4BR0A

Rat ntpdase2 in complex with ca ampnp
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 137
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br0A02
4AM7A 1U2VB 1BG3A 2ASMA 5BPNA 3L0QA 4BRQA 4E1JA 3CJ7A 3O1BA 1DGKN 3FLCO 3UB5A 1NLVA 4FWSA 4Y0WA 3H46O 3D7EO 2UYTA 1KAYA 1GLCG 2QWQA 5B8HA 1NGCA 4QS9A 4A2AA 3A0IX 3P4IA 2CGLA 4BR2A 4FOEA 3VEVA 2IVOA 3WXKA 5EY4A 4BRMA 2F9TA 3TU5A 4BC5A 1XC3A 2J4RA 3VF4A 3QICA 2ZGZA 5I9EB 3U4LA 4WQ5C 4B1VA 1ZC6A 1GLJO 3WQTA 5KPZA 4FWLA 2QW9A 3O4WA 5LJWA 2FLOA 4ISGA 3I33A 4FWRA 3ZEUA 4BRFA 1TYQB 5AFUH 5JLFA 4RWTA 2E2OA 3EKSA 5BR9A 1EQYA 3HM8A 1K8KB 4JAXA 2YJFA 1ZXOA 1IG8A 3MN9A 3ZETA 4MO5A 2P9UA 5AQIA 1JCGA 1Q18A 4H0YB 1Z6RA 3CHWA 2A5XA 2YHYA 1P8ZA 4BG8A 3C7NA 4IWVA 1WUAA 3ZX3A 3U9DA 3H1VX 1LOTB 5AZJA 2I7NA 1QQMA 5AQVA 5AZIB 3GOIA 1KAZA 3L4IA 5EXWA 5KQ8A 1NMDA 2P9PB 5AQKA 4PL7A 3A5LC 3WEEA 4BRLA 1Z05A 2HMPA 4BC4A 4CZGA 3HI0A 1MWMA 4H0XB 3WXIA 5FPEA 3VETA 3H1QA 1NGIA 3ULEA 3VGKA 3C0BA 2PBDA 3ID8A 4JNEA 4CZIA 1S3XA 4BGAA 4RTFD 3EN9A 4O5FA 4O8KA 4JHDA 2FSKA 5F1XA 1BOTO 2QWLA 3VGMA 3GL1A 3H3NO 2P9IA 2GELA 4JD2B 2BUPA 3EZWA 1X3NA 1Y64A 5BN8A 3VF2A 4XH5A 3D2EA 1J6ZA 2ASOA 5LJVA 1QZ6A 3A5MC 4A62A 2E1ZA 1JCEA 4MLHA 2HF4A 1E4GT 4IO8A 4GY2B 2YHWA 3VEXA 1SAZA 5FPNA 2FF6A 1LCUA 4HTLA 1U6ZA 2AP1A 4WQ4A 3EKUA 4FWKA 4I6MA 4FOIA 2KHOA 2YJEA 3CETA 3LM2A 2Q1NA 2PAVA 2P9LB 2Q0RA 3SMSA 3HZ6A 2QWMA 3AARA 1R59O 3O1WA 3UKRB 4BRCA 1ESVA 4BR0A 3VF6A 4DCHA 3CJCA 3W0LA 2V51B 3QFUA 5FPMA 3MN6A 1NM1A 2BTFA 5JICA 4IXCA 4FSVA 4YDUA 5AQPA 3FZFA 1T6DA 2P9NB 1HKCA 4FO0A 3R8EA 5E84A 2ITMA 3IDHA 2W40A 1X9JA 3DXMA 4BRIA 3DJCA 5KQDA 3MDQA 1DKGD 2YHXA 4H5TA 1QQOA 2VYPA 2YI1A 5AQWA 1NGHA 5JLHA 1V4SA 3DWLA 4FL9A 3WT0A 5TKYA 3R9PA 1GLBG 1RFQA 4CZEA 3VENA 3O08A 3FR0A 4BVOA 4CZJA 1MA9B 1NGEA 1X3MA 3EL2A 2CH5A 1NGJA 3LL3A 3RSEA 3CJBA 4B1WB 4C23A 4Z94A 3MN7A 3CJ9A 1GLLO 4CZHA 1SZ2A 2NZTA 5BRDA 1TUYA 2ZWHA 4PKGA 2Q36A 1TYQA 