4BRLA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iii (closed) in complex with transition state mimic guanosine 5'-phosphovanadate
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 120
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brlA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brlA02
3O5BA 2QXLA 4A2BA 5FPDA 3MN7A 4L3QA 3SJHA 1GLEG 2CH5A 5F0XA 3LL3A 4FO0A 4BC4A 4FWKA 2AA4A 1QQNA 3VEVA 3WQTA 5AQSA 2YHYA 1ATSA 3JS6A 4IO8A 5AQGA 3RSEB 2CH6A 3UE5A 2IVPA 3O08A 3TU5A 2IIRA 4BRMA 5JLHA 3HM8A 5AQIA 2ITMA 4XH4A 2CGLA 4ISFA 4AM7A 3DAWA 4FSVA 3LDLA 5F2RA 2ASPA 2NZTA 2V52B 3MN5A 1SZ2A 4A62A 1R59O 3DXKB 4BQLA 3CJCA 3WXKA 4KBOA 2YHWA 4WYBA 5CE3A 2GTDA 2A6AA 2BUPA 2P9KB 4FWOA 4JD2B 3L0QA 2V7ZA 2A5XA 2Q31A 3QBWA 2E20A 4CZFA 1ATRA 3MN9A 4I6MA 2P9NB 4IZ9A 4BVOA 1KAYA 2ASMA 2HF4A 4MO5A 5AQHA 4EFHA 1XUPO 3M1FA 3QMLA 2I7PA 3VEOA 3HI0A 2E1YA 4JAXA 4BC3A 4H0XB 2W41A 1BWFO 1Z05A 2DPNA 2NLXA 3DWLA 4K41A 3O1BA 1WOQA 5EY4A 4FWNA 3GG4A 4BRPA 4BR2A 1V4SA 5LJWA 2W40A 3VPZA 3ENHA 4IWVA 3VGLA 3QFPA 5AQMA 2A42A 2J4RA 3VF4A 3U9ZA 3BEXA 3B8AX 3FLCO 4H5WA 1HKBA 2P9IA 1NGHA 1KAXA 3CJBA 4CZJA 2E1ZA 3DXMA 4HTLA 3CJ7A 3WXLA 3VEXA 1G99A 1E4GT 1BA1A 4BR4A 1YVNA 2YJEA 4CZKA 4FOIA 3CJAA 2FF6A 2ZGZA 1EQYA 2Q97A 3RSEA 5KPTA 3GE1A 3GDQA 1DKGD 4XEIA 5E26A 3H3OB 2BTFA 1BG3A 2V51B 1TUYA 2YCHA 3A5OC 3GOIA 3LM2A 4Y0WA 3QICA 3VGKA 5AQRA 2FF3B 2P9KA 5JMVA 4BRQA 3QB0A 1NGJA 3QFUA 4DCHA 4M7XA 1HKGA 3TPQA 5LJVA 5AR0A 1T6CA 5ADXH 2HOEA 1SAZA 4CBUA 4CZLA 4FPBA 4H5NA 3VEZA 4BREA 3KVGA 2P9SA 3WUHA 3KHYA 1NGAA 1BOTO 1SQKA 2H3GX 3W3DA 3R9PA 4BROA 3ZEUA 1KXPA 1BA0A 5BPLA 3BF3A 5FPNA 2QWPA 3O1WA 5AQZA 5AQLA 1HPMA 1GLFO 2E8AA 5F1XA 2E2PA 4EHUA 2YJFA 4H5TA 3A5MC 3JXUA 4CJ7A 2E2NA 3M6GA 3ZX2A 3VF6A 3FZKA 1Z6RA 4PKHA 5LY3A 4ISEA 4CZGA 5ADXA 4XH5A 3D2EB 3H46O 4RWTA 3AAPA 3O80A 2VCPA 3U8XA 3EKUA 5EOYA 1GLJO 5I9EB 1V4TA 3VESA 4H5RA 2A3ZA 4CZEA 5BREA 3G25A 2P9PB 4H0PA 3MCPA 4NO7A 3ZX3A 2D4WA 1P8ZA 