4BRLA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iii (closed) in complex with transition state mimic guanosine 5'-phosphovanadate
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
total genus 120
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brlA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brlA02
1IJJA 3CIPA 4CZLA 3D2FB 2E2NA 2Q1NA 2ZWHA 5BPNA 1U6ZA 4BRFA 1MWMA 3U4LA 3MK6A 2A40A 2ASOA 1C0FA 3A5MC 1BWFO 3FZLA 4WQ5A 4PL7A 1C0GA 2J4RA 1RDWX 4JHDB 2Q36A 3VOVA 2V51B 3WT0A 4C23A 1BDGA 3P4IA 3FLCO 3ULEA 3IUCA 3BF3A 3I8BA 5KPZA 2V7YA 1DGKN 3VF6A 1GLEG 5AQKA 5F2RA 2A41A 1JCFA 5KQDA 2Q0UA 5FPNA 4H5TA 4H5NA 5EY4A 3H1QA 2I7PA 2FXUA 1RFQA 1XQSC 1BU6O 5AQOA 4FWQA 2AP1A 1NGCA 4QS7A 2Q97A 5AQFA 4B1YB 3CI5A 4BQZA 4B1XB 2YJFA 4CBUA 2GTDA 1GLFO 4O5FA 4EIAA 4H5VA 4BR0A 2I7NA 1MA9B 3R6MA 4BGBA 3A5NC 3OHRA 1ATSA 1NGIA 1SAZA 4QS9A 4BREA 3MMVA 2YI1A 2P9SB 2QM1A 3L4IA 1TYQB 4M7YA 2DPNA 4YDUA 3GBTA 3ZEUB 3A8YA 3EO3A 3CJBA 3MN6A 4ISFA 5E84A 4BQLA 2KHOA 1NBWA 3ID8A 3QFUA 3CJCA 4BRQA 5AZJB 1YXQA 2NLXA 4K41A 1GLDG 1YVNA 5FPMA 1XC3A 2ZF5O 5FPEA 3LM2A 5AQXA 3IDHA 5BN9A 2VWBA 3UE5A 3LDLA 4RCHA 3A5LC 4PKHA 2W41A 3WUHA 4LC9B 1BG3A 2Q2RA 5JLFA 3U8XA 1NLVA 5B8HA 2CGJA 2V7ZA 4BR7A 2NRHA 5F1XA 4XH4A 1JCGA 3R8EA 3WQTA 5AQNA 1Y64A 3QFPA 4AM6A 2IVOA 4BG9A 3BF1A 5AQHA 4FWSA 3VGMA 3G25A 4H03B 1YUWA 3FFKB 3R9PA 4IWVA 4F9OA 3GDQA 1X3MA 2HF3A 4BGAA 2QWNA 4FO0A 3FGUA 1ATRA 4FWRA 4DQ8A 1BOTO 4EAHD 2D0OA 4IO8A 1GLBG 4WYBA 2P9PA 4A2BA 4BRKA 2WUSA 3W3DA 1T6CA 2P9KA 1HKBA 4FPBA 5AQRA 2ITMA 1WUAA 1ZXOA 3FZFA 4BC4A 4BR2A 1T44A 1SQKA 4CZJA 3WXJA 3UKRA 5F0XA 3UKUB 3QB0A 1X3NA 5I9EB 4CBWA 2FSJA 1MWKA 2D4WA 2FF6A 1EQYA 3O5BA 4CZKA 5AQVA 5BREA 4ISGA 3WXKA 2ASMA 3M6GA 3H3NO 3EL2A 1BA1A 1T6DA 3KVGA 4BR4A 1G99A 1DKGD 1BUPA 3WXIA 1HLUA 5BPLA 1QZ6A 3AAQA 2P9IB 5EXWA 4H5RA 4K42A 1HPMA 3ZETA 2PAVA 1ZBSA 3L0QA 5AQSA 5EVZA 2GUPA 2GWKA 2E8AA 4BC3A 3VF4A 1E4FT 3EKUA 3LDPA 4JNEA 3FZMA 1KAZA 5AZIA 3VPZA 