4B49A

1.15 a structure of lysozyme crystallized without 2-methyl-2,4- pentanediol
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Crystallization of Lysozyme with (R)-, (S)- and (Rs)-2-Methyl-2,4-Pentanediol
pubmed doi rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b49A00
4HTKA 1B7OA 2MECA 5KXYA 1C45A 3HBEX 4HP0A 1P2CC 1BWIA 1REMA 1VATA 1IWZA 2F4AA 1F10A 4XADA 4YF2A 2C8OA 1HEQA 4NGIA 5T3FA 1NHEA 4LYZA 2BQFA 4L41A 5J7CA 5KXMA 1LMOA 1AKIA 1GF0A 1UIFA 2MEEA 3IWRA 6LYZA 1CJ7A 2DQAA 1LPIA 1JJ1A 1I56A 5LVHA 1LSYA 4GN3A 4II8A 1YL0X 1W08A 2Z12A 1D6QA 1DQJC 1JTOL 1D6PA 1LJNA 3AGGG 1YROA 2A7DA 2X0AA 1HEOA 2HUBA 1UICA 2B5ZA 1G7LC 2DQHY 4Z3MA 5ILFA 3WPKA 5F14A 4PGJB 5DN5A 5L3HA 1EQ5A 1B5YA 1WQMA 5IDDA 2Q0MX 5KXXA 1DI5A 3A96A 2F2NA 2VB1A 4NGOA 1B5ZA 4XJDA 5KJ9A 1ZV5L 4G49A 3EBAB 4ETAA 4X3BA 3ZVQA 3A90A 1VDTA 1LJ3A 4OOOA 2ZNXY 1XGPC 1CKDA 4PRQA 1KIRC 5DLAA 1NBYC 4ETDA 1JJ0A 1LZEA 3CQLA 3F6ZA 2BPUA 5C6IA 1LZTA 2MEDA 1FLQA 4HTQA 1OUFA 1UUZC 2YBHA 3BKVA 1JTPL 4NWEA 2HEFA 1YQVY 2BQMA 3GXRA 1I1ZA 1IWWA 4RW2A 1IWVA 1DZBX 3A93A 1BB3A 4J1BA 3P64A 4J7VA 4UWUA 1GB2A 3ZVQB 3WUNA 1F0WA 4CHXA 4E3UA 1QTEA 3AJNA 2F30A 2Z18A 4N9RA 3QNGA 4IASA 1IWTA 2BAAA 2MEFA 5HQ1A 2CDSA 4NEBA 4OWAA 1GDXA 1HMLA 1B5WA 2EPEA 5FHWA 3IJUA 3TXHA 1JKBA 4GN5C 4NHTA 3WW5A 2YDGA 2YSSC 1VDQA 2HEAA 1V7SA 2ZWBA 1INUA 2FYCA 1IVMA 1LSDA 1IC5Y 3B6LA 1LMNA 4G9SA 132LA 4YM8A 1BVXA 2D6BA 4O34A 3WVXA 4G4BA 2XBRA 5KXWA 1IO5A 1OUBA 1OUGA 1VFBC 1GBOA 4NFVA 1C10A 134LA 1GAYA 2BQLA 4NSHA 2Y8PA 1GB3A 1KXWA 1B7QA 1GF9A 1BVKC 4Z46A 2H5ZA 1HEPA 4LZTA 3N9CA 3WL2A 1LSMA 3W6CA 1T3PA 1FLYA 4H9IA 5F81A 2AUBA 4RLMA 1F6SA 1TEWA 4WM6A 1HF4A 1G7HC 1OUJA 1EL1A 1V7TA 2ZYPA 4RLNA 2ZYCA 1LMPA 4WM5A 4R0FA 7LYZA 1CKFA 3B0OA 4GLAA 4CJ2A 3GXKA 4N1CC 2BQDA 1GB6A 5HNCA 4WG7A 1A4VA 2YVBA 1GB0A 1JWRA 5B59A 4DWXA 1B5UA 1MELL 1CKHA 2RSCA 3ATNA 3WW6A 1GF7A 3J4GA 4B49A 4DD2A 4H92A 4YEMA 5KKJA 4Z41A 1VEDA 3TXGA 1XGQC 2LYZA 1OUDA 4B1AA 1LSGA 4NSIA 3ULRA 3HBHA 1DI4A 1GB5A 4WL6A 1NMMA 1GE4A 153LA 2BQJA 2BQNA 4XJGA 5I4WA 