4BR0A

Rat ntpdase2 in complex with ca ampnp
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
total genus 137
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br0A02
3CJ7A 3BF1A 3D2EB 3MN7A 4DHYA 3LDNA 5JLHA 5FPEA 3WQUA 2D0PA 1BOTO 5AQLA 4BR7A 5AQQA 3ATUA 4BVPA 2NZTA 4A2AA 2Q0UA 4LC9B 3VEXA 3LDPA 1C0FA 2FSKA 4CZIA 5E26A 2CH6A 4H0TB 1QQNA 3LL3A 5KPRA 4FWPA 4M63C 4EAHD 3A5LC 5BPNA 3CQYA 3TU5A 3MMVA 5LJWA 2E2NA 1V4TA 5CE3A 2V51B 4GNIA 5AQHA 3C7NB 4MO4A 5KPZA 2W40A 3LDLA 2Q97A 1CZAN 3CHWA 3M1FA 3HSCA 4E1JA 3QFPA 4NB4A 2E1YA 2ZWHA 4FL9A 3VGMA 3CJ1A 3VETA 4FPAA 1BA0A 3R8EA 4K41A 5ELZA 3ENOA 2FSJA 4H0VB 2CH5A 3IFRA 1X3MA 4O8KA 3DXMB 1NM1A 3G25A 3GOIA 1NGHA 2E2QA 3DWLA 4ISEA 3CERA 1BWFO 1OKJA 1JCEA 3ZEUA 3VESA 2P9KB 2I7NA 1DGKN 5AFUA 4BC2A 3QBWA 4A2BA 2AP1A 1NGDA 4CZGA 4EIAA 4WQ4C 5KPTA 3VGLA 4IJNA 2ZF5O 4EHUA 2UYTA 5I9EB 2E1ZA 4BG9A 1SQKA 4M7YA 5AQSA 3VEZA 4JN4A 2A5XA 2BUPA 5EXWA 5AZJB 4FWNA 1BDGA 2QWOA 3MN6A 1QZ6A 2GUPA 1NGFA 1DKGD 4A61A 3F9MA 1XC3A 3ZETA 1NLVA 3S41A 4KBOA 2A41A 3H45C 5EOYA 4BQLA 2ASPA 5AQYA 4CBWA 4I6MB 4IJAA 3UKRB 2QWQA 2W41A 3WQTA 1K8KB 2IVPA 3VEOA 4IO8A 4PL8A 4BC5A 1X3NA 3ID8A 5BRFA 3RSEA 5LJVA 1GLFO 2P9UA 1NGBA 4BRCA 3H3NO 1HKCA 5BR9A 3FZFA 2Q1NA 4CZHA 4J8FA 2CGJA 2FXUA 5AQNA 5F1XA 3FLCO 4PL7A 4H03B 3FZKA 2GELA 2Q36A 4B1VA 2ASMA 2HF3A 3IUCA 1MDUB 1TYQA 4ISGA 3CETA 4BR4A 4CBUA 4JD2A 2HF4A 3OHRA 4QS9A 1BU6O 3VEVA 4CZEA 3O5BA 4H0XB 3QB0A 3UKUA 4YDUA 1NBWA 2WUSA 5AZIA 2P9SB 4XH4A 3R6MA 2QWLA 3AAQA 1GLCG 4B1XB 3GE1A 1ATSA 3ZX2A 1MA9B 3D2FB 2AA4A 3WXKA 4H5NA 3MCPA 1GLLO 3JXUA 5BPMA 2YJEA 1NGJA 1U2VB 3GG4A 3ULEB 3U9ZA 3GDQA 4BVOA 1E4FT 2VWBA 3BUZB 2ITMA 2YCHA 3HZ6A 3KHYA 3O1BA 4XEIA 4AM6A 4H5RA 2E8AA 3L0QA 3A5OC 2A40A 3IMXA 1Z05A 3VF6A 4CZJA 4FOEA 5AQXA 2P9IA 2DPNA 3VOVA 1MWKA 4BR2A 3TPQA 5FPDA 3KVGA 4WQ5A 3CIPA 2P9LB 1HX1A 3C0BA 3H3OB 4ISFA 5KQDA 3J8AA 3D7EO 4F9OA 1D4XA 4CZMA 4HWIA 3UB5A 5B8HA 3O08A 