4B4JA

1.25 a structure of lysozyme crystallized with (rs)-2-methyl-2,4- pentanediol
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords LYSOZYME C
publication title Crystallization of Lysozyme with (R)-, (S)- and (Rs)-2-Methyl-2,4-Pentanediol
pubmed doi rcsb
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b4jA00
3P66A 5I54A 1GF3A 2LYZA 1NMMA 1LHJA 3D3DA 1LJGA 3EXDA 1GE1A 4W96A 3B0KA 4KT3A 4LT2A 6LYZA 1GXXA 1GBOA 4H9EA 4OWEA 1QSAA 5KKJA 1LZSA 1GF9A 1LMQA 4DT3A 1IP5A 3TXGA 3A8ZA 1IOSA 2W1XA 4H9FA 1GXV2 1FN5A 4GN3A 1RFPA 5D5FA 4H9HA 1B7QA 1AT6A 5FEKA 1LZRA 2LZ2A 1IWVA 1W08A 5LAFA 4EMNA 1IP1A 5KXWA 4WLTA 1QUSA 1UIGA 4TSCA 5KJ9A 1QDTA 1XFPL 3GXKA 4MR1A 5FHWA 3LYZA 2Z37A 3W6EA 1GFHA 1KXXA 2Z2FA 1ALCA 1UACY 3AZ5A 3ULRA 1JHLA 3HBHA 4DDBA 1NDGC 3RT5X 4YF2A 3J4GA 1LHMA 2BQLA 4HTNA 4WM2A 4R6CA 1G7MC 5F9UA 2MECA 4L41A 1XEJA 4I0CA 4J1AA 1LYYA 3A90A 2YBJA 4N8ZA 1B0DA 4BAPA 1GE2A 4LYOA 134LA 4C5FA 2Q0MX 1GPQC 1Z55A 1LMAA 5IDDA 3F6ZA 1O23A 2H9KA 1LCNA 5LYZA 2MEGA 4NFVA 5C6IA 3WU8A 1EL1A 3J6KA 1MELL 3P68A 4R0FA 4H91A 1LSYA 3WH1A 3LN2A 3HBEX 1GBSA 4QEQA 1DI4A 3RZ4A 1GEZA 2BQKA 1B2KA 1GB9A 4NG1A 4OWHA 1B5WA 5DLAA 1PZYA 2Y8PA 1QSWA 4LT1A 1BWIA 1HMKA 1LSPA 1IWYA 5I53A 3CT0A 1LHKA 4XADA 4DD1A 1IP2A 4H1PA 4H8YA 1VDTA 1HENA 5ILFA 2BQNA 2YDGA 8LYZA 1LSNA 5F9XA 4B1AA 1DPWA 1H6MA 1QDRA 1CJ6A 5B07A 2LZTA 4DDCA 4HPEA 1CJ8A 2Z19A 1LZDA 4NGIA 1XGTC 5EBHA 3AZ4A 1E8LA 1IOTA 3ATNA 1B5XA 1GE3A 5KXKA 3WL2A 2BQDA 1HSXA 2HU1A 4HTQA 2DQDY 1V7TA 1F0WA 1LOZA 1IR7A 5K7OA 1KIPC 4HV1A 1QIOA 3AGGG 4PRQA 1XGRC 1XSFA 2H5ZA 1GF4A 4NHQA 4WM3A 5HNLA 1BHZA 1XEKA 153LA 1LZCA 1J1PY 1JPOA 1LAAA 1OUGA 1GF0A 2BQIA 4A7DA 2Z39A 1YKZX 6LYTA 2W1LA 1IR9A 1GE0A 1LSGA 2BQGA 1I20A 4N9RA 5KXPA 1C7PA 1JSEA 2HEBA 2I25L 4NGVA 4YOPA 5F81A 2BQHA 1B7OA 3TXBA 4ETBA 5JENB 4M4OA 3CT5A 4ML7A 1C10A 1LMTA 1LZYA 1BWJA 2F30A 1OUCA 2BQBA 5KY1A 1RE2A 5T3FA 1QTEA 3WULA 3GXRA 1AZFA 3WUMA 5HNCA 1C45A 1VATA 1BWHA 1UIBA 1BB3A 1LHIA 4BAFA 2W1MA 1D0MA 4M6DA 1IR8A 3KAMA 4HPIA 4LYBA 4YEOA 1GE4A 1NBYC 4RLMA 1EQEA 