4B49A

1.15 a structure of lysozyme crystallized without 2-methyl-2,4- pentanediol
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallization of Lysozyme with (R)-, (S)- and (Rs)-2-Methyl-2,4-Pentanediol
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b49A00
1IR8A 1SLYA 1JJ0A 1NWGA 1MELL 1VAUA 4L41A 4NIJA 2HTXA 2Y8PA 3AB6A 1D9UA 2I6ZA 3J4GA 5B05A 1BHZA 1LKSA 3WUMA 1H6MA 5IDDA 2ZWBA 2GV0A 4TWSA 1GB9A 1PZYA 5HQ1A 3AZ6A 1NDGC 1REYA 1LZRA 3TXHA 3AGGG 132LA 5KXMA 4HJZA 3WUNA 1F6RA 1HNLA 1LMPA 2YBLA 4WG1A 5HNLA 4G9SA 4WG7A 1TCYA 4YENA 5M1YA 4PGJB 1BB7A 2BLXA 4QEQA 3B72A 5FDJA 5T3FA 5KKJA 2HU3A 1IOSA 5LYMA 1SQ2L 1ALCA 2H5ZA 4H8YA 4OW1A 1AT6A 1RJCB 1XEKA 1WTNA 4ZEEA 2FYDA 4KXIA 1QQYA 1JKDA 1YKXX 5DLAA 1KXWA 1DI5A 1HEWA 1GB5A 1DZBX 4E3UA 4B4JA 1BGIA 1YIKA 2HEAA 1LSCA 5LA8A 1B5YA 1GAYA 4NWHA 1E8LA 1HHLA 4MCKA 1LZ5A 4B4EA 1DKJA 8LYZA 1JEFA 1OUBA 2BQAA 1XEIA 3AJNA 2EPEA 4HSFA 1B5ZA 2LZTA 4W96A 1IO5A 4XJHA 4DD0A 1TDYA 2F4AA 1IP4A 4H9HA 1LYZA 4J7VA 4GN3A 2MEHA 3N9AA 2I26L 1LSMA 1UUZC 4NSJA 4B1AA 1UA6Y 5LAFA 1IP3A 2YBJA 5LXWA 4LYZA 1IORA 1B7NA 1GDWA 1LYYA 4WM6A 3N9EA 4HPIA 3ZVQA 1QUSA 4D9ZA 2N5ZA 2X0AA 4OWBA 1LJEA 4B0DA 1JISA 3T6UA 1GF3A 1XFPL 1DPXA 2LYMA 5KXTA 3WW6A 4LZTA 1JJ3A 1IP2A 1IWTA 1GB8A 1LZGA 1D6PA 3LYZA 1LYOA 3WU9A 1IP5A 4H91A 1DPWA 1INUA 1I56A 1FN5A 4WLDA 1VFBC 4HPEA 1JUGA 1QDTA 4GCEA 4LT1A 4QGZA 1QUTA 1JHLA 4DDAA 4HJYA 1GE1A 4RLMA 2LHMA 3IWRA 133LA 3CT1A 1FLYA 1CKCA 5KXRA 2HECA 1WVVA 4H92A 4PJ2C 1HFZA 1GBXA 5FELA 4HTQA 1UIGA 5II3A 5KXZA 4M4OA 1GF6A 4BADA 1I1ZA 3A90A 2F30A 4H9FA 2EQLA 5LVIA 5L9JA 2CGIA 4J1AA 1XGQC 9LYZA 1BB4A 4G4CA 1KXXA 2DQFC 2W1MA 4QDNA 1LZYA 1VATA 3RW8A 2BAAA 1C08C 3A8ZA 4LGKA 3WPKA 4KPMA 1QTKA 3OJPA 2D4KA 1RFPA 4O34A 1C7PA 3CSQA 1LKRA 3A93A 2IFFY 5KKIA 3P64A 4H94A 3RT5X 1B7RA 1LZ9A 3HBDA 1LHKA 1B0DA 4DT3A 2H9JA 1GD6A 5F9XA 2W1LA 1T6VL 2A7DA 4RLNA 4NG8A 4H9BA 4WL6A 4FJRA 5APDA 1CKDA 4LYMA 1BB6A 4EOFA 1IWZA 1W6ZA 5FHWA 1H87A 2AUBA 1KIRC 1FKVA 1OUAA 2DQDY 1IR7A 2DQHY 1NBZC 1CKFA 1FLUA 1KIQC 1LPIA 2FBDA 