The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
28
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
4'-O-Substitutions Determine Selectivity of Aminoglycoside Antibiotics
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
16S RIBOSOMAL RNA
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| molecule tags |
Ribosome
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| total genus |
28
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| structure length |
119
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| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-07-26 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF9 K; 4B3S K; 1XNQ K; 4JI6 K; 4JV5 K; 4X65 K; 2UUA K; 4CVN E; 4X66 K; 4DV1 K; 3J80 O; 4OX9 K; 2ZM6 K; 1HNX K; 4K0K K; 4JI5 K; 4JI3 K; 1N33 K; 1N34 K; 1IBM K; 1XMO K; 4LF4 K; 1FJG K; 3T1Y K; 2UXC K; 4JI2 K; 1XNR K; 3JAM O; 4DV3 K; 4LF6 K; 5IWA K; 4LF5 K; 4LF8 K; 5LMN K; 5FLX O; 4DV0 K; 1IBK K; 4AQY K; 5IT9 O; 4DV4 K; 4DV5 K; 4KHP K; 4LF7 K; 4YHH K; 2E5L K; 4NXN K; 2UXD K; 4DR5 K; 4DR1 K; 1HNZ K; 4B3R K; 5BR8 K; 4NXM K; 4B3M K; 2UU9 K; 4DV2 K; 4DR3 K; 4DR7 K; 4LFB K; 4DV7 K; 4X64 K; 1N36 K; 4YY3 K; 4JI1 K; 5A2Q O; 1IBL K; 3OTO K; 2UUC K; 4LFC K; 4DR2 K; 1HR0 K; 1N32 K; 4X62 K; 2VQE K; 4JI7 K; 4DUZ K; 3J7Y P; 2F4V K; 1XMQ K; 4B3T K; 3T1H K; 4LFA K; 4DR6 K; 4JYA K; 1HNW K; 5LL6 Z; 5AJ3 K; 5LMU K; 4DR4 K; 4JI4 K; 4DUY K; 2UXB K; 4GKK K; 4DV6 K; 3J81 O; 4JI8 K; 1I94 K; 3J7A P; 2HHH K; 2UUB K; 4V19 S; 4JI0 K; 4CW7 B; 4GKJ K; 2VQF K; 1J5E K; #chains in the Genus database with same CATH topology 3FE1 A; 1XNQ K; 3ZSR A; 1Z25 A; 4PA1 A; 1NGE A; 1LOT B; 5HP1 A; 2P1J A; 1EQY A; 3M1F A; 4B8C A; 4YOT A; 4CJU A; 1DEJ A; 4H03 B; 1XHZ A; 1KRP A; 4BC5 A; 5D3G A; 3VF2 A; 4Z4G A; 2UXC K; 1RFQ A; 1XNR K; 1NLV A; 3EEQ A; 4K41 A; 2FLO A; 4CJK A; 4BRG A; 4XH1 A; 4NO7 A; 3ZT4 A; 1RNH A; 1VQP N; 3AGR A; 3DI6 A; 4FJ8 A; 3OVN A; 4CHO A; 1A5W A; 4OKK A; 2FBT A; 4DV0 K; 3QNN A; 4WYB A; 5J2N A; 2VG7 