4BRMA

Sulfur sad phasing of the legionella pneumophila ntpdase1 - crystal form iii (closed) in complex with sulfate
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
molecule tags Hydrolase
source organism Legionella pneumophila
total genus 115
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brmA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brmA02
2P9LB 4PL8A 5FPNA 4QS7A 1HLUA 2FF3B 2GTDA 4BRQA 2IVPA 1MWKA 3FZMA 1ATRA 3O08A 4HTLA 2QWRA 3ID8A 3P4IA 4CD1A 1G99A 5AQRA 4H5TA 3MN6A 2P9KB 3VEXA 1D4XA 1QQMA 3U8XA 5AZJA 5AQNA 5KQDA 4BRLA 3H46O 2ASOA 2W41A 3ZETA 1GLBG 1WUAA 4O8KA 3CJ9A 1J6ZA 1ESVA 4KBOA 2HOEA 4BRKA 2A3ZA 4FL9A 3ENOA 1GLDG 3O5BA 3VETA 3GG4A 2VCPA 4PL7A 1C0FA 1ATSA 1BOTO 3AAQA 3QMLA 2E2QA 4PKIA 2GWJA 1Y64A 3SMPA 3VEYA 2YHWA 4BRHA 4M7XA 2P9LA 5BPLA 2A42A 5ADXH 3VF4A 4PKHA 1YVNA 4FWMA 1V4TA 3M1FA 3M6GA 3EKUA 1U6ZA 2YJEA 2I7PA 4H5WA 1EQYA 1SQKA 4CBXA 4JD2A 4JNEA 4H03B 5BN8A 2QM1A 3QFUA 1DEJA 3QDKA 3WUHA 2HF4A 1NGGA 5AFUA 5BRHA 4GY2B 3RSEA 2ZWHA 2A40A 2FLOA 5B8HA 5AQOA 3MCPA 1KAZA 1NM1A 3EO3A 3QICA 2NRHA 3KVGA 1ZBSA 3VEVA 5AQPA 4JHDB 2UYTA 1E4GT 3FZHA 1NGDA 4NB4A 2PAVA 3UB5A 3BP8A 3FZKA 2Q36A 3GE1A 4J8FA 4EAHD 2HMPA 4CD3A 3CIPA 3LL3A 3LM9A 1TUYA 3SMSA 3TU5A 3B8AX 3DWLA 3VENA 4BC2A 4FWSA 5JLFA 4B1XB 3CQXA 5EVZA 4DQ8A 2D0PA 2D1KA 1JCGA 4BRDA 2WUSA 2AA4A 2V52B 4BVPA 5AQYA 1BDGA 4CZEA 4K41A 3DXKB 3H1VX 5F2RA 3ATVA 1WOQA 4CJ7A 1BUPA 1IG8A 4BGAA 3CETA 5AQWA 4AM7A 1NGBA 3FGUA 2P9PB 3VEOA 4B1ZA 3A5LC 4GNIA 2I7NA 1QZ6A 1HPMA 3O1BA 3EL2A 3FZFA 2P9UA 3AARA 3C7NA 4WQ5C 3DXMB 3WT0A 1NGEA 3GL1A 4K25A 4JHDA 3UKRB 3ZX2A 4H0OA 1BA0A 4FWQA 4O5FA 2V7YA 1NGAA 3D2EB 1KAYA 5AQJA 3ZEUA 3CJBA 4M63C 4BR0A 4FOIA 3CI5A 5BR9A 4BVOA 4IJNA 3CERA 2IVNA 3IUCA 4Y0WA 4FWNA 3WEEB 2P9IA 3L0QA 5EX5A 1E4FT 2ZF5O 3VPZA 1TYQA 2GEMA 4XH1A 2E88A 4Z94A 1QQNA 1KXPA 3CJ7A 3R6MA 2Q1NA 3ATUA 1NGCA 2F9WA 1ZC6A 2YJFA 1GLAG 4CZLA 4DCHA 2P9PA 1DKGD 4BGBA 5AFUH 1HUXA 1MA9B 2A5XA 2FSNA 3DJCA 3L4IA 