4BR9A

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form ii, closed, apo
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
361
structure length
361
Chain Sequence
MDTNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 120
structure length 361
sequence length 361
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4br9A01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4br9A02
4BQLA 1HUXA 3DXMB 1ATRA 2DPNA 3FZLA 3QB0A 4FWMA 3FZKA 4B1ZA 2A42A 1TYQA 3DXKA 2W40A 3FLCO 3QDKA 4BRNA 5KQDA 1LOTB 2P9KB 4FSVA 1ZC6A 4WQ5C 4HTLA 4FO0A 3A5OC 1QQMA 4IO8A 4JN4A 4WQ4A 3MN6A 2IVNA 5AQHA 2V52B 4IZ9A 4B1WB 4BG8A 5F0XA 3FGUA 1RFQA 3HM8A 2E20A 3HTVA 3VEOA 2GTDA 3W3DA 4GNIA 5EX5A 1T44A 5AQNA 3TPQA 5AQGA 5AQOA 3GBTA 5AQWA 4BRDA 2P9LB 5AQFA 4BGAA 3WQUA 3VF2A 2QXLA 1E4FT 3B8AX 2GWKA 3WQTA 3ZX0A 4CJ7A 2QWRA 4BR4A 3VENA 1NBWA 3CJCA 4M7YA 2HF3A 1BO5O 3MN9A 4HWIA 1XC3A 3GDQA 3LDQA 4PKHA 3SK3A 2V51B 3LDNA 4BRIA 1C0GA 4AM7A 3JXUA 5FPNA 1OKJA 1NGCA 5JLHA 4O5FA 1ESVA 1JCGA 4BRHA 4Z94A 3SMPA 4Y0WA 2A41A 4FWOA 3AAQA 4BR5A 3LDOA 4H5WA 3FZHA 2YI1A 3WEEB 3VGMA 3VPZA 3M6GA 3ATVA 3GL1A 4FWRA 4CZJA 1BU6O 3I33A 5CE3A 4L3QA 3TU5A 4ISFA 4O8KA 4BRGA 1MWKA 5AQTA 3O80A 4DB3A 5KQ8A 5LJVA 2QWMA 3U8XA 1TUUA 2GEMA 2YHWA 5BPNA 1DGKN 3LDPA 3O5BA 1X9JA 2YCHA 4K25A 4YDUC 4FWSA 1BWFO 3FFKB 5EVZA 2Q0UA 3WXIA 2HF4A 3LDLA 5AFUA 3MN7A 2A3ZA 4J8FA 2BTFA 5AZIA 4BG9A 3J8AA 4EAHD 1RDWX 1D4XA 3UKUA 3HBTA 1JCEA 3FE1A 4NB4A 4BRKA 2E1YA 2P9NA 4PL7A 1H1VA 3ZETA 4CZHA 5FPMA 4A62A 2ZGYA 5AQZA 1YUWA 4AM6A 2QWQA 2E2QA 4IJAA 4ISEA 3EL2A 4RWTA 4JHDA 4FOEA 4H5VA 4BR2A 3UKUB 4JNEA 4H0YB 1MDUB 1GLAG 4XEIA 1BA1A 2Q2RA 5AQJA 5AQVA 2P9UA 1QHAA 3ENHA 5B8HA 3BEXA 1GLCG 1LCUA 5BRFA 4BRCA 3AY9A 4IWVA 2YJFA 1YVNA 3LM9A 4FL9A 2IVOA 2E1ZA 3M3ZA 5AQYA 3L6QA 5EOYA 1K8KA 4BRAA 5AFUH 3ZEUA 1XUPO 3C7NB 4BRLA 3BP8A 4B1YB 1JCFA 1XQSC 2AA4A 3KZBA 2P9UB 2W41A 2WUSA 1IJJA 1NGEA 4FWLA 3O6WA 3W0LA 4PL8A 3ENOA 5AQPA 3ULEA 3DAWA 1DEJA 3BF1A 4K42A 3MN5A 