2ZIJA 2YBLA 5APCA 1IOCA 4ETEA 4GCCA 4NGKA 5KXSA 3P4ZA 3D9AC 4IJ4A 1HELA 1YKXX 4OWEA 1DXJA 5LAGA 4N8ZA 1D0LA 3K3TA 4BAFA 2BQKA 4HPIA 1GF6A 1LJFA 4P2EA 4OWHA 1LZRA 4LYCA 4DYGA 4H1PA 1BHZA 5F9UA 3KAMA 1UCOA 3TMWA 2A7FA 4MSTA 4LFXA 4XJFA 5A3ZA 1DPWA 1HNLA 1RCMA 2G4QA 3A6BY 1LJ4A 3A3RX 1NWGA 3A6CY 4H8XA 4OOTA 1LAAA 4GLVA 1LYSA 3B0KA 5DL9A 3WXTA 3A8ZA 1GE1A 2Z37A 5I53A 4WM2A 2H9KA 1LSEA 1FLUA 1GBWA 2Z39A 2ZIKA 4W96A 1CKGA 3P66A 3TXFA 1GF4A 2LZ2A 2DQJY 5LVIA 1IY3A 2DQFC 1GFVA 1LSPA 2DBTA 3EXDA 8LYZA 4WO6A 2HU3A 4WMGA 3W6FA 1GFRA 1XEKA 1YIKA 4H9FA 4R6CA 2G4PA 4XJIA 5FEKA 2BQCA 1IR8A 1IOTA 1WTMA 2IFFY 4HJVA 1IP3A 1FKQA 4UWNA 1YAOA 4LT0A 1SLYA 1WTNA 3RU5A 2WARA 5D5CA 3RZ4A 1LOZA 2YBMA 193LA 2YBNA 4LYMA 1LZYA 1LJHA 4EMNA 3QY4A 5IELA 4B4JA 2N5ZA 1O23A 4NG1A 4TUNA 1B5VA 1J1OY 1NBZC 5LVKA 4NWHA 1RE2A 4WLXA 1GFKA 4HSFA 1REYA 4LT2A 4YEOA 3A95A 1D0MA 4NHQA 1NQIA 5B06A 2FBDA 4NGLA 4U3XB 194LA 5II3A 1REZA 3LYTA 1GF8A 4WLDA 1KIQC 3WH1A 1G7JC 4LGKA 5B1GA 5ILCA 5B05A 2EKSC 4WG1A 4WOAA 1XGTC 4H9EA 3M18B 4KT3A 1QDTA 1UIEA 1YKZX 1IP7A 1C08C 1IR7A 2DQDY 4HJZA 4I8SA 4N0JA 4J0LA 5F16A 3RNXA 2MEAA 1GBZA 1YAPA 4ML7A 4BAPA 1OQMA 1NF5A 1GE3A 1G7IC 1GEVA 5EBHA 1LMCA 3ATOA 1PS5A 4XJBA 3TMUA 1WQOA 2ZILA 1JPOA 1WQPA 1HENA 3CT5A 4KL7A 5DM9A 5B1FA 1LSNA 2PC2A 1LZGA 1B7SA 1CKCA 1QTKA 1OUEA 1JIYA 4HV1A 1QDRA 1UIHA 2HU1A 1LSAA 1TBYA 4W94A 1BWHA 3P65A 1C46A 4DDCA 1A2YC 4DC4A 5KXPA 1GBYA 5F9XA 1LZ1A 4G4HA 4H9BA 4GCBA 4IATA 5DN4A 3A34A 3TXDA 4H90A 1RI8B 4NGYA 1VAUA 4TTDA 1GFAA 1CJ6A 1LMQA 4H94A 4M4OA 1T6VL 1YANA 2HTXA 4B4EA 4ET8A 1N4FA 1XGRC 1PZYA 3WU7A 3G3AB 4BADA 3N9EA 1JUGA 4QEQA 3A92A 3WMKA 1LZSA 5KXZA 1CNSA 2G4NA 3EO5A 5I54A 3RW8A 2W1YA 5HLLA 2LYOA 2XTHA 4LT1A 2CJLA 4H8ZA 1LMAA 3EMSA 4HJYA 4AGAA 2EIZC 1JEFA 1LMTA 4LT3A 4XN6A 1XEJA 2Z19A 3TMXA 1UACY 208LA 4CFPA 3TXBA 2HEBA 1B7MA 2BQEA 2D4KA 1OUCA 3AB6A 3TXIA 4XJHA 1B7NA 5LAFA 1GAZA 1GF3A 4HPEA 1LZ4A 1AZFA 1TAYA 3BKHA 1GFEA 1LHKA 1GF5A 4H9AA 1LHIA 5APFA 3CSRA 3LYZA 1LZBA 4WO9A 1RFPA 1VDPA 4ZEEA 5KXTA 2DQIY 2LHMA 2HECA 