4BRLA

Legionella pneumophila ntpdase1 crystal form iii (closed) in complex with transition state mimic guanosine 5'-phosphovanadate
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
TNPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
total genus 120
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brlA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brlA02
1BO5O 3D2EA 3ATVA 2DPNA 1H1VA 1NGFA 3OHRA 3ZETA 3CERA 4FL9A 1RDWX 3VERA 2HOEA 3ZX2A 2HF4A 2QWOA 4XH5A 4BG9A 1QQNA 3KZBA 3VESA 3ENHA 3H3OB 4GNIA 2YHXA 3CI5A 3MN7A 4FOIA 3DXMA 4RWTA 2FXUA 4BR5A 3M3ZA 1KAZA 3MN9A 4H0XB 3CETA 1ATNA 3CIPA 4FOEA 4MLEA 4M7XA 4BRPA 4LC9B 1QZ5A 3L0QA 2GWJA 1MA9B 4KBOA 3BUZB 1NLVA 4NO7A 5TKYA 4A62A 2YJEA 2H3GX 4BREA 2ASMA 4BR2A 4H5RA 1NGHA 5AQJA 3CHWA 3U9ZA 2P9NA 3F9MA 4FPAA 4BRDA 4CD1A 2V7ZA 4HTLA 4BC4A 4RCHA 4CBUA 5AQMA 4PKGA 4QS8A 2FLOA 3RSEB 3WT0A 3IUCA 3CJ7A 1XC3A 1K8KB 2QM1A 3EKSA 3ATUA 4PKIA 4JNEA 1SQKA 5AFUH 5CE3A 3BP8A 2VYPA 4H03B 4CZMA 4F9OA 2CH6A 3C7NA 2OANA 1IG8A 4B1VA 4IJAA 3U4LA 2P9UA 1HPMA 4GY2B 4H0OA 4EIAA 1HUXA 1YXQA 3DXKB 3LM9A 4BR0A 2IVNA 2F9WA 4BGBA 3ENOA 1HKBA 5BPMA 3GL1A 1XUPO 4BRCA 4CBXA 2YI1A 5E84A 5JLHA 4EFHA 3A5OC 4I6MB 2A3ZA 4Y0WA 5AQFA 2PBDA 3A5NC 2V7YA 3FZLA 3FZMA 5KQ8A 4BVOA 3D7EO 4H0VB 5FPNA 4MLHA 4H5WA 5JLFA 2Q0UA 3LDOA 2NZTA 3FZKA 2A42A 1BOTO 3U9DA 3O08A 1X3MA 3LDLA 3UKUA 3LM2A 5JMVA 3CQYA 4WQ5C 4CZJA 3FZHA 1GLBG 5FPMA 2D0OA 3O6WA 1HLUA 3VGLA 2GEMA 1GLFO 1NGEA 2QWRA 3GOIA 3QMLA 3W3DA 3I8BA 3O1BA 1NGJA 3JS6A 4CI6A 2YHWA 1T6CA 1ZBSA 3GBTA 1E4GT 1JCEA 3EKUA 4B1WB 4CZHA 2IVPA 2ZGYA 5KPTA 3L6QA 1Q18A 2YJFA 4JHDB 2GUPA 2QWNA 1BDGA 5ELZA 1D4XA 2I7PA 4BRMA 3UB5A 4XH1A 4FWPA 2W41A 1HJOA 3RSEA 5BRDA 4PKHA 3FZFA 1ATRA 2P9PB 2P9SB 3HBTA 2J4RA 4JD2B 4WQ4C 3QBWA 3FGUA 4JN4A 3WQTA 4BRKA 1NWKA 4BR4A 2ZF5O 3EZWA 3VEZA 4BRQA 3CJCA 2E1ZA 3UE5A 1HKCA 1ZXOA 4QS9A 3DXKA 3CJ9A 1TYQB 3SMPA 4H0TB 5AQRA 3ULEA 4CZIA 1NGIA 4PL7A 3KHYA 1DKGD 4YDUC 3WEEB 4XH4A 3FLCO 5E26A 