4NO7A 4B1UB 3CI5A 1ATNA 3FR0A 3CJAA 4BGBA 4BRPA 4CD3A 3R6MA 1HJOA 5F1XA 4PKIA 1TYQB 4CI6A 3DXKB 4LC9B 3S41A 3GOIA 2V7ZA 4C23A 3VERA 1X3NA 2Q0RA 3QBWA 3MMVA 3SLCA 3VOVA 1IG8A 3O1BA 2IVPA 2P9IA 3LM2A 4IXCA 3KVGA 5F2RA 3ULEB 5AQXA 5AQQA 3ZX3A 4CZEA 3WXJA 2Q1NA 1T6CA 3A0IX 4BQZA 1KAXA 1X3MA 3F9MA 3JS6A 1QZ6A 4FPBA 2H3GX 1CZAN 2E2NA 5AQIA 2FF6A 2QWNA 3AARA 2GWJA 3VEZA 2D0OA 1SQKA 2FSKA 3FZFA 1GLBG 3SMSA 1GLLO 3IMXA 3QBXA 5KPZA 2FXUA 2PAVA 2QWOA 4K43A 4QS7A 4DQ8A 1QQOA 4B1VA 1NGJA 2Q31A 2ITMA 2OANA 2CGLA 4FPAA 3P4IA 4H0OA 1G99A 3R9PA 3ZX2A 2FF3B 5BREA 1NGHA 4E1JA 4MO4A 4K41A 2NRHA 3OHRA 4QS8A 2ASPA 4EHUA 4XH4A 4BRFA 1S22A 2VYPA 4PKGA 2QWLA 3CJ1A 5ELZA 1Y64A 3D2FA 4CBWA 3CIPA 5E84A 4WQ5A 4GY2B 3H1VX 3VF6A 3A8YA 1GLDG 4H03B 4A61A 2GELA 1HLUA 4CZKA 3H45C 2A40A 3EKUA 4RCHA 4WQ4C 4JD2A 3A5NC 4BROA 4EFHA 4H0VB 1V4TA 2ASOA 3HI0A 1Z05A 5BPMA 2VWBA 1V4SA 3BUZB 1HPMA 2CH5A 2UYTA 5JLFA 3GE1A 3L0QA 4CBUA 3UKRA 3VEYA 4BC5A 2QM1A 2HMPA 4BRQA 1NLVA 3WXLA 1NGBA 5AZIB 2FSJA 3M1FA 4FWKA 1U2VA 3A5LC 2YHXA 1EQYA 2P9NB 3ZETB 1NGAA 4I6MA 4FWNA 3CJ9A 3UKRB 2P9PA 3VGLA 3CQYA 1BUPA 3CJBA 4EIAA 5E26A 4JHDB 5EXWA 4CZIA 5LJWA 1NGFA 2IIRA 3HZ6A 3O8MA 4ISGA 2A6AA 3D7EO 2FSNA 2Q97A 1ZBSA 3CHWA 3WXKA 5AQLA 1ZXOA 3MDQA 3CERA 1J6ZA 1NWKA 1NGIA 5BRDA 2GUPA 3IDHA 2ZWHA 1GLJO 4B9QA 5AQUA 1E4GT 3CJ7A 2P9KA 3A5MC 4BRMA 1RGIA 3QICA 4BREA 2J4RA 2YHYA 1K8KB 3ZEUB 3O4WA 4M7XA 1ATSA 2CGKA 1NMDA 3I8BA 2EWSA 1HKCA 3QFUA 1HKBA 1P8ZA 4H5NA 5AQRA 4M63C 2I7NA 3RSEA 5KPTA 4MO5A 3EN9A 3MCPA 2A5XA 3HSCA 3DWLA 4YDUA 2D0PA 3VEVA 1SAZA 3EKSA 3UB5A 1BG3A 2BUPA 4MLHA 2Q36A 3H46O 2P9LA 2AP1A 2F9TA 3IUCA 3QFPA 2P9IB 5BN8A 3U9DA 4BC4A 3RSEB 2QWPA 3VETA 3WT0A 3MK6A 2P9SA 4BR9A 5FPEA 5KPRA 3VF4A 1GLEG 1KXPA 4H5TA 1MWMA 3H3NO 2E2OA 3ID8A 1S3XA 3VEWA 2D1KA 3H3OB 2I7PA 3CQXA 5JICA 3EZWA 3FZMA 4H0XB 4A2BA 3O08A 4JAXA 3CETA 2F9WA 3H6EA 5BPLA 3D2EA 3G25A 2YJEA 4IJNA 1NM1A 4F9OA 2CGJA 2P9SB 1WUAA 5AQKA 3SJHA 3H1QA 3AAPA 3ATUA 3C0BA 1BOTO 4BR0A 3O1WA 