4BC5A

Crystal structure of human d-xylulokinase in complex with inhibitor 5- deoxy-5-fluoro-d-xylulose
Total Genus 180
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
180
sequence length
524
structure length
524
Chain Sequence
RRCCLGWDFSTQQVKVVAVDAELNVFYEESVHFDRDLPEFGTQGGVHVHKDGLTVTSPVLMWVQALDIILEKMKASGFDFSQVLALSGAGQQHGSIYWKAGAQQALTSLSPDLRLHQQLQDCFSISDCPVWMDSSTTAQCRQLEAAVGGAQALSCLTGSRAYERFTGNQIAKIYQQNPEAYSHTERISLVSSFAASLFLGSYSPIDYSDGSGMNLLQIQDKVWSQACLGACAPHLEEKLSPPVPSCSVVGAISSYYVQRYGFPPGCKVVAFTGDNPASLAGMRLEEGDIAVSLGTSDTLFLWLQEPMPALEGHIFCNPVDSQHYMALLCFKNGSLMREKIRNESVSRSWSDFSKALQSTEMGNGGNLGFYFDVMEITPEIIGRHRFNTENHKVAAFPGDVEVRALIEGQFMAKRIHAEGLGYRVMSKTKILATGGASHNREILQVLADVFDAPVYVIDTANSACVGSAYRAFHGLAGGTDVPFSEVVKLAPNPRLAATPSPGASQVYEALLPQYAKLEQRILSQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure and Function of Human Xylulokinase, an Enzyme with Important Roles in Carbohydrate Metabolism
pubmed doi rcsb
molecule tags Transferase
source organism Homo sapiens
molecule keywords XYLULOSE KINASE
total genus 180
structure length 524
sequence length 524
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 2.7.1.17: Xylulokinase.
pdb deposition date 2012-10-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00370 FGGY_N FGGY family of carbohydrate kinases, N-terminal domain
A PF02782 FGGY_C FGGY family of carbohydrate kinases, C-terminal domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc5A02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4bc5A01