1ATNA 1TUYA 1HKCA 1V4TA 3FE1A 4I6MA 4BG8A 2D0PA 4H0VB 1J6ZA 4FPAA 3J8AA 3KZBA 5ELZA 1NGAA 3SMSA 5ADXH 1HUXA 3LDOA 4JN4A 1S3XA 2UYTA 3VF2A 3IFRA 4A61A 3WQUA 4XH1A 2D1KA 3C7NA 4CD3A 2F9WA 4JD2A 5BRHA 2QWPA 4FWOA 5AQQA 5BRDA 3SLCA 3WEEB 1NGJA 3BUZB 4EHTA 4CZEA 2V52B 2FSNA 3TPQA 5BRFA 3D2EA 3VESA 3HI0A 4WQ5C 2P9LB 2YJEA 2ZGYA 2P9PB 4GNIA 2CGKA 2P9KB 3O80A 3S41A 4BROA 5EOYA 5AFUA 4H0PA 4PL8A 2QWRA 3O4WA 3DXMA 4M63C 3SK3A 2Q31A 3A5OC 1HJOA 3O1BA 3UKRB 3UB5A 2H3GX 2HMPA 3H1VX 3CJAA 2HF4A 2PBDA 2QXLA 3DWLA 3VENA 1ESVA 1KAYA 3HZ6A 2YHWA 3ZX3A 3CQXA 2FSKA 5AR0A 3VERA 4XEIA 3ZX2A 3MN5A 5AQYA 5FPDA 3A0IX 1NGFA 2ASPA 1R59O 2F9TA 3H6EA 5AQIA 5KPTA 5LY3A 1BA0A 1KXPA 4RWTA 4WQ4C 4MLEA 1XUPO 3LDNA 4KBOA 5AQPA 4DCHA 4Z94A 3TU5A 1QQOA 3ULEB 3W0LA 4BRAA 5JMVA 3VEYA 4DB3A 3DXKA 2AA4A 2FF3B 2E1YA 3FZKA 4YDUC 3HTVA 1NWKA 2E20A 1CZAN 4J8FA 3VEZA 1NGEA 3VGLA 4MO4A 2E88A 3KHYA 1NGBA 5KQ8A 4BRPA 1WOQA 5JICA 1JCEA 1KAXA 1QZ5A 5AQZA 4CZFA 3C7NB 5BN8A 3U9DA 4BRMA 3AARA 1HX1A 4IXCA 5CE3A 2E2OA 4B1UB 4PKIA 2E2QA 2VCPA 2P9SA 3SMPA 5AQMA 2A3ZA 4BC5A 3C0BA 3DJCA 3O08A 5BR9A 5KPRA 1IG8A 4CZHA 1Z05A 3D2EB 3MN9A 3AAPA 4O8KA 3HSCA 4CI6A 5AQJA 5AQLA 3VEWA 5EX5A 3LDQA 2NZTA 3GG4A 2P9NA 1GLLO 1D4XA 1DEJA 4Y0WA 5JLHA 3CQYA 4FWKA 3EN9A 1NGGA 3HBTA 5TKYA 3CJ9A 1TUUA 3QBWA 2A5XA 3LL3A 4CZGA 4H0OA 1E4GT 3CETA 4CZMA 3QDKA 4CBXA 4HTLA 4BRDA 1U2VA 4EHUA 3RSEA 1HKGA 1K8KA 4FWNA 4H0TB 1LOTB 2IVNA 4H0YB 3GE1A 3H3OB 2CGLA 3HM8A 4FL9A 1V4SA 4IZ9A 2E1ZA 5E26A 4BVOA 3QICA 2P9UA 4AM7A 2QWOA 3GOIA 1NMDA 2OANA 3CJ1A 3VEXA 3EKSA 1X9JA 4BRHA 2YHXA 4GY2B 5LJVA 5ADXA 3O1WA 3EZWA 4HWIA 1QQMA 3VEVA 3FZHA 4H0XB 3DXKB 2YCHA 3WXLA 1QHAA 1NGHA 4BRNA 4E1JA 3ENHA 2YHYA 2QW9A 3ATUA 4BR9A 3UKUA 3U9ZA 1OKJA 3JS6A 4CZIA 1GLCG 3BEXA 4WQ4A 1MDUB 4FOEA 1Z6RA 5AFUH 4BRIA 1RGIA 1SZ2A 3VETA 1YAGA 4CJ7A 3I33A 4MLHA 2A6AA 3CERA 3D2FA 3ENOA 1LCUA 4XH5A 5AQUA 2P9IA 4NO7A 3GL1A 4FWPA 3F9MA 4DHYA 3IMXA 4QS8A 1ZC6A 3CHWA 3MDQA 4B9QA 4JHDA 