4FSVA 3U9DA 1K8KB 3GDQA 4BQZA 5AQLA 1YXQA 4IWVA 4BRPA 4EFHA 5AQZA 1MWMA 1LCUA 3UKRA 4BRCA 4B1VA 1P8ZA 4BC3A 3D2EA 4WQ4C 1YAGA 3TPQA 5FPMA 3VGKA 3HI0A 3FE1A 4H5RA 4K42A 2E8AA 3A5MC 1NGFA 4BR4A 2QWQA 2E2NA 3D2FB 3WEEA 3JS6A 3ENHA 3ULEB 5F0XA 4YDUC 1QZ5A 3WQTA 1SZ2A 1X3NA 1RFQA 3FR0A 4BR5A 2QWLA 4BC5A 1KAXA 1GLLO 3S41A 5AQVA 1R59O 5BRFA 4RTFD 3FFKB 4FWRA 4MO5A 1K8KA 3GOIA 5BRDA 2H3GX 2P9KA 1X3MA 2NZTA 3U4LA 1H1VA 4XH5A 4MLEA 4CZFA 1C0GA 1T44A 2ASMA 2A41A 5AQSA 2YHXA 3A5NC 3R8EA 5TKYA 2CH5A 4IZ9A 2YCHA 4CZJA 5I9EB 3O4WA 1QHAA 2ITMA 3D2FA 2VYPA 3FZLA 3ULEA 1HJOA 1T6CA 3FLCO 3F9MA 2P9SB 2ZGZA 5KQ8A 2P9NB 1YUWA 4CBUA 2BUPA 2ZGYA 3IMXA 4FWKA 3IDHA 2FSKA 4ISGA 4RCHA 5FPEA 3AY9A 4BRGA 2AP1A 3CHWA 3OHRA 2ASPA 3D7EO 3VEWA 5AQKA 2V7ZA 1RDWX 2Q97A 3LDLA 5AR0A 5EY4A 3CQYA 5FPDA 1GLCG 3MN5A 2FXUA 4HWIA 1NWKA 2D0OA 2QWPA 4CZMA 5JMVA 3L6QA 4IJAA 2IVOA 4M7YA 3VGMA 5ADXA 1DGKN 5AZIB 4FWPA 4H5VA 2P9SA 4L3QA 4BG8A 2P9NA 2Q0RA 2F9TA 3HTVA 5AQTA 1NGJA 4B9QA 3EKSA 5ELZA 3UE5A 1BU6O 3DXKA 4F9OA 3DAWA 2VWBA 1V4SA 1XQSC 2E20A 5BN9A 2PBDA 3GBTA 2Q2RA 3ZX0A 2Q0UA 5AQFA 4BRNA 4H0XB 3DXMA 5KPRA 4K43A 4FPBA 2HF3A 5E26A 3H1QA 3VEZA 3LDOA 1QQOA 3J8AA 3VF6A 4H0TB 4PKGA 2YHYA 3O1WA 3M3ZA 5AQXA 4CZIA 4NO7A 3HBTA 5AZIA 1T6DA 3A0IX 3IFRA 1LOTB 1HKGA 1OKJA 1U2VB 4FO0A 2QWOA 5AQMA 3JXUA 4JD2B 2GELA 4WQ5A 1NGIA 2E2PA 5BREA 1GLFO 1RGIA 3QFPA 4H0PA 2NLXA 3CJ1A 1Q18A 4H0YB 3SK3A 1NLVA 3VF2A 4BR9A 2W40A 5EOYA 1MDUB 2CH6A 3I8BA 3MDQA 3RSEB 1ZXOA 4BR7A 4ISEA 2D4WA 1ATNA 3VERA 5CE3A 5AQUA 3EZWA 4B1WB 1CZAN 1Z05A 5F1XA 3VOVA 4IXCA 4BRMA 3HZ6A 4WYBA 2QW9A 2J4RA 3CJCA 4MLHA 3R9PA 4FPAA 3QB0A 4JN4A 4BG9A 4H0VB 4BR2A 4CZHA 1HX1A 1BO5O 4BRFA 4E1JA 3G25A 3W3DA 1HKCA 4BC4A 2KHOA 4FWLA 4B1UB 3O6WA 2E1ZA 3AAPA 1U2VA 1JCFA 1BG3A 4FWOA 3VGLA 4A61A 5EXWA 3UKUB 3I33A 3LDPA 3WXJA 5BPMA 4BRAA 4EHUA 2CGKA 4ISFA 2YI1A 3SLCA 4CI6A 5AQHA 2QWNA 3WXKA 2E2OA 4LC9B 3H3OB 5LJVA 4RWTA 1XC3A 4DHYA 2P9UB 3C7NB 1SAZA 2DPNA 4WQ4A 3WXIA 5JLHA 3HM8A 