3MK6A 5F1XA 1DEJA 4H5WA 4RTFD 4H0OA 4PL8A 2CGJA 3KHYA 2ZGYA 4GNIA 5AQPA 5BPNA 3D2FB 4BR5A 4IZ9A 4BGBA 5AQOA 3TU5A 2W41A 3AY9A 2IVOA 1XUPO 1DKGD 3HSCA 3ZX2A 5AZJB 3ENOA 1BG3A 1MA9B 2HMPA 1TYQB 1QQOA 3MN7A 2P9LB 1BWFO 1J6ZA 3GG4A 2D4WA 3UB5A 1ATSA 4JD2B 2E2NA 4B1XB 4PL7A 5FPEA 4MLHA 5KQDA 5KPZA 4BRGA 4BG8A 3VEZA 4BC5A 4BR4A 2GEMA 3VPZA 3CJAA 2Q1NA 4AM6A 5BPLA 1LOTB 3VESA 1YVNA 3S41A 2Q31A 4BRDA 5AQFA 3M6GA 2Q0UA 2D0OA 1ZXOA 1SQKA 2BTFA 3HI0A 5E84A 1NGBA 3SJHA 3JS6A 3D2FA 4EAHD 3QICA 1IJJA 4MLEA 3LDLA 5AZJA 3HZ6A 4BR9A 1ESVA 1TYQA 3F9MA 2DPNA 2P9LA 2FSJA 3FE1A 4IJAA 4PKHA 4WQ5A 2V7YA 4ISEA 4WYBA 1ZC6A 1MWMA 3MDQA 1K8KB 3EL2A 4H0TB 4FWSA 1GLAG 2YJEA 1QHAA 3O1BA 5AQWA 4FO0A 3U9DA 5BRHA 3EKUA 5AQNA 2Q0RA 1NGFA 3R6MA 5FPNA 1NBWA 5AQVA 4BRCA 2A41A 2OANA 5ADXH 5FPDA 1E4GT 3LM2A 1X3MA 3VEXA 1RGIA 3D2EB 4B1UB 5AQYA 3LDQA 4CZJA 3A8YA 4YDUA 1OKJA 4JNEA 1IG8A 5LY3A 4JN4A 5E26A 5JICA 3C7NB 4NO7A 4BRHA 3WXLA 3FR0A 4FOIA 4BRPA 1U6ZA 1GLDG 2GUPA 2V51B 5KPTA 4FWKA 1NGAA 4BG9A 3M1FA 1HLUA 1D4XA 1WOQA 2I7PA 4K43A 5CE3A 1K8KA 3FZFA 2GTDA 3TPQA 3ATVA 1NGCA 3EO3A 3BF3A 1TUYA 3H45C 5AQLA 1YAGA 3G25A 3GOIA 2YHYA 4YDUC 4I6MB 4JHDB 3WEEB 1KXPA 1X9JA 2QWOA 5AFUH 4B1VA 1T6CA 4EHTA 4F9OA 3VENA 2P9NB 3H3NO 1Y64A 4A2BA 3H6EA 4CD3A 1KAYA 3D2EA 1QQNA 4O5FA 3DXKB 3SK3A 1JCFA 3GE1A 4PKIA 3SMSA 2HF3A 4CBUA 3VEYA 3HM8A 3O80A 3WXKA 1HPMA 3IDHA 2QWPA 4H0PA 2P9PB 4H5VA 4K25A 3CQYA 3VETA 3LDOA 4BQLA 3VOVA 3CI5A 1Q18A 2A40A 3KVGA 5AQMA 5I9EB 5AQUA 1P8ZA 1BA1A 3LDPA 5AZIB 1ATRA 4H03B 3A5NC 4JHDA 2D0PA 3UKUB 4M63C 3WUHA 1KAZA 3L6QA 2P9UB 2ZWHA 2J4RA 4JAXA 2FF6A 5EVZA 2D1KA 3DJCA 2P9NA 2Q36A 5LJVA 4CBXA 1RDWX 5AQZA 2E88A 1BU6O 3H1VX 3O8MA 5BN9A 4BVOA 2FSKA 4BR0A 3U9ZA 3DXKA 1U2VB 3DWLA 3MCPA 1Z6RA 4FWRA 5ADXA 2P9IB 3H1QA 3CIPA 2P9PA 2FF3B 4WQ4A 1QQMA 2P9KB 4ISFA 3KZBA 4IWVA 2GELA 4FWQA 4BGAA 1X3NA 3SMPA 2NZTA 4IO8A 5AQHA 5AZIA 3O6WA 5JLFA 4QS9A 1T44A 3GBTA 3QFUA 4CZHA 4K41A 3UKUA 4FOEA 3R8EA 1HUXA 1LCUA 1JCEA 4JD2A 1NGGA 2ASPA 4FPBA 2Q2RA 4WQ4C 4CJ7A 4ISGA 3MN9A 4PKGA 1HKCA 3FZHA 3SLCA 2E1YA 3AAPA 1XQSC 1NWKA 