4WO6A 4XENA 5F14A 5LAGA 1B7LA 2VB1A 4ETAA 5B07A 4LT3A 4AGAA 1UIDA 1AKIA 1EQ4A 1YKYX 2B5ZA 2BLYA 3WL2A 4DD2A 1GE0A 2WARA 1G7JC 3AGIA 1HEQA 4HP0A 5I53A 2ZNXY 2BQNA 1QSAA 3CSZA 5AMYA 3TXJA 5LYTA 4DD9A 2BQDA 3IJVA 1RI8B 4OOTA 1GBYA 1BVXA 1LJNA 1LJ4A 1V7TA 1P2CC 1HMLA 1LZNA 2Z18A 4N1EI 1B7QA 2Z19A 4H90A 1IP7A 1GFHA 2A7FA 1J1PY 4HJVA 4LYCA 1JJ1A 5A3ZA 2BQMA 1OUIA 4OWHA 1HEMA 1LMCA 2LZ2A 1PS5A 4RDSA 4WOAA 5HLLA 3AZ4A 3J6KA 4Z3MA 1OUGA 1LJFA 1EL1A 4RW2A 3A3RX 1BWJA 1LJKA 1RCMA 4WM2A 5E4PA 4CFPA 1GB6A 2DKVA 5C6LA 5J7CA 2BQKA 1GFAA 1XSFA 4ETBA 4NHTA 3WPJA 4HTNA 153LA 1JKAA 4PRQA 1IEEA 2MEGA 4RW1A 5KXYA 1FLWA 5LVJA 4G4BA 4XN6A 1OP9B 1OUCA 1BB5A 1LSZA 3LZTA 3A94A 5LVHA 4DD7A 3G3BB 1GBWA 3SP3A 1IIZA 1GPQC 3AW6A 3CT0A 2XBRA 1OUDA 5HMVA 1GBSA 5KY1A 1HFYA 1XGRC 4H8XA 3WXUA 5LINA 4XJBA 3D9AC 2HEEA 1LJIA 1J1XY 1NF5A 2PC2A 1AM7A 5KXPA 4PPOA 5KXLA 1JITA 4XYYA 1G7LC 3BKVA 3F6ZA 5ILCA 1LJ3A 2BQEA 1F6SA 1LTMA 1RE2A 1A2YC 2MEBA 2XJWA 4NHIA 3EXDA 4NY5A 2CDSA 2YBNA 3P68A 3TXIA 4UWVA 3ATNA 3W6FA 1B5UA 1YILA 4GCFA 5D5FA 4NGIA 2Z12A 1D0KA 3D3DA 4YEMA 3LYTA 1B7PA 2D6BA 4QY9A 1HMKA 2FBBA 5L3IA 1A4VA 3TMVA 1GFTA 1FLQA 1YROA 1LHIA 1LMAA 4OWEA 4XJDA 4ANRA 1QIOA 1VEDA 1D0MA 1C43A 1D0LA 4LYOA 1LHLA 1LHJA 3RNXA 1HSXA 4B49A 4NGYA 1FBIX 1FKQA 2BQBA 3GXRA 1GAZA 1LSYA 2BPUA 1IVMA 1LMNA 1IWWA 5APCA 2DQIY 3AGHA 3QNGA 3ATOA 3LZ2A 1IOTA 4KT3A 2MEAA 4C3WA 1LYSA 4H93A 2Z37A 3EO5A 1REMA 1NMMA 4WM4A 1CJ6A 1JSFA 4XADA 1G7MC 4N0JA 4CFOA 1IC4Y 4PHIA 4CGEA 3B0OA 4C5FA 4CHXA 4WLXA 1DI3A 1IWVA 1LSFA 1WQQA 2BQIA 2Z2EA 3AYQA 2LYOA 2ZILA 4HV1A 4NGWA 4TSBA 4TTDA 2FYCA 5FEKA 3A91A 5JENB 4A7DA 1WQNA 1AT5A 1WQMA 2HEBA 4NSHA 1IWUA 4WM5A 4GLAA 2RSCA 4II8A 3W6BA 1UIHA 1GFEA 4GCDA 5KXOA 4OWAA 3E3DA 1UIBA 1LZ6A 2ZYCA 1CJ9A 4U3XB 3WU8A 4MR1A 4WLYA 4EMNA 1ZVYB 1VDQA 2BQJA 4GCBA 1YAOA 1YQVY 1LJJA 1LOZA 2H9KA 1JTTL 4YF2A 1JKCA 4N1CC 4XJFA 3WW5A 2W1YA 4WM1A 5F16A 1O23A 3RZ4A 3W6EA 1QSWA 1HERA 4NGOA 1B5WA 1G7IC 3P66A 1GBZA 1WQOA 3P4ZA 4NHPA 4YOPA 1LZTA 1JTPL 2BQGA 4OWCA 1B2KA 2BQCA 5LIOA 1FDLY 