4BDRA

Crystal structure of the gluk2 r775a lbd dimer in complex with kainate
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
253
structure length
253
Chain Sequence
SLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYADKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Correlating Efficacy and Desensitization with Gluk2 Ligand-Binding Domain Movements.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR, IONOTROPIC KAINATE 2
molecule tags Metal transport
source organism Rattus norvegicus
total genus 86
structure length 253
sequence length 253
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-10-05
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdrA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 4bdrA02
3H6WA 3H7MA 2I3VA 4F3PA 3MP6A 4Q8RA 2H98A 1Y9UA 2PYYA 1B7UA 1PB7A 2ZYKA 1B5JA 3GZGA 5AA4B 1MRPA 4H67A 2DE3A 3UGWA 1FCKA 2R6GE 4XKNA 1Z7ME 3H03A 4K3FA 3T9HB 4RY1A 4NF8B 3KOTA 3LSWA 4JWOA 4AB6A 3T22A 3TODA 2V93A 3MP1A 4HCYA 1S50A 4OETA 2B3FA 3GBBA 3TPAA 1DSNA 2UVGA 5JEIA 4F18A 3SESA 2DWIA 2Q88A 1A8EA 2OCUA 5I2KA 4Q30B 2O1MA 1MXUA 3LSLA 3IK6B 1P1NA 3PV0E 4BDQA 1GV8A 3O66A 3THIA 4R74A 3R26A 3U93A 1EZOA 2THIA 3K1NA 2XXWA 3FXRA 2A5SA 4EUOA 5F7VA 1SQYA 4E0XA 1JVYA 1USYH 3QSLA 1FTKA 4OENA 1EZPA 3QUJA 1DMBA 1JEVA 5TPAA 3CSGA 2F8DA 3K1PA 1LAFE 5CM6A 1PDAA 5KDTB 5H8HB 1MPBA 1N04A 5AA2B 1ELJA 4JB7A 4RYAA 5I59B 5L9OA 1SBPA 4R6HA 1NH8A 3TKDA 3K0VA 1GR2A 2VOZA 4LQ5A 4RPNA 3GXAA 4M1VA 4P0IA 2F7CA 3LBSA 5IAIA 2DXYA 4THIA 1MY1A 4H5FA 3S2VA 3H6TA 4G77A 3K00A 3K6VA 4BDNA 4F1YA 2DE4A 2VD2A 3L6HA 2RKMA 4LQ2A 1IZ1A 2YJPA 2W7YA 3M3KA 4DXUA 4DDDA 5H8NA 2XXQA 1F9BA 3TEPA 2B65A 4LATA 4IO5A 4N07A 2GRVA 3BKIB 2PT2A 4RXLA 5H8FB 1B3EA 4G2ZA 3TCGA 1UIVA 4UACA 3G3HA 3MBPA 2XXUA 4DCYA 