4B1WB 2QWMA 3ZETB 4BRGA 2IIRA 2P9NB 4FSVA 3O6WA 3M1FA 4FWMA 4FOIA 2GWJA 4L3QA 4BVPA 1S22A 3AY9A 1NGDA 4JAXA 4PKGA 3DAWA 2QWLA 2ZGZA 4M7XA 4K43A 4BRLA 5AZIB 4MO5A 3BP8A 4A62A 4I6MB 2E2PA 1U2VB 2GEMA 3RSEB 3O8MA 4EFHA 1K8KB 4CD1A 5BPMA 1H1VA 2BTFA 2CH6A 3VGKA 3H46O 3CJ7A 2CH5A 2FLOA 3ATVA 4RTFD 2P9UB 4BR5A 1GLAG 3LM9A 3WEEA 3JXUA 1P8ZA 3FR0A 4K25A 3QBXA 4FWLA 1GLJO 4JD2B 4IJAA 4B1ZA 2QWQA 3VEOA 2P9LA 3H45C 5AQGA 3D7EO 5AQTA 2IVPA 3QMLA 1TYQA 3B8AX 3ZEUA 1QQNA 4B1VA 2VYPA 2W40A 2Q0RA 3MCPA 4ISEA 4NB4A 1NM1A 2GELA 5AZJA 4IJNA 3L6QA 4A2AA 2EWSA 3DXMB 4BC2A 5LJWA 3SJHA 3ZX0A 2HOEA 1Q18A 3M3ZA 2BUPA 2A42A 4BRCA 3MN7A 5AQWA 4H5WA 1BO5O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3T1YK 2YHBA 4F4KA 3U4LA 3MK6A 2A40A 1A5WA 3ENBA 3A5MC 3G71N 5LMUK 1RT2A 1VQ7N 2ZE2A 3AVIA 1SV5A 4AHRA 4DTMA 5KPZA 4FJXA 2V7YA 4RW9A 1RT1A 3HPHA 4QAGA 4M3ZA 3CQ8A 4KHYA 3G0ZA 2Q0UA 4H5TA 5HRPA 3AVJA 4BDYA 3DOLA 4B3MK 3H1QA 1HNXK 2FXUA 2AP1A 2YV0X 3HVTA 4CJLA 3ZSXA 4BE0A 1YTUA 4KFBA 4B9MA 4B1YB 3CI5A 4BDPA 1CXUA 4CBUA 2E6MA 3O3FA 2I7NA 4KHPK 1N5YA 4BGBA 4YOWA 2JLEA 3C65A 1ATSA 3VQ6A 4JI5K 4QS9A 4Q5VA 2E6LA 2QKKA 2Q3SA 4KTZA 3EY1A 1CZBA 4B3RK 2P9SB 1JLAA 3KK7A 4YDUA 3ZEUB 4ZHRA 5JVGL 1JLGA 4BQLA 4YHHK 1S9GA 3C6UA 4BRQA 2NLXA 3CPWM 2HBKA 4JRPA 1GLDG 3T69A 1YVNA 4IEIA 3TAQA 5GIOA 3QO9A 2ZF5O 4LSNA 5AQXA 3IDHA 2VWBA 4M3UA 4KH4A 3R1XA 3L3VA 3WUHA 1BG3A 1YJ9N 3K57A 1BCOA 3HPOA 1LV5A 3S3NA 4XH4A 4RW4A 3R8EA 1Y64A 4HUGA 4DG1A 2YKNA 3MAQA 3NMUA 2QXFA 1VQON 4KHNA 4CF0A 3R9PA 1TK8A 4DTXA 4F9OA 2Y1IA 4KHQA 1RTHA 4FJHA 4OLBA 2PZSA 4JKEA 4DQIA 3ZYYX 1BOTO 3QETA 3THXA 4EAHD 1JLCA 5I3UA 1KSPA 2PYLA 1RBVA 1GLBG 2XY7A 5C0YA 3HO1A 2P9KA 2KKZA 3HM9A 1NKEA 5C12A 5AQRA 4CJPA 1NG9A 4NCBA 3FZFA 3HP6A 4DTRA 3WXJA 1O1WA 3F9KA 1RT6A 5F0XA 4OLAA 1BHLA 3SAFA 1KVCA 2D4WA 2FF6A 1S1UA 1KTQA 4CZKA 5HBMA 3ZCMA 3WXKA 1HYVA 2X6NA 1S6QA 1HLUA 4LF4K 3AA2A 3AO2A 4H5RA 1HPMA 1TVRA 1ZBSA 1I39A 4CJWA 4J2AA 2GUPA 1L3SA 2G8WA 2E8AA 