1D4XA 3FFKB 2Q97A 5LY3A 4LC9B 3BUZB 4CZKA 3EO3A 4NO7A 3BEXA 1YVNA 3OHRA 1ZBSA 3DXKA 3GG4A 3A8YA 3J8AA 2E2NA 2Q31A 4CJ7A 1CZAN 2V7ZA 3A5NC 5AQUA 4BC2A 3QBXA 3GE1A 4H0PA 1G99A 3HTVA 3DAWA 4DB3A 2P9KA 3CQYA 3LDQA 3BF3A 4CD3A 3ZETB 1GLFO 4QS8A 1RGIA 2GUPA 2P9SB 4ISFA 3KHYA 4B9QA 2P9UB 5BN9A 3WUHA 4XEIA 1C0FA 3BF1A 5AQRA 2Q0UA 4BRGA 3U9ZA 3C7NB 4IZ9A 5ADXA 2D0PA 3M3ZA 3VPZA 5BPMA 2GTDA 1XQSC 4L3QA 4K43A 5AQZA 1GLDG 3KVGA 5ELZA 2VCPA 4BRAA 2Q2RA 2E8AA 3QBWA 3WQUA 4EHUA 3WEEB 4FPAA 4BG9A 4CBUA 3VEZA 3AAPA 3LDLA 4CZLA 1BWFO 4JD2A 1HLUA 3WXJA 3SJHA 3UKUA 3ULEB 4WQ4C 1BO5O 1H1VA 4CBWA 1BA0A 4NB4A 1HKBA 4BR4A 4FWPA 1YXQA 2EWSA 3D2FA 4H5WA 5AQLA 1HJOA 3VERA 4EAHD 1HX1A 3IFRA 3QDKA 2D0OA 4IJAA 4M7YA 1TUUA 3MN5A 2P9IB 4B1YB 5AQJA 2ASPA 2VWBA 3CJAA 3SMPA 3ZX0A 4HWIA 4B1ZA 4CBXA 1DEJA 3L6QA 4KBOA 4EIAA 4YDUC 3HBTA 5AQMA 3AAQA 4J8FA 1WOQA 2CGKA 1U2VA 2QWRA 5AQQA 5AQGA 3VOVA 4DQ8A 4EFHA 1BDGA 3U8XA 3H45C 1GLAG 2CGJA 4FWOA 4I6MB 5AQYA 4AM6A 4PL8A 3MMVA 5CE3A 3SLCA 5BRHA 3ZX2A 4CZFA 2E1YA 2GEMA 1IJJA 2A6AA 4H03B 5JMVA 5F2RA 3I8BA 3LDNA 2FSNA 5EVZA 1XUPO 2IIRA 2CH6A 1KXPA 1KAXA 4K41A 2A41A 4H5VA 4PKHA 5KPRA 1MWKA 1QQNA 3AY9A 1NGGA 3CJ1A 2YCHA 1NGAA 2E88A 4GNIA 5AFUA 4K42A 4A61A 3CQXA 1HPMA 3DXMB 3O8MA 3VEWA 2GWKA 4BVPA 4WYBA 4XH4A 4BC3A 2QWPA 4CZMA 3B8AX 3CIPA 2DPNA 1QZ5A 1YAGA 1YUWA 1ATSA 4BRHA 1OKJA 3A5OC 3VEOA 3QFPA 2IVPA 3JS6A 2A40A 4H0VB 3FZMA 3IUCA 4FWNA 4ISEA 2NRHA 1V4TA 2QWOA 2HOEA 3O6WA 4CI6A 1K8KA 3RSEB 4BR9A 3ENOA 4BR7A 3FZKA 5BRFA 2GWJA 3ZEUB 5FPDA 2F9WA 1S22A 4H0TB 5AQXA 1SQKA 3R6MA 4WQ5A 2D1KA 3HSCA 4BRDA 3G25A 4RCHA 4BROA 2HF3A 4MO4A 3W3DA 3M1FA 3H6EA 3DXKB 5AZIA 1NWKA 3CERA 2E2PA 1JCFA 5EOYA 3FE1A 2P9SA 4QS7A 3VESA 2P9PA 2A3ZA 4A2BA 3TPQA 4BQZA 2E20A 5AQTA 5AZJB 3S41A 2P9KB 3O80A 5KPTA 1ATRA 5AQNA 3CI5A 4M63C 2AA4A 4H0OA 1GLEG 4B1UB 2NLXA 4FWMA 4H5NA 4K25A 2QM1A 4PKIA 1T6CA 3F9MA 3UE5A 1NGDA 2A42A 2QXLA 3LM9A 3O5BA 1BA1A 