4BRMA

Sulfur sad phasing of the legionella pneumophila ntpdase1 - crystal form iii (closed) in complex with sulfate
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
359
structure length
359
Chain Sequence
b'NPCEKHSCIAVIDAGSTGSRLHIYSYDTDDTNTPIHIEEIWNKKIKPGFASIQPNSVTIDAYLTMLLADAPIHNIPVYFYATAGMRLLPQSQQKKYYDELDYWFRQQSQWQLVEAKTITGNDEALFDWLAVNYKLDTLKSVQNKSVGVMDMGGASVQIVFPMPKNAEISKHNQVELNIYGQNINLYVHSFLGLGQTEMSHQFLNSPSCFANDYPLPDGESGQGNAPSCKEEVTSLMNSVHKVNQQIQPLLALNPVNEWYSIGGISNLASSQLFHFENSELTNQSLLQQGDNQICHQQWDILNGQYPDDEYLYQYCLLSSYYYALMVDGYGINPNQTIHYIPPEQNLDWTIGVVLHRALE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic Snapshots Along the Reaction Pathway of Nucleoside Triphosphate Diphosphohydrolases
pubmed doi rcsb
molecule keywords ECTONUCLEOSIDE TRIPHOSPHATE DIPHOSPHOHYDROLASE I
source organism Legionella pneumophila
molecule tags Hydrolase
total genus 115
structure length 359
sequence length 359
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.6.1.5: Apyrase.
pdb deposition date 2013-06-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01150 GDA1_CD39 GDA1/CD39 (nucleoside phosphatase) family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 4brmA01
3.30.420.150 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Exopolyphosphatase. Domain 2 4brmA02
4AM7A 4C23A 1GLJO 3WQUA 5B8HA 4H0PA 3ENHA 2D0OA 5EVZA 5ADXA 3CHWA 4CD1A 2I7NA 2YHWA 4EAHD 3GL1A 4EIAA 2E20A 4HTLA 4I6MA 1Z6RA 3HM8A 4JNEA 5F1XA 3BEXA 1XC3A 4QS9A 3KZBA 5FPEA 2E2OA 2Q31A 4FSVA 1S22A 4WQ5A 3MCPA 3C0BA 5AQRA 2D1KA 3SMSA 3DXKB 4FWPA 4Z94A 4ISEA 1QQNA 4BREA 3WXJA 3MN7A 2ASMA 4H0TB 1SZ2A 4BR2A 3VENA 2P9SA 4PKHA 1KAXA 4DHYA 3O1BA 1ATRA 5AQVA 2I7PA 3VF6A 3GG4A 3FE1A 4BRMA 3D7EO 3RSEB 4FWLA 3U8XA 2FSNA 