2CJLA 2HEFA 3TMXA 1CKHA 1XEJA 1YAPA 4DYGA 1REXA 3WUAA 4ETEA 6LYZA 3A34A 2C8OA 1JIYA 2CWIA 1HSWA 2I25L 2MECA 3WH1A 1YL0X 4ETCA 4CJ2A 1LSBA 4YEOA 2YBIA 3CQLA 4LT2A 1LZ8A 3TMUA 3FE0A 3AZ7A 1LZSA 1GE3A 1HC0A 2G4PA 4MSTA 3GXKA 4Z41A 4H8ZA 1NKHA 3P65A 5B59A 5FCPA 1IOQA 3ZEKA 1CNSA 4NWEA 3LHMA 3LYOA 1B7OA 1B9OA 1GB7A 1HFXA 5C6IA 5DN5A 1OUHA 3WMKA 3CB7A 3QY4A 2F2NA 2ZNWY 1V7SA 1LSNA 1GFUA 2LYZA 2ZYPA 4FDYA 5F9UA 1HENA 4NEBA 1DQJC 4TX7A 2BQOA 2ZIKA 1GB3A 208LA 4GCCA 1IR9A 4WM3A 1GF7A 4X3BA 1B7MA 1IC5Y 5KJ9A 1F10A 1EQ5A 1JPOA 3B0IA 1D6QA 3HFMY 1LSAA 1LZEA 3ULRA 1GF9A 1WQPA 4IATA 4R6CA 4XJIA 4H9CA 1YKZX 5KXWA 1UACY 4GN5C 3WVXA 2MEEA 3KAMA 3ZVQB 1I20A 4DD3A 5APEA 1UICA 1QDRA 3B6LA 4B4IA 4UWNA 4LFPA 2HUBA 1IWYA 2IHLA 4BAPA 1TBYA 3TXEA 4LYTA 1J1OY 2C8PA 5APFA 3W6DA 5B1FA 1NHEA 3A6BY 1CJ7A 1UIAA 2D91A 1TAYA 2DQCY 3A92A 4GN4A 4P2EA 1LSDA 1EQEA 5E9RA 5IELA 1IX0A 1GXV2 4XJGA 3WYHA 1YANA 5I54A 1GEZA 1GFGA 1GFKA 2ZQ3A 4DD1A 1IOCA 2G4NA 2Z39A 3A95A 1N4FA 2MEDA 1HEPA 4TSCA 6LYTA 4N8ZA 3TXBA 3WULA 1LAAA 2ZIJA 1UIFA 4NGVA 1BQLY 4KL7A 5FSTA 2HU1A 3K3TA 4ET9A 1GDXA 2DQJY 1MLCE 1YL1X 5DM9A 5EBHA 1NBYC 1QTEA 1ZVHL 1LZ4A 3AW7A 1B5VA 1LHMA 2YBHA 3EMSA 2DQGY 3A6CY 4N9RA 4DWXA 2DBTA 1UBZA 4NGLA 4UWUA 3HBHA 1GE2A 193LA 1GHLA 2Q0MX 1OUJA 2W1XA 5LYZA 1LHHA 1GEVA 1NDMC 1VDSA 4G4HA 3TXDA 5I5QA 2YVBA 1CKGA 4WMGA 5B1GA 1G7HC 4NSIA 2YDGA 3IJUA 4ML7A 4DDCA 1F0WA 1HF4A 1LCNA 1LMQA 2EIZC 4H9EA 4NG1A 1JWRA 5HMJA 5I4WA 4WL7A 1JKBA 3LYMA 3W6CA 4WLTA 5DN4A 2ZQ4A 3T36A 1GF5A 3W3EA 5LA5A 4DC4A 1LZ1A 1KXYA 4H9IA 2MEFA 2MEIA 1BB3A 3AZ5A 4NGJA 4NGKA 5F81A 3RU5A 4H1PA 3LN2A 4H9AA 1YAMA 1GF4A 1LZCA 4ETDA 1LSPA 1XGUC 1HEOA 1LSGA 4M6DA 1LJGA 1ZMYL 5I4YA 3A3QA 5KXSA 5K7OA 1LSEA 1WTMA 2YBMA 1DXJA 1WVUA 4IJ4A 3WVYA 7LYZA 1CJ8A 1GWDA 5ILFA 3TXFA 3WPLA 1LMTA 4LFXA 2XTHA 4OOOA 4I8SA 2YSSC 1B7SA 3QE8A 4I0CA 4LT0A 135LA 1XGTC 3A67Y 1VDTA 4BAFA 1LMOA 2BQHA 1DKKA 2NWDX 207LA 1C46A 3FI7A 3TXKA 1BWHA 1B5XA 3CSRA 4NSGA 1WQRA 3W6AA 3B0KA 3TMWA 3EBAB 5L3HA 1LZDA 2F4GA 4PRUA 1GXXA 1TEWA 1LZBA 4W94A 