2I48A 3OELA 1MXXA 4H0WA 3C35A 1LFGA 3MZ9A 1A99A 4XKRA 1I6QA 2F34A 1VE4A 1ZLQA 1URGA 5KCJA 4POXA 4F3BA 4ELQA 1QVSA 1NNPA 2ZXTA 1FTOA 2FNCA 4U21A 5I84A 1MY2A 4OFOA 2ESNA 3PGFA 2XX8A 4NE4A 3FZVA 1LB8A 1VFDA 3N6TA 3S4UA 3LUYA 2G29A 4NF5A 4QFOA 4X48A 3UIFA 3MWBA 4PETA 3HN0A 5H8QB 1GTKA 1II5A 5JTYB 4ELOA 2QMXA 1JNFA 4KHZE 3IOUA 3FGSA 3K1MA 2QS2A 4Z7EA 1AH5A 3LSFB 4GLIA 1B7HA 1N7WA 4ZDMA 1A55A 1RYOA 3MP8A 1TT1A 3ILUB 3B6QA 1XT8A 3H6VA 3PD9A 3KJ7A 4F2QA 2I3WA 5DTBA 3SEWA 2DSFA 4RA1A 4F29A 3MC2A 4NF4A 1SI1A 1SW4A 2DWHA 4KD5A 4QFNA 2QS1A 1NNTA 2Q2CA 3SEYA 4KYDA 4I62A 2BJJX 3TTNA 2ZMBA 2XXHA 4EXLA 3B6TA 2UVJA 3RT6B 1JQFA 2NVUB 3PUWE 4POWA 3DM0A 4X1DA 1FQDA 3CRBA 2QSXA 2A5TB 1B32A 3I6VA 1USYE 1MQHA 4OXVA 4BDOA 3IO6A 1Y4TA 3VVEA 5DVFA 5I58B 5FHOA 3RUMA 1ZKBA 2HAVA 2XXTA 4DIGA 4EF1A 1B3LA 3CG1A 1PBPA 3OMBA 1OQGA 1B4ZA 4IB2A 3VVDA 1ATGA 2DVCA 1NL5A 2P2AA 4F1UA 2F7AA 5FHMA 4C0RA 1Y20A 3S9LC 4YB5A 4YU0A 2OWTA 3DP8A 1FQBA 3ZKKA 3IJOB 1Q1KA 1VSOA 3KJTA 2DXRA 5CRYA 3Q26A 2O84X 4ESWA 2UYEA 3A3UA 3OEMA 3DELB 1A54A 3FUZA 4ZEFA 3G3IA 4WXJA 1P1QA 3FIRA 3MPKA 4XKPA 3T9UA 2AIXA 4ZEKA 1POTA 1VR5A 4GL8A 4Q5TA 2YLNA 1MDP1 3O6GA 1MXZA 5H8SA 1OLAA 4DLDA 1Y1MA 2ONKE 3VLUA 1B0LA 3K02A 1Z7NE 3ZKLA 3IX1A 3PPPA 4EQBA 4XKQA 2QPQA 1NMUA 4IY6A 4FAJA 4DCXA 5CBRA 2I58A 3PMXA 3ONMA 4H8JA 4RK9A 1FQFA 2RINA 4R9FA 1B5IA 2E0SA 5K2YA 2F6PA 4G8MA 4F1VA 1L5TA 3CFLA 4YKPA 1MY0A 1XOCA 1B40A 1JEUA 1ZBMA 1OQHA 1D3KA 2Z23A 1N0TA 1B5HA 1IUDA 4KCDA 3OO6A 4MFIA 2DP8A 4ZECA 4NTLA 2VHAA 3F11A 3U72A 3KN8A 5KZTA 3TTRA 1ZU0A 3QAXA 3IOVA 3V83A 4YMBA 4YB7A 3CI8A 4QF9A 4KR5A 2XXPA 1QW0A 3JYRA 4F3GA 4EDPA 3C34A 1OIBA 1I6AA 4FE8A 4RJZA 3WAEA 1DTZA 3RN8A 2H9BA 5CMKA 1IITA 5EHMA 2OK2A 2O51A 3HHGA 4YKJA 2Y7IA 5TP9B 4MH5A 1RYXA 5B7DA 3RNNA 1FQAA 