4BRMA

Sulfur sad phasing of the legionella pneumophila ntpdase1 - crystal form iii (closed) in complex with sulfate
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
source organism Legionella pneumophila
total genus 115
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brmA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brmA02
3A5OC 2V52B 1E4GT 4B1YB 4BC5A 2Q31A 2BTFA 4L3QA 3A5NC 1JCEA 2CGKA 2HMPA 2E1YA 2P9PA 4JD2A 5AQOA 3IDHA 5BPNA 3MN7A 1K8KA 2FF6A 3MK6A 4WQ5A 2GUPA 4CZGA 3MMVA 5AZJA 4MLHA 3H1QA 4O8KA 4DB3A 2NZTA 4JN4A 2IIRA 2P9UB 4FWSA 4FWLA 2YJEA 2F9WA 4H5VA 1BOTO 3VEVA 1SAZA 2FSNA 5LY3A 3LDNA 5KQDA 2A3ZA 2E2QA 2NRHA 4BRQA 3JS6A 5BRDA 2YCHA 2WUSA 1OKJA 2D0OA 1GLCG 3IMXA 5FPNA 4BRCA 1YAGA 4WYBA 2YHXA 1RFQA 3CQYA 3D2FA 4K43A 5AQXA 2GTDA 3I33A 4NO7A 1HJOA 5JLHA 2YJFA 5JLFA 1GLDG 3WUHA 3DAWA 3O80A 4B1ZA 2P9IB 4BQLA 4BRHA 2CH5A 1C0GA 4BRGA 5BRHA 4B1XB 2P9KB 2P9SB 4BR2A 1GLAG 3ATUA 2A6AA 5AQTA 3SK3A 1NLVA 5ELZA 5KPRA 4IXCA 3B8AX 1YUWA 3VEYA 1HKGA 3WEEA 1TYQB 4O5FA 1X9JA 2E20A 3MDQA 5AQNA 5AR0A 1HUXA 5EVZA 1BO5O 3HSCA 4LC9B 1NGBA 3AY9A 2FSJA 5AQLA 4BC3A 1V4SA 2D4WA 2E2OA 3C7NB 1NBWA 3O1WA 3VF2A 2QXLA 4QS8A 5KPTA 4CZEA 3G25A 4BRFA 3O1BA 2E1ZA 1GLLO 2YI1A 3AAQA 2P9NB 3FLCO 5AQHA 3SMSA 2P9IA 4BVOA 1NGCA 4H5WA 3QBWA 4K41A 4I6MA 4FOEA 2IVNA 1U2VB 1RDWX 2P9KA 2P9SA 3CIPA 4HWIA 4FWPA 4BRDA 4H5RA 4FL9A 4IZ9A 2CGLA 3O08A 4GNIA 2ITMA 1WOQA 1NGGA 3R6MA 2Q2RA 3DJCA 5LJWA 1TYQA 1ATNA 3CI5A 3FR0A 3QFPA 3QICA 1BG3A 4BREA 1BUPA 1KAXA 5EX5A 2IVPA 2GWKA 1ZXOA 3ENHA 5AQUA 5AZIB 3M3ZA 3M1FA 4A2AA 4DHYA 3VOVA 3CJ9A 3EL2A 3QB0A 4BR7A 1ATSA 3ATVA 3A5LC 5BRFA 5AQYA 5AQZA 1X3MA 4BR5A 1BA0A 3O6WA 5BPMA 4CZIA 3JXUA 3FZLA 4FOIA 2VCPA 5I9EB 4B1VA 3EZWA 4CBWA 3D7EO 4RCHA 1U2VA 3H1VX 4M7YA 5EY4A 4XEIA 2A5XA 4H0XB 1GLFO 4ISGA 5FPDA 5FPMA 3ULEB 1HLUA 3FGUA 4BRAA 3C0BA 3TU5A 3EKSA 3H3NO 2I7NA 2V51B 3S41A 4E1JA 5AQGA 3SLCA 1MWMA 5AZIA 4Y0WA 3H3OB 3A8YA 2FF3B 3UKRB 2AP1A 3ZX3A 4AM7A 