4BDNA

Crystal structure of the gluk2 k531a-t779g lbd dimer in complex with glutamate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
254
structure length
250
Chain Sequence
RSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSAPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKIGIAILQLQEEGKLHMMKEKWWC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements.
pubmed doi rcsb
molecule tags Metal transport
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2
total genus 82
structure length 250
sequence length 254
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdnA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdnA02
3B6WA 4R9GA 1FQFA 1URDA 3CG3A 3IR1A 4G4PA 4EUOA 1Z7ME 2UYEA 1MY2A 1P1WA 5ICTA 4H5GA 1P1OA 2G93A 2ONRA 3OEMA 4AB6A 4KQPA 5CRYA 4WKMA 2DYXA 4ZECA 4XXUA 1LLSA 3Q29A 4IY5A 3H6TA 2X7QA 3PPNA 3H6VA 3RGYA 3FASA 2XD3A 3K6UA 3DLNA 2O69A 4RK9A 2GHBA 4QF9A 1QJMA 3I3VA 3G3IA 3SEVA 1SW2A 3V5AA 2V3QA 1MQDA 2HZKA 3N6UA 4F1VA 5KDTB 1Q1KA 2ABHA 4U22A 2AL4A 2HAVA 2I48A 5CM6A 1AIVA 3TTKA 4OZ9A 1P1QA 3HN0A 3MZBA 5FHMA 3FD3A 4PFWA 1RYXA 2DP8A 1ZKBA 3OOAA 4DLDA 2V3UA 3OELA 3A09A 2PX1A 1QUIA 4F1UA 3RT8A 1N84A 5H8HB 1R1NA 3OEKA 5L9SA 1I6QA 3B7DA 1MPBA 3K00A 2XX9A 3C31A 3FJGA 2CZLA 3OO7A 3D4CA 1MQJA 3IX1A 3MAMA 3CSGA 2DE3A 3VLVA 1DPPA 3R7XA 1OVBA 4ELPA 1B51A 4R74A 1XS5A 1MQIA 3KOSA 1B2HA 4YZZA 5L9MA 3B6QA 1JEUA 3ODBA 1VSOA 4KYEA 4EXLA 3PPRA 2F34A 3FVKA 3G3JA 5JTYA 5B7DA 1Y3NA 2Y7KA 1JW5A 1B3LA 4AB5A 4AQ4A 1F9BA 3N26A 1B4ZA 4F22A 3SEUA 4GD5A 3QYTA 3ZS6A 4OFOA 3S9NC 4NF4B 3QK6A 5F7VA 2HFBA 3CFZA 2RC8A 4GF8A 4R75A 5H8FB 3VDFA 1AOVA 2H99A 1MH3A 3TQLA 2DWAA 1LAHE 5ELVA 4P0IA 4P0GA 4KPTA 2QS4A 4DCYA 2UXAA 1XVYA 1B7ZA 4EF1A 1B3EA 3FXRA 1MY4A 3R6UA 3IOVA 4NWDA 3KZGA 1NH7A 4JDFA 1Y1MA 2ONSA 3B6TA 1MM7A 4HTGA 3T9XB 1B52A 5CBRA 3PUXE 2UVHA 1USYH 2RC9A 1ZU0A 1B46A 4GXSB 1IXCA 4GL0A 4XTCQ 1LFHA 2PMSA 3K01A 3OD7A 1I6BA 1B0HA 1MH4A 4ISUA 4F3GA 4DIGA 3K1PA 2DVZA 3TCHA 