4BR9A

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii, closed, apo
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br9A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br9A02
4M63C 2OANA 1NGCA 3CQYA 3GBTA 2QWLA 3SMSA 3QICA 3O08A 1KAYA 3D2FA 5LJVA 1U2VA 1QZ5A 1YVNA 2I7NA 4NB4A 1ATSA 3VEXA 2E2NA 2W40A 3CETA 1HKCA 3VEVA 3WQTA 5AFUH 5JMVA 5AQUA 1V4TA 3QFPA 2NLXA 1YXQA 5KQ8A 3R9PA 2IVPA 3ZX2A 4LC9B 4NO7A 1IG8A 2YJFA 1K8KB 2QWPA 4H0TB 4MO4A 4WQ4C 2A40A 3A0IX 4B1XB 3ZEUA 3MN5A 2FF6A 3CJCA 3ZX3A 3HZ6A 3C7NB 1SQKA 1ATNA 2P9SB 5AFUA 3D2FB 2V52B 5TKYA 4FPBA 3A5NC 4HWIA 2BTFA 3WT0A 4BREA 4CZEA 4Z94A 4IXCA 5EOYA 2GUPA 2F9WA 2FF3B 3EL2A 4E1JA 2W41A 5AQSA 2QM1A 4B1UB 5AQXA 5AQNA 1TYQB 3GE1A 1OKJA 3CJ9A 4J8FA 4BC2A 3EKSA 4MO5A 4BRKA 5CE3A 1V4SA 4CBXA 3H1VX 2P9NA 2QWMA 2ITMA 1GLEG 5FPNA 3GG4A 1U6ZA 4H5WA 4ISFA 3DXKA 4FO0A 2WUSA 3AAPA 4FWMA 4DCHA 3TU5A 3D2EA 3CJBA 1CZAN 4CZMA 2VYPA 4FL9A 4EAHD 3UKRB 1WOQA 5KQDA 4JHDB 4PKIA 4L3QA 2QXLA 3VEOA 4B1WB 3AARA 3IFRA 3FGUA 4FPAA 4BRQA 1Z6RA 2KHOA 1KAXA 3MN9A 5E84A 3ULEA 2E1ZA 3LDLA 5AQTA 4BR2A 1HX1A 2YI1A 2Q2RA 1BWFO 2YHWA 2GEMA 2Q97A 1C0GA 3I8BA 3L4IA 5EVZA 2ASOA 3WXLA 3U8XA 2V7ZA 4CZKA 2F9TA 4FOEA 2IVOA 3A5OC 2QWRA 4BGBA 3FE1A 2E2PA 4GY2B 1BDGA 4BRHA 3BUZB 4A2BA 1S22A 4H5TA 1BA1A 4O5FA 4H5RA 2EWSA 2P9IB 5FPMA 5BRHA 4BR9A 1BUPA 1HUXA 4IJAA 3DXMA 4BC5A 5AQKA 2P9KB 3MDQA 3FLCO 3WEEB 4CJ7A 2CGLA 2ZF5O 2PAVA 3A5MC 4ISEA 3H3OB 1BO5O 2E2OA 4QS8A 4BRPA 3IMXA 2FSJA 2AA4A 3LM2A 4I6MA 4BR5A 4XH4A 5AQMA 3AY9A 1NBWA 4IWVA 4PL8A 3FZFA 1EQYA 4BRCA 3ZETB 3QBXA 1T6CA 4K41A 2UYTA 2Q36A 2QWNA 3AAQA 3CHWA 1ZBSA 5ELZA 1X3NA 5B8HA 2CGKA 1NGJA 2P9UB 4BRFA 2ZGYA 2QWOA 5FPDA 3ZX0A 1HKBA 4BRGA 2FXUA 3VESA 2GWKA 5F0XA 4H5VA 3VGLA 1ESVA 4CD1A 1QZ6A 3HTVA 1NGEA 1RFQA 4ISGA 2YHXA 3B8AX 4Y0WA 1SAZA 3O8MA 5BPNA 4H03B 3WUHA 1NGIA 3CQXA 4XH5A 2ZGZA 1RDWX 2FSNA 5E26A 5AZIA 2ASPA 3CJAA 5BR9A 4A62A 2E1YA 1KAZA 5KPZA 