4BR4A

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form i, open, apo
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
356
structure length
356
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 112
structure length 356
sequence length 356
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br4A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br4A02
3SJHA 3O5BA 4PL8A 3WEEB 1NMDA 4Z94A 2ASMA 3J8AA 1J6ZA 4BVOA 3EKUA 4FWOA 1GLDG 2P9NB 5AQVA 2P9KA 5BRHA 3L0QA 2D1KA 4FO0A 4CD1A 1TUUA 4BGBA 3WQTA 4CZHA 2FXUA 4BRFA 4CBWA 5AQIA 4B1XB 3FGUA 2PBDA 1YUWA 2QWQA 3KVGA 4B1YB 1NGBA 3M1FA 1RDWX 2QWPA 1JCEA 3ULEA 3DXKB 3ENHA 4CZLA 1Q18A 3WQUA 4C23A 4BRHA 3VEWA 4DCHA 2Q0UA 3DXMB 4Y0WA 2E2NA 3SMSA 3A5LC 3HZ6A 2GWKA 2YHYA 3CQYA 1MWKA 1YVNA 2ZGYA 3D2EA 2ITMA 4ISEA 3IFRA 1ZC6A 2A42A 5JMVA 5CE3A 4CZMA 3FZKA 1TUYA 4BR9A 2A5XA 1K8KA 4PKHA 4WQ5A 1GLCG 1H1VA 4A62A 5BRFA 2P9PB 4CBXA 2IVPA 4FWLA 3O1BA 3VF4A 3AARA 4BG9A 3H45C 4IJAA 5KPZA 3AAPA 3CERA 3AY9A 4O5FA 1BA1A 4PKGA 3ATVA 1ATNA 5AQOA 4FWSA 4AM6A 5I9EB 4M63C 4BRDA 3WEEA 3EZWA 1ATSA 1U2VA 3ZEUB 2P9IB 1MA9B 3TPQA 1NGIA 1HJOA 2ZF5O 4JD2B 1ATRA 4FWRA 4BC2A 5AQUA 4ISFA 1MDUB 3FFKB 4CJ7A 5LJWA 5AQTA 4DQ8A 5AQRA 2A41A 3LM2A 3VEYA 4A2AA 5LY3A 4H0XB 3GL1A 1NGCA 1U6ZA 3P4IA 1BG3A 5LJVA 5E26A 1Z05A 3BF3A 1NGFA 3EO3A 3QB0A 3W0LA 3BP8A 5BPLA 2ASPA 5AQJA 3VETA 1S22A 4BR7A 3VF2A 2QXLA 4CZGA 4DB3A 2P9SB 4XEIA 1NGJA 2QWNA 3JXUA 3CJ9A 3VPZA 3FZLA 2ZGZA 5AQPA 3KZBA 1KAXA 3MCPA 4PKIA 4JN4A 4WYBA 1C0FA 4H0YB 5BR9A 4AM7A 1HUXA 1WOQA 4KBOA 4CZJA 3FZMA 4BGAA 5AQLA 4H5TA 5EX5A 3W3DA 1QQOA 3O08A 4LC9B 2HMPA 3ZX0A 4BVPA 2IIRA 2YJEA 4FPAA 4BRNA 2AA4A 5AQQA 1T6CA 3ZETB 4IJNA 3H1QA 5JLFA 4J8FA 1SAZA 1D4XA 2GUPA 3IMXA 1NLVA 4BRQA 4CZKA 3CJBA 4E1JA 5E84A 2YJFA 3QMLA 3A5NC 1KXPA 3WXJA 4H0TB 4MLHA 2Q31A 3ZX3A 4EAHD 5KPRA 3HTVA 2QWRA 1HLUA 1QQMA 3GBTA 3SLCA 5BREA 1NGAA 1ZBSA 4CBUA 3ZEUA 2P9IA 1R59O 5AQNA 3UKUB 5KQ8A 3EL2A 4JD2A 1QZ6A 3A0IX 2YCHA 3CETA 3QBXA 