4CZEA 4BRIA 5KPRA 2GELA 1BO5O 1ZC6A 4MO5A 4BC3A 1NGEA 4BRCA 5AR0A 3LDLA 2W40A 2FSKA 1NGFA 5AQIA 3CQYA 4JHDA 4M7YA 1RDWX 1QQMA 3O8MA 3A5MC 4H5WA 3FZFA 3SJHA 4CZGA 3HBTA 4FWSA 3R6MA 3CI5A 3M1FA 3FLCO 5AZJA 3AAQA 3UKUB 2CH5A 1NWKA 2NZTA 5BRFA 1BDGA 3GDQA 2E88A 1CZAN 1OKJA 5F0XA 4BR9A 1TUUA 1GLCG 2P9IA 4WYBA 3WEEA 1NLVA 4YDUC 3GE1A 5KQDA 4FPAA 4F9OA 4CZFA 3IFRA 1GLEG 5AZIA 4XH5A 5AQJA 3LM2A 4RTFD 1ATSA 1MA9B 3CJ7A 4XH1A 4RCHA 3B8AX 2ZF5O 3ULEA 3EKUA 3IUCA 4CBWA 4JN4A 4BR4A 4I6MB 4RWTA 5EOYA 3CJ9A 2FSJA 4CZKA 4CZIA 2CGKA 4CZHA 4FWKA 3CJ1A 2P9UA 5AQSA 4B1WB 1KAYA 5AQHA 2F9WA 2YJEA 1LOTB 3VEYA 3D2EB 1NGHA 3JXUA 1JCGA 5AFUA 2J4RA 2P9KA 3L6QA 5I9EB 3QBXA 2V7YA 2P9SB 1XQSC 5EX5A 2QM1A 4BC2A 5LJVA 2PBDA 3G25A 3VF4A 4BRKA 4K25A 4PL8A 3P4IA 2V7ZA 4BVPA 2YI1A 3KHYA 1QQOA 3DJCA 2IIRA 4MO4A 2V52B 4BRQA 3O08A 5BPMA 3CJCA 2QWNA 1DKGD 1NGDA 3ATVA 4JHDB 5AQLA 4PL7A 3EN9A 5BRDA 2BTFA 3O5BA 5F2RA 3QFUA 4BRLA 5AQZA 1NGJA 2ASOA 3ZX3A 1YVNA 3H3OB 3VPZA 4CBXA 2A3ZA 4KBOA 3MDQA 3AAPA 4XEIA 4IJNA 5AQNA 1WUAA 5AZJB 3SLCA 3LM9A 2P9PA 3VETA 2D4WA 3MMVA 3AARA 3HI0A 4A2BA 2P9IB 3WEEB 1U2VA 4DCHA 4CZMA 3MN5A 5LY3A 3EKSA 4CJ7A 2Q2RA 1NBWA 5AZIB 1T44A 1QZ5A 4BC5A 1BA0A 4IXCA 2QWMA 4GY2B 1Z05A 3CETA 3ULEB 1NGCA 2AA4A 2E8AA 4QS7A 3MN6A 4IWVA 1BA1A 3D2FA 5AQKA 4BROA 4BR7A 3ZEUA 4AM6A 4ISFA 3TU5A 3BF3A 3WQTA 3ENOA 3QFPA 2NRHA 2P9UB 2HF4A 2V51B 5ADXH 1DGKN 2QW9A 1WOQA 1T6CA 4BRNA 2P9LA 3FZMA 1NGGA 4PKGA 3O4WA 3VESA 2HOEA 1NMDA 3DAWA 4H0YB 5BR9A 2Q97A 2P9KB 2VCPA 5JLHA 4A2AA 2QWPA 4JD2A 4BRFA 3LDOA 1KXPA 4BRDA 3I33A 4H03B 5AQXA 4BR5A 1V4SA 1TYQB 3A5NC 3IMXA 2E1ZA 3H45C 4BGBA 2Q36A 2QWQA 4EFHA 2GUPA 4BRHA 3VEZA 3CJAA 3BF1A 3LDPA 2HMPA 4B9QA 4BG9A 5JLFA 3HTVA 3O6WA 2GTDA 3UKRA 4FWQA 3A5LC 3IDHA 1P8ZA 2YJFA 1BG3A 1ZXOA 