 4DS5 A; 1K9M O; 1D8Y A; 1T6C A; 3BEX A; 4CW7 B; 4EP4 A; 1WSJ A; 1TUU A; 4NO7 A; 4BRE A; 5JLH A; 4CJQ A; 4RCH A; 5KPZ A; 1X9S A; 3CC2 N; 3FZL A; 4FWP A; 4ID5 A; 4O55 A; 1L5U A; 4CER A; 5AQM A; 1DLO A; 1NJX A; 3H1V X; 2HHH K; 3CG7 A; 3G6E N; 1DTQ A; 3A5O C; 3THX B; 5BR8 K; 3R9P A; 2P9P A; 5I3U A; 2E4L A; 2KHO A; 4JI3 K; 2VG6 A; 4JKD A; 4EAH D; 4DFK A; 3AVL A; 4AHT A; 1KAY A; 1RDW X; 4JK7 A; 1E4F T; 1NGI A; 4BGA A; 1KFD A; 1S1U A; 1ZBH A; 1FXX A; 3LAN A; 3H3N O; 4ID1 A; 1SAZ A; 4PKI A; 3QEX A; 2P9U A; 1JCF A; 3V9U A; 1QQN A; 3VQD A; 4NCB A; 2FBT A; 3VQA A; 2IVN A; 3CCM N; 5JMV A; 3SBG A; 2PBD A; 3KLF A; 1LWC A; 3MEG A; 4HWI A; 4WQ5 A; 1OH8 A; 1NJZ A; 3NMU A; 3M5R A; 4X64 K; 4UQG A; 3DMJ A; 3LDQ A; 2YHY A; 4UY8 O; 2QWO A; 3FZH A; 5SWM A; 4CJP A; 1XNR K; 3NH2 A; 3D6R A; 2O8D B; 4FM0 A; 3OYC A; 4LH5 A; 3SJH A; 2G8U A; 3RMA A; 4A57 A; 1KSP A; 1EWQ A; 4LSN A; 2I7P A; 2OAN A; 5AQO A; 2NLX A; 4B1X B; 4BR0 A; 3PIP L; 1JL1 A; 1VRT A; 4M3W A; 1NM1 A; 2GX9 A; 4B1Z A; 3L6Q A; 4QS9 A; 3VES A; 3CIP A; 1LW2 A; 1Q9X A; 2Z1H A; 3VEV A; 4M42 A; 1S6Q A; 4CCH A; 2FBV A; 4YHH K; 3DLL L; 4XH5 A; 3LP3 A; 4BRK A; 4Z4C A; 1UA1 A; 4EHU A; 4FLZ A; 4Y0W A; 1TYQ A; 2ITM A; 3CQX A; 3NH0 A; 4Z94 A; 4XH1 A; 2QKB A; 1NGF A; 1NK5 A; 1K73 O; 3VOV A; 2ASP A; 3WXM B; 3VQB A; 1QSY A; 5AZJ B; 4N41 A; 3LL3 A; 3SI6 A; 4B3S K; 2F8S A; 4FLU A; 3ENO A; 4FXD A; 4JHD A; 2OPS A; 3UKR A; 1QE1 A; 4BC2 A; 4LF5 K; 3DAW A; 2OZS A; 2RHK A; 3D2E B; 4NLC A; 1KXP A; 3RWU A; 1WAF A; 4JLH A; 2IS3 A; 3ZSR A; 1VQL N; 1YUW A; 2BTF A; 1P8Z A; 4C1N K; 3B6O A; 5T7B A; 5AZI A; 2GWJ A; 3F9M A; 5ELZ A; 1D4X A; 3HK2 A; 4W5N A; 5I42 A; 4Z4I A; 2A3Z A; 4RWT A; 4BRD A; 5M1P A; 5GIN A; 2WFB A; 3O4Q A; 5EU7 A; 3ZSO A; 4WQ4 A; 3V4I A; 1SKR A; 3DLK A; 1HMV A; 4HCB A; 4RG8 A; 1T8E A; 3CPE A; 4H0T B; 4JI1 K; 3AVG A; 3IMX A; 3ZEU B; 2B4J A; 4DV6 K; 4RTF D; 5AQU A; 1WBB A; 3LP0 A; 2ZWH A; 3AO4 A; 1K6Y A; 3QFU A; 2XY6 A; 3NVK A; 4GNI A; 4PHT X; 5HP1 A; 2FBX A; 1V4T A; 2E1Z A; 3VF6 A; 4AM6 A; 2ZJQ L; 2PAV A; 5CZ1 A; 3WQT A; 1RCH A; 5FPD A; 4KRF A; 2A1S A; 4A2A A; 2E6M A; 2YJE A; 3L3U A; 4WQ5 C; 3VEX A; 2UXC K; 3VGK A; 4FK4 A; 2B6A A; 4CBU A; 2BGG A; 4HUG A; 2P9P B; 5BPM A; 3KLH A; 4ISF A; 3TAQ A; 1GLB G; 4ILH A; 5C24 A; 1K8K A; 2ZF5 O; 1Z05 A; 1BL3 A; 