5AQJA 5FPNA 3L4IA 1ZC6A 3BEXA 3QBXA 5BN8A 2EWSA 3CJCA 5EY4A 4CZKA 4DCHA 2NRHA 3CJBA 5AQFA 4A62A 2F9TA 1R59O 1P8ZA 1T44A 5BPLA 1YUWA 4FWRA 3H6EA 5AQWA 3HI0A 1SZ2A 3SMSA 2V7ZA 3GL1A 4FWQA 4YDUC 4CZFA 1KAZA 2YHYA 4BRMA 1QHAA 3MN9A 4RWTA 4CD1A 1ATRA 5BREA 2FLOA 3AARA 4HTLA 3O4WA 4IXCA 3ZX0A 3A8YA 2A42A 3DXMA 1JCFA 1T6DA 1NGAA 3O1WA 1GLDG 1RFQA 3H1QA 3H1VX 4BGBA 2NLXA 4PKHA 4FWMA 4FWLA 3U9DA 5AFUH 5ADXA 1Z6RA 2V7YA 4BROA 3RSEB 2FF6A 4H5TA 4AM7A 4PKIA 1NGCA 5JMVA 1G99A 4BRGA 3O6WA 2P9PB 1TUYA 1JCGA 2YHWA 4K42A 3UE5A 3AY9A 3B8AX 1QZ5A 2CGLA 5AZJA 1TYQB 1HJOA 4GY2B 1S3XA 2KHOA 3DXKB 4JD2B 3WEEB 5AQRA 4BRAA 3VPZA 3UKUB 4B1UB 5AZIB 4L3QA 1SAZA 1NGIA 3UKRA 4EHTA 3U4LA 1LCUA 2IVNA 5AQTA 1K8KA 3LM9A 4JHDA 4BRPA 3CJ9A 1ATNA 5BN9A 3WT0A 1BO5O 3FE1A 4IWVA 3FGUA 2VYPA 5AQPA 2P9NA 2Q0RA 3VF4A 3I33A 1NGEA 3QFUA 1IJJA 4FSVA 3DAWA 3JS6A 1BUPA 1HKBA 4BGAA 3FZHA 3W3DA 1WOQA 4C23A 1IG8A 1DEJA 4MO5A 4MLHA 4FWOA 3VERA 3EO3A 2V52B 2E20A 3O80A 5AQKA 2E88A 1ZXOA 1EQYA 4K25A 3KZBA 3D2FA 5BRHA 2P9IB 1KAYA 1U6ZA 2GWJA 3A5NC 3VF2A 1U2VA 4IZ9A 1RDWX 3ULEA 3VEYA 5F0XA 3FZMA 5AQMA 3DJCA 3WXLA 4H0OA 1GLBG 2J4RA 2PBDA 3EKUA 1HPMA 1QQMA 3D2EA 4B1YB 1BG3A 2Q2RA 4XH5A 5AQUA 2QW9A 3P4IA 4BRNA 1ESVA 4JAXA 3W0LA 3L6QA 3EKSA 5LY3A 1HLUA 1H1VA 3IDHA 3HM8A 3ZEUB 4H0PA 2QWPA 2ZGZA 1WUAA 3VGKA 3M3ZA 4BR0A 2CGKA 4RTFD 5TKYA 2FSNA 2GTDA 3EL2A 5AQVA 2D1KA 4FWKA 3WXIA 4B1WB 4BRDA 1C0GA 2P9LA 2YI1A 4MLEA 4Z94A 3CJAA 4BRHA 3C7NA 3QICA 5AQOA 4JNEA 1MWMA 1S22A 2ASOA 3EN9A 3MK6A 4FPBA 3SLCA 1NWKA 2VCPA 4BC3A 4CBXA 4M7XA 4BRKA 3CI5A 1RGIA 4Y0WA 5EVZA 5FPMA 3EZWA 3SMPA 3A5MC 1NGGA 1E4GT 3M6GA 4H5WA 3ZETB 2D0OA 1KXPA 3MN5A 5BRDA 4BREA 2ZGYA 5AR0A 2QWMA 3SK3A 4DQ8A 2QWRA 3BP8A 1XQSC 4B9QA 1BA1A 2P9KA 3SJHA 3AAPA 1XUPO 4BRQA 2OANA 3FR0A 1NMDA 2Q31A 4QS8A 2P9UB 2HMPA 3FZLA 1HUXA 4H0YB 2D4WA 2I7PA 1V4SA 4WYBA 3GBTA 1Q18A 1ZBSA 1T6CA 5EX5A 3QDKA 1LOTB 2HOEA 4BRFA 2PAVA 3ENHA 1QQOA 3R9PA 