2UVIA 3VVFA 3O28A 1H44A 3OO9A 3VE1B 4PP0A 4ZEDA 5B70A 3VXCA 2XX9A 1OVTA 3MVWA 1MY4A 3U8QA 3UA8A 2O69A 3MZBA 3TAJA 2ABHA 4GFRA 3TTKA 1BIYA 4PFTA 2F7BA 3PUXE 4ISUA 1IXGA 4WEPA 5KDTA 1YTVA 1VFEA 4IO7A 4QSDA 1SW1A 5F1QA 3U94A 2Y84A 3MQ9A 5I59A 2F5XA 2GHBA 1AMFA 3SEUA 1IEJA 4JWXA 4F2OA 3W9WA 1A8FA 3JZJA 1LFHA 4KI0E 1SYHA 3SEXA 4GVOA 3TCHA 2X26A 3QYTA 2NXOA 3OEKA 4N13A 1BTJA 3BFUA 3RLFE 1DOTA 2H4IA 1IXCA 1QULA 3KG2A 3OOAA 1LAHE 3KOSA 1NKXA 1LB9A 1O64A 5I2KB 4U2RA 1P1OA 3TELA 3VXBA 5I57A 2HXWA 1HSLA 4U1ZA 3TFLA 2I6EA 4IY5A 3UP9A 2HAUA 1A7LA 3OSQA 2XD3A 4H6DA 2GH9A 1CB6A 2FYIA 3MVYA 2ZYNA 3QIMA 4R73A 3O2AA 1LLSA 1LBCA 3K6UA 1US4A 1P1UA 1I6BA 1FTMA 4QSEA 4LVQA 2QRYA 3T96B 3DLNA 4XTCQ 3IR1A 3PMWA 2D5WA 4LONB 4EQ7A 5AA3A 3AXFA 3L6GA 3LSXA 1NH7A 5TU0A 2VD3A 3A3CA 1B1XA 3IB2A 3VLWA 1M5DA 5L8DA 3MPLA 3N6UA 2XXVA 1JVXA 3IOWA 3TMGA 3LR1A 3K4UA 4EQ9A 4NF6A 5K2XA 1B0HA 1P1WA 3CFZA 4RNSA 2PX1A 3KN7A 2HZLA 3LC8A 2PVUA 3JV9A 3SKPA 1Y3QA 4ZZEA 3O9PA 5KCJB 4GF8A 3HPIA 3EHTA 4DXBA 3EHUA 1QUIA 2DYXA 1GVCA 3MVXA 4YKKA 3T93B 2F6GA 4H65A 3ILTB 4JSOA 4GQOA 4LUBA 1FTJA 3OO8A 5I2NA 3TUSA 5BUUA 1WVJA 4G68A 1MDQA 4NF5B 3PPNA 1QKAA 1D9YA 2I4BA 4LZ7A 2AYSA 1QUKA 5HPQA 3D4GA 1IQ7A 5ICQA 1JW1A 3D4CA 4DE8A 3MJNA 1SVXB 2P0SA 1LCTA 2O1LA 3PUYE 1XVYA 3H4ZA 2I0CA 3RY3A 1B52A 3OENA 1MXVA 4QHQA 4OVJA 5ITOA 2DE2A 3QUFA 3FJ7A 3OSRA 4OWDA 1S7YA 4E0WA 2Y7RA 5BWJA 1PEBA 1PB8A 4NF4B 1LCFA 3OD7A 5J1DA 3M3FA 4H8IA 4IGTA 3CR9A 3VV5A 5JK4A 1JW5A 1M5FA 4P11A 2H5YA 2OWSA 1B6HA 4R72A 4KFQA 2LAOA 4PE5B 2UXAA 1SYIA 2F78A 3IOTA 1RKMA 5A5XA 5DYHA 4KQPA 1B46A 4PFWA 2I4CA 3T9XB 4ZEIA 3CG3A 1UTHA 1SW2A 3U92A 2O7UA 1MPCA 1UTBA 3FV1A 3FVGA 4OYVA 3G3JA 5L9MA 4ELPA 3W15C 1GGGA 1NNFA 2IA4A 1MQDA 1TXFA 1Y1ZA 4OZ9A 1MQIA 4YMAA 2PT1A 3K6WA 1T0KA 2ZYOA 