4B4EA

1.00 a structure of lysozyme crystallized with (r)-2-methyl-2,4- pentanediol
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Crystallization of Lysozyme with (R)-, (S)- and (Rs)-2-Methyl-2,4-Pentanediol
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b4eA00
194LA 4NSJA 5FCPA 3LHMA 4R0FA 2Y8PA 2HEEA 4RLMA 4WG1A 2D4JA 5KXYA 1BVXA 1GBYA 1KXYA 2ZNWY 4P2EA 2EIZC 3TXFA 5C6IA 1F0WA 3T6UA 4HV1A 1REZA 3AGHA 1FLQA 4RDSA 4B4IA 2BAAA 4NGJA 3WW6A 5IELA 1INUA 5LAGA 3TMWA 1OUJA 1OUBA 1D6QA 1UIAA 3AZ7A 2DQGY 2PC2A 1GFAA 4FDYA 1JWRA 4U3XB 4NHIA 2EKSC 5KXZA 5KXKA 3F6ZA 1XEIA 1LHHA 3N9EA 2Z18A 4GN3A 4ZIXA 4NY5A 1DI5A 2I6ZA 4LT3A 3GXKA 132LA 1B5UA 3TXIA 4DD0A 4N1CC 153LA 1LSAA 1JUGA 5KJ9A 5KXRA 1HEMA 1LHKA 1OUHA 3LYZA 3LYOA 4XJDA 4HSFA 1JJ1A 1GBWA 1EQEA 2Z2FA 3B72A 5J7CA 1TDYA 1QDRA 5F16A 3N9CA 1LSPA 3A93A 1LZDA 1A2YC 4FJRA 1UIHA 1LJHA 2YBIA 3WPJA 5LA5A 1GE1A 1HENA 2W1MA 1IWVA 1WQPA 1RCMA 1UBZA 1XGRC 5APEA 4XYYA 1HEQA 3N9AA 4WO6A 5DL9A 134LA 1TAYA 1CJ8A 1LSFA 1UCOA 4J0LA 2VB1A 3IJVA 4WM5A 5EBHA 4QGZA 1EL1A 1TBYA 3B0KA 3WVYA 1EQ4A 1IWTA 1GF6A 3CSQA 1VATA 1YL1X 5HLLA 5KKJA 1CKGA 1HEPA 1C46A 3OK0A 1HHLA 4WLDA 3AW7A 1GDXA 1CKFA 2WARA 2DQFC 1H6MA 1GFRA 4NGIA 5F9XA 1G7HC 1B7NA 5ILFA 1XGUC 4XJIA 3OJPA 3WXTA 1GF9A 5LVHA 1JTPL 3LN2A 4RW1A 1WTMA 1IWXA 1RFPA 4NHQA 1LSNA 3CT0A 1G7LC 4WM6A 1WTNA 5D5FA 1JIYA 2ZQ4A 4DYGA 5II3A 2F4GA 2G4QA 1LZEA 1G7IC 2ZIKA 1REXA 3D9AC 1IO5A 4NFVA 3RW8A 3VWOA 3ZEKA 4DD3A 4DDAA 1VFBC 1DPWA 2BQOA 5A3ZA 1W6ZA 1WVVA 1GB5A 4I0CA 2G4PA 1IR8A 2EPEA 3A6CY 1B2KA 3AJNA 2DQJY 1YAPA 3WL2A 4BAFA 2MEGA 4OWCA 3LZ2A 4H1PA 1BB4A 4ETAA 4C3WA 1LHJA 1DQJC 4OOOA 4WLTA 1IEEA 4NG8A 5F14A 3J6KA 2F2NA 2FBDA 1WVUA 1IWWA 1LZ6A 2BQEA 4GN5C 2H9KA 4IJ4A 4H9CA 1ZVYB 4LGKA 1IOQA 3KAMA 1ALCA 4H94A 2GV0A 1DXJA 1QSWA 2XBRA 1B5XA 4TX7A 3WW5A 4XENA 3TXGA 2BQKA 1XGQC 1E8LA 1HERA 5APDA 4YOPA 4G4BA 3A91A 1NMMA 2BQBA 3P68A 4WL7A 1B7OA 4LZTA 2BQNA 1OUIA 1OUCA 1UACY 1YKYX 2I26L 4LYBA 3W3EA 4ZEEA 1GAYA 4LYMA 4PRQA 1XFPL 6LYTA 2BQMA 1F6RA 1CJ9A 4BADA 1CJ7A 