2E2NA 1LOTB 3SMSA 1QHAA 5FPDA 1HX1A 1SZ2A 4K41A 4M7YA 1JCGA 4FWSA 1IJJA 3VF4A 3ZEUB 5AQWA 1GLEG 2E1YA 3UKRB 3CJ1A 5AQVA 1YVNA 2Q0RA 1P8ZA 4CZLA 3WXJA 3TPQA 4IZ9A 2A40A 4BVPA 2UYTA 1QQMA 2QWQA 1KAYA 5AZJB 3VEWA 3LDNA 4JAXA 4H0YB 2KHOA 3LDQA 3LDPA 4E1JA 1YAGA 3WUHA 4DHYA 1BG3A 2ASOA 4BG8A 5FPEA 3VF2A 3O80A 2F9TA 2P9LB 3HM8A 4A2BA 1GLJO 3DAWA 5AQYA 2QW9A 4BC2A 5AQGA 4J8FA 3H6EA 1CZAN 3HI0A 1MDUB 2A41A 2BTFA 2QWMA 1Y64A 4FWQA 3HTVA 1JCFA 1WUAA 3R9PA 2Q1NA 2NLXA 3SK3A 3HZ6A 4XEIA 2QWLA 3O1WA 4K25A 1XQSC 1S22A 3AAPA 1TYQA 4MO4A 5I9EB 4CZEA 4PL8A 4BGAA 4DCHA 5LJWA 4A61A 1GLAG 4O8KA 4K42A 3VEXA 3P4IA 3R6MA 5AQKA 3ZX0A 5AQZA 2D0PA 1YUWA 3IFRA 1MWMA 2P9KB 4L3QA 3GG4A 2CH5A 4QS7A 3O8MA 1SAZA 2Q36A 2P9NB 1T6DA 3L4IA 3ZEUA 3VEYA 3IDHA 2WUSA 4BRFA 2CGKA 4CJ7A 1NBWA 4EAHD 4FO0A 1NGAA 3VEVA 1NGDA 1TUUA 2A5XA 2FF6A 3LL3A 2I7NA 3H1VX 4DB3A 4ISEA 4B1UB 3FR0A 1NMDA 5AQHA 1K8KA 3KVGA 2E88A 4BROA 3MMVA 3CJBA 2ITMA 3FFKB 3G25A 4FPBA 5JICA 3VETA 3D2FB 2Q97A 1X9JA 2AP1A 4ISGA 1RGIA 4BRHA 3QBXA 2ZGZA 4M63C 1QQOA 2CGLA 3A8YA 1Z05A 2E8AA 4FWMA 2W40A 4IO8A 3AARA 2GWKA 3I33A 5BPNA 5AQQA 4IJNA 2GELA 3ID8A 4I6MA 4WYBA 2IIRA 5AQUA 5F2RA 2GTDA 1U6ZA 5KPRA 3ZX3A 4O5FA 5BR9A 1TUYA 5BREA 3R8EA 3DWLA 3A5LC 4FWRA 4CD3A 2Q2RA 1V4TA 3EN9A 4FWNA 5BRFA 1RFQA 3J8AA 4CBWA 2EWSA 4AM7A 5AQTA 1U2VB 3EL2A 5EVZA 1NM1A 3UKUB 4CZKA 2P9IB 3BF1A 1GLLO 3BF3A 5EY4A 5AZIB 3TU5A 5AR0A 5BRHA 4BRNA 2QWPA 1C0GA 4WQ4A 3WXIA 4BQLA 1MWKA 3IMXA 4A2AA 4B1ZA 3QDKA 4CZGA 3BEXA 4Z94A 2E20A 3M6GA 5AFUA 4HWIA 2VCPA 2YCHA 1ATSA 1NGCA 5EX5A 2A6AA 2CGJA 5F1XA 1C0FA 4BRIA 3SJHA 4H5TA 2BUPA 4BQZA 2P9KA 4FWLA 2AA4A 4BRAA 3W0LA 1J6ZA 1DGKN 4EHTA 3JXUA 4JHDA 1BUPA 3HSCA 3WQUA 3O5BA 3QICA 4RTFD 4YDUA 2QXLA 3U8XA 2FSJA 4ISFA 1BA1A 2D1KA 1QZ6A 2P9PA 5AQOA 5AQSA 4BR7A 2ASPA 2P9SA 3D2EB 4JD2A 5EXWA 1X3NA 3MN5A 3C0BA 3D2FA 3MDQA 3ZETB 5AQPA 3VGKA 3A5MC 4BC3A 3VEOA 1R59O 1E4FT 5B8HA 2E2PA 1ESVA 2D4WA 2VWBA 1BWFO 4B9QA 4BRLA 4CZFA 3H45C 1ZC6A 2Q31A 3DXMB 