4BR0A

Rat ntpdase2 in complex with ca ampnp
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
426
structure length
419
Chain Sequence
b'PALKYGIVLDAGSSHTSMFVYKWPADKENDTGIVGQHSSCDVQGGGISSYANDPSKAGQSLVRCLEQALRDVPRDRHASTPLYLGATAGMRLLNLTSPEATARVLEAVTQTLTQYPFDFRGARILSGQDEGVFGWVTANYLLENFIKYGWVGRWIRPRKGTLGAMDLGGASTQITFETTSPSEDPGNEVHLRLYGQHYRVYTHSFLCYGRDQILLRLLASALQIHRFHPCWPKGYSTQVLLQEVYQSPCTMGQSAIVSLSGTSNATLCRDLVSRLFNISSCPFSQCSFNGVFQPPVAGNFIAFSAFYYTVDFLTTVMGLPVGTLKQLEEATEITCNQTWTELQARVPGQKTRLADYCAVAMFIHQLLSRGYHFDERSFREVVFQKKAADTAVGWALGYMLNLTNLIPADLPGLRKGTHF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE 2
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Hydrolase
total genus 137
structure length 419
sequence length 426
ec nomenclature ec 3.6.1.-:
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br0A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br0A02
3FZFA 5EX5A 4K42A 3D2EB 3JS6A 1IJJA 5EOYA 1ZC6A 3GBTA 3D7EO 4A2BA 5AQXA 3WEEA 2ASPA 5AQIA 5AR0A 2ZGYA 2QWLA 1QQNA 4B1VA 3BF3A 3SMSA 5BPNA 1BWFO 3R8EA 3ZETB 2QM1A 3L0QA 4BREA 4IJAA 1ZBSA 2E88A 3LL3A 1R59O 4FWPA 3I8BA 3O1WA 1HKGA 2ZGZA 1BUPA 5AZIA 3VPZA 2CH5A 4I6MA 4PKGA 1KAYA 3MN7A 5F2RA 3U4LA 2FLOA 4CZHA 4IJNA 1YUWA 3VESA 3MN5A 1SAZA 2ZF5O 4PL8A 3VEYA 4HTLA 4DB3A 5JLHA 4CZMA 4PL7A 3CJ9A 2GUPA 3VF4A 3QDKA 1RDWX 3H45C 3WQUA 3S41A 5LJWA 4JHDA 3H3NO 1GLBG 2HMPA 1DEJA 3FGUA 4CD3A 3HM8A 1NWKA 2D0PA 4WYBA 5F1XA 5EXWA 3ZEUB 2E1YA 3H3OB 2YCHA 4CZLA 2P9UA 1ATRA 5JICA 1P8ZA 2W40A 5AQKA 1C0FA 4FPAA 4IZ9A 4CD1A 3QFPA 2FSNA 4BR7A 1QHAA 3CJAA 4BR2A 4M7XA 5KPZA 4BRAA 2Q1NA 1ESVA 3M3ZA 2E8AA 2NZTA 3O8MA 4BQLA 5AZJA 4PKIA 4QS8A 4BRPA 1NGAA 4C23A 4LC9B 3CERA 3RSEB 4A61A 2PBDA 3VEWA 3MK6A 2CH6A 3UE5A 1MWMA 2UYTA 3OHRA 5AQVA 2VCPA 3O1BA 3I33A 3H6EA 3DXKB 5BPLA 2F9WA 4BC4A 4WQ5C 4BRIA 1MDUB 1NGFA 1KXPA 4YDUC 4CZEA 3L4IA 1RGIA 1NGHA 1ATSA 1S22A 3UKUA 2KHOA 3ID8A 2V52B 4J8FA 1SZ2A 3U9ZA 5B8HA 3A8YA 2P9IA 5ADXH 4H0TB 5LJVA 3D2FB 1GLLO 3VEXA 3O4WA 2AP1A 4K41A 3VETA 3C7NA 1IG8A 2QWNA 3M6GA 3CIPA 4ISEA 4H0YB 5LY3A 1E4FT 1QQMA 1K8KA 1NGBA 3DXMB 4FPBA 3ATUA 