5F0XA 1NGFA 1E4FT 3VGLA 4BGBA 4FWQA 4EHTA 3WXLA 2FSJA 3GBTA 3H3OB 4FPBA 3ENHA 4M7XA 4JHDB 2H3GX 2WUSA 1C0GA 4BRNA 3MK6A 5AQOA 5EX5A 3VEYA 4BQLA 3ATUA 1RDWX 5ADXH 3QMLA 3LDOA 3JXUA 4F9OA 3MCPA 5AQHA 3D2EB 2V7YA 4BRPA 1MDUB 1ATNA 3UKUB 3FZHA 4IJNA 3LDPA 1HKGA 3FZLA 4BRKA 2IVNA 2I7PA 3M6GA 2FF3B 3FGUA 3D2FB 4B1XB 5BPLA 2D4WA 5E26A 5AQFA 2P9LA 4BREA 2ZGYA 1QHAA 2E2QA 5BREA 4BR5A 1NBWA 3UKRA 3KZBA 4H5RA 1BU6O 1BUPA 2ZF5O 4MLEA 4JN4A 3ATVA 4XH1A 3QB0A 2QWNA 2V52B 4CD1A 1T44A 3BP8A 5AQSA 3GDQA 3SK3A 2FXUA 2P9NA 1HUXA 3IMXA 4DHYA 1NGBA 2OANA 5AR0A 2W41A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AM7A 3SAGA 3C6HA 4JI3K 1U49A 3CCMN 3L0QA 4FK4A 4BRQA 3CJ7A 3O1BA 1NLVA 4FWSA 4JKHA 3D7EO 1KAYA 1VAZA 1NOYA 1KRPA 1K8AO 4A2AA 3KD1E 3P4IA 1S72N 2Z1HA 4EP4A 2VGMA 4FOEA 3WXKA 1NK9A 4CJKA 3BGRA 1RTHA 4F4KA 1XC3A 2J4RA 2ZGZA 2VG5A 3U4LA 2KLAA 1YI2N 4YOYA 4E19A 1A5VA 3O4WA 2FLOA 1NKCA 4DTUA 4BRFA 1NNEA 1SKSA 4X62K 2E2OA 2HBKA 4OPHA 3EKSA 3UIQA 1C6VA 4CESA 4DFKA 3QETA 4FJGA 1KSPA 1B92A 1LAVA 2QA4N 3THYA 4ICLA 4FLTA 3AVCA 2A5XA 4O5BA 1P8ZA 4IWVA 3SUQA 3H1VX 1QQMA 3K59A 4KHNA 3RMAA 4GV3A 5KQ8A 3ZCMA 4DQRA 1EETA 4JKCA 4OPAA 2OTLN 3WEEA 2HMPA 3RMBA 3HI0A 1MWMA 1VQKN 3T69A 3VETA 3LZJA 4AHUA 3C0BA 2PBDA 3ID8A 1T7PA 2OTJN 3J80O 4BGAA 4RTFD 2QWLA 3DYAA 3O3GA 4CW7B 4JKEA 4CFBA 2P9IA 3HPGA 3M8PA 3PX6A 2BUPA 1X3NA 1Y64A 1N32K 3L4QA 4KREA 1KCFA 1QZ6A 2HVHA 2E1ZA 3AVBA 5C10A 4MLHA 3PSFA 3CCEN 1QVGM 4GY2B 1D5AA 1SAZA 2ETJA 5GIOA 3LP1A 3K57A 1D8YA 1U6ZA 2AP1A 4WQ4A 3VQQA 4FWKA 4KHQA 4I6MA 1IKYA 4NYFA 2PAVA 4IDHA 4DQSA 3J7YP 1R59O 3O4NA 1VHXA 4BR0A 4OKEA 1RCHA 3QFUA 1WSFA 4IKFA 1TKZA 5AQPA 2P5OA 3QNOA 1BGXT 4LF7K 3R8EA 1GOBA 4DR7K 3VQ4A 1JL2A 1IG9A 2HHWA 1Q7YO 3NF7A 2W40A 1X9JA 4I2PA 5KQDA 1Q82O 4F3OA 3ZSWA 2UXCK 2GBZA 2YHXA 3DLKA 5CYMA 4LFAK 3CXCM 4JV5K 3DWLA 4JLHA 4DTJA 3T7ZA 3JSMA 4FW1A 5TKYA 3ZT3A 4FJ7A 3FR0A 2ZE2A 4BVOA 2FBYA 2JWKA 3OVNA 