A; 1L3T A; 2G8K A; 3HZ6 A; 2RHK A; 5CY4 A; 3DRP A; 3HXM A; 4DFJ A; 4B3R K; 3TAN A; 3MN6 A; 3W3D A; 4M45 A; 3WNH A; 4CZH A; 4GNI A; 2HHT A; 3BGR A; 4JKH A; 3GL1 A; 2HHW A; 1KVA A; 2Z1H A; 2OTL N; 5JS2 A; 4CK2 A; 3OYD A; 3MWT A; 1K8K B; 3KD5 E; 4NYN A; 1DTT A; 3SUN A; 4BRK A; 2VQE K; 3CG7 A; 1VSF A; 1XMQ K; 2IOC A; 5GIP A; 2G8F A; 1JLA A; 4H5N A; 2QXL A; 2ZGY A; 3DRR A; 3QEW A; 3QET A; 4MO4 A; 4B8A B; 2HHS A; 2P9K B; 4CI6 A; 3BF3 A; 3N4Q A; 3SUP A; 4W5T A; 1QSS A; 4JI4 K; 4BRH A; 1TKX A; 1NBW A; 4H0X B; 3VEZ A; 3H1Q A; 3SUO A; 4NB4 A; 4BR4 A; 5GAG P; 4IFV A; 3P4I A; 1LWF A; 1SL0 A; 4LY7 A; 4HTL A; 3N4P A; 3M8P A; 1NK6 A; 1R0A A; 2QKB A; 4FW1 A; 4EFH A; 2W6K A; 4JS4 A; 4BE1 A; 3NH1 A; 3V9W A; 3AVC A; 4Z4C A; 5C0Y A; 3BZK A; 5E41 A; 5HRO A; 3CMA N; 4K42 A; 4I7F A; 4U67 L; 2Y1J A; 4YOV A; 1WSJ A; 3NGY A; 2FSN A; 3VGM A; 4AM6 A; 4ZTF A; 1BIS A; 2VCP A; 1DT9 A; 3CJ1 A; 4RW6 A; 4B1Z A; 1ZBH A; 1T8E A; 3VES A; 2YNG A; 4N41 A; 4FWK A; 4I6M B; 5HBM A; 2G8I A; 4CEO A; 2B5J A; 2KLA A; 3A0I X; 1M1K O; 1NOZ A; 3LAK A; 3B8A X; 1VAZ A; 3QDK A; 4MFB A; 1KLM A; 3OYK A; 4DV4 K; 1GLE G; 5I3U A; 4M7Y A; 2QI2 A; 4BAC A; 2V52 B; 2JGU A; 4JKA A; 2I7P A; 3LPU A; 2D0C A; 4BY9 C; 3JXU A; 4BRD A; 4NXM K; 1NMN A; 2YX6 A; 5M1P A; 4C8O A; 1J54 A; 4EP5 A; 3L4Q A; 5C42 A; 3HM8 A; 2CGL A; 3KVG A; 5C2D A; 4JAX A; 1ILY A; 1N36 K; 3T1A A; 4DU1 A; 3O9U A; 1BO5 O; 3QEI A; 4ILJ A; 2O8B A; 3CFP A; 2WBN A; 1BA0 A; 5GAD P; 4A2B A; 5HRR A; 3HTV A; 4M63 C; 4O5F A; 3KLF A; 2B6A A; 2PYL A; 3I0R A; 2G8H A; 3G4S N; 2O8F A; 1RDB A; 5BPN A; 5MLC Q; 3NF7 A; 3O1B A; 4M3T A; 2WTU A; 4W5N A; 3QEX A; 4CZM A; 4CHY A; 1KSP A; 3MXJ A; 5C24 A; 2VWB A; 3DLK A; 1ATS A; 3UKU A; 1C0F A; 2AP1 A; 4FLZ A; 3IS9 A; 3BF1 A; 3VEN A; 1JLG A; 1WB9 A; 3V9U A; 4JI8 K; 4WQ5 A; 4DCH A; 3IRX A; 4FM2 A; 4C8K A; 3ZT2 A; 5T7B A; 4HUG A; 4BRI A; 1KFS A; 1VSE A; 1YVU A; 4RCH A; 1ZYQ A; 1Q81 O; 3CER A; 3DXK B; 1HRH A; 5GIN A; 1WBD A; 1JLF A; 5JVH L; 4DSJ A; 5AR0 A; 1RT5 A; 2PBD A; 4IZ9 A; 