2FXUA 4HWIA 1R59O 1QZ6A 3R8EA 2P9PB 4DB3A 4YDUA 3VEVA 5JICA 2QWOA 1JCEA 3I8BA 3BUZB 1V4TA 5EY4A 2YHYA 1U2VB 1G99A 3WUHA 2GWJA 4BQLA 2QWRA 3O1WA 5TKYA 4BR0A 3VF2A 1Q18A 4WQ4C 2NLXA 4B1ZA 3ZX2A 4BRPA 3CQXA 3EZWA 4IO8A 1HKGA 3KVGA 1HUXA 3M3ZA 5ELZA 5FPDA 5KQ8A 5E84A 1K8KA 4M7XA 3SMPA 4FPBA 4CBUA 2IVNA 1ATNA 3CERA 4MLEA 5LJWA 3D2FB 2HF3A 2ZGZA 4ISGA 3ZEUB 1ESVA 4O5FA 1XUPO 4J8FA 3S41A 3ZETA 3AY9A 1J6ZA 1D4XA 2YHXA 4LC9B 4NO7A 1RGIA 3EL2A 2YCHA 4Y0WA 2H3GX 1H1VA 3HZ6A 1DEJA 5AQGA 1X9JA 4BRAA 3MN9A 3ATUA 4CZLA 3O80A 1BWFO 2DPNA 3H1VX 2E2NA 4A61A 3QICA 4BQZA 4CI6A 4GNIA 3WXLA 3DXMA 5JMVA 4JD2B 2P9NA 3UE5A 3FZLA 5AQUA 2AP1A 3JS6A 4BG8A 4FOEA 2W41A 2EWSA 4O8KA 5AFUH 2CH6A 4FOIA 2GEMA 4MLHA 4K43A 2E1YA 3U4LA 5BN9A 1EQYA 1GLFO 2PAVA 3ZX0A 3QMLA 1QHAA 3EO3A 4QS8A 3UKRB 1MWMA 1YXQA 4IJAA 4B1YB 4WQ5C 1C0FA 4L3QA 3W3DA 1U6ZA 1HX1A 3CJBA 4FWNA 4A62A 3BP8A 4B1XB 1C0GA 4FO0A 4B1UB 2BUPA 2VWBA 5AQYA 5EXWA 3H6EA 3SK3A 3U9ZA 3H3NO 2VYPA 4IZ9A 1X3NA 3J8AA 1NGBA 3DWLA 1K8KB 1KAZA 1JCFA 2CGJA 3D2EA 3VGMA 2Q0UA 4M63C 2A41A 3GBTA 3VEWA 4FWOA 1YAGA 3ZETB 1IG8A 3VGKA 1Y64A 2ITMA 3F9MA 5AQMA 4CZJA 4NB4A 3ID8A 1GLLO 2IVOA 5E26A 5FPMA 3WXKA 3VEOA 1HKBA 3DXMB 3C7NA 4EHTA 2P9NB 5AQFA 3FR0A 3WT0A 1GLBG 4PKIA 3QBWA 4FWRA 1E4FT 2ZGYA 1S3XA 1X3MA 1BOTO 3H46O 3UB5A 3FZKA 3VGLA 1LCUA 1HLUA 3L0QA 3H1QA 4BVOA 1NGAA 3A5OC 3M6GA 4EHUA 5KPZA 2UYTA 2QWLA 2FF3B 1ZBSA 3LL3A 2F9TA 1NM1A 3FFKB 4BC4A 2WUSA 5AQOA 2Q0RA 4FWMA 4K41A 2Q1NA 4H5RA 4H5NA 4B1VA 2QXLA 2A6AA 4BRGA 3LDQA 4JAXA 2E2QA 2FF6A 5AQWA 1TUYA 2A5XA 3DXKA 2GWKA 2ZWHA 2E2PA 3A0IX 5BPNA 1GLDG 4H5VA 1YUWA 3WXIA 4DQ8A 2ASPA 3TPQA 5BPLA 1BU6O 3CIPA 4WQ4A 4E1JA 1SAZA 4H0XB 3VEXA 2CGLA 1HPMA 3FZHA 1RFQA 5FPNA 3LDNA 3A8YA 4FL9A 3RSEA 4BGAA 5BN8A 1MWKA 2P9LB 2KHOA 3QDKA 