1IY3A 1IWZA 3MGWA 3N9CA 5LVKA 4QY9A 1YIKA 1REZA 2EIZC 4LT0A 1IP3A 1VDSA 1CKGA 4OWCA 4P2EA 1LYSA 2YVBA 4H93A 3VWOA 1AT5A 1SLYA 1KXWA 1T6VL 1CNSA 1JITA 1JJ1A 2Z12A 5E9RA 1B7PA 4G49A 5B06A 1UA6Y 4CJ2A 1GF8A 5B05A 1VDPA 1G7LC 4W94A 3E3DA 1J1XY 2DBTA 1LMCA 4MSTA 1LPIA 5APCA 4YENA 5LA8A 4CGEA 3LYTA 1NF5A 4H90A 4C3WA 1LZ9A 5APEA 1HELA 3M18B 4NGZA 3B6LA 4PJ2C 2D4JA 2XJWA 2CDSA 2MEAA 5AMYA 3TXHA 3WPLA 3WUNA 1B7RA 1CKFA 5I5QA 4U3XB 1ZVYB 4HSFA 1LJJA 1LJ4A 1LJFA 4ZEEA 2YBMA 3D9AC 3IJVA 3IJUA 1QTKA 1OUHA 1QQYA 1HC0A 4GN4A 1HMLA 3A96A 3G3BB 1OQMA 2WARA 2BQEA 4ETCA 4OOTA 1HHLA 4PRUA 1DKKA 5KXTA 154LA 4XJGA 4B4IA 5KXOA 1GBXA 4D9ZA 1LYZA 3A34A 4N1CC 1DKJA 4GLAA 4DWXA 3AZ7A 5FCPA 3LYOA 1TCYA 4LGKA 1UIAA 2HU3A 1IWUA 2DQEY 5KXXA 2BQCA 3A67Y 2NWDX 1RCMA 2MEEA 3LHMA 3W6DA 4WLYA 5LIOA 1DI5A 3K3TA 4OWBA 2FBBA 1IWTA 2G4NA 1LZ5A 1HEWA 4H9BA 4FDYA 1JKCA 4NGLA 2I6ZA 4X3BA 1V7SA 1TEWA 1JIYA 1LSFA 1BB6A 4HTKA 5B1GA 1IC7Y 3W6BA 2DQHY 1GFTA 4WM5A 1JTTL 1LSEA 1LJ3A 1LZ8A 4ZIXA 3ATOA 4AXTA 1RJCB 1WQPA 4WMGA 2A7DA 5LYTA 1WVUA 4TUNA 3TXEA 2F4AA 3CT1A 1B7SA 4WL7A 1W6ZA 4NGKA 3RU5A 4HJZA 1FLWA 1UIHA 2XBRA 1NBZC 1BB7A 1H87A 1LMOA 1NDMC 4J0LA 1CJ7A 194LA 4OW1A 5APDA 1LTMA 1YROA 1OUJA 5IHGA 4IJ4A 4NHSA 3FE0A 5DM9A 2HEFA 5FELA 5HMVA 4NGJA 5I4YA 4KL7A 2BPUA 4MCKA 3ZVQA 4DD3A 1C46A 1YAMA 2C8PA 3BKVA 2ZWBA 1A4VA 1HEQA 4HJYA 4GN5C 1AKIA 1G7HC 1IP6A 2B5ZA 4NG8A 2ZILA 4H92A 3T6UA 1B7NA 4EOFA 3WW5A 4GCBA 4XN6A 4NSIA 207LA 2EKSC 5J7CA 2DQAA 4QGZA 5LVIA 2HUBA 4BADA 4PPOA 5LVHA 3P65A 3EBAB 4CFOA 1WVVA 3QNGA 2D4KA 4NY5A 3M3UA 1IWXA 1IC4Y 3WVXA 3AJNA 1QUTA 2FBDA 2MEHA 4II8A 4XJDA 2AUBA 4UWUA 3RW8A 1XGQC 1LZGA 1PS5A 2YBLA 4OWAA 1JWRA 4LYMA 4NHPA 1D9UA 1ZV5L 1GB0A 1IX0A 1UBZA 1GFJA 3B0IA 4B0DA 1EQ5A 4DC4A 4XJIA 4NSHA 1XGUC 3TXIA 3LZ2A 3WPJA 4PHIA 3LYMA 1BVXA 2BAAA 4Z3MA 5LVJA 1GBWA 4B4JA 1GB5A 3LZTA 1VFBC 1HEPA 1ZMYL 4H9CA 4NGWA 1GFRA 1LZTA 5C6JA 2ZYPA 1HF4A 5KKIA 1LKSA 3CSQA 5FSTA 1B7MA 1GFKA 4UWVA 3TMWA 2Z18A 4HV2A 2MEBA 2W1YA 3A3QA 2YSSC 4DD0A 3SP3A 3W6CA 4IASA 4ET9A 4NWHA 4NHTA 4WO9A 1HNLA 