5CYQ A; 1NJI O; 3E1Y A; 3ZX2 A; 2BGG A; 1VQ5 N; 1H1V A; 1NGG A; 3CFR A; 4DV3 K; 3H3O B; 3ULD A; 4GW6 A; 5J2P A; 3CF5 L; 1WOQ A; 4DTU A; 1HNV A; 2E2N A; 3EZW A; 4LF8 K; 1IG9 A; 3VQ7 A; 1X3N A; 1D4X A; 2ZJQ L; 4CBU A; 2A5X A; 3OS0 A; 2D0A A; 3ASM A; 4YOR A; 4Z4E A; 3M6G A; 1C6V A; 1JLE A; 3M8S A; 1LWE A; 3R6M A; 1MA9 B; 4GY2 B; 4JHD B; 4IEE A; 4O0J A; 2A42 A; 3MEC A; 2VG6 A; 1V4T A; 3AVB A; 4YOW A; 2P9U A; 3I0S A; 2OA8 A; 1U2V B; 2F7T A; 4X64 K; 4MQ3 A; 1BCO A; 1KVB A; 3CQX A; 4CZG A; 5A2Q O; 3I55 N; 2YHB A; 5JLH A; 1SZ2 A; 4PUO A; 3MN9 A; 3KKR A; 3LPT A; 3ZT3 A; 2V7Y A; 3J7Y P; 2F4V K; 2YHW A; 3JS6 A; 3ZX0 A; 4HUF A; 4B3T K; 3TPQ A; 3RMC A; 2QTD A; 4JYA K; 4KH6 A; 3SPZ A; 4DR4 K; 4N47 A; 1J9A A; 1IV0 A; 3VQ9 A; 2ETJ A; 1EP4 A; 4AHC A; 3AO2 A; 3VOV A; 1VQ6 N; 3RR7 A; 4CEF A; 5AQF A; 3CQY A; 2QK9 A; 3NBP A; 3DLE A; 1HPM A; 5AZJ A; 1VSD A; 3ZSW A; 4F2S A; 3LM2 A; 4KH5 A; 2XRI A; 3IUC A; 2UUB K; 5E84 A; 4FLU A; 3CC2 N; 3ZSY A; 1C0U A; 5M1Q A; 1RDW X; 3GG4 A; 1BA1 A; 2E2Q A; 2ITM A; 3QER A; 4JI6 K; 3LZI A; 2NRW A; 3AY9 A; 4CVN E; 3K58 A; 1I3A A; 2VYP A; 3PO5 A; 1S9E A; 4DQS A; 3AAP A; 1BWF O; 2HVI A; 4FZZ A; 3OBW A; 2YCH A; 4CJV A; 1QVF M; 3THW A; 4A61 A; 2XY5 A; 1KLN A; 3KK7 A; 4I2Q A; 3O9R A; 1YHQ N; 3PSF A; 3AO4 A; 1QQM A; 1GLF O; 4KHS A; 4E89 A; 1JCF A; 1RTD A; 3MAQ A; 5AQJ A; 3C7N A; 2IVP A; 4CK1 A; 3E9P A; 4LD0 A; 3GDQ A; 5JMV A; 3AVH A; 3EE9 A; 3QBX A; 4JK7 A; 2XY8 A; 4GVE A; 3CJB A; 4AQY K; 1VQL N; 4ELU A; 2ZJP L; 1QSY A; 3VMF B; 2RF2 A; 2F9T A; 1U45 A; 2OPR A; 3FZH A; 4IDK A; 3VQ8 A; 2UU9 K; 1B9D A; 2Q97 A; 1BG3 A; 4L8R B; 4DR7 K; 3VGL A; 3JYT A; 1T44 A; 4XEI A; 3CPW M; 3LM9 A; 3WXJ A; 3E01 A; 3MX5 A; 4CJR A; 4JKG B; 4JI7 K; 4PKI A; 1S1U A; 4KKO A; 1IG8 A; 4O0I A; 1S1W A; 2IIR A; 4EZ6 A; 4AHR A; 4DTX A; 4B1U B; 3CPE A; 4CIG A; 4FJG A; 5AZI B; 4EZ9 A; 2IS3 A; 3EO3 A; 5AQK A; 2YHX A; 4DSI A; 1T7P A; 1BOT O; 2OAN A; 2P9I B; 3I33 A; 4KFB A; 3CYM A; 3L2R A; 3P31 A; 3V1O A; 3RR8 A; 2EWS A; 4DTM A; 3SJJ A; 3AV9 A; 