4K42A 2A40A 2IVPA 3VOVA 3R9PA 1SQKA 2FLOA 1IJJA 2OANA 3QB0A 4H0OA 5BRHA 4XH4A 1HJOA 4H0VB 1MDUB 2A42A 5AQQA 3U9DA 1TYQA 3FGUA 3W0LA 1BUPA 5AQPA 3MK6A 5BREA 5KPTA 1HKCA 3UKUA 1GLAG 1E4GT 1T6DA 4H5TA 3HSCA 1NGIA 3GOIA 5CE3A 4CD3A 3C7NB 3VERA 3OHRA 5AQTA 3L4IA 2D0PA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2NNWA 4JK9A 3WQUA 2D0OA 3TI0A 3TABA 4JI0K 2ATQA 3VTHA 2YHWA 2XY6A 4EIAA 2E20A 4NCAA 4I6MA 4M42A 1NJXA 4GKJK 4DUYK 1N5YA 2WTUA 4AHTA 5LMNK 4CEBA 4JEPA 4KHNA 3OYCA 3HPHA 3T1YK 3MCPA 3C0BA 4IFEA 2P51A 3SMSA 1LW2A 4DSLA 3DXKB 1SL1A 2HMIA 3TR8A 3TTFA 3VN5A 4BR2A 3K59A 4NLBA 3QNOA 5CZ1A 4PKHA 3NH1A 2YX6A 3B6OA 4JRQA 2NRVA 5AQVA 4LFAK 4PUOA 1CZ9A 3FE1A 3OYGA 3NFAA 4FWLA 2FSNA 5KPRA 1Q81O 3V1RA 1KVAA 5HL7L 5C42A 2W40A 1S1TA 4CJ3A 5AQIA 3PX4A 4AHRA 1ZBIA 4CHOA 3K5NA 1NMNA 3O8MA 4A59A 5C10A 3A5MC 1QSYA 4C1NK 1SUQA 2QK9A 3R6MA 3JYTA 1OH8A 4CJFA 3UKUB 3O9SA 1YVUA 4JI2K 5F0XA 4CJ5A 4ID1A 3VQ7A 3HVRA 4DV2K 4UY8O 3J81O 1IBMK 4Q5VA 3L2VA 4CJ4A 3CQ8A 4I9QA 2X6SA 5AZIA 4CK3A 3LM2A 4ZTFA 4MDBA 3JSMA 4JI7K 1Q82O 2WFBA 3CD6N 3IUCA 4IFVA 1HYZA 3N4QA 1JXEA 4BR4A 4KTWA 1CZBA 3CPEA 3DRPA 4RW8A 3SPZA 2ZJRL 2HHTA 2Z1HA 4CZIA 1YJNN 3U6FA 1VQ8N 4FWKA 4IEIA 3U3GA 4B1WB 5C12A 3HVTA 3VQBA 3O4NA 1KCFA 1NGHA 1JCGA 4FLVA 3LPUA 1TAQA 3IS9A 2V7YA 4AHSA 2P9SB 1XQSC 1I3AA 3NE6A 5GIPA 5EX5A 2QM1A 1RDAA 4CJQA 4DU4A 3NF8A 1XHZA 3MEGA 1A5VA 3QNNA 4K25A 4W5QA 1C0MA 3P4IA 3MXMA 4J2DA 4L8RB 1QQOA 5DM6L 3E66A 4PWDA 3DJCA 3VQEA 2ETJA 1Q9YA 4MO4A 4BRQA 3AO2A 3CJCA 3EE8A 2QWNA 4JHDB 5AQLA 3VQCA 2A1RA 3EN9A 5BRDA 4CW7B 1XWLA 4BRLA 1BCOA 5AQZA 1NGJA 5KGWA 1YVNA 4X66K 2A3ZA 4KBOA 3ITHA 4YNQA 5AZJB 1WUAA 3LM9A 3ZSVA 3AARA 3PY8A 4O44A 4A2BA 1JL1A 4DS5A 3T7ZA 3CF5L 1U2VA 5A2QO 4IFYA 4DCHA 3AVCA 5FROA 4FJXA 3D45A 2WC9A 5HROA 