4YEMA 4N0JA 1YAPA 4FJRA 4WM4A 1IWWA 5F16A 2ZNXY 3WYHA 3AW6A 2YBHA 4NGYA 1JKBA 2MEDA 1LZ6A 2IHLA 2Z38A 4H9IA 2LYMA 4UWNA 4WLXA 5DN5A 1BQLY 1GDXA 3G3AB 1BVKC 4H8ZA 2MEFA 4J1BA 1REYA 4N1EI 5D5CA 4B49A 1D6PA 4I8SA 1VEDA 5FDJA 1YKYX 1FBIX 4WG7A 3W3EA 1LJEA 4RW1A 2ZQ3A 5B59A 1YKXX 1D0LA 1LZNA 3A6BY 5LAGA 3AYQA 1JISA 1HERA 1FDLY 4LYCA 4CFPA 2EPEA 2F2NA 2CJLA 4ANRA 2C8OA 4ETAA 1B9OA 2MEIA 1HEMA 3TXJA 5A3ZA 4LT3A 4XJFA 1JKAA 5KXNA 5M1YA 1DPXA 1GFUA 4KXIA 3WW6A 1CKCA 4QDNA 2BQMA 2FYCA 1HFXA 3ZEKA 1GWDA 4TTDA 3CSZA 2F4GA 1NQIA 3CQLA 3W6AA 5L3IA 2HECA 1JJ0A 1GFVA 2X0AA 3CSRA 3A94A 2DQFC 1WQRA 3TXDA 3T36A 1J1OY 1TDYA 2DQCY 3EO5A 4H8XA 5A3EA 1GFEA 1B7LA 2BQAA 4LYTA 1GB2A 1LZBA 4G4HA 4XJBA 3CB7A 4ZFPA 1LJIA 1WTNA 4XENA 2CGIA 1LHHA 2PC2A 4WOAA 4NSGA 1B5ZA 1LJHA 1LSBA 1GEVA 1XGPC 5KXZA 3HBDA 2A7FA 1IOQA 5B1FA 3A93A 3A6CY 3EMSA 1F6RA 5E4PA 1LKRA 5KXLA 1GAYA 1MLCE 4RW2A 1BGIA 4Z98A 1JTPL 4NIJA 1OUAA 4Z46A 1FLQA 4XJHA 3WVYA 1HEOA 4ETEA 5C6LA 1HSWA 1NKHA 1INUA 1GHLA 1LJKA 2HEDA 5KXSA 3OJPA 1NWGA 3AGIA 3A91A 1LSMA 1T3PA 1GFAA 4HP0A 4CHXA 1UICA 3BKHA 4ETDA 1IP4A 1OUBA 1YQVY 1FLYA 2DQIY 1DI3A 2BLXA 2BLYA 4GCCA 4G4CA 3TMVA 3HFMY 3QY4A 3ZVQB 1GF6A 133LA 4GCDA 2BQJA 5ILCA 2D91A 2LYOA 4ET8A 1YL0X 1GB8A 4NHIA 1KIQC 1D6QA 1G7JC 1I1ZA 1LSDA 1UCOA 1LSZA 2XBSA 3WXUA 4B4EA 1C08C 2DQJY 2FYDA 5KXMA 2N5ZA 1LZ1A 1G7IC 1BB5A 2YBNA 2LHMA 4RLNA 2HTXA 1IIZA 1WQOA 3WU7A 4BS7A 2D6BA 4HJVA 1HFZA 4DD9A 3TXKA 1KIRC 1IO5A 4WM1A 1IC5Y 4GCFA 2VB1A 1LSCA 1UIEA 4WL6A 1A2YC 1UC0A 1YAQA 7LYZA 1IEEA 2BQFA 5HLLA 1HFYA 1DZBX 1GBZA 2D4IA 2ZNWY 1IY4A 3N9AA 4O34A 5I4XA 5LXWA 4TWSA 5L9JA 3WU9A 1JEFA 5HQ1A 1IOCA 5KXYA 1GDWA 3A3RX 2GV0A 9LYZA 1LYOA 1IORA 193LA 1TBYA 1WQQA 3IWRA 1FKVA 1OP9B 3B0OA 2HEEA 5LINA 1GB3A 2G4QA 4LYZA 2ZIKA 1GF5A 4WM6A 1GFGA 1DXJA 2G4PA 1REMA 1YANA 1B5UA 1LHLA 1YAOA 3AB6A 1UIDA 1WQNA 3P64A 1I56A 1GD6A 2CWIA 1B5YA 1GB6A 1GF7A 1RI8B 1FLUA 3P4ZA 4TSBA 1JSFA 1AM7A 1IVMA 1CKHA 4LFPA 3W6FA 5II3A 3B72A 3WMKA 5HMJA 1LZ4A 1JJ3A 4KPMA 1LZEA 1GBYA 2ZQ4A 4E3UA 3QE8A 4Z41A 4DDAA 4GLVA 