5DL9A 1OUEA 3WXTA 4NHQA 1GB2A 3A96A 4Z98A 4ET8A 4WO9A 1ZV5L 4NHSA 134LA 2DQEY 4NGZA 4ZFPA 5KXXA 1GB0A 2D4JA 4N5RA 5KXNA 1BWIA 3G3AB 3TXGA 1UCOA 1UIEA 2DQAA 4BS7A 1C10A 3BKHA 1IWXA 5LVGA 1LJHA 1REZA 5A3EA 1T3PA 1JTOL 5B06A 1OQMA 4Z46A 1HELA 1DI4A 3OK0A 4YM8A 1GFRA 1XGPC 3N9CA 4G49A 3M3UA 4NFVA 5C6JA 5HNCA 1OUFA 1NQIA 4J0LA 2BQFA 1YAQA 1UC0A 194LA 3HBEX 1GE4A 1IC7Y 1JSEA 2XBSA 1W08A 5D5CA 3WU7A 1IP1A 2EKSC 2Z2FA 1AZFA 4GLVA 5KXKA 154LA 2HEDA 1GBOA 4DDBA 3M18B 1GFVA 4HTKA 4J1BA 1BVKC 5I4XA 2D4IA 1IY3A 1C45A 4ZIXA 2G4QA 1GFJA 1GF0A 1KIPC 4IASA 4R0FA 3VWOA 1Z55A 3MGWA 1VDPA 4HV2A 4LYBA 4TUNA 1LZAA 4AXTA 5LVKA 1IY4A 1IP6A 5IHGA 3CT5A 1GF8A 2Z38A 2BQLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JJ0A 2B6XA 173LA 2Y8PA 2GV0A 1P5CA 5HQ1A 1L54A 5HNLA 5M1YA 3B72A 1SQ2L 1ALCA 2H5ZA 1AT6A 1XEKA 189LA 1WTNA 3GUNA 1KXWA 1DI5A 120LA 1L80A 1BGIA 2HEAA 1B5YA 4MCKA 8LYZA 1OUBA 169LA 2EPEA 1B5ZA 1T8GA 2LZTA 4W96A 4XJHA 1TDYA 1LYZA 2I26L 4B1AA 1JISA 1L32A 185LA 1GF3A 4I7LA 2LYMA 2B6WA 1D6PA 1IP5A 2RB2X 3HTGA 1DPWA 1INUA 3DNAA 1C6MA 4WLDA 4GCEA 4QGZA 1L03A 1L97A 192LA 3CT1A 2HECA 4H9FA 5LVIA 165LA 1XGQC 1ZURA 1BB4A 2W1MA 1L79A 1T97A 4QDNA 4YXAC 2BAAA 1L89A 4KPMA 1QTKA 2D4KA 1D2WA 3CSQA 4I7KA 3OE0A 1XEPA 3HBDA 113LA 201LA 2A7DA 1BB6A 1IWZA 1H87A 1QTZA 247LA 1QT8A 4XENA 5F14A 1B7LA 2VB1A 3GUIA 4ARPA 2RB1X 1EQ4A 2BLYA 237LA 1GE0A 2WARA 3AGIA 5LYTA 1L71A 4OOTA 1LJNA 1HMLA 4H90A 1C6NA 4OWHA 1PS5A 5HLLA 1CV5A 5E4PA 4CFPA 1GB6A 2DKVA 4ETBA 1QT3A 1L86A 4RW1A 177LA 1L96A 1OP9B 1OUCA 1LSZA 3LZTA 3GUMA 1L04A 1GBWA 1GPQC 2XBRA 3D4SA 1OUDA 5KY1A 4H8XA 3GULA 3D9AC 2PC2A 227LA 5ILCA 3F6ZA 1LJ3A 4NY5A 1RE2A 3EXDA 2CDSA 2YBNA 1G0JA 1YILA 2ANVA 4QY9A 5L3IA 1C64A 1L46A 1D0MA 1FBIX 1GAZA 1IVMA 1LMNA 1IWWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1IR8 A;  1SLY A;  1JJ0 A;  1NWG A;  1MEL L;  1VAU A;  4L41 A;  4NIJ A;  2HTX A;  2Y8P A;  3AB6 A;  1D9U A;  2I6Z A;  3J4G A;  5B05 A;  1BHZ A;  1LKS A;  3WUM A;  1H6M A;  5IDD A;  2ZWB A;  2GV0 A;  4TWS A;  1GB9 