4B4JA

1.25 a structure of lysozyme crystallized with (rs)-2-methyl-2,4- pentanediol
Total Genus 50
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
50
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallization of Lysozyme with (R)-, (S)- and (Rs)-2-Methyl-2,4-Pentanediol
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME C
molecule tags Hydrolase
total genus 50
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2012-07-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 4b4jA00
2VB1A 4HTNA 1AT5A 4TUNA 3B6LA 3ZVQB 5LINA 4CHXA 1C08C 4DD7A 2C8PA 1LJFA 3TXHA 1FKQA 2Q0MX 5A3EA 1LHMA 3BKHA 2Y8PA 3AYQA 3FI7A 5APDA 4WG7A 3M18B 5KXLA 1GFKA 5DM9A 2EQLA 4OWEA 3OJPA 3TMXA 5K7OA 1UUZC 4R6CA 3AW6A 1JJ3A 1IP7A 2CWIA 5KXKA 1GE3A 1JPOA 1GHLA 3P68A 4NHQA 1LMOA 3A92A 1OUCA 3P4ZA 1GWDA 1D6QA 1GF9A 3CB7A 4NSGA 4XJBA 1IWXA 3SP3A 5FDJA 1OUJA 1LZDA 4H92A 5B1GA 4ZEEA 1B7NA 1QQYA 1ZMYL 2MEFA 5LYZA 4D9ZA 2MEDA 1TAYA 1IWUA 1LZ8A 1YAOA 4ZFPA 3LYMA 4WLTA 4ZIXA 1A2YC 4TSCA 1LSDA 3P64A 4N1CC 1LSNA 194LA 2D4JA 4OOTA 5F9UA 1B7MA 5I4YA 5LYTA 2HU1A 5KXNA 1GEZA 2YBMA 5KXYA 1CJ7A 3WW6A 5IHGA 2F2NA 1IOQA 1MLCE 3A6BY 1GFRA 4II8A 4FDYA 2ZILA 1TDYA 1BB4A 4R0FA 4B4JA 1J1PY 2IFFY 1GBZA 1GXV2 1YL0X 5I53A 1LZSA 3WUNA 4DDCA 2MEAA 4NSJA 3TXKA 5KXMA 5AMYA 1GF4A 1EQEA 1QDRA 5F9XA 3WPJA 2BQMA 1QIOA 1BGIA 1FLQA 4G9SA 1LSPA 4DWXA 5EBHA 4EOFA 2BLXA 1AKIA 2HTXA 1LJHA 3LZ2A 2H5ZA 2ZNXY 2XBSA 5HLLA 5M1YA 2HEBA 3EMSA 3AZ5A 3WH1A 4RW1A 1IR8A 5APCA 2FYDA 1JITA 5KKJA 1LMAA 4PRUA 4TTDA 4YF2A 1BHZA 3IWRA 1VDQA 3WULA 1VATA 3WXTA 4GN4A 5KXSA 1IX0A 2HEEA 1GF5A 1QUTA 4I8SA 4QEQA 1FDLY 5KXOA 1AZFA 4GN5C 1YILA 1WQRA 4W94A 1LMPA 3ATNA 3WPKA 3CSQA 4WOAA 1IR9A 1G7MC 4N0JA 4N9RA 3P65A 1FLUA 1KIRC 5DN4A 1IWYA 4DT3A 2BQJA 5IELA 3VWOA 1C7PA 4UWNA 1BB7A 5KY1A 1DI3A 4NG8A 4WMGA 4BADA 2PC2A 4ML7A 1YAPA 4DDAA 2G4PA 5FEKA 1LZCA 2BQEA 1CJ6A 4YENA 1LSCA 1RI8B 4HP0A 1NDGC 1C10A 4WO9A 1GB9A 2DQJY 4GCCA 4Z98A 1GB8A 1LZ9A 1QSAA 2BQGA 4LT1A 2YBIA 3A93A 1SLYA 4OWHA 1OUGA 1CJ8A 4B4IA 1XFPL 3IJUA 4KL7A 1HMLA 2HEAA 1WTNA 1YKZX 2F4AA 1LHJA 4NGJA 