3M8PA 3VF4A 3DLLL 3LDPA 1BISA 3FZMA 2HVHA 2UXBK 5DM6L 4G9ZA 1ATNA 5M1FA 1V4TA 3EE9A 2XO7A 4BG8A 4H0VB 3KLFA 4PUOA 4AHSA 5HRNA 3HK2A 3BGRA 4FPAA 3ZT1A 3V9UA 4DR4K 1NGAA 4FLYA 5ADXH 4JN4A 1BQNA 1S1WA 3VF2A 1D9FA 2HMIA 4WFAL 3L2RA 5C15A 3ZSZA 4RG8A 3SZ2A 3VMFB 4IO9L 2WOMA 4E19A 4KI4A 4E1MA 5BRDA 3SLCA 4CJUA 3V9SA 1X9SA 4C1NI 5J2QA 3SUOA 3A2FA 4CZEA 1IH7A 2A1RA 3QINA 1FKPA 4WQ5C 3CXCM 1KLNA 2ITGA 4GV3A 1ZBFA 1Q9YA 3BZCA 3O80A 2JWLA 3DOKA 1X1PA 3PV8A 3O4WA 5HL7L 3O3HA 4NXMK 3UB5A 4PWDA 4FYDA 3MECA 2PBDA 2JWKA 3NBPA 3VENA 1ESVA 1KAYA 3ULDA 4B9VA 2NRRA 2XY8A 1VSIA 3MWTA 5C42A 1WSEA 3ZX2A 3TAMA 5FPDA 1NGFA 2ASPA 1C1AA 2F9TA 1S5JA 3H6EA 4E89A 1TK0A 1QVFM 3SJJA 5LY3A 5DM7L 3O9UA 3OBYA 1BI4B 1GOBA 4NLBA 2G8FA 1XUPO 2A1SA 3LDNA 4KBOA 1WSFA 4KV8A 1QQOA 3TSUA 4Y1DA 4DV1K 3VEYA 1BIZA 4O0JA 4N56A 1VQ4N 4DR3K 1QSYA 1YIJN 2O8BA 3V1QA 5FDLA 3VGLA 4CEBA 4LFBK 4MO4A 1NNEA 4CFCA 3SQ4A 5CZ2A 1QZ5A 4KTQA 3K58A 4W5QA 4KHWA 1KCFA 3AARA 4W5OA 4JS5A 2O8EA 1OH5A 4IXCA 2FBTA 4CEEA 2VCPA 4DLEA 3SMPA 1Y97A 1NJIO 4BC5A 3C0BA 2HBLA 1Z05A 4FZXC 3HSCA 1VSEA 3LDQA 2RF2A 4DTSA 2HHXA 4JI3K 2QK9A 3CQYA 3VTHA 3EN9A 1NGGA 3U3GA 4Q0BA 3THYB 3PO5A 3HXMA 3QBWA 4CZGA 2QA4N 4H0OA 1E4GT 3CETA 4A5BA 4CGFA 4HTLA 4DTOA 4EHUA 4CHYA 4YFUA 3H08A 3OYCA 2IVNA 3CG7A 3GE1A 4YNQA 4KAZA 3P1GA 3BZKA 1NMDA 2OANA 3CJ1A 2G8KA 4BRHA 2OTJN 4YOYA 1XNQK 4CGHA 3EZWA 4CIFA 3DXKB 4LH4A 4DTJA 3WXLA 1XMQK 3DRSA 4I7FA 4CFDA 2QW9A 4BR9A 2GX9A 3K5NA 3U9ZA 3KKRA 1GLCG 3BEXA 4CEFA 4B9NA 4FOEA 1NK9A 1Z6RA 1T7PA 4C8KA 4BRIA 1SZ2A 4JI8K 4FLXA 4MFBA 1NK8A 3B6OA 3CERA 1OH8A 1LCUA 4AILC 2P9IA 4FWPA 1Z26A 2WONA 1S1TA 3MDQA 3RMBA 4JI1K 3SBTA 1EETA 1L3VA 2P9NB 3AVHA 3O6WA 1N36K 3OJSA 4L3QA 4MDBA 1S22A 2VWKA 1VQ8N 4NYNA 5JVHL 5AZIB 3R3LA 2QTDA 4DV3K 3RSEB 2HHSA 1DTQA 4X66K 3K2PA 3O9SA 4FJJA 1NJZA 2IOCA 4KH6A 4E0DA 3CJ7A 2CH5A 3AO3A 2O8FA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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