3C0BA 4IO8A 5E84A 2CGLA 4FOEA 3LM2A 5KPZA 3H6EA 3MMVA 1BA1A 4A2AA 5AQQA 4YDUA 1JCEA 1GLEG 3ZEUB 3VESA 3A8YA 3EN9A 5AQGA 1X9JA 3KZBA 4A62A 3WQUA 3BF3A 3O8MA 4I6MB 2Q31A 3LDNA 2P9IB 1GLJO 5AQIA 2FF6A 1TYQB 1Z6RA 5BPNA 4EHTA 3BUZB 3WXLA 3UKUA 3SJHA 3ZX3A 2CGJA 4H5NA 2IIRA 1HKBA 3CJAA 4BQLA 3MN7A 4BROA 1IJJA 2QXLA 1S22A 3MK6A 3H3NO 3W0LA 3QBWA 4AM6A 5LJWA 3H45C 3QBXA 4DB3A 4XH4A 4C23A 2A6AA 1NGHA 3LDQA 3U9ZA 5LY3A 1S3XA 2EWSA 2GWKA 3HSCA 4QS9A 1NMDA 5AZJB 4QS8A 5KPTA 1NBWA 4BRIA 2V51B 3MN9A 4B1YB 3A5OC 1BWFO 3ZETB 1TUUA 3O80A 4A2BA 3KHYA 3BEXA 4XEIA 2QWMA 2FSJA 2E1YA 4JAXA 4CZGA 4I6MA 3BF1A 4BREA 4EIAA 2OANA 2GUPA 4CBWA 4CZKA 1XUPO 2BTFA 5JICA 4MO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QS7A 4LF5K 1HNZK 2RKIA 3ZT0A 3P4IA 1G99A 5AQRA 4DR4K 3V1OA 2E4LA 3UIQA 5AZJA 1FK9A 4F3OA 2UUBK 3BY5A 4JI7K 2PYJA 3MXMA 4ZHRA 4G1QA 1W9HA 3V81A 2ASOA 2X78A 3ZT3A 4CJSA 4XIUA 4O8KA 1J6ZA 4KHYA 2O8CA 2O8BA 4H4OA 4BRKA 1QVFM 5DK5A 4FL9A 3TARA 5GIOA 3OBYA 3O5BA 3ID6A 3VQ6A 3AVJA 3QNOA 4CHZA 4PL7A 1BOTO 1ASWA 3VEYA 4DTPA 3THWA 3TSPA 1L3VA 5HBMA 4FZZA 2P9LA 4OGEA 4NCGA 4FM1A 1VQKN 3THXA 3I0SA 1D9DA 3VA0A 4H5WA 4G9ZA 4JD2A 3MAQA 1DEJA 4EP4A 1ZBFA 3QDKA 4IFYA 3L4QA 5BRHA 4GY2B 3RSEA 2WTUA 4IFEA 4LSNA 2Q3SA 3OYGA 1KAZA 3HYFA 3L2UA 4LH4A 1HR0K 4IO9L 1EO1A 2PAVA 3GE1A 3V9SA 2FBVA 2HMPA 4CD3A 4C8LA 3TU5A 5EVZA 3C95A 2V52B 1WN7A 1BDGA 1Q86O 1YJWN 3DXKB 5IT9O 1VSIA 4CJ7A 2G8KA 4BGAA 1R0AA 3CETA 5AQWA 1VQPN 2HBMA 2HHVA 1EX4A 2G8VA 2QKBA 1SV5A 4BDZA 1B9DA 3AA5X 3QIOA 4JK7A 2I7NA 4NLCA 1HPMA 3EEQA 3O1BA 3AGRA 4OO1J 3T7ZA 3NH2A 4C8MA 4DTSA 3WT0A 4AHUA 1NGEA 4K25A 2UUAK 4BDPA 4H0OA 1HQEA 3KTQA 1NGAA 5AQJA 4M3XA 4FOIA 3HP9A 4CW7B 4BVOA 2IVNA 4CGGA 3WEEB 2QI2A 5EX5A 2KZZA 2IOCA 3CCUN 2G8WA 3PY8A 3AVFA 4Q0BA 3RMDA 1X9SA 2F9WA 4RG8A 3CPWM 1YHQN 2YJFA 2P5GA 2G8HA 1DKGD 5AFUH 3VQ5A 1MA9B 2A5XA 1QHTA 2YNFA 4FSVA 3U9DA 4BQZA 4Z4HA 4BRPA 3EZ5A 3T3FA 3P1GA 1VQ5N 3UKRA 4YY3K 4N5SA 3C94A 3OYIA 4BRCA 3J81O 