4QS9A 3U4LA 1U2VB 2D4WA 1TUUA 3FZHA 3RSEA 3HI0A 4JN4A 5AQRA 3JXUA 4CZFA 2CH6A 5JICA 3BF3A 1X3MA 2Q1NA 3CIPA 3UB5A 4BVOA 3ATVA 3BEXA 3O4WA 3FZMA 4JD2A 4BRLA 5AQIA 3MK6A 3MMVA 4MLEA 3VF4A 5BN9A 3H1QA 1HKGA 2P9PA 3VGKA 4EHTA 4MLHA 5KPTA 5BRDA 2A41A 2CH5A 5AQJA 4CD3A 3ZEUB 3EN9A 3UKUA 3A8YA 1T44A 3VEYA 5AQOA 3FZLA 3H3NO 3MCPA 4YDUA 1DEJA 4RCHA 1TUYA 3EKUA 5AZJA 2HOEA 3ENOA 1JCGA 4FWKA 5LY3A 2YHYA 4FWQA 3SLCA 4M7YA 1H1VA 4BRAA 1J6ZA 4JNEA 2D0OA 2GWJA 3JS6A 4KBOA 1Y64A 4FWOA 1ZC6A 4FWLA 4IJNA 2FSKA 5AQLA 2P9NB 3C0BA 3QB0A 4BC3A 4F9OA 3O80A 1HLUA 3HM8A 5AQWA 1GLJO 1KXPA 3KHYA 3O1WA 3DXKB 1Q18A 4H0VB 3VF2A 1ATRA 2QWQA 3ATUA 4BG9A 5AQHA 3D2EB 3A5LC 4CI6A 1E4GT 3M3ZA 1NGBA 2CGJA 4FWNA 3FFKB 2YJEA 3O5BA 4O8KA 1XC3A 4BRMA 1XUPO 1YAGA 3ULEB 3G25A 3GL1A 4A61A 2D1KA 4BR4A 5F2RA 3WXIA 3LDNA 4BR0A 5AQQA 4BR7A 3VGMA 3VPZA 4WQ4A 2YCHA 4BRIA 4RTFD 1GLLO 1LOTB 5BPMA 4YDUC 4AM7A 3CJ1A 4B1ZA 4H0XB 5JLHA 3LM9A 1D4XA 2BUPA 2HMPA 3CERA 3M1FA 3UE5A 3H46O 5F1XA 1BOTO 2IVNA 4BG8A 4FWSA 1ZXOA 5ADXH 1JCFA 3M6GA 3QBWA 5AQPA 2VWBA 1RGIA 3DXMB 3SK3A 1MDUB 3VERA 1K8KA 2ASMA 2GTDA 4HTLA 3LL3A 4BRNA 4RWTA 3MN7A 4XH1A 3U9ZA 4BROA 3FR0A 1NM1A 3VOVA 3CI5A 2Q31A 3C7NA 2A42A 1R59O 4K42A 3SJHA 1BA0A 2P9SA 4I6MB 5ADXA 1T6DA 3FZKA 3QDKA 4H0OA 4PL7A 4CBWA 4IO8A 4CZGA 5JLFA 2D0PA 2NZTA 3WXKA 3L6QA 5AQYA 1JCEA 3QMLA 1TYQA 4M7XA 3H45C 3F9MA 3IDHA 5EXWA 4EIAA 3O1BA 1HJOA 3VEWA 3O6WA 1GLCG 2DPNA 3ID8A 1BU6O 4IZ9A 1NGGA 4FSVA 3EZWA 1BG3A 2J4RA 4CZHA 4PKGA 3R8EA 2IIRA 3ENHA 1S3XA 2H3GX 3P4IA 1SZ2A 1QHAA 4H5NA 1DGKN 3UKRA 4JHDA 3L0QA 3DWLA 3H6EA 2P9LA 4H0PA 1DKGD 4QS7A 4EHUA 1NGHA 5AZIB 3DJCA 5AQGA 4C23A 3WXJA 5BPLA 2QW9A 3RSEB 4CBUA 2PBDA 5BREA 4EFHA 2E8AA 1IJJA 4K43A 1NGAA 4DQ8A 3DAWA 4CZJA 4DB3A 2V7YA 1GLAG 3J8AA 3VENA 3QFUA 3IUCA 1HPMA 4WQ5A 2V51B 4JD2B 3GDQA 3CJ7A 4BRDA 1NGFA 2E20A 4XEIA 2Q0RA 2P9PB 5EY4A 1MWMA 2AP1A 2FLOA 1GLFO 2A6AA 3KZBA 3KVGA 1XQSC 4FWPA 2P9IA 1GLDG 