2P9LA 4CD3A 3UKRB 4A61A 2VYPA 3H45C 1RDWX 5AQWA 1TYQA 5AQUA 3W0LA 4CBXA 5B8HA 3DXKA 3VGMA 1DGKN 1E4FT 2A40A 5AZJB 2F9TA 3UB5A 5AQKA 1RFQA 2HMPA 2QWNA 4BRAA 1MA9B 1ATNA 3CERA 1OKJA 4BRCA 3MMVA 2Q36A 3SMSA 1Y64A 5AZIB 1BUPA 3U4LA 3OHRA 5KPZA 2UYTA 1C0FA 5KQDA 5AZJA 4BRGA 3VERA 4JD2A 1GLBG 1NGFA 3ULEA 4BVPA 3HSCA 3UKUA 2GWKA 2FLOA 2YI1A 3GBTA 4BR0A 3SMPA 1ZC6A 3F9MA 4BC2A 4FWPA 3UKUB 1K8KB 4CZHA 2FSNA 3WEEB 1DEJA 1LCUA 4BR7A 2CGKA 4K43A 1HLUA 1XQSC 1QZ5A 1H1VA 4PL8A 1C0GA 4BRIA 3HBTA 3LDPA 4B1UB 2I7NA 3EO3A 1S3XA 4H0OA 3ZETA 1NWKA 3R8EA 4XH1A 2EWSA 2QM1A 3IMXA 4B1ZA 4EIAA 2WUSA 3BP8A 5AQOA 4GY2B 3BF1A 4WQ5A 3L4IA 3H6EA 1YXQA 1JCFA 4H5VA 2QWLA 2GELA 2FSKA 3AAQA 4H0YB 3FR0A 3H1VX 2ZF5O 3ZETB 1QQOA 5BRFA 4BRHA 4H0VB 5BR9A 1TYQB 1TUUA 4Z94A 3CJ9A 4FWMA 2P9SB 3UKRA 4WQ4C 4CZMA 2Q2RA 1ZBSA 3FZFA 4RCHA 1D4XA 3U9DA 3EZWA 3VF2A 3MK6A 3J8AA 3WXJA 3CQYA 4DQ8A 5EXWA 1YAGA 1U6ZA 1U2VA 2QWQA 5BN9A 4BRKA 2AP1A 1T44A 3EN9A 4C23A 3EKSA 3MN6A 5AQXA 3ULEB 3WXIA 3LM9A 4EAHD 3SK3A 4H03B 4JHDB 5JICA 3P4IA 5BPNA 4BGAA 2CGJA 3FZLA 1X3MA 4AM6A 4FWQA 1BDGA 5AQNA 4K42A 3CJ1A 5AQQA 2ASOA 4YDUC 1YUWA 4BC5A 3HZ6A 3D2FA 3QDKA 5BRHA 4EHTA 4JHDA 1GLCG 4LC9B 3O6WA 1QQMA 5AQFA 4F9OA 4GNIA 4FWRA 4QS7A 3ATVA 3SLCA 4IXCA 3KZBA 1X9JA 1JCGA 5AQJA 2P9NA 4JNEA 2KHOA 5FPMA 2P9UA 3GL1A 2E2OA 2F9WA 1CZAN 2PAVA 4B9QA 3WEEA 3WQUA 3FGUA 3WT0A 4BR5A 3L6QA 4E1JA 4NB4A 2QWMA 4FL9A 4DHYA 4B1YB 1GLDG 2GWJA 3VEWA 4MLEA 5BN8A 4BQZA 3A0IX 4PKGA 2QWRA 5ELZA 2FSJA 3QBXA 3VOVA 4FPAA 3HTVA 2A41A 2IVNA 5KQ8A 4IJNA 5BPMA 1BO5O 3AY9A 4BG9A 1HUXA 1KAZA 4RTFD 1JCEA 3O8MA 4CD1A 2D1KA 2OANA 4IJAA 3I33A 1K8KA 2HF3A 2QW9A 5BRDA 4BR9A 1U2VB 3AARA 3CHWA 1IG8A 4J8FA 2PBDA 1HX1A 2ZWHA 2GUPA 3D2EA 2IVOA 5AQPA 3VETA 2D0OA 3D7EO 2V7YA 3IUCA 3CIPA 4MO4A 4BRNA 4B1XB 5KPRA 5AZIA 1NM1A 2P9PA 1X3NA 4B1VA 3A5LC 3ZX0A 3IFRA 2GEMA 4BRDA 4FWSA 2VWBA 3BUZB 3DJCA 4ISGA 4BG8A 1IJJA 1HJOA 3M3ZA 4QS8A 3ENOA 3I8BA 1NGGA 2FXUA 4A2AA 3VENA 4JN4A 