2XO7 A; 1XWL A; 2VGN A; 2ZD1 A; 2P9U B; 4FLX A; 1MU2 A; 5FPE A; 3LAK A; 3OS0 A; 2PY5 A; 4XEI A; 5E26 A; 1VSL A; 3CYM A; 5AQP A; 2QW9 A; 2LSN A; 1W7A A; 4OKK A; 3TAN A; 1Q8I A; 3TAF A; 1TV6 A; 1SKW A; 4BQL A; 4BG9 A; 4DSL A; 3UKU A; 3O9Q A; 2YKN A; 3MN7 A; 5FDL A; 4LSL A; 3EEQ A; 1TKD A; 1U04 A; 1ASW A; 3P38 A; 4FZZ A; 2HVH A; 2O8C B; 3AO1 A; 1S1T A; 4E7J A; 3O9U A; 1YT3 A; 3AVM A; 5DM7 L; 3KIO A; 1TKZ A; 4IZ9 A; 1MWK A; 2QK9 A; 3HO1 A; 3TI0 A; 4CI6 A; 3R8E A; 1YIJ N; 4JEP A; 3OYA A; 3NE6 A; 4CHY A; 4IO9 L; 3CD6 N; 4JK8 A; 4K0K K; 2ZGZ A; 3HTV A; 3VGL A; 4B8C A; 3N4P A; 1KC8 O; 3GL1 A; 3OYE A; 1TVR A; 4LFA K; 4BRM A; 3OVN A; 4FPA A; 1FKP A; 2D5R A; 4C8K A; 1RNH A; 1N5Y A; 1R59 O; 3QET A; 1NGC A; 5C15 A; 5KQ8 A; 4DQS A; 1ZYQ A; 3CFO A; 4CJE A; 4MO4 A; 4Z4G A; 4FVM A; 3QEI A; 4KO0 A; 1GLJ O; 2F8T A; 2E2Q A; 5M1N A; 5ADX A; 4GW6 A; 4J2E A; 2G8I A; 4IEI A; 4BQZ A; 3B6P A; 4PQU A; 4CF1 A; 2D0A A; 3AVF A; 3ZX2 A; 3E66 A; 3HVR A; 4M3Z A; 3RSE B; 4WQ4 C; 4JHD B; 2CGL A; 3TTD A; 2X74 A; 4BVO A; 3DJC A; 3A2F A; 1M90 O; 5C12 A; 2YHB A; 3ATV A; 4FW1 A; 2KFZ A; 3SUP A; 2NRW A; 1C1B A; 3HVT A; 3VQ9 A; 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1YJ9 N; 3QIP A; 1L3T A; 4OPA A; 2HF4 A; 3I33 A; 3KK3 A; 3SPZ A; 5IT9 O; 4KHQ A; 1ATN A; 5HRS A; 3VQ6 A; 4CGH A; 1QS4 A; 5EXW A; 2GUI A; 2I5J A; 3SQ0 A; 4BGB A; 3O1B A; 4ISG A; 1T6D A; 3E9P A; 1XNQ K; 1TKX A; 4J2B A; 5AQF A; 1U49 A; 1GLA G; 3D45 A; 5TKW A; 4JKA A; 1ZXO A; 2RF2 A; 4CZL A; 3K58 A; 2PZS A; 4DLE A; 5JS1 A; 3V6D A; 1KQS M; 1VSM A; 4ICL A; 3MX5 A; 3QBW A; 4OLA A; 1SL2 A; 4BC3 A; 3KKR A; 4CF9 A; 3TAR A; 4KAZ A; 4F3T A; 1V4S A; 4DB3 A; 1X3M A; 2D0B A; 1TL1 A; 4CJ3 A; 3CFP A; 3MDQ A; 3QNO A; 3T3F A; 1HJO A; 2FF3 B; 1R0A A; 2GBZ A; 1ILY A; 1IH7 A; 5M1K A; 3BF3 A; 5JIC A; 3VMF B; 1E4G T; 4KI6 A; 2NUB A; 5EOY A; 3WXK A; 1S3X A; 4EZ9 A; 1OVY A; 1J9A A; 4FZY A; 1F21 A; 4RW4 A; 1IBL K; 3FFI A; 4BE1 A; 1WSI A; 1S5J A; 1CZA N; 3TSQ A; 1HPZ A; 3LDN A; 4F2S A; 2J4R A; 4AIL C; 1XC9 A; 4CK2 A; 4DFM A; 1RBS A; 4B3T K; 4BRN A; 1JXB A; 3U3G A; 1HNW K; 1VSH A; 4MFB A; 3A5M C; 2ETJ A; 5AQI A; 1IO2 A; 3CPW M; 3EL2 A; 4Z4F A; 4IJN A; 3SQ2 A; 1D5A A; 3EZW A; 4FJG A; 4DLG A; 1QVF M; 1VQ6 N; 1RBT A; 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