6LYZA 4PHIA 4PGJB 2A7FA 1JKBA 1LHHA 1WVVA 5KXWA 208LA 4NGKA 1OUFA 1DI5A 2D6BA 4LGKA 1KIQC 1LMNA 1LZNA 1OUHA 1WQPA 1LSGA 2YBHA 1JJ1A 2BAAA 3LZTA 1BVXA 3HFMY 3EBAB 1UIEA 4NGZA 1LPIA 4NY5A 1BWIA 1XSFA 1W08A 1EQ4A 1MELL 1YL1X 3MGWA 2Z12A 3AB6A 4DD1A 3W6FA 1KIPC 3D9AC 4BS7A 1T3PA 3EO5A 3A90A 1HFYA 3WXUA 1GE0A 4H9AA 3G3BB 5II3A 2MEIA 1LTMA 1IP3A 3RT5X 4M4OA 1DZBX 3LYOA 1GD6A 4GCEA 1B5ZA 1GB2A 1VFBC 1LZAA 2BPUA 1LZ5A 3LN2A 4WM3A 4YOPA 5F14A 1LZEA 3LYTA 5ILCA 1O23A 1HEPA 5LVHA 2YBJA 2DQFC 1JWRA 2W1YA 4N5RA 2G4QA 1OUAA 1D0LA 1NKHA 1UC0A 1GPQC 2N5ZA 1LZTA 3ATOA 1B2KA 1B5UA 1F6RA 1UIBA 3GXKA 4HV2A 1YROA 3J6KA 2LZTA 1RE2A 2DQEY 4WL7A 1IIZA 2YDGA 3CT1A 4CFPA 1LZBA 1OQMA 1JUGA 2Z38A 5LVKA 4GCBA 3A34A 5F81A 2Z19A 1F6SA 1YKYX 5L3IA 2FBDA 3GXRA 3K3TA 2DQGY 1GXXA 4WM1A 1P2CC 4NEBA 4OWAA 5L9JA 1D0KA 1LHLA 1HEOA 5HMJA 5T3FA 1LYOA 4J0LA 2G4NA 1LSBA 3AZ4A 5KXTA 1NBZC 1UACY 4H90A 1LZRA 3W6AA 1EL1A 1LZ1A 3WPLA 4XJHA 2ZYCA 4TWSA 2LZ2A 3TXIA 1IC5Y 2NWDX 2ZQ3A 1IEEA 2DQDY 1QSWA 3W6CA 4LFPA 2LYOA 1T6VL 4HSFA 5LVGA 1XGUC 1IP4A 2BQFA 2I25L 2MECA 4LYBA 4C5FA 5B05A 1HSWA 3BKVA 1REMA 3N9AA 4H94A 4KPMA 4C3WA 2BQKA 4G4CA 5C6IA 4X3BA 5A3ZA 4BAPA 1WQOA 1UIGA 3B72A 1HEMA 2CDSA 5LYMA 4NGLA 1I1ZA 3WVYA 4IJ4A 1LJIA 1GDXA 1WTMA 4ANRA 4H91A 1GF0A 4NWEA 4ETDA 2DQAA 1A4VA 1LCNA 1OUIA 1PZYA 4G49A 4LYTA 5FCPA 1VDPA 3AGHA 1HFZA 1TBYA 3RNXA 1Z55A 3WW5A 1DKKA 4QGZA 5LA5A 3LHMA 4O34A 1VEDA 1G7LC 1LZGA 3HBEX 135LA 2MEHA 4HPEA 4DC4A 4MSTA 1DKJA 4IASA 2HECA 134LA 1HC0A 1FLWA 3T36A 3KAMA 1JKDA 1WQNA 4WLYA 1G7JC 2LHMA 3RU5A 4I0CA 4L41A 5FELA 4NHIA 1PS5A 1LAAA 4E3UA 1GB3A 1HENA 6LYTA 1YAMA 4H8ZA 4NHTA 4NSIA 2Z39A 1B7QA 4J7VA 4H9BA 5KXRA 5DL9A 3LYZA 1IOTA 2LYZA 4LFXA 4NHPA 1V7SA 1IP1A 3A6CY 4NGWA 1HNLA 2BQAA 4N1EI 4CJ2A 2IHLA 2EPEA 5I4XA 3N9CA 1JTTL 4PJ2C 5KJ9A 1NWGA 4OWCA 1BWJA 4RLMA 3AGGG 2Z37A 2BLYA 4CFOA 1TEWA 3CT5A 1GB6A 4G4HA 4DDBA 1H87A 4NGVA 1VAUA 1QUSA 1G7IC 2ZYPA 4J1AA 4XJGA 4H1PA 1VDTA 1IP2A 1LYSA 1B5WA 1IWTA 1DPWA 4OOOA 4Z3MA 4Z41A 1XGPC 4WM4A 1LSZA 1UICA 3AW7A 4GCFA 1HERA 4DD3A 1DXJA 2YVBA 3AJNA 2AUBA 3J4GA 1IC4Y 