1HKGA 2D4WA 4BC3A 5FPDA 4FWQA 3U4LA 4XH1A 3D2EB 3WEEA 2HOEA 2V7YA 1T6DA 2CH6A 2PBDA 1R59O 1GLFO 5AR0A 4CZMA 1KAZA 4CZGA 5BRHA 3KHYA 5AZJA 3BF3A 4BR7A 2NZTA 1BDGA 4H0PA 2NLXA 4BVPA 1Z6RA 3D2FB 5EY4A 4CZLA 5LY3A 4RTFD 5BR9A 3U9ZA 1QZ5A 2ZGZA 2E8AA 1U6ZA 5AQSA 1KAYA 5AZJB 3VGKA 4A2AA 4CZFA 4FOIA 1NGDA 5ADXA 4BVOA 4CBXA 4JD2B 3R8EA 4BC2A 3DJCA 1DKGD 5AQMA 4DCHA 3EO3A 4H0TB 1C0FA 1WOQA 4WYBA 4XH5A 1HX1A 3VEXA 4FWPA 3QMLA 1SZ2A 3IFRA 2FLOA 1MA9B 4B1XB 2E88A 2KHOA 4CD1A 1YAGA 5I9EB 1NGGA 1QQNA 5TKYA 4EHTA 3DXMA 3L4IA 1Q18A 4KBOA 3WUHA 1YXQA 5JMVA 2ASMA 1U2VB 4H5RA 1BA0A 4QS9A 3VESA 2ZF5O 5BN9A 3UE5A 3C7NA 2QW9A 1TUYA 3GG4A 4MLEA 4I6MB 2VCPA 4DHYA 3LL3A 5ADXH 2E2PA 2P9PB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BQLA 3MWTA 4FW1A 4J2BA 2DPNA 1RTHA 1DT9A 3FZKA 3DI6A 1VQLN 1VQNN 4FVUA 1TYQA 4F2RA 3DXKA 2ZD1A 3QO9A 3TR8A 2GV9A 3FLCO 3QDKA 4BRNA 4M3XA 2HW3A 4RW4A 2P9KB 4WQ5C 3VA0A 2OZSA 4FO0A 1DLOA 1QQMA 4IO8A 3NCIA 3QNNA 1N6QA 4V19S 2IVNA 1HNVA 1RTDA 4B1WB 1SS6A 3OVNA 4BG8A 1HRHA 3KLHA 2UXDK 1TAUA 1RFQA 2E20A 3VEOA 3W3DA 1Z26A 4GNIA 5EX5A 4J2AA 4M3UA 2DY4A 5AQNA 2NRZA 5AQWA 2P9LB 4JI0K 3SUNA 1ASVA 4KTWA 4B8AB 1NK7A 4CJ7A 3AVBA 3ZSQA 1W9HA 1Q7YO 1VSKA 2HF3A 3U3YA 2O8FB 3SK3A 4O5BA 3I0RA 3VQ8A 4AM7A 1NOYA 3JXUA 4YOUA 1M1KO 1ESVA 3TARA 3V9UA 3OYGA 1YVUA 4OJRA 4Z94A 3IRXA 4FWOA 3PSIA 4CGHA 4KB0A 3FZHA 4JK9A 4JK8A 3C65A 3S3OA 1C1BA 4YOXA 4NXMK 5KRSA 4DU4A 4CJQA 1BU6O 2PYJA 3AO2A 4L3QA 3CC2N 3L2VA 5AQTA 2QWMA 4IFEA 1TUUA 1KLNA 1X9WA 5CR4A 1DTTA 1YIJN 4YOWA 4FWSA 1D8YA 3FFKB 4E7KA 3VQ9A 3LDLA 2A3ZA 4JKHA 1RDWX 3HBTA 3FE1A 4BRKA 4CZHA 5A2QO 5FRMA 2W6KA 2VG7A 1NU0A 2VWJA 4RWTA 4FOEA 3CCJN 4WCEL 3UKUB 4BY9C 2YX6A 4JNEA 2EX3A 4XEIA 2Q2RA 5AQVA 1RBTA 2P9UA 1QHAA 2O8EA 3BEXA 4EP4A 1EO1A 3AY9A 1SL0A 1YVNA 4B9UA 1NOZA 2E1ZA 3NFAA 3T19A 4AHCA 4X64K 3TSQA 1HYZA 3ZEUA 2LSNA 3AVHA 4IO9L 2AA4A 3HRGA 3SNNA 2RHKA 2WUSA 4FWLA 4CF8A 5J1EA 3NGIA 3SZ2A 3D45A 3HL8A 4K42A 3MN5A 4B1UB 3CI5A 3CFRA 3PUFA 3SYZA 