2Q1NA 3DXMB 4YDUA 1WUAA 4BGBA 1NGIA 2E88A 5EVZA 3FE1A 5AQTA 3LDOA 5EX5A 1XC3A 2E2QA 2QWOA 1NGCA 3H1QA 5FPEA 3MDQA 5TKYA 3C7NA 3LDQA 1QZ6A 3LDNA 2Q0UA 3H3NO 3CQXA 4BRLA 1Q18A 2Q0RA 3R6MA 1J6ZA 4PKIA 3FFKB 1NGDA 4BRFA 2P9LB 3VEYA 4DB3A 1NGEA 4HWIA 3S41A 1QHAA 4WQ4A 5AQVA 2ZGYA 4CZIA 1HKCA 1NMDA 1RGIA 3D2FB 5E84A 1MWMA 4M7YA 5AQYA 1NLVA 4PL7A 3IDHA 2P9IB 3C0BA 1LOTB 4CBWA 2P9UB 4I6MB 5AFUH 4QS9A 4O8KA 1NBWA 4FOEA 4H0TB 2NRHA 4WQ5C 3ATUA 1NGBA 4FWLA 3EL2A 1GLAG 1GLLO 1MDUB 3FZHA 3C7NB 1S22A 1MWKA 3ZEUB 3O4WA 1T6DA 4MLHA 4B1WB 3A8YA 3A5NC 2YHXA 2D0PA 3CI5A 4CI6A 4M63C 1ESVA 3ID8A 4O5FA 5AFUA 1BU6O 3CETA 3FZMA 5JLFA 1ZXOA 4K25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1D9DA 1RBRA 5FPDA 3IG1A 2F96A 4MDAA 3TR8A 3LL3A 4W5QA 3KLGA 2AA4A 3D45A 5CYMA 5AQGA 4IO8A 2G8UA 2FBYA 4PA1A 4OX9K 3O08A 4I2QA 1VQKN 4JK8A 3NH2A 4DQQA 1HNZK 3AO2A 4BQLA 1DLOA 3AO3A 1IKXA 4IOAL 4KBOA 4WYBA 4A5BA 3OS0A 2A6AA 5DM7L 4FWOA 1N36K 1DTTA 5DK5A 3U3GA 2ZJQL 3J7AP 4F2SA 2P9NB 4IZ9A 1KAYA 2QI2A 4LY7A 4Z4CA 3VA0A 1ZBLA 1K73O 4EFHA 2ZE2A 1XUPO 3EYZA 2I7PA 3VEOA 3ZSRA 1TK0A 4JAXA 1L3TA 1WSHA 1BWFO 2NLXA 4FVUA 2X78A 3SYZA 4FWNA 1V4SA 2E6MA 3ENHA 4IWVA 2HHXA 4N56A 3MWPA 3VGLA 4IBNA 5AQMA 1LWCA 4JKDA 4Z4HA 5GAEP 2OPQA 2IDOA 2B4JA 4KHYA 3VQAA 4CJWA 2VG6A 3B8AX 3FLCO 1RT4A 2P9IA 1KAXA 2E1ZA 3MAQA 1HQUA 4HTLA 3CJ7A 2ETJA 4BR4A 1EWRA 3BGRA 1JLBA 4FOIA 3CJAA 3M8QA 4DSIA 2ZGZA 4YOTA 4G9ZA 3TARA 4KH6A 2PY5A 4NLBA 3MEGA 1BQNA 3OYKA 1RT2A 4DV6K 4DTJA 1W9HA 3KK1A 1NGJA 4FK4A 4DCHA 4QCLA 4G1QA 2I5JA 4CFBA 1SAZA 5HRRA 4FPBA 4CZLA 3OYGA 4CEQA 4X66K 1BOTO 3W3DA 3ZEUA 1KXPA 2QWPA 2BGGA 4NYFA 1K6YA 2P5OA 4EHUA 3TSQA 1WN7A 4H5TA 3HP6A 3A5MC 2BANA 1L3VA 1A5XA 3KKSA 1KFDA 1Z6RA 5LY3A 4ISEA 3AV9A 4JKAA 3O3GA 1ZYQA 3AAPA 4LD0A 3HYFA 4CEZA 3DLRA 4W5OA 3TSUA 1GLJO 1NU0A 3G4SN 1KLNA 1Q9XA 1N33K 3C95A 2D4WA 5H1SQ 3EZ5A 4B3TK 2O8BA 4YOYA 1YT3A 5AQUA 3W0LA 5B8HA 3DXKA 3VGMA 5DMRA 4CEFA 5AZJB 4LSNA 2VWJA 3OVNA 5J1EA 