4M6DA 4ETAA 4MR1A 4AGAA 4ETEA 3TMVA 1NMMA 4NHSA 4B0DA 2HUBA 3M3UA 4ETCA 4HJYA 4B49A 5HMVA 2MEGA 1NF5A 3A67Y 5J7CA 4WG1A 1XEJA 4LYOA 2HU3A 3WU8A 3A3QA 1IORA 3WYHA 2F4GA 4GCDA 1YANA 3AZ7A 1CKFA 4HPIA 5LVJA 3G3AB 5L3HA 1DI4A 1TCYA 2BQDA 5HNCA 5JENB 2ZIKA 3A96A 4LZTA 2DQHY 1REZA 4CGEA 4RDSA 1GE2A 1GBWA 2RSCA 1C43A 2F30A 5KXPA 1ALCA 3A94A 1LJGA 4FJRA 5DN5A 5F16A 3ZVQA 3CT0A 1CNSA 1OP9B 4WM6A 3E3DA 3CSZA 1WQQA 1LJJA 1DQJC 2MEEA 1GFEA 2YBNA 2EKSC 1G7HC 4P2EA 5LAFA 1ZVHL 4NWHA 1D9UA 1FBIX 2D4IA 1LMQA 4NGYA 4GLAA 1CJ9A 1WQMA 1LSAA 3TXJA 5HQ1A 1AM7A 1UCOA 4TSBA 1AT6A 1GFVA 5LVIA 3TXBA 3WU9A 3P66A 1NDMC 1GE1A 1QTEA 3WMKA 1W6ZA 1BVKC 3TXGA 4LT0A 4U3XB 3F6ZA 4N8ZA 4H8XA 2DKVA 1RJCB 5D5CA 3WU7A 5DLAA 1B7PA 3T6UA 1B0DA 1LHIA 3W3EA 133LA 4HTQA 1KXXA 1XGQC 5LA8A 1LZ4A 1GF7A 2MEBA 1JSFA 3TXFA 1FLYA 1FN5A 2D91A 2X0AA 1HSXA 2XTHA 1BB5A 2ZIJA 4XJDA 1I20A 3TXDA 4H9EA 1F0WA 4W96A 4WLDA 1GEVA 5HNLA 4A7DA 4UWUA 3QNGA 4ETBA 5I54A 8LYZA 2Z2FA 3A91A 3TMWA 4KXIA 1ZV5L 1LOZA 1REYA 5LAGA 5E4PA 2Z2EA 3B0OA 4NSHA 3WVXA 4XN6A 1D0MA 5I5QA 1GFHA 4HV1A 4DD2A 1GE4A 1GFJA 1OUBA 1ZVYB 1LSYA 3W6EA 193LA 1LJNA 3AZ6A 4J1BA 4XENA 3ZEKA 1LYYA 1CKHA 3ULRA 3RZ4A 4AXTA 1LHKA 1IWVA 4H9CA 1GF8A 1DPXA 1J1XY 2YBLA 1NQIA 1KXYA 1I56A 1LJ4A 2A7DA 1B5VA 2W1LA 2BQCA 2WARA 2C8OA 1LZYA 1YQVY 1EQ5A 1CKGA 1B7RA 5KXZA 4LT2A 1HHLA 3OK0A 1UIHA 1J1OY 5B1FA 1XGRC 1H6MA 1IWWA 4WLXA 1LSFA 1CKCA 1JIYA 1HFXA 1N4FA 1V7TA 3CQLA 1JTOL 2FBBA 1UIDA 5D5FA 5FSTA 4NIJA 2DBTA 1JTPL 4KT3A 1GFUA 2BQHA 4OW1A 3W6DA 207LA 3IJVA 1WVUA 5LIOA 4DD0A 1B7SA 1UIFA 4EMNA 132LA 4LYMA 1GBXA 3EXDA 1IP6A 1NBYC 1HELA 1JJ0A 4NFVA 3HBHA 4LT3A 1YAQA 2BQIA 5ILFA 1B5XA 4RW2A 4H9IA 1GAYA 1LJKA 1RCMA 4NGOA 4WL6A 1GF6A 5C6LA 3WUMA 1VDSA 1JKAA 1QDTA 1UIAA 1GBSA 2Z18A 4H9FA 4H9HA 4B4EA 9LYZA 1C45A 4DYGA 1XEIA 1IOSA 3RW8A 4Z46A 1GF3A 5LXWA 1JEFA 1BB3A 3A95A 4YEOA 5B07A 5E9RA 1IWZA 5B59A 1UBZA 1LJEA 2DQIY 2HEFA 3CSRA 4PPOA 153LA 3WL2A 1E8LA 4LYCA 1GFGA 2BQLA 1B5YA 1GB7A 1GB5A 1D6PA 1BQLY 1YKXX 2W1MA 4DD9A 4HTKA 4MCKA 1IY3A 1REXA 3D3DA 5APFA 1GDWA 5KKIA 1C46A 2D4KA 2I6ZA 4LYZA 1IR7A 