1WVJA 3RLFE 4EF2A 4ZEBA 1H45A 1J1NA 3IB1A 4U4XA 2F6PA 3KEIA 2O68A 5CBSA 1A55A 3K0VA 4RPOA 1MXYA 3CFLA 3IJOB 3IOUA 2OWTA 3SEXA 1LBCA 1N3WA 1B3HA 1GTKA 5J1DA 4U4SA 2UYFA 1PC3A 5K2XA 4LQ5A 1ZLQA 1DSNA 3FJ7A 2E1SA 3DP6A 4MF3A 3H7MA 3BFUA 3MQ9A 2I49A 1LB9A 1MPCA 3TCFA 1FTKA 1QUKA 2ONKE 5A5XA 1QUJA 1RKMA 4E0XA 1JVYA 4KI0E 2F6GA 5I56A 4EQ7A 3CFXA 2FNCA 4LVQA 1D3KA 3U94A 4YB5A 3SERA 3Q25A 1MY0A 5FTIA 3FXUA 2AIXA 4DXBA 4N07A 1BKAA 3T22A 1SVXB 3DELB 1O63A 4BLAA 3W15C 2Z8FA 4ZEKA 1TT1A 4RYAA 1PB7A 4GOTA 2ESNA 2HXWA 1SQYA 3I5OA 2VD2A 3VXCA 2F7AA 2OZZA 2NOOA 1A54A 3G7WA 2PBWA 3E13X 3PUWE 5JTYB 1FW0A 5CMKA 5H8QA 1LFGA 1Y20A 3WAEA 2ZNSA 1JNFA 3K2DA 3EHTA 4LATA 3U72A 1MQHA 2V84A 1A8EA 1GGGA 1N7XA 1MM6A 4NF8A 3C32A 3N6TA 3VVEA 2GRVA 4THIA 4H67A 1FCKA 2ZYNA 2R71A 3KN7A 3E9XA 3CG1A 1B1XA 1R9QA 1US4A 1JVXA 3CI8A 4F2QA 4I62A 1ZMGA 1ZJLA 1IUDA 1QULA 1NFTA 1VFEA 3KGCA 2Q2AA 1M5EA 4ESWA 4P11A 4FAJA 5K2YA 4F19A 3N94A 4QFLA 1R6ZA 4R2FA 1M5DA 3ILUB 1M5BA 3FZVA 2XXIA 4WEDA 4KYSA 4UACA 4POWA 2F35A 3MP1A 4XKNA 2OK2A 3D4GA 4HCWA 2H5YA 3MP8A 4GL8A 2M8CA 3MJNA 3UP9A 4F39A 1B05A 3HV1A 4MFIA 3IB0A 4PFYA 1MRPA 3O97A 4FEBA 1VE4A 3G3HA 3SETA 2XXQA 1H43A 3BFTA 1FQEA 1N3XA 1FTJA 2CMOA 2F5XA 2H25A 2DE4A 1L5TA 3T9HB 1NH8A 4LUBA 5BUUA 2H9BA 3KN3A 4R72A 1POY1 3C35A 3F11A 3DM0A 1TFAA 1FTOA 3ZKLA 1JEVA 2B3BA 4O3AA 4RA1A 3LC8A 1YPNA 1IIWA 3MVWA 5A5XB 3UK4A 5I56B 3EQ1A 2Q8JA 5I2NA 2NUVA 4OMBA 2HZLA 2KLFA 1HSJA 1QVSA 3GBAA 2XXWA 1FTLA 4ZZAA 2VGQA 1ELJA 2LAOA 1BLFA 1MY3A 2HCAA 1B1HA 1IXHA 2D21A 3VE1B 3EHUA 1WDNA 4OYVA 5KCJA 4X1BA 3T9VA 3TTLA 1M5CA 1Y1ZA 1SI0A 1S50A 5I59A 1CE2A 1NNKA 4F2OA 5L8DA 3GBBA 4HW8A 4F31B 3C33A 1B58A 3TTNA 5H8QB 3RN8A 1ATGA 4NF6A 1OQHA 3C4MA 1P99A 1MXWA 5DYHA 4NF8B 3G3FA 3CRBA 1VR5A 5B70A 5IKBA 2F7CA 4GLIA 3TKDA 3BBRA 1LCFA 1GVCA 4LONB 4GQOA 4LQ2A 3EHSA 1DTGA 3HHFA 4ELOA 1BP5A 3EN3A 5HPQA 4YKPA 4X1DA 2QS1A 3E4RA 3MC2A 4XKQA 4EQ9A 1LGBC 1OLAA 3PD9A 4NMYA 2R6GE 5DVIA 2VHAA 4L17A 3KFMA 4JWOA 3TFLA 