4DT3A 1HFZA 1QQYA 1WVVA 1GPQC 1JKAA 2HEEA 1IP6A 1DKKA 1JSFA 2LYMA 1BB7A 1LZNA 1B2KA 1FBIX 1OP9B 1ZVHL 1VDSA 2YBJA 3LYMA 4NSJA 5LA8A 1F6RA 4AXTA 1G7MC 4PJ2C 5K7OA 4OWBA 1IY4A 2BLYA 1SQ2L 5AMYA 1IORA 1GDWA 3WVYA 1IWUA 5L3IA 3LZ2A 1LZAA 1LSFA 1B9OA 4FDYA 1BB6A 1LYOA 3OJPA 3WUMA 1LJGA 1UIBA 4NGVA 4QDNA 1JHLA 1Z55A 5D5FA 4B0DA 4H93A 2DQEY 5KXRA 2BQGA 5LA5A 4LYOA 4WM1A 1OUAA 4TSCA 1TDYA 4UWVA 2BQOA 4WLYA 1GBSA 1DPXA 5HNLA 3AZ6A 2MEGA 3FI7A 4WL7A 1AT5A 1YKYX 3E3DA 2BQHA 2D91A 5FDJA 5KY1A 1YILA 4OW1A 3CSQA 3P68A 1JKCA 4KXIA 1XEIA 5I4YA 2W1XA 1HFYA 1HHLA 1IC4Y 2I25L 3A94A 3MGWA 1KXYA 1LZ8A 3LHMA 4NHIA 1IOSA 1IOQA 1WQRA 3FE0A 1AM7A 1E8LA 1OUIA 3LYOA 1JJ3A 5C6JA 5M1YA 4MR1A 1GB9A 4A7DA 133LA 1LSCA 3M3UA 1IP2A 2ZNWY 4NY5A 2ZQ4A 3T6UA 5IHGA 5KXOA 2Z2EA 1JTTL 1DKJA 1H87A 5I5QA 4NHSA 1LTMA 1C43A 4KPMA 4CFOA 1BWJA 1NDMC 1HC0A 3T36A 3J6KA 1LJIA 1LKSA 3W6AA 3WXUA 4CGEA 3B72A 2MEBA 3TXEA 5LVGA 1QUSA 3IJVA 4G4CA 3N9AA 1D0KA 4NIJA 4PHIA 3WYHA 1UBZA 1LSZA 3AGIA 2D4JA 4TWSA 3SP3A 3D3DA 1EQ4A 2MEIA 1DI3A 1LJKA 4M6DA 4WLTA 1J1XY 2YBIA 5APEA 5KKIA 1GE0A 1B7PA 2D4IA 5FELA 207LA 1IWXA 4NSGA 1LJEA 4H9CA 1REXA 2CGIA 4GCDA 3TXJA 1BQLY 1RJCB 1HFXA 5LYTA 3LZTA 1IP1A 3HBDA 1IEEA 4H9HA 4N1EI 4NGWA 3ZEKA 5LVJA 3WPLA 2C8PA 9LYZA 5LYMA 1GFUA 1W6ZA 1GBXA 1H6MA 3CSZA 3RT5X 4DD1A 3HFMY 1HERA 4BS7A 1LYYA 1UIGA 4H91A 1BGIA 4XYYA 1HSWA 2XBSA 4NHPA 4ETCA 1GD6A 2BLXA 4N5RA 4C5FA 2W1LA 1CJ9A 1JITA 4HV2A 1GFHA 4D9ZA 2BQIA 1LZ9A 4OWCA 1HMKA 4XENA 1GFGA 1WQQA 3VWOA 5HMJA 4DD7A 5FSTA 5KXNA 1IX0A 1EQEA 4MCKA 2EQLA 1GHLA 2GV0A 1LJJA 3W6BA 2CWIA 4RW1A 1HEWA 1LZ6A 154LA 3WU9A 5LXWA 4ZIXA 3AZ4A 4B4IA 1UC0A 1FDLY 1QIOA 1NDGC 2DQCY 4YOPA 1XSFA 1JSEA 1TCYA 4H8YA 4DD0A 5A3EA 1GFTA 1YAMA 4Z98A 3TMVA 2Z2FA 1WVUA 3WUAA 1NKHA 1LHJA 2HEDA 3A91A 1LCNA 3AZ5A 4GCFA 1WQNA 3OK0A 4GCEA 3G3BB 1QUTA 4NGJA 1B7RA 2FBBA 4ET9A 2IHLA 4HTNA 4DDAA 1ALCA 2NWDX 4FJRA 1B5XA 4RDSA 3A3QA 4QGZA 1UIDA 5APDA 3W6DA 5KXLA 1GB7A 1LZCA 2XJWA 1GB8A 4J1AA 1IP4A 1FKVA 1ZVYB 3AYQA 4I0CA 1BB5A 1D9UA 1IC7Y 4ANRA 5HMVA 1FLWA 