4BR4A

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form i, open, apo
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
356
structure length
356
Chain Sequence
PCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 356
sequence length 356
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br4A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br4A02
1GLFO 3H3NO 4FL9A 1C0GA 1HPMA 1NBWA 3A8YA 3H1VX 5AQNA 3UB5A 4PKHA 4BVPA 2CH5A 3FFKB 1NMDA 3ENOA 1C0FA 5AQYA 3RSEA 1KAYA 4EHTA 3KHYA 4H5WA 3SK3A 4BR2A 3ZEUA 3W0LA 3MCPA 3ATVA 4B1YB 3M3ZA 3HBTA 3D2EB 3L6QA 4IWVA 1S3XA 1YVNA 3CJCA 4RCHA 3SLCA 2E20A 1X9JA 3ZX0A 2IVNA 1GLLO 3W3DA 2I7NA 3WXKA 2YHYA 3LDLA 5AQLA 5EVZA 5AQQA 4BR4A 3VF4A 5EXWA 5KPTA 3O08A 2QWOA 2Q2RA 4BRNA 5AQGA 1QQOA 3CJ9A 3J8AA 4M7YA 3VF2A 1K8KB 1BG3A 1QHAA 3LDOA 4FWPA 3P4IA 2YCHA 4BR0A 4XEIA 3H6EA 1BDGA 4JHDB 3DXMA 1YXQA 4H0TB 2NRHA 2P9UA 2YHXA 3C7NB 3FR0A 4BRKA 5FPEA 3A5MC 2V7ZA 4BG8A 2WUSA 3C0BA 2YI1A 1NGDA 3H46O 4B1UB 2P9IA 5AQSA 2PAVA 2D4WA 3A5NC 4DB3A 4WQ5A 2VYPA 4IXCA 5BN8A 3U9DA 4BC3A 1ZBSA 2GWKA 3KZBA 4H0VB 4C23A 2VCPA 3M1FA 1G99A 1TUYA 4WQ5C 2E2QA 4BREA 4BRGA 4CI6A 1NM1A 4L3QA 5LJVA 3GBTA 2P9SA 5F1XA 4CD3A 2F9WA 1TYQB 4WQ4A 4NO7A 2P9NB 2P9KB 3FLCO 4H03B 4IO8A 2D0OA 3FGUA 4NB4A 3R9PA 3CIPA 4H0XB 2FF6A 1MDUB 4WQ4C 3CJAA 2QWLA 2CH6A 4O8KA 5BRFA 3GE1A 2A41A 4J8FA 4CBUA 1D4XA 3BEXA 3VEVA 1Y64A 3H3OB 4FWOA 2P9LB 1XUPO 1CZAN 3UKUA 2UYTA 2E8AA 2IVPA 3TPQA 1J6ZA 3HTVA 4FWKA 3DAWA 5AQKA 3TU5A 3IMXA 3EL2A 1R59O 3A0IX 2W41A 4DHYA 4AM7A 1NGBA 1GLAG 3RSEB 4BRHA 4F9OA 3ZEUB 2Q31A 3FZKA 1HJOA 3WXLA 2NLXA 2ZGYA 4IJAA 3CETA 1NGIA 4I6MA 1NGEA 4ISFA 4H0YB 4RWTA 3LM9A 1U2VA 1BOTO 3BP8A 1SZ2A 1NGCA 5BR9A 1DKGD 1QZ5A 3VEYA 5KQ8A 4PKIA 4XH5A 4BQLA 2E2NA 3QBWA 4HWIA 4BRPA 3DXKB 3UE5A 3HI0A 2FSJA 4QS9A 5AQRA 4BRQA 1HKCA 3EO3A 4BRIA 3WUHA 4IJNA 4CZKA 4GY2B 4A61A 2Q36A 3VPZA 3CJ7A 1ATRA 3QDKA 1QQNA 2GTDA 3ZX3A 3EKSA 5BPMA 2E1YA 3QBXA 3WQUA 2E1ZA 3GL1A 3MDQA 4MLEA 