4DXCA 3DP4A 3EQ1A 3I5OA 1BLFA 5DEXA 3CVGA 1J1NA 5LOMA 1EZ9A 3HO7A 3TYHA 4ONYA 3TDJA 5ISUA 3S9EA 4MLVA 4HTGA 4R75A 3HHFA 1M5BA 1FQEA 1Y4CA 5FTIA 3OO7A 3V89B 4ND9A 1MG1A 1I69A 4H5GA 1A40A 2XXRA 3GLBA 3KZGA 5I56A 4U22A 1B05A 2QS3A 3CIJA 4R9GA 1ZTYA 4Z0IA 4PFYA 4BLAA 2CMOA 2QMWA 4OTEA 1DPPA 2M8CA 5EYFA 4GD5A 4X9TA 3PUZE 4GRKA 2DQVA 2I0BA 1LSTA 4IO4A 2ONSA 4ZE8A 4BDLA 2RC9A 1MQJA 5AA4A 4XIGQ 4YAHX 4ESXA 4TLMB 4OESA 4NMYA 3HCQA 5ELVA 1R9LA 4XXUA 3SEVA 1YAEA 4GXSB 4NF8A 2RC7A 3IORA 1H3DA 4OMBA 1B51A 4O3AA 4FJPA 4NWDA 1BP5A 4F31B 5DVIA 4QFLA 2VP1A 2D21A 2Y7PA 1KWHA 3M8UA 4F22A 2DOJA 2NWJA 2OZZA 3IB1A 3V8XB 3FVOA 4N6PA 1UQWA 3HV1A 3R6UA 4P0GA 3KN3A 3MUQA 2HZKA 4IGRA 3SETA 3BBRA 4GWOA 1TFDA 3Q25A 4OHNA 3PUVE 2RCBA 4F3SA 3ECRA 3MVZA 3G7WA 2Z8FA 3KBRA 2P1SA 2OJTA 2HCAA 4YZZA 3PMVA 4KPTA 4O3CA 3C4MA 2QS4A 4OEUA 3Q29A 3FXUA 2Z8DA 3A09A 2FA7A 4Q0CA 3ODBA 4JDFA 1XHYA 4GOTA 4AB5A 4EXKA 4F39A 4HS7A 3O6HA 1PBQA 5H8HA 5FHNA 4C1TA 5AA2A 2X7QA 3QXMA 4QSCA 3M3LA 4AQ4A 3RGYA 5CMCA 4L17A 1AOVA 3FATA 4JWYA 5EHSA 3H06B 4NEDA 2RF1A 1US5A 4GXAA 1N7XA 5AE4A 4QFPA 4KYSA 3OXNA 4G8HA 3VFJA 4OEVA 3K6XA 4ZEBA 4TQUQ 4WKMA 1DTGA 2CZLA 1SD3A 5CI5A 3G3FA 3T66A 1OLCA 4M4GA 1Y3NA 1R9QA 3MAMA 1LAGE 4EF2A 2V3TA 4LZ5A 4R2BA 2ONRA 1D4NA 4GIZA 5H8FA 1B9JA 2REGA 2F35A 3KSXA 3O6IA 4RPOA 2YPNA 4NWCA 3VLVA 4QRZA 5DT6A 2O68A 1M5CA 2ANJA 4U1OA 1Q35A 1POY1 1JW4A 3B6WA 2UVHA 3C33A 3PPOA 3EHSA 5CMMA 3RT8A 5TPAB 2Z22A 1O7TA 1YCJA 3W9VA 5IKBA 1P99A 3RPWA 5AA2D 3FVKA 1B3FA 3KEIA 3C32A 3UK4A 2IEEA 1MH3A 4UA8A 1JETA 3MZ1A 1MY3A 1QUJA 2XXIA 3RTFB 3FV2A 4OQOA 3FJGA 1EH3A 2Z8EA 2DS9A 2ZYMA 5H8QA 3H6UA 5I57B 1R1NA 3RQTA 5JTYA 1MXWA 5HBCA 5CMBA 3P7IA 4HCWA 4U23A 4U4XA 2V25A 1OMPA 1B2HA 4ZE9A 3I3VA 2REJA 1NFTA 3IL1B 3UN6A 4FORA 3S9MC 1B4HA 3KSJA 