1BB4A 1GXV2 1OUHA 4PRUA 3WPJA 1ZMYL 3CT1A 1GFJA 1XFPL 1XGUC 1YL1X 4WM4A 3W6EA 4NG8A 4DDBA 1QSAA 1GE2A 1LZDA 1CJ8A 4C3WA 1GXXA 4WM3A 5I4XA 4DD3A 5JENB 3AGHA 2FYDA 4YENA 5B07A 1IR9A 3A67Y 3CT0A 3LN2A 1HSXA 4ZFPA 1GEZA 1LKRA 1QSWA 2BQBA 3AW6A 1B7LA 2W1MA 2H9JA 4ETBA 2DKVA 6LYTA 1JKDA 1LHHA 5L9JA 5LYZA 1B0DA 1KXXA 1C7PA 5LINA 2DQGY 3AW7A 3CB7A 1LHMA 1FN5A 4TSBA 1LYZA 3AZ7A 1IWYA 5KXKA 1LSBA 4DD9A 1YAQA 1HEMA 1AT6A 1LZ5A 1UA6Y 2BQAA 1GWDA 2F4GA 5E4PA 2I26L 1IP5A 1KIPC 3WU8A 2ZQ3A 5FCPA 4LYTA 1I20A 2I6ZA 1J1PY 4EOFA 1IIZA 4GN4A 4LFPA 3B0IA 5C6LA 5E9RA 3W3EA 2Z38A 4NGZA 4TX7A 1MLCE 135LA 4LYBA 2LZTA 4QY9A 1LHLA 5LIOA 3TXKA 3QE8A 1JISA 2MEHA 4PPOA 1UIAA 3WULA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HTKA 1PQMA 1B7OA 5KXYA 1P2CC 4EPIA 1IWZA 1AKIA 1L53A 1G0GA 1I56A 5LVHA 1L0JA 2Z12A 1YROA 2HUBA 5DN5A 1WQMA 4I7PA 2F2NA 4DAJA 4I7KA 1B5ZA 3FADA 4G49A 2OTZX 1L25A 1C6JA 2NTHA 3A90A 1VDTA 1LJ3A 1KIRC 1NBYC 3GUIA 1LZEA 3F6ZA 1L00A 4I7SA 167LA 1LZTA 2MEDA 4HTQA 1OUFA 1L36A 1P56A 4ARJA 1JTPL 1EPYA 2HEFA 4K5YA 4J1BA 4DKLA 1L01A 1P3NA 3SB7A 155LA 1L81A 4IASA 2RH1A 1IWTA 5HQ1A 2CDSA 1B5WA 2EPEA 1C63A 3TXHA 1JKBA 2YSSC 2HEAA 1INUA 175LA 4G9SA 132LA 4O34A 1L71A 233LA 1C67A 2XBRA 1OUGA 1C10A 4Z46A 1L11A 4LZTA 4H9IA 1PQOA 2RBPA 4R0FA 7LYZA 5HNCA 3RUNA 1MELL 2RSCA 3ATNA 1L84A 4H92A 197LA 3TXGA 1XGQC 242LA 1L90A 2LYZA 4B1AA 1LSGA 250LA 1DI4A 4WL6A 153LA 1QS5A 1D3JA 2BQJA 4XJGA 5I4WA 1IOCA 3P4ZA 1CX6A 1L09A 4N8ZA 1CTWA 4I7TA 1LZRA 1BHZA 1UCOA 1L47A 4LFXA 199LA 130LA 3A3RX 3A6CY 1LAAA 2LC9A 3B0KA 5DL9A 3HTFA 1GE1A 2H9KA 1LSEA 1L42A 1GFVA 1LSPA 224LA 1QUDA 3JR6A 1L83A 2HU3A 4DQ7A 4R6CA 1L41A 4H9FA 4XJIA 201LA 1IP3A 1FKQA 2OU8A 213LA 255LA 4LT0A 1SLYA 3RU5A 2RAZX 4NG1A 4TUNA 1B5VA 1NBZC 1C62A 4NWHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HTK A;  1B7O A;  2MEC A;  5KXY A;  1C45 A;  3HBE X;  4HP0 A;  1P2C C;  1BWI A;  1REM A;  1VAT A;  1IWZ A;  2F4A A;  1F10 A;  4XAD A;  4YF2 A;  2C8O A;  1HEQ A;  4NGI A;  5T3F A;  1NHE A;  4LYZ A;  2BQF A;  