3LM9A 3CIPA 5AZJB 4WQ4A 4YDUA 1GLLO 3SK3A 3MN6A 2I7NA 2FF3B 2ZWHA 3VEZA 5FPDA 1KAYA 3BF1A 4K25A 3OHRA 3VERA 2P9UB 4EIAA 3U9DA 4WQ5C 2FSJA 2A6AA 3HBTA 4F9OA 1GLEG 3KHYA 4FOIA 4HTLA 5ADXA 3DJCA 2CGKA 1NWKA 2BUPA 2EWSA 2QW9A 2E1YA 4BRMA 2FSKA 2I7PA 2NLXA 4IZ9A 1V4TA 3CJCA 1T44A 1WUAA 5B8HA 2H3GX 5AQGA 3LDNA 4BR0A 3CJAA 4MO5A 4CD3A 1NBWA 3VEVA 2E1ZA 4BQLA 2V51B 4BC3A 3D2FA 3ENOA 4B1VA 4QS9A 4CZEA 3HI0A 1NGGA 3WXLA 1HX1A 5ADXH 3ZETA 1IG8A 4FWNA 4XH4A 1BWFO 2P9NA 3H6EA 3QBWA 1RFQA 3VEOA 1BDGA 2AP1A 2YHWA 3FZFA 3WT0A 1TYQB 3A5MC 2CH6A 2FF6A 2HOEA 2F9TA 5JICA 4FL9A 3VGMA 1X3NA 2KHOA 1LCUA 2Q97A 2F9WA 2UYTA 5AQYA 3U4LA 4BR4A 4FWMA 4BRKA 3M6GA 2W40A 4K42A 1E4GT 3UKUA 3DXKA 5AQXA 1V4SA 1JCGA 4CI6A 2P9LB 3L6QA 3VF6A 3CI5A 4FSVA 3ULEB 2FSNA 1DKGD 4H5RA 4I6MB 3DXMA 3VEXA 3WXKA 4BR2A 2V7ZA 2PAVA 2VCPA 3GE1A 3GOIA 1DGKN 3BEXA 5KQDA 3JS6A 2E20A 2P9UA 3LDLA 3I8BA 3D2EB 3C7NB 1X3MA 3M3ZA 3MN7A 4JHDB 4PL7A 2GELA 3ATUA 3L4IA 5AFUA 4H5VA 1QQNA 3ZX2A 2QWMA 4MLEA 2P9PA 1GLFO 2D0OA 3IDHA 3FE1A 3VOVA 5F2RA 4L3QA 1LOTB 2V7YA 3O80A 2GEMA 2D4WA 2HF4A 3O4WA 3CJ1A 2E2OA 4M7XA 4BRAA 2CGLA 4B9QA 2HF3A 5AZIB 4DHYA 4JAXA 2A3ZA 4B1ZA 4BR5A 4XH5A 3H1VX 4JNEA 3CQXA 1Y64A 3LL3A 4K43A 3B8AX 5AQSA 3VGKA 4A61A 5AFUH 3RSEB 2OANA 4BROA 1KAZA 2D0PA 3UKRB 2E88A 3VENA 4WQ4C 4BRPA 4H5WA 4YDUC 1XC3A 3SMPA 3QFUA 1U2VB 1GLJO 3MN9A 4GY2B 4H0PA 3H3NO 1TYQA 3DWLA 5FPNA 1EQYA 1RGIA 1HKCA 5ELZA 1GLBG 2DPNA 1HKGA 4BC5A 4RCHA 5F0XA 1BUPA 3LDPA 5TKYA 1T6DA 2IVOA 5EOYA 2Q2RA 4BQZA 1P8ZA 3DAWA 3U9ZA 2E2QA 4CZFA 3VGLA 2CGJA 5AQMA 1MWMA 5AQKA 2Q36A 2QWOA 2CH5A 2P9LA 3A8YA 2IVNA 3BUZB 1BA0A 3VESA 3H3OB 3FZHA 4I6MA 3I33A 1HPMA 2YHXA 3MK6A 4O8KA 4FWPA 2P9SA 1ZXOA 4EHUA 1BO5O 1JCFA 5BN9A 1YXQA 4NB4A 5AR0A 4CZIA 1SZ2A 4FWKA 4M7YA 3QDKA 2NRHA 3C7NA 4BRCA 1NGEA 3ID8A 4JHDA 4A2BA 3QICA 1QHAA 3QFPA 5EXWA 5BRDA 1BOTO 3F9MA 3GG4A 3WXIA 4BRLA 4EHTA 2E8AA 5FPEA 5F1XA 3TU5A 1S3XA 5AQWA 1G99A 4RWTA 2E2PA 4BG8A 3FR0A 3H46O 2VYPA 5AQZA 3CHWA 