6LYZA 4OWAA 1J1XY 1LZ5A 4NGVA 1LYZA 4H90A 4HP0A 3J4GA 1G7JC 1B7MA 1B9OA 3EMSA 4WOAA 1D6PA 2BLYA 4C5FA 1QIOA 2ZQ3A 3B0OA 1FLUA 1YAOA 1LZTA 3B6LA 4HV2A 1GF7A 1YANA 2W1XA 1FDLY 1GFEA 1JPOA 2HEFA 1LCNA 4HTKA 1GXV2 1WQQA 5KXPA 1A4VA 2CWIA 5HNCA 4NG1A 5LVKA 4QEQA 2LZ2A 2A7FA 3WULA 1LHMA 1RI8B 4AGAA 1FLYA 1J1OY 1REMA 2YBLA 1LSZA 1IVMA 4HJZA 4NSGA 3TMXA 3W6AA 3WMKA 4Z46A 5JENB 1LMNA 1LSGA 1YILA 5KKIA 4X3BA 4OW1A 5B05A 1LYYA 1YQVY 3P65A 2ZILA 5LYTA 4H9EA 1LMQA 5M1YA 3K3TA 4WLXA 1HFZA 2HU3A 3A3RX 3IJUA 2CDSA 2MEHA 1HELA 2D91A 2I25L 5B07A 4GCEA 1LMTA 3ZVQA 3ULRA 1C45A 5DN5A 1B7QA 2LZTA 3A3QA 4ANRA 4Z3MA 5IHGA 4GN4A 1BWJA 4GCDA 2IHLA 4H8ZA 4WO9A 7LYZA 3A90A 5E9RA 1NBYC 1B7RA 3CB7A 4H91A 1BB3A 2BQDA 4NGKA 1GFKA 1GFTA 2HECA 2LYZA 4GCFA 4UWNA 1LJEA 4B49A 1YROA 3WUMA 1V7SA 4KPMA 1I20A 1EQ5A 3EO5A 4N1EI 1JKDA 2XTHA 1DKJA 4WLYA 1QUTA 1KIQC 4J7VA 1LZCA 1NHEA 1GFVA 1NBZC 4ET9A 3BKHA 3A92A 1IOSA 1LOZA 1PZYA 4BAPA 1WQNA 3D3DA 1LSBA 4HTNA 3RU5A 1JEFA 1LJJA 4G4CA 2BQFA 5LAFA 1GB7A 1GBZA 1GBOA 1CNSA 1HFXA 1J1PY 3TXEA 1XSFA 3HFMY 4R6CA 4PJ2C 4TSCA 3BKVA 3B0IA 2Z37A 3WU7A 2F4AA 3T36A 1QUSA 5T3FA 4UWVA 1CKCA 2DBTA 2BQHA 2C8OA 4H9FA 3WYHA 2BQJA 3RZ4A 1IP7A 1LSDA 3TXHA 2MEFA 5A3EA 4H92A 1IP2A 1LKRA 3HBDA 3AGIA 3M18B 1JSEA 1LJ4A 1GEZA 1BWIA 1LKSA 1YL0X 3IWRA 1OP9B 4LYTA 4B1AA 4YEMA 1GF4A 2HEBA 1UIDA 1VDSA 4RLNA 3MGWA 4NSIA 1GE4A 1XGTC 2ZWBA 3CT1A 2HTXA 1HFYA 1LPIA 1GF8A 1VDPA 2LYMA 2X0AA 3W6BA 4HJYA 1IWUA 5KXXA 1YIKA 3G3AB 3QNGA 5I5QA 2RSCA 1FKVA 4NSHA 4M4OA 9LYZA 1HSWA 3LYMA 1UICA 4NWEA 3LYTA 1AZFA 4CFOA 1T6VL 2XJWA 1RE2A 1GHLA 2D4KA 2MECA 3G3BB 4KL7A 4MCKA 1GBXA 4TUNA 1JKCA 5C6LA 5D5CA 5B1FA 5B06A 4Z41A 2DQAA 3AZ6A 3A34A 3WH1A 2HUBA 3LZTA 4B4JA 4XADA 2IFFY 4IATA 1LJKA 1B7LA 5LYZA 1D0LA 1CJ6A 2D4IA 3QY4A 1LMAA 1GE0A 3WU9A 4NHPA 1C43A 1GF3A 1B7PA 1UC0A 4EMNA 4WG7A 4II8A 1C10A 5I54A 5LIOA 4ET8A 1SLYA 4UWUA 4CHXA 3TMUA 4XN6A 1XEJA 1IX0A 1IIZA 4H9BA 1IC7Y 4LYOA 5F81A 4M6DA 1QQYA 4H93A 2YVBA 3P4ZA 4XJBA 3ATOA 5HQ1A 4NGWA 4EOFA 4OWBA 1LHIA 1QTEA 4WM1A 3SP3A 5B59A 