4BR9A 1S3XA 3CJAA 4K43A 2E2OA 3B8AX 3MK6A 2IVOA 1DEJA 2HMPA 4BRGA 3ULEB 3DJCA 5BPLA 2FSNA 1BA0A 3QFUA 5AQNA 1NGBA 3VF6A 1KXPA 5F0XA 3WEEA 3AAQA 5AQLA 4DQ8A 1WOQA 3GDQA 2V51B 4AM6A 3EO3A 4EHUA 2YHYA 1NGGA 4C23A 5ADXA 5BN9A 1U2VA 4NB4A 4FWOA 2P9IA 3MCPA 1EQYA 3UKRA 2E2QA 3CQXA 3H1QA 5AZIA 3VOVA 3GE1A 3H3NO 3M1FA 3VENA 4MO5A 4H0PA 4B1XB 3WXLA 1GLDG 1T44A 3QB0A 3AY9A 5BN8A 2FSKA 4BC5A 4FSVA 2PAVA 3VPZA 5KPZA 1G99A 4IXCA 1V4SA 5AZJA 1HKGA 2NRHA 4H5VA 3VGMA 3MN6A 3C7NB 3H46O 1GLCG 4H5NA 5ADXH 5LY3A 5EOYA 5AQIA 1OKJA 2P9UB 3A0IX 3QFPA 1BU6O 4IWVA 4WQ5A 3S41A 3O4WA 3SLCA 1KAXA 1LCUA 2ZWHA 2P9LA 4B1YB 3FE1A 5AQXA 5LJVA 4FWKA 2V52B 5KQDA 2HF3A 2FF3B 1Z6RA 3WXKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BO5O 5C2FA 1J9AA 4KB0A 4KHPK 2B4JA 1NGFA 1BI4B 2G8WA 5C0YA 4XH5A 4BG9A 3KK2A 1RDDA 4A5AA 4DF4A 1X1PA 3VQEA 2QXFA 3MX5A 3ALYA 2FXUA 4BR5A 3M3ZA 1IKXA 5J2NA 5GIOA 4B9MA 1I39A 2IOCA 4YHHK 5IT9O 1TKDA 4MLEA 1U48A 4M7XA 2W6LA 4Q5VA 3BZKA 2GWJA 5C15A 1MA9B 4DR1K 1XMQK 2YJEA 4FJ5A 1QE1A 4J2EA 5AQJA 2X78A 3DLEA 3F9MA 3OYJA 4O0IA 1B9DA 4J2DA 4DV0K 1EXQA 4HUFA 1ASVA 1L5UA 3M8QA 3IKMA 4JKGB 4UY8O 1S1VA 4QS8A 3VQ4A 3OJUA 3TABA 3I55N 4JRQA 4RW7A 4XIUA 3RSEB 3NFAA 1NK5A 2HBMA 1XC3A 1LW2A 3THWB 3K5MA 4R5PA 4JNEA 1N33K 1SQKA 5AFUH 3EE8A 3RTVA 2ITGA 4F9OA 3MAQA 3K57A 1IG8A 3KLHA 1VQ7N 3U4LA 2P9UA 1HPMA 4H0OA 4DLEA 3DXKB 3LM9A 2F96A 3TTDA 1M90O 3GL1A 4BRCA 5T7BA 5E84A 2E6MA 2KZMA 4DV4K 2GX9A 1REVA 2LSNA 1CZBA 4H5WA 4KB1A 2Q0UA 4DG1A 4KPYA 3QETA 3SAHA 3U9DA 2EX3A 1ITGA 1I94K 1QSLA 3C6UA 3CQYA 5GAEP 1GLBG 3B6OA 3AVLA 4CEFA 3CF5L 4DF8A 1VQLN 1KLNA 1BISA 4CGDA 2GEMA 1GLFO 3NF7A 1T8EA 1Q82O 2QWRA 1NJYA 3HP9A 3GOIA 3QMLA 3SAGA 1NGJA 3JS6A 4DV5K 3GBTA 1T6CA 3EKUA 1JCEA 2GV9A 2HW3A 2KZZA 3E66A 4U67L 3HVTA 3NE6A 3CCJN 3QEWA 3L6QA 1Q18A 3HM9A 2GUPA 4IFYA 3TAMA 4E89A 4BWJA 2OYQA 2HNZA 4BRMA 2KFZA 3LZJA 4XH1A 3HP6A 1D9FA 3HK2A 3FZFA 5CZ2A 1JLQA 1VQMN 3HBTA 1C0TA 4FLXA 2RKIA 4CK2A 4GV6A 2Z1JA 1NK7A 4IDHA 