3DOLA 3CETA 4O55A 1VQLN 3ULEB 1Z25A 2AA4A 2HBKA 4B8AB 4QS7A 4CGHA 1BA1A 4JKAA 2O8BB 3ASMA 4JRPA 3BF3A 1RNHA 3ENOA 3SUPA 1ZYQA 3D6RA 3EYZA 2G8VA 2IOCA 2GUIA 1BQNA 1T6CA 4M3RA 1IV0A 1KVCA 3O4WA 3VESA 3CXCM 1YHQN 2X6NA 4CVNE 4WFBL 4H0YB 4DTJA 1TK0A 1FW6A 3DLBA 4EP5A 3OTOK 3I0SA 4RW4A 2P9KB 4DWIA 2IS3A 3NCIA 1GOAA 4BRDA 1KXPA 4BR5A 4FW1A 3NF7A 1V4SA 3A5NC 3CCJN 4B9VA 3CCQN 1ASUA 4BGBA 2Q36A 4DTMA 4DR6K 2NRTA 2GUPA 4BRHA 4BWJA 4CJRA 5E41A 3T1AA 1T8EA 1TK8A 3VQ4A 1JLAA 3BF1A 2RKIA 4HUGA 4CK1A 3KLEA 1NOYA 5JLFA 4LF4K 3AGRA 3OYJA 2GTDA 5CR4A 4IOCL 3KJVA 1XNQK 5DK5A 2IGIA 4EP4A 1BG3A 4DKWA 1SL0A 1QZ6A 3EEQA 2BDPA 2P9PB 3RRHA 3AVAA 2NRRA 4DB3A 1C1AA 3KLIA 4FJIA 2QWOA 3I8BA 5EY4A 2R7YA 4BQLA 3O1WA 3E9PA 4OKKA 5TKYA 4BR0A 4KH6A 3EZWA 4IO8A 3KVGA 4FPBA 2WONA 4MLEA 4YOYA 2P5OA 3O9QA 2HF3A 1S6QA 4ISGA 3TTDA 3ZEUB 4YOUA 4M3XA 3J80O 1J6ZA 1MU2A 2YHXA 4CERA 1RGIA 3CCRN 2KZZA 2H3GX 4N5SA 1DEJA 1O1WA 3OYHA 4DSJA 4Y1DA 3AGKA 4KTQA 1BWFO 3OJUA 2YKMA 4KHWA 2OPRA 1WBBA 4OPAA 2AP1A 3HYFA 4CIGA 4BG8A 3SAFA 4HCBA 2W41A 3K2PA 5AFUH 4DTXA 2KZMA 5HP1A 4DSFA 3QEWA 2CH6A 4CEOA 4MLHA 1U47A 1UWBA 4ILGB 4DR7K 4ICLA 4KAZA 1UA1A 1EQYA 1NK5A 4C8NA 3QMLA 2O8EA 3VQ9A 1QHAA 3EO3A 4QS8A 3QEIA 1YXQA 4ELVA 1NG9A 4WQ5C 1XMQK 4L3QA 2OA8A 4O5BA 4K0KK 1ITGA 3CYMA 4ZTJA 4CIFA 4B1XB 1C0GA 4FO0A 4FJLA 3AO1A 2W42A 1T05A 1X3NA 4F4KA 3J8AA 4O0JA 2ITGA 1NJWA 1KAZA 2CGJA 3VGMA 3K5MA 3GBTA 3QLHA 3DLGA 2QKBA 4FWOA 2KLAA 3ZETB 1IG8A 1KC8O 3NGYA 2LSNA 1RDUA 3AVHA 1N8RO 1WBDA 5AQMA 5FDLA 5FRNA 4DFPA 4HHTA 3K5OA 2IVOA 3THYA 3S9HA 3V9WA 2P9NB 3TAQA 1EP4A 3WT0A 1Y97A 1JLEA 4FWRA 3TSQA 3JAMO 1T7PA 3VGLA 4KI6A 3G6EN 3IRXA 1HLUA 4BVOA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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