2I26L 1LSMA 1XGTC 2EIZC 5B06A 1GBYA 2DQCY 154LA 1NHEA 1JISA 1XEKA 2CJLA 1LJ3A 2LYMA 2H9KA 7LYZA 4QDNA 4QY9A 2YSSC 2GV0A 4XADA 1IVMA 4HJVA 4PRQA 3TXEA 3N9EA 1OUEA 1LMCA 3A3RX 1LYZA 1GB0A 4XJFA 2XBRA 3B0KA 2H9JA 4WM5A 1GFAA 2XJWA 3FE0A 1F10A 1IY4A 5C6JA 1GFTA 1B9OA 1LMTA 2ZNWY 4UWVA 4WO6A 4G4BA 1JHLA 1IO5A 1GAZA 4RLNA 4GLVA 2ZWBA 4IATA 1BWHA 4OWBA 3WUAA 1BB6A 1HEWA 2BQBA 2ZQ4A 4TX7A 3QY4A 1UA6Y 1LSEA 4XYYA 4YEMA 2B5ZA 3QE8A 1IOCA 1B7LA 2HEDA 3AGIA 1INUA 4H8YA 5FHWA 1JKCA 1JSEA 2CGIA 4ET9A 1YIKA 5KXXA 1LZ6A 1LKSA 1RFPA 1HMKA 4B1AA 4NG1A 5APEA 1GBOA 1KXWA 1IP5A 3HBDA 1FKVA 1SQ2L 4H93A 5I4WA 1HEQA 3TMUA 1LKRA 3W6BA 2FYCA 1CKDA 4NGIA 4HJZA 1OUDA 1B7OA 1QTKA 2BQNA 4WM2A 3B0IA 4XJIA 2BQOA 5IDDA 4BAFA 4YM8A 4GN3A 1HF4A 3A8ZA 1IC7Y 4ET8A 2W1XA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1B6IA 4EKPA 4HTNA 1C62A 1SSYA 221LA 1L03A 2C8PA 3TXHA 1C6CA 3AYQA 5APDA 4WG7A 3M18B 2LZMA 2EQLA 3AW6A 4I7NA 1IP7A 1L00A 1GE3A 1JPOA 1L11A 1OUCA 3P4ZA 122LA 4XJBA 3SP3A 1T8FA 1IWXA 3HUKA 1LGWA 2MEDA 1CX7A 1LGUA 4ZFPA 1YAOA 137LA 1A2YC 4TSCA 1LSDA 3P64A 4N1CC 223LA 4EXMA 5KXYA 3WW6A 1CJ7A 1L51A 1MLCE 1GFRA 1TDYA 2RB0X 1BB4A 1L15A 4R0FA 4B4JA 1L43A 1GXV2 1YL0X 1L33A 102LA 1FLQA 4G9SA 5EBHA 3LZ2A 2H5ZA 2ZNXY 2XBSA 5HLLA 2HEBA 4RW1A 2FYDA 241LA 3HTDA 1BHZA 166LA 219LA 3WULA 1VATA 1L82A 1IX0A 253LA 1QUTA 1FDLY 1AZFA 4GN5C 1G0LA 4W94A 1L21A 1L81A 3WPKA 1G7MC 1FLUA 3VWOA 5KY1A 1DI3A 2PC2A 4ML7A 2LCBA 1CJ6A 218LA 3HTGA 2O79A 4WO9A 1GB9A 185LA 4OWHA 156LA 2HEAA 1WTNA 1LHJA 4PGJB 208LA 4I7PA 1OUFA 1DI5A 2D6BA 4LGKA 4W51A 1LZNA 152LA 1L75A 1UIEA 4NY5A 1LGXA 3HT7A 1EQ4A 1TLAA 3LZMA 3D9AC 3G3BB 4GCEA 1L46A 4IAPA 5F14A 1LZEA 2Z6BA 229LA 4ARLA 5LVHA 1JWRA 1OUAA 1NKHA 1D3NA 4HV2A 1K28A 1YROA 1CX6A 1LZBA 1JUGA 3A34A 5F81A 3K3TA 1GXXA 1LHLA 3DMZA 2G4NA 1NBZC 1UACY 128LA 109LA 2O7AA 1L92A 2ZYCA 3WPLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2VB1 A;  4HTN A;  1AT5 A;  4TUN A;  3B6L A;  3ZVQ B;  5LIN A;  4CHX A;  1C08 C;  4DD7 A;  2C8P A;  1LJF A;  3TXH A;  1FKQ A;  2Q0M X;  5A3E A;  1LHM A;  3BKH A;  