5I4WA 4OWHA 1JSFA 4Z98A 5KXNA 2DQIY 4J1BA 1LZSA 3AZ5A 1LZ4A 2ZYCA 5DN4A 5KXOA 1VEDA 1LJIA 4NWHA 4XJHA 4ETEA 1JKBA 1LHLA 1LYSA 5HMVA 1REYA 1NF5A 1JKAA 4ETBA 1I1ZA 3AGGG 4W94A 3WVXA 4PHIA 4WM3A 5APFA 4DD1A 2YBHA 1DKKA 4NHTA 1IR7A 1IWYA 2ZIJA 5KXWA 5LXWA 1DZBX 1LZYA 1B5VA 1NDGC 1HF4A 2W1YA 4KT3A 1BB6A 4PPOA 5FELA 1HMKA 3AYQA 4G9SA 4A7DA 4DWXA 3CSZA 2MEBA 1P2CC 1YAQA 1LZRA 5LVGA 1LJFA 1XGPC 208LA 1LSEA 4H8XA 1D0KA 5FHWA 4ETCA 4BS7A 2FBBA 1LJNA 2G4NA 1NDMC 3HBHA 4G4HA 1CKHA 5HMJA 5KXMA 4LT2A 1LTMA 3P66A 1QSAA 2BQLA 5HNLA 2YBMA 4PRUA 4XJFA 4YENA 3AW6A 2ZNXY 1WQMA 193LA 1GB3A 1OUEA 1UIGA 3A8ZA 5KY1A 1VAUA 3FE0A 1Z55A 1ZMYL 1G7MC 1BGIA 1MELL 2MEDA 5APCA 1LSCA 4CGEA 1TEWA 4GLAA 4NGLA 3RT5X 4LFPA 4GCBA 1HEWA 1C7PA 3W6CA 5F9UA 1IP1A 1UUZC 1KXWA 5DLAA 1WQOA 1TCYA 2DKVA 3CQLA 1HMLA 4NGYA 1WQRA 5C6JA 1LZ1A 1IP4A 1GBSA 1BQLY 4N0JA 3W6EA 4LYCA 4DD7A 2NWDX 133LA 1GFHA 4HPIA 4L41A 1DI4A 3WPLA 1T3PA 1IR9A 4LT0A 5FEKA 4OWEA 3EXDA 1GEVA 4WL6A 3A67Y 4GLVA 4B4EA 1HSXA 1FBIX 5FDJA 3TXJA 4HTQA 2HU1A 1LSYA 1VDTA 3TXKA 1VDQA 154LA 1YKXX 5LVJA 5LA8A 3W6DA 1LZGA 1LJ3A 4N5RA 4TTDA 1F6SA 2HEDA 1C08C 1FKQA 4J1AA 5KXLA 5E4PA 1GPQC 1NQIA 3E3DA 1JJ3A 4AXTA 4LYZA 4XJGA 1GB9A 2HEAA 1LZAA 1BB7A 1AM7A 1LJGA 1FN5A 1JJ0A 3EBAB 1QTKA 1IOCA 4TWSA 1QDTA 3AB6A 3ATNA 4H9AA 3ZVQB 1IC4Y 2AUBA 1D0MA 4WM2A 1V7TA 5LINA 3WUNA 4N9RA 2MEEA 1JTTL 4WM4A 2LHMA 1DPXA 3WU8A 2LYOA 5I4YA 4DDBA 1LZNA 1GFJA 3WXUA 1UA6Y 3W6FA 4YM8A 2Z38A 3M3UA 1MLCE 8LYZA 1UIBA 2Z39A 4CJ2A 2B5ZA 1XEKA 4NEBA 1GF5A 1HNLA 1O23A 2BLXA 4IASA 2YDGA 4O34A 4OOTA 1AT6A 1LMPA 1HC0A 2Z19A 4H9IA 1NKHA 1GF0A 4ZFPA 4PGJB 3A95A 1IC5Y 3RNXA 2CJLA 4H9HA 4B0DA 4DT3A 1LZ9A 1BVKC 1IP6A 4RW2A 3P64A 1YAMA 1FLWA 1SQ2L 1IY4A 4G49A 4QY9A 4ETDA 1LMOA 5L3IA 2XBSA 1JITA 1KIPC 3A96A 1OQMA 3QE8A 4NHSA 1GXXA 1ZVHL 4WMGA 1BWHA 1JISA 3A94A 3FI7A 1IOTA 1N4FA 2CGIA 5B1GA 1GB6A 1LSMA 1GB2A 3WPKA 1GFUA 5L9JA 4N8ZA 3AZ4A 207LA 1GWDA 1UIFA 4D9ZA 1IWZA 4ML7A 5IDDA 5DM9A 4KXIA 2H9JA 2C8PA 2W1LA 2Z12A 4HJVA 1AT5A 1RJCB 4NGZA 5AMYA 4CFPA 5FSTA 5L3HA 