1B5JA 4ZE9A 1PBPA 1B7UA 4U1ZA 2I0CA 5CI5A 3CVGA 1UTHA 5DVJA 4FJPA 3S2VA 1OLCA 1LAFE 4IO5A 1H3DA 1MDP1 4ONYA 2A5TA 2QPQA 3ZKKA 4ZEDA 4BDLA 4F29A 3KN8A 3K1MA 3PPQA 4YMAA 4JXIA 4IGTA 1DTZA 2O1LA 1YAEA 3MVYA 2RINA 4NTLA 4IY6A 3K02A 3M3LA 3MZ1A 3VV5A 3FJMA 2VP1A 3MW0A 4JSDA 1USYE 1II5A 3QUJA 1POTA 1QKBA 2XD2A 3IO6A 5FTHA 4HS7A 3RTWB 3M3FA 3PUZE 4IB2A 4JWYA 4UA8A 5TPAB 2XHDA 4LZ7A 1EZOA 3QUFA 1AL3A 1IXGA 4ZDMA 4FORA 3OSRA 1OQGA 5H8SA 1CB6A 4YICA 3I6VA 2O7UA 1YCJA 3M8UA 1XVXA 3TDJA 4R9FA 5I2NB 5HBCA 4YB7A 2RCAA 3TZAA 4RJZA 3ZSFA 2Z8EA 1PEBA 4FIMA 3TPAA 4IGRA 4R6KA 1AMFA 3K6WA 2OJTA 1SBPA 4RNSA 4G77A 1D4NA 1B3FA 5KCJB 5DTBA 1EU8A 3FXQA 3KSXA 2P1SA 3HO7A 5EHMA 3C36A 3USDA 3PU5A 3RNNA 4DCXA 1YTVA 3FV2A 1B6HA 3GXAA 2YLNA 2B3FA 3LSLA 1IXIA 3PPPA 3GLBA 3TMGA 4NF6B 4U23A 4GVOA 1SW5A 3U8QA 2XX7A 3T96B 1AH5A 2F36A 3CIJA 4N13A 2RC7A 1NNTA 5DVFA 4H1XA 3KSJA 3RUMA 1LB8A 2OLBA 4EQBA 1SD3A 1MG1A 2OBGA 4OFLA 3QAXA 1DOTA 1LFIA 4C0RA 1O64A 3O9PA 3UN6A 3OXNA 2AYSA 4OERA 2QMXA 3ECRA 4YAHX 3OO9A 5AA1A 1PBQA 4R73A 2FA7A 4OFJA 3PPOA 1Y4TA 5FHOA 5L9OA 4LZ5A 1UTHB 4GRKA 4ELQA 4M1VA 3MVZA 1Y4CA 3K6XA 2D3IA 2PT2A 4H0WA 2A5TB 4WEPA 3PD8A 2BJJX 3RQTA 2DWHA 3LBSA 5I2KA 2Q9TA 1FQAA 5BWJA 3IOTA 4XIGQ 2GH9A 1DMBA 4XKRA 1LAGE 2QJEA 1M5FA 4H8JA 4LA9A 4BDOA 3PMXA 3O6GA 2ALUA 4I8CA 4DDDA 2R9JA 4KCDA 3S9EA 4G8MA 1EZPA 3KG2A 3H06B 1H76A 4ZS9A 2Y7IA 4YMBA 4QSEA 4G2ZA 1B3GA 2XX8A 1A99A 3FUZA 3O29A 2I4CA 2REGA 3T93B 2XXPA 4Q0CA 1NMUA 4FATA 3K1NA 1ANFA 3TQWA 1Y3QA 1XHYA 2OCUA 4TQUQ 4K3FA 3IB2A 5FHNA 1MXZA 1ZIUA 2NXOA 4MLVA 3TUSA 1LSTA 4O3CA 3TTRA 3IJXB 1D9YA 4PQJA 5KZTA 3O6HA 2DWJA 3SESA 1QKAA 2HAUA 4GFRA 2I3VA 5ITPA 4IO2A 1GV8A 2UVGA 5AE4A 3MWBA 2DS9A 4IO3A 4PETA 3IO4A 1ZBMA 1Q35A 3HSTA 1QW0A 4RXLA 4JSOA 1OVTA 3IORA 3PMWA 3C9HA 3K6VA 4ZEFA 4BDMA 4U2RA 1FTMA 4R2BA 1LAXA 1DPEA 4OEVA 1A40A 1SYIA 3OO6A 3JV9A 1N7WA 2ZYKA 5I84A 1NKXA 4U21A 3OENA 1SYHA 1XOCA 1T0KA 2A5SA 1S9TA 3OSQA 2DE2A 2NVUB 3L6GA 1UIUA 2ZYMA 3PMVA 