4BRIA 4BQZA 3A0IX 4BRLA 2GEMA 5E84A 2E2OA 5F2RA 2FF3B 4B1ZA 5AQGA 4K43A 4BR9A 5KQ8A 4NO7A 2YJFA 1X9JA 5AQIA 4WQ5C 4CJ7A 3HTVA 1GLJO 5ADXH 3WUHA 3WXJA 4I6MA 4JHDB 4BG8A 2H3GX 1HKGA 1J6ZA 5JICA 5AQZA 3VEWA 4FO0A 3VENA 1YVNA 4BR5A 2P9PA 2F9WA 2QWNA 3MDQA 4CZLA 2P9NB 2IVOA 3LM2A 2IIRA 4DB3A 2QXLA 3O8MA 3I8BA 3BF3A 3DXKA 4RCHA 4XH1A 3QMLA 3WEEA 3LDQA 4H5VA 1YXQA 3FFKB 4FOIA 4WQ4A 3ATVA 1YAGA 3U8XA 1GLAG 1TUUA 2P9SA 2YHXA 5JLFA 2BTFA 1KAXA 2QM1A 3CQXA 2A3ZA 4FWSA 1Y64A 4PKGA 4CD3A 2GWKA 4O5FA 3H46O 3LDOA 1GLEG 3ZX3A 4EFHA 2A6AA 4BC4A 4CI6A 4QS7A 2E2PA 3HBTA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5JLHA 3RMDA 4N56A 1HRHA 1VSFA 4CK3A 3LDPA 4B08A 2ZE2A 5LMNK 5GIOA 3SAHA 4CJEA 2HHUA 1X1PA 5KPRA 4EAHD 3CQYA 2YNGA 1SUQA 3VQ4A 5LJWA 2V51B 3C7NB 5KPZA 4CEFA 5KGWA 1BIZA 2Q97A 1Z25A 2PFUA 3CHWA 3ZT1A 3M1FA 2QKKA 4C8MA 3J7YP 5AJ3K 3HM9A 3ENBA 3OS2A 2E1YA 4CF8A 3PSFA 4RW8A 2O8EA 3J81O 3CJ1A 5M1QA 1W7AA 1FKPA 1VSEA 3ENOA 1S72N 1W9HA 3GOIA 1NGHA 2VGMA 4ISEA 1VQ7N 1OKJA 3ZEUA 4C8OA 3QLHA 2P9KB 2G8IA 4IG3A 2NRWA 2O8CA 1IKYA 2AP1A 4DSFA 4B3TK 4IJNA 2ZF5O 5HL7L 3CC2N 1CLQA 1LW0A 4PQUA 1XI1A 1QZ6A 5M1KA 3CCSN 4LFAK 3T1HK 3S41A 2HBJA 3MX5A 3P1GA 4I2PA 2O8FA 5EOYA 4DTUA 1TL1A 3L8BA 4Z4GA 4OKJA 4O8UA 4CBWA 1X9WA 5DM7L 5GAHP 4DSKA 2QWQA 2W41A 1IKXA 3OYCA 4PL8A 1X3NA 3C94A 1WBDA 4FZXC 1KC8O 3H3NO 4ZTFA 5F1XA 4DV2K 4CJTA 3VTHA 2ASMA 2HF3A 4KB1A 4K0KK 2HNDA 5C2FA 1SKRA 4BR4A 4GKJK 2F8TA 4JD2A 1BU6O 3MXJA 5FROA 2NNWA 4H0XB 4YDUA 4FYDA 2P9SB 4CEOA 3R6MA 3LP2A 1RT1A 3EE8A 4N47A 2YX6A 3NE6A 1XHXA 4KHWA 4CFAA 3MCPA 4KH6A 1GLLO 1JXBA 2HHWA 2YJEA 1NGJA 3CCQN 3VQBA 1E4FT 3WNEA 2VWBA 2WOMA 3HZ6A 2DFFA 4M3XA 3KHYA 4AM6A 1WAJA 1Z05A 4CZJA 5GINA 1GOCA 4FOEA 2P9IA 4DFMA 3C6TA 1C1CA 4EP4A 5KRTA 3H3OB 4YY3K 2Z1JA 1J5OA 2G8WA 3D7EO 3DLRA 3ZT3A 3OJSA 1D4XA 4FCYA 1DT9A 3J7ZO 3V1OA 4CJQA 1ZBIA 4BWMA 3QO9A 1VAZA 2UXDK 2ITGA 2GBZA 1QTMA 1W97L 4CECA 3CJCA 4M3RA 