3AVAA 1RT3A 3CM6A 3R1XA 4LF6K 4LFBK 3OYDA 3VERA 5GADP 3QBWA 1IG8A 4DTPA 4M45A 3LM2A 4J2EA 1WSJA 2Q1NA 2HBJA 1WSEA 4OPAA 5FDLA 1QVGM 4FM2A 3OBYA 4B9NA 2WOMA 2E2NA 1JL1A 5AQIA 5CY4A 4KHSA 2B6AA 2D0OA 1U04A 2FSKA 4HUEA 1GLLO 3IMXA 2KFNA 2PAVA 1TAQA 4K43A 4QS7A 3TAFA 5HOOA 5C25A 4ILJA 2CGLA 3V4IA 3P4IA 4CF9A 3ZSVA 3L8BA 4H0OA 3ZX2A 3J7ZO 4CE9A 3MEEA 1X9MA 4QS8A 4ILHA 4EHUA 3HM9A 1BIUA 3LZIA 1S22A 2IS3A 3MXMA 3D6RA 1YT3A 1HNWK 2VYPA 5ELZA 3D2FA 4CBWA 3CIPA 1OVYA 2DFEA 4FM0A 4DSIA 4H03B 2UXBK 4JD2A 3A5NC 2KFZA 4EFHA 3OBWA 3VQPA 3N4PA 1Z05A 3G0ZA 3DLGA 4IOCL 3HOTA 2VWBA 1V4SA 3DLRA 5JLFA 3GE1A 5C42A 4J2DA 1OH6A 3L0QA 3U6FA 3KKSA 3LP0A 4NCGA 4CBUA 3NH1A 3PLAA 3UKRA 4C8LA 4DS4A 4BC5A 2QM1A 1NLVA 1RT6A 4CGFA 1NGBA 5AZIB 1G15A 3M1FA 4FWKA 2YHXA 4CF0A 1EQYA 1YITN 1NGAA 1VAZA 4FLWA 4FWNA 3V1OA 2KLAA 3CJ9A 1DTQA 4CEOA 4ELVA 3CQYA 1TKZA 2VG5A 1MU2A 1NGFA 5C24A 4FJ9A 4LD0A 3D7EO 1KQSM 3CHWA 4FW2A 5K14A 3VQ7A 5AQLA 1ZXOA 2G8WA 4IKFA 4CF1A 4CJ5A 1NWKA 5BRDA 1JLQA 3ZLJA 3IDHA 4B9QA 2XY7A 3P83D 1FKOA 1QE1A 5AQUA 3CJ7A 3ASMA 5HP1A 1NKEA 3QESA 1SL1A 1WSIA 3ZT0A 1IKWA 3WNGA 4CJ4A 3LP1A 3M8PA 3O4NA 2YNHA 4CECA 1ZYQA 1NJIO 1ATSA 4DSFA 4X62K 1P8ZA 4H5NA 5AQRA 4DQPA 2A1SA 5JS1A 4ZHRA 1Z25A 3MCPA 2D0PA 4KI6A 3K0SA 2OPPA 2BUPA 4H8KA 4MLHA 5C2FA 4JS4A 3QFPA 2P9IB 4DFMA 1JJ2M 4BC4A 3DLBA 4O0IA 1WSFA 4IBNA 4KHYA 1KXPA 4H5TA 1MWMA 1NMNA 3ID8A 2OYQA 1S3XA 3K57A 2I7PA 4LSNA 4LFAK 3NVKA 4AHTA 3HP6A 4A2BA 3O08A 1ZBFA 3D2EA 1LW0A 4CFAA 1VSJA 2CGJA 2P9SB 3RR8A 1HQEA 2G8HA 2NRXA 4CJSA 3ATUA 3G10A 2RN2A 1KFSA 3ZSZA 1UA1A 4FVMA 4BR0A 1SKRA 4BC3A 2D4WA 3AVNA 3O3HA 5CZ1A 4DTMA 4W5QA 4FWQA 4XH1A 4FJGA 2UXCK 1HQUA 2HOEA 2O4GA 4DSLA 1TV6A 1RDCA 2CH6A 3NH0A 2PBDA 4CZMA 1KAZA 5BRHA 4N47A 2VWKA 4F4KA 3J80O 4JLHA 3QEWA 3MAQA 4CZLA 3EEQA 4ID1A 3SUQA 2PZSA 2O4IA 5AZJB 4CW7B 4MQ3A 2R7YA 1TK5A 3N4QA 4BDYA 3R3LA 3DJCA 1T03A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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