2P9LB 1NLVA 3VETA 3I33A 3WQUA 5I9EB 1G99A 3UKUB 2P9KA 2NRHA 3LDQA 3HSCA 3WEEA 5LJWA 2VCPA 1NMDA 1QQNA 1LCUA 3W0LA 4K25A 4CZLA 1X9JA 5AZJB 3HBTA 4DHYA 2E88A 3W3DA 4FWRA 2A5XA 4CZIA 5AQFA 1QQMA 5KPRA 4H0YB 4PKHA 3SMPA 4B1VA 1P8ZA 2Q0UA 3TPQA 1MWKA 2GELA 3GOIA 1MA9B 3BF1A 3ZETA 3BP8A 4GNIA 2HF3A 3EO3A 5AR0A 5BN8A 5EX5A 5AQVA 2A3ZA 2ZWHA 4JAXA 1WUAA 3D7EO 1QQOA 1NWKA 1C0FA 2HF4A 3VF6A 4B9QA 2P9UA 3LDPA 1E4FT 3R6MA 1YUWA 4B1YB 2I7PA 4BGAA 5BRFA 4A2AA 4BQZA 3MN6A 4WQ5C 3U9DA 4FOIA 1NGDA 1GLBG 3S41A 4BC4A 4BQLA 4AM6A 1Z05A 2E2QA 3VEZA 5FPEA 4BVPA 4WYBA 5AQZA 3OHRA 3LDOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VSHA 3GBTA 4AHSA 1KAYA 5LJVA 1TK8A 4OPHA 4CHOA 2WBNA 2E2NA 3RMCA 3NVMA 1SKRA 2W40A 4AF1A 3CETA 1HKCA 3CM6A 3VEVA 3WQTA 1WNSA 1OVYA 5AQUA 1VQPN 3R9PA 4CGFA 3M8PA 4OLAA 4JI0K 3THXB 2YNFA 1IG8A 2YJFA 1N32K 2QWPA 4H0TB 4IEEA 2OA8A 4B1XB 4DTPA 2FF6A 4I7FA 2ZJPL 4IOAL 1VQMN 4DKWA 4CEDA 2HSTA 1SQKA 1ATNA 1SS6A 3RRGA 1VSEA 1DT9A 3LWMA 3O3GA 3WT0A 3OY9A 3ISNC 3I0SA 5EOYA 3V1RA 2W41A 5AQSA 2QM1A 4B1UB 1SUQA 1TKDA 1VRUA 3DLEA 2UUCK 4E3SA 4JKCA 1HPZA 3K0SA 1X9WA 2ITMA 2P9NA 2QWMA 1GLEG 3M8SA 4M41A 4B9SA 3AAPA 4E0DA 1TV6A 3CC4N 3EE8A 2UUAK 1J5OA 1R0AA 3RR7A 4A5BA 3HPGA 4A59A 1K9MO 1KQSM 3FGUA 2P5GA 1Z6RA 2KHOA 4CHYA 1EO1A 5E84A 3ULEA 4CECA 1LAVA 3LDLA 4DG1A 4G9ZA 4C8OA 4KHUA 2Q2RA 2GEMA 2PZSA 1NJIO 3L4QA 3TSPA 3O9TA 2HHWA 3J80O 3BY5A 2OPQA 2Z1IA 4Q5VA 3DLKA 3U8XA 1GOCA 3O9SA 1O1WA 3QIPA 2F9TA 5FLXO 1Q9XA 4FW1A 3AVBA 4CIEA 2HW3A 1JLBA 1IKXA 4BRHA 2B5JA 4M42A 1WSGA 3BUZB 5EU7A 4IEIA 4O5FA 5IWAK 4H5RA 2EWSA 4KV8A 4J2BA 3AVCA 4CHQA 4BR9A 4IJAA 3J7YP 4QCLA 3TTFA 3EZ5A 3I0RA 2P9KB 4CJ7A 2OPPA 4JI7K 3PSIA 3S3NA 2PAVA 4CJKA 5K14A 3H3OB 1W2BM 4FLWA 2QTDA 4BRPA 1BISA 1LAWA 1U4BA 3OYFA 3KWGA 2AJQA 4NLCA 2XY8A 3AY9A 4DS4A 1NBWA 4PL8A 4LH4A 4YOVA 5AJ3K 1YJWN 1FKOA 4K41A 3SV4A 2Q36A 2QWNA 2I5JA 4YHHK 3CCQN 4FJLA 3VQQA 4O44A 1NGJA 2UXBK 1NJWA 