3H03A 2QSXA 4RPNA 1Y3PA 1UIVA 2Y7RA 4M4GA 2IA4A 2DVCA 2X7PA 2PVUA 4IO6A 2ZNUA 2NWJA 4TLMB 2Z23A 2G29A 2H98A 4X48A 4BDNA 5HM4B 2AL5A 3A3CA 3MUQA 4FE8A 1UQWA 3MP6A 1SI1A 4G8NA 2DXRA 3CR9A 5I58A 5AA2A 4H5FA 3ONMA 5DEXA 5JEIA 3M3KA 4DZ1A 4G68A 4XKPA 4KD5A 1SDXA 5M2VA 1I69A 5TU0A 3PV0E 4Z7EA 3S9MC 4MBPA 5I2KB 4Q5TA 4OESA 4OVJA 4NE4A 1XT8A 4QFKA 1URSA 2W7YA 1H44A 1MXXA 3GZGA 4POXA 3P7IA 4RK2A 3RPWA 3TELA 3LSFB 4H65A 5ITOA 5AA2D 3HCQA 4PFTA 3MBPA 1Z7NE 4QRZA 2QS3A 4H8IA 4F18A 4OQOA 5IAIA 3O2AA 3FVGA 1B5HA 1LBBA 1JW4A 4OETA 3TCGA 2Q88A 4QSCA 2ZYOA 3RT6B 2Y84A 4OENA 4U1OA 4TLLB 3IL1B 1A7LA 2DSFA 4ELRA 3T66A 3FVOA 3FGSA 3C34A 4I1DA 1BTJA 1N0TA 4YU0A 1MY1A 1TWYA 1OMPA 4NF5A 1P1NA 2Y7PA 2HQ0A 3MPLA 3DP4A 2VD3A 4OWDA 2I58A 2F97A 1R9LA 3QSLA 1MDQA 2OWSA 1SW1A 2PT1A 4R6HA 4ND9A 3Q26A 1IQ7A 1IZ1A 3O66A 3JYRA 1NNFA 5TP9A 1VFDA 3G3GA 1RYOA 4DXCA 1JQFA 3W9VA 1HSEA 4G68C 4YKKA 5LOMA 3TEPA 4QFNA 4RY1A 4F3PA 2V25A 2O6AA 3UORA 1B9JA 2I4BA 4ESXA 1B32A 2DQVA 3KJTA 3S9LC 4KCCA 1HSLA 4PE5B 5I57A 2I6EA 5JK4A 4ZZEA 3CSBA 2I0BA 5CMCA 2P0SA 3G3KA 2RCBA 4OHNA 3FVNA 3KBRA 5F1QA 2P2AA 2Q89A 2WKYA 4GWOA 2Z8DA 4KR5A 3V89B 2QS2A 1IEJA 3VXBA 4F3SA 5AA4A 2DXYA 1ZTYA 4NEDA 3MZ9A 5AA3A 2XXXA 4ZE8A 1N04A 3Q28A 3KOTA 4YKIA 4ZEIA 5I58B 5I59B 1B0LA 5AA2B 2FYIA 1B7HA 2E0SA 1KWHA 4TOZA 3OMBA 1B40A 5DEXB 4G68B 3TTMA 3VLUA 1MXVA 2XXUA 3EF7A 4OTEA 4X9TA 3QIMA 4N6PA 1O7TA 2I3WA 4YB6A 4I9DA 5H8NA 4H6DA 3O28A 5EYFA 4Z0IA 3LSWA 3S4UA 4NWCA 1D9VA 1SW4A 3T9UA 1GR2A 1EH3A 3WAFA 2YPNA 4C1UA 3AXFA 5CMBA 3LSXA 5CMMA 4IO4A 4Q8RA 1MPDA 2H4IA 2VOZA 4F1YA 1US5A 2QMWA 3UGWA 4Q30B 3VVFA 1UTBA 2THIA 1IITA 4F3BA 3V8XB 4DXUA 3TAJA 3QXMA 4OXVA 2V3TA 2V93A 3LUYA 1Y9UA 3IOWA 2XXRA 3SKPA 2HEUA 4DE8A 3U92A 3SEWA 1XC1A 4O3BA 2D5WA 3Q27A 2Y7WA 4MLQA 4WXJA 2ZXTA 1TXFA 4NF5B 5EHSA 4G8HA 1FQCA 3H4ZA 3V83A 3RTFB 2GFEA 1LCTA 2UVJA 3JZJA 2PYYA 3BKIB 4FEDA 5CC2A 2RKMA 5KDTA 3SEYA 3VLWA 3FV1A 5TP9B 3H6UA 2XXVA 4ECFA 3TODA 3ILTB 3MPKA 4C1TA 2O84X 