3DXMB 2FSNA 3IFRA 3VGLA 3VETA 3ENHA 3BF3A 2P9UB 4CZEA 3U8XA 3GDQA 3MK6A 3U9ZA 4FWMA 1S22A 4AM6A 2ASPA 5AQOA 2W40A 1E4FT 2BTFA 4E1JA 1BA1A 1BO5O 2FXUA 2P9IB 4GNIA 4XH4A 1KAXA 5F2RA 3SJHA 2CGKA 3ZETA 5FPNA 4K25A 4JD2B 3VEOA 3GG4A 2YHWA 1MWMA 4EAHD 1IJJA 2HF4A 1KAZA 3VGKA 4CJ7A 2AA4A 3FZHA 4PKGA 5JMVA 2YJFA 4H0OA 2D0PA 2A42A 3IUCA 2VWBA 4BRCA 2Q0UA 4RTFD 2HMPA 4CBWA 3MN6A 4CZMA 5AZIA 3WXJA 4XH1A 2P9SB 3O5BA 3WT0A 1SQKA 3G25A 5AQXA 4CZLA 5ELZA 1WOQA 4H0PA 4IZ9A 4CZHA 1HX1A 1T44A 2V52B 3VGMA 5JICA 1GLCG 4B1ZA 1K8KA 5AQWA 2IVOA 2CGJA 3MMVA 4FWNA 4HTLA 4K42A 3WEEA 2FLOA 3D2FA 2E2OA 1MWKA 4B1XB 3OHRA 3B8AX 1LOTB 1EQYA 5LJWA 1NGHA 4H5TA 3FZLA 3F9MA 4JHDA 1QZ6A 3JS6A 4DQ8A 3QMLA 2QWNA 3S41A 3UKUB 2QWMA 4JNEA 1NGGA 1HLUA 4A2BA 5AQPA 1NGJA 2EWSA 1NGFA 3VF6A 5LY3A 4WYBA 2Q0RA 5AQUA 3VEZA 5AFUA 3O4WA 4ISGA 5AQTA 5AQMA 3QICA 1YUWA 1H1VA 3I33A 1Z6RA 3DJCA 3R8EA 1X3NA 3KVGA 3CQXA 3O8MA 4I6MB 3ZX2A 5BN9A 5B8HA 5FPDA 3UKRA 4BC2A 1GLDG 1U2VB 5BREA 3CJBA 4Z94A 2GELA 2QWRA 2CGLA 5JLHA 2A40A 2ZWHA 4BGAA 4M7XA 1NWKA 3QB0A 1TYQA 5KPRA 4FWLA 1HUXA 1Z05A 2I7PA 5AQZA 2P9KA 2P9PA 1JCGA 4KBOA 4K43A 3AY9A 5AQFA 2DPNA 5F0XA 4CZJA 3FE1A 5CE3A 4MO4A 4BG9A 3O80A 4MLHA 4A62A 4Y0WA 4FO0A 1JCFA 3ULEA 3M6GA 4LC9B 2E2PA 1GLBG 4BQZA 1JCEA 1T6DA 1HKBA 4H5RA 2QWQA 4FWRA 2Q1NA 4O5FA 3DWLA 1RFQA 5BRHA 1U6ZA 3HZ6A 1HKGA 5BPNA 3VOVA 5AZJA 3R6MA 3A5OC 2KHOA 5AR0A 1BA0A 5KPZA 3CI5A 3ZETB 4BC5A 3CQYA 3AAQA 3H1QA 3O1BA 2PBDA 4ISEA 1E4GT 4JAXA 4B9QA 2E88A 4BC4A 3QFPA 4JN4A 2GEMA 3FZMA 3WQTA 3O1WA 2FF3B 5AZIB 3L0QA 2ZGZA 2GWJA 3LM2A 4BROA 2A3ZA 4EIAA 3DXKA 1Q18A 3AAPA 1NGAA 3BF1A 5E26A 3D2EA 5AQHA 3ATUA 3LL3A 4B1WB 4FOIA 2Q97A 5FPMA 1WUAA 3BUZB 5KQDA 5AQJA 5AFUH 4CZFA 5ADXA 1DEJA 1RDWX 3WEEB 4BVOA 3EKUA 3D2FB 1V4TA 1GLJO 4BRMA 4PL8A 4M63C 1ATSA 3LDNA 4BR5A 1OKJA 1BWFO 3QFUA 4A2AA 4CZIA 4B1VA 1ESVA 2ASOA 3VEXA 3MN5A 2GUPA 5E84A 1BUPA 1V4SA 3CERA 1SAZA 5AQIA 4CBXA 1ZC6A 2ITMA 2V51B 1LCUA 2F9TA 5JLFA 2QXLA 3FZFA 4FWQA 4EFHA 