4WO6A 2EQLA 1SQ2L 4NGOA 5KXRA 208LA 1JKDA 4NSJA 4XYYA 5APFA 4G4BA 1LSAA 2H9JA 4LZTA 1FKQA 1JTOL 1NHEA 1OUEA 1C43A 1CKDA 4NEBA 4PGJB 4H94A 1IP7A 4IATA 1D0KA 2RSCA 2ZYCA 1GAZA 1LMNA 1WQMA 1B5VA 1XEIA 1OUDA 1GB7A 1EQ4A 4DYGA 5DL9A 4LFXA 2YBIA 1REXA 3FI7A 3WUAA 3RNXA 1ZVHL 1OUFA 3A95A 1WTMA 1JUGA 2Z2EA 5DN4A 135LA 1KXYA 4N5RA 2HEAA 4TX7A 4RDSA 3WXTA 5LYMA 1P2CC 1LMPA 1BB4A 1N4FA 4AGAA 132LA 3AZ6A 4H9AA 1VDQA 1UUZC 4J7VA 1DQJC 4G9SA 4DD2A 4DD7A 5IELA 1VAUA 2ZIJA 5L3HA 3TMUA 5F14A 4GCEA 4OOOA 3OK0A 4WLDA 2I26L 2XTHA 1YL1X 1YILA 1LZAA 1TAYA 4YM8A 1UIFA 2DQGY 1OUIA 1CJ9A 3TMXA 1F6SA 3AW7A 2BQOA 5LVGA 1F10A 2IFFY 4NWEA 1LJNA 4WG1A 3WPKA 3A92A 3AGHA 3N9EA 3TXFA 5LA5A 5I4WA 2DKVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P66A 1C68A 112LA 1L81A 1GBOA 1G0KA 1QSAA 5KKJA 1LZSA 1QS5A 1G0PA 3A8ZA 4H9FA 261LA 4GN3A 1T8AA 4I7TA 1CX7A 2LZ2A 5KXWA 1QUGA 5KJ9A 4EKRA 1XFPL 1L24A 3GXKA 4MR1A 1GFHA 1C64A 199LA 1UACY 1JHLA 212LA 4R6CA 1L21A 4I0CA 4J1AA 4BAPA 4C5FA 2Q0MX 5IDDA 1LMAA 1L19A 1QTZA 7LZMA 1L11A 3J6KA 1GBSA 3RZ4A 2OTYX 1L38A 1L84A 1OYUA 4OWHA 1B5WA 1HMKA 1IWYA 5I53A 246LA 5ILFA 1C65A 3HUQA 206LA 1CJ6A 4HPEA 1CJ8A 191LA 2OEAX 2BQDA 2HU1A 4HTQA 126LA 1V7TA 4NHQA 1OWZA 3L64A 1LZCA 4YEMA 1OUGA 1GF0A 128LA 1YKZX 122LA 2I25L 4YOPA 4M4OA 1BWJA 1QTDA 1QTEA 1LYJA 1C45A 1L01A 1LYFA 1C6NA 4BAFA 3DNAA 3HDFA 200LA 1CU3A 3MGWA 1L71A 4QY9A 1REZA 175LA 1L96A 1CKGA 4LZMA 2YVBA 1GF8A 2RBSA 130LA 3LYTA 4H90A 2B74A 1HELA 1QSBA 3UONA 3M18B 3B6LA 4PJ2C 2XJWA 3WPLA 1D3NA 4HSFA 1LJFA 3IJUA 4GN4A 1HMLA 2B70A 4ETCA 205LA 3PBLA 1DKKA 1L22A 201LA 2RB1X 4XJGA 4B4IA 1GBXA 3A34A 4GLAA 3LYOA 1TCYA 3A67Y 2B72A 3W6DA 1DI5A 2FBBA 4FDYA 1JKCA 2I6ZA 4X3BA 4HTKA 1L68A 1QS9A 2DQHY 1GFTA 4WM5A 1LSEA 1L20A 209LA 1L76A 4TUNA 1W6ZA 3GUOA 1FLWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3P66 A;  5I54 A;  1GF3 A;  2LYZ A;  1NMM A;  1LHJ A;  3D3D A;  1LJG A;  3EXD A;  1GE1 A;  4W96 A;  3B0K A;  4KT3 A;  4LT2 A;  6LYZ A;  1GXX A;  1GBO A;  4H9E A;  4OWE A;  1QSA A;  5KKJ A;  1LZS A;  