1JLB A; 3T69 A; 3D2F B; 4FM0 A; 3AVM A; 1LV5 A; 4CGI A; 1BDG A; 3DLL L; 3TAR A; 2IGI A; 2E20 A; 4WFB L; 2YNF A; 3EKU A; 2OPP A; 3MCA B; 5HRS A; 5SWM A; 3CET A; 1BIU A; 1UAX A; 3L2Q A; 4G9Z A; 4DV1 K; 2BH1 A; 2NLX A; 4CHQ A; 3CCQ N; 4B9V A; 5FPE A; 3L2W A; 3AVG A; 1HQU A; 3G0Z A; 4JI3 K; 1NGC A; 3ITH A; 3RTV A; 4DSL A; 3BZC A; 1FJG K; 4FWN A; 2GX9 A; 4CJP A; 3VF6 A; 2PYJ A; 2OYQ A; 3KZB A; 3NF6 A; 5KPZ A; 4KHU A; 4FJM A; 3O4W A; 4FVM A; 2QXF A; 2LSN A; 4JKF A; 4KBO A; 4BRO A; 3OS2 A; 4BR2 A; 3HVR A; 4HVJ A; 1KAX A; 4TSX A; 4IOA L; 1NJX A; 2KQ2 A; 4LF7 K; 3M8Q A; 2F8S A; 1TYQ A; 2E5L K; 3O4Q A; 5CYM A; 5GIO A; 3A2F A; 4BRQ A; 3AA2 A; 4KB1 A; 4H0T B; 4XH4 A; 4DTJ A; 1G99 A; 3OBY A; 3M8R A; 4JK9 A; 5AQN A; 4F2R A; 2O8E A; 2O4G A; 1BIZ A; 1CXQ A; 3ZSZ A; 1RBT A; 4BE0 A; 3ZEU A; 1JXB A; 1CLQ A; 3QFP A; 4E7K A; 1NK7 A; 3AA4 A; 4CGD A; 3A8Y A; 2UUC K; 3O5B A; 1ZBL A; 4CJ7 A; 4B9U A; 5GAE P; 4M3W A; 4X62 K; 1BI4 B; 3FLC O; 2ITG A; 3IG1 A; 3CCM N; 1VQN N; 4PL7 A; 1W7A A; 3D2E A; 4CGH A; 1GLJ O; 2X6S A; 3TTF A; 3EYZ A; 4HTU A; 3BEX A; 2W41 A; 2ZE2 A; 3AVA A; 5AQT A; 4H0Y B; 3VQD A; 5HOO A; 4YFU A; 4KHW A; 4KB0 A; 3BUZ B; 3WEE A; 1NKB A; 3ENO A; 3G25 A; 4BDP A; 2ZJR L; 3LP3 A; 4QS9 A; 1N8R O; 1VQK N; 3MK6 A; 4BRP A; 3QES A; 3NF9 A; 1QSL A; 1QQC A; 2FBV A; 3VEV A; 1C1B A; 3S3N A; 1IKV A; 1J5E K; 1WLJ A; 2Q0U A; 3LDO A; 4CEB A; 3LDS A; 4B9N A; 4LF9 K; 1FXX A; 2O8C A; 4B3O A; 2ZF5 O; 1LWC A; 4AH9 A; 2A6A A; 4X65 K; 1X3M A; 3OYE A; 1HMV A; 2WUS A; 2KFN A; 1WAJ A; 4JI5 K; 3V9X A; 2HND A; 3Q7C A; 2NZT A; 3OYJ A; 4A2A A; 3H1V X; 4BG8 A; 3AA5 X; 1RBU A; 4CJ4 A; 4LF4 K; 3OJU A; 2P51 A; 3LL3 A; 3JAM O; 1LW2 A; 2OCE A; 5LJV A; 1YIT N; 1VSJ A; 1F21 A; 2NRX A; 3H3N O; 4PKH A; 4RW4 A; 4CF1 A; 4LF5 K; 4EAH D; 4HHT A; 3O80 A; 1K73 O; 1XI1 A; 4Z4F A; 3UIQ A; 1WSG A; 4FJI A; 3WQU A; 3EY1 A; 3TAP A; 5LMN K; 2VWJ A; 4KRE A; 3PIO L; 3QIC A; 4WF9 L; 3G71 N; 1VSL A; 4MDB A; 5FRM A; 1VSM A; 2ZQB A; 3V9Z A; 5BRF A; 1Y64 A; 2KHO A; 3EZ5 A; 4CFA