3VGLA 1V4SA 2FSKA 1Z6RA 5AQWA 5BR9A 2IIRA 5E84A 1BA0A 1GLJO 1NM1A 2GELA 4FL9A 5AFUH 3IUCA 2P9LB 2A5XA 2D0OA 1BA1A 4GNIA 2E2PA 3CJBA 1JCGA 2DPNA 4F9OA 1DKGD 3LM2A 3J8AA 5FPNA 3KZBA 4BC2A 1MWKA 3DJCA 3QB0A 1JCEA 4BR9A 5AQFA 2A6AA 1TYQA 2QWQA 2E2OA 3WXKA 1G99A 3GDQA 4Y0WA 1LCUA 2HF4A 1NGJA 3LDNA 4AM7A 1E4GT 1HKBA 3VEOA 4DQ8A 3EO3A 2GTDA 5AZIB 2V7YA 1NGIA 4FWRA 3DAWA 4FOIA 4PKHA 3D2EA 5BPMA 1HJOA 2QWRA 3VENA 3MN9A 4FWQA 5EY4A 3A5LC 3GE1A 1HKCA 2QWPA 2A40A 4KBOA 4B1WB 4XH4A 2PAVA 4XEIA 4XH1A 5AQLA 1EQYA 3FE1A 4L3QA 1SQKA 3CQXA 3QFUA 1HX1A 1NBWA 5TKYA 2P9KA 3VGMA 1TUYA 3ZX3A 2NLXA 5KQDA 3MCPA 4B1XB 2P9PA 4BRKA 4BRCA 2YHYA 4AM6A 4BRDA 2FSJA 3AARA 4CJ7A 5AFUA 1X9JA 1KAXA 3C0BA 4H0PA 1BO5O 3IMXA 4O8KA 3SK3A 3CETA 4JD2B 4RTFD 3FZMA 3LDQA 3G25A 3IFRA 1WUAA 4CBXA 2D1KA 2ITMA 4BQZA 5AQSA 4WQ5A 3EKSA 3R9PA 4RCHA 3W0LA 5BRDA 2IVOA 4BG9A 1Q18A 2FF6A 3MDQA 4H0VB 5BN9A 3F9MA 2W41A 5FPMA 4YDUA 1YXQA 4QS7A 5BRFA 4H5RA 1T6DA 2P9NB 2ASMA 2AA4A 4EAHD 1Y64A 2YJFA 1T44A 2Q31A 1KAZA 3MMVA 4O5FA 2I7PA 4M63C 4DHYA 1TUUA 4FWNA 1NGDA 1GLAG 1QZ5A 4K43A 1YVNA 2J4RA 3ENOA 1NGGA 5JMVA 3CHWA 3UKRB 1ATNA 1WOQA 3ATVA 3O08A 1XC3A 4H5VA 4CZFA 3A5NC 3LM9A 3VGKA 3RSEA 2HOEA 1HUXA 1H1VA 4NB4A 4BRQA 4BRHA 2E2NA 3A5MC 3ULEB 3EZWA 4CZKA 2Q0UA 5AQGA 5KPTA 2E20A 3O5BA 1QQOA 5AQMA 3DXKA 4ISFA 4BRFA 4B1ZA 4BVOA 3AAQA 2CGLA 2ZWHA 3VF2A 2FF3B 4EHTA 2YHWA 3ZX2A 5KPRA 2P9SB 5AQHA 3CI5A 2CGJA 2OANA 1U2VB 3VOVA 4B1UB 1GLEG 4WQ4C 1DGKN 3WUHA 4BR4A 2Q97A 5KQ8A 4CZIA 3TU5A 1T6CA 4BC5A 4IWVA 1BOTO 4FWMA 4EIAA 4FWLA 4BRLA 4JAXA 3GOIA 3H1QA 4H5NA 4CI6A 3O6WA 1X3MA 1D4XA 4MO5A 3AY9A 3VERA 3HZ6A 3WEEB 2H3GX 1HPMA 3SJHA 3WXLA 3QBXA 3FR0A 2Q36A 3QMLA 2V51B 3DXMA 5BN8A 1CZAN 4H5TA 2VYPA 2E1ZA 3B8AX 4EFHA 5BRHA 3HI0A 2ASOA 1ZXOA 3GG4A 2P9LA 2IVNA 3FZLA 4I6MB 5AQJA 4HWIA 4BROA 3FZHA 3EL2A 5ADXA 2YHXA 3SLCA 3WT0A 3FZKA 3IDHA 1GLFO 2GWKA 3BF1A 5FPEA 2IVPA 4JHDB 2P9KB 2EWSA 3EN9A 1XUPO 3H1VX 4BR0A 3ZETA 4K25A 2P9PB 1RFQA 2A42A 2I7NA 3HBTA 5AQRA 5JLFA 2VWBA 4NO7A 4XH5A 4CZJA 4CBUA 2E2QA 2FXUA 4MO4A 3LDPA 2Q0RA 1U6ZA 2P9UB 3O80A 2BUPA 1X3NA 4RWTA 4BC3A 4B1YB 2Q2RA 