1GF9 A;  1LMQ A;  4DT3 A;  1IP5 A;  3TXG A;  3A8Z A;  1IOS A;  2W1X A;  4H9F A;  1GXV 2;  1FN5 A;  4GN3 A;  1RFP A;  5D5F A;  4H9H A;  1B7Q A;  1AT6 A;  5FEK A;  1LZR A;  2LZ2 A;  1IWV A;  1W08 A;  5LAF A;  4EMN A;  1IP1 A;  5KXW A;  4WLT A;  1QUS A;  1UIG A;  4TSC A;  5KJ9 A;  1QDT A;  1XFP L;  3GXK A;  4MR1 A;  5FHW A;  3LYZ A;  2Z37 A;  3W6E A;  1GFH A;  1KXX A;  2Z2F A;  1ALC A;  1UAC Y;  3AZ5 A;  3ULR A;  1JHL A;  3HBH A;  4DDB A;  1NDG C;  3RT5 X;  4YF2 A;  3J4G A;  1LHM A;  2BQL A;  4HTN A;  4WM2 A;  4R6C A;  1G7M C;  5F9U A;  2MEC A;  4L41 A;  1XEJ A;  4I0C A;  4J1A A;  1LYY A;  3A90 A;  2YBJ A;  4N8Z A;  1B0D A;  4BAP A;  1GE2 A;  4LYO A;  134L A;  4C5F A;  2Q0M X;  1GPQ C;  1Z55 A;  1LMA A;  5IDD A;  3F6Z A;  1O23 A;  2H9K A;  1LCN A;  5LYZ A;  2MEG A;  4NFV A;  5C6I A;  3WU8 A;  1EL1 A; 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 3AB6 A;  1UID A;  1WQN A;  3P64 A;  1I56 A;  1GD6 A;  2CWI A;  1B5Y A;  1GB6 A;  1GF7 A;  1RI8 B;  1FLU A;  3P4Z A;  4TSB A;  1JSF A;  1AM7 A;  1IVM A;  1CKH A;  4LFP A;  3W6F A;  5II3 A;  3B72 A;  3WMK A;  5HMJ A;  1LZ4 A;  1JJ3 A;  4KPM A;  1LZE A;  1GBY A;  2ZQ4 A;  4E3U A;  3QE8 A;  4Z41 A;  4DDA A;  4GLV A;  4WO6 A;  2EQL A;  1SQ2 L;  4NGO A;  5KXR A;  208L A;  1JKD A;  4NSJ A;  4XYY A;  5APF A;  4G4B A;  1LSA A;  2H9J A;  4LZT A;  1FKQ A;  1JTO L;  1NHE A;  1OUE A;  1C43 A;  1CKD A;  4NEB A;  4PGJ B;  4H94 A;  1IP7 A;  4IAT A;  1D0K A;  2RSC A;  2ZYC A;  1GAZ A;  1LMN A;  1WQM A;  1B5V A;  1XEI A;  1OUD A;  1GB7 A;  1EQ4 A;  4DYG A;  5DL9 A;  4LFX A;  2YBI A;  1REX A;  3FI7 A;  3WUA A;  3RNX A;  1ZVH L;  1OUF A;  3A95 A;  1WTM A;  1JUG A;  2Z2E A;  5DN4 A;  135L A;  1KXY A;  4N5R A;  2HEA A;  4TX7 A;  4RDS A;  3WXT A;  5LYM A;  1P2C C;  1LMP A;  1BB4 A;  1N4F A;  4AGA A;  132L A;  3AZ6 A;  4H9A A;  1VDQ A;  1UUZ C;  4J7V A;  1DQJ C;  4G9S A;  4DD2 A;  4DD7 A;  5IEL A;  1VAU A;  2ZIJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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