4PL7A 4JD2A 1RGIA 3IDHA 2OANA 4DCHA 1MA9B 1NLVA 2BUPA 3C7NA 2A5XA 3EN9A 4H5VA 2QWPA 4BGBA 2YJEA 3UKRB 3EZWA 3H45C 4BRLA 3MN7A 3D7EO 2A6AA 4QS8A 3O6WA 4QS7A 4K41A 1P8ZA 3L4IA 3SMSA 3SMPA 3VERA 5BPLA 3CHWA 1KXPA 2P9PB 4BR7A 1T6CA 3GOIA 1TUUA 3AARA 3ID8A 3MN9A 4FSVA 3I8BA 1X3MA 1IG8A 2H3GX 5EOYA 5EX5A 4BR9A 1BU6O 4BRDA 4FPAA 4FWSA 3LDPA 4CZGA 3VESA 4FPBA 3ULEB 4YDUA 3WXIA 1GLEG 2QW9A 3JXUA 2NZTA 3LDQA 2P9NA 1QQMA 1ZXOA 2HOEA 5EY4A 2J4RA 4CD1A 2QM1A 4BRAA 3HM8A 2AP1A 2IIRA 3U4LA 4BRFA 5I9EB 2HF3A 3VEWA 4YDUC 2D1KA 1XQSC 4FOEA 4H5NA 2ZF5O 3CJ1A 5AZJB 5BRDA 1XC3A 1YAGA 4MO5A 5TKYA 2ASMA 2V7YA 2FSKA 2P9LA 4EHUA 5ADXH 1ATNA 1DGKN 3A5LC 5AQVA 3VENA 3HSCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NFAA 3H3NO 2EX3A 1XHZA 1C0GA 4CJVA 1D8YA 3UB5A 4PKHA 3FFKB 1C1AA 3HRGA 1C0FA 1CXQA 4EHTA 4H5WA 3SK3A 1S6QA 3AVFA 3CG7A 3W0LA 3ATVA 3AVNA 4KO0A 4B1YB 4IWVA 3CJCA 4RCHA 4FCYA 2RE2A 4CGDA 3W3DA 3RRGA 4V19S 3QO9A 3LDLA 4DQQA 3VF4A 5EXWA 3ZSOA 2QWOA 1QQOA 3CJ9A 3J8AA 3O9RA 2F96A 4DS5A 2OYQA 3O9TA 1QHAA 3LDOA 3G4SN 1C0MA 3JAMO 3K5OA 4CFBA 2X6NA 3AA5X 1X9SA 4B8AB 4CEZA 4JHDB 3DXMA 1QSSA 2PY5A 1IKXA 1RT5A 5C15A 2OTLN 1HNWK 1DT9A 4KPYA 4M45A 4DSKA 3BZCA 5FPEA 3R3LA 2V7ZA 4DTRA 1KVBA 2F8TA 4B1UB 3CCSN 3RMAA 4H4OA 2PAVA 2D4WA 2VYPA 4FZXC 5BN8A 1BQNA 4B9LA 3U9DA 4F2SA 3DLEA 3TAQA 2NRZA 1BI4A 4CVNE 5FDLA 3EE9A 2E2QA 1LV5A 2HBKA 4NXMK 3OYIA 4L3QA 2ZD1A 4FXDA 2O8FA 2P9SA 3PLAA 3MX2A 4DQSA 1JLCA 3OW2M 3SV4A 2P9KB 2D0OA 3ZSQA 4FLVA 1DLOA 1FKOA 3HOSA 3DLGA 4LH5A 2CH6A 2KTQA 1U49A 4FLZA 3NGIA 3SQ0A 3GE1A 2AJQA 1VQ5N 1X9MA 2UXDK 3BEXA 3ZSWA 5IT9O 3T3FA 3KIOA 4CJLA 2UYTA 2E8AA 4N47A 4FWKA 4M3TA 2HHTA 3EL2A 1YTUA 1Q8IA 4DG1A 3MXMA 2YNHA 3E01A 1TKXA 3CMEN 5KGWA 4GVEA 4BRHA 4DLEA 4F9OA 4DV5K 3THXB 1HJOA 3SYZA 4IJAA 4I6MA 1NGEA 4FVMA 3LWLA 3AVBA 1U47A 4CEBA 1WBDA 1DKGD 3TR8A 1WAFA 3Q7CA 1EX4A 1CXUA 2HBJA 3QEPA 4XH5A 1J9AA 1YJ9N 3RTVA 2E2NA 3KK7A 4BRPA 4Q5VA 1I3AA 3HO1A 2HHQA 3TAGA 4CIEA 2QEXN 4BRQA 