4DV0K 3AA2A 5GINA 2CH5A 5TKWA 1NGJA 3LL3A 3RSEA 2HHHK 3OYMA 3CJBA 1NJYA 4F3TA 3CJ9A 4DR2K 4B3OA 2W6KA 1SZ2A 2HHXA 2KKZA 2NZTA 1SV5A 1TYQA 3N4PA 2G8VA 1CZBA 4KH5A 2HSTA 2E2NA 1VQLN 4BC2A 3IS9A 4JI6K 3IAYA 3ENBA 1LV5A 2IDOA 3CCQN 4E1NA 3QIPA 1VSHA 4CEFA 2XY5A 1NJZA 4QS8A 1RGIA 4QCLA 2OPQA 4B9QA 1EX4A 4W5NA 3MXIA 3EE8A 3THYB 1C0FA 2YNGA 4RW6A 4CF2A 2Q0UA 4BRGA 2O8FA 3SV3A 1BI4A 4IZ9A 3LWMA 4MDAA 3C65A 4K43A 5AQZA 3PSIA 3KVGA 3M8RA 4CGGA 2Q2RA 3CCSN 1VSEA 3WEEB 4NLBA 4BE2A 1BCOA 1B9FA 1YF5L 1WSIA 4C8LA 1ZBUA 4CZLA 1BWFO 1QHTA 1HLUA 4OLBA 1BO5O 2IOCA 2E6MA 4OGCA 4BR4A 1YXQA 5AQLA 3VERA 1IBKK 1RT2A 4EAHD 3I55N 2D0OA 3AVHA 4M7YA 1Z25A 3TSUA 2P9IB 5DMRA 2R7YA 2PZSA 4B1YB 3ZX0A 4B1ZA 4CBXA 4PHTX 2D0BA 2XO7A 4EIAA 4YDUC 1L3UA 1N36K 2BE2A 3KD5E 3AAQA 1Q86O 1WOQA 4FLUA 4OX9K 4B8CA 3LZIA 2QWRA 5AQGA 3CF5L 2JWLA 3H45C 4G1QA 4YOXA 1OH5A 1GLAG 1LW0A 1HMVA 4I6MB 5I3UA 3MMVA 3DLEA 5CE3A 5HBMA 3I8DA 4NCAA 1WB9A 4CZFA 4LF9K 1IJJA 1YHQN 3AA4A 4AH9A 4H03B 2Z1GA 3ZT4A 3I8BA 3QESA 3LDNA 1C1CA 5EVZA 4DMNA 4I9LA 2GV9A 2IAJA 4N56A 1KAXA 3K58A 4CEOA 5CZ2A 3QEWA 4LY7A 3NF8A 3QLHA 2YCHA 3OY9A 5AFUA 3V9SA 1RBRA 4IFYA 3VEWA 1QE1A 4DSLA 1S1UA 3DMJA 4XH4A 4JYAK 2KTQA 1YAGA 1U48A 4BRHA 1OKJA 2X6SA 2HNYA 4GKKK 2Z1IA 3IUCA 1RTDA 2NRHA 1NK0A 3TSPA 3CCRN 5KRSA 1S6QA 2HOEA 3RSEB 5C15A 4BR7A 1WAJA 4O8UA 3FZKA 2GWJA 2DFFA 4O0IA 5FLXO 3T1HK 3SCXA 1RBSA 1M1KO 3ASMA 5AQXA 2QXFA 4PWDA 2O4GA 2D1KA 3HSCA 3O3HA 4LF8K 3G25A 1D9DA 1CLQA 2HF3A 1VQ7N 2YKNA 1KTQA 3PX4A 4JK7A 5J2PA 5M1QA 4DKWA 3BDPA 3CERA 2E2PA 2P9PA 2A3ZA 1KVCA 1SKRA 4B9TA 3C6TA 1WAFA 3F73A 1F21A 5AZJB 1T3VA 2WOMA 3J7AP 3TARA 4DQIA 1VRUA 4FZYA 1GLEG 4B1UB 1HYVA 4K25A 1LAWA 1QSLA 3UE5A 2O8FB 2A42A 3ULDA 1BI4B 3LM9A 3O5BA 5F0XA 3VGLA 4BGBA 4FWQA 4CJTA 1VQ4N 3MEEA 4EHTA 4HUGA 2FSJA 3L2QA 3J81O 4FK2A 3DRSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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