2XXYA 4OEUA 1OIBA 1A8FA 3KJ7A 5DT6A 3HPIA 2IEEA 4BDQA 1EZ9A 3IK6B 4PFUA 5H8HA 1JW1A 2REJA 4QHQA 3O6IA 2XXHA 3PUYE 4KFQA 3VFJA 4EDPA 2O51A 4QFOA 2O1MA 2XXTA 3VVDA 3U93A 1BIYA 2QRYA 1URGA 4R6YA 1WODA 2F7BA 4JB7A 2Q2CA 1B5IA 5I57B 3THIA 3H6WA 1JETA 3R26A 3E3KA 1I6AA 2DOJA 1B4HA 1FQDA 3LR1A 4GIZA 3UA8A 3SDFA 4BDRA 3UIFA 5AA4B 1NL5A 1MQGA 3H3GA 3TYHA 3IAZA 1NNPA 4IO7A 2ANJA 2Z22A 4JWXA 4GXAA 3L6HA 4JBZA 2B65A 4LZ8A 3OO8A 4PP0A 3FIRA 4KHZE 2X26A 1TFDA 3U1OA 4NF4A 1P1UA 2QL3A 4MH5A 4YKJA 5H8NB 3HHGA 3K4UA 4KYDA 1FQBA 1MXUA 1S7YA 4QSDA 2RF1A 2DWIA 5ICQA 5H8FA 2YJPA 4QFPA 5ISUA 3PUVE 2UVIA 1MS7A 3N5LA 2O7IA 2ZMBA 3DP8A 4LP2B 4FECA 3RY3A 5TPAA 3A3UA 4HCYA 3W9WA 2F8DA 4EXKA 4E0WA 1PDAA 3PGFA 1PB8A 3EPEA 2ZNTA 1PB9A 2GHAA 1N76A 3FATA 1UTBB 3MVXA 2F78A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B6WA 4R9GA 1FQFA 4LN5A 1URDA 3CG3A 3IR1A 4G4PA 4EUOA 1Z7ME 2UYEA 1MY2A 1P1WA 5ICTA 4PAFA 3E79A 4H5GA 1P1OA 2G93A 2ONRA 3OEMA 4AB6A 4KQPA 5CRYA 4WKMA 2DYXA 4ZECA 5F24A 2WEFA 4XXUA 1LLSA 3Q29A 4IY5A 3H6TA 2X7QA 3PPNA 3H6VA 3RGYA 3FASA 2Q74A 2XD3A 3K6UA 3DLNA 2O69A 4RK9A 3EKIA 2GHBA 4PBQA 4QF9A 1QJMA 1FPFA 3I3VA 3G3IA 4NN3A 3SEVA 1SW2A 3V5AA 2V3QA 1MQDA 2HZKA 3N6UA 1YZ0A 4F1VA 5KDTB 1Q1KA 2ABHA 2R8TA 4U22A 2AL4A 2HAVA 4G61A 2I48A 5CM6A 1AIVA 3TTKA 4OZ9A 1P1QA 3HN0A 4PCDA 5IM2A 3MZBA 5FHMA 3FD3A 2V4CA 4PFWA 1RYXA 1LBXA 2FHYA 2DP8A 4OVQA 1ZKBA 3OOAA 4GWWA 4DLDA 2V3UA 3OELA 1FPIA 3A09A 4PDHA 2PX1A 1QUIA 4F1UA 3RT8A 1N84A 5H8HB 1R1NA 3OEKA 5L9SA 2VT5A 4O8MA 1I6QA 3B7DA 1MPBA 3K00A 2XX9A 1XI6A 3C31A 3FJGA 2CZLA 3OO7A 3D4CA 1MQJA 3IX1A 1NV5A 2FIXA 3MAMA 1FPJA 3CSGA 2DE3A 1EYKA 3VLVA 1DPPA 3R7XA 1FBGA 1OVBA 4ELPA 1B51A 4R74A 1XS5A 1MQIA 4GWYA 3KOSA 1B2HA 4YZZA 5L9MA 3B6QA 1JEUA 3ODBA 1VSOA 4KYEA 4EXLA 3PPRA 2F34A 3FVKA 3G3JA 5JTYA 5B7DA 1FPEA 1Y3NA 2Y7KA 1EYJA 1JW5A 1B3LA 3PTYA 4AB5A 4AQ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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