1RT1A 4A61A 1FKPA 1RDUA 2RHKA 4CJSA 3ZX3A 1VSHA 3MDQA 4MLEA 3DXMB 2FSNA 3VGLA 3E1YA 4KHYA 3V4IA 2IAJA 1I94K 1S1WA 5FRNA 2HB5A 4FWMA 3NH2A 3CCUN 4AM6A 2ASPA 1UWBA 2GV9A 2W40A 1ZBFA 3KD5E 4XH4A 3P1GA 3HM9A 4CHOA 2YHWA 1VSMA 2HF4A 4CJTA 3VGKA 1BI4B 4IFVA 3KK3A 1K8AO 5JMVA 2YJFA 3IUCA 4MDAA 1S1XA 2HMPA 3SPYA 1TK5A 4BWJA 2OPSA 2O8FB 2P9SB 2NRVA 3HK2A 2IOCA 5ELZA 5FLXO 4CZHA 4RW4A 3E9PA 1HX1A 4WFNL 1G15A 4FJJA 3MX5A 1KSPA 4B3MK 4DFPA 1ZBHA 1OH8A 3MMVA 4HTLA 4K42A 2DFFA 4AF1A 3OHRA 3B8AX 2HHSA 1YIJN 2KZZA 4K8XA 3NCIA 3FZLA 2G8WA 4OLBA 2QWNA 3MEDA 1HLUA 1T3VA 2Z1HA 1W97L 3K0SA 2ZJRL 3LALA 1SUQA 1NGJA 4JKHA 1YJNN 1NGFA 3VF6A 5AQUA 1H1VA 4OVLA 3I33A 1Z6RA 3R8EA 3L2QA 4JV5K 5HLFA 4I6MB 4HCBA 4CF8A 2W42A 1RDCA 3CJBA 4PUOA 1LAVA 2CGLA 2A40A 4DSEA 4M7XA 1NWKA 5C24A 3JYTA 3TAEA 5KPRA 1TK0A 1HUXA 1Z05A 4CHYA 2P9PA 4GW6A 5CR4A 3AA2A 3HSTB 4KBOA 4AQYK 4DFJA 5AQFA 1UAXA 2RPIA 3QLHA 1T7PA 3ENBA 1N6QA 3CCJN 4Y0WA 4FO0A 3ULEA 3OS0A 4MQ3A 3M6GA 2D0AA 3OS1A 5HP1A 1GLBG 4BQZA 3TAPA 1W0HA 3HOTA 3O4QA 3HZ6A 3OYFA 1RTDA 2HNDA 4FJ7A 3CCQN 4CGJA 1NJYA 4JKEA 3E66A 3AAQA 1RTJA 1WB9A 3O1BA 4KHNA 1QE1A 4IOAL 1E4GT 1XNRK 4BC4A 3SQ2A 2BGGA 3NGZA 4IG3A 4K8ZA 4CJ4A 3PX6A 4O4GA 2HHHK 4IBNA 3SUOA 4E7JA 4IOXA 1HNZK 3DRRA 1QHTA 3MWTA 2GWJA 2ETJA 4BROA 1VHXA 2BH1A 4Z94A 3CF5L 3D2EA 3CFPA 3ATUA 1LW2A 4DTOA 2XY5A 2Q97A 5FPMA 4O55A 3BUZB 5HRNA 4CZFA 5ADXA 1DEJA 5HBMA 5AJ3K 3KLEA 1GLJO 4ILGB 1ATSA 2HBMA 4DU1A 4KTQA 1OKJA 3QERA 3AVLA 1M90O 3MN5A 4IFYA 4ZTFA 4LF4K 1ZC6A 3V9ZA 2DTUA 2V51B 4ELVA 2G8KA 3KWIA 1LWEA 3MEGA 5I42A 1SL2A 4LF5K 2O8BA 4JD2A 4KHQA 3AO5A 4DCHA 1MA9B 1NLVA 1HYVA 3C7NA 3EN9A 3HVTA 3RRHA 3I55N 1R0AA 2D5RA 3MN7A 4Z4CA 3D7EO 3RWUA 3O6WA 4K41A 4F8RA 4C1NK 3AO3A 5C25A 4KKOA 1XWLA 4OKJA 3SMPA 3VERA 4C8MA 2FBXA 5BPLA 3NF6A 1LWCA 2KLAA 5CZ2A 5M1KA 3CHWA 2P9PB 1REVA 4FSVA 3CCMN 5EOYA 3I8DA 3TI0A 3LDPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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