1BU6O 3IFRA 4BGAA 4DCHA 4CBUA 2E2NA 3VGMA 2UYTA 1BA1A 3RSEB 1KXPA 4QS7A 4A2BA 1BDGA 1XC3A 4ISFA 3W0LA 3H6EA 5F2RA 1MDUB 2V7YA 2YHWA 4FWNA 4BRKA 4CD1A 5F1XA 3WQTA 3TPQA 4BRNA 5FPEA 3EKUA 1V4TA 1DGKN 4FPAA 3LDOA 4BRMA 2D1KA 3SJHA 3MN6A 5EOYA 4FPBA 4EIAA 3ULEA 1BWFO 4JAXA 4XH1A 4H0PA 3O8MA 4BC2A 3ZX2A 4RWTA 1TUYA 5BN8A 3L6QA 1NGAA 1D4XA 5TKYA 2P9UA 2QWMA 4PKIA 1GLEG 3MCPA 5AQJA 3UKRA 4F9OA 3GL1A 3VEWA 3W3DA 1LCUA 4KBOA 2GELA 4FWRA 1ESVA 4H0OA 3VGLA 2HF4A 4BQZA 3LM2A 3VESA 5JICA 3EO3A 3RSEA 5EXWA 4H03B 3VERA 3WXJA 3CETA 1YVNA 5JMVA 4FWOA 2ZGYA 2J4RA 4EHUA 2DPNA 5E26A 3QDKA 4PL8A 2W41A 3QFUA 4QS9A 5E84A 4B1UB 4CZJA 2OANA 3IUCA 3CJBA 1R59O 4YDUC 5KQ8A 2VWBA 4H5TA 4CZKA 1H1VA 3UB5A 2QW9A 5ADXH 2H3GX 3LDLA 4B9QA 1Z6RA 3HBTA 3UKUB 4BR9A 2FLOA 5BN9A 1GLJO 3H45C 3EN9A 2E2PA 1T44A 2ZF5O 1S22A 3ZETB 3O4WA 2QWOA 3WXIA 4ISEA 4DQ8A 4CZFA 4CD3A 4MO4A 4CZMA 3KZBA 1QQOA 1NWKA 2Q1NA 4BROA 1TUUA 2Q36A 3ZEUB 1GLBG 3C7NA 3P4IA 4WQ4C 2ASOA 5AQMA 3VEZA 1MA9B 4MLEA 4RTFD 2NLXA 3BUZB 3AARA 4FWMA 2P9PB 4PL7A 1JCGA 2QWPA 1P8ZA 2P9NA 3CQXA 1E4FT 1K8KB 5AFUH 4EFHA 1C0FA 1DEJA 5AZJB 3GBTA 4BR4A 4CBXA 1NGJA 1NGEA 1G99A 3L0QA 1XQSC 4FWKA 1T6CA 1ATRA 1QZ6A 3VF6A 3HI0A 4WQ5C 1WUAA 3LDQA 1NGDA 2QWQA 3BP8A 4FSVA 3UE5A 2Q0RA 1NGIA 1KAZA 4BVPA 3WXKA 3ZETA 4K42A 1S3XA 5CE3A 3OHRA 2ZGZA 3GE1A 3HTVA 2VYPA 3MN5A 4PKHA 3VF4A 4HTLA 2QM1A 1X3NA 3CJCA 3WXLA 3ZEUA 3BF3A 2CH6A 3ENOA 2Q97A 3FZMA 1XUPO 2HF3A 4FWQA 4B1WB 2I7PA 3R8EA 5BREA 3R9PA 1Z05A 3LDPA 4AM6A 3SMPA 3O5BA 3ID8A 4PKGA 2PAVA 4CZLA 4H5NA 3FZFA 4BC4A 3FZHA 5AQRA 4K25A 3KHYA 3WEEB 3VETA 3A5MC 4M63C 3DWLA 2A41A 3VEXA 1T6DA 2A42A 1CZAN 3GG4A 1ZBSA 3FE1A 3KVGA 4BG9A 3HZ6A 3BF1A 5ADXA 3BEXA 4H0VB 2AA4A 1RGIA 3VEOA 3WQUA 4BR0A 1HX1A 5LJVA 4M7XA 3QMLA 2D0PA 3U4LA 5AQWA 2QWLA 3GDQA 2CGJA 2PBDA 4BRPA 1SQKA 2QWNA 4MO5A 3CJAA 5BR9A 4CJ7A 3VPZA 5KPZA 5B8HA 4I6MB 2GWJA 3VENA 2F9TA 3FFKB 4J8FA 3U8XA 4A62A 2Q0UA 4XH4A 4JNEA 2FSKA 2HOEA 3QBXA 1HPMA 2KHOA 1QQNA 5AQQA 