5AQJA 1U2VA 4B1ZA 3L4IA 3W0LA 3VERA 3JXUA 5AFUA 3UKRB 1ATNA 3A5MC 3BEXA 1HX1A 2P9IA 4BR7A 3FGUA 1EQYA 2A6AA 4WQ5C 4BRIA 1TUUA 4E1JA 3BF1A 3MN6A 2A5XA 2P9KA 3I8BA 4A62A 2Q97A 3M3ZA 2QWNA 2QW9A 1H1VA 4MO5A 3ZEUB 3HBTA 1XC3A 3O4WA 1HJOA 3IMXA 1V4SA 2CGLA 3ATUA 1V4TA 1G99A 4EFHA 2E2PA 3ID8A 3WXJA 3WT0A 5BREA 2H3GX 4DHYA 4RCHA 4EIAA 4QS7A 4K42A 4BRAA 2UYTA 2QWMA 2FXUA 1GLEG 5AQXA 4Z94A 4B1YB 3UKRA 3BUZB 4BC3A 3FZLA 1WUAA 2QWRA 5KPRA 1CZAN 2F9WA 1JCGA 3MMVA 3RSEB 5BPMA 4CZEA 2A3ZA 3WQTA 2YI1A 3ZEUA 3IFRA 4DQ8A 3CJCA 3H46O 3QFPA 4H0VB 5AQTA 4BRQA 3C7NA 4XH1A 4CBWA 2YHXA 3H3OB 2IVNA 3LL3A 3CHWA 2CH6A 2I7NA 4O8KA 4BRLA 4BQZA 5AQKA 2E1ZA 2ITMA 4BC2A 1BDGA 3O08A 2FSNA 4EHUA 1T6DA 3WQUA 5F0XA 4KBOA 4BRKA 3QB0A 5LJWA 2GWJA 2P9SB 5KQ8A 5AQQA 4L3QA 2FLOA 1BUPA 3B8AX 3BP8A 3EN9A 3EZWA 4I6MA 3WEEA 3VF2A 3ZX3A 5FPMA 3VEWA 4FWLA 3UE5A 1GLCG 3WXIA 2CGKA 2VCPA 1QZ5A 3A0IX 3C0BA 4FWMA 1BA0A 4H0YB 2KHOA 3QDKA 3EKSA 4RWTA 5EXWA 3RSEA 4BRNA 1NMDA 2E20A 3GL1A 3IUCA 3L0QA 5B8HA 3CJ9A 3FLCO 1NLVA 3CJ1A 1S22A 1GLLO 1HKGA 3O1WA 4M7XA 4CZKA 5BRDA 3CJBA 3P4IA 2VYPA 1RFQA 4H0XB 1NGDA 1NGEA 5BN8A 4B9QA 4H5NA 2P9SA 4CZFA 5BR9A 2IVPA 4CD1A 3A5OC 1E4FT 2E2OA 3LM9A 4B1WB 4HTLA 2WUSA 3QMLA 4HWIA 3OHRA 4H5TA 1HKBA 2P9UA 3VF4A 2ZGZA 5EY4A 4C23A 3ULEB 5JMVA 1GLJO 2NLXA 4A61A 4FWPA 3GDQA 4BR2A 4IXCA 5AQIA 1S3XA 4IJNA 2HOEA 3VEVA 2QWLA 4M7YA 1C0GA 1KAXA 1YUWA 4H5RA 1R59O 3R9PA 3U4LA 4MO4A 3DXMB 4CZLA 1NGHA 2QXLA 2YHWA 3CETA 4QS8A 4FWOA 2PBDA 3VF6A 4XH5A 4J8FA 3CERA 3AAQA 3J8AA 5ELZA 2VWBA 4Y0WA 3AARA 2HF4A 2NRHA 3HTVA 1QZ6A 4FWNA 2ASMA 4XEIA 2ASOA 2E2QA 2BUPA 3VGKA 5JLHA 4LC9B 3CQXA 4BC4A 2AA4A 3ZETB 3U8XA 4DB3A 5TKYA 3ULEA 4XH4A 2IIRA 3FFKB 1BOTO 2AP1A 4CI6A 4A2AA 1YXQA 1MDUB 1ZBSA 5BRFA 5AQRA 3LDNA 2V7ZA 2PAVA 5F2RA 2QWQA 1BO5O 3VGLA 4BRMA 2F9TA 3VGMA 3DXMA 