3C65A 2YNHA 1F21A 1NWKA 4DV3K 3SV3A 2Z1HA 2ZF5O 3KWIA 3NVMA 4MDAA 4ILGB 4CJTA 1ZXOA 3KLEA 4RW6A 4C8MA 3CJ9A 4ILHA 3DRPA 1TYQB 1TKXA 4DMNA 3F2KA 5KRTA 4PA1A 4CZIA 1TGOA 4PL7A 1DKGD 3DI6A 4OGEA 4YDUC 4LFAK 1RDCA 3FLCO 5E26A 1VQNN 4YOWA 4YNQA 3I0RA 3E01A 1QHAA 4DTOA 4DUYK 4E0DA 1S5JA 1HX1A 5LMNK 1SZ2A 4M7YA 4DV7K 4N41A 2ZE2A 3VF4A 3AA4A 3UKRB 4LSNA 2KW4A 3ZYYX 1XWLA 2HBKA 2A40A 3TARA 2UYTA 2QWQA 3LDNA 1A5XA 2RE2A 2KHOA 3LDPA 4Z4EA 1UAXA 1Q9YA 4FM2A 3VF2A 4CGGA 2P9LB 1JXEA 3H08A 1QVGM 2FC0A 5AQYA 2ATQA 2QW9A 1U4BA 5AQGA 3L8BA 4J8FA 3C6TA 1VSMA 5JVGL 2BTFA 2QWMA 3HTVA 4N47A 3PO5A 4JI5K 2Q1NA 3AVBA 4CGJA 3NGZA 3AVGA 1HJRA 4E7KA 4K25A 5A2QO 3RMAA 3QNNA 4DQPA 4GVEA 1S22A 1KQSM 1U47A 4MO4A 3VA0A 1ASWA 3HXMA 4A61A 1NNEA 4O8KA 2HBLA 3VEXA 4HCCA 3ULDA 2PZSA 1EP4A 3C95A 1SKSA 1ASUA 2HHWA 2OPQA 1L3VA 4CJUA 4GVMA 2CH5A 4QS7A 5CY4A 1NJXA 4Z4IA 3OYNA 2Q36A 4KHYA 2WUSA 4BRFA 4JI8K 1TK5A 1FKPA 1NGAA 1VQ6N 3VQ8A 1FXXA 4CHYA 4FVMA 4B1UB 3FR0A 1BCMA 2E88A 4DU3A 3G6EN 1YJWN 4CJ5A 3V9ZA 1DT9A 1X9JA 3DOLA 4LFBK 4KREA 4BRHA 1N8RO 3QBXA 1IKYA 1Z05A 2E8AA 1NK4A 2O8BA 4FWMA 4Z4FA 5BPNA 3R3LA 5AQQA 1RCHA 4DV6K 4I6MA 4WYBA 3NAEA 4CW7B 2G8VA 1W97L 5HLFA 1D5AA 5KPRA 1TUYA 4C8OA 1V4TA 2XRIA 4BE0A 5BRFA 4IBNA 3WXMB 1P90A 5DM7L 2YNGA 3QEPA 5J2PA 4LF8K 1U2VB 4CK3A 1LAWA 1RTJA 5DK5A 1GLLO 2XY7A 5EY4A 5AZIB 5BR8K 3QLHA 4BRNA 4QCLA 4O5BA 3IMXA 2OTJN 3T7ZA 1TK0A 1RTHA 2E20A 4JI6K 3M6GA 2JGUA 4HWIA 4CHOA 5EX5A 3KK7A 2A6AA 4HCBA 1C0FA 1J5OA 2HNYA 4HHTA 4NCBA 4DFKA 1LWCA 4BRAA 1SV5A 2YKMA 4B9NA 3AVFA 1J6ZA 3L4QA 3MEGA 4U7BA 3NBPA 4EHTA 1WSIA 3DRRA 1CXUA 3JXUA 4JHDA 3QEVA 1R0AA 3EYZA 2R7YA 3O5BA 3AVJA 1Y97A 5FLXO 2NNWA 2WTUA 1YJ9N 4ISFA 1L3TA 1K73O 3D2EB 2P9SA 4DR7K 1VQ8N 3A2FA 3HPHA 1SKRA 3MDQA 3V9WA 1E4FT 1YTUA 1ESVA 5GAHP 4B9QA 1XHXA 4BRLA 3T1YK 5CR4A 5J2QA 1KRPA 3P83D 4K43A 5M1OA 2ZD1A 3DJCA 1BA0A 1VSLA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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