4L41 A;  5J7C A;  5KXM A;  1LMO A;  1AKI A;  1GF0 A;  1UIF A;  2MEE A;  3IWR A;  6LYZ A;  1CJ7 A;  2DQA A;  1LPI A;  1JJ1 A;  1I56 A;  5LVH A;  1LSY A;  4GN3 A;  4II8 A;  1YL0 X;  1W08 A;  2Z12 A;  1D6Q A;  1DQJ C;  1JTO L;  1D6P A;  1LJN A;  3AGG G;  1YRO A;  2A7D A;  2X0A A;  1HEO A;  2HUB A;  1UIC A;  2B5Z A;  1G7L C;  2DQH Y;  4Z3M A;  5ILF A;  3WPK A;  5F14 A;  4PGJ B;  5DN5 A;  5L3H A;  1EQ5 A;  1B5Y A;  1WQM A;  5IDD A;  2Q0M X;  5KXX A;  1DI5 A;  3A96 A;  2F2N A;  2VB1 A;  4NGO A;  1B5Z A;  4XJD A;  5KJ9 A;  1ZV5 L;  4G49 A;  3EBA B;  4ETA A;  4X3B A;  3ZVQ A;  3A90 A;  1VDT A;  1LJ3 A;  4OOO A;  2ZNX Y;  1XGP C;  1CKD A;  4PRQ A;  1KIR C;  5DLA A;  1NBY C;  4ETD A;  1JJ0 A;  1LZE A;  3CQL A;  3F6Z A;  2BPU A;  5C6I A;  1LZT A;  2MED A;  1FLQ A;  4HTQ A;  1OUF A;  1UUZ C;  2YBH A; 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 3OK0 A;  4GCE A;  3G3B B;  1QUT A;  4NGJ A;  1B7R A;  2FBB A;  4ET9 A;  2IHL A;  4HTN A;  4DDA A;  1ALC A;  2NWD X;  4FJR A;  1B5X A;  4RDS A;  3A3Q A;  4QGZ A;  1UID A;  5APD A;  3W6D A;  5KXL A;  1GB7 A;  1LZC A;  2XJW A;  1GB8 A;  4J1A A;  1IP4 A;  1FKV A;  1ZVY B;  3AYQ A;  4I0C A;  1BB5 A;  1D9U A;  1IC7 Y;  4ANR A;  5HMV A;  1FLW A;  1BB4 A;  1GXV 2;  1OUH A;  4PRU A;  3WPJ A;  1ZMY L;  3CT1 A;  1GFJ A;  1XFP L;  1XGU C;  1YL1 X;  4WM4 A;  3W6E A;  4NG8 A;  4DDB A;  1QSA A;  1GE2 A;  1LZD A;  1CJ8 A;  4C3W A;  1GXX A;  4WM3 A;  5I4X A;  4DD3 A;  5JEN B;  3AGH A;  2FYD A;  4YEN A;  5B07 A;  1IR9 A;  3A67 Y;  3CT0 A;  3LN2 A;  1HSX A;  4ZFP A;  1GEZ A;  1LKR A;  1QSW A;  2BQB A;  3AW6 A;  1B7L A;  2W1M A;  2H9J A;  4ETB A;  2DKV A;  6LYT A;  1JKD A;  1LHH A;  5L9J A;  5LYZ A;  1B0D A;  1KXX A;  1C7P A;  5LIN A;  2DQG Y;  3AW7 A;  3CB7 A;  1LHM A;  1FN5 A;  4TSB A;  1LYZ A;  3AZ7 A;  1IWY A;  5KXK A;  1LSB A;  4DD9 A;  1YAQ A;  1HEM A;  1AT6 A;  1LZ5 A;  1UA6 Y;  2BQA A;  1GWD A;  2F4G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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