2HMPA 3OTOK 3HO1A 3HL8A 4CHNA 4F3OA 4UQGA 1XMOK 2IC3A 3M8SA 4JS4A 1S1WA 3CCSN 4KO0A 1REVA 1XHXA 3PSFA 5FDLA 4CIFA 4YOUA 5KPZA 1C0FA 4OPKA 3VQ9A 4OPAA 2G8IA 1QSLA 2GWKA 4FW1A 2YI1A 3GBTA 3S3OA 1JLCA 3F9MA 2JLEA 5LL6Z 3P1GA 4BY9C 3MEDA 1I94K 2AJQA 4AF1A 3NE6A 2O4GA 3O4NA 3WEEB 4K43A 1L5UA 1VQ9N 4DQIA 1NK4A 3T1YK 1QZ5A 3SBGA 4PY5A 4B3OA 1H1VA 4WFBL 4U7BA 4QAGA 1IBKK 3THVA 2EHGA 2I7NA 1S9EA 2WONA 3EO3A 4B1UB 4CF9A 4DU1A 1T8EA 2IGIA 3R8EA 3QINA 2EWSA 3IMXA 4DFMA 2WUSA 4Z4EA 5AQOA 5HRSA 2ATQA 1JCFA 2GELA 4CIEA 4H0YB 2O8EB 5BR9A 4GKKK 4FJ9A 4WQ4C 1EX4A 4CZMA 2Q2RA 4RCHA 3JAMO 3SV4A 1EETA 3VF2A 1N6QA 2ITGA 3CQYA 1YAGA 2B6AA 5BN9A 2PYLA 2QEXN 2QKBA 1KVAA 4JRPA 4DF4A 2P1JA 3AO5A 3SK3A 3OS1A 1U04A 4J2AA 1ASVA 4BGAA 1Z26A 2E4LA 3LWMA 3ITHA 2CGJA 1X3MA 2OA8A 2HHQA 1EO1A 3AVJA 3CJ1A 3TAGA 3SI6A 1WNSA 4DMNA 1C1BA 5LMUK 3THXA 4KHNA 4O44A 5BRHA 4EHTA 4OKEA 2P51A 4JHDA 4LC9B 3O6WA 1QQMA 4YOXA 1FXXA 2NRVA 1JJ2M 3KZBA 3QIPA 1FKPA 2UXDK 3KTQA 3QIOA 2Z1JA 4JNEA 4DKWA 4DQSA 1JLQA 5M1FA 5M1NA 4JKCA 3VQDA 1HNVA 3THYB 2PAVA 4MFBA 2VQEK 3L6QA 4AH9A 4DQRA 4YORA 4K8XA 4B1YB 1HR0K 2OYQA 3VQ8A 4MLEA 1IV0A 3A2FA 3QNNA 1X9SA 2ZJPL 4E7KA 5ELZA 3V4IA 4R5PA 2GV9A 2O8EA 4FPAA 1EWQA 2IVNA 1U45A 2NNWA 2VGMA 4KI6A 4BG9A 4LF4K 4RTFD 2YNIA 2A1SA 1JCEA 3TTDA 1TAUA 3R3LA 2KW4A 2OZMA 3O8MA 4IDHA 4CD1A 2D1KA 4DU3A 2UUBK 3I33A 4PUOA 2QK9A 2HF3A 1TKDA 1OH5A 3SBTA 1JLGA 5HOOA 1VQ7N 4J8FA 1NKBA 1EKEA 2GUPA 3S9HA 2D0OA 3N4PA 2V7YA 1I3AA 2QTDA 4ICLA 4B1XB 3QESA 4ELTA 2P9PA 1X3NA 3KK2A 4B1VA 4FJKA 2FC0A 1U47A 3IFRA 3BUZB 3KKRA 3DJCA 4ISGA 2PFUA 1C6VA 3M3ZA 4KHWA 1OVQA 1QVFM 3AVLA 4DSFA 1NK5A 4O4GA 2PZSA 2GBZA 3MCAB 3AGKA 3FE1A 2D5RA 3AA2A 5EX5A 1XC3A 3WXMB 3HRGA 4GW6A 1NGCA 3H1QA 4DR6K 3MDQA 3NF6A 1VSDA 5TKYA 2HBJA 3C7NA 4DV3K 3O3HA 3BZKA 1RTHA 2VWKA 3CQXA 1Q18A 1G15A 4AHTA 3AVAA 1J6ZA 4OKKA 4CGDA 3OYLA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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