5AQGA 1SZ2A 3CJ7A 3A5LC 3VEOA 2ZF5O 3W3DA 2E8AA 2QM1A 5EOYA 1SAZA 4DCHA 4BREA 1Z05A 2YCHA 1NM1A 3ZX0A 3O5BA 2A42A 3I33A 1GLBG 3MN5A 1MWKA 1GLFO 4AM7A 2V52B 1NGIA 1NGJA 4GY2B 4BVPA 1DGKN 5AR0A 4BROA 3DAWA 3FZMA 2W40A 5AQSA 2YJFA 3FZKA 4FPAA 4FSVA 4FL9A 5EX5A 3ZETA 4CZGA 4BRFA 2CH5A 3ENHA 3D7EO 4CZIA 3QBWA 2EWSA 4CZMA 3QBXA 4NB4A 2GWKA 1C0FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ZHRA 4H5WA 4FJJA 4CEEA 2IGIA 4PL8A 3K59A 4CHQA 2ZGYA 3O4NA 1Q86O 1QSLA 5AQOA 3VQ8A 4C8MA 2G8IA 1YIJN 1BG3A 4CF1A 3DLEA 3G10A 4NXNK 1J6ZA 4CHYA 2YHBA 2O8EB 4IEEA 4JKEA 2E2NA 2I5JA 3ZT1A 2VWKA 4YORA 1XHXA 3TANA 3HJFA 4MLHA 4DKWA 1TK0A 1HMVA 4ID1A 3VEZA 3NHGA 3VPZA 3CJAA 2VG7A 1IG9A 2OPRA 2Q0UA 2D0OA 2BTFA 3ZSYA 4B9UA 3CMAN 3CMEN 5GINA 2HHQA 4CJRA 4KTZA 1IJJA 4DTUA 1LWEA 1SKWA 2VG5A 1TAQA 3V9WA 4JKAA 4CEZA 2O8EA 1K8KB 4H0TB 1EWRA 5AQWA 3L2WA 4FO0A 3RMBA 4CEDA 4CW7B 1XHZA 1LAWA 3NGYA 4CECA 1L5UA 1B92A 4FLXA 4FJ9A 1HJRA 3RTVA 1TVRA 3R6MA 5AQVA 1OVYA 4BRCA 3SBGA 2XO7A 5ADXH 3JSMA 3HPHA 4LF8K 1HYZA 1ASVA 3VEXA 5CYQA 1QS4A 4ILGB 3M8QA 3ENBA 3HSTB 4O4GA 1VSKA 3OYMA 2ZM6K 2QKKA 1TKDA 4B9NA 1NU0A 1OKJA 2ATQA 4JNEA 4CGGA 4YOVA 5E26A 4FZZA 5JICA 3AVAA 4FOIA 4BRPA 4DFKA 1U6ZA 4JKHA 3E66A 3TTCA 3TI0A 5DMRA 3BGRA 5CE3A 2VG6A 4PQUA 1K8KA 2QTDA 1FXXA 2KFNA 4DV7K 4QCLA 4B9SA 3K0SA 4JHDB 3ITHA 3QIPA 4U7BA 2QWOA 1NJZA 4CEAA 3OS2A 4DTNA 1LWCA 1T6CA 5C24A 4DSEA 3VENA 5TKWA 1S1WA 5C0YA 4A2BA 3U6FA 4CIFA 4DF8A 3I0SA 3AO2A 2FBXA 4O5FA 3SK3A 3NF7A 3KWIA 1VQ7N 2O8BB 1BHLA 4K8XA 3QNOA 1HPMA 3IDHA 1DTTA 4B8CA 4H0PA 4IG0A 3AVMA 5FRMA 1IBKK 5LL6Z 1TV6A 5SZTA 4W5NA 1JXEA 5I9EB 3TSPA 3LDPA 1SL0A 3TTDA 4JHDA 1WAFA 4LSNA 5HROA 3K5LA 2P9UB 1N34K 5EVZA 4E7LA 2BANA 4CF0A 4LFAK 3H1VX 3O8MA 4BVOA 4YOXA 2HNYA 3MECA 2O8BA 3KWGA 4YOTA 4KREA 3MCPA 1Z6RA 5ADXA 1NMNA 3U3GA 