4XH1A 3LDOA 1CZAN 3R8EA 5EVZA 3IUCA 4NO7A 5KPTA 4H0OA 2QWLA 5AZIA 3U8XA 3UE5A 2W41A 2P9KB 4FOEA 4EFHA 1Z6RA 4BRGA 3UB5A 1QZ5A 4IXCA 4MO4A 4RTFD 4QS8A 3RSEA 5AQFA 2BTFA 3D7EO 3UKRA 3S41A 4BC4A 3LDQA 3AAQA 4H0VB 5AQHA 2J4RA 5EY4A 1HKBA 3GDQA 5AZJA 3O6WA 4BREA 2QM1A 1IJJA 4IWVA 1E4FT 1X9JA 3MN5A 3HM8A 2Q1NA 1NGDA 2A40A 3EKSA 5FPMA 4QS7A 2FLOA 4GNIA 5BPMA 4H5NA 3A5OC 3G25A 4FPBA 2ASOA 5BPNA 4FWQA 2Q0RA 3MDQA 5JLHA 4K41A 2GWJA 1OKJA 3EN9A 2GTDA 3O8MA 4B1UB 3FLCO 1K8KB 1C0GA 4BRIA 4ISGA 1BU6O 1ESVA 1NGHA 2NZTA 3R6MA 5BN8A 3R9PA 1XQSC 3O1WA 2YI1A 3MMVA 3C0BA 4HWIA 1GLAG 1NM1A 3WUHA 4IO8A 1XUPO 3HSCA 4H03B 1DEJA 2WUSA 2VWBA 4B1WB 3D2FB 3CJ7A 1YAGA 1SQKA 2V52B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SJHA 3ITHA 4K8XA 5J2PA 4IG3A 1KD1O 3S3MA 3WEEB 4AILC 2ASMA 1XMOK 3N4QA 2P9KA 4CFDA 4JKEA 4I7FA 3WQTA 4FZYA 2Q3SA 4CZHA 1LAWA 2FXUA 1VQMN 2GUIA 3FGUA 3BY5A 1YVUA 2QWQA 3ZT3A 3V6DA 3ULEA 1LV5A 4CGJA 4JK9A 3TTFA 4BRHA 4CJLA 3VEWA 1T05A 4CESA 3R3LA 2Q0UA 1JJ2M 1WSHA 3SUQA 1SV5A 3HZ6A 3V9XA 3CQYA 4CJWA 1MWKA 4CJSA 1YVNA 1N6QA 3AGRA 3U6FA 1CZBA 3LAMA 4CEZA 3NF8A 3RTVA 3FFIA 2O8CA 4DV5K 4CIEA 2KFZA 1VSDA 2A5XA 4O0JA 3WNEA 3OBYA 4PKHA 5M1OA 1H1VA 4A62A 5CHIA 2OPRA 3SUNA 1TKZA 4CJVA 5M1NA 2QXFA 1SL0A 2WC9A 1JXBA 3L2RA 2VWJA 3TABA 3AARA 4BG9A 4IJAA 3J80O 4O0IA 1N36K 3CERA 1EO1A 4A59A 5KTQA 4PKGA 3ATVA 5AQOA 3NH0A 4FWSA 4M3ZA 1VAZA 2PFUA 4M63C 4BRDA 1J5EK 3THWB 1YF5L 4FJXA 1C1BA 4FZXC 3AA4A 1RBTA 1BCMA 1RT6A 4Z4HA 5LJWA 4DQ8A 3VEYA 4BDYA 4AHCA 2F7TA 2D0CA 1U6ZA 4E7JA 1VQNN 3I56N 1CZ9A 2E5LK 5FROA 3BF3A 3EO3A 3TAEA 4AHVA 3HJFA 1S1WA 1O1WA 4IFVA 3SQ0A 1QSSA 3JYTA 2QXLA 3RR8A 2P9SB 4XEIA 2HMIA 3CJ9A 3DLGA 3RRGA 3NBPA 2HB5A 3FZLA 3KZBA 2E6LA 3ZT1A 3DRPA 2G8FA 3HYFA 4JN4A 4H0YB 4ILJA 1VSKA 1HUXA 3F9KA 1NJYA 1JL1A 4GW6A 3FZMA 4BGAA 5EX5A 1QQOA 1JLQA 3PO4A 4PQUA 3F2KA 2W6KA 3PX6A 1NJIO 4BRNA 4GV6A 4IJNA 4MDAA 4O55A 1DTTA 4YHHK 1D4XA 2B6AA 4DTPA 1NLVA 3KWGA 3L2UA 2NNWA 1N8RO 1EWQA 2A1RA 3WXJA 