3VF6A 2F9TA 2QXLA 3R6MA 4JNEA 3CJCA 4FWSA 5AQOA 3H46O 5AZJB 5CE3A 3TPQA 2QWOA 1MA9B 5AQNA 5I9EB 2NRHA 5BREA 1Z05A 4H5WA 1QZ6A 4H0XB 4FSVA 3BP8A 3ZEUA 3CJ7A 2D4WA 3LDLA 2A41A 3EKUA 3A0IX 3LDOA 3ENHA 4A62A 1NMDA 1BDGA 3GL1A 4H0OA 3HSCA 5AQZA 4JD2A 4BG8A 5AQYA 1BG3A 3FFKB 3U8XA 2YI1A 4M7YA 5AQUA 3QBWA 1YAGA 4FO0A 3CJ1A 1V4TA 3UB5A 5EVZA 1NGCA 3U9DA 3UKUB 3P4IA 1NLVA 5FPDA 1J6ZA 2P9IB 3BEXA 4WQ4A 2BTFA 3BUZB 4GY2B 5AQQA 4BGAA 3KVGA 2P9NA 4Z94A 2V7ZA 3C7NB 3KHYA 2A3ZA 3L6QA 3WQTA 5AQPA 5AQTA 3WXJA 2YJEA 1S3XA 2HF3A 2WUSA 3CQYA 4BRGA 3MN6A 3UKRA 1K8KB 3ZX0A 3W3DA 4BRNA 2QW9A 4EHUA 1C0GA 3VEVA 4BVPA 4BRMA 1NGEA 4B9QA 4CBWA 1GLDG 1JCFA 4A2AA 2QWMA 3FLCO 2GWJA 3JXUA 1OKJA 4MLHA 3AAPA 4H03B 5ELZA 3ULEA 1TYQB 4CZGA 1GLCG 3VEZA 3DWLA 3D2FA 4FWOA 2CGKA 3HTVA 1BU6O 4JN4A 4E1JA 5F0XA 3QICA 1HLUA 5E26A 4BGBA 4ISGA 3SMPA 1XQSC 3A5OC 4QS9A 4MLEA 4FWKA 4BR5A 2P9SA 3WXIA 2GEMA 1U2VA 4FOEA 3M1FA 4DCHA 4IXCA 1LOTB 4IO8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3KKSA 4K42A 4O55A 4FVMA 2BANA 5EOYA 3D7EO 1YT3A 2D5RA 4DFPA 4K8ZA 4H4OA 1OH8A 5AQIA 5AR0A 2QWLA 1RT7A 4PA1A 4OKJA 5BPNA 4NCAA 3V9UA 3R8EA 2KQ2A 4DQPA 1XC9A 4IJAA 4BWJA 3SUQA 1T7PA 3MECA 1R59O 4JKGA 4DFMA 1U04A 3VPZA 4OPJA 3CCRN 1KAYA 2YHBA 2XHBA 2UUAK 5F2RA 4HCCA 2FLOA 4BE1A 4IJNA 4LF6K 4I9LA 4RW4A 3C6UA 4Y1DA 3ZT3A 3RMCA 3CJ9A 4B08A 3CC7N 3WQUA 4IOAL 1JLEA 3S41A 3M8QA 4FZZA 1GLBG 2GUIA 4KREA 4DU3A 3RWUA 3T69A 1RT1A 3A2FA 3HM8A 3RTVA 4WYBA 4YFUA 4DFKA 3ISNC 1WAJA 2P9UA 2HW3A 4ILHA 1I94K 2WTUA 4DQSA 3QINA 3AVHA 4CD1A 2FSNA 3G6EN 1DT9A 1IKYA 5KPZA 1YI2N 3AV9A 3ZT0A 4YORA 3SUOA 2Q1NA 3ZSOA 3THVA 5AZJA 4QS8A 4IFVA 4W5NA 1U49A 4LC9B 1YVUA 3RVCA 3VQAA 1EX4A 2CH6A 4OKEA 4DR3K 2G8FA 3OJSA 1WN7A 4KI6A 1FJGK 2VCPA 3O1BA 1IKWA 3P39A 3I33A 3M5RA 5BPLA 4CHYA 3VQDA 1MDUB 2E5LK 4B9UA 2JWKA 3SZ2A 3CMEN 4PUOA 4CZEA 4I9QA 3S3MA 3LP0A 1NGHA 1ATSA 1S22A 4AHCA 4I2PA 4ELTA 4J8FA 1U48A 1SZ2A 3U9ZA 1RDCA 1K73O 1VSEA 4H0TB 4ZTJA 3VEXA 3E1YA 5HBMA 1VSJA 1WSHA 4K41A 3VETA 1Q82O 3J7AP 1S6QA 2O8BB 3TAGA 4RW6A 3T1YK 5BR8K 4ISEA 4GKKK 1VSHA 3SUPA 3DXMB 3ATUA 3C95A 4BDZA 2IIRA 