1NOYA 5JS2A 3ZX0A 3VMFB 4PQUA 4BRGA 2FXUA 2HMIA 3VESA 1S9GA 4FYDA 4H5VA 2O4IA 4CD1A 2O8FA 4I2QA 3SPYA 4KHNA 3WUHA 4LFCK 4XH5A 2ZGZA 2FSNA 1WB9A 1VQ5N 2ASPA 4CJ5A 2XY7A 3ZSOA 1QTMA 5LL6Z 1KAZA 4BDZA 5AQRA 4O4GA 3K59A 4DTNA 2CH6A 3PV8A 3BF3A 2YHAA 2Q1NA 4BVOA 3BEXA 1ZYQA 1ZBIA 3KD5E 1VQ6N 3MK6A 3QESA 4PA1A 4MLEA 3WNEA 1XMQK 3VQPA 3SUPA 1HKGA 3VGKA 3TAMA 4EHTA 1JLGA 5BRDA 4YOYA 3ZSYA 2W42A 3RMAA 3OYDA 2EHGA 4M3TA 1S1VA 3EN9A 1RTHA 3UKUA 1BGXT 3A8YA 3SAGA 1FW6A 4CEZA 5M1NA 5I3UA 3H3NO 4BDPA 4YDUA 1TUYA 4CJ4A 2PYJA 3WXMB 3EKUA 3V6DA 3ENOA 1JCGA 5LY3A 4N76A 3E01A 5KRSA 1H1VA 5DM7L 2VQEK 1SL2A 3N4PA 2GWJA 2G8KA 4FWLA 4B9TA 3VQDA 2FSKA 4FJ9A 2P9NB 3O80A 5C2FA 1HLUA 2RHKA 2VGMA 2DY4A 3R3LA 1GLJO 1KXPA 3KHYA 3LAMA 1ATRA 2QWQA 4YOUA 3ATUA 4JKFA 3ZT0A 3ZT4A 1TK5A 4CERA 3A5LC 4CI6A 1NGBA 4DV0K 1OVQA 3O5BA 4JEPA 3V9ZA 4DTMA 4YOTA 3NFAA 1XUPO 3I55N 3ULEB 3GL1A 2D1KA 1OH5A 4IG0A 3WXIA 4JKAA 4BR0A 1YITN 4BR7A 1C6VA 3CPEA 1VSMA 4RTFD 3MWPA 1GLLO 3QNOA 1XNRK 1NK8A 2X6SA 1XWLA 5KTQA 2QA4N 2HMPA 5F1XA 3M1FA 3UE5A 5KGXA 1BOTO 4KAZA 4Q0BA 4FJIA 2D5RA 4DQIA 4OKKA 5AQPA 2OPSA 2VWBA 3CM5A 4LF9K 3VERA 1MDUB 4X65K 4DV4K 2GTDA 4RWTA 1Q9YA 1WAFA 3L3VA 1T05A 2F7TA 4WFNL 3VQ4A 4O5BA 5DK5A 1NM1A 4FK2A 2KFZA 2P9SA 1TK0A 1Y97A 3NGIA 2LSNA 2HB5A 4IO8A 4FXDA 1TAUA 4M7XA 3H45C 5EXWA 4EIAA 2G8UA 3O1BA 3HL8A 4ZTFA 3PUFA 3LAKA 4KHQA 1RBSA 5M1FA 2DPNA 3ID8A 2NUBA 1VSFA 1NGGA 3K5NA 4FSVA 2J4RA 1RT7A 3V9UA 4PKGA 4U7BA 2D0AA 1NG9A 1NJYA 3KTQA 1NOZA 3TR8A 2UXCK 2O8FB 2HBLA 1DGKN 3L0QA 3H6EA 2P9LA 4B3TK 2VQFK 5AQGA 3T1YK 1A5VA 4FK4A 2HHXA 4JS4A 1N36K 2HBMA 3WXJA 5BPLA 4MFBA 4CBUA 3S3OA 2E8AA 3KD1E 5GAHP 3TAQA 3TSUA 3HSTB 4FJXA 4DB3A 2X78A 3QFUA 2V51B 1M90O 3PIPL 1C1AA 1KD1O 4AHUA 4R5PA 1KTQA 3KVGA 5KRTA 4FZYA 1UAXA 1U49A 1S72N 2XRIA 4NYFA 4IFEA 1G99A 4CF0A 3UKUB 2HVHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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