A; 4FJH A; 2HVH A; 1L3V A; 3K5L A; 1NK9 A; 4BC4 A; 3HK2 A; 3D0P A; 4ISF A; 2IC3 A; 5C12 A; 4K25 A; 1S5J A; 1QZ5 A; 4DV7 K; 3GE1 A; 3O1W A; 3WNE A; 3TAE A; 4FVU A; 4IKF A; 2E8A A; 4KTZ A; 3SLC A; 3RSE A; 1L3U A; 3TI0 A; 4B1V A; 3IAY A; 4IEI A; 3VPZ A; 3DOL A; 4EP4 A; 5KPT A; 3KLI A; 3T1H K; 1ASV A; 4LC9 B; 3JSM A; 2RPI A; 3U9D A; 4DS4 A; 3A5M C; 3MED A; 2X74 A; 4BRL A; 4IO9 L; 4ID5 A; 4JKD A; 1C1A A; 1CZA N; 1WBB A; 4PY5 A; 3WXM B; 3D45 A; 3A5L C; 3LDQ A; 5AQX A; 4JKE A; 4XH5 A; 3UB5 A; 1W97 L; 2BE2 A; 5BRE A; 2HHH K; 4J2E A; 1TGO A; 3KLE A; 1RIL A; 3FZF A; 5K14 A; 4JRQ A; 4GV9 A; 3SQ2 A; 3P1G A; 4WQ4 C; 1K9M O; 4RW7 A; 1Q9X A; 3S3M A; 4OGC A; 2E6M A; 2O8B B; 1TUY A; 1VQ4 N; 2UUA K; 1KAZ A; 4YNQ A; 2HNY A; 4EHU A; 1JXE A; 4CJS A; 3AAR A; 4K0K K; 1DKG D; 3MWP A; 1YUW A; 3ZSV A; 1Q9Y A; 1TK5 A; 3HL8 A; 1N34 K; 1NOY A; 2HBL A; 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1M90 O; 2HF3 A; 4AM7 A; 3P83 D; 3VQE A; 3R9P A; 2F96 A; 3GBT A; 1HX1 A; 5FRN A; 4YDU C; 2Q31 A; 4EHT A; 4QCL A; 4KH4 A; 1RDU A; 3THY A; 4CHZ A; 1DLO A; 3KWI A; 1NGB A; 4E7J A; 5AZJ B; 1IH7 A; 2ASO A; 1XQS C; 1G15 A; 4BR7 A; 4AHU A; 1ESV A; 3C94 A; 4BRC A; 1SUQ A; 4B3M K; 4M3R A; 4ZTJ A; 3NFA A; 3KLG A; 2X78 A; 1S1T A; 3E9O A; 3VTI A; 3ZET B; 1BQM A; 4JI1 K; 1VRT A; 4CER A; 4C8M A; 2QW9 A; 3DXM B; 1ZC6 A; 3B6O A; 3KIO A; 4BC2 A; 4Q0B A; 3PO4 A; 3THW B; 4WCE L; 4KHQ A; 4FWM A; 3TR8 A; 1HNI A; 4BR9 A; 1Z26 A; 1GLB G; 3THV A; 5GAH P; 1TKZ A; 4LFA K; 3C7N B; 5M1F A; 3LAL A; 4CED A; 2OZM A; 1Q86 O; 1EWQ A; 1WSE A; 3PSI A; 3V1Q A; 1FKP A; 2D4W A; 1X9J A; 3OS1 A; 2NNW A; 5CE3 A; 4Y1D A; 3S3O A; 1QVG M; 3DWL A; 5JS1 A; 3AVN A; 2QWR A; 4FWR A; 2VQF K; 1MWK A; 4FLY A; 1Z6R A; 1I39 A; 3CJ9 A; 1LW0 A; 2YJF A; 5LJW A; 1P90 A; 1IKW A; 3UKR B; 4DQ8 A; 5F1X A; 3U4L A; 1TV6 A; 5EY4 A; 2AA4 A; 3OYL A; 4CFC A; 4C8N A; 4OX9 K; 1HJO A; 4QAG A; 2D5R A; 5AQM A; 1UOC A; 2QWN A; 3OY9 A; 1BHL A; 5BN9 A; 2Q2R A; 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