4CF9A 4IDHA 3L3VA 3E9OA 2WBNA 3D2EA 4WQ4C 4KTQA 5FPMA 3VGKA 2YNHA 4JS5A 3DLLL 3FE1A 4M3ZA 1SKRA 2G8IA 4MDAA 4YDUC 1SZ2A 3AVHA 4DMNA 2QWLA 2E6MA 4IOXA 4BC5A 1EXQA 4FLWA 5C2FA 5AQVA 4E7IA 1SKSA 1Z26A 4FW1A 4ILJA 1OVYA 3CMAN 4FWRA 5BRDA 2H3GX 1X3MA 5HROA 3ZSVA 1RTDA 1H1VA 1JKHA 5C15A 3K2PA 3JYTA 1WB9A 1S6QA 1VSMA 5A2QO 4O0IA 4CERA 4E7HA 4O0JA 3O3HA 4OX9K 2YCHA 4DSKA 4IOAL 2ITMA 4KV8A 3D2FA 4FLUA 3T69A 3ULEA 1T6CA 3OYFA 4ICLA 1IH7A 2F8SA 2P9SB 4LD0A 3TSUA 1KLNA 3N4QA 2PYLA 3IMXA 1QS4A 4YFUA 1S9GA 4ISGA 3QEIA 4PHTX 1I39A 2AP1A 4DFJA 3OYAA 5GADP 3CC4N 1VRTA 4FJNA 3F2KA 3BGRA 5AQKA 2B5JA 3RMAA 4JRPA 4AHCA 3RTVA 5EY4A 1QQCA 4AHVA 5FPDA 1HYZA 1KFSA 3KD1E 4HWIA 1ZBIA 4DSIA 3OYKA 3SUOA 1FKOA 4FLZA 4X64K 3PLAA 3J7ZO 4ID5A 3TAEA 4CECA 2IVOA 3LALA 3ZT4A 4BG8A 3LANA 2Q0RA 2HHUA 3HTVA 5AQTA 3PSFA 1NGJA 3HJFA 4B9QA 3NF9A 1KFDA 3UE5A 4X62K 3DXKA 1KQSM 3PO5A 1ILYA 3ZX0A 1C0MA 1KSPA 2Q0UA 3TANA 4CJWA 3SUPA 1FW6A 4K43A 1VAZA 2Y1IA 1QSLA 3OYBA 3VEZA 1WNSA 3CCQN 1N5YA 4MDBA 1RTIA 1TVRA 5BR8K 5AQXA 3M3ZA 3CQ8A 4NO7A 5JS1A 3SBGA 1N34K 5CR4A 3LP0A 4M3TA 1HKGA 3CXCM 4QCLA 1U2VB 4FO0A 1L3SA 4NCAA 2GELA 1NK4A 4DFKA 3ISNC 1QSYA 1IBMK 3VF2A 3SK3A 2FC0A 2NLXA 4BR9A 4DU3A 1BL3A 3TWHA 4CF0A 1WSGA 3MEEA 4F3TA 1HNVA 5CZ2A 3EZWA 3AO4A 3VQBA 3QEWA 3LP1A 3NVMA 2ZE2A 3TTCA 2QW9A 2J4RA 3CJCA 2RF2A 4MLHA 4M3UA 4FPAA 3MX5A 3K58A 1XI1A 3HO1A 1BIUA 1HKCA 4BC4A 2KHOA 3HSTB 3ZSYA 3AAPA 1JCFA 1BG3A 4DV5K 3CMEN 4WFNL 3UKUB 3LDPA 2OPQA 1T7PA 5BPMA 1JLFA 4BRAA 3PIOL 1IG9A 2CGKA 4ISFA 3THYA 2RN2A 2WFBA 4JV5K 4LY7A 1HYVA 4LC9B 4RWTA 4LF7K 2P9UB 2DPNA 1U4BA 2NRZA 4LF8K 5JLHA 3TR8A 3SV3A 1OH7A 3HM8A 3KLFA 5E84A 5HOOA 4KAZA 2HVHA 3M8PA 3AVMA 3SNNA 5I42A 4FYDA 5KPZA 4OPKA 2GV9A 3DLEA 1RDUA 4C1NI 2O4IA 1GOCA 5AQGA 3K5MA 2XY8A 3WQUA 3BF3A 4DQQA 4CFDA 2P9IB 4Y1DA 3VMFB 2UUCK 4KHPK 1X9MA 1B92A 4IBNA 1S6PA 4CESA 4LF6K 4E89A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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