4MLHA 5KPRA 4KTQA 1HLUA 3ZSXA 3LP1A 4JKDA 1S9EA 1ZBSA 3A0IX 3LM9A 1NK6A 1NK0A 4WCEL 3J7YP 3MN6A 2I7NA 2PZSA 2NRXA 2FF3B 4H4OA 1QQCA 3KLHA 4DKWA 4N56A 1KAYA 1S1XA 3WNFA 1SKRA 2RKIA 4QCLA 4B8CA 5FDLA 3HSTB 4C8OA 4WQ5C 2A6AA 1BCOA 3KHYA 1CLQA 4NCBA 3OS2A 1KVCA 2BUPA 3AVHA 4BRMA 2I7PA 3IS9A 2ZD1A 1T44A 1WUAA 3A2FA 1RT4A 3QEVA 5C0YA 1HYSA 4LH4A 2XY5A 3LDNA 3DLLL 4MO5A 2UUBK 4JKGB 3VEVA 4DU4A 5JS1A 1OH8A 1HNWK 3ENOA 3M8SA 4DSKA 1BI4B 4CZEA 2OZSA 3P1GA 3WXLA 1HX1A 5ADXH 4GKJK 1HNZK 3AVGA 4XH4A 1BWFO 2VQEK 2P9NA 5C24A 2UXBK 4ELTA 3MX5A 1RFQA 4CJ4A 4M3TA 4CCHA 1BDGA 3FZFA 4RW6A 1TYQB 4ELVA 2FF6A 1MU2A 1LW0A 1ZBIA 2KZMA 2KHOA 2UYTA 2F9WA 4AHSA 3V1OA 3TI0A 5AQXA 1VQ5N 1JCGA 4JI2K 3HK2A 4OLBA 3MEEA 4FSVA 4JK8A 2FSNA 4Z0UA 4I6MB 3DXMA 3OVNA 1WSFA 4OKEA 3VEXA 4BR2A 4FLWA 3BZKA 3KK7A 3BEXA 4DS4A 5KQDA 3AO4A 2P9UA 3I8BA 3J81O 2YKMA 2WONA 4M3XA 4H5VA 3P39A 4KI4A 2HBMA 3IDHA 5M1QA 3OJSA 3SAGA 1S1VA 1BHLA 4WE1A 2HF4A 4Z4FA 1JLCA 4DR5K 1YITN 2DFFA 2CGLA 4FM2A 1EP4A 2HF3A 4B1ZA 4DV0K 4KAZA 1NK9A 1WSIA 3H1VX 1RILA 2YKNA 5K14A 3WXMB 4A61A 2OANA 4J2DA 1NU0A 4B3TK 4YDUC 1JLEA 1ITGA 3QFUA 1U2VB 3LAKA 5M1FA 3O3FA 1VHXA 3H3NO 3DWLA 4CJRA 5ELZA 1K73O 1HKGA 4BC5A 4CGGA 1BUPA 3LDPA 2Q2RA 3KLIA 1P8ZA 4DWIA 4O44A 4JV5K 1YT3A 1HNIA 5I3UA 4IDKA 3ZT4A 1MWMA 5AQKA 2Q36A 2P9LA 3BUZB 3VESA 4UQGA 4DQSA 4DR1K 3OYGA 3O9RA 5HOOA 5BR8K 4FWPA 4DTRA 1HMVA 2NRRA 3SUOA 4E89A 1YXQA 3NH2A 1SZ2A 4M7YA 4CK1A 4ID5A 3C7NA 4BRCA 4X66K 1TK8A 4LY7A 3ID8A 4JHDA 1P90A 3QICA 2Y1JA 3QFPA 1BOTO 3AA3A 3T1AA 3WXIA 5FPEA 4DFPA 3MXIA 1S3XA 1EXQA 4ILHA 2ITGA 3V9UA 4FJJA 1G99A 4RWTA 4Z4EA 4BG8A 3N4PA 1BISA 1TL3A 3L4QA 3ISNC 1CZAN 3R8EA 4NO7A 3C95A 5AZIA 3U8XA 2G8UA 4CK3A 2W41A 3CPWM 4FOEA 1VSIA 1HNXK 4FJKA 2O8BB 4DV6K 3AVKA 3UB5A 3K58A 3KTQA 4FK2A 4MO4A 2YNFA 4RTFD 3RSEA 2BTFA 3UKRA 1IKWA 3CF5L 2F8SA 3RMCA 3T7ZA 4DLGA 4CVNE 2J4RA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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