1JCFA 1DKGD 5AFUA 2E88A 4JHDB 4C23A 4CZHA 4IO8A 3M6GA 5AQSA 3GOIA 3CJ7A 4GY2B 1NGFA 3J8AA 5F0XA 5AQPA 3DXMB 4A61A 4IWVA 4BRLA 2GEMA 2QWRA 3HM8A 3LM9A 4H0TB 3U9ZA 5BPLA 2W40A 4CI6A 4BGBA 4EAHD 3CJ1A 4IJNA 2P9LB 3DXKB 1Q18A 4EHTA 1YXQA 1U6ZA 2V7ZA 3AAPA 3D2EB 3VGKA 3WT0A 3MN9A 3A0IX 3ZX0A 2YHYA 4BG8A 4IJAA 1Y64A 2ZWHA 1EQYA 4NB4A 4YDUA 1J6ZA 2EWSA 4JD2B 1IG8A 5AQVA 4H0YB 2E8AA 3H46O 3U9DA 4JHDA 1QHAA 1QZ5A 1LOTB 2FXUA 1HKBA 2A40A 2ASMA 1NMDA 3CHWA 3LL3A 5AQKA 1KAYA 4BRIA 1NM1A 3CERA 3DXMA 2BUPA 1NGHA 3UKUA 1ZC6A 4XH5A 3L4IA 4WQ4A 1MWKA 4Z94A 4FO0A 2IVOA 2ASPA 2P9LA 3DXKA 3FZKA 1SZ2A 1HKCA 3D2EA 3D2FB 3F9MA 5AQFA 1IJJA 1QQMA 5AQIA 3I8BA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CIEA 3D45A 4BE2A 4CFAA 3PO4A 4DSKA 3C6AA 2VWJA 4JD2A 5BPNA 3IS9A 4IFEA 4H8KA 3CPWM 4C1NI 1KFDA 4O5BA 3CCUN 1XC9A 2GUPA 4OJRA 3PX0A 4DV0K 4CHNA 4ILGB 3H1QA 4MLHA 4HTUA 2NZTA 4JN4A 2P9UB 4FWSA 1BOTO 4RW4A 1SAZA 3QIPA 1K6YA 5HRPA 5M1NA 3JS6A 1OH5A 2WUSA 1OKJA 3I0SA 1GLCG 1YAGA 3BY5A 3OBWA 3CMEN 1LV5A 1RFQA 3CQYA 5AQXA 5HROA 1T7PA 1BCMA 2GTDA 2ITGA 4JI3K 4FJMA 2YJFA 3AA5X 1EXQA 3O80A 2D0BA 4BQLA 4DR6K 1J53A 4LY7A 4BRHA 1XHZA 1C0GA 4JS5A 5GINA 4B1XB 4BR2A 3OYDA 1DTQA 4B9NA 3ATUA 3KKRA 4B9VA 4B9SA 2OPSA 5KPRA 5GAHP 3CPEA 2O8EB 3WEEA 1X9JA 4C8LA 1HRHA 1BO5O 1BHLA 3O9TA 5AQLA 1NJYA 3AVAA 2D4WA 3C7NB 2E2OA 3SV4A 2GBZA 2FBYA 5KPTA 3SUOA 1DLOA 3G25A 2OZSA 3N4QA 2P9NB 2PYLA 5DM7L 1TGOA 3G71N 1A5XA 4I6MA 4MFBA 3ZSVA 1YIJN 1U2VB 2P9KA 3CIPA 1RDAA 4BRDA 3F73A 4FL9A 2CGLA 4EP4A 2A1SA 4WFAL 4KO0A 4FJ8A 4KFBA 3THXA 1KCFA 3DJCA 3LAMA 3LPTA 1ATNA 4FJHA 1RILA 3FR0A 3NF6A 3QFPA 1UWBA 1BG3A 1W97L 4BREA 1BUPA 1L3SA 5EX5A 3TAFA 1RTDA 1WSIA 2B5JA 3ENHA 5AZIB 2F8SA 2G8VA 1VQLN 3PLAA 3DLEA 4KKOA 2G8FA 4CJVA 2Y1JA 1SS6A 3D6RA 3TABA 5BRFA 4WFNL 5AQZA 2OPRA 1K73O 2UU9K 4CZIA 2XY7A 3DI6A 1WSEA 3JSMA 4DF4A 4G9ZA 3EZWA 2DFEA 3LP3A 4K0KK 1S1TA 3CCEN 5SZTA 3H1VX 2W6KA 5EY4A 4XEIA 4H0XB 2YKMA 4ISGA 1KC8O 4BRAA 1F21A 