4B8AB 4CZKA 1D8YA 1TVRA 4CGJA 4DSIA 3CJBA 3WNGA 2HBLA 5HRPA 1R59O 1P8ZA 1T44A 1IH7A 3LPTA 5AQWA 3IS9A 1NU0A 1CZ9A 3NFAA 3HPGA 4KFBA 1JL2A 4CZFA 3PX4A 2D0BA 1XC9A 4YOWA 1X9SA 3NAEA 1IBKK 3CC4N 5GADP 3OYAA 3N4PA 4DV3K 1NK7A 2E4LA 3HOSA 4G9ZA 3AARA 3E9PA 4FM0A 1L3SA 4IXCA 3O9UA 5JVHL 4FK2A 3A8YA 1RT4A 5CY4A 3NF6A 3G10A 4WFNL 4AILC 3DLHA 1KSPA 4DMNA 4BGBA 2NLXA 4PKHA 3ZSXA 2DFEA 1Z6RA 3C65A 5DK5A 3RSEB 4KAZA 2HHXA 2FF6A 4AM7A 3P38A 4JS4A 1NNEA 2A1SA 4PKIA 1P90A 3OS0A 3LWLA 5JMVA 4LH4A 5CYQA 5TKWA 4B3RK 3ISNC 1KVBA 5M1PA 1TYQB 1HJOA 3F9KA 1S3XA 3B6OA 4YORA 4FVMA 3WEEB 5AQRA 1LW2A 1L3VA 3UKUB 3CXCM 5J2PA 5AZIB 1QQCA 1NGIA 4OJRA 4EHTA 3U4LA 3LM9A 4FVUA 4BRPA 1ATNA 1K9MO 3O3FA 1RT3A 2YHBA 5JS1A 2Q0RA 1NOYA 1Q82O 2BE2A 4IDHA 4FJ7A 3VQ5A 2UXBK 1LAWA 3K2PA 1HKBA 4BGAA 3CCMN 3FZHA 4DSLA 3I56N 1WOQA 3HL8A 1DEJA 2FBYA 3KD5E 1CXUA 2ZQBA 1ZXOA 2ATQA 5MLCQ 1TGOA 3KZBA 1KFDA 2YNFA 4CHZA 4LF4K 1I39A 4DU1A 1YIJN 2VWKA 3KLFA 3BDPA 3D45A 2VGNA 1D9DA 4HCBA 3KKRA 3A5NC 4GV3A 2QK9A 1U04A 3G6EN 4B9NA 3ZSOA 4DR2K 3DRPA 4C1NI 3DJCA 1C0TA 1YTAA 1VQNN 1QQMA 3D2EA 2Q2RA 3OBWA 1YI2N 4JKAA 3SUPA 2PY5A 3P4IA 4JAXA 2KZZA 4JK9A 1VK0A 3NVKA 4YOVA 5LY3A 1HLUA 1H1VA 2I5JA 4H4OA 1SV5A 4GMJB 1I3AA 3VGKA 4QCLA 1IBLK 1GOAA 5TKYA 4E7JA 1SS6A 1NK6A 4NYFA 4BRDA 1C0GA 3TR8A 5HOOA 2HHTA 1S22A 3SLCA 3HP6A 4CBXA 1ITGA 4JI4K 1VSKA 4M7XA 3S3NA 1EETA 3SMPA 3AGKA 4DU3A 4E0DA 3SNNA 3AVFA 2UXCK 1HYSA 5BRDA 4BREA 4DQ8A 1T03A 1RTIA 2JGUA 4DSJA 2FC0A 3AAPA 1N32K 3FR0A 1NMDA 1OH5A 2P9UB 2HMPA 3HT3A 1HUXA 3U6FA 3HSTB 2G8VA 2D4WA 2YNIA 4OO1J 2F8SA 1NJWA 1L3UA 3R9PA 4FJNA 4BRLA 2GEMA 3WXMB 1WAFA 4BR9A 4NO7A 3OYLA 4XIUA 4CF1A 3HTVA 1GLJO 4RW7A 4CHNA 3AO5A 1KLMA 4I6MA 4BG8A 2H3GX 1HKGA 4IG0A 3I0SA 4DLEA 1IKWA 1YVNA 4BR5A 4KHNA 2F4VK 3CFPA 1Q8IA 2F9WA 2QWNA 1DTTA 4CZLA 1T8EA 2IVOA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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