2DQDY 2D6BA 4H8YA 3TXDA 1GFGA 2N5ZA 2Z2EA 5I4XA 2Q0MX 1DI3A 4YF2A 5I53A 2MEIA 1LZ8A 1KXXA 1OUFA 1LZBA 1OUDA 4LT1A 3HBEX 3TXBA 1AKIA 2BQGA 1GAZA 1OUAA 2DQEY 1D9UA 1KIRC 3CSRA 1IP5A 1IP3A 1JHLA 1LAAA 4NIJA 5LVIA 4DDCA 2BPUA 4LFXA 4YEOA 1GB0A 4NGOA 4DD2A 2BQCA 2F30A 2A7DA 3GXRA 1JTOL 1LYOA 4W96A 1OUGA 1BHZA 2BQAA 1B5WA 2YSSC 5LYMA 1W08A 1B5YA 4QDNA 4TSBA 1H87A 2DQHY 4MR1A 1B0DA 1F10A 4MSTA 2ZYPA 2FYDA 1GDWA 4E3UA 4DD9A 1UIEA 2MEAA 2H5ZA 3CT5A 4GCCA 1IORA 4DC4A 3WUAA 1IY3A 1YKZX 1GE2A 1I56A 1NWGA 2DQCY 3TMVA 5ILCA 1B7SA 2BQIA 1B5ZA 1HEOA 5KXTA 3A6BY 1BB5A 1CKDA 5KXSA 1LMCA 135LA 1ZV5L 2YBNA 1PS5A 4HPEA 1GD6A 4I8SA 2YBJA 1GE3A 2FYCA 1GB8A 2EQLA 5K7OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
194LA 3C83A 5FCPA 3GUKA 4RLMA 1BVXA 1GBYA 4P2EA 3C82A 5C6IA 1LWKA 225LA 1CU5A 1G0PA 4RDSA 1FLQA 2BAAA 3WW6A 1INUA 5LAGA 1OUBA 1QTDA 2PC2A 3DMVA 4FDYA 4U3XB 5KXZA 1B5UA 4N1CC 1LSAA 1XEPA 2Z2FA 5J7CA 3SB7A 1C6KA 1G1WA 4FJRA 1HENA 2W1MA 1WTHA 1XGRC 1HEQA 4J0LA 198LA 4WM5A 3IJVA 1EL1A 3WVYA 1EQ4A 145LA 1GF6A 1VATA 1C46A 4WLDA 1DYBA 1D3MA 4EKRA 1G7HC 1B7NA 4XJIA 4I7LA 3WXTA 150LA 1IWXA 1LSNA 3CT0A 2ZQ4A 5II3A 110LA 2G4QA 2RBQA 1LZEA 1IO5A 3ZEKA 1B2KA 3AJNA 2MEGA 1D9WA 4ETAA 172LA 1L63A 1LHJA 237LA 2F2QA 3J6KA 2FBDA 1L43A 1IWWA 1WVUA 1LZ6A 1ZVYB 1C6LA 1QSWA 4TX7A 224LA 109LA 3DKEX 1XGQC 1HERA 107LA 4WL7A 1L83A 1OUIA 1UACY 2BQNA 4PJZA 4PRQA 1XFPL 1F6RA 6LYZA 4OWAA 1J1XY 1LZ5A 2B74A 1LYZA 3SB9A 1B7MA 3EMSA 2BLYA 250LA 256LA 1C6TA 2ZQ3A 1FLUA 1YANA 1JPOA 4HTKA 1L86A 1RI8B 187LA 4HJZA 1DYEA 4OW1A 1SWYA 1C6HA 5LYTA 3K3TA 1L49A 2CDSA 131LA 186LA 125LA 2D91A 2I25L 5B07A 4ARMB 3ULRA 5IHGA 128LA 111LA 2IHLA 4H8ZA 4WO9A 1NBYC 1C6CA 1GFTA 4UWNA 2LYZA 1L60A 2RBPA 2XTHA 4WLYA 1GFVA 4W55A 3BKHA 1PZYA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 194L A;  4NSJ A;  5FCP A;  3LHM A;  4R0F A;  2Y8P A;  2HEE A;  4RLM A;  4WG1 A;  2D4J A;  5KXY A;  1BVX A;  1GBY A;  1KXY A;  2ZNW Y;  4P2E A;  2EIZ C;  3TXF A;  5C6I A;  1F0W A;  3T6U A;  4HV1 A;  1REZ A;  