3TI0A 3I55N 2P5OA 4CF1A 3S41A 2XY8A 5HRNA 2XY5A 3ZX3A 4A57A 1NK8A 2ZQBA 4OLBA 4DCHA 4OKJA 3SYZA 1VRTA 1BA1A 1J5OA 1S5JA 1BI4A 1RBUA 3H6EA 2UUAK 1XNQK 1MDUB 3R3LA 4CD1A 4BRNA 5FPEA 2R7YA 1C1AA 1DGKN 3LDOA 4FM2A 2D1KA 5M1FA 3ULDA 5EOYA 3V4IA 2WOMA 2O8CB 4RWTA 1Y97A 3HSTB 5BN8A 3HJFA 4E19A 1D4XA 3IG1A 3V9ZA 1TK5A 3UKRA 4Z4EA 1JLGA 3W3DA 3AVGA 2XY6A 2IC3A 1ZBIA 2HF4A 3VESA 4HUFA 3TTDA 1NKBA 3RSEA 1LWCA 3WXJA 3P31A 3Q7CA 4DQRA 1KRPA 2J4RA 4K8ZA 3K5NA 3F5TA 1FKPA 3HO1A 4EHUA 4FK0A 4GKKK 5E26A 4WFBL 3QDKA 2W41A 3P39A 4B1UB 1TKXA 3IUCA 4YDUC 5KQ8A 1VQMN 4CZKA 1H1VA 2YHAA 4YNQA 3UB5A 1D9FA 2QW9A 3CQ8A 2UXDK 1IBLK 4GVEA 1IV0A 4B9QA 4BE1A 1Z6RA 1RDDA 3P38A 1NJWA 2HNYA 3H45C 1YJ9N 3EN9A 2E2PA 1QTMA 1KFSA 3ZSQA 3O4WA 4DQ8A 4M3XA 4CZMA 2UXBK 4BROA 3ZEUB 4WQ4C 3P4IA 3QEWA 2ASOA 4CIFA 4W5RA 1J5EK 3ALYA 4FJXA 3AARA 1KVAA 4FJ7A 2P9PB 1JCGA 2QWPA 4IFVA 1E4FT 3KK7A 3O9SA 3FFIA 2P1JA 1DEJA 5AZJB 3GBTA 1HYSA 2HBMA 4CBXA 1YTUA 1G99A 4FWKA 3VQDA 4DR2K 1OH6A 3THVA 5JS2A 3HI0A 4WQ5C 3J7AP 1NGDA 3AVKA 1JL2A 4CERA 3AVBA 2UXCK 1B9DA 3WXKA 2P51A 4KI4A 5MLCQ 3NF7A 2ZGZA 1WSJA 1R0AA 1NK7A 3G0ZA 3VF4A 2QM1A 1C6VA 3CJCA 1KLMA 1NK6A 5JVGL 3BF3A 5KGWA 3ENOA 4B3RK 2QI2A 3OVNA 1UAXA 4JLHA 4CEZA 4DSIA 3H08A 4CK1A 3OBYA 4OPHA 4DTSA 3ZT1A 4C8MA 4KH5A 3CYMA 4OKEA 1IH7A 2HMIA 3A5MC 3CC4N 4HUGA 4M63C 2HHUA 2FBXA 1O13A 4Q0BA 4B3SK 3KLEA 2A42A 4KB0A 3GG4A 4BG9A 4O0JA 3HZ6A 3P83D 4H0VB 3BEXA 3MWTA 5ADXA 2AA4A 3AV9A 3MEGA 2IAJA 2Q3SA 3KWGA 3QEXA 3MWPA 4J2DA 3AA3A 3TSPA 5DK5A 3U4LA 1A5VA 4KH6A 4NXNK 2CGJA 2PBDA 1LWEA 5BR9A 3L8BA 5B8HA 3OS0A 4K8XA 2HHTA 4BDZA 4J8FA 3C94A 2F96A 3VQCA 4BY9C 2FSKA 4KHQA 2XHBA 3PIOL 5AQQA 1JCFA 1HNZK 4HCBA 5E41A 4ELTA 3OYAA 4CZHA 3LP1A 3RRGA 1BISA 4OKKA 4JRPA 4CEOA 4FZZA 3CJ7A 3MX5A 3C6HA 1NGFA 4IWVA 2GEMA 3LM9A 1FJGK 2YNGA 3U9ZA 3OTOK 4CHOA 4CI6A 2G8HA 3CCRN 3J80O 4RW7A 4CGFA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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