1HNVA 2HSTA 2P9KB 3CC2N 2GELA 3AVCA 3OYIA 3QO9A 1X3NA 5I3UA 4RW4A 5JLFA 4QS9A 4CZHA 4K41A 1QHTA 2HHHK 3D0PA 4FOEA 1HUXA 4DSIA 2QK9A 4DUYK 1YF5L 3K58A 1VRTA 5C2DA 4E7IA 1NWKA 1OH7A 3ULDA 3L4IA 3VERA 1WBDA 4FLWA 2A6AA 4WQ5C 4BRIA 1TUUA 3C94A 2A5XA 2P9KA 3I8BA 2Q97A 3M3ZA 3KD5E 4KH5A 4LF6K 1H1VA 3HBTA 1XC3A 2WOMA 4E7JA 1O1WA 4CJUA 3C6TA 3KJVA 3T19A 4FLTA 1N6QA 1V4TA 1G99A 4N47A 2E2PA 4EFHA 1VQ8N 4JS4A 5M1QA 1U04A 2OTJN 4DHYA 1RBRA 2ZQBA 2NNWA 4FJGA 2FXUA 3NGZA 4C8KA 4AHTA 5HL7L 1JLAA 2HHWA 4JEPA 1WUAA 2P51A 3RR8A 3HVRA 4FLUA 1JCGA 2W42A 1BIUA 4GV3A 4E7HA 5HRRA 3IFRA 4DQ8A 1Q7YO 4B3TK 3CJCA 3QFPA 1T3VA 3C7NA 4CBWA 4DU4A 2EHGA 2RN2A 3CHWA 4BQZA 3I0RA 1J9AA 2A1SA 1VSIA 4CJWA 2QEXN 2FSNA 1T6DA 3WQUA 2KW4A 3MWTA 5F0XA 4KBOA 5LJWA 2P9SB 5KQ8A 5AQQA 1U48A 1BUPA 3BP8A 1CZBA 3EN9A 4BDYA 3WEEA 3O9TA 4CGDA 3OYGA 4FJKA 2CGKA 2WONA 3HVTA 2VCPA 1QZ5A 4H0YB 3QDKA 3HPGA 1VSFA 2E20A 3GL1A 5B8HA 3AA2A 3VQ5A 3KD1E 4OVLA 1WSHA 1JLEA 2ETJA 3QEVA 5KRSA 3KK3A 3O1WA 4M7XA 3P4IA 2XY8A 3OJUA 1S6PA 1NKEA 3L4QA 4R79A 4C1NI 2P9SA 3CCUN 2IVPA 4CD1A 1VQ4N 3F5TA 3JYTA 3QMLA 4HWIA 4DR5K 3TAPA 5A2QO 4MFBA 1YT3A 3QLHA 4CFAA 3ULEB 4CEFA 3KLGA 1NK0A 4A61A 4FWPA 3HPOA 3IKMA 4UY8O 4FM2A 1ILYA 4IJNA 4K8ZA 4YNQA 3QESA 1D9FA 3G71N 1R59O 2R7YA 4J2AA 3D6RA 1HQUA 3RR7A 3DXMB 3THXB 1LAVA 2X78A 2HB5A 4KH6A 2QXFA 4FWOA 3VMFB 1S9GA 1VSLA 4XH5A 4J8FA 2NRXA 5K14A 5ELZA 3AVKA 3WNGA 3AVNA 4Z4IA 3L3UA 4PA1A 4XEIA 4OGCA 2ASMA 4LY7A 3K5MA 2E2QA 2IS3A 2JWLA 4X64K 5D3GA 4JK8A 4Y1CA 3ULEA 2UXCK 4UQGA 4XH4A 5JS2A 4TSXA 4CK2A 3AVBA 1ASUA 3WNHA 1D5AA 1KLMA 4KI4A 2KQ2A 4OJRA 2RF2A 1N32K 2P5GA 5DK5A 2QWQA 3VGLA 3VTHA 3CFRA 3DXMA 1F21A 4RG8A 3A5LC 2E8AA 5EOYA 3TAGA 1SAZA 4V19S 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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