A;  1PZY A;  5HQ1 A;  3AZ6 A;  1NDG C;  1REY A;  1LZR A;  3TXH A;  3AGG G;  132L A;  5KXM A;  4HJZ A;  3WUN A;  1F6R A;  1HNL A;  1LMP A;  2YBL A;  4WG1 A;  5HNL A;  4G9S A;  4WG7 A;  1TCY A;  4YEN A;  5M1Y A;  4PGJ B;  1BB7 A;  2BLX A;  4QEQ A;  3B72 A;  5FDJ A;  5T3F A;  5KKJ A;  2HU3 A;  1IOS A;  5LYM A;  1SQ2 L;  1ALC A;  2H5Z A;  4H8Y A;  4OW1 A;  1AT6 A;  1RJC B;  1XEK A;  1WTN A;  4ZEE A;  2FYD A;  4KXI A;  1QQY A;  1JKD A;  1YKX X;  5DLA A;  1KXW A;  1DI5 A;  1HEW A;  1GB5 A;  1DZB X;  4E3U A;  4B4J A;  1BGI A;  1YIK A;  2HEA A;  1LSC A;  5LA8 A;  1B5Y A;  1GAY A;  4NWH A;  1E8L A;  1HHL A;  4MCK A;  1LZ5 A;  4B4E A;  1DKJ A;  8LYZ A;  1JEF A;  1OUB A;  2BQA A;  1XEI A;  3AJN A;  2EPE A;  4HSF A;  1B5Z A;  2LZT A;  4W96 A;  1IO5 A;  4XJH A;  4DD0 A;  1TDY A;  2F4A A;  1IP4 A; 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 4LFX A;  2XTH A;  4OOO A;  4I8S A;  2YSS C;  1B7S A;  3QE8 A;  4I0C A;  4LT0 A;  135L A;  1XGT C;  3A67 Y;  1VDT A;  4BAF A;  1LMO A;  2BQH A;  1DKK A;  2NWD X;  207L A;  1C46 A;  3FI7 A;  3TXK A;  1BWH A;  1B5X A;  3CSR A;  4NSG A;  1WQR A;  3W6A A;  3B0K A;  3TMW A;  3EBA B;  5L3H A;  1LZD A;  2F4G A;  4PRU A;  1GXX A;  1TEW A;  1LZB A;  4W94 A;  5DL9 A;  1OUE A;  3WXT A;  4NHQ A;  1GB2 A;  3A96 A;  4Z98 A;  4ET8 A;  4WO9 A;  1ZV5 L;  4NHS A;  134L A;  2DQE Y;  4NGZ A;  4ZFP A;  5KXX A;  1GB0 A;  2D4J A;  4N5R A;  5KXN A;  1BWI A;  3G3A B;  3TXG A;  1UCO A;  1UIE A;  2DQA A;  4BS7 A;  1C10 A;  3BKH A;  1IWX A;  5LVG A;  1LJH A;  1REZ A;  5A3E A;  1T3P A;  1JTO L;  5B06 A;  1OQM A;  4Z46 A;  1HEL A;  1DI4 A;  3OK0 A;  4YM8 A;  1GFR A;  1XGP C;  3N9C A;  4G49 A;  3M3U A;  4NFV A;  5C6J A;  5HNC A;  1OUF A;  1NQI A;  4J0L A;  2BQF A;  1YAQ A;  1UC0 A;  194L A;  3HBE X;  1GE4 A;  1IC7 Y;  1JSE A;  2XBS A;  1W08 A;  5D5C A;  3WU7 A;  1IP1 A;  2EKS C;  2Z2F A;  1AZF A;  4GLV A;  5KXK A;  154L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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