2Y8P A;  3AYQ A;  3FI7 A;  5APD A;  4WG7 A;  3M18 B;  5KXL A;  1GFK A;  5DM9 A;  2EQL A;  4OWE A;  3OJP A;  3TMX A;  5K7O A;  1UUZ C;  4R6C A;  3AW6 A;  1JJ3 A;  1IP7 A;  2CWI A;  5KXK A;  1GE3 A;  1JPO A;  1GHL A;  3P68 A;  4NHQ A;  1LMO A;  3A92 A;  1OUC A;  3P4Z A;  1GWD A;  1D6Q A;  1GF9 A;  3CB7 A;  4NSG A;  4XJB A;  1IWX A;  3SP3 A;  5FDJ A;  1OUJ A;  1LZD A;  4H92 A;  5B1G A;  4ZEE A;  1B7N A;  1QQY A;  1ZMY L;  2MEF A;  5LYZ A;  4D9Z A;  2MED A;  1TAY A;  1IWU A;  1LZ8 A;  1YAO A;  4ZFP A;  3LYM A;  4WLT A;  4ZIX A;  1A2Y C;  4TSC A;  1LSD A;  3P64 A;  4N1C C;  1LSN A;  194L A;  2D4J A;  4OOT A;  5F9U A;  1B7M A;  5I4Y A;  5LYT A;  2HU1 A;  5KXN A;  1GEZ A;  2YBM A;  5KXY A;  1CJ7 A;  3WW6 A;  5IHG A;  2F2N A;  1IOQ A;  1MLC E;  3A6B Y;  1GFR A;  4II8 A;  4FDY A;  2ZIL A;  1TDY A;  1BB4 A;  4R0F A;  4B4J A;  1J1P Y;  2IFF Y; 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 4LYC A;  1GFG A;  2BQL A;  1B5Y A;  1GB7 A;  1GB5 A;  1D6P A;  1BQL Y;  1YKX X;  2W1M A;  4DD9 A;  4HTK A;  4MCK A;  1IY3 A;  1REX A;  3D3D A;  5APF A;  1GDW A;  5KKI A;  1C46 A;  2D4K A;  2I6Z A;  4LYZ A;  1IR7 A;  2I26 L;  1LSM A;  1XGT C;  2EIZ C;  5B06 A;  1GBY A;  2DQC Y;  154L A;  1NHE A;  1JIS A;  1XEK A;  2CJL A;  1LJ3 A;  2LYM A;  2H9K A;  7LYZ A;  4QDN A;  4QY9 A;  2YSS C;  2GV0 A;  4XAD A;  1IVM A;  4HJV A;  4PRQ A;  3TXE A;  3N9E A;  1OUE A;  1LMC A;  3A3R X;  1LYZ A;  1GB0 A;  4XJF A;  2XBR A;  3B0K A;  2H9J A;  4WM5 A;  1GFA A;  2XJW A;  3FE0 A;  1F10 A;  1IY4 A;  5C6J A;  1GFT A;  1B9O A;  1LMT A;  2ZNW Y;  4UWV A;  4WO6 A;  4G4B A;  1JHL A;  1IO5 A;  1GAZ A;  4RLN A;  4GLV A;  2ZWB A;  4IAT A;  1BWH A;  4OWB A;  3WUA A;  1BB6 A;  1HEW A;  2BQB A;  2ZQ4 A;  4TX7 A;  3QY4 A;  1UA6 Y;  1LSE A;  4XYY A;  4YEM A;  2B5Z A;  3QE8 A;  1IOC A;  1B7L A;  2HED A;  3AGI A;  1INU A;  4H8Y A;  5FHW A;  1JKC A;  1JSE A;  2CGI A;  4ET9 A;  1YIK A;  5KXX A;  1LZ6 A;  1LKS A;  1RFP A;  1HMK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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