1GLJO 3QEWA 1NM1A 2HNZA 4FL9A 3DLBA 3MEGA 2D0OA 2E2PA 4F3TA 3J8AA 3KZBA 3PUFA 1JCEA 2RE2A 2QWQA 1TYQA 4FZYA 2E2OA 3GDQA 2IGIA 4PWDA 1CZ9A 3QIPA 3O9UA 1S6PA 1XMOK 1O1WA 2XY6A 1HKBA 4FLYA 3DLLL 5C15A 3EO3A 4LF5K 4FW1A 3OBYA 4DTXA 1NGIA 4FLVA 4CHZA 3NMUA 4FOIA 1HJOA 4ILJA 3PV8A 3DMJA 3MN9A 2PYJA 3A5LC 1KFSA 2X6SA 1N34K 5AQLA 4L3QA 3CXCM 4RW8A 3CQXA 3QFUA 5DK5A 1HX1A 1NBWA 3HO1A 2P9KA 3F73A 1VQNN 1J9AA 3KIOA 3C94A 3SAHA 2YV0X 5AFUA 1ASUA 3P31A 1ILYA 2Z1JA 2PZSA 5KTQA 1KAXA 4JKHA 1BO5O 3IMXA 1VRTA 1S9GA 3AO1A 3CETA 5I42A 1U47A 3LDQA 4IBNA 2D1KA 2ITMA 4BQZA 5AQSA 1SKRA 3AVFA 2BE2A 2IVOA 4GVEA 2KZZA 3MDQA 1RBUA 3AVBA 4FXDA 5FPMA 5CR4A 4YDUA 1YXQA 2RHKA 1UOCA 3OW2M 3NGIA 2I7PA 4DHYA 1TUUA 4K43A 1NGDA 4M41A 1WSJA 3K58A 3RR7A 2ETJA 1NGGA 3CHWA 3DOLA 4JS4A 1QS4A 4E89A 2QXFA 4JI3K 1WOQA 3AO2A 1BHLA 1RT6A 4CE9A 1NJXA 3ATVA 4H5VA 4CZFA 4DSIA 3QETA 3ASMA 3O9SA 4JKFA 4OVLA 1W0HA 3AVMA 4DTMA 4B9VA 4N5SA 2UXCK 2VG7A 1XHZA 4CZKA 3PX4A 2KZMA 3O5BA 4FLZA 3M8PA 5AQMA 1ZBFA 2XY8A 3CG7A 4B1ZA 4CEZA 1RT2A 2IC3A 2W6LA 4AHVA 4EHTA 1S9EA 3ZX2A 5KPRA 2WONA 3CI5A 5AQHA 1U2VB 3BGRA 3VOVA 1DGKN 5FRMA 4YHHK 1TKXA 4KV8A 1C0TA 3F9KA 4JAXA 4FCYA 4C1NI 4E7HA 1IKXA 3O6WA 1X3MA 1D4XA 4MO5A 3HZ6A 4UY8O 3ITHA 3SJHA 2E4LA 3P1GA 1QSYA 3QMLA 4GVMA 4B3OA 3SBTA 3TTCA 2E1ZA 4CJLA 1WSFA 4DFJA 1ZXOA 1BI4A 3ID6A 4FJNA 4I6MB 3AO4A 4L8RB 1VSIA 1N36K 3EL2A 4M3WA 4JKCA 2Y1IA 4ICLA 3FZKA 1RDAA 4LF7K 5FPEA 2IVPA 2NRVA 3VTHA 4OGCA 2P9KB 2EWSA 3E9PA 4R5PA 3OS2A 3OYNA 3DRSA 3H1VX 4K25A 1FKPA 2I7NA 5JLFA 2VGMA 4IG0A 3AA4A 2VWBA 3CFRA 1JJ2M 2E2QA 3QEXA 1Q86O 1U6ZA 2BUPA 4DR2K 4RWTA 3OBWA 4DS5A 2YHAA 3EE9A 2F9TA 3O4QA 4KH6A 4ELUA 3OYLA 4LSNA 1WSEA 4DQRA 4DTPA 5AQOA 1QQCA 5CE3A 1KLNA 4FM2A 2HBMA 4RW9A 1OH7A 4JV5K 1NJZA 4NYNA 4DSKA 1F21A 4C8NA 3HJFA 3E9OA 4H0XB 4FSVA 1Q7YO 1YTAA 3ZEUA 2A41A 1IV0A 4LH4A 3L2WA 4A62A 1NMDA 3EY1A 3VQ7A 1J5EK 4JD2A 3FFKB 3U8XA 2YI1A 3HVRA 3ZT2A 4M7YA 4DV0K 3CJ1A 3HPHA 3UB5A 5EVZA 4JI5K 5C2DA 3P4IA 3R3LA 4B8AB 4DR4K 1TGOA 4WQ4A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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