3AGH A;  1FLQ A;  4RDS A;  4B4I A;  2BAA A;  4NGJ A;  3WW6 A;  5IEL A;  1INU A;  5LAG A;  3TMW A;  1OUJ A;  1OUB A;  1D6Q A;  1UIA A;  3AZ7 A;  2DQG Y;  2PC2 A;  1GFA A;  4FDY A;  1JWR A;  4U3X B;  4NHI A;  2EKS C;  5KXZ A;  5KXK A;  3F6Z A;  1XEI A;  1LHH A;  3N9E A;  2Z18 A;  4GN3 A;  4ZIX A;  4NY5 A;  1DI5 A;  2I6Z A;  4LT3 A;  3GXK A;  132L A;  1B5U A;  3TXI A;  4DD0 A;  4N1C C;  153L A;  1LSA A;  1JUG A;  5KJ9 A;  5KXR A;  1HEM A;  1LHK A;  1OUH A;  3LYZ A;  3LYO A;  4XJD A;  4HSF A;  1JJ1 A;  1GBW A;  1EQE A;  2Z2F A;  3B72 A;  5J7C A;  1TDY A;  1QDR A;  5F16 A;  3N9C A;  1LSP A;  3A93 A;  1LZD A;  1A2Y C;  4FJR A;  1UIH A;  1LJH A;  2YBI A;  3WPJ A;  5LA5 A;  1GE1 A;  1HEN A;  2W1M A;  1IWV A;  1WQP A;  1RCM A;  1UBZ A;  1XGR C;  5APE A;  4XYY A;  1HEQ A;  3N9A A;  4WO6 A;  5DL9 A; 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 1ZVH L;  4WMG A;  1BWH A;  1JIS A;  3A94 A;  3FI7 A;  1IOT A;  1N4F A;  2CGI A;  5B1G A;  1GB6 A;  1LSM A;  1GB2 A;  3WPK A;  1GFU A;  5L9J A;  4N8Z A;  3AZ4 A;  207L A;  1GWD A;  1UIF A;  4D9Z A;  1IWZ A;  4ML7 A;  5IDD A;  5DM9 A;  4KXI A;  2H9J A;  2C8P A;  2W1L A;  2Z12 A;  4HJV A;  1AT5 A;  1RJC B;  4NGZ A;  5AMY A;  4CFP A;  5FST A;  5L3H A;  2DQD Y;  2D6B A;  4H8Y A;  3TXD A;  1GFG A;  2N5Z A;  2Z2E A;  5I4X A;  2Q0M X;  1DI3 A;  4YF2 A;  5I53 A;  2MEI A;  1LZ8 A;  1KXX A;  1OUF A;  1LZB A;  1OUD A;  4LT1 A;  3HBE X;  3TXB A;  1AKI A;  2BQG A;  1GAZ A;  1OUA A;  2DQE Y;  1D9U A;  1KIR C;  3CSR A;  1IP5 A;  1IP3 A;  1JHL A;  1LAA A;  4NIJ A;  5LVI A;  4DDC A;  2BPU A;  4LFX A;  4YEO A;  1GB0 A;  4NGO A;  4DD2 A;  2BQC A;  2F30 A;  2A7D A;  3GXR A;  1JTO L;  1LYO A;  4W96 A;  1OUG A;  1BHZ A;  2BQA A;  1B5W A;  2YSS C;  5LYM A;  1W08 A;  1B5Y A;  4QDN A;  4TSB A;  1H87 A;  2DQH Y;  4MR1 A;  1B0D A;  1F10 A;  4MST A;  2ZYP A;  2FYD A;  1GDW A;  4E3U A;  4DD9 A;  1UIE A;  2MEA A;  2H5Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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