5H8NB 4FEDA 4X1BA 3K01A 4BDMA 5FTHA 1IXIA 3WAFA 3TQWA 2O6AA 4I9DA 1N3WA 1N76A 4R6KA 1SDXA 1HSEA 1B1HA 2R9JA 1MM7A 3TZAA 2Q2AA 3RTWB 2ALUA 2DWJA 4C1UA 4FECA 2E1SA 4DZ1A 4YKIA 3USDA 1XVXA 3E4RA 4JBZA 2DWAA 3TTLA 1UIUA 2XD2A 3EN3A 4I8CA 2GFEA 2D3IA 2RC8A 1CE2A 3C36A 3O29A 4F19A 1LAXA 4OERA 3K2DA 3O97A 1MH4A 1Y3PA 1B3GA 3UORA 2F36A 4FEBA 3FASA 2G93A 2A5TA 3Q27A 4LA9A 1H43A 3B7DA 1LBBA 1O63A 1D9VA 1N3XA 4NF6B 1AIVA 2NOOA 4KYEA 2QJEA 2RCAA 5I58A 4ECFA 3T9VA 3SERA 4FATA 3G3GA 1ZMGA 3EF7A 3C9HA 2F97A 3FJMA 4G8NA 4OFLA 2HFBA 3MW0A 3TCFA 1SI0A 4HW8A 4BDRA 4FIMA 1FTLA 3N94A 1WDNA 4MF3A 1IXHA 1LFIA 3VDFA 2Q89A 1PC3A 3U1OA 2UYFA 5I2NB 4IO3A 5ICTA 3PD8A 4KCCA 5AA1A 4G68B 5M2VA 4YICA 3QK6A 3R7XA 4QFKA 3KGCA 5ITPA 1H45A 3E3KA 2V84A 2I49A 2PMSA 3N26A 3E9XA 4ELRA 4R6YA 4YB6A 2O7IA 1R6ZA 3IAZA 1URDA 1MS7A 4U4SA 2DVZA 1XC1A 4LZ8A 3V5AA 1S9TA 1IIWA 4MBPA 3C31A 4I1DA 3E13X 1SW5A 1MQGA 3N5LA 1H76A 4JXIA 3EPEA 4PFUA 2XHDA 1XS5A 2KLFA 3FVNA 3H3GA 3FD3A 2AL4A 2H99A 3BFTA 4LP2B 1DPEA 1B7ZA 1M5EA 3KFMA 2B3BA 3PPRA 1ANFA 1QKBA 4GL0A 4ZZAA 3IO4A 5DVJA 5A5XB 2Y7KA 2OBGA 4RK2A 3HSTA 3IJXB 1UTHB 1BKAA 5CC2A 1UTBB 2AL5A 2HEUA 1TFAA 1FQCA 2VGQA 3GBAA 1MPDA 4ZS9A 2H25A 2PBWA 1PB9A 2V3QA 2OLBA 4G4PA 4TLLB 4JSDA 3TQLA 2XX7A 2ZNTA 1WODA 4MLQA 1B58A 3TTMA 1QJMA 1YPNA 5L9SA 4WEDA 4IO2A 1ZIUA 3IB0A 3SDFA 4PQJA 5DEXB 2ZNSA 2QL3A 1HSJA 2NUVA 1OVBA 4OFJA 2Q8JA 3CSBA 1MM6A 4R2FA 4G68C 2HQ0A 1B3HA 4H1XA 3DP6A 4IO6A 5CBSA 3ZS6A 5HM4B 5TP9A 3FXQA 1N84A 1AL3A 1ZJLA 3CFXA 4TOZA 2Q9TA 4O3BA 1NNKA 2XXYA 1TWYA 3G3KA 1LGBC 3Q28A 2Y7WA 1EU8A 2ZNUA 3PPQA 5I56B 2R71A 3S9NC 2WKYA 2V3UA 2GHAA 3ZSFA 2X7PA 1FW0A 1URSA 3PU5A 2XXXA 1MXYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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